I am going to attend the 13th Japanese Drosophila Research Conference held in Kyoto, Japan, on Sep. 10-12. In this event I will make a poster presentation entitled "In vivo imaging to record neural activity of first- and second-order neurons in the gustatory system" (P-65). It is assigned with two sessions, the first half (13:45-14:30) of Tuesday and the second half (9:45-10:30) of Wednesday. I will welcome any comments and discussions from participants.

I am going to attend the Annual Meeting of the European Chemoreception Research Organization (ECRO 2018) held in Würzburg, Germany, on Sep. 5-8. In this event I will make a poster presentation entitled "Genetic identification and live imaging of gustatory 2nd-order neurons that link sugar detection and feeding/reward systems in Drosophila." I will welcome any comments and discussions from participants.

I am going to attend the Annual Meeting of the Japan Neuroscience Society held in Kobe, Japan, on Jul. 26-29. In this event I will make a poster presentation entitled "Tastant delivery system to provide reproducible stimulation to the mouth of Drosophila" (3P-LBA49). It is assigned with Saturday afternoon session (13:00-13:50). I will welcome any comments and discussions from participants.

I am going to attend the Annual Meeting of the Japanese Association for the Study of Taste and Smell held in Kobe, Japan, on Sep. 25-27. In this event I will make a poster presentation entitled "Gustatory second-order neurons that have directsynaptic connections to the feeding/reward systems" (P-035). It is assigned with Tuesday morning session (9:00～10:00). I will welcome any comments and discussions from participants.

9月25～27日に神戸で開かれる日本味と匂学会第51回大会で、『キイロショウジョウバエにおいて味覚二次神経は摂食／報酬系に直接シナプス接続する』という題でポスター発表します。ポスター番号はP-035、討論は26日(火)午前（9:00～10:00）です。参加者の皆さまのお越しをお待ちしております。

9月25～27日に神戸国際会議場で日本味と匂学会第51回大会が開催されます。このうち、27日(水)はオープンデイとなっていて、どなたでも無料で参加できます（中学生以下の方は大人の同伴が必要です）。以下の講演がありますので、お近くの方はお気軽にお越しください。
http://jasts-taikai.umin.jp/program.html

9:00-10:50 特別シンポジウム「味と匂とともにある健やかな生活」

オーガナイザー： 尾崎　まみこ （神戸大学）
味覚障害の診断と治療
 任　智美 （兵庫医科大学　耳鼻咽喉科・頭頸部外科）
匂いによる快適空間の創造:アートとデザインの視点から
 岩崎　陽子 （嵯峨美術短期大学）

11:00-13:00 海外招待講演「動物行動の不思議にせまる」

オーガナイザー：尾崎　まみこ （神戸大学）
共催：日本比較生理生化学会、後援：ニューロエソロジー談話会
動物行動を操るフェロモンの話
 Tristram D. Wyatt （オックスフォード大学）
動物行動を操る脳の話
 Randolf Mentzel （ベルリン自由大学）

14:00-16:00 市民公開講座「神戸からみんなで考える」

オーガナイザー： 尾崎　まみこ（神戸大学）
協賛：危機管理研究会　神戸安全ネット会議
和食はなぜ美味しい？　変動帯日本列島の贈り物
 巽　好幸 （神戸大学）
ヒアリにヒヤリ！！侵害性外来アリの脅威
 坂本　洋典 （早稲田大学）
ヒアリ探知犬：努力と実績
 林　暉閔 （台湾・モンスターズアグロテック社）

