吉田亮 (Ryo YOSHIDA) - マイポータル

基本情報

所属: 情報・システム研究機構統計数理研究所データ科学研究系 / ものづくりデータ科学研究センター教授 (センター長)

学位: 博士（学術）(2004年9月総合研究大学院大学)

研究者番号: 70401263
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0001-8092-0162
J-GLOBAL ID: 201401028513268700
researchmap会員ID: 7000007124

外部リンク: http://spacier.ism.ac.jp/

研究キーワード

研究分野

経歴

2018年4月 - 現在

名古屋大学大学院医学系研究科, 客員教授
2018年4月 - 現在

総合研究大学院大学, 複合科学研究科統計科学専攻, 教授
2018年4月 - 現在

情報・システム研究機構統計数理研究所, 教授
2017年7月 - 現在

情報・システム研究機構統計数理研究所, ものづくりデータ科学研究センター, センター長
2015年10月 - 現在

国立研究開発法人物質・材料研究機構, 統合型材料開発・情報基盤部門, 招聘研究員
2011年4月 - 2018年3月

総合研究大学院大学, 複合科学研究科統計科学専攻, 准教授
2011年4月 - 2018年3月

情報・システム研究機構統計数理研究所, 准教授
2007年4月 - 2011年3月

総合研究大学院大学, 複合科学研究科統計科学専攻, 助教
2007年4月 - 2011年3月

情報・システム研究機構統計数理研究所, 助教
2005年8月 - 2007年3月

東京大学, 医科学研究所ヒトゲノム解析センター, 特任助教
2005年4月 - 2005年8月

東京大学, 医科学研究所ヒトゲノム解析センター, 特任研究員
2004年10月 - 2005年3月

情報・システム研究機構統計数理研究所, 特別研究員

委員歴

2023年10月 - 現在

JST ACT-X「トランススケールな理解で切り拓く革新的マテリアル」, 領域アドバイザー
2022年4月 - 現在

文部科学省, データ創出・活用型マテリアル研究開発プロジェクトプログラム運営委員会専門委員
2021年4月 - 現在

高度情報科学技術研究機構（RIST）, 利用研究課題審査委員会委員
2021年4月 - 現在

文部科学省「次世代計算基盤に係るシステム検討ワーキンググループ」, 委員
2021年4月 - 現在

JST-CREST「データ駆動・AI駆動を中心としたデジタルトランスフォーメーションによる生命科学研究の革新」バイオDX領域, アドバイザー
2021年4月 - 2022年3月

文部科学省, 「富岳」大規模実行（全系規模実行・ゴードンベル賞）課題審査委員会委員
2020年4月 - 2022年3月

経済産業省「マテリアルズインフォマティクス特許データベース検討会」, アドバイザー
2020年4月

高度情報科学技術研究機構（RIST）, 「アプリケーションソフトウェア利用環境整備」アドバイザー
2019年4月 - 2020年3月

文部科学省, 将来のHPCIの在り方に関する検討WG 委員
2016年4月 - 2020年3月

JSTイノベーションハブ構築支援事業 MI2I コンソーシアム, 幹事

受賞

2021年12月

優秀発表賞, ベイズ推論を用いた高潜熱蓄冷材向け分子探索, 第44回ケモインフォマティクス討論会

外海駿輔, 榊原功次, 板倉智也, Stephen Wu, 吉田亮
2017年9月

研究奨励賞, Inverse prediction for transcription elongation rates with total RNA sequencing, 第6回生命医薬情報学連合大会（IIBMP 2017，主催：日本バイオインフォマティクス学会）

河村優美, 小山慎介, 吉田亮
2016年10月

研究奨励賞, Bayesian design of bioactive molecules with a chemical language model, 第5回生命医薬情報学連合大会（IIBMP 2016，主催：日本バイオインフォマティクス学会）

Ikebata, H, Yoshida, R
2016年10月

研究奨励賞, Whole brain imaging of Caenorhabditis elegans × machine learning, 第5回生命医薬情報学連合大会（IIBMP 2016，主催：日本バイオインフォマティクス学会）

