清水健太郎 (Kentaro K Shimizu) - マイポータル

基本情報

所属: チューリッヒ大学理学部　進化生物学・環境学研究所教授
: 横浜市立大学木原生物学研究所客員教授

学位: 理学博士(京都大学)

J-GLOBAL ID: 201601017329586492
researchmap会員ID: B000267823

外部リンク: http://www.ieu.uzh.ch/en/staff/professors/shimizu.html

研究キーワード

研究分野

経歴

2021年1月 - 現在

チューリッヒ大学, 大学重点領域「進行中の進化」, 共拠点長
2015年10月 - 現在

横浜市立大学, 木原生物学研究所, 客員教授
2011年12月 - 現在

スイス・チューリッヒ大学, 進化生物学・環境学研究所, 教授
2015年7月 - 2015年12月

京都大学, 生態学研究所, 客員教授
2006年4月 - 2011年11月

スイス・チューリッヒ大学, 植物生物学研究所, 准教授
2003年3月 - 2006年4月

ノースカロライナ州立大学, 遺伝学教室, 海外特別研究員・特別研究員
2002年4月 - 2003年2月

京都大学, 大学院理学研究科, 日本学術振興会特別研究員PD

学歴

1997年4月 - 2002年3月

京都大学, 大学院理学研究科, 生物科学専攻
1993年4月 - 1997年3月

京都大学, 理学部, 生物

受賞

論文

131

Hyper-Cryptic radiation of a tropical montane plant lineage

Ingrid Olivares, Sergio Tusso, María José Sanín, Marylaure de La Harpe, Oriane Loiseau, Jonathan Rolland, Nicolas Salamin, Michael Kessler, Kentaro K. Shimizu, Margot Paris

Molecular Phylogenetics and Evolution 2024年1月
Geographic Variation in Genomic Signals of Admixture Between Two Closely Related European Sepsid Fly Species

Athene Giesen, Wolf U. Blanckenhorn, Martin A. Schäfer, Kentaro K. Shimizu, Rie Shimizu-Inatsugi, Bernhard Misof, Lars Podsiadlowski, Oliver Niehuis, Heidi E. L. Lischer, Simon Aeschbacher …

Evolutionary Biology 2023年12月
Dominance in self-compatibility between subgenomes of allopolyploid Arabidopsis kamchatica shown by transgenic restoration of self-incompatibility

Chow-Lih Yew, Takashi Tsuchimatsu, Rie Shimizu Inatsugi, Shinsuke Yasuda, Masaomi Hatakeyama, Hiroyuki Kakui, Takuma Ohta, Keita Suwabe, Masao Watanabe, Seiji Takayama …

Nature Communications 14 7618 2023年11月29日
Bridging the gap: returning genetic results to indigenous communities in Latin America

Epifanía Arango-Isaza, María José Aninao, Roberto Campbell, Felipe I. Martínez, Kentaro K. Shimizu, Chiara Barbieri

Frontiers in Genetics 2023年11月28日
UV RESISTANCE LOCUS 8–Mediated UV-B Response Is Required Alongside CRYPTOCHROME 1 for Plant Survival in Sunlight under Field Conditions

Reinhold Stockenhuber, Reiko Akiyama, Nicolas Tissot, Stefan Milosavljevic, Misako Yamazaki, Michele Wyler, Adriana B Arongaus, Roman Podolec, Yasuhiro Sato, Alex Widmer …

Plant And Cell Physiology 2023年9月27日
Seasonal pigment fluctuation in diploid and polyploid Arabidopsis revealed by machine learning-based phenotyping method PlantServation

Reiko Akiyama, Takao Goto, Toshiaki Tameshige, Jiro Sugisaka, Ken Kuroki, Jianqiang Sun, Junichi Akita, Masaomi Hatakeyama, Hiroshi Kudoh, Tanaka Kenta …

Nature Communications 14(1) 2023年9月22日
A low-coverage 3' RNA-seq to detect homeolog expression in polyploid wheat.

Jianqiang Sun, Moeko Okada, Toshiaki Tameshige, Rie Shimizu-Inatsugi, Reiko Akiyama, Atsushi J Nagano, Jun Sese, Kentaro K Shimizu

NAR genomics and bioinformatics 5(3) lqad067 2023年9月
Genome-wide association study of aphid abundance highlights a locus affecting plant growth and flowering in Arabidopsis thaliana

Chongmeng Xu, Yasuhiro Sato, Misako Yamazaki, Marcel Brasser, Matthew A. Barbour, Jordi Bascompte, Kentaro K. Shimizu

Royal Society Open Science 10(8) 2023年8月23日
The genetic history of the Southern Andes from present-day Mapuche ancestry.