最近、Fiji のCMTK GUI Plugin が動かなくなった。以下のようなエラーが出る。

console: Failed to install '': java.nio.charset.UnsupportedCharsetException: cp0.
Traceback (most recent call last):
  File "CMTK_Registration/CMTK_Registration_GUI.py", line 8, in <module>
  File "[Fijiインストール先のフォルダ]\jars\jython-shaded-2.7.0.jar\Lib\subprocess.py", line 770, in <module>
  File "[Fijiインストール先のフォルダ]\jars\jython-shaded-2.7.0.jar\Lib\subprocess.py", line 1380, in Popen
  File "[Fijiインストール先のフォルダ]\jars\jython-shaded-2.7.0.jar\Lib\ctypes\__init__.py", line 281, in __getattr__
  File "[Fijiインストール先のフォルダ]\jars\jython-shaded-2.7.0.jar\Lib\ctypes\__init__.py", line 262, in __init__
	at org.scijava.jython.shaded.com.kenai.jffi.Foreign.newLoadError(Foreign.java:72)
	at org.scijava.jython.shaded.com.kenai.jffi.Foreign.access$300(Foreign.java:42)
	at org.scijava.jython.shaded.com.kenai.jffi.Foreign$InValidInstanceHolder.getForeign(Foreign.java:98)
	at org.scijava.jython.shaded.com.kenai.jffi.Foreign.getInstance(Foreign.java:103)
	at org.scijava.jython.shaded.com.kenai.jffi.Library.openLibrary(Library.java:151)
	at org.scijava.jython.shaded.com.kenai.jffi.Library.getCachedInstance(Library.java:125)
	at org.python.modules.jffi.DynamicLibrary.<init>(DynamicLibrary.java:26)
	at org.python.modules.jffi.jffi.dlopen(jffi.java:44)
	at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
	at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:62)
	at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:43)
	at java.lang.reflect.Method.invoke(Method.java:498)

java.lang.UnsatisfiedLinkError: java.lang.UnsatisfiedLinkError

どうやら、Jython Shaded というモジュールがアップデートされたことが原因のようである。そこで、以下のようにしたところ以前のように動くようになった。

1. 次のところから jython-shaded-2.5.3.jar というファイルをダウンロードする。https://mvnrepository.com/artifact/org.scijava/jython-shaded/2.5.3
2. ダウンロードしたファイルを[Fijiインストール先のフォルダ]\jarsにコピーする。
3. このコピー先のフォルダにある jython-shaded-2.7.0.jar というファイルを削除する。

2017. 03. 24.追記

2017年2月くらいから CMTK GUI プラグインがうまく動かなくなったようなので、それへの対処法を書きました。
（追記ここまで）

2020. 04. 20.追記

researchmap.V1からresearchmap.V2へのバージョンアップに伴い、上記のリンクは動かなくなりました。2017年2月くらいから CMTK GUI プラグインがうまく動かなくなったことへの方法は2017/03/24の記事にあります。
（追記ここまで）

もくじ

• 1. コンピュータの準備
  • 1.1. Cygwinをインストールする。
  • 1.2. FijiでCMTK Registrationプラグインをインストールする。
  • 1.3. FijiでComputational Morphometry Toolkit (CMTK)をインストールする。
  • 1.4. レジストレーション実行用のコマンドスクリプトファイルを作る。
• 2. データの準備
  • 2.1. 作業用フォルダを作る。
  • 2.2. 対象となるデータのフォーマットを整える。
  • 2.3. template brainのデータのフォーマットを整える。
• 3. registration
  • 3.1. FijiのCMTK RegistrationプラグインのGUIで計算用のシェルスクリプトファイルを作る。
  • 3.2. 計算をする。
• 4. その他、メモ

1. コンピュータの準備

（Fijiは既にインストールされているものとする。）

1.1.Cygwinをインストールする。

1.1.1.

Cygwinのサイト (http://cygwin.com/) の Install Cygwin のリンク先からセットアップ用のファイルをダウンロードしてくる。私は64 bit版（setup-x86_64.exe）を使ったが、32 bit版（setup-x86.exe）でも良いと思われる。

1.1.2.

setup-x86_64.exe（またはsetup-x86.exe）を実行し、インストールを行う。

1.1.3.

インストールの途中、“Select Root Install Directory”のウィンドウで“Root Directory”に書き込み権限を持っている適当なフォルダを入力する（例えば、C:\Users\[ユーザー名]\Softwares\Cygwin）。これをを[Cygwinフォルダ]とする。

1.1.4.

