北尾彰朗 (Akio Kitao) - マイポータル

基本情報

所属: 東京工業大学生命理工学院教授

学位: 博士（理学）(1994年3月京都大学)
修士（理学）(1991年3月京都大学)
学士（理学）(1989年3月京都大学)

ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-5221-0806
J-GLOBAL ID: 200901096092851040
Researcher ID: B-8371-2008
researchmap会員ID: 1000221205

外部リンク: http://www.kitao.bio.titech.ac.jp/

生物学に加えて物理学、化学、計算科学、情報科学を駆使し、分子レベルから生命現象を解明する研究に取り組んでいます

研究キーワード

研究分野

経歴

2017年7月 - 現在

東京工業大学, 生命理工学院, 教授
2016年4月 - 現在

量子科学技術研究開発機構, 客員研究員
2017年7月 - 2018年3月

東京大学, 分子細胞生物学研究所, 委嘱教授
2007年4月 - 2017年6月

東京大学, 分子細胞生物学研究所, 准教授
2005年10月 - 2016年3月

日本原子力研究開発機構, 研究嘱託
2008年4月 - 2009年3月

自然科学研究機構, 分子科学研究所, 客員准教授
2003年4月 - 2007年3月

東京大学, 分子細胞生物学研究所, 助教授
2003年4月 - 2005年9月

日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究嘱託
2002年2月 - 2003年3月

日本原子力研究所, 計算科学技術推進センター, 研究員
1993年4月 - 2002年1月

京都大学, 大学院理学研究科化学専攻, 助手
1998年4月 - 1999年3月

Harvard Medical School, Biological Chemistry & Molecular Biology, Gerhard Wagner group, 文部省在外研究員

学歴

1991年4月 - 1993年3月

京都大学, 大学院理学研究科, 化学専攻博士後期課程
1989年4月 - 1991年3月

京都大学, 大学院理学研究科, 化学専攻修士課程
1985年4月 - 1989年3月

京都大学, 理学部, 主に物理学及び化学

委員歴

2021年1月 - 現在

日本シミュレーション学会, 編集委員長
2008年 - 現在

日本蛋白質科学会, 男女共同参画ワーキンググループ
2023年4月 - 2025年3月

日本物理学会, 代議員
2023年4月 - 2024年3月

日本物理学会, 領域委員会委員
2023年4月 - 2024年3月

日本物理学会, 領域１２領域代表
2020年1月 - 2023年12月

日本生物物理学会, 欧文誌編集委員会委員
2022年4月 - 2023年3月

日本物理学会, 領域１２領域副代表
2022年1月 - 2022年12月

第36回分子シミュレーション討論会, 実行委員長
2021年4月 - 2022年3月

日本物理学会, 領域１２次期領域副代表
2019年6月 - 2021年6月

日本生物物理学会, 理事
2019年6月 - 2021年6月

日本生物物理学会, 出版委員
2016年1月 - 2019年12月

分子シミュレーション研究会, 幹事
2018年 - 2018年

日本生物物理学会, 選挙管理委員長
2015年1月 - 2016年12月

日本生物物理学会, HP編集委員長
2015年 - 2016年

日本生物物理学会, 代議員
2012年1月 - 2014年12月

日本生物物理学会, HP編集委員
2013年 - 2014年

日本生物物理学会, 学会委員
2010年 - 2014年

日本生物物理学会, 分野別専門委員
2008年 - 2009年

日本物理学会, 領域12世話人
1999年 - 2009年

日本生物物理学会, 分野別専門委員

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主要な論文

123

0

PaCS-Toolkit: Optimized Software Utilities for Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) Simulations and Subsequent Analyses

Shinji Ikizawa, Tatsuki Hori, Tegar Nurwahyu Wijaya, Hiroshi Kono, Zhen Bai, Tatsuhiro Kimizono, Wenbo Lu, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

The Journal of Physical Chemistry B 128 3631-3642 2024年4月5日査読有り招待有り最終著者責任著者
50

Principal Component Analysis and Related Methods for Investigating the Dynamics of Biological Macromolecules

Akio Kitao

J 5(2) 298-317 2022年6月20日査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
59

Inhibition of the hexamerization of SARS-CoV-2 endoribonuclease and modeling of RNA structures bound to the hexamer

Duy Phuoc Tran, Yuta Taira, Takumi Ogawa, Ryoga Misu, Yoshiki Miyazawa, Akio Kitao

