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研究ブログ

exFAT形式の外付けHDDをCent OS 7.9に接続し、sambaを介してwindowsからも読み書き

備忘録:
Microsoft社開発permissionの概念のない、exFAT形式の外付けHDDをCent OS 7.9に接続し、sambaを介してwindowsからも読み書きできるようにした。
mount後のHDD:user:root, group:sambagp, permission=0774

環境:
OS:CentOS Linux release 7.9.2009 (Core)
SE Linux状況:使用中
# getenforce
Enforcing

手順概要:
*HDDの接続、parition設定:

CentOSでexFatを操るためのツール(インストール済み確認):
[root@localhost ext2T]# yum list installed | grep "exfat"
exfat-utils.x86_64 1.0.1-2.el6 @/exfat-utils-1.0.1-2.el6.x86_64
fuse-exfat.x86_64 1.0.1-1.el6 @/fuse-exfat-1.0.1-1.el6.x86_64
[root@localhost ext2T]#

*物理的にUSB接続
参考:https://qiita.com/aosho235/items/ad9a4764e77ba43c9d76
# lsblk -f
#この時点でMOUNTPOINTが空欄な行が物理的に接続しただけのHDDの情報。
#ここで新たに認識されたHDD領域<新/dev/領域>を覚えておく。
#例:/dev/sde

*フォーマットする前にパーティションを確認する「dmesg」コマンド
参考:https://mrs.suzu841.com/mini_memo/numero_13.html
# dmesg

*パーティションテーブルの操作 fdisk コマンドの実行
参考:https://mrs.suzu841.com/mini_memo/numero_13.html
#出荷時Windows用にntfsフォーマットされている領域を削除し、あらたに領域を設定。ここではフォーマット形式を聞かれない。
たとえパーティションに区分けせず一つの領域として使うにしても、シリンダの最初と最後の値を設定する。

# fdisk /<新/dev/領域>
コマンド (m でヘルプ): d # <--出荷時初期状態でntfs形式のファイルシステム削除のため
Selected partition 1
Partition 1 is deleted

コマンド (m でヘルプ): w # <--テーブルをディスクに書き込み、終了するためにw
パーティションテーブルは変更されました!

# fdisk /<新/dev/領域> #← 新たな領域パーティションを作るため、もう一度
コマンド (m でヘルプ): p #← 領域情報を表示させるため p と入力

デバイス ブート 始点 終点 ブロック Id システム

コマンド (m でヘルプ): n #← 新たに領域を作成するため n と入力

Select (default p): p #← 領域テーブルを表示させるため p と入力
パーティション番号 (1-4, default 1): 1 #← 領域はひとつしか作らないので
最初 sector (2048-3907029167, 初期値 2048): # <- Enter
Last sector, +sectors or +size{K,M,G} (2048-3907029167, 初期値 3907029167): # <- Enter
コマンド (m でヘルプ): w #<- ← 新たな領域テーブルをディスクに書き込み終了するため w と入力
# sync #OS の非同期書き込みを考慮して、念のためもう一度 sync させておく。https://mrs.suzu841.com/mini_memo/numero_13.html

*ファイルシステム作成(mkfs)※フォーマット(論理フォーマット)
# mkfs.exfat -n ラベル(例:usb3_exFAT_2T) パーティション名(例:/dev/sde1)

*mount pointの作成 ( フォーマットした外付け HDD の領域を連動させるため )
directory 作成
# mkdir 新directory(#例 /mnt/usb3_2T)
*mount
mount コマンドの実行( 作成したマウントポイントとフォーマットした外付け HDD をマウントさせる )
# mount #例 /dev/sde1 #例 /mnt/usb3_2T

*確認(NAME FSTYPE LABEL UUID MOUNTPOINT)
# lsblk -f

*(もし無ければ)SAMBAユーザとグループの作成:
[root@ws212 media]# useradd <新sambaユーザー名>
[root@ws212 media]# smbpasswd -a <新sambaユーザー名>
[root@ws212 media]# getent group | grep <新sambaユーザー名>
sambagp:x:1001:<新sambaユーザー名>
<新sambaユーザー名>:x:1002:
#<-ここで、sambaのグループのID、gid=1001であることを確認。次で利用。

*設定の永続化:
/etc/fstab
に1行追加
UUID=<UUID> <Mountpoint 例:/mnt/usb3_2T> defaults,gid=1001,umask=003,dmask=003,fmask=003,context="system_u:object_r:samba_share_t:s0" 0 0

参考:https://qiita.com/aosho235/items/ad9a4764e77ba43c9d76#%E6%B0%B8%E7%B6%9A%E5%8C%96%E3%81%95%E3%81%9B%E3%82%8B%E3%81%AB%E3%81%AF
書式:https://engineer-ninaritai.com/linux-fstab/
① デバイスファイル名 デバイスファイル名もしくはLABEL、UUIDを指定
② マウントポイント ファイルシステムのマウント先のディレクトリ
③ ファイルシステムの種類 ファイルシステムの種類を指定
④ マウントオプション マウントする際のオプションを指定します
⑤ dumpフラグ 1であればdumpコマンドによるバックアップの対象になる。etx2/3は1を指定し、その他は0を指定
⑥ fsckがチェック linuxが起動時にfsckがチェックする順序を指定
#①lsblk -fにて確認済
#②例 /media/ext2T/exfat2や/mnt/usb3_2T
#④例:マウントオプション:ここでgroup 予め設定してあったsamba user のsamba groupのid(gid=1001)を指定。
その確認には cat /etc/passwd の下の方をみた。

*samba設定
etc/samba/smb.conf
に以下を追加。Mountposition例 /mnt/usb3_2T, inherit acls = yes が大事だった。

[usb3_2T]
path = /mnt/usb3_2T
valid users = @sambagp
inherit acls = yes
create mask = 0774
directory mask = 0774
guest ok = no
writable = yes
browsable = yes
参考:
https://qiita.com/knqyf263/items/e02d55de26c77ee613e0
https://thinkit.co.jp/article/766/1

*SE Linux設定

# setsebool -P allow_smbd_anon_write=on
# setsebool -P samba_enable_home_dirs=on
# setsebool -P samba_share_nfs=on
# setsebool -P samba_export_all_ro=1 samba_export_all_rw=1
# semanage fcontext -a -t samba_share_t <Mountposition例 /mnt/usb3_2T>

参考:
https://qiita.com/azuritev3coa3/items/4269228b4241c07ea2be
https://zaki-hmkc.hatenablog.com/entry/2020/02/17/215155
https://tomyama.hatenablog.jp/entry/2022/10/27/000100
https://www.linuxmaster.jp/linux_skill/2019/03/centos7selinux.html
https://access.redhat.com/documentation/ja-jp/red_hat_enterprise_linux/6/html/security-enhanced_linux/sect-security-enhanced_linux-working_with_selinux-enabling_and_disabling_selinux#:~:text=SELinux%20%E3%81%AE%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%B9%E3%82%92%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AF,%E3%81%84%E3%81%9A%E3%82%8C%E3%81%8B%E3%82%92%E8%BF%94%E3%81%97%E3%81%BE%E3%81%99%E3%80%82

*再起動
#確認
# getsebool -a | grep samba
samba_create_home_dirs --> off
samba_domain_controller --> off
samba_enable_home_dirs --> on
samba_export_all_ro --> on
samba_export_all_rw --> on
samba_load_libgfapi --> off
samba_portmapper --> off
samba_run_unconfined --> off
samba_share_fusefs --> off
samba_share_nfs --> on
sanlock_use_samba --> off
tmpreaper_use_samba --> off
use_samba_home_dirs --> off
virt_use_samba --> off

# ls -lt <Mountposition例 /mnt/usb3_2T>
合計 512
-rwxrwxr--. 1 root sambagp 56 6月 23 14:55 testCentOSuser.txt
-rwxrwxr--. 1 root sambagp 41 6月 23 14:55 testWindows10.txt
-rwxrwxr--. 1 root sambagp 27 6月 23 14:54 testWindows10.txt~
-rwxrwxr--. 1 root sambagp 72 6月 10 17:36 test2.txt

Windows10 via Samba

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Excelで印刷?ちょっと待て!