Epifanía Arango-Isaza, Marco Rosario Capodiferro, María José Aninao, Hiba Babiker, Simon Aeschbacher, Alessandro Achilli, Cosimo Posth, Roberto Campbell, Felipe I Martínez, Paul Heggarty …

Current biology : CB 33(13) 2602-2615 2023年7月10日
Comprehensive computational analysis of the SRK–SP11 molecular interaction underlying self-incompatibility in Brassicaceae using improved structure prediction for cysteine-rich proteins

Tomoki Sawa, Yoshitaka Moriwaki, Hanting Jiang, Kohji Murase, Seiji Takayama, Kentaro Shimizu, Tohru Terada

bioRxiv 2023年6月21日
Genome-wide neighbor effects predict genotype pairs that reduce herbivory in mixed planting

Yasuhiro Sato, Rie Shimizu-Inatsugi, Kazuya Takeda, Bernhard Schmid, Atsushi J. Nagano, Kentaro K. Shimizu

2023年5月22日
An improved genome assembly of the saguaro cactus (Carnegiea gigantea(Engelm.) Britton & Rose)

Dario Copetti, Alberto Búrquez, Kentaro K. Shimizu, Rod A. Wing, Michael J. Sanderson, Martin F. Wojciechowski

2023年4月11日
Detecting frequency-dependent selection through the effects of genotype similarity on fitness components.

Yasuhiro Sato, Yuma Takahashi, Chongmeng Xu, Kentaro K Shimizu

Evolution; international journal of organic evolution 77(4) 1145-1157 2023年4月1日
Utility of commercial high‐resolution satellite imagery for monitoring general flowering in Sarawak, Borneo

Tomoaki Miura, Yuji Tokumoto, Nagai Shin, Kentaro K. Shimizu, Runi Anak Sylvester Pungga, Tomoaki Ichie

Ecological Research 2023年2月8日
Targeted single-cell gene induction by optimizing the dually regulated CRE/loxP system by a newly defined heat-shock promoter and the steroid hormone in Arabidopsis thaliana.

Takumi Tomoi, Toshiaki Tameshige, Eriko Betsuyaku, Saki Hamada, Joe Sakamoto, Naoyuki Uchida, Keiko U Torii, Kentaro K Shimizu, Yosuke Tamada, Hiroko Urawa …

Frontiers in plant science 14 1171531-1171531 2023年
Global genomic analyses of wheat powdery mildew reveal association of pathogen spread with historical human migration and trade

Alexandros G. Sotiropoulos, Epifanía Arango-Isaza, Tomohiro Ban, Chiara Barbieri, Salim Bourras, Christina Cowger, Paweł C. Czembor, Roi Ben-David, Amos Dinoor, Simon R. Ellwood …

Nature Communications 13(1) 2022年12月
A global analysis of matches and mismatches between human genetic and linguistic histories

Chiara Barbieri, Damián Blasi, Epifanía Arango-Isaza, Alexandros Georgios Sotiropoulos, Harald Hammarström, Søren Wichmann, Simon J Greenhill, Russell D Gray, Robert Forkel, Balthasar Bickel …

Proceedings of the National Academy of Sciences 119(47) 2022年11月22日査読有り最終著者
Genome-wide association study highlights escape from aphids by delayed growth inArabidopsis thaliana

Chongmeng Xu, Yasuhiro Sato, Misako Yamazaki, Marcel Brasser, Matthew A. Barbour, Jordi Bascompte, Kentaro K. Shimizu

2022年11月14日
Polyploidy before and after domestication of crop species

Takashi Akagi, Katharina Jung, Kanae Masuda, Kentaro K. Shimizu

Current Opinion in Plant Biology 69 102255-102255 2022年10月査読有り招待有り最終著者責任著者
Robustness and the generalist niche of polyploid species: Genome shock or gradual evolution?

