西山真 (Makoto Nishiyama) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学大学院　農学生命科学研究科附属アグロバイオテクノロジー研究センター　細胞機能工学研究部門教授

学位: 博士(農学)(東京大学)

J-GLOBAL ID: 200901005100638096
researchmap会員ID: 1000012999

外部リンク: http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/cbt/

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

受賞

1993年

農芸化学奨励賞（社団法人日本農芸化学会）

論文

240

Discovery of type II polyketide synthase-like enzymes for the biosynthesis of cispentacin

Genki Hibi, Taro Shiraishi, Tatsuki Umemura, Kenji Nemoto, Yusuke Ogura, Makoto Nishiyama, Tomohisa Kuzuyama

Nature Communications 14(1) 2023年12月6日
Substrate Recognition Mechanism of a Trichostatin A-Forming Hydroxyamidotransferase

Ryuhei Nagata, Makoto Nishiyama, Tomohisa Kuzuyama

Biochemistry 2023年5月11日
A bacterial sulfoglycosidase highlights mucin O-glycan breakdown in the gut ecosystem.

Toshihiko Katoh, Chihaya Yamada, Michael D Wallace, Ayako Yoshida, Aina Gotoh, Moe Arai, Takako Maeshibu, Toma Kashima, Arno Hagenbeek, Miriam N Ojima …

Nature chemical biology 2023年3月2日
Mechanisms of Sugar Aminotransferase-like Enzymes to Synthesize Stereoisomers of Non-proteinogenic Amino Acids in Natural Product Biosynthesis

Sumire Kurosawa, Hironori Okamura, Ayako Yoshida, Takeo Tomita, Yusuke Sone, Fumihito Hasebe, Tetsuro Shinada, Hirosato Takikawa, Saori Kosono, Makoto Nishiyama

ACS Chemical Biology 2023年1月20日査読有り
Protein-protein interaction-mediated regulation of lysine biosynthesis of <i>Thermus thermophilus</i> through the function-unknown protein LysV

Yutaro Morita, Ayako Yoshida, Siyan Ye, Takeo Tomita, Minoru Yoshida, Saori Kosono, Makoto Nishiyama

The Journal of General and Applied Microbiology 2023年
Complete Biosynthetic Pathway of the Phosphonate Phosphonothrixin: Two Distinct Thiamine Diphosphate-Dependent Enzymes Divide the Work to Form a C–C Bond

Yuxun Zhu, Taro Shiraishi, Jianwen Lin, Keito Inaba, Atsuro Ito, Yusuke Ogura, Makoto Nishiyama, Tomohisa Kuzuyama

Journal of the American Chemical Society 144(37) 16715-16719 2022年9月21日
Molecular Basis for Enzymatic Aziridine Formation via Sulfate Elimination

Sumire Kurosawa, Fumihito Hasebe, Hironori Okamura, Ayako Yoshida, Kenichi Matsuda, Yusuke Sone, Takeo Tomita, Tetsuro Shinada, Hirosato Takikawa, Tomohisa Kuzuyama …

Journal of the American Chemical Society 2022年8月23日
A Natural Dihydropyridazinone Scaffold Generated from a Unique Substrate for a Hydrazine-Forming Enzyme

Kenichi Matsuda, Kuga Arima, Satoko Akiyama, Yuito Yamada, Yo Abe, Hikaru Suenaga, Junko Hashimoto, Kazuo Shin-ya, Makoto Nishiyama, Toshiyuki Wakimoto

Journal of the American Chemical Society 2022年6月30日
Immune gene activation by NPR and TGA transcriptional regulators in the model monocot Brachypodium distachyon.

Kohei Shimizu, Hitomi Suzuki, Takuya Uemura, Akira Nozawa, Yoshitake Desaki, Ryosuke Hoshino, Ayako Yoshida, Hiroshi Abe, Makoto Nishiyama, Chiharu Nishiyama …

The Plant journal : for cell and molecular biology 110(2) 470-481 2022年4月
Cryptic Oxidative Transamination of Hydroxynaphthoquinone in Natural Product Biosynthesis.