Wu, S, Yoshida, R
2008年12月

Finalist Best Paper Award, Predicting differences in gene regulatory systems by state space models, The 19th International Conference on Genome Informatics (GIW2008)

R. Yamaguchi, S. Imoto, M. Yamauchi, M. Nagasaki, R. Yoshida, T. Shimamura, Y. Hatanaka, K. Ueno, T. Higuchi, N. Gotoh, S. Miyano

論文

Representation of materials by kernel mean embedding

Minoru Kusaba, Yoshihiro Hayashi, Chang Liu, Araki Wakiuchi, Ryo Yoshida

Physical Review B 108(13) 2023年10月16日査読有り最終著者責任著者
Quasicrystals predicted and discovered by machine learning

Chang Liu, Koichi Kitahara, Asuka Ishikawa, Takanobu Hiroto, Alok Singh, Erina Fujita, Yukari Katsura, Yuki Inada, Ryuji Tamura, Kaoru Kimura …

Physical Review Materials 7(9) 2023年9月25日査読有り最終著者責任著者
SMiPoly: Generation of a Synthesizable Polymer Virtual Library Using Rule-Based Polymerization Reactions

Mitsuru Ohno, Yoshihiro Hayashi, Qi Zhang, Yu Kaneko, Ryo Yoshida

Journal of Chemical Information and Modeling 63(17) 5539-5548 2023年8月21日査読有り最終著者責任著者
Multitask Machine Learning to Predict Polymer–Solvent Miscibility Using Flory–Huggins Interaction Parameters

Yuta Aoki, Stephen Wu, Teruki Tsurimoto, Yoshihiro Hayashi, Shunya Minami, Okubo Tadamichi, Kazuya Shiratori, Ryo Yoshida

Macromolecules 2023年7月10日査読有り最終著者責任著者
A Bayesian method for concurrently designing molecules and synthetic reaction networks

Qi Zhang, Chang Liu, Stephen Wu, Yoshihiro Hayashi, Ryo Yoshida

Science and Technology of Advanced Materials: Methods 3(1) 2023年5月17日査読有り最終著者責任著者
材料研究におけるデータ資源不足の問題とデータ科学・計算科学の役割

吉田亮

化学工学誌 87(6) 2023年5月招待有り筆頭著者
Multi-objective optimization for assisting the design of fixed-type packed bed reactors for chemical heat storage

Massimiliano Zamengo, Stephen Wu, Ryo Yoshida, Junko Morikawa

Applied Thermal Engineering 218 119327-119327 2023年1月査読有り
RadonPy: automated physical property calculation using all-atom classical molecular dynamics simulations for polymer informatics

Yoshihiro Hayashi, Junichiro Shiomi, Junko Morikawa, Ryo Yoshida

npj Computational Materials 8(1) 222 2022年11月8日査読有り最終著者責任著者
Machine learning-assisted exploration of thermally conductive polymers based on high-throughput molecular dynamics simulations

Ruimin Ma, Hanfeng Zhang, Jiaxin Xu, Luning Sun, Yoshihiro Hayashi, Ryo Yoshida, Junichiro Shiomi, Jian-xun Wang, Tengfei Luo

Materials Today Physics 28 100850-100850 2022年11月査読有り
Functional Output Regression for Machine Learning in Materials Science

Megumi Iwayama, Stephen Wu, Chang Liu, Ryo Yoshida

Journal of Chemical Information and Modeling 62(20) 4837-4851 2022年10月24日査読有り最終著者責任著者
データ駆動型高分子材料研究におけるデータ資源の不足：シミュレーションと機械学習の役割

吉田亮, 林慶浩

高分子 71 382-384 2022年8月招待有り筆頭著者責任著者
Crystal structure prediction with machine learning-based element substitution

Minoru Kusaba, Chang Liu, Ryo Yoshida

Computational Materials Science 211 111496-111496 2022年8月査読有り最終著者責任著者
Descriptors of intrinsic hydrodynamic thermal transport: screening a phonon database in a machine learning approach

