関塚剛史 (Tsuyoshi Sekizuka) - マイポータル

基本情報

学位: 博士(学術)(麻布大学)

J-GLOBAL ID: 200901003868778099
researchmap会員ID: 5000083158

これまで、細菌、ウイルス、寄生虫及び真菌の研究に、ゲノム生物学という観点から携わってきました。
近年は、病原微生物及び薬剤耐性菌の大規模ゲノム比較解析、時系列ゲノム分子系統解析、病原体と宿主間の関係性を見出す為のトランスクリプトーム・フェノームを用いた機能ゲノム解析、各種疾患における微生物叢解析に関する研究に従事しています。
ユーザーフレンドリーなゲノム情報解析のためのin silico解析webツールの開発も進めています。

研究キーワード

研究分野

経歴

2015年 - 2023年3月

国立感染症研究所, 病原体ゲノム解析研究センター第三室, 室長
2011年 - 2015年

国立感染症研究所, 病原体ゲノム解析研究センター第三室, 主任研究官
2007年 - 2011年

国立感染症研究所, 病原体ゲノム解析研究センター第三室, 研究員

学歴

論文

114

Impact of COVID-19 and Closed Transmission of SARS-CoV-2 during the First Wave in Toyama Prefecture, Japan, March 30 to May 18, 2020.

Kosuke Tamura, Noriko Inasaki, Masae Itamochi, Yumiko Saga, Takahisa Shimada, Shunsuke Yazawa, Hitoshi Sasajima, Chikako Kawashiri, Emiko Yamazaki, Tomomi Ichikawa …

Japanese journal of infectious diseases 77(2) 75-82 2024年3月21日
Comparative pathogenomic analysis reveals a highly tetanus toxin-producing clade of Clostridium tetani isolates in Japan.

Chie Shitada, Tsuyoshi Sekizuka, Akihiko Yamamoto, Chiyomi Sakamoto, Masanori Hashino, Makoto Kuroda, Motohide Takahashi

mSphere 8(6) e0036923 2023年12月20日
Whole genome sequencing and pan-genome analysis of Staphylococcus/Mammaliicoccus spp. isolated from diabetic foot ulcers and contralateral healthy skin of Algerian patients.

Nerdjes Ferhaoui, Rina Tanaka, Tsuyoshi Sekizuka, Makoto Kuroda, Mohammed Sebaihia

BMC microbiology 23(1) 342-342 2023年11月16日
SARS-CoV-2 Infection in Wrestlers after International Tournaments, April 2021.

Sakiko Tabata Kuribayashi, Ayu Kasamatsu, Chiaki Ikenoue, Munehisa Fukusumi, Hajime Kamiya, Tomoe Shimada, Teppei Tanaka, Kuniko Murakami, Rieko Takahashi McLellan, Tsuyoshi Sekizuka …

Emerging infectious diseases 29(11) 2023年10月3日
Transmission dynamics variability of lineage 2 Mycobacterium tuberculosis strains in Kobe, Japan, determined using population-based whole-genome sequencing analysis.

Tomotada Iwamoto, Kentaro Arikawa, Yoshiro Murase, Tsuyoshi Sekizuka, Makoto Kuroda, Yukiko Nishiuchi, Nobuya Kusunoki, Riyo Fujiyama, Satoshi Mitarai

Infection, genetics and evolution : journal of molecular epidemiology and evolutionary genetics in infectious diseases 114 105495-105495 2023年10月
Outbreaks of Campylobacteriosis Caused by Drinking Raw Milk in Japan: Evidence of Relationship Between Milk and Patients by Using Whole Genome Sequencing.

Yuta Ohno, Tsuyoshi Sekizuka, Makoto Kuroda, Tetsuya Ikeda

Foodborne pathogens and disease 20(9) 375-380 2023年9月
Multiplex Hybrid Capture Improves the Deep Detection of Antimicrobial Resistance Genes from Wastewater Treatment Plant Effluents to Assess Environmental Issues.

Tsuyoshi Sekizuka, Nobuyasu Yamaguchi, Hajime Kanamori, Makoto Kuroda

Microbial drug resistance (Larchmont, N.Y.) 2023年7月11日
Complete Genome Sequence of Corynebacterium ulcerans Strain TSU-28, Harboring Two Diphtheria Toxin Genes, Isolated from a Patient with Diphtheria-Like Symptoms.

