永田裕二 (Yuji Nagata) - マイポータル

基本情報

所属: 東北大学大学院生命科学研究科分子化学生物学専攻微生物遺伝進化分野教授

学位: 博士（農学）(1995年9月東京大学)

J-GLOBAL ID: 200901011646491193
researchmap会員ID: 1000013029

外部リンク: http://www.lifesci.tohoku.ac.jp/biideshin/index.html

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 応用生物化学 /

受賞

2015年2月

Siemens Innovation Prize 2014 in Czech Republic, Biotechnologies using dehalogenases, Siemens

Zbynek Prokop, Yuji Nagata
2004年10月

東北大学大学院生命科学研究科内研究奨励賞, 環境汚染物質分解に関わる脱ハロゲン酵素遺伝子の自然生態系からの直接的取得と解析, 東北大学大学院生命科学研究科
2003年5月

インテリジェント・コスモス奨励賞, 細菌由来の有機塩素系環境汚染物質分解酵素の蛋白質工学的及び分子生態学的研究, インテリジェント・コスモス学術振興財団
2000年4月

農芸化学奨励賞, 環境を汚染する有機塩素系農薬gamma-HCHの微生物代謝系の解明, 日本農芸化学会

論文

152

Three distinct metabolic phases of PCB/biphenyl degrader Acidovorax sp. KKS102 in nutrient broth.

Keiichiro Sakai, Kouhei Kishida, Satoshi Matsumoto, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Yoshiyuki Ohtsubo

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 2024年1月8日
Degradation of DDT by γ-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA.

Kafayat Olaide Yusuf Habibullah, Ren Ito, Leonardo Stari, Kouhei Kishida, Yoshiyuki Ohtsubo, Eiji Masai, Masao Fukuda, Keisuke Miyauchi, Yuji Nagata

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 88(1) 123-130 2023年12月19日
Reconstruction of a Soil Microbial Network Induced by Stress Temperature

Dailin Yang, Hiromi Kato, Kazutaka Kawatsu, Yutaka Osada, Toyohiro Azuma, Yuji Nagata, Michio Kondoh

Microbiology Spectrum 10(5) 2022年10月26日
従属栄養細菌の極貧栄養環境での CO 2 依存的な増殖現象

永田裕二, 加藤広海, 大坪嘉行

環境バイオテクノロジー学会誌 22(1) 9-13 2022年6月査読有り招待有り筆頭著者責任著者
Algorisms used for in silico finishing of bacterial genomes based on short-read assemblage implemented in GenoFinisher, AceFileViewer, and ShortReadManager

Yoshiyuki Ohtsubo, Yuu Hirose, Yuji Nagata

Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 86(6) 693-703 2022年4月14日査読有り招待有り
Genome evolution related to γ-hexachlorocyclohexane metabolic function in the soil microbial population

Hiromi Kato, Lijun Su, Ayami Tanaka, Honami Katsu, Yoshiyuki Ohtsubo, Shigeto Otsuka, Keishi Senoo, Yuji Nagata

Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry 2022年3月17日査読有り最終著者責任著者
Microbial communities developing within bulk sediments under fish carcasses on a tidal flat

Yasutake Kawamoto, Hiromi Kato, Yuji Nagata, Jotaro Urabe

PLOS ONE 16(2) e0247220-e0247220 2021年2月25日査読有り
A transcriptional regulator, IscR, of Burkholderia multivorans acts as both repressor and activator for transcription of iron-sulfur cluster-biosynthetic isc operon.

Shouta Nonoyama, Kouhei Kishida, Keiichiro Sakai, Yuji Nagata, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda

Research in microbiology 171(8) 319-330 2020年12月査読有り
Transcriptome Analysis of Zygotic Induction During Conjugative Transfer of Plasmid RP4

Masatoshi Miyakoshi, Yoshiyuki Ohtsubo, Yuji Nagata, Masataka Tsuda

Frontiers in Microbiology 11 2020年6月18日査読有り
Expression of an alcohol dehydrogenase gene in a heterotrophic bacterium induces carbon dioxide-dependent high-yield growth under oligotrophic conditions.

