坊農秀雅

J-GLOBALへ         更新日: 17/06/25 13:46
 
アバター
研究者氏名
坊農秀雅
 
ボウノウヒデマサ
ハンドル
bonohu
URL
http://dbcls.rois.ac.jp/~bono/
所属
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構
部署
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
職名
特任准教授
学位
博士(理学)(京都大学)
科研費研究者番号
20364789
Twitter ID
drbonohu
ORCID ID
0000-0003-4413-0651

プロフィール

データベースの統合化に向けた「ライフサイエンスデータベース統合推進事業」(科学技術振興機構(JST)バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC))において、「統合データベースにおける基盤技術開発とデータベース運用に係る共同研究」の参画研究者として、データを活用するアプリケーションの開発を行っております。具体的には国立遺伝学研究所DDBJセンターと連携して、?Sequence Read Archive(SRA)ならびにDDBJ Omics aRchive(DOR)の利用技術を開発しております。
ただサービスを作っただけでは利用が普及しない現実を鑑み、ウェットな実験とドライな実験のハイブリッド研究者として「実際にどうDBを研究に活用するか」を実践しています。具体的には酸素生物学に関係するデータ利活用研究、昆虫を使ったヒト疾患モデル化ならびに非モデル生物における比較ゲノム解析研究を共同研究で推進しています。

研究分野

 
 

