酒井義文 (Yoshifumi Sakai) - マイポータル

基本情報

所属: 東北大学大学院農学研究科・農学部生物産業創成科学専攻生物産業情報科学講座海洋生命遺伝情報システム学准教授

学位: 博士（情報科学）(東北大学)
修士（工学）(東北大学)

J-GLOBAL ID: 200901024871559397
researchmap会員ID: 1000191045

外部リンク: https://www.agri.tohoku.ac.jp/marine/

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研究分野

情報通信 / 情報学基礎論 /

論文

A Faster Reduction of the Dynamic Time Warping Distance to the Longest Increasing Subsequence Length

Yoshifumi Sakai, Shunsuke Inenaga

Algorithmica 84(9) 2581-2596 2022年5月11日査読有り筆頭著者
A data structure for substring-substring LCS length queries

Yoshifumi Sakai

Theoretical Computer Science 911 41-54 2022年4月筆頭著者責任著者
Development of a rational framework for the therapeutic efficacy of fecal microbiota transplantation for calf diarrhea treatment

Jahidul Islam, Masae Tanimizu, Yu Shimizu, Yoshiaki Goto, Natsuki Ohtani, Kentaro Sugiyama, Eriko Tatezaki, Masumi Sato, Eiji Makino, Toru Shimada …

Microbiome 10(1) 2022年2月
The gut microbiota induces Peyer’s-patch-dependent secretion of maternal IgA into milk

Katsuki Usami, Kanae Niimi, Ayumi Matsuo, Yoshihisa Suyama, Yoshifumi Sakai, Shintaro Sato, Kohtaro Fujihashi, Hiroshi Kiyono, Saeka Uchino, Mutsumi Furukawa …

Cell Reports 36(10) 109655-109655 2021年9月
A Reduction of the Dynamic Time Warping Distance to the Longest Increasing Subsequence Length

Yoshifumi Sakai, Shunsuke Inenaga

31st International Symposium on Algorithms and Computation (ISAAC 2020), Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs) 181 6:1-6:16 2020年12月査読有り筆頭著者
Elucidation of the Effects of a Current X-SCID Therapy on Intestinal Lymphoid Organogenesis Using an In Vivo Animal Model.

Tomonori Nochi, Shunichi Suzuki, Shun Ito, Shotaro Morita, Mutsumi Furukawa, Daiichiro Fuchimoto, Yoji Sasahara, Katsuki Usami, Kanae Niimi, Osamu Itano …

Cellular and molecular gastroenterology and hepatology 10(1) 83-100 2020年2月1日査読有り
A substring–substring LCS data structure

Yoshifumi Sakai

Theoretical Computer Science 753 16-34 2019年1月査読有り
A maximal local maximum-sum segment data structure

酒井義文

IEICE TRANSACTIONS on Fundamentals of Electronics, Communications and Computer Sciences E101-A(9) 1541-1542 2018年9月査読有り
Maximal common subsequence algorithms

酒井義文

Leibniz International Proceedings in Informatics (29th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching) 105 1:1-1:10 2018年7月査読有り
Development of immune and microbial environments is independently regulated in the mammary gland

K. Niimi, K. Usami, Y. Fujita, M. Abe, M. Furukawa, Y. Suyama, Y. Sakai, M. Kamioka, N. Shibata, E. J. Park …

Mucosal Immunology 11(3) 643-653 2018年5月1日査読有り
A Linear-Space Algorithm for the Substring Constrained Alignment Problem

Yoshifumi Sakai

STRING PROCESSING AND INFORMATION RETRIEVAL, SPIRE 2016 9954 15-21 2016年査読有り
A Fast On-Line Algorithm for the Longest Common Subsequence Problem with Constant Alphabet

Yoshifumi Sakai

IEICE TRANSACTIONS ON FUNDAMENTALS OF ELECTRONICS COMMUNICATIONS AND COMPUTER SCIENCES E95A(1) 354-361 2012年1月査読有り
Computing the Longest Common Subsequence of Two Run-Length Encoded Strings