Kentaro K Shimizu

Current opinion in plant biology 69 102292-102292 2022年9月2日査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者

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MISC

103

Pairing homoeologous 2次失変異体を利用したパンコムギへの異種染色体断片導入

田渕雅啓, 岡田萌子, 岡田萌子, 岡田萌子, 道川麻美, 井上喜博, 西村和紗, 水野信之, 清水健太郎, 清水健太郎 …

育種学研究 25 2023年
東南アジアのフェノロジーの理解に向けたmulti-speciesトランスクリプトーム解析

徳本雄史, 徳本雄史, 徳本雄史, 永井信, 久米朋宣, 清水健太郎, 清水健太郎

日本生態学会大会講演要旨(Web) 69th 2022年
花粉数を制御する遺伝子の発見

角井宏行, 土松隆志, 山崎美紗子, 清水健太郎, 清水健太郎

バイオサイエンスとインダストリー 79(1) 2021年
パンコムギ農林61号のde novoゲノム解読と国際コムギ10ゲノムプロジェクト

清水健太郎, 清水健太郎, 半田裕一, 半田裕一, 那須田周平, 瀬々潤, 瀬々潤, 川浦香奈子, 辻寛之, 爲重才覚 …

育種学研究 22 2020年
国際コムギ10+ゲノムプロジェクト品種におけるalpha-グリアジン遺伝子座Gli-2の構造解析

半田裕一, 半田裕一, 清水健太郎, 清水健太郎, GWYNETH Halstead-Nussloch, 田中剛, TIMOTHY Paape, DARIO Copetti, 小林史典, 畠山剛臣 …

育種学研究 22 2020年
ハワイフトモモの葉形質多型における遺伝的基盤の解明

伊津野彩子, 小野田雄介, 甘田岳, 井鷺裕司, 清水健太郎

日本森林学会大会学術講演集 130th 212 2019年3月20日
著しい形質多型で広域ニッチを優占するハワイフトモモの全ゲノム解析

伊津野彩子, 小野田雄介, 甘田岳, 小林慧人, 向井麻那, 井鷺裕司, STACY Elizabeth A, SAKISHIMA Tomoko, 清水健太郎

日本生態学会大会講演要旨(Web) 66th ROMBUNNO.S12‐4 (WEB ONLY) 2019年2月9日
植物個体間の相互作用を考慮した虫害の全ゲノム関連解析

佐藤安弘, 佐藤安弘, 清水(稲継)理恵, 山崎美紗子, 清水健太郎, 永野惇

日本生態学会大会講演要旨(Web) 66th 2019年
言語や音楽の進化は集団史を反映しているか?

松前ひろみ, SAVAGE Patrick E, BICKEL Balthasar, CURRIE Thomas E, RANACHER Peter, BLASI Damien, 佐藤丈寛, 田嶋敦, STONEKING Mark, 清水健太郎 …

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 90th 120 2018年8月27日
Field transcriptome reveals natural variation in constitutive and inducible responses to insect herbivory on Arabidopsis thaliana

SATO Yasuhiro, SATO Yasuhiro, TEZUKA Ayumi, KASHIMA Makoto, DEGUCHI Ayumi, SHIMIZU‐INATSUGI Rie, YAMAZAKI Misako, SHIMIZU Kentaro K, NAGANO Atsushi J

日本植物生理学会年会(Web) 59th ROMBUNNO.P.393 2018年
異質倍数体植物の水環境応答における遺伝子発現と表現型解析

水田あい, 三宅恵子, 秋山玲子, 清水(稲継)理恵, 清水健太郎, 東山哲也, 金岡雅浩

日本植物学会大会研究発表記録 81st 206 2017年9月1日
自己花粉を認識するリガンド・レセプター遺伝子セットの重複が非自己花粉の拒絶を引き起こす

高田美信, 鈴木剛, 中西ほのか, 村瀬浩司, 村瀬浩司, 浅野(下里)裕子, 佐藤陽洋, 諏訪部圭太, LIM Yong Pyo, 清水健太郎 …

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 89th 125 2017年8月28日
Brassica rapaの種内一側性不和合性を制御するSUI1‐PUI1遺伝子

高田美信, 鈴木剛, 村瀬浩司, 村瀬浩司, 浅野(下里)裕子, 佐藤陽洋, 中西ほのか, 諏訪部圭太, LIM Yong Pyo, 清水健太郎 …

日本植物細胞分子生物学会大会・シンポジウム講演要旨集 35th 102 2017年8月20日
Macaranga bancana(トウダイグサ科)における不規則な開花とその要因