“Select Packages”のウィンドウが出てきたら、“Search”のところに“fftw”と入力する。
すると、パッケージのリストの絞り込みが行われる。この中の“Libs”か“Math”（どちらでもよい）の右横のマークをクリックし、“Default”から“Install”に変える（クリックする度に“Default”→“Install”→“Install”→“Reinstall”→“Uninstall”→“Default”と移り変わって行く）。
次に、“Search”のところに“perl”と入力する。
絞り込みなおされたパッケージのリストの中の“Perl”の右横のマークをクリックし、“Default”から“Install”に変える。
そして“次へ(N)”をクリックする。

1.1.5.

“Resolving Dependencies”のウィンドウで“Selectrequired Packages (RECOMMENDED)”にチェックがついていることを確認し、“次へ(N)”をクリックする。

1.2. FijiでCMTK Registrationプラグインをインストールする。

1.2.1.

Fijiのメニューから、Help - Updateを選択する。
“Your ImageJ is up to date!”が出てきたら“OK”をクリックする。

1.2.2.

出てきたウィンドウの“Manage update sites”ボタンをクリックする。

1.2.3.

Fijiの更新用サイトのリストのウィンドウが出てくる。この中から“CMTK Registration”の左をクリックしてチェックを付ける。そして“Close”をクリックする。

1.2.4.

CMTK Registrationプラグインに関連するファイルのリストが表示される。“Status/Action”が全部“Install it”になっていることを確認し、“Apply changes”をクリックする。するとCMTK Registrationプラグインがインストールされる。

1.2.5.

“Updated successfully. Please restart ImageJ!”が表示されたら“OK”をクリックする。Fijiを一度終了させ、もう一度起動する。
すると、メニューのPluginsの中にCMTK Registrationができているはずである。

FijiでComputational Morphometry Toolkit (CMTK)をインストールする。

1.3.1.

Fijiのメニューから、Plugins - CMTK Registration - Install CMTKを選択する。

1.3.2.

バージョンの選択画面が出てくるので、CMTK-3.3.1-Cygwin-x86_64.tar.gzを選択する（32 bit版のCygwinを使っていた場合、CMTK-3.2.2-Cygwin-i686.tar.gzを選べばいいと思われる）。そして“OK”をクリックする。
すると、CMTKがダウンロードされインストールされる（なお、インストール先は[Fijiインストール先のフォルダ]\bin\cmtk\になる）。

1.4. レジストレーション実行用のコマンドスクリプトファイルを作る。

メモ帳で以下の内容を入力し、適当な場所（今回の例では"C:\Users\[ユーザー名]\Documents\CMTKreg"）に拡張子cmdの適当な名前（今回の例では"CMTKRegistration.cmd"）を付けて保存する。

set SHELLOPTS=igncr
"[Cygwinフォルダ]\bin\sed.exe" -e s#\\#/#g "%1" | "[Cygwinフォルダ]\bin\bash.exe" "--login" -i

2. データの準備

2.1. 作業用フォルダを作る。

適当なところに作業用フォルダを作る。たとえば、C:\Users\[ユーザー名]\Documents\CMTKreg\registration1。これを[フォルダ1]とする。[フォルダ1]の中にimagesという名前のサブフォルダを作る

2.2. 対象となるデータのフォーマットを整える。

registrationの対象となる共焦点顕微鏡データをFijiで開く。メニューから、Image - Properties...を選択し、出てくるウィンドウで解像度の情報（Pixel width, Pixel height, Voxel depth）が正しく入力されていることを確認し、そうでなかったら入力する。もし複数のチャネルを含む場合は、Images - Color - Split Channels により各チャンネルごとに分ける。各チャンネルごとの画像を、File - Save As - Nrrd を選択して[フォルダ1]\images\内に保存する。このとき、ファイル名は以下の規則に従わなければならない。

• registrationするチャネル（たとえばnc82）はファイル名の末尾が01.nrrd。
• それ以外のチャネルはファイル名の末尾が02.nrrd、03.nrrd、...。
• 同じサンプルのデータは末尾の前の部分が一致するようにする。

なお、nrrdではなく、File - Save As - Biorad を選択して保存する（拡張子はPICになる）のでもうまくいく場合があるが、データのサイズが大きい場合にうまくいかないことがあるのでnrrdにした方が無難。