経歴

 
2007年7月
   
 
大学共同利用機関法人情報・システム研究機構 ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授
 
2007年4月
 - 
2007年6月
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 准教授
 
2005年4月
 - 
2007年3月
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 助教授
 
2003年10月
 - 
2005年3月
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 講師
 
2003年4月
 - 
2003年9月
埼玉医科大学 ゲノム医学研究センター 助手
 
2000年4月
 - 
2003年3月
理化学研究所横浜研究所ゲノム科学総合研究センター 基礎科学特別研究員
 

論文

 
Okamoto A, Sumi C, Tanaka H, Kusunoki M, Iwai T, Nishi K, Matsuo Y, Harada H, Takenaga K, Bono H, Hirota K
Scientific Reports   7 3816   2017年6月   [査読有り]
The local anesthetic lidocaine induces cell death by altering reactive oxygen species (ROS) generation and mitochondrial electron transport chain function. Because hypoxia-inducible factor 1 (HIF-1) is involved in determining oxygen metabolism and...
Ohta T, Nakazato T, Bono H
Gigascience   6 gix029   2017年4月   [査読有り]
It is important for public data repositories to promote the reuse of archived data. In the growing field of omics science, however, the increasing number of submissions of high-throughput sequencing (HTSeq) data to public repositories prevents use...
Kikuchi A, Nakazato T, Ito K, Nojima Y, Yokoyama T, Iwabuchi K, Bono H, Toyoda A, Fujiyama A, Sato R, Tabunoki H
BMC Genomics   18 83   2017年1月   [査読有り]
BACKGROUND:
Various insect species have been added to genomic databases over the years. Thus, researchers can easily obtain online genomic information on invertebrates and insects. However, many incorrectly annotated genes are included in these da...
Lizio M, Harshbarger J, Abugessaisa I, Noguchi S, Kondo A, Severin J, Mungall C, Arenillas D, Mathelier A, Medvedeva YA, Lennartsson A, Drabløs F, Ramilowski JA, Rackham O, Gough J, Andersson R, Sandelin A, Ienasescu H, Ono H, Bono H, Hayashizaki Y, Carninci P, Forrest AR, Kasukawa T, Kawaji H
Nucleic Acids Research   45(D1) D737-D743   2017年1月   [査読有り]
Upon the first publication of the fifth iteration of the Functional Annotation of Mammalian Genomes collaborative project, FANTOM5, we gathered a series of primary data and database systems into the FANTOM web resource (http://fantom.gsc.riken.jp)...
Miyawaki S, Kawamura Y, Oiwa Y, Shimizu A, Hachiya T, Bono H, Koya I, Okada Y, Kimura T, Tsuchiya Y, Suzuki S, Onishi N, Kuzumaki N, Matsuzaki Y, Narita M, Ikeda E, Okanoya K, Seino K, Saya H, Okano H, Miura K
Nature communications   7 11471   2016年5月   [査読有り]
The naked mole-rat (NMR, Heterocephalus glaber), which is the longest-lived rodent species, exhibits extraordinary resistance to cancer. Here we report that NMR somatic cells exhibit a unique tumour-suppressor response to reprogramming induction. ...
Tabunoki H, Bono H, Ito K, Yokoyama T
Drug Discoveries & Therapeutics   10(1) 3-8   2016年2月   [招待有り]
Bombyx mori (silkworm) is the most famous lepidopteran in Japan. B. mori has long been used in the silk industry and also as a model insect for agricultural research. In recent years, B. mori has attracted interest in its potential for use in path...
Nojima Y, Ito K, Ono H, Nakazato T, Bono H, Yokoyama T, Sato R, Suetsugu Y, Nakamura Y, Yamamoto K, Satoh J, Tabunoki H, Fugo H
PloS one   10 e0116007   2015年2月   [査読有り]
Lizio M, Harshbarger J, Shimoji H, Severin J, Kasukawa T, Sahin S, Abugessaisa I, Fukuda S, Hori F, Ishikawa-Kato S, Mungall CJ, Arner E, Baillie JK, Bertin N, Bono H, de Hoon M, Diehl AD, Dimont E, Freeman TC, Fujieda K, Hide W, Kaliyaperumal R, Katayama T, Lassmann T, Meehan TF, Nishikata K, Ono H, Rehli M, Sandelin A, Schultes EA, 't Hoen PA, Tatum Z, Thompson M, Toyoda T, Wright DW, Daub CO, Itoh M, Carninci P, Hayashizaki Y, Forrest AR, Kawaji H
Genome Biology   16 22   2015年1月   [査読有り]
Naito Y, Hino K, Bono H, Ui-Tei K
Bioinformatics   31(7) 1120-1123   2014年11月   [査読有り]
Katayama T, Wilkinson MD, Aoki-Kinoshita KF, Kawashima S, Yamamoto Y, Yamaguchi A, Okamoto S, Kawano S, Kim JD, Wang Y, Wu H, Kano Y, Ono H, Bono H, Kocbek S, Aerts J, Akune Y, Antezana E, Arakawa K, Aranda B, Baran J, Bolleman J, Bonnal RJ, Buttigieg PL, Campbell MP, Chen YA, Chiba H, Cock PJ, Cohen KB, Constantin A, Duck G, Dumontier M, Fujisawa T, Fujiwara T, Goto N, Hoehndorf R, Igarashi Y, Itaya H, Ito M, Iwasaki W, Kalaš M, Katoda T, Kim T, Kokubu A, Komiyama Y, Kotera M, Laibe C, Lapp H, Lütteke T, Marshall MS, Mori T, Mori H, Morita M, Murakami K, Nakao M, Narimatsu H, Nishide H, Nishimura Y, Nystrom-Persson J, Ogishima S, Okamura Y, Okuda S, Oshita K, Packer NH, Prins P, Ranzinger R, Rocca-Serra P, Sansone S, Sawaki H, Shin SH, Splendiani A, Strozzi F, Tadaka S, Toukach P, Uchiyama I, Umezaki M, Vos R, Whetzel PL, Yamada I, Yamasaki C, Yamashita R, York WS, Zmasek CM, Kawamoto S, Takagi T
J Biomed Semantics   5(1) 5   2014年2月   [査読有り]