履歴書、業績書作成にExcelの書式が指定されていたとしても、印刷することが求められたら、Excelのまま印刷しない。Wordに張りつけ調整してから印刷する。なぜなら、Excelは印刷のことを犠牲にして表計算を行う仕様であるから。時間と紙の無駄になる。
https://www.waenavi.com/entry/20190407/1554636205

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野澤 謙 先生を偲ぶ

 尊敬申し上げておりました、元京都大学霊長類研究所 所長の野澤 謙 先生が、5月12日に心臓発作で逝去されていたことを知りました。野澤先生は1927年生まれと伺っておりますので、今年の誕生日で93歳だと思います。1971年から京都大学霊長類研究所の変異部門の教授をされ、1984年から89年までは所長を務めておられました。

 私が最初に野澤先生にお目にかかったのは、大学院受験を控えた1989年に研究所見学へ一人で尋ねていった時でした。当時は手紙と電話が主たる通信手段で、受験生担当の研究所内役割分担もはっきりしていなかった時代で、進路のはっきりしない大学生であった私一人に、野澤先生自ら所長室で大学院の説明や私の質問対応をしてくださいました。

 野澤先生は、私の指導教官 庄武孝義先生の師匠にあたる存在でありました。1990年度は野澤先生が教授を務める変異研究部門(当時)に私が研究生として在籍し、同じ実験室にて野澤先生の実験の御様子を拝見しながら過ごすことができました。1990年度末に京都大学霊長類研究所を定年退職され、中京大学へ移られましたが、その後も部門のセミナーには変わらず出席され、私が京都大学霊長類研究所を去る2000年までは少なくとも継続されていたと記憶しております。

 私の存じ上げる野澤先生は、研究者として勤勉実直な方であった印象があります。定年までご自分でデータをとり、筆頭著者として論文を執筆されておられました。また、ご自身の専門分野の守備範囲や、当時の技術や知識の限界をわきまえた、正確な発言を常にされていたように思います。それが時に冷たく映ることもあったかもしれませんが、逆に大衆受けを狙らい、大風呂敷を拡げ過度な期待をいだかせる表現が散見される、現代にあって、私のめざす一つの指針のような思い出になっています。

 他方、他の立場にある人のことを考え、先々の混乱を招かないように行動することも教えられました。私が初めての海外調査へ行く際には、政治体制の異なる現地国の文化や規則に対するリスペクトの欠如した計画を戒めてくださいました。自分も関係者も気持ちよく仕事をすることで、成果物が世に受け入れらる、ということが今になってわかるような気がいたします。

 講義でも、若者向けを狙った冗談などはあまり口にせず、そうかといって偉ぶるでもなく快活に語られ、またよく整理された構成のゆえに学生を飽きさせない評判の良い講義でした。

 ニホンザルの血液タンパク質の多型を指標にした集団遺伝学研究の傍ら、ネコの毛色多型の地理的分布の調査も精力的に行っており、当時私もネコの毛色から約10遺伝子座の型判定を瞬時に目視でできるよう、個人的に手ほどきを受ける機会に恵まれました。隙間時間にも訓練できるように用いられたのは、ネコの写真がたくさん入った、当時の流行映画の関連写真集でした。その映画は、とある公園を舞台に猫たちとミュージカル女優を夢見る女の子たちとの関係を描いたもので、ページをめくりながら野澤先生は「女の子たちが出てくるけど、そこは気にしないで」、「時間があったら、自転車で近くを一緒に回りながら教えたいのだけどね」などと言っておられました。そんなほっこりするような気さくな面も、まだ若かった私に見せてくださいました。

 偉大な経歴の先生から間近に吸収する機会を若い時に得られたことを、私は本当に貴重な体験だったと思っており、感謝しております。野澤先生の足元にも及びませんが、自分の生き方・向き合い方を考えさせられております。

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私の書棚より

コミュニケーションに興味をもった学生へおすすめします。


人間の特徴や行動パターン、社会の構成要素や性格などの分析に関する本

土居 健郎 著『「甘え」の構造』弘文堂 1971/(増補普及版)2007

*著者の専門が精神医学。タイトルはとっつき難く感じたが、明瞭な文体。

中根千枝 著『タテ社会の人間関係~単一社会の理論』講談社 1967/1968

*自由な大学学部を卒業してまず感じたのが、タテ社会。最近は自分の立ち位置が逆になっていることを感じるため、再考の価値あり。

内藤朝雄 著『いじめの構造~なぜ人が怪物になるのか』講談社現代新書 2009/2012

*個人が場の空気で別人格のようになることを、著者自身の平易な言葉で伝えようとしている。

矢原徹一 著『決断科学のすすめ~持続可能な未来に向けて、どうすれば社会を変えられるか?』文一総合出版 2017

*私が大学院時代に出会いお世話になった植物学・生態学・進化学の研究者が、地球規模の問題に対して解決策を探る科学、および、立ち向かう社会的リーダー養成プログラムのために書かれたもの。


コミュニケーションの方法論に関する本

篠田義明 著『コニュニケーション技術~実用的文章の書き方』中公新書 1986/1999

*大学院に入って、文章力が足りないことを痛感した時に、一人の先生が勧めてくれた本。

酒井聡樹 著『100ページの文章術~わかりやすい文章の書き方のすべてがここに』共立出版 2011

*あまりお話したことが無いものの、古くからの知り合いの研究者が東日本大震災、被災のさなかに出版されたことを知り、購入した。文章術に大事なことがどんどん入ってきた。

大学生とコミュニケーション(特に多職種医療チームを想定)について、考える機会が与えられ、自室の本棚を見返したものです。大学生だけでなく私自身もコミュニケーションの奥の深さについて認識を新たにしました。まるで武道や芸事の道のような感覚を覚えました。

今年度は新型コロナウイルスの感染拡大防止措置のためオンラインでの短期間のプロジェクトでした。コミュニケーションについて学生の皆さんに考えるきっかけとなればと願います。

さらに深く考えるため、コミュニケーション論に関係しそうな本を挙げてました。

学生の皆さん、専門の方々による書評はネット上で見ることができるので、ぜひ著者名と書名の部分をコピペして検索して見てください。

古い本はどれも、出版当時大きな影響力を与えて、多くの大人たちが手にしたものです。今なお、口の端に上ることがあります。

私自身が大学生の時に言われてきたことですが、社会人になってしばらくは忙しく消耗しがちで、新たに別分野のことを吸収するどころか、本を読むのも難しくなります。大学生のうちに、学問的な裏付けに則った本を読むことを勧めます。

*印は私がここに挙げた理由です。

ご参考までに。

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卒論発表

本日、本学医療科学部 臨床検査学科の卒論発表会がありました。
私の普段の研究は臨床検査には直接結びつかないのですが、それでも今年度は学生さんの卒論指導を受け持つことになりました。
就職活動をやりながらの約4か月間という短い期間でしたが、驚異的な覚えの早さで無事に研究成果の発表をやり遂げてくれました。
臨床検査の資格を取得して就職される学生さんにとって、これまでの学生生活では身につける機会があまり無かったものの、若い時に身につけておくと良いだろうと私が感じていることを経験する良い機会になれば、という思いで接してきました。
とはいっても、細かい指導というよりは、学生さんに課題や問いを投げ掛け、教材を紹介するスタイルが中心でした。
プログラミングをほとんどやったことが無かったにもかかわらず、自分で検索して最後迄実行できるようになってくれましたし、Linuxのインストールもできるようになってくれました。分子生物学実験の実習、文章術の勉強なども意欲的にやってくれました。
流動的な産業構造のこれから、どんな技能が必要になるかわかりませんが、自分で探してやってみるという対応力の芽生えのような期間になったのではないかと思います。
今日からあとは、国家試験の準備に入るわけですが、自信もって望むことでしょう。
幸あらんことを。絵文字:笑顔

卒論演題:核・細胞質両局在性天然変性ハブ蛋白質におけるポリグルタミンの集積性
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OK ある日からWindows7のネット接続が途切れ途切れ不安定に

長らく使用しているWindows7デスクトップPCにおいて、ネット接続全般が使用中突如切れる。一瞬間をおいて再び実行すると繋がる。そんな状態になった。OSの更新の影響かもしれない。
今、IPv6を無効にしてみた。
https://www.akakagemaru.info/port/windows7ipv6.html
https://www.review-rank.net/?p=2552
なんか治ったような感じ。
SAMBAもネットワーク・ブラウザーも1時間以上途切れていない。
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The bug on PHYLIP has been fixed

Prof. Felsenstein has emailed to me that our bug-fix on PHYLIP has been implemented in the updated version (3.697).
To download it, access to the
download page of the PHYLIP web page.
Please find on our paper for detail of the bug we found and fixed 
(Shimada & Nishida 2017).

私が学生時代に遭遇し、最近それを修正して発表させていただきました、老舗の系統分析パッケージPHYLIPのバグが今回のupdateで、私達の修正を実装していただいて修正したと、PHYLIPの作成者・管理者であるJoe Felsenstein先生より連絡が有りました。
作業してくださった方、応援してくださった方々に感謝申し上げます。
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アフリカミドリザル(AGM)の包括的な集団遺伝学の論文がでた


Svardal et al. (2017)
 "Ancient hybridization and strong adaptation to viruses across African vervet monkey populations." Nature Genetics49: 1705.