2.3. template brainのデータのフォーマットを整える。

template brainのデータをFijiで開く。対象となるデータと同様、解像度の情報が正しく入力されていることを確認する。もし複数のチャネルを含む場合は、Images - Color - Split Channels により各チャンネルごとに分ける。registration対象のチャネル（nc82）をFile - Save As - Nrrd を選択して適当な場所（例えばC:\Users\[ユーザー名]\Documents\CMTKreg\template\）に適当な名前（例えばtemplate.nrrd）を付けて保存する。
（なお、これもnrrdではなく、File - Save As - Biorad を選択して保存する（拡張子はPICになる）のでもうまくいく場合があるが、nrrdにした方が無難。）

3. registration

3.1. FijiのCMTK RegistrationプラグインのGUIで計算用のシェルスクリプトファイルを作る。

Fijiのメニューから、Plugins - CMTK Registration - CMTK Registration GUIを選択する。
そこで開いたウィンドウで、以下のように設定する。

• “Reference Brain”のところにtemplate brainのデータのファイルを入力する（今回の例ではC:\Users\[ユーザー名]\CMTKreg\template\template.nrrd）。
• “Input Images or Image Directory”に対象となるデータが入っているフォルダ（この例では[フォルダ1]\images\）を入力する。
  すると、“Registration Folder”に[フォルダ1]が自動で入力されるはずである。もしそうでない場合は、ここに[フォルダ1]を入力する。
• “Registration Actions”で“affine”、“warp”、“reformat”の3つ全てにチェックがついていることを確認する。
• “Reformat Channels”で変換するチャネルにチェックが入っていることを確認する。
• “Registration Params”で“Jefferis, Potter 2007”と“Cachero, Ostrovsky 2010”のどちらかを選択する。
• “Number of cpu cores to use”で適当なものを選択する。

そうしたら、OKをクリックする。
すると、[フォルダ1]の中に"commands"というフォルダが作られ、その中に拡張子がshのファイルが作られる。

3.2. 計算をする。

[フォルダ1]\commandsの中にある拡張子shのファイルを、1.4. で作ったコマンドスクリプトファイルにドラッグ&ドロップする。
すると、コマンドプロンプトのウィンドウが開き、計算が行われる（データ量、PCの計算能力にもよるが、結構時間がかかる）。
計算が終了すると、[フォルダ1]内にreformatted、Registrationという2つのフォルダができている。reformattedフォルダの中の拡張子nrrdのファイルがの処理結果であり、Fijiで開くことができる。

4. その他、メモ

2年前に書いた方法では、Windows10でうまくいかなくなっていたので書き直しました。

10月29日（土）に、私の所属する国立遺伝学研究所の公開講演会が東京で開かれます。
講演会2題の他、遺伝研の各研究室のポスターによる研究紹介があります。一般向けですので、高校生くらいから成人の方まで、ご興味のある方は楽しんでいただけるのではないかと思います。また、大学院進学をお考えの方にもどんな研究をしているの研究室があるのか、実際にあって話を聞くよい機会になると思います。よろしければぜひお越しください。
より詳しい情報は以下のサイトをご覧ください。ご参加を希望の場合はこのサイトから参加登録をお願いいたします。
https://www.nig.ac.jp/kouenkai/kouenkai2016/

I am going to attend the 12th Japanese Drosophila Research Conference held at Rikkyo University in Tokyo. In this event I will make a oral presentation entitled "Neuronal screening to fill the missing links between the sugar sensation and the motor/reward systems." My talk is scheduled on the first day (Thursday, Sep 9). I will welcome any comments and discussions from participants.

My poster in ISOT2016 is today, June 7. Just after this symposium, I am also going to attend another international symposium on “Environmental Sensing and Animal Behavior” held by the Japanese Society for Comparative Physiology and Biochemistry on June 10 & 11.  In this event, I will make an oral presentation entitled “Neural circuits that link the sweet taste sensory neurons and the motor/reward systems in Drosophila.” The session including my talk will start at 16:30 on Saturday, June 11. I will welcome any comments and discussions from participants.
The conference venue is Research Center for Advanced Science and Technology (RCAST) Bldg. 3S, The University of Tokyo (Komaba II Campus). The registration fee (incl. lunch on June 11) is 500 yen for students, 3000 yen for the others.