明石知子 (Satoko Akashi) - マイポータル

基本情報

所属: 横浜市立大学理学部理学科生命医科学研究科生命医科学専攻

学位: 薬学博士(千葉大学)

研究者番号: 10280728
J-GLOBAL ID: 200901031490542044
researchmap会員ID: 1000362693

外部リンク: http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/stbiol/index.html

企業、公的研究機関を経て、現在は横浜市大で質量分析による構造生物学研究を行っています。H18日本薬学会学術振興賞、H7日本質量分析学会奨励賞等の受賞歴があります。

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

2023年4月 - 現在

日本質量分析学会, 理事
2021年6月 - 現在

日本蛋白質科学会, 役員
2021年4月 - 現在

Mass Spectrometry, Associate Editor
2019年4月 - 2021年3月

Mass Spectrometry, Editor
2017年4月 - 2021年3月

日本質量分析学会, 理事
2011年4月 - 2015年3月

日本質量分析学会, 委員
2005年4月 - 2009年3月

日本質量分析学会, 委員
2001年1月 - 2006年12月

アメリカ質量分析学会, 編集委員
2001年

American Society for Mass Spectrometry, editor
1995年4月 - 1999年3月

日本質量分析学会, 委員

受賞

論文

100

Biophysical insights into the dimer formation of human Sirtuin 2.

Noa Suzuki, Tsuyoshi Konuma, Takahisa Ikegami, Satoko Akashi

Protein science : a publication of the Protein Society 33(5) e4994 2024年5月
Biophysical insights into the dimer formation of human Sirtuin 2

Noa Suzuki, Tsuyoshi Konuma, Takahisa Ikegami, Satoko Akashi

Protein Science 33(5) 2024年4月22日
Site-specific deprotonation/sodiation of gramicidin S studied by electrospray ionization/mass spectrometry

Kenzo Hiraoka, Satoko Akashi, Stephanie Rankin-Turner, Satoshi Ninomiya

International Journal of Mass Spectrometry 493 117135-117135 2023年11月
NMR analysis of the homodimeric structure of a D-Ala-D-Ala metallopeptidase, VanX, from vancomycin-resistant bacteria

Tsuyoshi Konuma, Tomoyo Takai, Chieko Tsuchiya, Masayuki Nishida, Miyu Hashiba, Yudai Yamada, Haruka Shirai, Aritaka Nagadoi, Eriko Chikaishi, Ken-ichi Akagi …

2023年10月13日
Site-specific sodiation of peptides studied by pulsed nanoelectrospray ionization

Kenzo Hiraoka, Dilshadbek T. Usmanov, Satoshi Ninomiya, Stephanie Rankin-Turner, Satoko Akashi

International Journal of Mass Spectrometry 490 117073-117073 2023年8月
Structural basis of CXC chemokine receptor 1 ligand binding and activation.

Naito Ishimoto, Jae-Hyun Park, Kouki Kawakami, Michiko Tajiri, Kenji Mizutani, Satoko Akashi, Jeremy R H Tame, Asuka Inoue, Sam-Yong Park

Nature communications 14(1) 4107-4107 2023年7月11日
Evaluation of Drug Responses to Human β₂AR Using Native Mass Spectrometry

Michiko Tajiri, Shunsuke Imai, Tsuyoshi Konuma, Keiko Shimamoto, Ichio Shimada, Satoko Akashi

ACS Omega 2023年6月28日査読有り最終著者責任著者
Histone H3 lysine 27 crotonylation mediates gene transcriptional repression in chromatin.

Nan Liu, Tsuyoshi Konuma, Rajal Sharma, Deyu Wang, Nan Zhao, Lingling Cao, Ying Ju, Di Liu, Shuai Wang, Almudena Bosch …

Molecular cell 83(13) 2206-2221 2023年6月6日
Evaluation for Ion Heating of H2A-H2B Dimer in Ion Mobility Spectrometry-Mass Spectrometry.

Kazumi Saikusa, Daiki Asakawa, Sotaro Fuchigami, Satoko Akashi

Mass spectrometry (Tokyo, Japan) 12(1) A0131 2023年
Native Mass Spectrometry of BRD4 Bromodomains Linked to a Long Disordered Region

Nanako Azegami, Rina Taguchi, Noa Suzuki, Yusuke Sakata, Tsuyoshi Konuma, Satoko Akashi

Mass Spectrometry 11(1) A0110-A0110 2022年12月28日最終著者責任著者
Cryo-electron microscopy structure of the H3-H4 octasome without histones H2A and H2B

Kayo Nozawa, Yoshimasa Takizawa, Leonidas Pierrakeas, Kazumi Saikusa, Satoko Akashi, Ed Luk, Hitoshi Kurumizaka

