長谷武志 (Takeshi Hase) - マイポータル

基本情報

所属: 特定非営利活動法人システム・バイオロジー研究機構 Senior Scientist (Adjunct)
: 東京医科歯科大学統合教育機構イノベーション人材育成部門特任教授 (特任教授)

学位: Master(Science)(Keio University)
Ph.D (Medical Science)(Tokyo Medical and Dental University)

通称等の別名: 長谷武志
J-GLOBAL ID: 200901019432228666
researchmap会員ID: 5000036433

研究キーワード

研究分野

主要な経歴

2024年4月 - 現在

文部科学省科学技術・学術政策研究所, 客員研究官 (客員研究官)
2023年10月 - 現在

特定非営利活動法人システム・バイオロジー研究機構, Senior Scientist (Adjunct)
2023年6月 - 現在

東京医科歯科大学, 統合教育機構イノベーション人材育成部門, 特任教授
2023年5月 - 現在

大阪大学, 数理・データ科学教育研究センター, 招へい教授
2021年4月 - 現在

国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所, 感染病態制御ワクチンプロジェクト, 客員研究員
2021年3月 - 現在

SBX BioSciences co. ltd, Research, adjunct researcher (adjunct researcher)
2020年4月 - 現在

慶応義塾大学, 薬学部, 客員准教授
2018年4月 - 現在

株式会社 SBX, 研究部門, 非常勤研究員
2017年4月 - 現在

NPO法人・次世代生命医学研究所, 研究部門, 兼任研究員
2017年10月 - 2023年9月

特定非営利活動法人システム・バイオロジー研究機構, 訪問研究員
2021年4月 - 2023年5月

東京医科歯科大学, 統合教育機構イノベーション人材育成部門, 特任准教授
2017年10月 - 2021年3月

東京医科歯科大学, 医療データ科学推進室, 特任准教授
2013年4月 - 2018年3月

独立行政法人理化学研究所横浜研究所, 統合生命科学研究センター疾患モデリンググループ, 訪問研究員
2013年1月 - 2017年10月

株式会社 SBX, 研究部門, 非常勤研究員
2010年12月 - 2017年10月

特定非営利活動法人システム・バイオロジー研究機構, 研究員
2010年12月 - 2015年3月

東京医科歯科大学大学院疾患生命科学研究部システム情報生物学, 特任助教
2011年4月 - 2013年3月

済世会川口看護専門学校, 非常勤講師
2010年4月 - 2010年11月

東京医科歯科大学難治疾患研究所, 非常勤講師
2010年2月 - 2010年11月

独立行政法人理化学研究所横浜研究所植物科学研究センター機能開発研究グループ, 特別研究員
2008年4月 - 2010年1月

東京医科歯科大学情報処理センター, 特任助教
2007年4月 - 2010年1月

日本大学医学部物理学教室, 非常勤講師
2005年4月 - 2010年1月

済生会川口看護専門学校, 非常勤講師
2006年5月 - 2008年3月

東京医科歯科大学情報処理センター, リサーチアシスタント
2006年4月 - 2007年3月

河合塾, フェロー
2000年4月 - 2002年3月

慶應義塾大学理工学部物理学科, ティーチングアシスタント

学歴

2002年 - 2008年

東京医科歯科大学, 医歯学総合研究科, 医科学
2000年 - 2002年

慶應義塾大学, 理工学研究科, 基礎理工学専攻物理学専修
1996年 - 2000年

慶應義塾大学, 理工学部, 物理学科
1992年 - 1995年

両国高校

主要な論文

Machine Learning Prediction of Tongue Pressure in Elderly Patients with Head and Neck Tumor: A Cross-Sectional Study

Han, X, Bai, Z, Mogushi, K, Hase, T, Takeuchi, K, Iida, Y, Sumita, Y.I, Wakabayashi

Journal of Clinical Medicine 13(8) 2363 2024年4月査読有り
DTox: A deep neural network-based in visio lens for large scale toxicogenomics data