Pol Torres, Stephen Wu, Shenghong Ju, Chang Liu, Terumasa Tadano, Ryo Yoshida, Junichiro Shiomi

Journal of Physics: Condensed Matter 34(13) 135702-135702 2022年3月30日査読有り
Recreation of the periodic table with an unsupervised machine learning algorithm

Minoru Kusaba, Chang Liu, Yukinori Koyama, Kiyoyuki Terakura, Ryo Yoshida

Scientific Reports 11(1) 4780 2021年12月査読有り最終著者責任著者
巻頭言「特集マテリアルズインフォマティクスの最前線」について

吉田亮

統計数理 69(1) 1-3 2021年9月筆頭著者責任著者
機械学習による機能性分子の自動設計: 高熱伝導高分子材料の探索

吉田亮, ウステファン, 森川淳子

統計数理 69(1) 35-47 2021年9月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
マテリアルズインフォマティクス概説

マテリアルズインフォマティクス概説

統計数理 69(1) 5-33 2021年9月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Machine Learning to Predict Quasicrystals from Chemical Compositions

Chang Liu, Erina Fujita, Yukari Katsura, Yuki Inada, Asuka Ishikawa, Ryuji Tamura, Kaoru Kimura, Ryo Yoshida

Advanced Materials 33(36) 2102507-2102507 2021年9月査読有り最終著者責任著者
材料研究の逆問題と機械学習

吉田亮, 岩山めぐみ, グォチョンリャン

応用物理 90(7) 428-432 2021年7月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
A General Class of Transfer Learning Regression without Implementation Cost

Shunya Minami, Song Liu, Stephen Wu, Kenji Fukumizu, Ryo Yoshida

Proceedings of the AAAI Conference on Artificial Intelligence 35(10) 8992-8999 2021年5月18日査読有り最終著者責任著者

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MISC

SMiPoly: Generation of Synthesizable Polymer Virtual Library using Rule-based Polymerization Reactions

Ohno M, Hayashi Y, Zhang Q, Kaneko Y, Yoshida R

ChemRxiv 2023年3月最終著者責任著者
Deducing ensemble dynamics and information flow from the whole-brain imaging data

Yu Toyoshima, Hirofumi Sato, Daiki Nagata, Manami Kanamori, Moon Sun Jang, Koyo Kuze, Suzu Oe, Takayuki Teramoto, Yuishi Iwasaki, Ryo Yoshida …

bioRxiv 2022年11月18日
Transfer learning with affine model transformation

Shunya Minami, Kenji Fukumizu, Yoshihiro Hayashi, Ryo Yoshida

arXiv preprint abs/2210.09745 2022年10月最終著者
Functional Output Regression for Machine Learning in Materials Science

Megumi Iwayama, Stephen Wu, Chang Liu, Ryo Yoshida

ChemRxiv 2022年5月16日最終著者責任著者
RadonPy: Automated Physical Property Calculation using All-atom Classical Molecular Dynamics Simulations for Polymer Informatics

Yoshihiro Hayashi, Junichiro Shiomi, Junko Morikawa, Ryo Yoshida

arXiv preprint 2022年3月最終著者責任著者
Bayesian Sequential Stacking Algorithm for Concurrently Designing Molecules and Synthetic Reaction Networks

Qi Zhang, Chang Liu, Stephen Wu, Ryo Yoshida

arXiv preprint 2022年3月最終著者責任著者
Crystal structure prediction with machine learning-based element substitution

Minoru Kusaba, Chang Liu, Ryo Yoshida

arXiv preprint 2022年1月最終著者責任著者
Machine learning-assisted exploration of thermally conductive polymers based on high-throughput molecular dynamics simulations

Ruimin Ma, Hanfeng Zhang, Jiaxin Xu, Yoshihiro Hayashi, Ryo Yoshida, Junichiro Shiomi, Tengfei Luo

arXiv preprint 2021年9月
Machine learning to predict quasicrystals from chemical compositions

Chang Liu, Erina Fujita, Yukari Katsura, Yuki Inada, Asuka Ishikawa, Ryuji Tamura, Kaoru Kimura, Ryo Yoshida