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 119(45) e2206542119 2022年11月8日
Hybrid in vitro/in silico analysis of low-affinity protein-protein interactions that regulate signal transduction by Sema6D

Tsubasa Tanaka, Toru Ekimoto, Meri Nagatomo, Makiko Neyazaki, Erena Shimoji, Tsutomu Yamane, Sakura Kanagawa, Rika Oi, Emiko Mihara, Junichi Takagi …

Protein Sci. 2022年9月
Mechanistic insights into intramembrane proteolysis by E. coli site-2 protease homolog RseP

Yuki Imaizumi, Kazunori Takanuki, Takuya Miyake, Mizuki Takemoto, Kunio Hirata, Mika Hirose, Rika Oi, Tatsuya Kobayashi, Kenichi Miyoshi, Rie Aruga …

Science Advances 8(34) 2022年8月26日査読有り
Metal distribution in Cu/Zn-superoxide dismutase revealed by native mass spectrometry.

Michiko Tajiri, Hiroto Aoki, Atsuko Shintani, Kaori Sue, Satoko Akashi, Yoshiaki Furukawa

Free radical biology & medicine 183 60-68 2022年4月
Comparative study of H3O+ (aq) and NH4+ (aq) on electrophoresis, protonating ability, and sodiation of proteins

Kenzo Hiraoka, Satoshi Ninomiya, Stephanie Rankin-Turner, Satoko Akashi

International Journal of Mass Spectrometry 471 116728-116728 2022年1月
Single-Cell Native Mass Spectrometry of Human Erythrocytes.

Waka Sakamoto, Nanako Azegami, Tsuyoshi Konuma, Satoko Akashi

Analytical chemistry 93(17) 6583-6588 2021年5月4日
Structural plasticity of a designer protein sheds light on β-propeller protein evolution.

Mylemans B, Laier I, Kamata K, Akashi S, Noguchi H, Tame JR, Voet AR.

FEBS J 288(2) 530-545 2021年1月査読有り
Screening of protein-ligand interactions under crude conditions by native mass spectrometry.

Kotaro Takano, Shunsuke Arai, Seiji Sakamoto, Hiroshi Ushijima, Takahisa Ikegami, Kazumi Saikusa, Tsuyoshi Konuma, Itaru Hamachi, Satoko Akashi

Analytical and bioanalytical chemistry 412(17) 4037-4043 2020年7月査読有り最終著者責任著者
Native Mass Spectrometry of Protein and DNA Complexes Prepared in Nonvolatile Buffers

Kazumi Saikusa, Daiki Kato, Aritaka Nagadoi, Hitoshi Kurumizaka, Satoko Akashi

Journal of the American Society for Mass Spectrometry 31(3) 711-718 2020年3月4日査読有り最終著者
Mass Spectrometric Characterization of Histone H3 Isolated from in-Vitro Reconstituted and Acetylated Nucleosome Core Particle.

Kazumi Saikusa, Haruna Hidaka, Shunsuke Izumi, Satoko Akashi

Mass spectrometry (Tokyo, Japan) 9(1) A0090 2020年査読有り最終著者

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MISC

FACTによって引き起こされるヘキサゾーム構造の電子顕微鏡解析

津中康央, 真柳浩太, 七種和美, 七種和美, 七種和美, 宮崎直幸, 宮崎直幸, 明石知子, 岩崎憲治, 岩崎憲治 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
電子顕微鏡構造からFACTを介したクロマチンリモデリングの分子機構にせまる

津中康央, 真柳浩太, 七種和美, 七種和美, 宮崎直幸, 明石知子, 岩崎憲治, 岩崎憲治, 西村善文, 森川耿右

日本細胞生物学会大会(Web) 71st ROMBUNNO.2P‐019(2SDa‐04) (WEB ONLY) 2019年
ヌクレオソーム構造変換におけるFACT酸性天然変性領域の新たな分子機能

津中康央, 真柳浩太, 七種和美, 七種和美, 宮崎直幸, 明石知子, 岩崎憲治, 西村善文, 森川耿右

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st ROMBUNNO.1P‐0161 (WEB ONLY) 2018年
ジストログリカノパチー原因遺伝子産物Protein O-Mannosyl Kinaseの構造解析

長江雅倫, 長江雅倫, MISHRA Sushil K., 根谷崎牧子, 大井里香, 池田明美, 松垣直宏, 明石知子, 萬谷博, 弘瀬友理子 …

日本糖質学会年会要旨集 36th 2017年
ヒストンH2A/H2B二量体の気相中における構造多様性の要因

七種和美, 長土居有隆, 原佳那, 渕上壮太郎, 胡桃坂仁志, 西村善文, 明石知子

質量分析総合討論会講演要旨集 62nd 18 2014年5月7日
Structural Characterization of the Histone Multimers in the Gas Phase using Ion Mobility Mass Spectrometry and Molecular Dynamics Simulation