Tomohiro Noguchi, Shota Isogai, Tohru Terada, Makoto Nishiyama, Tomohisa Kuzuyama

Journal of the American Chemical Society 144(12) 5435-5440 2022年3月30日
Structural Basis for the Prenylation Reaction of Carbazole‐Containing Natural Products Catalyzed by Squalene Synthase‐like Enzymes

Ryuhei Nagata, Hironori Suemune, Masaya Kobayashi, Tetsuro Shinada, Kazuo Shin-ya, Makoto Nishiyama, Tomoya Hino, Yusuke Sato, Tomohisa Kuzuyama, Shingo Nagano

Angewandte Chemie International Edition 2022年3月2日
A novel oxazole-containing tetraene compound, JBIR-159, produced by heterologous expression of the cryptic trans-AT type polyketide synthase biosynthetic gene cluster.

Takuya Hashimoto, Junko Hashimoto, Noritaka Kagaya, Takehiro Nishimura, Hikaru Suenaga, Makoto Nishiyama, Tomohisa Kuzuyama, Kazuo Shin-Ya

The Journal of antibiotics 74(5) 354-358 2021年5月
Involvement of subdomain II in the recognition of acetyl-CoA revealed by the crystal structure of homocitrate synthase from Sulfolobus acidocaldarius.

Tomohiro Suzuki, Takeo Tomita, Kenta Hirayama, Michio Suzuki, Tomohisa Kuzuyama, Makoto Nishiyama

The FEBS journal 288(6) 1975-1988 2021年3月
Reconstitution of a Highly Reducing Type II PKS System Reveals 6π-Electrocyclization Is Required for o-Dialkylbenzene Biosynthesis.

Jie Zhang, Satoshi Yuzawa, Wei Li Thong, Tetsuro Shinada, Makoto Nishiyama, Tomohisa Kuzuyama

Journal of the American Chemical Society 143(7) 2962-2969 2021年2月24日
Characterization of lysine acetylation in the peripheral subunit-binding domain of the E2 subunit of the pyruvate dehydrogenase-2-oxoglutarate dehydrogenase hybrid complex from Corynebacterium glutamicum

Ayano Komine-Abe, Naoko Kondo, Shosei Kubo, Hisashi Kawasaki, Makoto Nishiyama, Saori Kosono

Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 85(4) 874-881 2020年12月22日
In vitro reconstitution and characterization of pyruvate dehydrogenase and 2‐oxoglutarate dehydrogenase hybrid complex from Corynebacterium glutamicum

Hirokazu Kinugawa, Naoko Kondo, Ayano Komine‐Abe, Takeo Tomita, Makoto Nishiyama, Saori Kosono

MicrobiologyOpen 9(10) 2020年8月30日
Guanidyl modification of the 1-azabicyclo[3.1.0]hexane ring in ficellomycin essential for its biological activity.

Sumire Kurosawa, Kenichi Matsuda, Fumihito Hasebe, Taro Shiraishi, Kazuo Shin-Ya, Tomohisa Kuzuyama, Makoto Nishiyama

Organic & biomolecular chemistry 18(27) 5137-5144 2020年7月15日査読有り
Soy and Arabidopsis receptor-like kinases respond to polysaccharide signals from Spodoptera species and mediate herbivore resistance.

Takuya Uemura, Masakazu Hachisu, Yoshitake Desaki, Ayaka Ito, Ryosuke Hoshino, Yuka Sano, Akira Nozawa, Kadis Mujiono, Ivan Galis, Ayako Yoshida …

Communications biology 3(1) 224-224 2020年5月8日
A suicide enzyme catalyzes multiple reactions for biotin biosynthesis in cyanobacteria.

Kei Sakaki, Keita Ohishi, Tetsu Shimizu, Ikki Kobayashi, Naoki Mori, Kenichi Matsuda, Takeo Tomita, Hidenori Watanabe, Kan Tanaka, Tomohisa Kuzuyama …

Nature chemical biology 16(4) 415-422 2020年2月10日査読有り
An Unusual Skeletal Rearrangement in the Biosynthesis of the Sesquiterpene Trichobrasilenol from Trichoderma

Keiichi Murai, Lukas Lauterbach, Kazuya Teramoto, Zhiyang Quan, Lena Barra, Tsuyoshi Yamamoto, Kenichi Nonaka, Kazuro Shiomi, Makoto Nishiyama, Tomohisa Kuzuyama …

