奥田修二郎 (Shujiro Okuda) - マイポータル

基本情報

所属: 新潟大学医学部メディカルAIセンター教授

研究者番号: 00512310
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-7704-8104
J-GLOBAL ID: 200901054853171620
researchmap会員ID: 6000017415

外部リンク: https://bioinfo.med.niigata-u.ac.jp

研究キーワード

研究分野

経歴

2021年4月 - 現在

新潟大学医学部メディカルAIセンター, 教授
2017年4月 - 2021年3月

新潟大学大学院医歯学総合研究科, 准教授
2013年2月 - 2017年3月

新潟大学大学院医歯学総合研究科, テニュア・トラック准教授
2008年4月 - 2013年1月

立命館大学総合理工学院・生命科学部生命情報学科総合理工学院・生命科学部生命情報学科, 助教

学歴

2001年 - 2006年

京都大学, 理学研究科, 生物科学専攻
1997年 - 2001年

立命館大学, 理工学部, 生物工学科

論文

176

Reduced chondroitin sulfate content prevents diabetic neuropathy through transforming growth factor-β signaling suppression.

Hajime Ishiguro, Takashi Ushiki, Atsuko Honda, Yasuhiro Yoshimatsu, Riuko Ohashi, Shujiro Okuda, Asami Kawasaki, Kaori Cho, Suguru Tamura, Tatsuya Suwabe …

iScience 27(4) 109528-109528 2024年4月19日
Clonal origin and genomic diversity in Lynch syndrome‐associated endometrial cancer with multiple synchronous tumors: Identification of the pathogenicity of <scp>MLH1</scp> p.<scp>L582H</scp>

Kotaro Takahashi, Nozomi Yachida, Ryo Tamura, Sosuke Adachi, Shuhei Kondo, Tatsuya Abé, Hajime Umezu, Hiromi Nyuzuki, Shujiro Okuda, Hirofumi Nakaoka …

Genes, Chromosomes and Cancer 63(3) 2024年3月9日
Mucin phenotype and genetic alterations in non-V600E BRAF-mutated colorectal cancer

Hikaru Ozeki, Yoshifumi Shimada, Mae Nakano, Shuhei Kondo, Riuko Ohashi, Yamato Miwa, Daisuke Yamai, Akio Matsumoto, Kaoru Abe, Yosuke Tajima …

Human Pathology 2024年2月
Multi-omics analyses of choroid plexus carcinoma cell lines reveal potential targetable pathways and alterations.

Dina Hesham, Jotaro On, Nouran Alshahaby, Nada Amer, Sameh Magdeldin, Masayasu Okada, Yoshihiro Tsukamoto, Tetsuya Hiraishi, Chihaya Imai, Shujiro Okuda …

Journal of neuro-oncology 166(1) 27-38 2024年1月
神秘の生命物質、ポリアミンで実現する健康長寿社会腸内細菌由来のポリアミンによる宿主の寿命延伸効果の解析

下川ひろみ, 堀亜紀, 瀧原速仁, 門口響, 紺谷優季, 平野里佳, 松本光晴, 奥田修二郎, 倉石貴透, 栗原新

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 96回 [2S13e-03] 2023年10月
Mycobacterial DNA-binding protein 1 is critical for BCG survival in stressful environments and simultaneously regulates gene expression.

Amina K Shaban, Gebremichal Gebretsadik, Mariko Hakamata, Hayato Takihara, Erina Inouchi, Akihito Nishiyama, Yuriko Ozeki, Yoshitaka Tateishi, Yukiko Nishiuchi, Takehiro Yamaguchi …

Scientific reports 13(1) 14157-14157 2023年8月29日
Clinical significance of metastatic tumor deposit foci in rectal cancer in the lateral pelvic lymph node area.

Daisuke Yamai, Yoshifumi Shimada, Masato Nakano, Hikaru Ozeki, Akio Matsumoto, Kaoru Abe, Yosuke Tajima, Mae Nakano, Hiroshi Ichikawa, Jun Sakata …

International journal of clinical oncology 28(10) 1388-1397 2023年7月22日
Impact of Heavy Snowfall on Emergency Transport and Prognosis of Out-of-Hospital Cardiac Arrest Patients: A Nation-Wide Cohort Study.

Kentaro Omatsu, Mieko Uchiyama, Utako Shimizu, Yiwei Ling, Shujiro Okuda, Yu Koyama

Prehospital and disaster medicine 1-8 2023年7月14日
BCL11B expression in hepatocellular carcinoma relates to chemosensitivity and clinical prognosis.