Kazumi Saikusa, Sotaro Fuchigami, Kyohei Takahashi, Yuuki Asano, Aritaka Nagadoi, Hiroaki Tachiwana, Hitoshi Kurumizaka, Mitsunori Ikeguchi, Yoshifumi Nishimura, Satoko Akashi

BIOPHYSICAL JOURNAL 106(2) 464A-464A 2014年1月
テイル欠損したヌクレオソームの調製と修飾による構造変化の解析

前澤拓也, 七種和美, 長土居有隆, 胡桃坂仁志, 西村善文, 明石知子

日本生化学会大会(Web) 87th 3P-488 (WEB ONLY) 2014年
ヌクレオソームコアの再構成生成物の質量分析

畦上菜々子, 七種和美, 戸所泰人, 長土居有隆, 胡桃坂仁志, 西村善文, 明石知子

質量分析総合討論会講演要旨集 61st 145 2013年9月2日
イオンモビリティ質量分析と分子動力学シミュレーションを用いたヒストン多量体の構造解析

七種和美, 渕上壮太郎, 浅野裕輝, 高橋恭平, 長土居有隆, 立和名博昭, 胡桃坂仁志, 池口満徳, 西村善文, 明石知子

質量分析総合討論会講演要旨集 61st 93 2013年9月2日
質量分析を用いたヌクレオソームのアセチル化に伴う構造変化の解析

畔上奈々子, 七種和美, 神蔵祐典, 戸所泰人, 立和名博昭, 長土居有隆, 胡桃坂仁志, 西村善文, 明石知子

日本生化学会大会(Web) 85th 3P-742 (WEB ONLY)-742 2012年
Deimination stabilizes histone H2A/H2B dimers as revealed by electrospray ionization mass spectrometry (vol 45, pg 900, 2010)

Shingo Shimoyama, Aritaka Nagadoi, Hiroaki Tachiwana, Michiyuki Yamada, Mamoru Sato, Hitoshi Kurumizaka, Yoshifumi Nishimura, Satoko Akashi

JOURNAL OF MASS SPECTROMETRY 45(10) 1232-1232 2010年10月
質量分析によるタンパク質-タンパク質およびタンパク質-RNA複合体の構造研究 : X線結晶構造解析と質量分析で見えてくる生体超分子の構造

明石知子, 渡邊真宏, HEDDLE Jonathan G., 雲財悟, 朴三用, TAME Jeremy R. H.

日本結晶学会誌 51(1) 105-106 2009年2月28日
レーザースプレー質量分析が可能にした生体高分子複合体の結合親和性の定量的な解析

明石知子, 史向国, 高見沢淳, 西村善文, 平岡賢三

J. Mass Spectrom. Soc. Jpn 56(3) 155-161 2008年
難結晶性生体超分子複合体の溶液構造を解析する -様々な手法を駆使して基本転写因子 TFIIE の構造を解析-

明石知子

化学と生物 45(2) 2007年
Top-down analysis of basic proteins by microchip capillary electrophoresis mass spectrometry (vol 20, pg 1932, 2006)

Satoko Akashi, Koichi Suzuki, Akihiro Arai, Naoyuki Yamada, Ei-Ichiro Suzuki, Kazuo Hirayama, Shin Nakamura, Yoshifumi Nishimura

RAPID COMMUNICATIONS IN MASS SPECTROMETRY 20(15) 2368-2368 2006年
Structural and functional characterization of biological macromolecules by mass spectrometry

Satoko Akashi

YAKUGAKU ZASSHI-JOURNAL OF THE PHARMACEUTICAL SOCIETY OF JAPAN 126(10) 915-929 2006年
タンパク質の構造解析法としての質量分析

明石知子

ぶんせき (368) 426-431 2005年8月5日
非スプリット低流速LC/MSによるペプチドの分析--もっと手軽に高感度な低流速LC/MS分析を行う

伊藤喜之, 西村善文, 明石知子

Jasco report 45(2) 1-7 2003年9月
Observation of hydrogen-deuterium exchange of ubiquitin by direct analysis of electrospray capillary-skimmer dissociation with Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry (vol 71, pg 4974, 1999)

S Akashi, Y Naito, K Takio

ANALYTICAL CHEMISTRY 72(1) 259-259 2000年1月
Evaluation of Binding Affinity of N-Terminally Truncated Forms of Cystatin for Papain with Electrospray Ionization Mass Spectrometry

AKASHI Satoko

48(5) 2000年

書籍等出版物

現代質量分析学

明石知子 (担当:共著, 範囲:第26章生体超分子)