私が大学院生時代に研究対象としていた、アフリカミドリザル(Savanna monkey, vervet monkeyなどいろいろな呼び方で言われる。学名も自分がかつて使っていたものとは少し違って呼ばれている)のアフリカ各地および、昔アフリカ以外の遠く離れた島に放たれた集団を対象にした、進化史および宿しているウイルスについての研究。
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Power Pointのスライドショーに音声を自動再生するように設定する方法

準備:
  • パワーポイントのファイル
  • 画面ごとの音声ファイル

音声ファイルの挿入手順:
ライドショー画面に対応した音声ファイルを、
メニュー>挿入>オーディオ>このコンピュータ上のオーディオ
音声ファイルを選択して「挿入」をクリック

ニュー>アニメーション>アニメーションウインドウをクリック
ニメーションウインドウに表示されたオーディオファイルの右端▼をクリック
れた画面において、「直前の動作の後」にチェックを入れ、さらに、「効果のオプション」をクリック
れた画面(再生オーディオ)の
果タブにおいて、
  • 再生の開始:◎最初
  • 再生の中止:◎現在のスライドの後

イミングタブにおいて、
  • 開始:○直前の動作の後
  • 開始のタイミング:◎クリックと連動した動作
を選択して、OKをクリック

ニュー>画面の切り替え
面の切り替えのタイミング:
  • □クッリク時:チェックを外す。
  • ☑自動的に切り替え:チェックをいれ00:10.00と入力

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昼 最近のcron、anacron事情

cron & anacronについて、日本語のweb pageを中心に調べたところ、

両者は本来独立であること。
RHEL6 (RedHat Enterprise Linux ver.6) 以降では、
  ◎ 日次、週次、月次のジョブはanacronで実行する(ref:1)。
  ◎ その他のジョブはcronで実行する(ref:1)。
  ◎ デフォルトではジョブの定期実行は Anacron で制御される(ref:2)。それはタスクの集中を避けるねらいがあると考えられる(ref:3)。
  ◎定期ジョブ設定の基本的方法:
      日次、週次、月次で実行するジョブについて、それぞれshell script(実行ファイル)を/etc/cron.daily、/etc/cron.hourly、/etc/cron.monthlyというdirectoryに作成する。
  
RHEL5以前では、cronが定期実行を担い、失敗した場合にanacronが代わりに再実行する、という位置付けであった (ref:1)。

CentOS7の時代になった現在でも、日本語のサイトでは、anacronを削除し、別のツールをインストールして従来通りcronによる制御を行う方針で解説されているページが多かった(ref:2,4)。



参考:
1)http://enakai00.hatenablog.com/entry/20111004/1317718773
2)https://www.server-world.info/query?os=CentOS_7&p=initial_conf&f=9
3)http://aikotobaha.blogspot.jp/2011/02/rhel6-7cronanacron.html
4)https://teratail.com/questions/39303
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CentOS 7最近の事情と注意

CentOS 7.3になり、大いに変わったことで、これまでのuserの中から離れる流れがあるという。

サーバ利用としての安定感は定評どおり。
だがGraphic cardなどのパーツとの相性がわるくなった。

Graphic Driverがdefaultのnouveauが動くならば、なるべくそのまま使い続けるほうがよい。たとえば、カードにあわせてNVIDIA製ドライバをインストールしてもすんなり合わない可能性が増えた。

nouveauのドライバでは高度なgraphicが表現しきれない可能性があるが、静的な画面を使用するのであれば問題ない。

カーネルの最新安定版mlにかえて、かえって相性が悪くなる可能性も考えられる。

インストールする際は、モニターの接続をしっかり確認してから行うべし。(今回のミスの原因はここから始まったように思う)

モニターケーブルの変換によって、モニター情報のやり取りが損なわれる場合もあるので、原則避けるべし。(今回はこれが原因ではなかったが)

以前に使えていたfstabであっても、OSのインストール時にUUIDが変化して使えないことがある。
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科学技術週間:サイエンスカフェ@藤田保健衛生大学 総合医科学研究所

今週は科学技術週間。
http://stw.mext.go.jp/

所属先の藤田保健衛生大学 総合医科学研究所も、その趣旨に賛同し、メディカル・サイエンス・カフェを開きます。

日時:平成29年4月22日(土) 14:00〜16:00
場所:藤田保健衛生大学・産学交流アセンブリスタジオ
     (病院南側ファミリーマート隣)
参加費用:無料
申し込み:申し込みフォームよりお申込みください。

詳細は、藤田保健衛生大学 総合医科学研究所のホームページ
http://www.fujita-hu.ac.jp/ICMS/topics/2medscicafe/index.html
をご覧ください。

なお、このイベントは文部科学省の科学技術週間の関連行事として行われます。
http://stw.mext.go.jp/common/pdf/event/e_area_chubu.pdf
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統合データベース講習会参加募集

(転送歓迎)
国立研究開発法人 科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター
(NBDC)主催のデータベースやツールの講習会が藤田保健衛生大学を会場にして
以下のとおり開催されます。

 次世代シークエンサーの発展により、いまや生命科学研究には、大量データを
解析することが必須となりました。現在のシークエンス技術は塩基配列を高速に
読むだけでなく、研究者個人の工夫により独創的解析が可能なことから日々新た
な発展的利用法が生まれています。そのため、目的の結果を大量データ中から見
つけ出す技術が必要です。
 統合データベース講習会「AJACS」は、生命科学系のデータベースやツールの使
い方、データベースを統合する活動を紹介する初心者向けの講習会です。
 参加者全員がハンズオンでコンピュータを使いながらの講習です。
 学内・学外を問わず、無料で参加できます。
 ぜひ、下記の講習会主催機関(NBDC)のウェブサイト「お申込みと詳細>申し込みフォーム」
にアクセスいただき、各自参加登録(氏名、受講可能日、メールアドレスなど)をお願いいたします。

■日時: 2017年1月31日(火)13:30-16:45、2017年2月1日(水)9:30-16:40
■会場: 藤田保健衛生大学 生涯教育研修センター1号館 12階 IT学習室 
     (愛知県豊明市沓掛町田楽ヶ窪1-98)<下記リンク参照>          
■定員: 約50名
■参加費:無料
■PC:会場備え付けのPCを使用。
■お申し込みと詳細 :http://events.biosciencedbc.jp/training/ajacs64
    (申込締切:1月19日(木)12:00まで)※定員超過の場合は抽選となります。

■プログラム:
1月31日(火)
13:30-13:35 受入れ機関挨拶 
   倉橋 浩樹(藤田保健衛生大学総合医科学研究所)
13:35-15:05 「NBDCの紹介とNBDCが提供するサービス」
   森 亮樹(科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター)
15:15-16:45 「パスウェイ情報を中心としたKEGG/GenomeNet Webサービスの紹介」
   武藤 愛(奈良先端科学技術大学院大学バイオサイエンス研究科)

2月1日(水)
 9:30-11:00 「次世代シーケンサー(NGS)解析・基礎編:関連データベース、ツール」
   仲里 猛留(情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター)
11:10-14:30 「次世代シーケンサー(NGS)解析・実践編:目的別データ解析」
   仲里 猛留(情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター)
14:40-16:40 「次世代シーケンシングを用いた遺伝子発現解析のためのガイド」
   原 雄一郎(理化学研究所ライフサイエンス技術基盤研究センター)

■主催:科学技術振興機構バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
 共催:情報・システム研究機構ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)
    藤田保健衛生大学総合医科学研究所(および疾患遺伝子網羅的解析センター)
    藤田保健衛生大学医学部医学情報教育推進室
■お問い合わせ:統合データベース講習会事務局
〒102-8666 東京都千代田区四番町5-3
国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)
E-mail:AJACS@biosciencedbc.jp TEL:03-5214-8491
■受け入れ機関窓口担当:
嶋田 誠(藤田保健衛生大学総合医科学研究所)

■藤田保健衛生大学へのアクセス:
http://www.fujita-hu.ac.jp/outline/contact/access/index.html
■キャンパスマップ(2番が会場です):
http://www.fujita-hu.ac.jp/campuslife/facility-guide/campus-map/index.html
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Document印刷機で大型ポスターを分割して印刷する方法

DocuCentre-IV C2263により、A1をA3(3×3)9枚で印刷する場合:
パワーポイント:メニュー>デザイン>用紙サイズ
(ユーザー定義)で縦A1のサイズ(59.4 × 84.1)に設定して、ポスターを作製。