Shinnosuke Inaba, Hironori Sakai, Hiromi Kato, Takayuki Horiuchi, Hirokazu Yano, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda, Yuji Nagata

Microbiology (Reading, England) 166(6) 531-545 2020年4月20日査読有り
Special Issue: Microbial Degradation of Xenobiotics

Yuji Nagata

Microorganisms 8(4) 487-487 2020年3月30日査読有り招待有り
従属栄養細菌のCO2依存的な極貧栄養環境適応

永田裕二

バイオサイエンスとインダストリー 78 498-500 2020年査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Structural and catalytic effects of surface loop-helix transplantation within haloalkane dehalogenase family.

Martin Marek, Radka Chaloupkova, Tatyana Prudnikova, Yukari Sato, Pavlina Rezacova, Yuji Nagata, Ivana Kuta Smatanova, Jiri Damborsky

Computational and structural biotechnology journal 18 1352-1362 2020年査読有り
Conjugative Transfer of IncP-9 Catabolic Plasmids Requires a Previously Uncharacterized Gene, mpfK, Whose Homologs Are Conserved in Various MPF_T-Type Plasmids.

Kishida K, Nonoyama S, Lukas T, Kawahara S, Kudo K, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M

Applied and environmental microbiology 85(24) 2019年12月査読有り
Lessons from the genomes of lindane-degrading sphingomonads.

Nagata Y, Kato H, Ohtsubo Y, Tsuda M

Environmental microbiology reports 11(5) 630-644 2019年10月査読有り招待有り
Suppression of substrate inhibition in phenanthrene-degrading Mycobacterium by co-cultivation with a non-degrading Burkholderia strain.

Ogawa N, Kato H, Kishida K, Ichihashi E, Ishige T, Yoshikawa H, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M

Microbiology 165(5) 625-637 2019年6月査読有り
Properties and efficient scrap-and-build repairing of mechanically sheared 3' DNA ends.

Ohtsubo Y, Sakai K, Nagata Y, Tsuda M

Communications biology 2 409-409 2019年査読有り
Optimization of single strand DNA incorporation reaction by Moloney murine leukemia virus reverse transcriptase

津田雅孝

DNA Research 25(5) 477-487 2018年10月査読有り
Establishment of plasmid vector and allelic exchange mutagenesis systems in a mycobacterial strain that is able to degrade polycyclic aromatic hydrocarbon.

Kishida K, Ogawa N, Ichihashi E, Kato H, Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 82(7) 1169-1171 2018年7月査読有り
The Small Protein HemP Is a Transcriptional Activator for the Hemin Uptake Operon in Burkholderia multivorans ATCC 17616

Takuya Sato, Shouta Nonoyama, Akane Kimura, Yuji Nagata, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda

APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY 83(16) e00479-17 2017年8月査読有り

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MISC

113

ISのように動く非接合型インテグレーティブ・エレメントの発見

DESMILA Idola, 森宙史, 永田裕二, 野中里佐, 矢野大和

日本進化学会大会プログラム・講演要旨集(Web) 22nd 2020年
微⽣物はなぜ群れを作るのか？平板培地実験進化系を⽤いたBQHの検証

仁平賢, 山本達也, 平野彰大, 野村暢彦, 永田裕二, 矢野大和

日本微生物生態学会第33回大会プログラム集 2019年9月10日
汚染物質分解コンソーシアムにおけるキープレイヤーとオーディエンス

加藤広海, 小川なつみ, 津田雅孝, 永田裕二

環境バイオテクノロジー学会誌 1(1) 15-20 2018年
土壤における細菌叢の形成・定着過程の長期モニタリング

加藤広海, 渡来直生, 森宙史, 永田裕二, 黒川顕, 津田雅孝

環境バイオテクノロジー学会大会プログラム講演要旨集 2016 45 2016年6月13日
土壌微生物のノトバイオロジー

加藤広海, 森宙史, 永山浩史, 大坪嘉行, 永田裕二, 黒川顕, 津田雅孝

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2016 4SY07‐3 (WEB ONLY) 2016年3月5日
ハロアルカンデハロゲナーゼの細胞内酵素機能進化系の構築

小山旺, 森内良太, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2016 2016年
汚染土壌細菌叢の新規環境への定着及び再汚染のメタゲノム解析