山崎絵理, BRISKINE Roman, 久米朋宜, 永井信, DIWAY Bibian, 清水健太郎

日本生態学会大会講演要旨(Web) 64th ROMBUNNO.H02‐01 (WEB ONLY) 2017年
Quantifying the variability of insect communities among Arabidopsis thaliana genotypes: tests for the effects of trichomes and glucosinolates

SATO Yasuhiro, SHIMIZU‐INATSUGI Rie, YAMAZAKI Misako, SHIMIZU Kentaro K, NAGANO Atsushi J

日本生態学会大会講演要旨(Web) 64th ROMBUNNO.P2‐I‐275 (WEB ONLY) 2017年
ハワイフトモモにおける種内ニッチ多様化のゲノム解析

伊津野彩子, 北山兼弘, 小野田雄介, 辻井悠希, 永野惇, 本庄三恵, 畠山雅臣, 清水(稲継)理恵, 工藤洋, 清水健太郎 …

日本生態学会大会講演要旨(Web) 64th ROMBUNNO.S10‐6 (WEB ONLY) 2017年
コムギのフロリゲン遺伝子全同定と合成コムギにおける発現解析

三橋明奈, 宅見薫雄, 辻寛之, 清水健太郎, 清水健太郎, 辻本壽, 坂智広

育種学研究 18 206 2016年9月24日
ゲノムワイド関連解析から探るシロイヌナズナにおける花粉数の進化

土松隆志, 土松隆志, 土松隆志, 角井宏行, 山崎美紗子, 金岡雅浩, GROSSNIKLAUS Ueli, HEDHLY Afif, MARONA Cindy, MENG Dazhe …

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 88th 98 2016年8月22日
Application of gene expression analyses to studies of general flowering

Kobayashi Masaki J, Takeuchi, Yayoi, Tanak Kenta, Kume Tomonori, Diway Bibian, Shimizu Kentaro K

Proceedings of the symposium "Frontier in tropical forest research: progress in joint projects between the Forest Department Sarawak and the Japan Research Consortium for Tropical Forests in Sarawak" 2016 46-51 2016年6月査読有り
GWASから量的形質の進化を探る:シロイヌナズナの生殖形質を例に

土松隆志, 土松隆志, 土松隆志, 角井宏行, 山崎美紗子, MARONA Cindy, MENG Dazhe, 筒井大貴, 金岡雅浩, STADLER Thomas …

日本応用動物昆虫学会大会講演要旨 60th 248 2016年3月10日

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書籍等出版物

植物の進化―基本概念からモデル生物を活用した比較・進化ゲノム学まで (細胞工学別冊―植物細胞工学シリーズ)

清水健太郎, 長谷部光泰 (担当:共著)

秀潤社 2007年3月 (ISBN: 4879623539)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

植物の挑戦的な繁殖適応戦略を駆動する両性花とその可塑性を支えるゲノム動態

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

赤木剛士, 藤井壮太, 木下哲, 伊藤寿朗, 榊原恵子, 奥田哲弘, 清水健太郎, 井澤毅, 白澤健太, 渡辺正夫, 内田誠一, 越阪部晃永, 草野修平, 遠藤真咲, 小田原瑛美子, 櫻庭俊
受粉時における自殖性と他殖性の質的・量的バランスを制御する分子機構と選択圧

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

清水健太郎, 渡辺正夫, 孫建強
パンコムギの品種間シス制御の違いを利用した新規対立遺伝子の単離

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

清水健太郎
ゲノム科学と考古学の統合による東アジアのムギ類の伝播と高地適応の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2021年9月 - 2023年3月

清水健太郎
ハイブリッド新種ゲノムが有するオミクス適応能の包括的な解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年6月 - 2021年3月

瀬々潤, 清水健太郎, 孫建強
季節性のない熱帯雨林での時系列トランスクリプトームによる環境認識・記憶の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年4月 - 2020年3月

清水健太郎
植物の有性生殖における雌雄ゲノム相互作用の全ゲノム関連解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2017年3月

高山誠司, 和田七夕子, 藤井壮太, 村瀬浩司, 土松隆志, 清水健太郎
植物自家不和合性の分子基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業学術創成研究費 2004年 - 2008年

磯貝彰, 柴博史, 岩野恵, 円谷徹之, 渡辺正夫, 蔡晃植, 高山誠司, 清水健太郎

清水健太郎

基本情報

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学歴

受賞

論文

MISC

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