Jun Kawase, Tsuyoshi Sekizuka, Tomotake Sakai, Naoki Fujisawa, Masaaki Iwaki, Miyuki Kimura, Makoto Kuroda

Microbiology resource announcements 12(6) e0007223 2023年6月20日
マルチプレックス・ハイブリッドキャプチャー法による病院排水中の薬剤耐性遺伝子の検出

馬場啓聡, 金森肇, 黒田誠, 関塚剛史

日本環境感染学会総会プログラム・抄録集 38回 277-277 2023年6月
マルチプレックス・ハイブリッドキャプチャー法による病院排水中の薬剤耐性遺伝子の検出

馬場啓聡, 金森肇, 黒田誠, 関塚剛史

日本環境感染学会総会プログラム・抄録集 38回 277-277 2023年6月
Folliculin Prevents Lysosomal Degradation of Human Papillomavirus To Support Infectious Cell Entry

Yoshiyuki Ishii, Toshiyuki Yamaji, Tsuyoshi Sekizuka, Yuta Homma, Seiichiro Mori, Takamasa Takeuchi, Iwao Kukimoto

Journal of Virology 97(5) 2023年5月31日
Highly sensitive detection of antimicrobial resistance genes in hospital wastewater using the multiplex hybrid capture target enrichment.

Hiroaki Baba, Makoto Kuroda, Tsuyoshi Sekizuka, Hajime Kanamori

mSphere e0010023 2023年5月24日
SARS-CoV-2 intra-host diversity, antibody response, and disease severity after reinfection by the variant of concern Gamma in Brazil.

Felipe Gomes Naveca, Valdinete Alves Nascimento, Fernanda Nascimento, Maria Ogrzewalska, Alex Pauvolid-Corrêa, Mia Ferreira Araújo, Ighor Arantes, Érika Rocha Batista, Alessandro Álvares Magalhães, Fernando Vinhal …

Scientific reports 13(1) 7306-7306 2023年5月5日
Rapid identification of bacteria using a multiplex polymerase chain reaction system for acute abdominal infections.

Nanako Kakizaki, Koji Asai, Makoto Kuroda, Ryutaro Watanabe, Manabu Kujiraoka, Tsuyoshi Sekizuka, Miwa Katagiri, Hodaka Moriyama, Manabu Watanabe, Yoshihisa Saida

Frontiers in microbiology 14 1220651-1220651 2023年
東京2020オリンピック・パラリンピック競技大会期間中の国立感染症研究所Emergency Operations Center(EOC)での部門横断的な活動について

青柳順子, 新城雄士, 有馬雄三, 池上千晶, 糸川健太郎, 井上英耶, 鵜飼友彦, 浦川美穂, 衛藤皐, 太田雅之 …

病原微生物検出情報月報 43(7) 161-163 2022年7月
Transmission of SARS‐CoV‐2 during a 2‐h domestic flight to Okinawa, Japan, March 2020

Takao Toyokawa, Tomoe Shimada, Takahiro Hayamizu, Tsuyoshi Sekizuka, Yuji Zukeyama, Miyako Yasuda, Yuko Nakamura, Sho Okano, Jun Kudaka, Tetsuya Kakita …

Influenza and Other Respiratory Viruses 16(1) 63-71 2022年1月
Erratum: Phylogenetic Analysis Revealed the Dissemination of Closely Related Epidemic Vibrio cholerae O1 Isolates in Laos, Thailand, and Vietnam (Open Forum Infectious Diseases (2020) (ofaa492) DOI: 10.1093/ofid/ofaa492)

Masatomo Morita, Kazuhisa Okada, Tetsu Yamashiro, Tsuyoshi Sekizuka, Amonrattana Roobthaisong, Warawan Wongboot, Siriporn Chantaroj, Nguyen Dong Tu, Phonepadith Xangsayarath, Noikaseumsy Sithivong …

Open Forum Infectious Diseases 8(12) 2021年12月1日
Characterization of FRI carbapenemase-producing Enterobacter spp. isolated from a hospital and the environment in Osaka, Japan.

Fumie Adachi, Tsuyoshi Sekizuka, Masaya Yamato, Kyoko Fukuoka, Nobuyasu Yamaguchi, Makoto Kuroda, Ryuji Kawahara

The Journal of antimicrobial chemotherapy 76(11) 3061-3062 2021年10月11日
新型コロナウイルスSARS-CoV-2 Spikeタンパク質E484K変異を有するR.1系統の国内流入(2021年2月2日現在)

関塚剛史, 糸川健太郎, 谷津弘仁, 田中里奈, 衛藤皐, 染野里紗, 橋野正紀, 黒田誠, 塚越博之, 猿木信裕 …

病原微生物検出情報月報 42(4) 79-81 2021年4月
Novel endogenous simian retroviral integrations in Vero cells: Implications for quality control of a human vaccine cell substrate