2021年2月17日最終著者責任著者
Exploring diamond-like lattice thermal conductivity crystals via feature-based transfer learning

Shenghong Ju, Ryo Yoshida, Chang Liu, Kenta Hongo, Terumasa Tadano, Junichiro Shiomi

arXiv preprint 2020年10月
Potentials and challenges of polymer informatics: exploiting machine learning for polymer design

Stephen Wu, Hironao Yamada, Yoshihiro Hayashi, Massimiliano Zamengo, Ryo Yoshida

arXiv preprint 2020年10月最終著者
A General Class of Transfer Learning Regression without Implementation Cost

Shunya Minami, Song Liu, Stephen Wu, Kenji Fukumizu, Ryo Yoshida

arXiv preprint 8992-8999 2020年6月最終著者責任著者
A Bayesian algorithm for retrosynthesis

Zhongliang Guo, Stephen Wu, Mitsuru Ohno, Ryo Yoshida

arXiv preprint 2020年3月最終著者責任著者
Recreation of the Periodic Table with an Unsupervised Machine Learning Algorithm

Minoru Kusaba, Chang Liu, Yukinori Koyama, Kiyoyuki Terakura, Ryo Yoshida

arXiv preprint 2019年12月最終著者責任著者
An annotation dataset facilitates automatic annotation of whole-brain activity imaging ofC. elegans

Yu Toyoshima, Stephen Wu, Manami Kanamori, Hirofumi Sato, Moon Sun Jang, Suzu Oe, Yuko Murakami, Takayuki Teramoto, ChanHyun Park, Yuishi Iwasaki …

bioRxiv 2019年7月10日
肺腺癌におけるβカテニンの活性化はイレッサ(gefitinib)への耐性に寄与する

中田飛鳥, 木村達郎, 軒原浩, 東山聖彦, 近藤和也, 西原広史, 東條有伸, 矢野聖二, 宮野悟, 後藤典子 …

日本分子腫瘍マーカー研究会誌 31 46-47 2015年
EGF receptor tyrosine kinase defines critical prognostic genes of stage IA lung adenocarcinoma

Asuka Nakata, Mai Yamauchi, Rui Yamaguchi, Takashi Kohno, Masao Nagasaki, Teppei Shimamura, Seiya Imoto, Ayumu Saito, Kazuko Ueno, Yousuke Hatanaka …

CANCER RESEARCH 72 2012年4月
状態空間モデル (OR事典Wiki)

吉田亮, 統計数理研究所

オペレーションズ・リサーチ 55 430-432 2010年8月
Critical prognostic genes for stage I lung cancer are identified from normal growth factor-regulated gene network by overcoming cancer heterogeneity

Noriko Gotoh, Mai Yamauchi, Rui Yamauchi, Masao Nagasaki, Teppei Shimamura, Seiya Imoto, Ayumu Saito, Kazuko Ueno, Yousuke Hatanaka, Ryo Yoshida …

CANCER RESEARCH 70 2010年4月
GPGPUを活用したバイオロジカルパスウェイモデルの高速なパラメータ推定

林圭佐, 齋藤正也, 吉田亮, 樋口知之

研究報告バイオ情報学（BIO） 2009(19) 1-3 2009年12月10日

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書籍等出版物

マテリアルズインフォマティクス = Materials informatics

吉田, 亮, 伊藤, 聡, 劉, 暢, Wu, Stephen, 野口, 瑶, 山田, 寛尚, 赤木, 和人, 大林, 一平, 山下, 智樹 (担当:共著)

共立出版 2022年8月 (ISBN: 9784320072022)
データ同化入門―次世代のシミュレーション技術―

樋口知之, 上野玄太, 中村和幸, 中野慎也, 吉田亮, 統計

2011年9月

講演・口頭発表等

173

データ駆動型材料研究における実験・シミュレーション・機械学習の融合

吉田亮

統計数学×情報×物質セミナー 2023年11月22日招待有り
機械学習による材料の予測・理解・発見：高分子材料・準結晶研究への応用事例

吉田亮

2023年度公益社団法人日本金属学会関東支部講習会「機械学習と金属工学：最新動向と材料開発への応用」, 2023年11月9日招待有り
機械学習による物質の予測・理解・発見