Yoshifumi Sakai

ALGORITHMS AND COMPUTATION, ISAAC 2012 7676 197-206 2012年査読有り
A fast algorithm for multiplying min-sum permutations

Yoshifumi Sakai

DISCRETE APPLIED MATHEMATICS 159(17) 2175-2183 2011年10月査読有り
In silico Analysis of 3 '-End-Processing Signals in Aspergillus oryzae Using Expressed Sequence Tags and Genomic Sequencing Data

Mizuki Tanaka, Yoshifumi Sakai, Osamu Yamada, Takahiro Shintani, Katsuya Gomi

DNA RESEARCH 18(3) 189-200 2011年6月査読有り
A New Algorithm for the Characteristic String Problem under Loose Similarity Criteria

Yoshifumi Sakai

ALGORITHMS AND COMPUTATION 7074 663-672 2011年査読有り
An Almost Quadratic Time Algorithm for Sparse Spliced Alignment

Yoshifumi Sakai

THEORY OF COMPUTING SYSTEMS 48(1) 189-210 2011年1月査読有り
Flexible computation of the longest common subsequence of run-length encoded strings

Yoshifumi Sakai

The 13th Japan-Korea Joint Workshop on Algorithms and Computation 72-79 2010年7月23日査読有り
Redundant architecture in Cooperative Search Engine

上原稔, Nobuyoshi Sato, Yoshifumi Sakai, Hideki Mori

Int. J. Applied Systemic Studies 3(1) 73-88 2010年1月査読有り
Computing the longest topological common subsequence of a symbol-wise totally ordered directed acyclic graph and a sequence

Yoshifumi Sakai

THEORETICAL COMPUTER SCIENCE 410(27-29) 2759-2766 2009年6月査読有り

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MISC

部分文字列最大密度索引 (理論計算機科学の新展開)

酒井義文

数理解析研究所講究録 1849 18-21 2013年8月
海草全単射の漸減構築 (アルゴリズムと計算理論の新展開)

酒井義文

数理解析研究所講究録 1799 60-64 2012年6月
最長共通部分配列計算における run 長の対数時間寄与 (計算機科学とアルゴリズムの数理的基礎とその応用)

酒井義文

数理解析研究所講究録 1744 107-114 2011年6月
Reliability of a Distributed Search Engine for Fresh Information Retrieval

上原稔, Nnobuyoshi Sato, Minoru Udagawa, Yoshifumi Sakai, 森秀樹

NEW HORIZONS OF PARALLEL AND DISTRIBUTED COMPUTING, Springer 203-216 2005年1月査読有り
新鮮情報検索における情報の新鮮さにもとづくスコア計算

佐藤永欣, 上原稔, 酒井義文

マルチメディア通信と分散処理ワークショップ論文集 2004(15) 239-244 2004年11月24日
協調サーチエンジンにおける組織内文書のセキュリティ

佐藤永欣, 宇田川稔, 上原稔, 酒井義文

マルチメディア通信と分散処理ワークショップ2003論文集 2003(19) 281-286 2003年12月10日
検索エンジンにおける繰り返し検索に対する文書の順位付け

酒井義文, 佐藤永欣, 上原稔

マルチメディア通信と分散処理ワークショップ2003論文集 2003(19) 151-156 2003年12月10日
遠隔教育システムにおける問題の概念モデルの研究

室谷佳紀, 上原稔, 酒井義文, 森秀樹

マルチメディア通信と分散処理ワークショップ2003論文集 2003(19) 221-226 2003年12月10日
協調サーチエンジンにおける分散型インデックス更新手法

