内山郁夫 (Ikuo Uchiyama) - マイポータル

基本情報

所属: 基礎生物学研究所ゲノム情報研究室准教授

学位: 博士（科学）(東京大学)

J-GLOBAL ID: 200901081292717901
researchmap会員ID: 1000294221

研究分野

ライフサイエンス / 生物物理学 /

論文

微生物バイオインフォマティクスの最前線マイクロバイオーム研究を先導するハブを目指したMicrobiome Datahubの開発

森宙史, 藤澤貴智, 東光一, 中村保一, 山田拓司, 松井求, 内山郁夫

日本細菌学雑誌 78(1) 30-30 2023年2月
Molecular phylogeny of fucoxanthin‐chlorophyll a / c proteins from Chaetoceros gracilis and Lhcq/Lhcf diversity

Minoru Kumazawa, Hiroyo Nishide, Ryo Nagao, Natsuko Inoue‐Kashino, Jian‐Ren Shen, Takeshi Nakano, Ikuo Uchiyama, Yasuhiro Kashino, Kentaro Ifuku

Physiologia Plantarum 174(1) 2022年1月
The physiological potential of anammox bacteria as revealed by their core genome structure

Okubo, T., Toyoda, A., Fukuhara, K., Uchiyama, I., Harigaya, Y., Kuroiwa, M., Suzuki, T., Murakami, Y., Suwa, Y., Takami, H.

DNA Research 28(1) 2021年査読有り
Ten Years of Collaborative Progress in the Quest for Orthologs

Linard, B., Ebersberger, I., McGlynn, S.E., Glover, N., Mochizuki, T., Patricio, M., Lecompte, O., Nevers, Y., Thomas, P.D., Gabaldón, T. …

Molecular Biology and Evolution 38(8) 3033-3045 2021年査読有り
A simple and practical workflow for genotyping of CRISPR-Cas9-based knockout phenotypes using multiplexed amplicon sequencing.

Midori Iida, Miyuki Suzuki, Yuto Sakane, Hiroyo Nishide, Ikuo Uchiyama, Takashi Yamamoto, Ken-Ichi T Suzuki, Satoshi Fujii

Genes to cells : devoted to molecular & cellular mechanisms 25(7) 498-509 2020年4月23日査読有り
BioHackathon 2015: Semantics of data for life sciences and reproducible research

Vos, R.A., Katayama, T., Mishima, H., Kawano, S., Kawashima, S., Kim, J.-D., Moriya, Y., Tokimatsu, T., Yamaguchi, A., Yamamoto, Y. …

F1000Research 9 136-136 2020年
Structural basis for assembly and function of a diatom photosystem I-light-harvesting supercomplex

Nagao, R., Kato, K., Ifuku, K., Suzuki, T., Kumazawa, M., Uchiyama, I., Kashino, Y., Dohmae, N., Akimoto, S., Shen, J.-R. …

Nature Communications 11(1) 2481-2481 2020年査読有り
BioHackathon series in 2013 and 2014: improvements of semantic interoperability in life science data and services

Toshiaki Katayama, Shuichi Kawashima, Gos Micklem, Shin Kawano, Jin-Dong Kim, Simon Kocbek, Shinobu Okamoto, Yue Wang, Hongyan Wu, Atsuko Yamaguchi …

F1000Research 8 1677 2019年9月
Structural basis for energy harvesting and dissipation in a diatom PSII-FCPII supercomplex.

Ryo Nagao, Koji Kato, Takehiro Suzuki, Kentaro Ifuku, Ikuo Uchiyama, Yasuhiro Kashino, Naoshi Dohmae, Seiji Akimoto, Jian-Ren Shen, Naoyuki Miyazaki …

Nature plants 5(8) 890-901 2019年8月
RNA-seq analysis reveals genes related to photoreception, nutrient uptake, and toxicity in a noxious red-tide raphidophyte Chattonella antiqua

Shikata T, Takahashi F, Nishide H, Shigenobu S, Kamei Y, Sakamoto S, Yuasa K, Nishiyama Y, Yamasaki Y, Uchiyama I

Front Microbiol 10(1764) 10.3389/fmicb.2019.01764-1764 2019年7月査読有り
A comprehensive reference transcriptome resource for the Iberian ribbed newt Pleurodeles waltl, an emerging model for developmental and regeneration biology.