吉田亮

ipi - ダイキンシンポジウム 2023年10月24日招待有り
マテリアルズインフォマティクスと材料開発の未来

吉田亮

10thシンポジウム〜データサイエンスの最前線 2023年10月20日招待有り
高分子材料研究における実験・シミュレーション・機械学習の協奏

吉田亮

NEDOプロジェクトを核とした人材育成、産学連携等の総合的展開／データ駆動型材料設計利用技術者養成に係る特別講座 2023年10月13日招待有り
データ駆動型高分子材料研究の方法と実践：産学連携によるオープンデータプラットフォームの共創

吉田亮

高分子同友会勉強会「新材料の創製（反応、合成、バイオ、触媒、解析、機能等）について勉強する会」 2023年10月6日招待有り
Machine learning for quasicrystals

Ryo Yoshida

International Conference on Complex Orders in Condensed Matter (ICCOCM 2023) 2023年9月25日招待有り
データ駆動型材料研究における実験・シミュレーション・機械学習の融合

吉田亮

日本金属学会秋季講演大会 2023年9月20日招待有り
データ駆動型材料研究の諸問題：統計的機械学習による予測・発見・理解

吉田亮

分子研研究会「イオン液体インフォマティクスの発展にむけて」 2023年9月13日招待有り
データ駆動型高分子材料研究の諸問題：産学連携で限られたデータの壁を乗り越える

吉田亮

日本化学会関東支部講演会「マテリアルズインフォマティクスの最先端～化学産業への展開～」 2023年9月8日招待有り
逐次実験計画法と高分子物性自動計算の融合に基づく光学用高分子の探索

南條舜, アリフィン, 林慶浩, 吉田亮

2023年度統計関連学会連合大会 2023年9月6日
カーネル平均埋め込みによる材料の表現

草場穫, 林慶浩, 劉暢, 脇内新樹, 吉田亮

2023年度統計関連学会連合大会 2023年9月6日
高分子材料におけるSim2Real転移学習

林慶浩, 南俊匠, 南條舜, 髙橋愛子, 吉田亮

2023年度統計関連学会連合大会 2023年9月6日
Exploring vast material landscapes using artificial intelligence

Ryo Yoshida

International Symposium on Living Systems Materialogy 2023年8月5日招待有り
データ駆動型材料研究におけるデータ資源の不足をいかに乗り越えるか

吉田亮

色材セミナー「～色材開発におけるデジタル技術の活用～」 2023年6月14日招待有り
自動分子シミュレーションによる高分子物性データプラットフォームの産学共創

林慶浩, Wu Stephen, 野口瑶, 髙橋愛子, 吉田亮

第72回高分子学会年次大会 2023年5月24日
データ駆動型材料研究における実験・シミュレーション・機械学習の融合

吉田亮

統計数理研究所産学連携シンポジウム「『統計的機械学習』の中核としての統計数理」 2023年5月25日招待有り
Machine learning for overcoming data scarcity

Ryo Yoshida

The 4th International Conference on Data-Driven Plasma Science (ICDDPS-4) 2023年4月18日招待有り
データ駆動型高分子材料研究ロードマップ：限られたデータの壁を乗り越えるために

吉田亮

シンポジウム「データ駆動型高分子材料研究の最前線」 2023年3月28日
実験データと計算データを組み合わせた高分子溶液相溶性のマルチタスク学習

青木祐太, Stephen Wu, 釣本輝希, 林慶浩, 南俊匠, 大久保忠利, 白鳥和矢, 吉田亮

シンポジウム「データ駆動型高分子材料研究の最前線」 2023年3月28日

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担当経験のある科目(授業)

2020年4月 - 現在

統計的機械学習基礎 (総合研究大学院大学)

所属学協会

Works(作品等)