Takeshi Hase, Samik Ghosh, Ken-ichi Aisaki, Satoshi Kitajima, Jun Kanno, Hiroaki Kitano, Ayako Yachie

The Journal of Toxicological Sciences 49(3) 105-115 2024年3月査読有り筆頭著者
Aberrant morphometric networks in Alzheimer's disease have hemispheric asymmetry and age dependence

Hiroyuki Maruoka, Takaaki Hattori, Takeshi Hase, Kunihiko Takahashi, Masahiro Ohara, Satoshi Orimo, Takanori Yokota

European Journal of Neuroscience 59(6) 1332-1347 2023年12月17日
Development of a predictive model for nephrotoxicity during tacrolimus treatment using machine learning methods

Tsubura Noda, Shotaro Mizuno, Kaoru Mogushi, Takeshi Hase, Yoritsugu Iida, Katsuyuki Takeuchi, Yasuyoshi Ishiwata, Masashi Nagata

British Journal of Clinical Pharmacology 90(3) 675-683 2023年11月28日
(Research article) Polysulfide Serves as a Hallmark of Desmoplastic Reaction to Differentially Diagnose Ductal Carcinoma In Situ and Invasive Breast Cancer by SERS Imaging

Akiko Kubo, Yohei Masugi, Takeshi Hase, Kengo Nagashima, Yuko Kawai, Minako Takizawa, Takako Hishiki, Megumi Shiota, Masatoshi Wakui, Yuko Kitagawa …

Antioxidants 12(2) 240-240 2023年1月査読有り
A Prehospital Triage System to Detect Traumatic Intracranial Hemorrhage Using Machine Learning Algorithms.

Abe D, Inaji M, Hase T, Takahashi S, Sakai R, Ayabe F, Tanaka Y, Otomo Y, Maehara T

JAMA Network Open 5(6) e2216393 2022年6月査読有り
(Book Chapter) "Chapter 7: Toxicity Analysis of Pentachlorophenol Data with a Bioinformatics Tool Set." - Systems Medicine (Bai, J.P., Hur, J. (eds))

(* Natalia Polouliakhand and Takeshi Hase contributed equally to this work), *Natalia Polouliakh, *Takeshi Hase, Samik Ghosh, Hiroaki Kitano

Methods in Molecular Biology 105-125 2022年4月招待有り筆頭著者
Sub-GOFA: A tool for Sub-Gene Ontology function analysis in clonal mosaicism using semantic (logical) similarity

Katsuda T, Sato N, Mogushi K, Hase T, Muramatsu M

Bioinformation 18(1) 53-60 2022年1月査読有り
Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network

(*Takeshi Hase is a part of, FANTOM consortium), Grapotte M, Saraswat M, Bessière C, Menichelli C, Ramilowski JA, Severin J, Hayashizaki Y, Itoh M …

Nature Communications 12,(1) 3297 2021年6月査読有り
Artificial intelligence-based computational framework for drug-target prioritization and inference of novel repositionable drugs for Alzheimer’s disease

(*Shingo Tsuji and Takeshi Hase contributed equally to this work), *Shingo Tsuji, *Takeshi Hase, Ayako Yachie-Kinoshita, Taiko Nishino, Samik Ghosh, Masataka Kikuchi, Kazuro Shimokawa, Hiroyuki Aburatani, Hiroaki Kitano …

Alzheimer's Research & Therapy 13(1) 92 2021年5月査読有り筆頭著者
Disease-related cellular protein networks differentially affected under different EGFR mutations in lung adenocarcinoma

(*These authors contributed equally: Toshihide Nishimura, Haruhiko Nakamura, Ayako Yachie, Takeshi Hase and Kiyonaga Fujii), *Toshihide Nishimura, *Haruhiko Nakamura, *Ayako Yachie, *Takeshi Hase, *Kiyonaga Fujii, Hirotaka Koizumi, Saeko Naruki, Masayuki Takagi, Yukiko Matsuoka …

Scientific Reports 10(1) 10881 2020年12月査読有り筆頭著者
Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen

(*Takeshi Hase is a part of AstraZeneca-Sanger Drug Combination DREAM Consortium), Menden MP, Wang D, Mason MJ, Szalai B, Bulusu KC, Guan Y, Yu T, Kang J, Jeon M …

Nature Communications 10(1) 2674 2019年12月1日査読有り
AI とBig Data におけるDrug Discovery（創薬）への可能性

長谷武志, 谷内江綾子, 辻真吾

ICUとCCU 43(4) 191-198 2019年6月招待有り筆頭著者
(Research article) A dual controllability analysis of influenza virus-host protein-protein interaction networks for antiviral drug target discovery

Emily E. Ackerman, John F. Alcorn, Takeshi Hase, Jason E. Shoemaker

BMC Bioinformatics 20 297 2019年6月査読有り
(Book Chapter) "Chapter 13. Cancer Network Medicine". - Network Medicine: Complex Systems in Human Disease and Therapeutics (Joseph Loscalzo, Albert-László Barabási, and Edwin K. Silverman (Eds.))

Takeshi Hase, Samik Ghosh, Sucheendra K. Palaniappan, Hiroaki Kitano

Network Medicine 294-323 2017年12月31日招待有り筆頭著者
Precise Temporal Profiling of Signaling Complexes in Primary Cells Using SWATH Mass Spectrometry

Etienne Caron, Romain Roncagalli, Takeshi Hase, Witold E. Wolski, Meena Choi, Marisa G. Menoita, Stephane Durand, Antonio Garcia-Blesa, Ivo Fierro-Monti, Tatjana Sajic …

CELL REPORTS 18(13) 3219-3226 2017年3月査読有り
A machine learning approach for the identification of key markers involved in brain development from single-cell transcriptomic data

Yongli Hu, Takeshi Hase, Hui Peng Li, Shyam Prabhakar, Hiroaki Kitano, See Kiong Ng, Samik Ghosh, Lawrence Jin Kiat Wee

BMC GENOMICS 17(Suppl 13) 19-29 2016年12月査読有り
Effect of placebo and lorazepam on functional connectivity in fearful vocal processing: an fMRI study

Michihiko Koeda, Takeshi Hase, Tomoko Hama, Yumiko Ikeda, Noriaki Yahata, Amane Tateno, Hidehiko Takahashi, Masato Matsuura, Hidenori Suzuki, Yoshiro Okubo

INTERNATIONAL JOURNAL OF NEUROPSYCHOPHARMACOLOGY 19(Suppl_1) 54-54 2016年6月査読有り
Inferring causal molecular networks: empirical assessment through a community-based effort

(*Takeshi Hase is a part of HPN-DREAM Consortium), Hill SM, Heiser LM, Cokelaer T, Unger M, Nesser NK, Carlin DE, Zhang Y, Sokolov A, Paull EO …

NATURE METHODS 13(4) 310-318 2016年4月査読有り
A computational approach to prioritize drug-target genes in the human protein interaction network

Hase T, Kikuchi K, Ghosh S, Kitano H, Tanaka H

The proceedings of The 21st International Symposium on Artificial Life and Robotics 2016 (AROB 21st 2016) 871-876 2016年1月査読有り招待有り筆頭著者
(Research article) Network analyses based on comprehensive molecular interaction maps reveal robust control structures in yeast stress response pathways.

Eiryo Kawakami, Vivek K Singh, Kazuko Matsubara, Takashi Ishii, Yukiko Matsuoka, Takeshi Hase, Priya Kulkarni, Kenaz Siddiqui, Janhavi Kodilkar, Nitisha Danve …

npj Systems Biology and Applications 2 15018-15018 2016年1月査読有り
Controllability of protein-protein interaction networks and their relationships with drug-targets, essential genes, and degree connectivities.