Angewandte Chemie - International Edition 58(42) 15046-15050 2019年10月14日

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MISC

アミノ基キャリアタンパク質を介して生合成される新規天然物の探索と特異なN–N結合形成機構の発見

松田研一, 西山真

生化学 92(1) 130-135 2020年2月5日
シアノバクテリアのビオチン生合成経路に見出された新規脱水素酵素の機能と構造に関する研究

榊渓, 大石恵太, 清水哲, 小林一幾, 富田武郎, 富田武郎, 田中寛, 葛山智久, 葛山智久, 西山真 …

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2019 2019年
Trichoderma属糸状菌由来Brasilane型セスキテルペン合成酵素の機能解析

寺本和矢, 野中健一, 塩見和朗, 西山真, 葛山智久

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2018 2018年
Trichoderma属糸状菌由来テルペン合成酵素の探索と機能解析

寺本和矢, 石神健, 野中健一, 塩見和朗, 西山真, 葛山智久

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2017 2017年
放線菌におけるアミノ基キャリアタンパク質を介して生合成される新規天然化合物の探索・発見とその特異なN-N結合の形成機構に関する研究

松田研一, 松田研一, 富田武郎, 志波優, 兼崎友, 吉川博文, 新家一男, 脇本敏幸, 葛山智久, 西山真

天然有機化合物討論会講演要旨集(Web) 59th 2017年
放線菌由来新奇テルペン環化酵素の結晶構造解析

小林正弥, 尾崎太郎, 富田武郎, 西山真, 葛山智久

日本放線菌学会大会講演要旨集 31st 2016年
Trichoderma属糸状菌由来モノテルペン合成酵素の探索と機能解析

寺本和矢, 石神健, 野中健一, 塩見和朗, 西山真, 葛山智久

イソプレノイド研究会例会講演要旨集 26th 2016年
[4+2]環化付加反応によるスピロテトロン酸形成を伴うポリケタイド大環状化機構の解明

橋本拓哉, 新家一男, 広川貴次, 池田治生, 西山真, 葛山智久

天然有機化合物討論会講演要旨集(Web) 57th 2015年
新奇[4+2]環化付加反応触媒酵素によるスピロテトロン酸化合物の大環状化機構の解明

橋本拓哉, 新家一男, 広川貴次, 池田治生, 西山真, 葛山智久

日本放線菌学会大会講演要旨集 30th 2015年
アリル基質同士の縮合と環化反応を触媒する新奇テルペン合成酵素の発見

小林正弥, 尾崎太郎, 趙平, 富田武郎, 苅田祐馬, 保野陽子, 西村栄治, 品田哲郎, 西山真, 葛山智久

イソプレノイド研究会例会講演要旨集 25th 2015年
放線菌由来プレニルカルバゾール類縁体生合成遺伝子の同定

小林正弥, 尾崎太郎, 新家一男, 西山真, 葛山智人

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 8th 2014年
放線菌の生産するプレニルインドールアルカロイドの生合成

小林正弥, 尾崎太郎, 新家一男, 西山真, 葛山智久

日本放線菌学会大会講演要旨集 29th 2014年
放線菌の生産するプレニルカルバゾール類縁体の生合成研究

小林正弥, 尾崎太郎, 新家一男, 西山真, 葛山智久

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2014 2014年
ロドコッカス属由来抗生物質aurachin REの生合成遺伝子解析

北川航, 尾崎太郎, 安武義晃, 西山真, 葛山智久, 田村具博

日本放線菌学会大会講演要旨集 28th 2013年
ラバンドシアニン生合成における新奇プレニルジリン酸合成酵素の同定と機能解析

尾崎太郎, ZHAO Ping, 葛山智久, 西山真

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2013 2013年
放線菌の生産するプレニルカルバゾール類縁体の生合成研究

小林正弥, 尾崎太郎, 新家一男, 西山真, 葛山智久

日本農芸化学会関東支部講演要旨集 2013(Nov) 2013年
放線菌の生産するプレニルカルバゾール類縁体の生合成研究

小林正弥, 尾崎太郎, 新家一男, 西山真, 葛山智久

イソプレノイド研究会例会講演要旨集 23rd 2013年
Mucorpepsin

Teruhiko Beppu, Makoto Nishiyama

Handbook of Proteolytic Enzymes 1 154-156 2013年
Lavanducyanin生合成におけるN-プレニル化酵素の同定

尾崎太郎, 葛山智久, 西山真

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2012 2012年
Regulatory mechanisms of novel lysine biosynthesis in thermophile