加藤広海, 森宙史, 渡来直生, 永山浩史, 大坪嘉行, 永田裕二, 豊田敦, 黒川顕, 津田雅孝

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 10th 91 2016年
微生物群集動態の原理解明に向けた再現モデルの構築

渡来直生, 森宙史, 加藤広海, 大坪嘉行, 小椋義俊, 永田裕二, 豊田敦, 藤山秋佐夫, 林哲也, 津田雅孝 …

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 10th 90 2016年
再構築された土壌微生物群集の超長期培養

加藤広海, 渡来直生, 森宙史, 大坪嘉行, 永田裕二, 黒川顕, 黒川顕, 津田雅孝

日本微生物生態学会大会(Web) 31st 55 (WEB ONLY) 2016年
Bacterial Glade with the ribosomal RNA operon on a small plasmid rather than the chromosome

Mizue Anda, Yoshiyuki Ohtsubo, Takashi Okubo, Masayuki Sugawara, Yuji Nagata, Masataka Tsuda, Kiwamu Minamisawa, Hisayuki Mitsui

GENES & GENETIC SYSTEMS 90(6) 376-376 2015年12月
Properties and biotechnological applications of natural and engineered haloalkane dehalogenases

Yuji Nagata, Yoshiyuki Ohtsubo, Masataka Tsuda

APPLIED MICROBIOLOGY AND BIOTECHNOLOGY 99(23) 9865-9881 2015年12月
Biodegradation of Organochlorine Pesticides

Nagata Y, Tabata M, Ohtsubo, Y, Tsuda M

Manual of Environmental Microbiology, 4th Edition 5.1.2-1 2015年筆頭著者責任著者
O29-07 フェナントレン分解細菌と共存する非分解優占種細菌の機能解明(口頭発表)

小川なつみ, 加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

日本微生物生態学会講演要旨集 2014 113-113 2014年
O11-03 土壌における微生物コミュニティの形成過程について(口頭発表)

加藤広海, 森宙史, 丸山史人, 永山浩史, 大坪嘉行, 永田裕二, 黒川顕, 津田雅孝

日本微生物生態学会講演要旨集 2014 78-78 2014年
P15-5 土壌細菌での鉄応答制御因子Furを介した転写調節機構の解明(ポスター発表)

佐藤拓哉, 湯原悟志, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

日本微生物生態学会講演要旨集 2014 156-156 2014年
O33-02 rRNA遺伝子オペロンが9.4kbレプリコンにのみ存在する細菌ゲノムの発見(口頭発表)

按田瑞恵, 大坪嘉行, 大久保卓, 菅原雅之, 三井久幸, 永田裕二, 津田雅孝, 南澤究

日本微生物生態学会講演要旨集 2014 120-120 2014年
O33-03 完全ゲノム配列比較に基づいた人為起源有機塩素系殺虫剤γ-HCH分解細菌の出現と進化の考察(口頭発表)

永田裕二, 田端理朗, 大畑智史, 荷川取佑記, 大坪嘉行, 津田雅孝

日本微生物生態学会講演要旨集 2014 120-120 2014年
P22-15 芳香族化合物複合汚染土壌から培養非依存的手法で取得したインディゴ生成活性に関与するコスミドクローンの解析(ポスター発表)

永山浩史, 菅原智詞, 遠藤諒, 加藤広海, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

日本微生物生態学会講演要旨集 2014 217-217 2014年
P19-16 クラスター化した代謝酵素遺伝子群の導入による有機塩素系殺虫剤gamma-hexachlorocyclohexane資化能を有する新規細菌株の分子育種(ポスター発表)

荷川取佑記, 宮崎亮, 古屋佑磨, 大畑智史, 大坪嘉行, 永田裕二, 津田雅孝

日本微生物生態学会講演要旨集 2014 194-194 2014年
Appearance and evolution of γ-hexachlorocyclohexane-degrading bacteria

Nagata Y, Tabata M, Ohhata S, Tsuda M

Biodegradative Bacteria 19-41 2014年1月1日

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書籍等出版物

DNA Traffic in the Environment

永田裕二, 加藤広海, 大坪嘉行, 津田雅孝 (担当:共著, 範囲:Chapter 9)

Springer 2019年2月
酵素利用技術体系

永田裕二, 津田雅孝 (担当:共著)