Hiroyuki Abe, Kenya Kamimura, Shujiro Okuda, Yu Watanabe, Jun Inoue, Yutaka Aoyagi, Toshifumi Wakai, Ryo Kominami, Shuji Terai

Cancer medicine 12(14) 15650-15663 2023年7月
Enteropathway: the metabolic pathway database for the human gut microbiota

Hirotsugu Shiroma, Youssef Darzi, Etsuko Terajima, Zenichi Nakagawa, Hirotaka Tsuchikura, Naoki Tsukuda, Yuki Moriya, Shujiro Okuda, Susumu Goto, Takuji Yamada

2023年6月28日
Development of a lip vermilion epithelium reconstruction model using keratinocytes from skin and oral mucosa.

Eri Kobayashi, Yiwei Ling, Ryota Kobayashi, Emi Hoshikawa, Eriko Itai, Osamu Sakata, Shujiro Okuda, Eiji Naru, Kenji Izumi

Histochemistry and cell biology 2023年6月11日
大腸癌における細菌叢と臨床病理学的因子および予後との関連

田島陽介, 島田能史, 中野麻恵, 中野雅人, 山井大介, 阿部馨, 松本瑛生, 大関瑛, 宗岡悠介, 廣瀬雄己 …

日本外科学会定期学術集会抄録集 123回 SF-1 2023年4月
基礎研究と臨床からみた大腸癌のがんゲノム解析

島田能史, 中野麻恵, 松本瑛生, 山井大介, 田島陽介, 中野雅人, 宗岡悠介, 加納陽介, 市川寛, 石川博補 …

日本外科学会定期学術集会抄録集 123回 SF-3 2023年4月
下部直腸癌の側方領域転移症例における壁外非連続性癌進展病巣の臨床的意義

山井大介, 島田能史, 松本瑛生, 阿部馨, 田島陽介, 中野麻恵, 中野雅人, 宗岡悠介, 臼井賢司, 石川博補 …

日本外科学会定期学術集会抄録集 123回 DP-6 2023年4月
Copy number alteration is an independent prognostic biomarker in triple-negative breast cancer patients.

Masayuki Nagahashi, YiWei Ling, Chie Toshikawa, Tetsu Hayashida, Yuko Kitagawa, Manabu Futamura, Takashi Kuwayama, Seigo Nakamura, Hideko Yamauchi, Teruo Yamauchi …

Breast cancer (Tokyo, Japan) 30(4) 584-595 2023年3月17日
Escherichia coli-derived outer-membrane vesicles induce immune activation and progression of cirrhosis in mice and humans.

Kazuki Natsui, Atsunori Tsuchiya, Risa Imamiya, Mayuko Osada-Oka, Yui Ishii, Yohei Koseki, Nobutaka Takeda, Kei Tomiyoshi, Fusako Yamazaki, Yuki Yoshida …

Liver international : official journal of the International Association for the Study of the Liver 43(5) 1126-1140 2023年2月8日
人工知能深層学習による画像処理技術の医療への応用

永井貴大, 奥田修二郎

新潟医学会雑誌 137(2) 39-45 2023年2月
Glycan-related genes in human gut microbiota exhibit differential distribution and diversity in carbohydrate degradation and glycan synthesis.

Hayato Takihara, Shujiro Okuda

Frontiers in molecular biosciences 10 1137303-1137303 2023年
Current progress and critical challenges to overcome in the bioinformatics of mass spectrometry-based metaproteomics

Nobuaki Miura, Shujiro Okuda

Computational and Structural Biotechnology Journal 21 1140-1150 2023年
Gene panel testing detects important genetic alterations in ulcerative colitis-associated colorectal neoplasia.

