清水 徳朗

カンキツのゲノム情報解読とバイオインフォマティクス解析を利用した育種効率化、遺伝子機能解析、分子系統解析に取り組んでいます。
2016年に60種以上のカンキツ類の親子関係を解明してウンシュウミカンが紀州ミカンのBC1であることを示しました（国立遺伝学研究所、京都大学との共同研究成果）。
2017年には芽生えの段階で実生の果実特性を予測する技術を開発し（東京大学、国立遺伝学研究所との共同研究成果）、またウンシュウミカンの全ゲノム配列を解読するとともに、データベースを公開しました。

2020年度研究成果等

・2020年6月

• 農研機構果樹茶業研究部門広報誌 Fruit and Tea Times  第20号で研究内容が紹介されました。
  カンキツの系譜研究が可能にする新品種開発の加速 清水徳朗
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・2020年4月

• 静岡県沼津市にある国内北限の自生タチバナを対象とした遺伝解析から、これらが長期間に渡ってクローン繁殖されてきたものであることを明らかにしました。成果は園芸学研究に発表しました。
  清水徳朗、長倉建二、奥田薫樹、稲木博文、奥田勇、遠藤重由
  静岡県沼津市戸田の自生タチバナ群落の多様性解析とその維持機構の推定
  園芸学研究 19(2):149-149.  doi: 10.2503/hrj.19.141
  

この論文では、カンキツのDNAマーカー分析に適した低コストで簡易なDNAサンプル調製手順についても紹介しています。
この手法にかかる試薬コストは1サンプルあたり4円以下です。

2019年度研究成果等

・2020年3月

• Springer 社から出版された単行本 The Citrus Genome において、カンキツ育種におけるDNAマーカー利用に関する英文総説を国際共著で執筆しました
  Markers, Maps, and Marker-Assisted Selection, Section 7, 107-139
• 「婦人之友」2020年4月号で研究成果を紹介いただきました
  「おいしい品種の親は誰？ みかんの家系図奮闘記」
• 愛媛ファーマーズクラブ会誌で研究成果を紹介いただきました
  「カンキツの起源」 第6号 （えひめ農林漁業振興機構農業経営サポートセンター）

・2020年1月

• Elsevier 社から出版された単行本 The Genus Citrus において、ゲノム育種に関する英文総説を執筆しました。
  Genomic breeding, Chapter 8, 146-169

・2019年11月

• 農研機構国際シンポジウムで講演しました（英語・招待講演）
  • Citrus Breeding 2.0: A novel approach integrating deciphered parentage and genomics-assisted selection Tokuro Shimizu 2019.11 NARO International Symposium Global fruit research to create innovation in fruit industry"
  • カンキツ育種2.0：ゲノム育種と系譜研究の融合による多様性拡大と高速育種の両立に向けた取り組み 清水 徳朗 2019.11 農研機構国際シンポジウム「果樹産業のイノベーション創出に向けた世界の果樹研究」

・2019年9月

• カンキツの香気成分分析とQTL解析に関して学会発表しました
  • ヒュウガナツ交雑集団を用いたカンキツ果皮香気成分のQTL解析 清水 徳朗、伊藤友彦、幸野将也、野中 圭介、濵田 宏子、今吉有里子、岩渕久克、吉岡 照高 2019.09 園芸学研究 18(別2）,85
  • カンキツ果皮に含まれる香気成分の特性評価 濵田 宏子、伊藤友彦、幸野将也、野中 圭介、今吉有里子、清水 徳朗、岩渕久克、吉岡 照高 2019.09 園芸学研究 18(別2）,84
• 農研機構「カンキツ新技術・新品種研修」(2019年度 第3回；長崎県諫早市)で講演しました（日本語・招待講演）
  
  • ゲノム解析によるカンキツ品種の系譜解明と育種利用の可能性 清水徳朗

・2019年7-8月

• カンキツ類の来歴と栽培化、および、国内の品種伝搬と多様性拡大過程に関する日本語の総説を出版しました。これまで英文で発表してきた成果を日本語でまとめた最初のものとなります。
  • 国内での品種伝搬と在来品種の多様性拡大 清水 徳朗
    最新農業技術果樹（農山漁村文化協会）12, 157-163
  • 主要品種の来歴と栽培化の過程  清水 徳朗
    最新農業技術果樹（農山漁村文化協会）12, 139-156
• 温州ミカンの全塩基配列に関する日本語の解説記事を出版しました
  • 温州ミカンの全ゲノム配列解読の概要とその意義 清水徳朗
    果実日本 74(7), 94-97  および
    フルーツひろしま 39(8),16-18

2018年度研究成果等
・2019年３月21日 和歌山県海南市で開催された「日本農業遺産認定記念フォーラム」にて「非時香菓から下津みかん、そして未来のカンキツへ」～ゲノム研究が明らかにした系譜と展望～"招待講演を行いました。