パワーポイント:メニュー>印刷>設定:フルサイズのスライド▼をクリック>「用紙に合わせて拡大縮小」のcheckを外す。

Printer: DocuCentre-IV C2263

プリンタのプロパティ

原稿のサイズ:A1に変更

出力用紙サイズ:A3に変更

原稿の向き:たて原稿に変更

製本/ポスター/混在原稿/
回転をクリック

*プリンタドライバ情報:

プリンタを購入した際のついてきたCDのドライバのままでは、上記のポスター印刷はできない。

ネットより、最新ドライバ「ART EXドライバー (Microsoft® WHQL認証取得ドライバー) Ver.6.5.8」をインストールした上で、可能になった。


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にっこり Our manuscript has been accepted! / 論文受理の連絡

昨夜、論文が受理された旨の電子メールが届いておりました。いろいろな方々の思いの詰まった成果を論文という形に残すことができて、ほっとしております。関係者の方々、励ましてくださった方々、本当にありがとうございました。
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ASDの大人になってからの回復

http://www.nature.com/nature/journal/vaop/ncurrent/full/nature16971.html?WT.ec_id=NATURE-20160218&spMailingID=50720412&spUserID=MjA1NzU0OTg0MgS2&spJobID=862152809&spReportId=ODYyMTUyODA5S0

ASDは胎児期・幼少期の神経系の発達段階での影響が大きいと言われているが、大人になってから、改善あるいは変化するのであろうか、という問いに対し、ある部分の特徴は変更できる可能性が示された、ということか。
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シンポジウム講演報告

先週末に講演者として招かれた武蔵野大学シンポジウム(知性はどこから来たか:心の進化と遺伝)の簡単な報告をします。
Flyer.pdf
第一演者の小田 亮 氏が人類の社会性、とくに利他行動について、ご自身のヒトを対象にした研究を中心に紹介された。その内容で印象的だったのは、人類はヒトの目が無くても自由意思で利他的にふるまうこと、そしてヒトの目があると正直な方向に修正されることであった。

次に、私(嶋田 誠)が遺伝子発現の機構が明らかにされるにつれ、遺伝要因と環境要因は密接な関係であり分離が難しいことが分ってきたことや人類進化において社会の規模が増大する方向に進化した例を紹介した。また、自らの行った遺伝子多型の研究結果のなかで、人類は多様な脳の機能を含有する大集団として進化してきたことで説明できる例を紹介した。

最後に、安藤 寿康 氏がご自身のふたご研究を紹介しながら、知性を知能としてみると遺伝要因の影響力が高いこと、そのため論争が絶えないさまを紹介した。

総合討論やその後の懇親会の席での議論を通じ思わされたことは、人類進化がもたらしたのは、多様な能力をそれぞれ活かした人間社会であり、そのため利他行動が必然的に個人に身についていること。そして学業成績偏重の志向性は人間社会が保持してきた力を弱めることにつながるという、それぞれの演題の関係性であった。

講演者の中で私が最も一般的聴衆の関心の食いつきが悪いであろうと予想して臨んだが、実際はみなさんとても熱心に耳を傾けてくださった。参加者の皆さんと準備してくださった方々に深く感謝したい。
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名古屋市立大 鈴木 善幸先生のセミナー

名古屋市立大 鈴木 善幸先生のセミナーが藤田保健衛生大医学セミナーとして開催されます。
一般公開ですので、ご興味のある方々のご参集をお願いします。

http://www.fujita-hu.ac.jp/igaku-seminar/index.html

第204回 医学セミナー(特別講演89回)
題目: 「 ウイルスの分子進化解析からわかること 」

演者: 名古屋市立大学大学院 システム自然科学研究科
    理学情報専攻 生命情報系 分子進化医学/進化ウイルス学分野
    教授 鈴木 善幸 先生    
    
日時: 平成27年 6月 5日(金) 17時30分 ~ 19時00分 
    
場所: 藤田保健衛生大学 生涯教育研修センター 1号館 9階 901講義室

座長: 嶋田  誠

 ウイルスの分子進化解析から進化の歴史やメカニズムを知ることにより、医学
的に役立つ情報が得られることがあります。

 本セミナーでは、ロタウイルスのようにゲノムが分節に分かれたウイルスはど
のようにすべてのゲノム分節をウイルス粒子にパッケージングするのか、インフ
ルエンザウイルスに対して効果の高いワクチンをつくるにはどうしたらよいのか、
といった問題に分子進化解析からアプローチしてみたいと思います。


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New paper has just published!

Our article "Identification and Validation of Evolutionarily Conserved Unusually Short Pre-mRNA Introns in the Human Genome" has been published in IJMS and is available online:

Abstract: http://www.mdpi.com/1422-0067/16/5/10376/

Thank you for your attention and encouragement.
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Bioperl 探し方

BioPerl のモジュール一覧の目次のページにアクセス
http://doc.bioperl.org/

開いたページ内、
Released Code
Official documentation for released code is available here:
中から、Localに自分のマシンにインストールしたバージョンのdocument(左側:Web Browserを介して、右側:downloadして)を検索する。

例)
BioPerl 1.0, (青字左側:Web Browser)をクリック
Browserの検索機能(Ctl-F)でGFFと入力

見つかった記載を読み、プログラムを書く。

注意:ミスがそのままになっている場合もある。
Bio::Tools::GFF - A Bio::SeqAnalysisParserI compliant GFF format parser
の場合、Bio::Tools::GFFが正式名称だが、Synopsisには、
use Bio::Tool::GFF;
と"s"が抜けて記載されているので、"s"を補って書く必要がある。
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了解 Windowsが正規品でないと!

先週末から今週頭にかけて、Windows updateがあった影響で、「このコンピューターは正規品のWinodwsを実行していません」というエラーメッセージが出るようになった。
OSを2014.12.06の時点での復元ポイントに戻し、再起動。
当然、updateをするか聞いてきたので、もう一度updateを手動で確認しながら実行した。
それだけで、もう、正規品でないとするメッセージは出なくなった。
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閲覧履歴をまとめて保存しておく方法

慣れないプログラミングのために大量のweb pageを閲覧して仕事を進めることが多い。
しかし、大量のweb page由来であれば、使った知識はすぐに忘れてしまうし、備忘録を作るのも大変。
そこで、とりあえず、特定の時間帯に閲覧したweb pageの履歴だけを保存しておきたい。
そのために、ブラウザのブックマーク・フォルダ作成と閲覧履歴を工夫する方法。

  • 新規に専用のブックマークのフォルダを作っておく。
  • 記録しておきたいページを片っ端から、そのフォルダーにてブックマークする。
  • その際、すでに閉じられているページのためには閲覧履歴で再度開いてブックマークする。
  • C:\Users\[ユーザー名]\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default\Bookmarks
    をテキスト・エディタにて開く。
  • 検索により該当データを見つける。同じフォルダーに近い時間帯に保存したデータは近くに記載されている。
  • 該当データをコピペで抜き出して保存しておく。

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改行コードOS間問題備忘録

改行コードにまつわるトラブル解消法
トラブル事例:
Windowsのtext editorで作成したファイルがLinuxでのperl programで読み込みエラー
Windows上でエクセルからタブ区切りテキストファイルとして保存することで作成したファイルがLinux 上のR環境で読み込みエラー


確認作業:Linuxのコマンドで改行コード確認した。
$ od -c foo.txt | less
 システム 改行コード od -c での見え方
 unix LF \n
 Mac(OS9>) CR \r
 Windows CR+LF \r\n

[makoto@ws214 IfRetained]$ od -c Validat_NMD.txt
別法
catコマンド
# 行末(LF)に「$」・表示不可文字(CRなど)を「^M」で表示
$ cat -e ファイル名
# 行末(LF)に「$」・表示不可文字(CRなど)を「^M」・タブを「^I」で表示
$ cat -A ファイル名

対策:改行コードをDOSからUNIXに変換し別名保存。
tr -d '\r' < inputfile > outputfile
[makoto@ws214 IfRetained]$ tr -d '\r' < Validat_NMD.txt >Validat_NMDunix.txt

試したがだめだった方法:
・dos2unix ファイル名
[makoto@ws214 IfRetained]$ dos2unix Validat_NMD.txt Validat_NMDunix.txt
dos2unix: converting file Validat_NMD.txt to UNIX format ...
dos2unix: problems converting file Validat_NMD.txt
昔友人に教えてもらった方法だが、なぜか今回はできなかった。
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エクセル指数表示変換

エクセルの表で沢山の指数表示(#E-#)をショートカットキー使用により、なるべく楽に上付き文字表示(#×10-#)に変換する方法

例:


 変換前 変換後
 5.50E-18 5.50×10-18
 5.08E-14 5.08×10-14
 1.76E-04 0.00018 
 0.0025128 0.00251


 

手順:

小数第何位までを上付き文字にするのか決める。

今回5位にした。

エクセル上で、小数第4位で収まる値のセルを選び、
メニューバー>数値を「指数」(セルの書式設定=「指数」)
--->「数値」(セルの書式設定=「数値」)に変え、小数第5位まで表示する。


 1.76E-04
 3.92E-04
 0.0014626
 0.0025128
 0.0025898

 

 0.00018
 0.00039
 0.00146
 0.00251
 0.00259


小数第5位より小さい値のセルを選び、(セルの書式設定=「指数」のままで)

ワードにテキスト貼り付けする。

(エクセルよりショートカットキーの手順が一つ少なく、箱型選択が使える利点を活かすため。)
 ↓

2.22E-13

3.71E-11

2.98E-07

4.80E-07

2.00E-06

2.11E-06

5.24E-06

8.35E-06

3.01E-05


ワード上で

置換:à×10

2.22×10-13

3.71×10-11

2.98×10-07

4.80×10-07

2.00×10-06

2.11×10-06

5.24×10-06

8.35×10-06

3.01×10-05

  ↓

置換-0 à -

2.22×10-13

3.71×10-11

1.24×10-8

7.71×10-8

2.98×10-7

4.80×10-7

2.00×10-6

2.11×10-6

5.24×10-6

8.35×10-6

3.01×10-5

Altキー押下しながら’10’’-‘の間から右側(下記水色背景)をマウスで選択

2.22×10-13

3.71×10-11

1.24×10-8

7.71×10-8

2.98×10-7

4.80×10-7

2.00×10-6

2.11×10-6

5.24×10-6

8.35×10-6

3.01×10-5

 ↓

上記選択された状態のまま、Ctrl+ Dを押下、続いて(フォントのウィンドウが表れるが気にせず)Alt + Pを、さらにEnterキーを押下する。

2.22×10-13

3.71×10-11

1.24×10-8

7.71×10-8

2.98×10-7

4.80×10-7

2.00×10-6

2.11×10-6

5.24×10-6

8.35×10-6

3.01×10-5

以上を選択し、エクセルの元の場所にペーストする。


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交替劇プロジェクトの一貫で行った研究の新聞誌上での紹介

中日新聞 夕刊 (2014年1月11日付)で、私が文部科学省科学研究費・新学術領域「ネアンデルタールとサピエンス交替劇の真相:学習能力の進化に基づく実証的研究」の公募研究として、行ってきた研究が紹介されました。
詳しくは
こちらをご覧ください。
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マウスを使わずキーボードでマウスカーソルをコントロール

パソコンに向かう時間が増え、しかも精神的に追い込まれているため、肩や頸をいため右手神経を圧迫するようになった。
そのためか、右手人差し指、中指がしびれている。

そこで、マウスを使わず、キーボード上からマウスカーソルの移動およびクリックをする方法をマスターすることにした。
http://windows.microsoft.com/ja-JP/windows7/Use-Mouse-Keys-to-move-the-mouse-pointer
上記URLは機械翻訳なのであろう。少し文章が変だが、理解した。
マウスカーソルの移動:[5]のキーが「権利」となっているのは「右」の翻訳ミスであろう。

マウスボタンクリック:マウス上では一発クリックすればよい動作であるが、この(104)キーボード上からの操作法では、まずテンキーの右上3つのボタンのうちどれか(例えば、マウス左ボタンなら[/]、右ボタンなら[-]ボタン)を押したのち、続けてテンキーの[5]を押すという2段動作になる。

設定控え(覚え):
コントロール パネル\コンピューターの簡単操作\コンピューターの簡単操作センター\マウス キー機能を設定します
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Windows7でネットワーク探索を有効または無効にする

普段使うネットワークの場所は限られているのに、このwindowsのネットワーク探索が有効にされていると、自動的に見たくないネットワークコンピュータが表示されてくる。
それを無効に切り替える作業を時々するのだが、忘れてしまうので、ここに記録する。

場所:
コントロール パネル\ネットワークとインターネット\ネットワークと共有センター\共有の詳細設定

上記へたどり着くまでの道筋例:
(Windows 7~10)Explore における「ネットワーク」を右クリック>プロパティ>
>(左パネル中の)共有の詳細設定の変更

上記
ネットワーク探索を無効に設定すると、ネットワーク上のディレクトリやファイルを目で探している最中にファイアウオール内の無関係なコンピュータがどんどんと追加され、目的のディレクトリを見失うことが防げる。
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情報処理・パソコン Microsoft Word 2010がフリーズするのはEndNoteが原因

Microsoft Word 2010を最近インストールした。
そこで、すぐに不調。
症状:
横のスクロールバーをマウスで動かそうとする、
あるいは、window sizeを変更しようとマウスカーソルを操作する、
すると、wordはフリーズし「応答なし」になる

ほかのMS Office製品には異常なし。

原因:
同じマシンに入れてあるEndoNoteのバージョンがX3以前であるため。

対処法:
EndNoteのCWYW(Cite While You Write)機能のみ、あるいはEndNote(X3以前)全体のアンインストールをする。
アンインストール方法
http://www.usaco.co.jp/products/isi_rs/qa/0096.html
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Google Chromeでのブックマーク同期手順

今回の作業手順:
1、旧PC(windows vista, 32bit)側でネットワークに接続しChromeを起動、
(表示画面はブックマークマネージャ画面にしておいたが、べつにどの画面でも良いのだと思われる)。

2、新PC(windows7, 64bit)側にChromeを新規にダウンロードし、インストールした。

3、Chrome 右上の三本線をクリックして、旧PCと同じGoogle Accountにログインした。

4、同期するか、聞いている画面が表示され、指示に従って、同期を選択した。
以上。
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Rename command (in Japanese)

Linux comand : rename によるファイル名の変更(備忘録)
*環境*
OS: CentOS release 5.7
カーネル: 2.6.18-274.3.1.el5
アーキテクチャ: x86_64

*使い方*
 ファイル名 test.txt を testa.txt に変更する
$ ls
test.txt
$ rename test testa test.txt
$ ls
testa.txt

*注意*
 rename には、ファイル名の文字入力に関して制限がある

Ⅰ.小文字と大文字
1.小文字と大文字の変更はコマンドが無効になる(例:testa → testA は不可、testA → testa は不可)。

$ ls
testa.txt
$ rename testa testA testa.txt
$ ls
testa.txt

 変更前と後のファイル名の文字数が同じで単に大文字と小文字のみの違いの場合、ファイル名は変更されない。違っている文字の位置、個数には左右されない。

$ ls
test.txt
$ rename test teSt test.txt
$ ls
test.txt


Ⅱ.スペース
1.変更後にスペースを含むファイル名は不可(test → testa b はスペース以下の入力文字、数字が全て無視される)。

$ rename test testa b test.txt
$ ls
testa.txt

2.ファイル名にスペースを入れたい場合は、スペースの前にエスケープ文字¥をつけると可能(Windowsでは¥キーが¥で表示されるが、Linuxでは¥キーはバックスラッシュで表示されることに注意)。

$ rename test test\ a test.txt
$ ls
test a.txt

 各スペースの前に¥をつけることで、複数個のスペースの入力も可能(スペースの連続は不可)。
 変更前のファイル名、変更を指定されるファイル名も、入力には各スペースの前に¥をつけることが必要。

3.2と同様にスペースを ' ' 、 " " とシングル、またはダブルクオーテーションで囲むとスペースの入力が可能(この場合はスペースの連続も可能)。

$ rename test test' 'a test.txt
$ ls
test a.txt

$ rename test test' '' 'a test.txt
$ ls
test  a.txt


Ⅲ.コマンドラインで使える正規表現の文字について
1.*
 変更後ファイル名の文字列途中の挿入は不可(testab → test*ab)。エラーが出る。

$ rename testab test*ab testab.txt
rename: testab.txt から test*ab.txt への名前の変更に失敗しました:無効な引数です