Scientific Reports 12(1) 3860 2022年3月9日査読有り最終著者責任著者
Dissociation Pathways of the p53 DNA Binding Domain from DNA and Critical Roles of Key Residues Elucidated by dPaCS-MD/MSM

Mohamed Marzouk Sobeh, Akio Kitao

Journal of Chemical Information and Modeling 2022年3月2日査読有り最終著者責任著者
78

Binding free energy of protein/ligand complexes calculated using dissociation Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics and Markov state model

Hiroaki Hata, Duy Phuoc Tran, Mohamed Marzouk Sobeh, Akio Kitao

Biophysics and Physicobiology 18 305-316 2021年12月査読有り最終著者責任著者
39

The role of the half-turn in determining structures of Alzheimer's Aβ wild-type and mutants.

Steven Hayward, Akio Kitao

Journal of structural biology 213(4) 107792-107792 2021年9月2日査読有り最終著者責任著者
Delineating the conformational landscape of the adenosine A2A receptor during G protein coupling

Shuya Kate Huang, Aditya Pandey, Duy Phuoc Tran, Nicolas L. Villanueva, Akio Kitao, Roger K. Sunahara, Adnan Sljoka, R. Scott Prosser

Cell 184(7) 1884-1894 2021年3月査読有り
234

Kinetic Selection and Relaxation of the Intrinsically Disordered Region of a Protein upon Binding

Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

Journal of Chemical Theory and Computation 16 2835-2845 2020年3月19日査読有り最終著者責任著者
Dissociation Process of a MDM2/p53 Complex Investigated by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics and the Markov State Model

Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

The Journal of Physical Chemistry B 123(11) 2469-2478 2019年3月21日査読有り最終著者責任著者
ColDock: Concentrated Ligand Docking with All-Atom Molecular Dynamics Simulation

Kazuhiro Takemura, Chika Sato, Akio Kitao

The Journal of Physical Chemistry B 122(29) 7191-7200 2018年7月26日査読有り最終著者責任著者
Binding free energy analysis of protein-protein docking model structures by evERdock

Kazuhiro Takemura, Nobuyuki Matubayasi, Akio Kitao

The Journal of Chemical Physics 148(10) 105101 2018年3月査読有り最終著者責任著者
84

Protein–Ligand Dissociation Simulated by Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics

Duy Phuoc Tran, Kazuhiro Takemura, Kazuo Kuwata, Akio Kitao

Journal of Chemical Theory and Computation 14(1) 404-417 2018年1月査読有り最終著者責任著者
118

Salt Bridge Formation between the I-BAR Domain and Lipids Increases Lipid Density and Membrane Curvature

Kazuhiro Takemura, Kyoko Hanawa-Suetsugu, Shiro Suetsugu, Akio Kitao

SCIENTIFIC REPORTS 7(1) 2017年7月査読有り最終著者責任著者
108

Electron Fate and Mutational Robustness in the Mechanism of (6-4)Photolyase-Mediated DNA Repair

Hisham M. Dokainish, Daichi Yamada, Tatsuya Iwata, Hideki Kandori, Akio Kitao

ACS CATALYSIS 7(7) 4835-4845 2017年7月査読有り最終著者責任著者
128

High anisotropy and frustration: the keys to regulating protein function efficiently in crowded environments

Akio Kitao, Kazuhiro Takemura

CURRENT OPINION IN STRUCTURAL BIOLOGY 42 50-58 2017年2月査読有り筆頭著者責任著者
170

Parallel Cascade Selection Molecular Dynamics (PaCS-MD) to generate conformational transition pathway.

Harada R, Kitao A

The Journal of chemical physics 139(3) 035103 2013年7月査読有り最終著者責任著者
Evaluation of protein-protein docking model structures using all-atom molecular dynamics simulations combined with the solution theory in the energy representation.

Takemura K, Guo H, Sakuraba S, Matubayasi N, Kitao A

The Journal of chemical physics 137(21) 215105 2012年12月査読有り最終著者責任著者
Water model tuning for improved reproduction of rotational diffusion and NMR spectral density.

Takemura K, Kitao A

The journal of physical chemistry. B 116(22) 6279-6287 2012年6月査読有り最終著者責任著者
Screw Motion Regulates Multiple Functions of T4 Phage Protein Gene Product 5 during Cell Puncturing

Wataru Nishima, Shuji Kanamaru, Fumio Arisaka, Akio Kitao

JOURNAL OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 133(34) 13571-13576 2011年8月査読有り最終著者責任著者
Switch interactions control energy frustration and multiple flagellar filament structures.