化学同人 2013年
“試料分析講座タンパク質分析”、日本分析化学会編

明石知子 (担当:共著, 範囲:5.3 タンパク質複合体のネイティブ質量分析)

丸善出版 2012年
翻訳後修飾のプロテオミクス－質量分析装置を中心とした分析法の原理－

明石知子 (担当:共著, 範囲:4章 4.13.2 質量分析法による脱イミノ化の検出)

講談社 2011年
生命科学のための機器分析実験ハンドブック

羊土社 2007年
Ⅱ-8 タンパク質の相互作用の解析(2) －タンパク質相互作用部位の解析書名：生命科学の最新マヌスペクトロメトリーゲノム創菜をめざして

講談社サイエンティフィク 2002年
2.2 FTICR MSとH/D交換を用いたタンパク質の構造解析書名：現代化学増刊42 プロテオミクス－方法とその病態解析への応用

東京化学同人 2002年
"Biological Mass Spectrometry : Present Future" , [Proc. Kyoto '92 Int. Conf.](共著)

John Wiley & Sons Ltd. 1994年
"Biological Mass Spectrometry : Present Future" , [Proc. Kyoto '92 Int. Conf.](共著)

John Wiley & Sons Ltd. 1994年

主要な講演・口頭発表等

117

Native mass spectrometry of protein-ligand complexes under crude conditions

明石知子

The 10th Asian Oceanic Mass Spectrometry Conference 2020年1月5日招待有り

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

ネイティブ質量分析による未精製膜タンパク質の特性解析法の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2024年3月

明石知子
生命金属動態解析を目指したタンパク質のネイティブ質量分析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年6月 - 2024年3月

明石知子
夾雑環境下でのタンパク質相互作用の観測を可能とするネイティブ質量分析法の構築

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年4月 - 2020年3月

明石知子
細胞からサンプリングするタンパク質複合体のネイティブ質量分析法の開発

中谷医工計測技術振興財団開発研究助成金 2019年4月 - 2020年3月

明石知子
修飾ヌクレオソームの質量分析による構造生物学

日本学術振興会科学研究費補助金基盤(C) 2017年4月 - 2020年3月

明石知子
夾雑環境下でのネイティブ質量分析によるタンパク質相互作用の観測と追跡

文部科学省科学研究費補助金新学術領域公募研究 2018年4月 - 2019年6月

明石知子
結晶構造解析できないタンパク質の気相および溶液における構造の比較

日本学術振興会科学研究費補助金基盤(C) 2014年4月 - 2017年3月

明石知子
X線結晶構造解析が不可能な修飾ヌクレオソームコアの構造解析

住友財団 2013年度住友財団基礎科学研究助成金 2013年11月 - 2015年3月

明石知子
天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年7月 - 2014年3月

佐藤衛, 柴田武彦, 太田元規, 明石知子, 石野良純, 肥後順一, 西村善文, 藤井義明, 石川冬木, 中村春木, 森川耿右
天然変性タンパク質の動的構造解析 -質量分析による解析-

文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究計画研究 2009年8月 - 2014年3月

明石知子
イオンモビリティ質量分析による生体超分子のコンフォメーション解析

日本学術振興会科学研究費補助金基盤(C) 2010年4月 - 2012年3月

明石知子
天然変性タンパク質の動的構造と機能制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2008年 - 2012年

西村善文, 明石知子, 長土居有隆
ソフトな相互作用からなる、塩濃度に敏感な複合体の溶液構造の解析」（2007-2008年度

文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究公募研究 2007年4月 - 2009年3月

明石知子
核内転写関連因子の天然変性状態と動的構造解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2008年 - 2008年

西村善文, 明石知子, 長土居有隆
ソフトな相互作用からなる複合体の MS と NMR による統合的な構造解析法の開発

文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究公募研究 2005年4月 - 2007年3月

明石知子
2重らせんDNAに結合するタンパク質の体系的構造解析のための基盤研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2005年 - 2007年

西村善文, 明石知子
クロスリンク法と質量分析、NMR をインテグレイトした複合体の構造解析法の開発

文部科学省科学研究費補助金新学術領域研究公募研究 2004年4月 - 2005年3月

明石知子
染色体末端テロメアの構造生物学

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2005年

西村善文, 明石知子
バイオ質量分析におけるイオン化法の開発「各種イオン化法を駆使した生体反応の解析」

科学技術振興調整費 2003年 - 2005年
Development of ionization methods in mass spectrometry for biological molecules. -Characterization of biological reactions using mass spectrometry with newly dveloped ionization methods-

Special Coordination Funds for Promoting Science and Technology 2003年 - 2005年

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その他

第65回質量分析総合討論会実行委員長

2017年5月 - 2017年5月

参加者数約600名の学術会議の実行委員長

明石知子

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

主要な講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

その他

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