 * をファイル名の最後尾につけると、元のファイル名の文字列の * 以下をそのままコピーして、変更後のファイル名につける。
 例:testab → test*
$ ls
testab.txt
$ rename testab test* testab.txt
$ ls
testab.txt.txt

 testab.txt に対して、testab → testabc* と変更を指示すると、エラーが出る。

2.?
 変更後の文字列に使うことは不可。エラーが出る。
 変更前のファイル名指定に、任意の1文字として入力しても無効

3.!
 変更後のファイル名の文字としての入力可能
 ただし、ファイルの指定で指定できなくなるので使用は避けるべき。

$ renam test! testab test!.txt
bash: !.txt: event not found

 エスケープ文字をつけても不可("!"はエラー、\!は無効)。

*注意 ⇒ 正規表現に使うような文字をファイル名に使用することは避けるべき。


Ⅳ.記号
1.ハイフン(-),ピリオド(.),カンマ(,),アンダーバー(_),アットマーク(@)は使用可能。

2.コロン(:) エラーが出る。

3.セミコロン(;)
 testab.txt に対して、testab → test;ab と変更を指示すると、以下のメッセージが出る。使用を避けるべき。
ab: invalid URL
Usage: ab [options] [http[s]://]hostname[:port]/path
Options are: ……(以下省略)


Ⅴ.一部の文字列の置換
1.ファイル名中の一部の文字列を変えることも可能
 例:testab.txt を teshkb.txt に変える。
$ rename ta hk testab.txt
$ ls
teshkb.txt

2.ファイル名中の同じ文字を一度に別の文字に置換することはできない。最初の1文字のみコマンドが有効。
$ ls
testbbbb.txt
$ rename b c testbbbb.txt
$ ls
testcbbb.txt


  以上 2004/2/23

追加

Ⅳ.記号
4.かっこ( )、~ 、|  エラーが出る
  []、{} は入力可能

  以上 2004/3/1

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第4回研究大会(文科省科研費・新領域・交替劇)

科学研究費補助金: 新学術領域研究「ネアンデルタールとサピエンス交替劇の真相」第4回研究大会が下記の要領で行われます。私も研究の進捗を話させていただく予定です。
日時: 2011年12月10日(土)10:20~17:50 研究進捗発表
11日(日) 9:00~17:00 シンポジウム
会場:愛知県岡崎市・岡崎コンファレンスセンター
http://www.nips.ac.jp/fmritms/2011/11/2011.html
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花丸 CentOSの更新によって、Xwindowが立ち上がらなくなった時

画面2つ、いわゆるTwinview、でLinuxを使用しているからか、CentOSの自動更新後にXwindowが立ちあがらなくなることがよくある。

*事態・現象*
CentOSの自動更新によって
何らかのファイルが読み込めなくなってしまい、Xwindowが立ちあがらなくなった。
コマンドでstartxとしてもエラーになってしまった

*最初に試すべき最簡便法*
◎まずは、安全にプログラムから抜ける方法
英語のGUI画面でYes/Noを尋ねている画面
(確か、X-windowが立ち上がらないので自動修復を試みるかどうか、など尋ねてくる。)
No(1回目の画面)
No(2回目の画面)
Yes(最後の画面は選択肢がこれしかない)

CUI(コマンド入力)画面になる。
◎次にrootでログインしておく。

◎最新ヴィデオカード・ドライバーのダウンロード(DL)
(別のマシンで先にやっておいても良い)
外付けHDD(Sambaを介し、Linux、Windows共通使用)
にWindowsのインタネット・ブラウザ(Google Chrome使用)から以下、
http://www.nvidia.co.jp/Download/index.aspx?lang=jp

web画面にてドライバーを検索
    オプション         Quadro
    製品シリーズ         Quadro NVS Series
    製品ファミリー        Quadro NVS 290
    ダウンロードタイプ    Quadroグラフィックスドライバ
    オペレーティングシステムLinux 64-bit
    言語          日本語
を選んで、最新のドライバーを検索。
ダウンロードページの同意ボタンを右クリック>リンク先保ファイルに保存。
外付けHDD、今回は、
eg., \\ws212.24.fujita-hu.ac.jp\media\usb1\mak2\man
にDL、保存した。
    ファイル名:NVIDIA-Linux-x86_64-285.05.09.run
    ファイルサイズ:54Mバイト
だった。

◎最新ヴィデオカード・ドライバーを更新
Linuxマシンに戻り、rootで入っている状態から、
# ls -lt /media/usb1/mak2/man | grep 'NVIDIA'
で先ほど入手したファイルがあるのを確認。
# sh /media/usb1/mak2/man/NVIDIA-Linux-x86_64-285.05.09.run
(ファイル名は最新のものを指定すること)

その間いくつかGUI画面で聞かれた。今回の選択は、
-Licenseについて:Accept
-古いversionがあるか上書きでよいか:Yes
-32 bit compatibility Open GL librariesをインストールするか:Yes
−Errorメッセージ:'/usr/lib64/xorg/modules/extensions/libglx.so'
はsymbolic linkではない
そのままスルーした、OK。
−WARNING:今回のインストールはOS依存のもの(yumなど)ではない。
そのため、不確実要素もある。
詳しくは、'var/log.nvidia-install.log'
OKを。
−自動updateにするか?:Yes
−Sucessfully updated:OK

◎テスト
# startx
結果:X-windowsはTwinViewもふくめ上手く立ち上がった!
この状態はコマンドから立ち上げたデスクトップ画面であるので、
メニューのシステム>にシャットダウンが表示されない状態。
メニューのシステム>rootのログアウト
# shutdown -h now

◎電源再投入
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ネアンデルタールとサピエンス交替劇の真相

以下が、私の今年度初の外部発表になります。
今年度から加えていただきました、科研費新領域の研究大会です。
よろしくお願いします。
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科学研究費補助金: 新学術領域研究「ネアンデルタールとサピエンス交替劇の真相」の第3回研究大会
 2011年度春期大会(第3回全体会議)公開
 日時:2011年4月23日(土)— 24日(日)
 会場:東京・学術総合センター
 入場無料
http://www.koutaigeki.org/index.html


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研究ブログ

研究ブログ

exFAT形式の外付けHDDをCent OS 7.9に接続し、sambaを介してwindowsからも読み書き

備忘録:
Microsoft社開発permissionの概念のない、exFAT形式の外付けHDDをCent OS 7.9に接続し、sambaを介してwindowsからも読み書きできるようにした。
mount後のHDD:user:root, group:sambagp, permission=0774

環境:
OS:CentOS Linux release 7.9.2009 (Core)
SE Linux状況:使用中
# getenforce
Enforcing

手順概要:
*HDDの接続、parition設定:

CentOSでexFatを操るためのツール(インストール済み確認):
[root@localhost ext2T]# yum list installed | grep "exfat"
exfat-utils.x86_64 1.0.1-2.el6 @/exfat-utils-1.0.1-2.el6.x86_64
fuse-exfat.x86_64 1.0.1-1.el6 @/fuse-exfat-1.0.1-1.el6.x86_64
[root@localhost ext2T]#

*物理的にUSB接続
参考:https://qiita.com/aosho235/items/ad9a4764e77ba43c9d76
# lsblk -f
#この時点でMOUNTPOINTが空欄な行が物理的に接続しただけのHDDの情報。
#ここで新たに認識されたHDD領域<新/dev/領域>を覚えておく。
#例:/dev/sde

*フォーマットする前にパーティションを確認する「dmesg」コマンド
参考:https://mrs.suzu841.com/mini_memo/numero_13.html
# dmesg

*パーティションテーブルの操作 fdisk コマンドの実行
参考:https://mrs.suzu841.com/mini_memo/numero_13.html
#出荷時Windows用にntfsフォーマットされている領域を削除し、あらたに領域を設定。ここではフォーマット形式を聞かれない。
たとえパーティションに区分けせず一つの領域として使うにしても、シリンダの最初と最後の値を設定する。

# fdisk /<新/dev/領域>
コマンド (m でヘルプ): d # <--出荷時初期状態でntfs形式のファイルシステム削除のため
Selected partition 1
Partition 1 is deleted

コマンド (m でヘルプ): w # <--テーブルをディスクに書き込み、終了するためにw
パーティションテーブルは変更されました!