宇田川稔, 佐藤永欣, 上原稔, 酒井義文

マルチメディア通信と分散処理ワークショップ2003論文集 2003(19) 299-304 2003年12月10日
インデックス更新のためのパイプライン化手法

宇田川稔, 佐藤永欣, 上原稔, 酒井義文, 森秀樹

マルチメディア通信と分散処理ワークショップ論文集 2002(15) 147-152 2002年10月16日
冗長メタサーバによる高信頼分散サーチエンジン

佐藤永欣, 宇田川稔, 上原稔, 酒井義文, 森秀樹

マルチメディア通信と分散処理ワークショップ論文集 2002(15) 153-158 2002年10月16日
L-14 高スループット更新のパイプライン化Webロボット(Webシステム,L.インターネット)

宇田川稔, 佐藤永欣, 上原稔, 酒井義文, 森秀樹

情報科学技術フォーラム一般講演論文集 2002(4) 29-30 2002年9月13日
M-19 協調サーチエンジンにおける永続的キャッシュの実装(サービス・資源管理と応用(2),M.ネットワーク・モバイルコンピューティング)

佐藤永欣, 宇田川稔, 上原稔, 酒井義文, 森秀樹

情報科学技術フォーラム一般講演論文集 2002(4) 71-72 2002年9月13日
協調サーチエンジンにおける永続的キャッシュ

佐藤永欣, 上原稔, 酒井義文, 森秀樹

電子情報通信学会技術研究報告. CPSY, コンピュータシステム 102(276) 35-40 2002年8月16日
協調サーチエンジン:最新情報の検索に適した分散型サーチエンジン

上原稔, 森秀樹, 酒井義文

東洋大学工学部研究報告 (36) 21-27 2000年
LEARNING MONOTONE LOG-TERM DNF FORMULAS

酒井義文, 丸岡章

数理解析研究所講究録 871 204-211 1994年5月

講演・口頭発表等

部分文字列最大密度索引

2012年冬のLAシンポジウム 2013年1月28日
run長符号化文字列の最強共通部分列計算

2012年夏のLAシンポジウム 2012年7月17日
海藻全単射の漸減構築

2011年冬のLAシンポジウム 2012年1月30日
緩い類似税判定基準のもとでの特徴文字列問題アルゴリズム

2011年夏のLAシンポジウム 2011年7月19日
最長共通部分も配列計算におけるrun長の対数時間寄与

2010年冬のLAシンポジウム 2011年2月1日
可能な最長部分パターンの文字列照合問題

2010年夏のLAシンポジウム 2010年7月20日
最長共通部分配列のオンライン計算

2009年冬のLAシンポジウム 2010年2月1日
二値配列の空白位置が柔軟な累進多重整列

2009年夏のLAシンポジウム 2009年7月22日
重なりのない逆位操作後の配列からの類似配列の復元

2008年夏のLAシンポジウム 2008年7月22日
記号毎に全順序付けられた有向非循環グラフのトポロジカルソート配列と配列の最長共通部分配列アルゴリズム

2007年夏のLAシンポジウム 2007年7月18日

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

変態発生制御のシグナル回路と形態異常感受性に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2017年4月 - 2021年3月

鈴木徹, 酒井義文, 田川正朋, 横井勇人
次世代技術を活用した異体類体色の左右差形成の分子ネットワークへのアプローチ

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2014年4月 - 2017年3月

鈴木徹, 酒井義文, 横井勇人
長期間の低線量放射線被曝が魚類に及ぼす遺伝的影響に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2013年4月 - 2017年3月

中嶋正道, 田中憲司, 酒井義文, 平井俊朗, 柴田安司
ゲノミクス情報を活用して性格の個体差を生みだす魚類の性質制御遺伝子を同定する試み

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2013年4月 - 2016年3月

鈴木徹, 酒井義文, 横井勇人, 横井勇人
配列アラインメントを高速に求めるための前処理に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2010年 - 2012年

酒井義文
オンライン予測の手法を用いた意思決定モデルに関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2004年 - 2007年

瀧本英二, 酒井義文, 天野一幸

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