Kitao A, Yonekura K, Maki-Yonekura S, Samatey FA, Imada K, Namba K, Go N

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 103(13) 4894-4899 2006年3月査読有り筆頭著者責任著者
Protein boson peak originated from hydration-related multiple minima energy landscape.

Joti Y, Kitao A, Go N

Journal of the American Chemical Society 127(24) 8705-8709 2005年6月査読有り責任著者
A space-time structure determination of human CD2 reveals the CD58-binding mode.

Kitao A, Wagner G

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 97(5) 2064-2068 2000年2月査読有り筆頭著者
Investigating protein dynamics in collective coordinate space.

Kitao A, Go N

Current opinion in structural biology 9(2) 164-169 1999年4月査読有り招待有り筆頭著者
Energy landscape of a native protein: jumping-among-minima model.

Kitao A, Hayward S, Go N

Proteins 33(4) 496-517 1998年12月査読有り筆頭著者
Effects of solvent on the conformation and the collective motions of a protein. 3. Free energy analysis by the extended RISM theory

Akio Kitao, Fumio Hirata, Nobuhiro Go

The Journal of Physical Chemistry 97(39) 10231-10235 1993年9月査読有り筆頭著者
The effects of solvent on the conformation and the collective motions of protein: Normal mode analysis and molecular dynamics simulations of melittin in water and in vacuum

Akio Kitao, Fumio Hirata, Nobuhiro Go

Chemical Physics 158(2-3) 447-472 1991年12月15日査読有り招待有り筆頭著者
Conformational dynamics of polypeptides and proteins in the dihedral angle space and in the cartesian coordinate space: Normal mode analysis of deca-alanine

Akio Kitao, Nobuhiro Go

Journal of Computational Chemistry 12(3) 359-368 1991年4月査読有り筆頭著者

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MISC

131

蛋白質・水系の階層的ダイナミクス

北尾彰朗

物性研究 60, 239-268(3) 239-268 1993年
中性子散乱による蛋白質分子のダイナミックス

北尾彰朗, 郷信広

波紋 3, 22-25(3) 22-25 1993年
The effects of Solvent on the conformation and the collective motions of a protein. Akio Kitao, Fumio Hirata and Nobuhiro Go

A KITAO, F HIRATA, N GO

Computer Aided Innovation of New Matherial Ⅱ, edited by M.Doyama, J. Kihara, M. Tanaka and R.Yamamoto 1207-1210 1211-1214 1993年
The Effect of Water on the Low Frequency Motions in BPTI. Steven Hayward, Akio Kitao, Fumio Hirata and Nobuhiro Go

Computer Aided Innovation of New MaterialsII, edited by M. Doyama, J. Kihara, M. Tanaka and R. Yamamoto 1211-1214 1993年
Normal mode analysis of electron transfer reorganization energy of proteins

N Go, A Kitao, A Kuki, G Basu

PROGRESS IN BIOPHYSICS & MOLECULAR BIOLOGY 65 PE309-PE309 1996年
Conformational transition in protein dynamics

A Kitao, S Hayward, N Go

PROGRESS IN BIOPHYSICS & MOLECULAR BIOLOGY 65 PA306-PA306 1996年
Free energy calculations on protein stability

Y Sugita, A Kitao, N Go

PROGRESS IN BIOPHYSICS & MOLECULAR BIOLOGY 65 PA422-PA422 1996年
天然状態における蛋白質のダイナミックスとエネルギーランドスケープ