Yoshifumi Shimada, Mae Nakano, Ken-Ichi Mizuno, Junji Yokoyama, Akio Matsumoto, Kana Tanaka, Hidehito Oyanagi, Masato Nakano, Yuki Hirose, Hiroshi Ichikawa …

Oncology letters 24(6) 442-442 2022年12月

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MISC

103

バイオインフォマティクスの世界(第16回)やってみようバイオインフォマティクス : エンリッチメント解析編

凌一葦, 永井貴大, 奥田修二郎

医学のあゆみ 282(7・8) 767-774 2022年8月20日
バイオインフォマティクスの世界(第13回)やってみようバイオインフォマティクス : RNA-seq解析編—Let's try bioinformatics : RNA-seq analysis

永井貴大, 凌一葦, 奥田修二郎

医学のあゆみ 282(3) 228-235 2022年7月16日
バイオインフォマティクスの世界(第13回)やってみようバイオインフォマティクス : SNP解析編—Let's try bioinformatics : SNP analysis

永井貴大, 凌一葦, 奥田修二郎

医学のあゆみ 282(2) 158-168 2022年7月9日
発酵食品に由来するポリアミン高産生菌Staphylococcus epidermidis FB146のポリアミン関連遺伝子の同定

白澤秀斗, 西山知里, 平野里佳, 平野里佳, 小柳喬, 奥田修二郎, 高木宏樹, 栗原新

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2022 2022年
メタプロテオミクスを強力に支援するタンパク質配列データベース構築法の研究-近縁種のゲノム情報活用による未知生物のアミノ酸配列予測-

三浦信明, 石濱泰, 奥田修二郎, 奥田修二郎

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
糖鎖科学ポータルGlyCosmos2021

山田一作, 塩田正明, 高橋悠志, 新町大輔, 小野多美子, 土屋伸一郎, 松原正陽, 木村直貴, 瀬野瑛, 細田正恵 …

日本糖質学会年会要旨集 40th 2021年
糖鎖とオミクスデータを統合化したGlyCosmos糖鎖科学ポータル

木下聖子, 塩田正明, 高橋悠志, 新町大輔, 小野多美子, 土屋伸一郎, 松原正陽, 木村直貴, 瀬野瑛, 細田正恵 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
発酵食品由来乳酸菌Latilactobacillus curvatus KP3-4はオルニチンデカルボキシラーゼを介してプトレッシンを合成する

平野里佳, 平野里佳, 久米愛子, 西山知里, 本田涼将, 白澤秀斗, 凌一葦, 杉山友太, 奈良未沙希, 下川ひろみ …

日本ポリアミン学会年会プログラム及び抄録集 12th (CD-ROM) 2021年
発酵食品に由来するポリアミン高産生菌Staphylococcus epidermidis FB146のプトレッシン産生機構の解明を目的とした全ゲノム解析

白澤秀斗, 西山知里, 平野里佳, 平野里佳, 小柳喬, 奥田修二郎, 高木宏樹, 栗原新

日本ポリアミン学会年会プログラム及び抄録集 12th (CD-ROM) 2021年
早期発症者と長期潜伏後発症者より分離した結核菌北京株のゲノム変異解析

袴田真理子, 袴田真理子, 瀧原速仁, 岩本朋忠, 岩本朋忠, 田丸亜貴, 尾関百合子, 西山晃史, 立石善隆, 菊地利明 …

結核(Web) 96(3) 2021年
結核菌北京株のゲノム解析と組織透明化/3次元イメージング「CUBIC」による抗酸菌感染の生体内モニタリング

袴田真理子, 袴田真理子, 瀧原速仁, 尾関百合子, 西山晃史, 立石善隆, 大橋璃子, 奥田修二郎, 田井中一貴, 菊地利明 …

日本細菌学雑誌(Web) 76(1) 2021年
かぶらずし由来Latilactobacillus curvatus KP3-4のプトレッシン産生機構の解明を目的とした全ゲノム解析

平野里佳, 平野里佳, 本田涼将, 西山知里, 白澤秀斗, 下川ひろみ, 河田明輝, 凌一葦, 小柳喬, 芦田久 …

日本乳酸菌学会誌 32(2) 2021年
The GlyCosmos portal as a partner in the GlySpace Alliance to provide access to integrated glycan-related data resources

Issaku Yamada, Masaaki Shiota, Daisuke Shimachi, Tamiko Ono, Shinichiro Tsuchiya, Masaaki Matsubara, Masae Hosoda, Akihiro Fujita, Nobuyuki P. Aoki, Yu Watanabe …

GLYCOBIOLOGY 30(12) 1023-1023 2020年12月
糖鎖とプロテオミクスの融合を目指すGlyCosmos Portal

山田一作, 塩田正明, 藤田晶大, 松原正陽, 土屋伸一郎, 小野多美子, 細田正恵, 李宣明, 渡辺由, 奥田修二郎 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 43rd 2020年
早期発症者と長期潜伏後発症者より分離した結核菌北京株のゲノム変異についての解析