Hase T, Kikuchi K, Ghosh S, Kitano H, Tanaka H

The proceedings of The 20th International Symposium on Artificial Life and Robotics 2015 (AROB 20th 2015) 813-818 2015年1月査読有り招待有り筆頭著者
(Research article) Identification of drug-target modules in the human protein–protein interaction network

Takeshi Hase, Kaito Kikuchi, Samik Ghosh, Hiroaki Kitano, Hiroshi Tanaka

Artificial Life and Robotics 19(4) 406-413 2014年12月10日査読有り招待有り筆頭著者
Harnessing Diversity towards the Reconstructing of Large Scale Gene Regulatory Networks

Takeshi Hase, Samik Ghosh, Ryota Yamanaka, Hiroaki Kitano

PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY 9(11) e1003361 2013年11月査読有り筆頭著者
A comprehensive map of the influenza A virus replication cycle.

Yukiko Matsuoka, Hiromi Matsumae, Manami Katoh, Amie J Eisfeld, Gabriele Neumann, Takeshi Hase, Samik Ghosh, Jason E Shoemaker, Tiago J S Lopes, Tokiko Watanabe …

BMC systems biology 7(97) 97-97 2013年10月2日査読有り
(Book Chapter) "Chapter 20. Protein-Protein Interaction Networks: Structures, Evolution, and Application to Drug Design" - Protein-Protein Interactions - Computational and Experimental Tools (W. Cai, H. Hong (eds.))

Takeshi Hase, Yoshihito Niimura

Protein-Protein Interactions - Computational and Experimental Tools 405-426 2012年3月30日招待有り筆頭著者
Origin and evolution of genes related to ABA metabolism and its signaling pathways

Kousuke Hanada, Takeshi Hase, Tetsuro Toyoda, Kazuo Shinozaki, Masanori Okamoto

JOURNAL OF PLANT RESEARCH 124(4) 455-465 2011年7月査読有り招待有り
Difference in gene duplicability may explain the difference in overall structure of protein-protein interaction networks among eukaryotes

Takeshi Hase, Yoshihito Niimura, Hiroshi Tanaka

BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY 10 358 2010年11月査読有り筆頭著者
Structure of Protein Interaction Networks and Their Implications on Drug Design

Takeshi Hase, Hiroshi Tanaka, Yasuhiro Suzuki, So Nakagawa, Hiroaki Kitano

PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY 5(10) e1000550 2009年10月査読有り筆頭著者
(Issue image) Cloud topology in the yeast protein interaction network (PLoS Computational Biology Issue Image | Vol. 5(10) October 2009, see also Hase et al. doi:10.1371/journal.pcbi.1000550).

Hiroaki Kitano, Takeshi Hase

PLoS Computational Biology 5(10) ev05.i10 2009年査読有り最終著者
Non-Uniform Survival Rate of Heterodimerization Links in the Evolution of the Yeast Protein-Protein Interaction Network

Takeshi Hase, Yoshihito Niimura, Tsuguchika Kaminuma, Hiroshi Tanaka

PLOS ONE 3(2) e1667 2008年2月査読有り筆頭著者

MISC

恐怖音声認知・脳処理時の機能的結合に対するプラセボ・ロラゼパムの効果機能的MRI研究

肥田道彦, 長谷武志, 濱智子, 池田裕美子, 八幡憲明, 舘野周, 高橋英彦, 松浦雅人, 鈴木秀典, 大久保善朗

日本神経精神薬理学会年会プログラム・抄録集 46回 215-215 2016年7月
1P301 タンパク質間相互作用ネットワークのトポロジー構造における構造決定因子について(数理生物学))

長谷武志, 荻島創一, 中川草, 田中博

生物物理 45 S107 2005年
(proceedings) The Specificity of Topology of the Protein-Protein Interactions in Yeast and Its Biological Characteristics

Suzuki Y, S Nakagawa, T Hase, S Ogishima, H Tanaka

Journal of the Mass Spectrometry Society of Japan (proceedings) 53(3) 137-141 2005年
(proceedings) Molecular Evolutionary Analysis of Yeast Protein Interaction Network

Ogishima S, Hase T, Nakagawa S, Suzuki Y, Tanaka H

World Academy of Science, Engineering and Technology （proceedings) 11 69-72 2005年
1P297 タンパク質間相互作用ネットワークの進化における疎密構造と自己結合するタンパク質の持つ相互作用数の頻度分布との関係(数理生物学)