Chisato Sakuma, Tsuyoshi Sekizuka, Makoto Kuroda, Fumio Kasai, Kyoko Saito, Masaki Ikeda, Toshiyuki Yamaji, Naoki Osada, Kentaro Hanada

Scientific Reports 8(1) 644 2018年12月1日査読有り

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MISC

国立感染症研究所における新型コロナウイルス（SARS-CoV-2）変異株のモニタリングと評価

齋藤智也, 横田栄一, 吉見逸郎, 太田雅之, 加藤美生, 山本朋範, 小林望, 吉松芙美, 齋藤益満, 高橋健一郎 …

病原体検出情報（IASR） 43(12) 276-278 2022年12月
環境中における薬剤耐性菌及び抗微生物剤の調査法等の確立のための研究医療と環境の薬剤耐性に関する研究

黒田誠, 関塚剛史, 糸川健太郎, 金森肇, 山口進康, 河原隆二, 安達史恵

環境中における薬剤耐性菌及び抗微生物剤の調査法等の確立のための研究令和2年度総括・分担研究報告書(Web) 2021年
ウイルス-宿主インタラクトーム解析を基にした抗パラミクソウイルス化合物の探索と性状解析

加藤文博, 中津祐一郎, 関塚剛史, 山地俊之, LIU Yaqing, BAE Chaewon, 若田愛加, 久保田耐, 加藤大志, 竹田誠

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 44th 2021年
ニホンサシチョウバエ共生リケッチアの完全長ゲノムアセンブリ

糸川健太郎, 黒木章弘, 三条場千寿, 関塚剛史, 田中里奈, 小林大介, 伊澤晴彦, 葛西真治, 沢辺京子, 黒田誠

日本細菌学雑誌(Web) 75(1) 2020年
RFPを除く化学療法中に異なるRFP耐性遺伝子変異を持つ臨床分離株が誘導された耐性結核の1例

吉田志緒美, 露口一成, 岩本朋忠, 村瀬良朗, 青野昭男, 高木明子, 御手洗聡, 井上義一, 鈴木克洋, 黒田誠 …

結核 94(3) 223-223 2019年3月
RFPを除く化学療法中に異なるRFP耐性遺伝子変異を持つ臨床分離株が誘導された耐性結核の1例

吉田志緒美, 露口一成, 岩本朋忠, 村瀬良朗, 青野昭男, 高木明子, 御手洗聡, 井上義一, 鈴木克洋, 黒田誠 …

結核 94(3) 223-223 2019年3月
プラスミドにコードされる転写因子ArdKはblaIMP-6の発現抑制に寄与する(The plasmid-encoded transcription factor ArdK contributes to the repression of blaIMP-6 expression)

瀬川孝耶, 関塚剛史, 鈴木里和, 柴山恵吾, 松井真理, 黒田誠

日本細菌学雑誌 74(1) 86-86 2019年3月
CRISPR/Cas9ゲノムワイドライブラリーを用いたニューモウイルス関連宿主因子探索

直亨則, 山地俊之, 関塚剛史, 白戸憲也, 竹田誠

日本ウイルス学会学術集会プログラム・予稿集(Web) 67th 2019年
アジアの結核菌のゲノムデータベース"Genome Research for Asian Tuberculosis(GReAT)"の構築

瀧井猛将, 御手洗聡, 岩本朋忠, 吉田志緒美, 森重雄太, 五十嵐ゆり子, 近松絹代, 青野昭男, 村瀬良朗, 高木明子 …

結核 93(4) 345-345 2018年4月
2007年に全国から収集した結核菌株の全ゲノム解析

瀧井猛将, 御手洗聡, 森重雄太, 加藤健吾, 山下明史, 関塚剛史, 大角晃弘, 慶長直人, 黒田誠, 加藤誠也

日本細菌学雑誌 73(1) 56-56 2018年2月
TGS-TBに実装した結核菌薬剤耐性マーカーのin silico検出ツールの感受性予測精度の検証

山下明史, 岩本朋忠, 関塚剛史, 村瀬良朗, 加藤健吾, 瀧井猛将, 御手洗聡, 吉田志緒美, 加藤誠也, 黒田誠

日本細菌学雑誌 73(1) 148-148 2018年2月
カルバペネム感性大腸菌におけるプラスミド性転写調節因子ArdKのblaIMP-6発現抑制機序の解析(Transcription factor ArdK on IncN plasmid contributes to the blaIMP-6 repression in Escherichia coli)