# fdisk /<新/dev/領域> #← 新たな領域パーティションを作るため、もう一度
コマンド (m でヘルプ): p #← 領域情報を表示させるため p と入力

デバイス ブート 始点 終点 ブロック Id システム

コマンド (m でヘルプ): n #← 新たに領域を作成するため n と入力

Select (default p): p #← 領域テーブルを表示させるため p と入力
パーティション番号 (1-4, default 1): 1 #← 領域はひとつしか作らないので
最初 sector (2048-3907029167, 初期値 2048): # <- Enter
Last sector, +sectors or +size{K,M,G} (2048-3907029167, 初期値 3907029167): # <- Enter
コマンド (m でヘルプ): w #<- ← 新たな領域テーブルをディスクに書き込み終了するため w と入力
# sync #OS の非同期書き込みを考慮して、念のためもう一度 sync させておく。https://mrs.suzu841.com/mini_memo/numero_13.html

*ファイルシステム作成(mkfs)※フォーマット(論理フォーマット)
# mkfs.exfat -n ラベル(例:usb3_exFAT_2T) パーティション名(例:/dev/sde1)

*mount pointの作成 ( フォーマットした外付け HDD の領域を連動させるため )
directory 作成
# mkdir 新directory(#例 /mnt/usb3_2T)
*mount
mount コマンドの実行( 作成したマウントポイントとフォーマットした外付け HDD をマウントさせる )
# mount #例 /dev/sde1 #例 /mnt/usb3_2T

*確認(NAME FSTYPE LABEL UUID MOUNTPOINT)
# lsblk -f

*(もし無ければ)SAMBAユーザとグループの作成:
[root@ws212 media]# useradd <新sambaユーザー名>
[root@ws212 media]# smbpasswd -a <新sambaユーザー名>
[root@ws212 media]# getent group | grep <新sambaユーザー名>
sambagp:x:1001:<新sambaユーザー名>
<新sambaユーザー名>:x:1002:
#<-ここで、sambaのグループのID、gid=1001であることを確認。次で利用。

*設定の永続化:
/etc/fstab
に1行追加
UUID=<UUID> <Mountpoint 例:/mnt/usb3_2T> defaults,gid=1001,umask=003,dmask=003,fmask=003,context="system_u:object_r:samba_share_t:s0" 0 0

参考:https://qiita.com/aosho235/items/ad9a4764e77ba43c9d76#%E6%B0%B8%E7%B6%9A%E5%8C%96%E3%81%95%E3%81%9B%E3%82%8B%E3%81%AB%E3%81%AF
書式:https://engineer-ninaritai.com/linux-fstab/
① デバイスファイル名 デバイスファイル名もしくはLABEL、UUIDを指定
② マウントポイント ファイルシステムのマウント先のディレクトリ
③ ファイルシステムの種類 ファイルシステムの種類を指定
④ マウントオプション マウントする際のオプションを指定します
⑤ dumpフラグ 1であればdumpコマンドによるバックアップの対象になる。etx2/3は1を指定し、その他は0を指定
⑥ fsckがチェック linuxが起動時にfsckがチェックする順序を指定
#①lsblk -fにて確認済
#②例 /media/ext2T/exfat2や/mnt/usb3_2T
#④例:マウントオプション:ここでgroup 予め設定してあったsamba user のsamba groupのid(gid=1001)を指定。
その確認には cat /etc/passwd の下の方をみた。

*samba設定
etc/samba/smb.conf
に以下を追加。Mountposition例 /mnt/usb3_2T, inherit acls = yes が大事だった。

[usb3_2T]
path = /mnt/usb3_2T
valid users = @sambagp
inherit acls = yes
create mask = 0774
directory mask = 0774
guest ok = no
writable = yes
browsable = yes
参考:
https://qiita.com/knqyf263/items/e02d55de26c77ee613e0
https://thinkit.co.jp/article/766/1

*SE Linux設定

# setsebool -P allow_smbd_anon_write=on
# setsebool -P samba_enable_home_dirs=on
# setsebool -P samba_share_nfs=on
# setsebool -P samba_export_all_ro=1 samba_export_all_rw=1
# semanage fcontext -a -t samba_share_t <Mountposition例 /mnt/usb3_2T>

参考:
https://qiita.com/azuritev3coa3/items/4269228b4241c07ea2be
https://zaki-hmkc.hatenablog.com/entry/2020/02/17/215155
https://tomyama.hatenablog.jp/entry/2022/10/27/000100
https://www.linuxmaster.jp/linux_skill/2019/03/centos7selinux.html
https://access.redhat.com/documentation/ja-jp/red_hat_enterprise_linux/6/html/security-enhanced_linux/sect-security-enhanced_linux-working_with_selinux-enabling_and_disabling_selinux#:~:text=SELinux%20%E3%81%AE%E3%82%B9%E3%83%86%E3%83%BC%E3%82%BF%E3%82%B9%E3%82%92%E3%83%81%E3%82%A7%E3%83%83%E3%82%AF,%E3%81%84%E3%81%9A%E3%82%8C%E3%81%8B%E3%82%92%E8%BF%94%E3%81%97%E3%81%BE%E3%81%99%E3%80%82

*再起動
#確認
# getsebool -a | grep samba
samba_create_home_dirs --> off
samba_domain_controller --> off
samba_enable_home_dirs --> on
samba_export_all_ro --> on
samba_export_all_rw --> on
samba_load_libgfapi --> off
samba_portmapper --> off
samba_run_unconfined --> off
samba_share_fusefs --> off
samba_share_nfs --> on
sanlock_use_samba --> off
tmpreaper_use_samba --> off
use_samba_home_dirs --> off
virt_use_samba --> off

# ls -lt <Mountposition例 /mnt/usb3_2T>
合計 512
-rwxrwxr--. 1 root sambagp 56 6月 23 14:55 testCentOSuser.txt
-rwxrwxr--. 1 root sambagp 41 6月 23 14:55 testWindows10.txt
-rwxrwxr--. 1 root sambagp 27 6月 23 14:54 testWindows10.txt~
-rwxrwxr--. 1 root sambagp 72 6月 10 17:36 test2.txt

Windows10 via Samba

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Excelで印刷?ちょっと待て!

履歴書、業績書作成にExcelの書式が指定されていたとしても、印刷することが求められたら、Excelのまま印刷しない。Wordに張りつけ調整してから印刷する。なぜなら、Excelは印刷のことを犠牲にして表計算を行う仕様であるから。時間と紙の無駄になる。
https://www.waenavi.com/entry/20190407/1554636205

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野澤 謙 先生を偲ぶ

 尊敬申し上げておりました、元京都大学霊長類研究所 所長の野澤 謙 先生が、5月12日に心臓発作で逝去されていたことを知りました。野澤先生は1927年生まれと伺っておりますので、今年の誕生日で93歳だと思います。1971年から京都大学霊長類研究所の変異部門の教授をされ、1984年から89年までは所長を務めておられました。

 私が最初に野澤先生にお目にかかったのは、大学院受験を控えた1989年に研究所見学へ一人で尋ねていった時でした。当時は手紙と電話が主たる通信手段で、受験生担当の研究所内役割分担もはっきりしていなかった時代で、進路のはっきりしない大学生であった私一人に、野澤先生自ら所長室で大学院の説明や私の質問対応をしてくださいました。

 野澤先生は、私の指導教官 庄武孝義先生の師匠にあたる存在でありました。1990年度は野澤先生が教授を務める変異研究部門(当時)に私が研究生として在籍し、同じ実験室にて野澤先生の実験の御様子を拝見しながら過ごすことができました。1990年度末に京都大学霊長類研究所を定年退職され、中京大学へ移られましたが、その後も部門のセミナーには変わらず出席され、私が京都大学霊長類研究所を去る2000年までは少なくとも継続されていたと記憶しております。

 私の存じ上げる野澤先生は、研究者として勤勉実直な方であった印象があります。定年までご自分でデータをとり、筆頭著者として論文を執筆されておられました。また、ご自身の専門分野の守備範囲や、当時の技術や知識の限界をわきまえた、正確な発言を常にされていたように思います。それが時に冷たく映ることもあったかもしれませんが、逆に大衆受けを狙らい、大風呂敷を拡げ過度な期待をいだかせる表現が散見される、現代にあって、私のめざす一つの指針のような思い出になっています。

 他方、他の立場にある人のことを考え、先々の混乱を招かないように行動することも教えられました。私が初めての海外調査へ行く際には、政治体制の異なる現地国の文化や規則に対するリスペクトの欠如した計画を戒めてくださいました。自分も関係者も気持ちよく仕事をすることで、成果物が世に受け入れらる、ということが今になってわかるような気がいたします。

 講義でも、若者向けを狙った冗談などはあまり口にせず、そうかといって偉ぶるでもなく快活に語られ、またよく整理された構成のゆえに学生を飽きさせない評判の良い講義でした。

 ニホンザルの血液タンパク質の多型を指標にした集団遺伝学研究の傍ら、ネコの毛色多型の地理的分布の調査も精力的に行っており、当時私もネコの毛色から約10遺伝子座の型判定を瞬時に目視でできるよう、個人的に手ほどきを受ける機会に恵まれました。隙間時間にも訓練できるように用いられたのは、ネコの写真がたくさん入った、当時の流行映画の関連写真集でした。その映画は、とある公園を舞台に猫たちとミュージカル女優を夢見る女の子たちとの関係を描いたもので、ページをめくりながら野澤先生は「女の子たちが出てくるけど、そこは気にしないで」、「時間があったら、自転車で近くを一緒に回りながら教えたいのだけどね」などと言っておられました。そんなほっこりするような気さくな面も、まだ若かった私に見せてくださいました。