北尾彰朗, Hayward Steven, 郷信広

生物物理 37 S102 1997年10月
蛋白質の安定性と変性状態の構造

杉田有治, 北尾彰朗, 郷信広

生物物理 37 S33 1997年10月
lysozyme結晶のラマンスペクトルの基準振動による解析

黒田薫, 北尾彰朗, 郷信広

生物物理 37 S17 1997年10月
SH 3ドメインの基質認識におけるループの働き

石田和博, 北尾彰朗, 杉田有治, 郷信広

生物物理 37 S22 1997年10月
Val-Ala変異型蛋白質の安定性変化に関する理論的解析

杉田有治, 北尾彰朗, 横山茂之, 郷信広

生物物理 38(2) S176 1998年9月7日
2PA056 NMRと分子シミュレーションから生体高分子の立体構造とダイナミックスを決定するための新たな方法

北尾彰朗, Wagner Gerhard

生物物理 39 S114 1999年
実験と理論から機能に関わるタンパク質のダイナミクスを観る

北尾彰朗

生物物理 40(3) 167-172 2000年
理論計算から変性状態の構造を探る

杉田有治, 北尾彰朗

生物物理 40(6) 368-373 2000年
1D1600 中性子散乱スペクトルの理論的解析

武田正樹, 北尾彰朗, 郷信広

生物物理 40 S31 2000年
1D0945 新しい立体構造精密化法を用いてTCRの溶液中の構造とダイナミクスを探る

北尾彰朗, Hare Brian, Wagner Gerhard

生物物理 40 S26 2000年
22pXA-1 中性子非弾性散乱から蛋白質ダイナミクスのどのような情報が得られるか?

北尾彰朗, 武田正樹, 郷信広

日本物理学会講演概要集 55(2) 281-281 2000年9月10日
主成分分析を使って眺めた蛋白質のエネルギー地形

北尾彰朗

統計数理 49(1) 43-56 2001年
2P030中性子散乱スペクトルの理論的解析 : 蛋白質の動的構造に対する溶媒とポテンシャル面非調和性の効果

武田正樹, 北尾彰朗

生物物理 41 S103 2001年

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書籍等出版物

in silico創薬におけるスクリーニングの高速化・高精度化技術

畑宏明、北尾彰朗 (担当:分担執筆, 範囲:第2節スーパーコンピュータへの分子動力計算の最適化)

技術情報協会 2018年1月 (ISBN: 9784861046889)
The Bacterial Flagellum

Akio Kitao, Yasutaka Nishihara (担当:分担執筆, 範囲:Structure of the MotA/B Proton Channel)

Springer 2017年4月
揺らぎ・ダイナミクスと生体機能 : 物理化学的視点から見た生体分子

北尾彰朗、城地保昌 (担当:分担執筆, 範囲:7章理論 7.1分子動力学シミュレーションの基礎)

化学同人 2013年9月 (ISBN: 9784759815108)
シミュレーション辞典

日本シミュレーション学会 (担当:分担執筆, 範囲:「計算力学（バイオ）」の項)

コロナ社 2012年2月 (ISBN: 9784339024586)
Normal mode analysis : theory and applications to biological and chemical systems

Akio Kitao (担当:分担執筆, 範囲:Jumping-Among-Minima Model and their Applications to Experimental Data Analysis)

Chapman & Hall/CRC 2006年 (ISBN: 158488472X)
化学フロンティア『生体系のコンピュータシミュレーション』（岡本祐幸・岡崎進編）12章蛋白質のダイナミクス北尾彰朗

化学同人 2002年
シリーズニューバイオフィジックス1「蛋白質のかたちと物性」第3章蛋白質の動的特性 3-2分子シミュレーションによるダイナミックスの観察北尾彰朗

共立出版 1997年

講演・口頭発表等

143

SARS-CoV-2タンパク質のオリゴマー化を阻害する薬剤候補分子の探索

北尾彰朗

新型コロナウイルス感染症対応HPCI臨時課題の最前線 2020年8月7日招待有り
PaCS-MDによるタンパク質−タンパク質複合体の解離シミュレーション

宮澤佳希, Tran Phuoc Duy, 竹村和浩, 北尾彰朗

第９回日本生物物理学会関東支部会 2020年3月3日
PaCS-MDによるアクトミオシンの結合解離予測

尾川拓巳, Tran Phuoc Duy, 藤井高志, 難波啓一, 北尾彰朗

第９回日本生物物理学会関東支部会 2020年3月2日
長時間ダイナミクス法と標的分子ネットワーク

北尾彰朗

第7回重点課題１ワークショップ 2020年2月10日招待有り
計算で予測するタンパク質複合体立体構造と結合親和性

北尾彰朗

第7回生命理工オープンイノベーションハブ（LiHub）フォーラム ―メゾスケール分子と創薬― 2019年11月21日招待有り
Association and dissociation mechanisms of proteins and peptides

Akio Kitao

WRHI International Workshop on Advanced Laser Spectroscopy for Soft Molecular Systems 2019年11月19日招待有り
コンピュータで観察する生物の中の分子