RadonPy: Automated Physical Property Calculation using All-atom Classical Molecular Dynamics Simulations for Polymer Informatics

2022年3月 - 現在コンピュータソフト
XenonPy: Python library for materials informatics

- 現在コンピュータソフト
アフィン転移学習

コンピュータソフト
結晶構造予測プログラムCSPML

コンピュータソフト
関数出力変数カーネル回帰

コンピュータソフト
分子・合成経路自動設計アルゴリズム Seq-Stack-Reaction

コンピュータソフト

共同研究・競争的資金等の研究課題

分子・情報技術の創発による液相分離の限界突破と社会実装

戦略的創造研究推進事業 CREST 2023年10月 - 2029年3月

久保拓也
フェイゾンエンジニアリング：構造タイル組み換えに基づく新物質創製

戦略的創造研究推進事業 CREST 2022年10月 - 2028年3月

田村隆治
ハイパーマテリアル：補空間が創る新物質科学

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年6月 - 2024年3月

田村隆治, 木村薫, 高倉洋礼, 吉田亮, 出口和彦, 上田那由多, 高際良樹
ハイパーマテリアルのインフォマティクスとhidden orderの探索

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年6月 - 2024年3月

吉田亮, 桂ゆかり, 上田那由多, 野澤和生
機械学習の先進技術による革新的機能性物質の発掘

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2019年4月 - 2024年3月

吉田亮
高分子の熱物性マテリアルズインフォマティクス

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業 CREST 2019年 - 2024年

森川淳子
免疫一細胞データ解析による改変型T細胞受容体デザイン技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2023年3月

山口類, 松下博和, 岡村文子, 吉田亮, 太田元規
深層学習・転移学習等の適用による材料設計技術の高度化

NEDO 国立研究開発法人新エネルギー・産業技術総合開発機構超先端材料超高速開発基盤技術プロジェクト 2020年4月 - 2022年3月
データ駆動型高分子材料研究を変革するデータ基盤創出

文部科学省「富岳」成果創出加速プログラム 2021年9月

吉田亮
情報統合型物質・材料開発イニシアティブ（MI2I）

国立研究開発法人科学技術振興機構 JSTイノベーションハブ構築支援事業 2015年6月 - 2020年3月
ベイズ統計と量子化学を基盤とする新薬候補分子の探索

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2015年4月 - 2019年3月

吉田亮, 本郷研太
佐藤ライブ予測制御プロジェクト

JST ERATO 2014年4月 - 2019年3月

佐藤匠徳, 国際電気通信基礎技術研究所
4Dライブセルイメージングデータ内の非常に多数の細胞の自動追跡手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2015年4月 - 2018年3月

広瀬修, 川口翔太郎, 徳永旭将, 吉田亮, 豊島有, 寺本孝行, 久下小百合, 石原健, 飯野雄一
神経系まるごとの観測データに基づく神経回路の動作特性の解明

JST CREST 2012年10月 - 2018年3月

飯野雄一
神経系まるごとの観測データに基づく神経回路の動作特性の解明

JST CREST 2012年10月 - 2018年3月

飯野雄一, 東京大学大学院理学系研究科生物化学専攻
神経系まるごとの観測データに基づく神経回路の動作特性の解明

戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業 CREST 2012年 - 2018年

飯野雄一
転写伸長過程の数理モデルとベイズ統計に基づく逆問題解法

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2015年4月 - 2017年3月

吉田亮, 河岡慎平, 小山慎介
乳癌臨床検体の初代スフェア培養系を用いた癌根治のための変異診断システムの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2016年3月

後藤典子, 中田飛鳥, 鈴木穣, 吉田亮, 東條有伸, 小川利久, 井口雅史
総合的観点からのメタアナリシスの方法論の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2012年4月 - 2016年3月

逸見昌之, 吉田亮, 山下宙人, 竹之内高志, 川喜田雅則, 米岡大輔
第二世代モチーフ解析法に基づくがん細胞に特異的な転写制御経路の発見

新学術領域研究 2013年4月 - 2015年3月

吉田亮