 偉大な経歴の先生から間近に吸収する機会を若い時に得られたことを、私は本当に貴重な体験だったと思っており、感謝しております。野澤先生の足元にも及びませんが、自分の生き方・向き合い方を考えさせられております。

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私の書棚より

コミュニケーションに興味をもった学生へおすすめします。


人間の特徴や行動パターン、社会の構成要素や性格などの分析に関する本

土居 健郎 著『「甘え」の構造』弘文堂 1971/(増補普及版)2007

*著者の専門が精神医学。タイトルはとっつき難く感じたが、明瞭な文体。

中根千枝 著『タテ社会の人間関係~単一社会の理論』講談社 1967/1968

*自由な大学学部を卒業してまず感じたのが、タテ社会。最近は自分の立ち位置が逆になっていることを感じるため、再考の価値あり。

内藤朝雄 著『いじめの構造~なぜ人が怪物になるのか』講談社現代新書 2009/2012

*個人が場の空気で別人格のようになることを、著者自身の平易な言葉で伝えようとしている。

矢原徹一 著『決断科学のすすめ~持続可能な未来に向けて、どうすれば社会を変えられるか?』文一総合出版 2017

*私が大学院時代に出会いお世話になった植物学・生態学・進化学の研究者が、地球規模の問題に対して解決策を探る科学、および、立ち向かう社会的リーダー養成プログラムのために書かれたもの。


コミュニケーションの方法論に関する本

篠田義明 著『コニュニケーション技術~実用的文章の書き方』中公新書 1986/1999

*大学院に入って、文章力が足りないことを痛感した時に、一人の先生が勧めてくれた本。

酒井聡樹 著『100ページの文章術~わかりやすい文章の書き方のすべてがここに』共立出版 2011

*あまりお話したことが無いものの、古くからの知り合いの研究者が東日本大震災、被災のさなかに出版されたことを知り、購入した。文章術に大事なことがどんどん入ってきた。

大学生とコミュニケーション(特に多職種医療チームを想定)について、考える機会が与えられ、自室の本棚を見返したものです。大学生だけでなく私自身もコミュニケーションの奥の深さについて認識を新たにしました。まるで武道や芸事の道のような感覚を覚えました。

今年度は新型コロナウイルスの感染拡大防止措置のためオンラインでの短期間のプロジェクトでした。コミュニケーションについて学生の皆さんに考えるきっかけとなればと願います。

さらに深く考えるため、コミュニケーション論に関係しそうな本を挙げてました。

学生の皆さん、専門の方々による書評はネット上で見ることができるので、ぜひ著者名と書名の部分をコピペして検索して見てください。

古い本はどれも、出版当時大きな影響力を与えて、多くの大人たちが手にしたものです。今なお、口の端に上ることがあります。

私自身が大学生の時に言われてきたことですが、社会人になってしばらくは忙しく消耗しがちで、新たに別分野のことを吸収するどころか、本を読むのも難しくなります。大学生のうちに、学問的な裏付けに則った本を読むことを勧めます。

*印は私がここに挙げた理由です。

ご参考までに。

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卒論発表

本日、本学医療科学部 臨床検査学科の卒論発表会がありました。
私の普段の研究は臨床検査には直接結びつかないのですが、それでも今年度は学生さんの卒論指導を受け持つことになりました。
就職活動をやりながらの約4か月間という短い期間でしたが、驚異的な覚えの早さで無事に研究成果の発表をやり遂げてくれました。
臨床検査の資格を取得して就職される学生さんにとって、これまでの学生生活では身につける機会があまり無かったものの、若い時に身につけておくと良いだろうと私が感じていることを経験する良い機会になれば、という思いで接してきました。
とはいっても、細かい指導というよりは、学生さんに課題や問いを投げ掛け、教材を紹介するスタイルが中心でした。
プログラミングをほとんどやったことが無かったにもかかわらず、自分で検索して最後迄実行できるようになってくれましたし、Linuxのインストールもできるようになってくれました。分子生物学実験の実習、文章術の勉強なども意欲的にやってくれました。
流動的な産業構造のこれから、どんな技能が必要になるかわかりませんが、自分で探してやってみるという対応力の芽生えのような期間になったのではないかと思います。
今日からあとは、国家試験の準備に入るわけですが、自信もって望むことでしょう。
幸あらんことを。絵文字:笑顔

卒論演題:核・細胞質両局在性天然変性ハブ蛋白質におけるポリグルタミンの集積性
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OK ある日からWindows7のネット接続が途切れ途切れ不安定に

長らく使用しているWindows7デスクトップPCにおいて、ネット接続全般が使用中突如切れる。一瞬間をおいて再び実行すると繋がる。そんな状態になった。OSの更新の影響かもしれない。
今、IPv6を無効にしてみた。
https://www.akakagemaru.info/port/windows7ipv6.html
https://www.review-rank.net/?p=2552
なんか治ったような感じ。
SAMBAもネットワーク・ブラウザーも1時間以上途切れていない。
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The bug on PHYLIP has been fixed

Prof. Felsenstein has emailed to me that our bug-fix on PHYLIP has been implemented in the updated version (3.697).
To download it, access to the
download page of the PHYLIP web page.
Please find on our paper for detail of the bug we found and fixed 
(Shimada & Nishida 2017).

私が学生時代に遭遇し、最近それを修正して発表させていただきました、老舗の系統分析パッケージPHYLIPのバグが今回のupdateで、私達の修正を実装していただいて修正したと、PHYLIPの作成者・管理者であるJoe Felsenstein先生より連絡が有りました。
作業してくださった方、応援してくださった方々に感謝申し上げます。
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アフリカミドリザル(AGM)の包括的な集団遺伝学の論文がでた


Svardal et al. (2017)
 "Ancient hybridization and strong adaptation to viruses across African vervet monkey populations." Nature Genetics49: 1705.

私が大学院生時代に研究対象としていた、アフリカミドリザル(Savanna monkey, vervet monkeyなどいろいろな呼び方で言われる。学名も自分がかつて使っていたものとは少し違って呼ばれている)のアフリカ各地および、昔アフリカ以外の遠く離れた島に放たれた集団を対象にした、進化史および宿しているウイルスについての研究。
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Power Pointのスライドショーに音声を自動再生するように設定する方法

準備:
  • パワーポイントのファイル
  • 画面ごとの音声ファイル

音声ファイルの挿入手順:
ライドショー画面に対応した音声ファイルを、
メニュー>挿入>オーディオ>このコンピュータ上のオーディオ
音声ファイルを選択して「挿入」をクリック

ニュー>アニメーション>アニメーションウインドウをクリック
ニメーションウインドウに表示されたオーディオファイルの右端▼をクリック
れた画面において、「直前の動作の後」にチェックを入れ、さらに、「効果のオプション」をクリック
れた画面(再生オーディオ)の
果タブにおいて、
  • 再生の開始:◎最初
  • 再生の中止:◎現在のスライドの後

イミングタブにおいて、
  • 開始:○直前の動作の後
  • 開始のタイミング:◎クリックと連動した動作
を選択して、OKをクリック

ニュー>画面の切り替え
面の切り替えのタイミング:
  • □クッリク時:チェックを外す。
  • ☑自動的に切り替え:チェックをいれ00:10.00と入力

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昼 最近のcron、anacron事情

cron & anacronについて、日本語のweb pageを中心に調べたところ、

両者は本来独立であること。
RHEL6 (RedHat Enterprise Linux ver.6) 以降では、
  ◎ 日次、週次、月次のジョブはanacronで実行する(ref:1)。
  ◎ その他のジョブはcronで実行する(ref:1)。
  ◎ デフォルトではジョブの定期実行は Anacron で制御される(ref:2)。それはタスクの集中を避けるねらいがあると考えられる(ref:3)。
  ◎定期ジョブ設定の基本的方法:
      日次、週次、月次で実行するジョブについて、それぞれshell script(実行ファイル)を/etc/cron.daily、/etc/cron.hourly、/etc/cron.monthlyというdirectoryに作成する。
  
RHEL5以前では、cronが定期実行を担い、失敗した場合にanacronが代わりに再実行する、という位置付けであった (ref:1)。

CentOS7の時代になった現在でも、日本語のサイトでは、anacronを削除し、別のツールをインストールして従来通りcronによる制御を行う方針で解説されているページが多かった(ref:2,4)。



参考:
1)http://enakai00.hatenablog.com/entry/20111004/1317718773
2)https://www.server-world.info/query?os=CentOS_7&p=initial_conf&f=9
3)http://aikotobaha.blogspot.jp/2011/02/rhel6-7cronanacron.html
4)https://teratail.com/questions/39303
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