袴田真理子, 袴田真理子, 瀧原速仁, 岩本朋忠, 田丸亜貴, 尾関百合子, 西山晃史, 立石善隆, 菊地利明, 奥田修二郎 …

日本細菌学雑誌(Web) 75(1) 2020年
抗酸菌症治療薬を目指した標的蛋白質の発現と精製

大原由貴子, 小林悠, 尾関百合子, 西山晃史, 立石善隆, 奥田修二郎, 神谷重樹, 北所健悟, 松本壮吉

日本細菌学雑誌 75(1) 74-74 2020年1月
カブトムシ幼虫の腸内環境と微生物群集構造について

和田典子, 岩淵範之, 瀧原速仁, 奥田修二郎, 砂入道夫, 岩田隆太郎, 安齋寛

日本微生物生態学会大会(Web) 33rd 2019年
プロテオゲノミクスのための解析プラットフォーム開発

上村駿人, 吉沢明康, 杉山直幸, 奥田修二郎, 石濱泰

日本分析化学会年会講演要旨集(Web) 68th 2019年
プロテオームおよび糖鎖関連の質量分析データリポジトリの開発

渡辺由, 木下聖子, 石濱泰, 奥田修二郎

質量分析総合討論会講演要旨集 67th 2019年
Gifu嫌気性培地を用いたヒト腸内常在菌叢最優勢32種の培養および短鎖脂肪酸発酵特性に基づくその評価

後藤愛那, 後藤愛那, 阪中幹祥, 阪中幹祥, 片山高嶺, 片山高嶺, 栗原新, 栗原新, 杉山友太, 奈良未沙希 …

Institute for Fermentation, Osaka. Research Communications (33) 2019年

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講演・口頭発表等

Computational Methods for the Interpretation of Clinical MetaOmics Data: from a ‘Bag of Genes’ to Ecosystem Networks and Clinical Markers.

International Human microbiome Congress 2011年
From Parts Lists to Ecosystem Networks: Development of a 2nd Generation Toolkit for MetaOmics Analysis.

Human Microbiome Research Conference 2010年
From Parts Lists to Ecosystem Networks: Development of a 2nd Generation Toolkit for MetaOmics Analysis.

Human Microbiome Research Conference 2010年
iPath: Interactive Pathways Explorer.

ECCB 2010 2010年
Network analysis of adverse drug interactions.

IBSB 2008 2008年
A systems biology approach to elucidating mechanisms underlying smog-induced airway inflammation.

8th Siena Meeting 2008年
Analysis of Tissue Specific Expression Patterns of Metabolic Pathway.

IBSB 2007 2007年
Pseudo-clique extraction method towards comprehensive clustering of orthologous genes in KEGG.

JSBI 2007 2007年
Analysis of the differences in metabolic network expansion between prokaryotes and eukaryotes.

IBSB 2006 2006年
Construction of the drug substructure library from the KEGG DRUG database.

IBSB 2006 2006年
Analysis of Tissue Specific Expression Patterns of Isozymes.

GIW 2006 2006年
Conservation of gene co-regulation between two prokaryotes: Bacillus subtilis and Escherichia coli.

IBSB 2005 2005年
Determining the Evolutionary direction of Protein Domain-Fusion Using Genomic Fusion Flux.

ISMB 2005 2005年
Analysis of the bacterial mRNAs recognized by RNA-binding proteins and compounds.

IBSB 2005 2005年
KAAS: KEGG Automatic Annotation Server.

GIW 2005 2005年
Prediction and Comparison of Coiled-Coil Proteins in Multiple Genomes.

IBSB 2004 2004年
Integration of biological features of multiple genomes: the construction of "Genome Indices" database.

IBSB 2004 2004年
Functional classification of coiled-coil proteins in multiple genomes.

GIW 2004 2004年
Analysis of the bacterial sequences recognized by RNA-binding proteins and compounds.

GIW 2004 2004年
Functional categorization of multiple genomes using KEGG OC in the genome indices.