長谷武志, 荻島創一, 鈴木泰博, 中川草, 田中博

生物物理 44 S104 2004年
(proceedins)The analysis between functions and densities in yeast intercomplex protein-protein interactions

Nakagawa S, Ogishima S, Hase T, Suzuki Y, Tanaka H

The Fifteenth International conference on Genome Informatics (proceedings) 131-1,2 2004年
(proceedings) 酵母のタンパク質相互作用の細胞内局在ごとの分析

中川草, 鈴木泰博, 長谷武志, 荻島創一, 田中博

平成16年度数理モデル化と問題解決シンポジウム情報処理学会（proceedings) 361-366 2004年
タンパク質間相互作用ネットワークの枝数による階層構造

長谷武志, 鈴木泰博, 荻島創一, 田中博

生物物理 43 S244 2003年

書籍等出版物

先端医療と創薬のための疾患システムバイオロジー－オミックス医療からシステム分子医学へ－

田中博編著, 田中博, 高井貴子, 荻島創一, 茂櫛薫, 長谷武志 (担当:共著, 範囲:4.2.2項と口絵4を執筆)

培風館 2012年8月

講演・口頭発表等

ＡI駆動型の創薬・生命・医科学研究の最新動向 AI創薬・ケモインフォマティクスセミナー（オンライン開催）

長谷武志

データ関連人材育成プログラム全国ネットワーク 2023年11月24日招待有り
深層学習を基盤としたオミックスデータ解析とその創薬・毒性学研究への応用

長谷武志

年日本バイオインフォマティクス学会年会・第12回生命医薬情報学連合大会（日本オミックス医学会シンポジウム・ビッグ・データとAI が医学・医療を変革する）柏の葉カンファレンスセンター 2023年9月9日招待有り
ＡIを活用した創薬・生命・医科学研究の最新動向

長谷武志

医療・創薬データサイエンスコンソーシアム(MD-DSC), 2022 年度「データサイエンス人材育成プログラム」説明会（オンライン開催） 2023年3月24日 2023年3月24日招待有り
AI創薬研究の最新動向について

長谷武志

一般社団法人日本オミックス医学会シンポジウム AI創薬の最新の展開 2022年9月6日招待有り
AI 創薬の最新動向

Takeshi Hase

AI創薬・ケモインフォマティクスセミナー, データ関連人材育成プログラム全国ネットワーク 2022年7月8日招待有り
AI駆動型オミックスデータ解析とそのシステム毒性学・創薬研究への応用

Takeshi Hase, Ayako Yachie-Kinoshita, Samik Ghosh, Hiroaki Kitano

AI が牽引する生物学の展望と毒性学, 第49回日本毒性学会学術年会 2022年7月2日招待有り
AI 創薬研究の最新動向

長谷武志

医療・創薬データサイエンスコンソーシアム(MD-DSC), 2022 年度「データサイエンス人材育成プログラム」説明会 2022年3月31日招待有り
Artificial intelligence based drug-target repositioning across diverse diseases

Takeshi Hase

7th International Symposium on BioComplexity 2022年1月25日招待有り
AI を活用した創薬研究の最近の動向について

長谷武志

第二回MDDSC研究会 2021年10月15日
深層学習等を活用した生体内分子ネットワークの解析とその新規薬剤標的分子の探索への応用

長谷武志

第１０回生命医薬情報学連合大会 2021年9月29日招待有り
AI and network analysis based computational framework for drug-target repositioning

Takeshi Hase

7th International Symposium on BioComplexity 2021年1月23日招待有り
AIを用いたアルツハイマー病ドラッグリポジショニングの可能性について

長谷武志

第93回日本生化学会大会 2020年9月15日
深層学習を利用したネットワーク解析手法（Network embedding）の創薬研究への応用

長谷武志

第９回生命医薬情報学連合大会 2020年9月2日招待有り
Current and future application of PERCELLOME database as a part of big data to toxicological research