瀬川孝耶, 関塚剛史, 鈴木里和, 山下明史, 柴山恵吾, 松井真理, 黒田誠

日本細菌学雑誌 73(1) 96-96 2018年2月
大腸菌ST131 H30R1に順応したIncF[F1:A2:B20]プラスミドがblaCTX-M-14の安定的保持に関与する

林美智子, 鈴木里和, 松井真理, 関塚剛史, 山下明史, 加藤健吾, 川村久美子, 柴山恵吾, 黒田誠

日本細菌学雑誌 73(1) 56-56 2018年2月
比較ゲノム解析から推定されたボレリア属細菌の進化イベント

川端寛樹, 関塚剛史, 高野愛, 黒田誠, 佐藤梢, 大西真

日本細菌学雑誌(Web) 73(1) 2018年
8ヵ月に渡って患者から分離されたNDM-5メタロ-β-ラクタマーゼ産生腸内細菌科細菌の解析

松本裕子, 小泉充正, 太田嘉, 北尾泉, 小菅葉子, 松野夏純, 土谷愛, 松井真理, 鈴木里和, 柴山恵吾 …

日本臨床微生物学雑誌 28(Suppl.1) 452-452 2017年12月
養鶏産業におけるセフチオフルの使用自粛と鶏肉由来広域スペクトルセファロスポリン耐性サルモネラの減少

重村洋明, 村上光一, 野田多美枝, 松井真理, 鈴木里和, 関塚剛史, 黒田誠, 世良暢之

日本獣医学会学術集会講演要旨集 160回 417-417 2017年8月
プラスミド水平伝達を介し多菌種へ耐性伝播したIMP-1メタロ-β-ラクタマーゼ産生腸内細菌科細菌による院内感染事例

安部朋子, 永田由美, 松井真理, 青木知信, 柴山恵吾, 関塚剛史, 山下明史, 堀内寿志, 山口佳子, 渡邉真理 …

日本臨床微生物学雑誌 27(3) 158-167 2017年6月
Total Genotyping Solution for Mycobacterium tuberculosis(TGS-TB)による結核菌薬剤耐性マーカー検出と感受性予測法の構築

山下明史, 瀧井猛将, 御手洗聡, 黒田誠, 岩本朋忠, 関塚剛史, 加藤誠也

日本化学療法学会雑誌 65(Suppl.A) 350-350 2017年3月
医療施設で分離されたGES-24β-ラクタマーゼ産生菌株由来プラスミドのゲノム情報解析

仙波敬子, 松井真理, 鈴木里和, 柴山恵吾, 四宮博人, 園部祥代, 木村俊也, 関塚剛史, 黒田誠

日本臨床微生物学雑誌 27(Suppl.) 301-301 2016年12月
比較ゲノム解析により明らかとなったMycobacterium massilienseの脂質代謝関連ゲノムアイランド

関塚剛史, 甲斐雅規, 中永和枝, 中田登, 前田伸司, 牧野正彦, 黒田誠, 鹿住祐子, 星野仁彦

日本細菌学雑誌 70(1) 177-177 2015年2月

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所属学協会

Works(作品等)

Characterization of the flagellin gene of Campylobacter lari

2002年 - 2004年
Investigation of faecal pathogens in a flock of mute swans

2002年 - 2003年

共同研究・競争的資金等の研究課題

パンデミック状況での過剰な医薬品使用の環境への影響：薬剤耐性と水圏生物への影響

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2021年10月 - 2025年3月

玉村雪乃, 関塚剛史, グルゲキールティ・シリ
オミックス解析によるヒトパピローマウイルス細胞内侵入機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2018年4月 - 2022年3月

石井克幸, 関塚剛史, 山地俊之
バクテリオファージが引き起こす腸内細菌叢破綻メカニズムに関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2017年4月 - 2020年3月

関塚剛史
川崎病患児・急性期便から分離された新規レンサ球菌のゲノム解読と病原性解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2014年4月 - 2017年3月

黒田誠, 大場邦弘, 濱田洋通, 関塚剛史
糞便培地を用いたヒト腸内の難培養細菌の分離培養とゲノム細菌学的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2012年4月 - 2015年3月

関塚剛史
らい菌の比較ゲノム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2012年4月 - 2015年3月

甲斐雅規, 黒田誠, 関塚剛史, 中田登
川崎病患児における細菌叢の経時的変動解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2011年 - 2013年

黒田誠, 関塚剛史
家禽における腸管内の細菌および原生動物の共生関係と病原性細菌の伝播機構の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2008年 - 2010年

関塚剛史
Comparative molecular biology of pathogenic genes of thermophilic Campylobacter lari

2004年 - 2007年

関塚剛史