GIW 2004 2004年

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

放射線・病理画像テクスチャ解析を用いた肺癌の腫瘍遺伝子変異量予測モデルの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

山崎元彦, 石川浩志, 大橋瑠子, 若井俊文, 奥田修二郎, 島田能史, 後藤達哉, 土田正則, 竹中朋祐, 河野幹寛
人工知能による心筋生検の読影を用いた重症心不全の統合的予後推測法の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

猪又孝元, 奥田修二郎, 柏村健
人工知能を用いた顔面神経麻痺の客観的主観評価システムの確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2026年3月

松田健, 奥田修二郎, 曽束洋平
緑内障による構造と機能の変化はどのように患者のQOLを障害するのか？

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

福地健郎, 赤木忠道, 坂上悠太, 五十嵐遼子, 植木智志, 奥田修二郎
不均一性の強い胃癌のHER2関連遺伝子異常を高精度に同定可能とする人工知能の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

臼井賢司, 宗岡悠介, 諸和樹, 島田能史, 梅津哉, 市川寛, 坂田純, 加納陽介, 須貝美佳, 奥田修二郎
乳癌における脂質メディエーターを標的とする薬物送達システムを用いた新規治療の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

永橋昌幸, 奥田修二郎, 盛本浩二, 張宗哲, 阿部学, 三好康雄, 大村谷昌樹, PRADIPTA AMBARA
難治性リンパ腫の免疫回避機構の解明と新しい治療法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

高田尚良, 奥田修二郎, 近藤英作, 齋藤憲
細胞追跡法と遺伝子ネットワーク解析による幹細胞の分化制御メカニズムの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2024年3月

加来賢, 奥田修二郎
トリプルネガティブ乳癌におけるTP53と脂質分子の相補的な細胞制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2024年3月

永橋昌幸, 奥田修二郎, 阿部学, 諸和樹, 土田純子
変異シグネチャー解析による固形癌の塩基置換パターン分類の確立及び臨床的意義の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

廣瀬雄己, 若井俊文, 奥田修二郎, 竹内志穂, 市川寛, 永橋昌幸, 坂田純, 島田能史
直腸癌化学放射線療法後の臨床的完全奏効に対する新規サーベイランス方法の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

島田能史, 奥田修二郎, 太田篤, 大橋瑠子, 若井俊文, 竹内志穂, 中野雅人, 凌一葦
消化器癌のゲノム高次元データ解析システムを基盤とした深層学習による人工知能の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

若井俊文, 奥田修二郎, 諸和樹, 島田能史, 永橋昌幸, 松田康伸, 市川寛, 坂田純
リンパ節におけるリンパ洞フィルターの分子・細胞基盤と免疫応答制御

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

片貝智哉, 奥田修二郎, 平島正則
ミクロの視点から解明する乳児期の菌叢形成メカニズム：酵素機能解析の新展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

片山高嶺, 伏信進矢, 奥田修二郎, 北岡本光, 杉山友太
潰瘍性大腸炎術後回腸嚢炎の発症機序解明：腸内細菌叢および脂質メディエーターの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

亀山仁史, 奥田修二郎, 廣瀬雄己, 島田能史, 中野麻恵, 竹内志穂, 中野雅人, 小柳英人, 永橋昌幸, 田島陽介
消化器領域におけるヒト共生細菌叢と宿主の癌遺伝子異常との相互作用の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2019年6月 - 2022年3月

若井俊文, 奥田修二郎, 坂田純, 島田能史, 永橋昌幸, 市川寛, 廣瀬雄己, 油座築
経験による大脳抑制性ニューロンの形態形成と機能分化メカニズムの解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

杉山清佳, 奥田修二郎, 高田美絵子
乳癌免疫微小環境における脂質メディエーター分子の役割解明と治療応用を目指した研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

永橋昌幸, 奥田修二郎, 阿部学, 諸和樹, 崎村建司, 若井俊文, 土田純子, 五十嵐道弘
HER2陽性胃癌における遺伝子異常の包括的評価と臨床的意義の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2019年4月 - 2022年3月

臼井賢司, 奥田修二郎, 島田能史, 永橋昌幸, 若井俊文, 羽入隆晃, 市川寛, 石川卓, 小杉伸一
胃癌マイクロサテライト不安定性評価の検証と薬物治療における臨床的意義の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2019年4月 - 2022年3月

羽入隆晃, 奥田修二郎, 永橋昌幸, 市川寛, 石川卓, 小杉伸一, 加納陽介

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産業財産権

WO2019-159821 高頻度変異型癌の判別システム、プログラム及び方法

若井俊文, 奥田修二郎, 島田能史, 井筒浩, 兒玉啓輔

奥田修二郎

基本情報

研究キーワード

研究分野

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学歴

論文

MISC

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

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