北尾彰朗

石川県高等学校文化連盟理科部「高校生のための秋の実験・実習セミナー」 2019年11月8日招待有り
Calculation of binding free energy and kinetic rates with flexible protein docking

Duy Tran, Akio Kitao

57th Annual Meeting of Biophysical Society of Japan 2019年9月26日招待有り
An efficient screening, an accurate evaluation, and a simple prediction of protein complex structures

竹村和浩, 北尾彰朗

第57日本生物物理学会年会 2019年9月25日招待有り
圧力感受性変異YFPの圧力応答の構造基盤

今田勝巳, 辻井美香, 永江峰幸, 畑宏明, 渡邉朋信, 西山雅祥, 北尾彰朗, 渡邉信久

第57日本生物物理学会年会 2019年9月24日招待有り
Pressure effects on protein-protein interactions studied by molecular dynamics simulations

畑宏明, 西原泰孝, 西山雅祥, 川岸郁朗, 北尾彰朗

第57日本生物物理学会年会 2019年9月24日
Simulating Protein Complex Formation and Dissociation

Akio Kitao

10th Toyota Riken International Workshop Science of Life Phenomena Woven by Water and Biomolecules 2019年9月5日招待有り
Simulating protein complex formation and dissociation

Akio Kitao

TSRC workshop on ‘Protein Dynamics 2019年7月11日招待有り
計算から予測するタンパク質複合体

北尾彰朗

2019年度日本生化学会関東支部例会内シンポジウム「生化学と先端技術」 2019年6月29日招待有り
コンピュータで観るタンパク質複合体の形成と解離

北尾彰朗

シンポジウム「理論生物物理学の現在と未来」 2019年2月14日
Simulating dissociation and association processes of protein complexes

Akio Kitao

TSRC workshop on Fluctuations and Dynamics in Biomolecular Function 2019年1月11日招待有り
Investigating dissociation and association mechanisms of protein complexes

Akio Kitao

2nd workshop on Advances in Theory and Computation of Complex Systems --- Biological Systems 2018年12月3日招待有り
Investigating protein complex formation and dissociation in silico

Akio Kitao

WRHI International Workshop on Advanced Laser Spectroscopy for Soft Molecular Systems 2018年11月30日招待有り
Computational approach to investigate protein complex formation and dissociation

Akio Kitao

Computational Biophysics at the Molecular and Mesoscales 2018年10月31日招待有り
原子解像度で探る巨大分子・分子集合体の柔らかさと機能の関係

北尾彰朗

新学術領域「柔らかな分子系」成果公開シンポジウム 2018年6月6日

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担当経験のある科目(授業)

2019年9月 - 現在

物理化学第三 (東京工業大学生命理工学院)
2019年3月 - 現在

生命情報学 (東京工業大学生命理工学院)
2018年4月 - 現在

基礎実験 (東京工業大学生命理工学院)
2017年9月 - 現在

生物計算科学 (東京工業大学生命理工学院)
2022年12月 - 2023年2月

基盤データサイエンス (東京工業大学)
2005年 - 2009年

生物情報科学特別講義 (東京大学理学部生物情報学科)
2005年 - 2005年

情報生命科学輪講 (東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻)
化学演習（熱力学・統計力学） (京都大学理学部化学科)
化学演習（量子・統計） (京都大学理学部化学科)
現代化学セミナー (京都大学理学部化学科)
量子化学研究特論 (京都大学大学院理学研究科化学専攻)
化学実験 (京都大学理学部化学科)
計算機演習 (京都大学理学部化学科)
生命と情報 (筑波大学第三学類工学システム学類)
物理学特別講義A (慶應義塾大学大学院理工学研究科物理学専攻)
生体高分子動力学 (京都大学大学院理学研究科化学専攻)
生物物理学II (東京大学理学部物理学科)
生物物理学特論 (東京大学大学院理学系研究科物理学専攻)
物理学特別講義ＡＸＶ (東京大学大学院理学系研究科物理学専攻)
蛋白質立体構造解析学 (東京大学大学院新領域創成科学研究科情報生命科学専攻)

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主要な所属学協会

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Works(作品等)

PaCS-Toolkit

Shinji Ikizawa, Tatsuki Hori, Tegar Nurwahyu Wijaya, Hiroshi Kono, Zhen Bai, Tatsuhiro Kimizono, Wenbo Lu, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