Makoto Nishiyama

Seikagaku 84(4) 265-271 2012年

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書籍等出版物

Design of hydrophobic core of ┣DBE. coli(/)-┫DB malate dehydrogenase based on the side-chain packing

Pacific symposium on biocomputing '97 1997年
Site-directed mutagenesis revealed role of subsite residues of ┣DBMucor(/)-┫DB ┣DBpusillus(/)-┫DB popsin in catahytic function

Asportic Proteinases: Structure, Function, Biology, and Biomedical Implications.(K. Takahashi ed.) Plenum Press, N.Y. 1995年
Tyrosine 75 on the flap contributes to enhance catalytic efficiency of a fungal aspartic proteinase, ┣DBMucor(/)-┫DB ┣DBpusillus(/)-┫DB pepsin

Aspartic Proteinases: Structure, Function, Biology, and Biomedical Implications (K.Takahashi ed.))Plenum-Press N.Y. 1995年
A yeast expression system and site-directed mutagenesis of a fungal aspartic proreinage, ┣DBMucor(/)-┫DB rennin

Structure and Functon of the Aspartic Proteinases(B. M. Dunn, ed. )Plenum Press, New York 1991年

講演・口頭発表等

シクロラバンデュリル二リン酸合成酵素の結晶構造解析

小林正弥, 富田武郎, 品田哲郎, 西山真, 葛山智久

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2017年3月5日
シクロラバンデュリル2リン酸合成酵素の結晶構造解析

小林正弥, 富田武郎, 品田哲郎, 西山真, 葛山智久

イソプレノイド研究会例会講演要旨集 2016年9月20日
放線菌由来ジテルペン環化酵素CotB2が触媒する精巧な環化反応機構の解明

寺本和矢, 目黒亜由子, 本吉祐大, 佐藤玄, 佐藤玄, 増本優衣, 増本優衣, 手塚則亨, 手塚則亨, 坂井健太, 上田翔太, 遠塚悠輔, 安藤祐美, 富田武郎, KIM Seung‐Young, 木村智之, 五十嵐雅之, 澤竜一, 品田哲郎, WANG Chao, WANG Chao, 内山真伸, 内山真伸, 西山真, 葛山智久

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2016年3月5日
Corynebacterium glutamicum由来ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ(PEPC)のアセチル化制御はグルタミン酸生産に重要である

永野愛, 永野愛, 山田鮎果, 水野裕太, 菊地正樹, 白水美香子, 梅原崇史, 梅原崇史, 吉田彩子, 吉田稔, 西山真, 古園さおり, 古園さおり

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2016年3月5日
放線菌由来ジテルペン環化酵素CotB2の特異な環化反応機構の解明

寺本和矢, 目黒亜由子, 本吉祐大, 上田翔太, 遠塚悠輔, 安藤祐美, 坂井健太, 富田武郎, 金承榮, 木村智之, 五十嵐雅之, 澤竜一, 品田哲郎, 西山真, 葛山智久

イソプレノイド研究会例会講演要旨集 2015年9月14日
アリル基質同士の縮合と環化反応を触媒する新奇テルペン合成酵素の発見

小林正弥, 尾崎太郎, 趙平, 富田武郎, 苅田祐馬, 保野陽子, 西村栄治, 品田哲郎, 西山真, 葛山智久

イソプレノイド研究会例会講演要旨集 2015年9月14日
Screening of secondary metabolites biosynthesized with novel amino acid carrier protein system

Kenichi Matsuda, Fumihito Hasebe, Takeo Tomita, Yu Shiwa, Hirofumi Yoshikawa, Kazuo Shin-ya, Tomohisa Kuzuyama, Makoto Nishiyama

FASEB JOURNAL 2014年4月 FEDERATION AMER SOC EXP BIOL
The first reaction intermediate complex of glutamate dehydrogenase from Corynebacterium gutamicum

Takeo Tomita, Makoto Nishiyama

FASEB JOURNAL 2014年4月 FEDERATION AMER SOC EXP BIOL
ロドコッカス属由来抗生物質aurachin REの生合成遺伝子解析

北川航, 尾崎太郎, 安武義晃, 西山真, 葛山智久, 田村具博

日本放線菌学会大会講演要旨集 2013年9月日本放線菌学会
高度好熱菌Thermus thermophilusのグルタミン酸脱水素酵素(GDH)のロイシンによる活性調節機構の解析