Ken-ichi Aisaki, Takeshi Hase, Satoshi Kitajima, Ryuichi Ono, Hiroaki Kitano, Jun Kanno

第４７回日本毒性学会学術大会 2020年7月1日
Towards an optimal dose of AI in biomedicine and healthcare

Samik GHOSH, Takeshi HASE, Ayako YACHIE, Sucheendra Kumar PALANIAPPAN

第４７回日本毒性学会学術大会 2020年6月30日
文化×バイオ×コンピュータでの解析-言語類型論に基づく言語データベースとゲノムデータの統合的解析の提案-

Hiromi Matsumae, Takeshi Hase, Kentaro Shimizu

第122回人文科学とコンピュータ研究会発表会 2020年2月1日
Neural network embedding of real neuronal networks

Takeshi Hase, Masanori Shimono

NETsciX 2020 2020年1月22日
ネットワーク科学と機械学習を組み合わせた解析ー創薬・生命科学研究への応用

長谷武志

ネットワーク科学セミナー2018 2018年8月31日平成30年度統計思考院公募型人材育成事業招待有り
(招待講演)DTOX: Deep neural network-based computational framework to analyze omics data in Toxicology

Takeshi Hase, Samik Ghosh, Ken-ichi Aisaki, Satoshi Kitajima, Jun Kanno, Hiroaki Kitano

OPENTOX ASIA 2018 2018年5月25日招待有り
(招待講演) Lecture 05: Application of machine learning methods to drug discovery

長谷武志

1st Big Data Machine Learning in Healthcare in Japan 2018年2月25日招待有り

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

ネットワーク解析と比較ゲノムを応用した薬剤標的分子を予測する数理モデルの構築

独立行政法人日本学術振興会科学研究費助成事業 2013年4月 - 2017年3月

長谷武志

社会貢献活動

CBI 学会 2016 年大会プログラム委員

企画, 運営参加・支援

The Chem-Bio Informatics Society CBI annual meeting 2016 Tower Hall Funabori (4-1-1 Funabori, Edogawa-ku, Tokyo) 2015年12月22日 - 2016年10月27日
(Session Chair) "Biological evolution" in The Twentieth International Symposium on Artificial Life and Robotics 2015 (AROB 20th 2015)

司会, 企画, 運営参加・支援

一般社団法人人工生命とロボット国際学会 THE TWENTIETH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON ARTIFICIAL LIFE AND ROBOTICS (AROB 20th 2015) B-Con Plaza, Beppu, Oita, JAPAN 2015年1月21日 - 2015年1月23日
Review Editor for Integrative Genetics and Genomics, Frontiers in Systems Biology

その他

その他

Reviewer for Frontiers in Systems Biology

2023年

https://www.frontiersin.org/journals/systems-biology
Reviewer for Chem-Bio Informatics Journal

https://www.jstage.jst.go.jp/browse/cbij
Reviewer for Artificial Life and Robotics

https://link.springer.com/journal/10015
Reviewer for Nutrition & Metabolism

https://nutritionandmetabolism.biomedcentral.com/
Reviewer for Genome Biology and Evolution

https://academic.oup.com/gbe
Reviewer for npi Systems Biology and Applications

https://www.nature.com/npjsba/
Reviewer for Gene

https://www.journals.elsevier.com/gene
Reviewer for Artificial Intelligence in the Life Sciences

https://www.journals.elsevier.com/artificial-intelligence-in-the-life-sciences
Reviewer for Scientific reports

https://www.nature.com/srep/
Reviewer for Computational and Structural Biotechnology Journal

https://www.journals.elsevier.com/computational-and-structural-biotechnology-journal
Reviewer for FEBS Open Bio

https://febs.onlinelibrary.wiley.com/journal/22115463
Reviewer for PLOS ONE

https://journals.plos.org/plosone/

長谷武志

基本情報

研究キーワード

研究分野

主要な経歴

学歴

主要な論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

社会貢献活動

その他

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共著者の一覧