福永津嵩 (Tsukasa Fukunaga) - マイポータル

基本情報

所属: 早稲田大学高等研究所准教授

学位: 博士(科学)(東京大学)

J-GLOBAL ID: 201601006485520300
researchmap会員ID: B000265581

研究キーワード

研究分野

経歴

2023年4月 - 現在

早稲田大学, 高等研究所, 准教授
2021年4月 - 2023年3月

早稲田大学, 高等研究所, 講師
2017年10月 - 2021年3月

早稲田大学, 理工学術院総合研究所, 招聘研究員
2017年10月 - 2021年3月

東京大学, 情報理工学系研究科コンピュータ科学専攻, 助教
2018年2月 - 2019年3月

大阪大学, 医学系研究科, 招聘研究員
2016年4月 - 2017年9月

日本学術振興会, 特別研究員(PD)
2016年4月 - 2017年9月

早稲田大学, 理工学術院, 特別研究員

学歴

2011年4月 - 2016年3月

東京大学大学院, 新領域創成科学研究科, メディカル情報生命専攻
2007年4月 - 2011年3月

東京大学, 理学部, 生物情報科学科

委員歴

2023年7月 - 現在

Frontiers in Bioinformatics, Review Editor
2021年3月 - 現在

Frontiers in Genetics, Review Editor
2021年4月 - 2023年3月

日本バイオインフォマティクス学会, 理事

受賞

2021年

優秀口頭発表賞, The inverse Potts model improves accuracy of phylogenetic profiling, 第十回生命医薬情報学連合大会

福永津嵩, 岩崎渉
2020年

ポスター賞, 統計的有意性を担保可能な系列パターンマイニングに基づく配列モチーフ検出ソフトウェアの開発, 第九回生命医薬情報学連合大会

毛利公一, 尾崎遼, 福永津嵩
2016年

ポスター賞, RIblast: A high-speed RNA-RNA interaction prediction system for comprehensive lncRNA interactome analysis., 第五回生命医薬情報学連合大会

福永津嵩, 浜田道昭

論文

DeepRaccess: high-speed RNA accessibility prediction using deep learning

Kaisei Hara, Natsuki Iwano, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada

Frontiers in Bioinformatics 3 2023年10月10日査読有り責任著者
Neat1 lncRNA organizes the inflammatory gene expressions in the dorsal root ganglion in neuropathic pain caused by nerve injury

Motoyo Maruyama, Atsushi Sakai, Tsukasa Fukunaga, Yoshitaka Miyagawa, Takashi Okada, Michiaki Hamada, Hidenori Suzuki

Frontiers in Immunology 14 2023年8月8日査読有り
Bioinformatics approaches for unveiling virus-host interactions.

Hitoshi Iuchi, Junna Kawasaki, Kento Kubo, Tsukasa Fukunaga, Koki Hokao, Gentaro Yokoyama, Akiko Ichinose, Kanta Suga, Michiaki Hamada

Computational and structural biotechnology journal 21 1774-1784 2023年査読有り
Web Services for RNA-RNA Interaction Prediction

Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Michiaki Hamada

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2586 175-195 2023年筆頭著者
Fast RNA-RNA Interaction Prediction Methods for Interaction Analysis of Transcriptome-Scale Large Datasets

Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2586 163-173 2023年筆頭著者
LinAliFold and CentroidLinAliFold: fast RNA consensus secondary structure prediction for aligned sequences using beam search methods

Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada

Bioinformatics Advances 2(1) 2022年10月22日査読有り筆頭著者責任著者
Mirage 2.0: fast and memory-efficient reconstruction of gene-content evolution considering heterogeneous evolutionary patterns among gene families.

Tsukasa Fukunaga, Wataru Iwasaki

Bioinformatics (Oxford, England) 2022年6月30日査読有り筆頭著者責任著者
Inverse Potts model improves accuracy of phylogenetic profiling.

Tsukasa Fukunaga, Wataru Iwasaki

Bioinformatics (Oxford, England) 2022年1月21日査読有り筆頭著者責任著者
Bioinformatics Approaches for Determining the Functional Impact of Repetitive Elements on Non-coding RNAs.

Chao Zeng, Atsushi Takeda, Kotaro Sekine, Naoki Osato, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2509 315-340 2022年
Mirage: Estimation of ancestral gene-copy numbers by considering different evolutionary patterns among gene families

Tsukasa Fukunaga, Wataru Iwasaki

Bioinformatics Advances 2021年7月30日査読有り筆頭著者責任著者
Umibato: estimation of time-varying microbial interaction using continuous-time regression hidden Markov model.

Shion Hosoda, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada

Bioinformatics (Oxford, England) 37(Suppl_1) i16-i24 2021年7月12日査読有り
Representation learning applications in biological sequence analysis.