2024年2月26日 - 現在コンピュータソフト
eePaCS-MD (Edge expansion parallel cascade selection molecular dynamics)

Kenichiro Takaba, Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

2020年6月コンピュータソフト
a/dPaCS-MD (association and dissociation PaCS-MD)

Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

2020年3月コンピュータソフト
evERdock BAI (Machine-learning-guided selection of protein-protein complex structure)

Kei Terayama, Ai Shinbu, Koji Tsuda, Kazuhiro Takemura, Akio Kitao

2019年12月コンピュータソフト
dPaCS-MD/MSM

Duy Phuoc Tran, Akio Kitao

2019年1月コンピュータソフト
PaCS-MD/MSM

Duy Phuoc Tran, Kazuhiro Takemura, Kazuo Kuwata, Akio Kitao

2018年9月コンピュータソフト
ColDock (Concentrated Lingand Docking)

Kazuhiro Takemura, Chika Sato, Akio Kitao

2018年7月26日コンピュータソフト
evERdock (evaluation with the ER method of docking generated decoys)

Kazuhiro Takemura, Nobuyuki Matubayasi, Akio Kitao

2018年3月コンピュータソフト
CyClus (A fast, comprehensive cylindrical interface approximation clustering/reranking method for rigid-body protein-protein docking decoys)

Satoshi Omori, Kazuhiro Takemura, Hiroaki Hata, Akio Kitao

2017年コンピュータソフト
nt-PaCS-MD (nontargeted parallel cascade selection molecular dynamics)

Ryuhei Harada, Akio Kitao

2015年11月コンピュータソフト
MuSTAR MD ((Multi-scale sampling using temperature accelerated and replica exchange molecular dynamics)

Yu Yamamori, Akio Kitao

2013年10月コンピュータソフト
PaCS-MD (Parallel cascade selection molecular dynamics)

Ryuhei Harada, Akio Kitao

2013年7月コンピュータソフト
TRS (Transform and Relax Sampling)

Akio Kitao

2011年7月コンピュータソフト
MSFEL (Multi-Scale Free Energy Landscape calculation method by combination of coarse-grained and all-atom model)

Ryuhei Harada, Akio Kitao

2011年2月コンピュータソフト
Independent Subspace Analysis (ISA) with SJADE

Shun Sakuraba, Yasumasa Joti, Akio Kitao

2010年コンピュータソフト
DTA app (Dihedral Transition Analysis application)

Wataru Nishima, Guoying Qi, Steven Hayward, Akio Kitao

2009年3月 Web Service
DTA DATABASE (Dihedral Transition Analysis database)

Wataru Nishima, Guoying Qi, Steven Hayward, Akio Kitao

2009年3月 Web Service
PCA_NEST

ee-Wei Yang, Eran Eyal, Ivet Bahar, Akio Kitao

2009年3月 Web Service
Transform and Relax Mechanism

Akio Kitao, Koji Yonekura, Saori Maki-Yonekura, Fadel A Samatey, Katsumi Imada, Keiichi Namba, Nobuhiro Go

2006年3月コンピュータソフト
SCUBA (Simulation Code for hUge Biomolecular Assembly)

Hisashi Ishida, Yasumasa Joto, Mariko Higuchi, Takuma Kano, Akio Kitao, Nobuhiro Go

2004年コンピュータソフト

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共同研究・競争的資金等の研究課題

高速分子動画を補完する構造変化の自由エネルギー地形と経路・流量の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2022年4月 - 2024年3月

北尾彰朗
最先端シミュレーションによる「弱い相互作用」がもたらす効果の定量的予測

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2021年9月 - 2023年3月

北尾彰朗
プレシジョンメディスンを加速する創薬ビッグデータ統合システムの推進

文部科学省「富岳」成果創出加速プログラム 2020年4月 - 2023年3月

奥野恭史
先端シミュレーションで低分子結合が制御するGPCR活性化のメカニズムを探る

文部科学省科学研究費補助金（基盤研究（B)） 2019年4月 - 2023年3月

北尾彰朗
高速分子動画を補完する構造変化の自由エネルギー地形と経路・流量の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2020年4月 - 2022年3月