エヌ・ティー・エス 2010年4月16日
難培養性微生物研究の最新技術II

永田裕二, 津田雅孝 (担当:共著, 範囲:環境汚染物質分解細菌のメタゲノミクス pp 211-219)

シーエムシー出版 2010年4月9日
マリンメタゲノムの有効利用

永田裕二, 津田雅孝 (担当:共著, 範囲:カイメン共在細菌メタゲノム中の環境汚染物質分解酵素遺伝子相同配列の解析 pp 166-178)

シーエムシー出版 2009年7月24日
バイオフィルムの基礎と制御

永田裕二, 津田雅孝 (担当:共著, 範囲:難培養性細菌も研究対象とするメタゲノム解析 pp 103-111)

株式会社エヌ・ティー・エス 2008年2月4日
農芸化学の事典

鈴木昭憲, 荒井綜一編集 (担当:共著, 範囲:部分執筆)

朝倉書店 2003年10月
人に役立つ微生物のはなし（くらしの中の化学と生物８）

永田裕二, 遠藤銀朗 (担当:共著, 範囲:pp17-58)

学会出版センター 2002年12月
バイオテクノロジーの流れ-過去から未来へ-

斉藤日向, 太田隆久, 高木正道 (担当:共著, 範囲:部分執筆)

1996年6月
バイオレメディエーションの実際技術

永田裕二, 高木正道

シーエムシー, 東京 1996年6月
Molecular Biology of Pseudomonads

Nagata, Y, M. Fukuda, K. Miyauchi, M. Takagi

American Society for Microbiology, Washington, DC 1996年6月
新遺伝子操作の基礎技術

太田美智男 (担当:共著, 範囲:pp 236-237)

1996年3月
地球を守る小さな生き物たち

永田裕二 (担当:共著, 範囲:pp. 68-75)

技報堂出版 1995年6月
Pseudomonas；molecular biology and biotechnology

Imai, R, Y. Nagata, M. Fukuda, K. Yano, M. Takagi (担当:共著, 範囲:chapter 33, pp 292-300)

American Society for Microbiology, Washington, DC 1992年6月

講演・口頭発表等

従属栄養細菌の極貧栄養環境での CO 2依存的な増殖現象

永田裕二

日本農芸化学会2021年度大会シンポジウム「細菌の低栄養環境に対する増殖を伴う適応機構」 2021年3月21日招待有り
細菌の進化機構の理解と環境浄化への応用

永田裕二

社会にインパクトある研究F-1「生命の奇跡のプロセスに学ぶイノベーション」キックオフシンポジウム 2019年12月22日招待有り
環境浄化で活躍する微生物

永田裕二

Visionary 農芸化学100シンポジウム・「微生物と私たちの健康・暮らし・環境〜世界に誇る日本の微生物研究〜」 2018年12月15日招待有り
HCH脱塩素反応を触媒するハロアルカンデハロゲナーゼの多様性とバイオレメディエーションへの応用

永田裕二

第36回農薬環境科学研究会 2018年11月8日招待有り
人為起源環境汚染物質分解微生物から進化に迫る

永田裕二

東北大学大学院生命科学研究科改組記念講演会 2018年7月4日招待有り
高度難分解性環境汚染物質分解細菌から微生物進化を探る

永田裕二

日本農芸化学会大会シンポジウム「微生物の多様性ーIFO寄付講座10年の歩み」 2018年3月18日招待有り
Evolution of Bacteria Degrading Highly Recalcitrant Environmental Pollutants

永田裕二

Special seminar at University of Hyderabad 2018年2月20日招待有り
環境汚染物質を食べる細菌から微生物進化を探る〜細菌の進化機構の解明と微生物機能開発への応用〜

永田裕二

日本農芸化学会東北支部シンポジウム「多様な広がりで魅せる微生物研究」 2017年6月24日招待有り
人為起源物質分解細菌の進化と微生物機能開発

永田裕二

東北大学大学院生命科学研究科「微生物進化機能開発」寄附講座開設記念シンポジウム 2016年11月24日招待有り
Haloalkane dehalogenases in bacteria

永田裕二

Pacifichem 2015「Enzymes Essential to Biosphere Health: Bioremediation and Biogeochemical Cycling」 2015年12月19日招待有り
環境を汚染する難分解性農薬分解遺伝子群の水平伝播