Matsunami M, Suzuki M, Haramoto Y, Fukui A, Inoue T, Yamaguchi K, Uchiyama I, Mori K, Tashiro K, Ito Y …

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 26(3) 217-229 2019年4月査読有り
MBGD update 2018: Microbial genome database based on hierarchical orthology relations covering closely related and distantly related comparisons

Uchiyama I, Mihara M, Nishide H, Chiba H, Kato M

Nucleic Acids Research 47(D1) D382-D389 2019年査読有り
Artificial acceleration of mammalian cell reprogramming by bacterial proteins

Takashi Ikeda, Ikuo Uchiyama, Mio Iwasaki, Tetsuhiko Sasaki, Masato Nakagawa, Keisuke Okita, Shinji Masui

GENES TO CELLS 22(10) 918-928 2017年10月査読有り
An acid-tolerant ammonia-oxidizing γ-proteobacterium from soil

Hayatsu M, Tago K, Uchiyama I, Toyoda A, Wang Y, Shimomura Y, Okubo T, Kurisu F, Hirono Y, Nonaka K …

ISME Journal 11(5) 1130-1141 2017年5月査読有り
Complete genome sequence and expression profile of the commercial lytic enzyme producer Lysobacter enzymogenes M497-1

Hideto Takami, Atsushi Toyoda, Ikuo Uchiyama, Takehiko Itoh, Yoshihiro Takaki, Wataru Arai, Shinro Nishi, Mikihiko Kawai, Kazuo Shin-ya, Haruo Ikeda

DNA RESEARCH 24(2) 169-177 2017年4月査読有り
SPANG: a SPARQL client supporting generation and reuse of queries for distributed RDF databases

Hirokazu Chiba, Ikuo Uchiyama

BMC BIOINFORMATICS 18(1) 2017年2月査読有り
Ortholog identification and comparative analysis of microbial genomes using MBGD and RECOG

Ikuo Uchiyama

Methods in Molecular Biology 1611 147-168 2017年査読有り
Genome sequence and analysis of the Japanese morning glory Ipomoea nil

Atsushi Hoshino, Vasanthan Jayakumar, Eiji Nitasaka, Atsushi Toyoda, Hideki Noguchi, Takehiko Itoh, Tadasu Shin-, Yohei Minakuchi, Yuki Koda, Atsushi J. Nagano …

NATURE COMMUNICATIONS 7 2016年11月査読有り
Draft Genome Sequence of Helicobacter suis Strain SNTW101, Isolated from a Japanese Patient with Nodular Gastritis.

Hidenori Matsui, Tetsufumi Takahashi, Somay Y Murayama, Ikuo Uchiyama, Katsushi Yamaguchi, Shuji Shigenobu, Masato Suzuki, Emiko Rimbara, Keigo Shibayama, Anders Øverby …

Genome announcements 4(5) 2016年9月8日査読有り
A Novel Approach to Helicobacter pylori Pan-Genome Analysis for Identification of Genomic Islands

Ikuo Uchiyama, Jacob Albritton, Masaki Fukuyo, Kenji K. Kojima, Koji Yahara, Ichizo Kobayashi

PLOS ONE 11(8) 2016年8月査読有り

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MISC

マイクロバイオーム研究を先導するハブを目指したMicrobiome Datahubの開発

森宙史, 藤澤貴智, 東光一, 中村保一, 山田拓司, 松井求, 内山郁夫

日本細菌学雑誌(Web) 78(1) 2023年
MicrobeDB.jpからMicrobiome Datahubへ: 微生物・植物・メタボロームのデータ統合と統合微生物データベースの再構築

藤澤貴智, 平川英樹, 守屋勇樹, 信定知江, 金谷重彦, 有田正規, 田畑哲之, 磯部祥子, 東光一, 中村保一 …

トーゴーの日2022 1 2022年10月5日
微生物統合データベースMicrobeDB.jpを用いたマイクロバイオーム研究への応用

森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 16th (Web) 2022年
微生物統合データベースMicrobeDB.jpと微生物群集解析