北尾彰朗
回転分子モーター制御機構解明への再構成的アプローチ

文部科学省科学研究費補助金（基盤研究（B)） 2017年7月 - 2020年3月

川岸郁朗
生体分子システムの機能制御による革新的創薬基盤の構築

文部科学省ポスト「京」重点課題１「健康長寿社会の実現」 2014年1月 - 2020年3月

奥野恭史
理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学

文部科学省新学術領域研究（研究領域提案型） 2018年4月 - 2019年3月

田原太平
マルチドメインタンパク質のフレキシビリティ・相互作用と機能制御機構

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(B)) 基盤研究(B) 2015年4月 - 2019年3月

北尾彰朗
理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学の国際活動支援

文部科学省新学術領域（研究領域提案型） 2015年11月 - 2018年3月

田原太平
理論と実験の協奏による柔らかな分子系の機能の科学

文部科学省科学研究費補助金(新学術領域研究(研究領域提案型)) 2013年6月 - 2018年3月

田原太平
原子解像度で探る巨大分子・分子集合体の柔らかさと機能の関係

文部科学省科学研究費補助金(新学術領域研究(研究領域提案型)) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2013年6月 - 2018年3月

北尾彰朗
バイオ分子間相互作用形態の階層的モデリング

JST戦略的創造研究推進制度（研究チーム型）（戦略的基礎研究推進事業：CREST） 2007年 - 2012年

北尾彰朗
タンパク質複合体形成・解離に関わるモードカップリング解析法開発

文部科学省科学研究費補助金(新学術領域研究(研究領域提案型)) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年 - 2011年

北尾彰朗
変異体情報に基づく回転モーター固定子タンパク質の立体構造モデリングと機能解析

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(B)) 基盤研究(B) 2011年 - 2011年

北尾彰朗
X線散漫散乱による生体分子の動的構造決定に向けた理論基盤の構築

文部科学省科学研究費補助金(特定領域研究) 特定領域研究 2009年 - 2010年

城地保昌, 北尾彰朗
サブミリ秒領域で探る超異方的ダイナミクスとフラストレーションの蛋白質機能への役割

文部科学省科学研究費補助金(基盤研究(B)) 基盤研究(B) 2007年 - 2010年

北尾彰朗, 城地保昌
既知ナノ生体物質の機能メカニズム解明」

文部科学省「最先端・高性能汎用スーパーコンピュータの開発利用」プロジェクトナノ分野グランドチャレンジ研究 2006年 - 2010年

北尾彰朗
生体超分子立体構造・機能解析のためのシミュレーション法開発

文部科学省科学研究費補助金(特定領域研究) 特定領域研究 2004年 - 2009年

北尾彰朗
生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構

文部科学省科学研究費補助金(特定領域研究) 特定領域研究 2004年 - 2009年

月原冨武, 大村敏博, 難波啓一, 有坂文雄, 福森義宏, 吉川信也, 佐藤主税, 北尾彰朗, 難波啓一, 有坂文雄, 大村敏博, 永田宏次, 神谷信夫

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産業財産権

特願WO2014133197A1 FLAGELLAR AN DNEEDLE COMPLEX（INJECTOSOME）LOOP AS ANTI BACTERIAL DRUG TARGET,

Fadel Alexis SAMATEY, Vladimir A MESHCHERYAKOV, Hideyuki MATSUNAMI, Akio KITAO

メディア報道

Clarifying the mechanisms that are the "key to activation" of G protein coupled receptors Results from Tokyo Institute of Technology, RIKEN, and others Receptors in which multiple states coexist, with changing ratios

Science Japan 2021年6月21日インターネットメディア
Gタンパク質共役受容体「活性化の鍵」仕組み解明

科学新聞 2面 2021年4月16日新聞・雑誌
Conformational equilibria in GPCRs provides critical clues about activation mechanisms

AAAS EurekAlert! 2021年3月19日インターネットメディア
GAS7 protein allows cells to eat

Science Daily Science Daily 2019年10月21日インターネットメディア
TRPV4イオンチャネルのアンキリンリピートドメインとPI(4,5)P2の相互作⽤による新たな制御機構【生物物理】

メディカルオンライン 2015年10月インターネットメディア
東大、大腸菌のべん毛モーターのイオン透過機構を解明

日経プレスリリース 2015年6月新聞・雑誌
タンパク質の柔らかな運動を誘起する分子シミュレーション【⽣物物理】

メディカルオンライン 2014年6月インターネットメディア
Virus uses 'Swiss Army Knife' protein to cause infection

ACS News Service Weekly PressPac 2011年8月インターネットメディア

北尾彰朗

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