永田裕二

日本微生物生態学会第30回大会シンポジウム「環境での遺伝子リスクの醸成：薬剤耐性と病原性の遺伝子伝播」 2015年10月20日招待有り

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

Polychlorinated biphenylsの微生物分解に関する研究

1991年6月 - 現在
γ-Hexachlorocyclohexaneの微生物分解に関する研究

1991年6月 - 現在
土壌微生物機能発揮の鍵となる群集・メタゲノム構造の特定

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2021年9月 - 2026年3月

近藤倫生, 川津一隆, 永田裕二, 大坪嘉行, 加藤広海
細菌の劣悪環境での生残・増殖機構に基づいた有用細菌の高度利用戦略

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

永田裕二, 大坪嘉行
細菌の細胞外遺伝情報記憶システムの実体に迫る

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2022年6月 - 2024年3月

永田裕二, 大坪嘉行
細菌の環境での生き様の理解による有用細菌の実環境利用への展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

永田裕二, 大坪嘉行, 加藤広海, 津田雅孝
汚染土壌由来の有害化合物分解コンソーシアム：分解菌に対する共存非分解菌の役割

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

津田雅孝, 永田裕二, 大坪嘉行, 加藤広海
複合微生物系と極貧環境下での生育能から環境細菌の実環境での生き様に迫る

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2018年3月

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行, 加藤広海
細菌の超低栄養好気的条件下での生育に機能する基礎代謝経路の全貌解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2016年3月

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行
芳香族系汚染物質添加環境での微生物集団応答様式の包括的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2013年4月 - 2016年3月

津田雅孝, 黒川顕, 永田裕二, 大坪嘉行
スフィンゴモナス細菌群の新規物質代謝能力獲得を司る機構の解明とその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2013年4月 - 2016年3月

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行, 田之倉優, 岡井公彦
環境細菌の極貧有機炭素源環境下での生育を司る機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2012年4月 - 2014年3月

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行
細菌環境汚染物質分解能の水平伝播を規定する因子の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2011年 - 2012年

津田雅孝, 永田裕二
環境汚染物質添加土壌での微生物集団応答様式の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2010年 - 2012年

津田雅孝, 黒川顕, 永田裕二, 大坪嘉行
人為起源物質分解能をモデルとした環境中での細菌の機能進化を司る分子基盤の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2010年 - 2012年

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行, 千田俊哉, 田之倉優
多彩な能力を有するスフィンゴモナス細菌群のゲノムの可塑性とその構成原理の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2010年 - 2011年

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行
培養非依存的手法を用いた自然生態系からの新規プラスミドの取得とその多様性の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2008年 - 2009年

津田雅孝, 永田裕二
挿入配列の土壌環境での動態の解明と新規遺伝子獲得への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業萌芽研究 2007年 - 2008年

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行
細菌が持つ環境汚染物質分解酵素遺伝子の水平伝播

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2006年 - 2008年

津田雅孝, 永田裕二, 大坪嘉行
未開拓遺伝子資源を利用した細菌の有機塩素系環境汚染物質浄化能力の総合的開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2006年 - 2008年

永田裕二, 津田雅孝, 大坪嘉行, 千田俊哉, 田之倉優, 竹山春子

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産業財産権

特許第4793947号ハロアルカンデハロゲナーゼを使用するイペリットの解毒方法

プロコプ, ズビーネク, ダンボルスキー, ジリー、オプルスティル, フランティシェク、イェセンスカー, アンドレア、ナガタ, ユウジ

その他

POPsやその候補化合物を分解する微生物酵素・遺伝子の探索と解析

2008年4月 - 2008年4月

環境修復に有効な組換え植物の作製のために、POPs等の有機塩素系化合物を分解する微生物酵素遺伝子を取得する。
難分解性化合物分解酵素を支配する新規遺伝子の未利用土壌遺伝資源からの取得と解析

2005年4月 - 2005年4月

土壌環境から培養過程を経ずに難分解性物質分解酵素遺伝子を取得する方法を確立し、実際に有害化学物質の除去に有効な酵素遺伝子の取得を試みた。

永田裕二

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研究分野

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書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

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