森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕

トーゴーの日2021 1 2021年10月5日
微生物統合データベースMicrobeDB.jpと関連ツール

黒川顕, 森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
微生物統合データベースMicrobeDB.jp version3とマイクロバイオーム解析

森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 15th (Web) 2021年
DNAメチル化酵素の配列特異性変換に伴うピロリ菌エピゲノム・ミクロ進化

FUKUYO Masaki, YONEZAWA Hideo, KONNO Mutsuko, SHIBATA Tomoko, SHIGENOBU Shuji, RAHMUTULLA Bahityar, UCHIYAMA Ikuo, KANEDA Atsushi, KOBAYASHI Ichizo

日本細菌学雑誌(Web) 76(1) 2021年
微生物統合データベースMicrobeDB.jp version 3

森宙史, 藤澤貴智, 西出浩世, 矢口貴志, 高橋弘喜, 中川善一, 山田拓司, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 14th 2020年
DNAメチル化酵素配列特異性変換を伴うピロリ菌エピゲノム・ミクロ進化

福世真樹, 福世真樹, 米澤英雄, 矢野大和, 矢野大和, 桂有加子, 矢原耕史, 今野武津子, 柴田朋子, 重信秀治 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 43rd 2020年
ピロリ菌におけるDNAメチル化酵素の配列特異性変換に伴うエピゲノム・ミクロ進化

福世真樹, 福世真樹, 米澤英雄, 矢野大和, 矢野大和, 桂有加子, 桂有加子, 矢原耕史, 今野武津子, 柴田朋子 …

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 14th 2020年
統合微生物データベースMicrobeDB.jpポータルサイト拡張

藤澤貴智, 森宙史, 谷澤靖洋, 児玉悠一, 内山郁夫, 中川善一, 山田拓司, 高橋弘喜, 中村保一, 黒川顕

トーゴーの日2019 1 2019年10月5日
DNAメチル化酵素遺伝子の再編による配列特異性変換とエピゲノム・ミクロ進化

福世真樹, 矢野大和, 矢野大和, 矢原耕史, 今野武津子, 柴田朋子, 柴田朋子, 重信秀治, 内山郁夫, 小林一三 …

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 90th 113 2018年8月27日
MicrobeDB.jpポータル:統合微生物データベースのポータルサイト構築

藤澤貴智, 森宙史, 谷沢靖洋, 神沼英里, 内山郁夫, 山田拓司, 高橋弘喜, 中村保一, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 12th 79 2018年3月5日
Helicobacter heilmanniiによる胃MALTリンパ腫発症のマウスモデル(A mouse model of Helicobacter heilmannii-induced gastric MALT lymphoma)

松井英則, 高橋哲史, 内山郁夫, 山口勝司, 重信秀治, 鈴木仁人, 林原絵美子, 柴山恵吾, 村山そう明, 中村正彦

日本細菌学雑誌 72(1) 118-118 2017年2月
新規な硝化菌(アンモニア酸化細菌)の発見

早津雅仁, 多胡香奈子, 内山郁夫, 豊田敦, 王勇, 下村有美, 廣野祐平, 野中邦彦, 栗栖太, 秋山博子 …

農研機構農業環境変動研究センター成果情報(Web) 2016 2016年
微生物統合データベースMicrobeDB.jpの検索システムの高度化と新解析パイプライン

森宙史, 藤澤貴智, 千葉啓和, 山本希, 内山郁夫, 菅原秀明, 中村保一, 黒川顕

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 10th 60 2016年
Genome Refine:自動ゲノムアノテーション統合環境を提供するウェブサービス

藤澤貴智, 森宙史, 岡本忍, 山本泰智, 片山俊明, 川島秀一, 谷澤靖洋, 神沼英里, 大山彰, 菅原秀明 …

日本ゲノム微生物学会年会要旨集 9th 2015年
S13-01 メタゲノムとメタ環境データを結びつける(S13 メタゲノムから見える環境と(微)生物の生き様「ここまでわかるメタゲノム解析」,シンポジウム)