Misc

 
坊農秀雅, 中村保一
生物工学   95(3) 152-155   2017年3月   [依頼有り]
1977年にサンガーらによってDNA配列決定法が発明 され,さまざまな生物由来の塩基配列の配列決定が可能になった.1980年代に入ってそれらをデータバンクにアーカイブする動きが日米欧で起こり,それぞれDDBJ
(DNA Data Bank of Japan),GenBank,EMBL-Bank (のちにENA(European Nucleotide Archive)に改名)
という名前のデータベース(DB)が維持されるように なった.これらのDBはお互いにデータ...
Reika Kawabata-Iwakawa, Hidemasa Bono, Masahiko Nishiyama
Molecular Targeted Therapy of Lung Cancer   97-115   2017年1月   [依頼有り]
Improvement of next-generation sequencing (NGS) has revealed novel driver genes and new therapeutic targets for cancer patients. We summarize here the history of NGS development, current situation of typical analysis pipeline utilizing NGS – espec...
仲里猛留, 坊農秀雅
化学と生物   54(12) 873-877   2016年12月   [査読有り][依頼有り]
次世代シークエンサー(NGS: next generation sequencer)の活躍によって,さまざまな生命科学の謎が解き明かされている.マイクロアレイ同様,NGSから得られるデータも公共データベースに収めることが論文投稿の条件となってきており,そのデータ量は約3.2ペタバイトにもなっている(ペタは10の15乗).これまでよく用いられてきたBLASTなどの配列類似性による検索手段ではもはや歯がたたず,それぞれのデータの付帯情報であるメタデータをたよりに必要な情報を探し出すことになる....
坊農秀雅
生物工学   94(9) 572-575   2016年9月   [依頼有り]
RNA-Seqはこうして誕生したーそしてデータ再利用へ
坊農秀雅
RNA-Seq実験ハンドブック   228-229   2016年3月   [依頼有り]
生物学にはどんなデータがあるの?
坊農秀雅
モダンアプローチの生物科学   45-45   2015年11月   [依頼有り]
Macの買い方
坊農秀雅
次世代シークエンサーDRY解析教本   16-22   2015年10月   [依頼有り]
データベースの選び方
坊農秀雅
次世代シークエンサーDRY解析教本   60-63   2015年10月   [依頼有り]
坊農秀雅
ライフサイエンス領域融合レビュー   4 e008   2015年5月   [査読有り][依頼有り]
生命科学の研究において次世代シークエンサーが普通に使われるようになってきた.これまで,さまざまな応用が提案されてきたが,最近では,ゲノムの再解読による多型の解析やゲノムの新規な解読,トランスクリプトームの解読によるRNA転写量の測定,DNA結合タンパク質の結合配列の解析,細菌叢のメタゲノムの解析がおもなものになった.対応するデータ解析の手法もほぼ固まってきたようにみえる.そこで,このレビューでは,次世代シークエンサーにより得られたデータの解析手法を,公共データベースのデータを解析してきた立...

書籍等出版物

 
清水厚志、坊農秀雅 (担当:監修)
学研メディカル秀潤社   2015年10月   ISBN:4780909201
メディカル・サイエンス・インターナショナル   2009年3月   ISBN:4895925897
岡崎 康司, 坊農 秀雅
メディカル・サイエンス・インターナショナル   2005年12月   ISBN:4895924262

講演・口頭発表等

 
DBの流通業10年目の今ー知のめぐりは果たして良くなったのか? [招待有り]
坊農秀雅
第39回日本分子生物学会年会フォーラム「いかにして使えるデータベースを維持し続けるか?」   2016年12月1日   
公共データベースを活用した知のめぐりのよい医学研究 [招待有り]
坊農秀雅
2016年11月10日   
公共データベース活用による知のめぐりのよい医学研究 [招待有り]
坊農秀雅
2016年10月19日   
坊農秀雅
第1回SPARC Japanセミナー 2016   2016年9月9日   
オープンアクセス(OA)誌に掲載された論文は,インターネット検索エンジンの発達に伴い,目に触れる機会が格段に増えることとなり,その結果PLOS(Public Library of Science)やBMC(BioMedCentral)といったゴールドOA誌に投稿される論文が増え,古くからある論文誌もOAオプションが選べるようになってきた。その一方,OA紙で必要となる論文掲載料は,研究費から捻出する状況となっており,実験するのに必要不可欠な試薬代や消耗品代を圧迫し,研究活動を行う上で無視でき...
坊農秀雅
jPOST Workshop 2016:プロテオームデータと生命科学データベース   2016年7月27日   
坊農秀雅
統合データベース講習会AJACS安芸   2016年7月6日   
坊農秀雅
統合データベース講習会AJACS安芸   2016年7月5日   
坊農秀雅
統合データベース講習会AJACS薩摩   2016年1月27日   
坊農秀雅
統合データベース講習会AJACS薩摩   2016年1月26日   
坊農秀雅
東京大学大学院 新領域創成科学研究科 メディカル情報生命科学専攻 平成27年度冬学期「情報生命科学特別講義 II」/HPCIセミナー2015   2015年11月13日   