Hitoshi Iuchi, Taro Matsutani, Keisuke Yamada, Natsuki Iwano, Shunsuke Sumi, Shion Hosoda, Shitao Zhao, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada

Computational and structural biotechnology journal 19 3198-3208 2021年査読有り
Novel metric for hyperbolic phylogenetic tree embeddings.

Hirotaka Matsumoto, Takahiro Mimori, Tsukasa Fukunaga

Biology methods & protocols 6(1) bpab006 2021年査読有り
MotiMul: A significant discriminative sequence motif discovery algorithm with multiple testing correction

Koichi Mori, Haruka Ozaki, Tsukasa Fukunaga

Proceedings - 2020 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine, BIBM 2020 186-193 2020年12月16日査読有り最終著者責任著者
Revealing the microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation

Shion Hosoda, Suguru Nishijima, Tsukasa Fukunaga, Masahira Hattori, Michiaki Hamada

Microbiome 8(1) 95-95 2020年6月23日査読有り
Logicome profiler: Exhaustive detection of statistically significant logic relationships from comparative omics data

Tsukasa Fukunaga, Wataru Iwasaki

PLoS ONE 15(5) e0232106 2020年5月査読有り筆頭著者責任著者
Targeting the TR4 nuclear receptor-mediated lncTASR/AXL signaling with tretinoin increases the sunitinib sensitivity to better suppress the RCC progression

Hangchuan Shi, Yin Sun, Miao He, Xiong Yang, Michiaki Hamada, Tsukasa Fukunaga, Xiaoping Zhang, Chawnshang Chang

Oncogene 39(3) 530-545 2020年1月16日査読有り
Discovering novel mutation signatures by latent Dirichlet allocation with variational Bayes inference

Taro Matsutani, Yuki Ueno, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada

Bioinformatics 35(22) 4543-4552 2019年11月1日査読有り
Lncrrisearch: A web server for lncRNA-RNA interaction prediction integrated with tissue-specific expression and subcellular localization data

Tsukasa Fukunaga, Junichi Iwakiri, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada

Frontiers in Genetics 10(MAY) 462-462 2019年査読有り筆頭著者
A Novel Method for Assessing the Statistical Significance of RNA-RNA Interactions Between Two Long RNAs

Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada

Journal of Computational Biology 25(9) 976-986 2018年9月査読有り筆頭著者責任著者

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書籍等出版物

バイオインフォマティクスのための生命科学入門 (バイオインフォマティクスシリーズ 1)

福永津嵩(著), 岩切淳一(著), 浜田道昭(監修) (担当:共著)

コロナ社 2022年7月14日 (ISBN: 4339027316)

講演・口頭発表等

フィコビリソームの系統プロファイル解析により明らかになった新規ステート遷移制御遺伝子

福永津嵩

2023年度ラン藻ゲノム交流会 2023年7月招待有り
高性能系統プロファイル法による機能未知遺伝子の機能推定

福永津嵩

第11回生命医薬情報学連合大会 2022年9月
次世代のRNA情報学を基盤としたトランスクリプトーム解析

福永津嵩, 浜田道昭

早稲田大学 BINDS発現機能インシリコ融合ユニットキックオフシンポジウム 2022年6月
The inverse Potts model improves accuracy of phylogenetic profiling

福永津嵩, 岩崎渉

第10回生命医薬情報学連合大会 2021年9月
遺伝子獲得/欠失速度の不均一性を考慮したゲノム進化史再構築

福永津嵩, 岩崎渉

日本進化学会第23回東京大会 2021年8月

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

深層学習を用いたRNA二次構造情報解析の高速化

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2023年4月 - 2026年3月

福永津嵩
大規模メタゲノムデータを用いた高精度機能未知遺伝子推定手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2022年4月 - 2024年3月

福永津嵩
リピート要素のde novo発見に基づく長鎖ノンコーディングRNAの機能の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2020年4月 - 2023年3月

浜田道昭, 小野口真広, 福永津嵩
逆イジングモデル法に基づく機能未知な微生物遺伝子の機能推定

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2020年4月 - 2022年3月

福永津嵩
統計的論理関係解析法に基づく機能未知遺伝子の機能推定

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2019年4月 - 2022年3月

福永津嵩
lncRNA-mRNAの相互作用ネットワークに基づくlncRNAの機能推定

日本学術振興会科研費 (新学術領域研究) 「ノンコーディングRNAネオタクソノミ」公募研究 2017年4月 - 2019年3月

福永津嵩
Computational Ethologyで解き明かす動物の群れ形成メカニズム

日本学術振興会科研費 (特別研究員奨励費) 2016年4月 - 2019年3月

福永津嵩
定量的動画データ解析から迫るメダカの社会性行動

日本学術振興会科研費（特別研究員奨励費） 2015年4月 - 2016年3月

福永津嵩

福永津嵩

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研究分野

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学歴

委員歴

受賞

論文

書籍等出版物

講演・口頭発表等

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共同研究・競争的資金等の研究課題

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