・2019年2月
国内のカンキツ品種が多様性を拡大してきた過程について考察した論文を発表しました。
A model for the domestication and diversification processes of modern citrus cultivars in Japan (2019) Acta Hort. 1230:7-14. "https://www.ishs.org/ishs-article/1230_2"
・2019年1月
高精度DNAマーカー解析から、３倍体レモン品種の親品種を同定した論文を発表しました（広島県農技センター果樹研究所、広島大学中野博士、京都大学北島教授との共著、清水CA）。
Determining the parental combinations of the triploid acid citrus cultivars ‘Yellow Bell’ and ‘Tahiti lime’ using DNA marker analyses (2019) Scientia Horticulturae, 246:893-897. "https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0304423818308513"

・現在取り組んでいる内閣府イノベーション創出プロ（SIP2）の主なコンセプトである「カンキツ育種2.0」について、国内外で講演、論文発表しました。
講演：2018年10月（長野県）、2019年1月（アメリカ・サンディエゴ）
論文：2019年3月 JARQ : Japan Agricultural Research Quarterly

・2018年12月
日経BP 未来開墾ファームにて現在の研究の取り組みについて特集していただきました。
実は“謎だらけ”だった温州みかん 全ゲノム解読で柑橘類の新品種開発がスピードアップ https://special.nikkeibp.co.jp/NBO/businessfarm/newstopics/07/

・2018年12月
「ウンシュウミカン全配列の解読」研究が農林水産省の2018年農業技術10大ニュースに選定されました。
ウンシュウミカンを含む全６品種の塩基配列も解読し、ウンシュウミカンが紀州ミカン×クネンボであること、さらにクネンボの親も紀州ミカンであることを詳細に解明したことなどが評価されました。
TOPIC8［新たな育種技術］ ウンシュウミカンのゲノム解読－品種改良の加速化に期待！－
"http://www.affrc.maff.go.jp/docs/press/181221.html"

・2018年９月
カンキツ類の系譜と香気性の遺伝に関する和文の総説を出版しました。
カンキツ品種の系譜研究から見えてきた香気の多様性拡大過程 (2018) 香料、279:39-47.

・2018年９月
「ときじくクラブ」京都見学会において「橘の来た道」という演題で公演しました。

・2018年７月
ウンシュウミカンの雄性不稔性関連QTLを検出して連鎖するDNAマーカーを選抜し、原因遺伝子がクネンボ由来であることを見出しました（後藤博士との共同研究。清水CA）。
QTL mapping of male sterility and transmission pattern in progeny of Satsuma mandarin (2018) PLOS ONE 13(7): e0200844 "https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371%2Fjournal.pone.0200844"

2017年度公表論文等
・毎日新聞「土記」欄で紹介されました "https://mainichi.jp/articles/20180224/ddm/003/070/046000c" ミカンの来た道
・プレスリリース「ウンシュウミカンの全ゲノムを解読」 2018年2月20日
http://www.naro.affrc.go.jp/publicity_report/press/laboratory/nifts/079775.html
・新聞記事掲載「熱視線＝最大級の北限自生地 戸田の急斜面に３７本―タチバナ」2018年2月18日
伊豆新聞 ７面特集記事
・新聞記事掲載「かんきつ一門の未来」2018年1月30日
朝日新聞「天声人語」欄
・Shimizu, T. et al. (2017) Draft Sequencing of the Heterozygous Diploid Genome of Satsuma (Citrus unshiu Marc.) Using a Hybrid Assembly Approach
Front. Genet., 05 December 2017 | https://doi.org/10.3389/fgene.2017.00180
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2017.00180/full
・Minamikawa, M. et al. (2017) Sci. Rep. 7:4721
・プレスリリース 「DNAの違いから、芽生え段階でカンキツの様々な果実特性を高精度に予測」 2017 年
http://www.naro.affrc.go.jp/publicity_report/press/laboratory/nifts/076119.html

2016年度公表論文
・Shimizu, T. et al. PLOS ONE 11(11): e0166969
・Goto, S. et al. PLOS ONE 11,9,e0162408
・Kotoda, N. et al. Hort. J. (2017) 85: 128-140.
・Mochizuki, T. et al. PLOS ONE 12(2): e0172269
・Shimizu, T. et al. Acta Hort.(2016) 1135: 23-32.
・Haris, M. et al. Acta Hort. (2016) 1135: 73-84.
・Li, X. et al. Acta Hort. (2016) 1135: 47-52
・Goto S. et al. Acta Hort. (2016) 1135:103-108.
・プレスリリース「ミカンの親はどの品種？～遺伝解析により60種以上のカンキツ類の親子関係があきらかに～」 2017年1月
https://www.nig.ac.jp/nig/ja/2017/01/research-highlights_ja/20170106.html