富田武郎, 宮崎高志, 宮崎淳一, 葛山智久, 西山真

日本農芸化学会大会講演要旨集 2009年3月5日
Role of Sp1 in transcription of human ATP2A2 gene in keratinocytes

A. Takagi, C. Nishiyama, H. Kawada, K. Maeda, T. Tokura, Y. Niwa, N. Nakano, N. Mayuzumi, M. Nishiyama, K. Okumura, S. Ikeda, H. Ogawa

JOURNAL OF INVESTIGATIVE DERMATOLOGY 2007年4月 NATURE PUBLISHING GROUP
Mast cells acquire monocyte-specific gene expression and monocyte-like morphology by overproduction of PU.1

T Ito, C Nisiyama, M Nishiyama, H Matsuda, K Maeda, Y Akizawa, R Tsuboi, K Okumura, H Ogawa

JOURNAL OF INVESTIGATIVE DERMATOLOGY 2005年4月 BLACKWELL PUBLISHING INC
ANALYSIS OF THE REDOX POTENTIAL OF THE P80A MUTANT OF PSEUDOAZURIN

ET ADMAN, C PETERSLIBEU, S TURLEY, T BEPPU, M NISHIYAMA

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 1993年3月 AMER CHEMICAL SOC

所属学協会

Works(作品等)

アスパラギン的プロテアーゼの構造と機能

1994年 - 2000年
耐熱性酵素の蛋白工学的研究

1994年 - 2000年
Structure and function of aspaitic proteineses

1994年 - 2000年
Protein engineering of thermostable enzymes

1994年 - 2000年

共同研究・競争的資金等の研究課題

放線菌の二次代謝産物の生合成における新機能酵素の探索とその分子機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2022年4月 - 2025年3月

西山真, 吉田彩子
Studies on enzymes creating natural product diversity

2010年 - 2020年
リジン及び関連代謝酵素群の構造・機能と分子進化機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2017年4月 - 2018年3月

西山真, 富田武郎
アミノ基キャリアタンパク質を介する生合成機構の解明と二次代謝産物構造多様性の拡張

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(S) 2017年

西山真
高度好熱菌のタンパク質アシル化修飾による代謝制御機構に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2014年4月 - 2016年3月

吉田彩子, 古園さおり, 西山真
アミノ基修飾型キャリアタンパク質を介した物質変換機構の解明と応用展開

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(S) 2012年 - 2016年

西山真
リジン生合成および関連一次代謝系酵素群の機能および分子進化の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2012年 - 2012年

西山真, 富田武郎
リジン生合成およびその制御機構の解明に向けた構造生物学的研究

日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(B) 2009年 - 2011年

西山真
Structure and function of transcription factors

2000年 - 2010年
Regulation and evolution of amino acid biosynthesis

Grant-in-Aid for Scientific Research 1999年 - 2010年
新規リジン生合成酵素群の構造機能相関と分子進化解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2004年 - 2006年

西山真
Thermus属細菌の新規リジン生合成と活性調節メカニズムの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2001年 - 2002年

西山真
イネ培養細胞におけるジャスモン酸の情報伝達機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2000年 - 2002年

山根久和, 西山真
ダイオキシンなどの難分解性化合物のバイオレメディエーション

日本学術振興会科学研究費助成事業地域連携推進研究費 1999年 - 2001年

大森俊雄, 野尻秀昭, 西山真, 山根久和
Thermus属細菌のアスパラギン酸キナーゼの活性調節機構とリジン生合成系の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 1999年 - 2000年

西山真
NMRおよびX線結晶構造解析併用による平滑筋ミオシンの構造機能連関の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 1997年 - 1999年

田之倉優, 佐々木宏, 西山真
銅蛋白質が関与する亜硝酸還元系における電子伝達機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 1997年 - 1998年

西山真
耐熱性リンゴ酸脱水素酵素のドメインの折れたたみ機構に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業重点領域研究 1997年 - 1997年

西山真
精密な立体構造に基づく2つの銅蛋白質の相互作用様式の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 1996年 - 1996年

西山真
ドメインに分断されたリンゴ酸脱水素酵素を用いた折れたたみ機構に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業重点領域研究 1996年 - 1996年

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学歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

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