森宙史, 藤澤貴智, 千葉啓和, 山本希, 鈴木真也, 菅原秀明, 内山郁夫, 中村保一, 黒川顕

日本微生物生態学会講演要旨集 2014 59-59 2014年
CHROMOSOME PAINTING IN SILICO IN A BACTERIAL SPECIES REVEALS FINE POPULATION STRUCTURE

K. Yahara, Y. Furuta, K. Oshima, M. Yoshida, T. Azuma, M. Hattori, I. Uchiyama, I. Kobayashi

HELICOBACTER 18 79-79 2013年9月
種内集団構造のインシリコ染色体ペインティングによる解明

矢原耕史, 古田芳一, 大島健志朗, 吉田優, 東健, 服部正平, 内山郁夫, 小林一三

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 85th 120 2013年8月31日

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書籍等出版物

A library of signature pentapeptides for the Protein Data Bank(共著)

Protein structure by distance analysis, IOS Press 1994年

共同研究・競争的資金等の研究課題

種内数千ゲノム比較によるピンポイント適応変異数千の検出

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

小林一三, 長田直樹, 内山郁夫, 大崎敬子, 印南秀樹
ジオラマ・パノラマ環境下における有害赤潮藻の集積アルゴリズムの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2021年9月 - 2026年3月

紫加田知幸, 湯浅光貴, 西山佳孝, 北辻さほ, 吉川裕, 鬼塚剛, 青木一弘, 内山郁夫, 杉松宏一, 高橋文雄
実用モデル珪藻の光環境応答・適応機構の最適化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2020年4月 - 2023年3月

伊福健太郎, 菓子野康浩, 内山郁夫
ヘテロカプサ赤潮はなぜ貝類のみをへい死させるか―不安定毒素の全容解明への挑戦－

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2018年4月 - 2021年3月

山崎康裕, 紫加田知幸, 内山郁夫
比較ゲノム解析に基づく水平伝搬による原核生物ゲノム進化の包括的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

内山郁夫
自由生活性細菌ゲノムの縮小進化に迫る

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2015年4月 - 2017年3月

中井亮佑, 内山郁夫
ゲノム情報解析にもとづく性差構築機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2010年4月 - 2015年3月

須山幹太, 内山郁夫
多様な利己的DNaseがゲノム切断で作り出す生・死・進化の分岐点

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2009年 - 2011年

小林一三, 半田直史, 高橋規子, 河合幹彦, 古田芳一, 内山郁夫, 矢原耕史, 福世真樹
微生物ゲノム比較基盤の確立に向けたゲノムコア構造解析法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2008年 - 2010年

内山郁夫
共生、相互作用など複雑なゲノム構成系を解析するための情報基盤研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2005年 - 2009年

久原哲, 黒川顕, 内山郁夫, 平川英樹, 内山郁夫, 黒川顕, 平川英樹
多細胞生物進化解明の基盤としての植物不等分裂に関わる遺伝子ネットワークの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2004年 - 2004年

藤田知道, 佐藤良勝, 内山郁夫, 日渡祐二
多細胞生物進化解明の基盤としての植物不等分裂に関わる遺伝子ネットワークの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2003年 - 2003年

藤田知道, 内山郁夫, 村田隆
ゲノム比較解析システムの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2002年 - 2002年

内山郁夫
胃炎胃潰瘍胃ガンの原因であるピロリ菌等の多型形成にはたす制限修飾酵素遺伝子の役割

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2000年 - 2002年

小林一三, 内山郁夫
ヒメツリガネゴケで植物ホルモンオーキシン、サイトカイニン機能解明への網羅的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(C) 特定領域研究(C) 2001年 - 2001年

長谷部光泰, 内山郁夫, 藤田知道, 村田隆
制限酵素修飾酵素遺伝子によるゲノムの存続と進化に関する実験的情報学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(C) 特定領域研究(C) 2001年 - 2001年

小林一三, 内山郁夫
ゲノム比較解析システムの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(C) 特定領域研究(C) 2001年 - 2001年

内山郁夫
制限酵素修飾酵素遺伝子によるゲノムの存続と進化に関する実験的情報学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(C) 特定領域研究(C) 2000年 - 2000年

小林一三, 内山郁夫
ゲノム比較解析システムの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(C) 特定領域研究(C) 2000年 - 2000年

内山郁夫
微生物ゲノムの比較解析

もっとみる

内山郁夫

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論文

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書籍等出版物

共同研究・競争的資金等の研究課題

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