担当経験のある科目

 
 

Works

 
坊農秀雅   データベース   2014年10月
公共遺伝子発現データベースの目次
内藤雄樹、日野公洋、坊農秀雅、程久美子   Webサービス   2014年
ゲノム編集において有力な手法として注目されているCRISPR/Cas9システムに用いるガイドRNAを設計するソフトウェア
小野浩雅、坊農秀雅   データベース   2011年10月
RefEx(Reference Expression dataset)は、EST、GeneChip、CAGE、RNA-seq
の4種類の異なる手法 によって得られたヒトおよびマウス、ラットにおける遺伝子発現データを並列に表示し、遺伝子発現解析を行う上で基準となるリファレンス(参照)データベースとして利用することを目的とした遺伝子発現データベースである。
内藤雄樹、坊農秀雅   Webサービス   2011年5月
遺伝子や転写産物をさまざまなキーワードから素早く検索し、その結果をわかりやすく提示することができる遺伝子検索エンジン。遺伝子名や各種ID、タンパク質の機能や特徴などのキーワードだけでなく、短い塩基配列やアミノ酸配列から遺伝子を高速に検索することが可能
仲里猛留、大田達郎、坊農秀雅   データベース   2011年4月
公共データベース ( SRA [NCBI], ENA [EBI], DRA [DDBJ] ) に登録された「次世代シーケンサ」データについての目次サイトです。 プロジェクトやプラットフォームごとに各レコードの情報を見ることができます。
坊農秀雅他   Webサービス   2011年4月
ライフサイエンス分野のイラストをだれでも自由に閲覧・利用できるようWeb上にて無料で公開しているウェブサイトである。
河野信、小野浩雅、坊農秀雅   Webサービス   2007年7月
ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイト
坊農秀雅他   教材   2006年2月
ライフサイエンス分野のデータベース統合を担う人材AJACS(All Japan Annotator/Curator/System DB administrator)向けの教材を提供

競争的資金等の研究課題

 
文部科学省: 科学研究費 挑戦的萌芽研究
研究期間: 2016年4月 - 2018年3月    代表者: 三浦恭子
文部科学省: 科学研究費助成事業(基盤研究C)
研究期間: 2014年4月 - 2017年3月    代表者: 天竺桂弘子
データベース統合に関わる基盤技術開発
科学技術振興機構: バイオサイエンスデータベースセンター 基盤技術開発プログラム
研究期間: 2011年4月 - 2014年3月    代表者: 小原雄治
高齢者がん治療アルゴリズム開発のためのガイドポスト・データベースの構築と必須情報及びその推定モデルの策定に関する研究
厚生労働省: 科学研究費補助金
研究期間: 2009年 - 2011年    代表者: 西山正彦
統合データベースプロジェクト
文部科学省: 委託研究開発事業
研究期間: 2007年4月 - 2011年3月    代表者: 高木利久

学歴

 
1997年4月
 - 
2000年3月
京都大学大学院 理学研究科 生物科学専攻生物物理学系博士後期課程
 
1995年4月
 - 
1997年3月
京都大学大学院 理学研究科 生物科学専攻生物物理学系修士課程
 
1993年4月
 - 
1995年3月
東京大学 教養学部 基礎科学科第一
 
1991年4月
 - 
1993年3月
東京大学 理科二類 
 

委員歴

 
2016年9月
 - 
2017年3月
文部科学省  「科学技術イノベーション政策における「政策のための科学」推進事業におけるオープンサイエンスに関する海外動向の調査分析」検討委員会委員
 
2016年4月
 - 
現在
SPARC Japan  セミナー企画ワーキンググループメンバー
 
2008年
 - 
現在
BMC Genomics  Associate Editor