浴本亨 (Toru Ekimoto) - マイポータル

基本情報

所属: 横浜市立大学理学部理学科生命医科学研究科生命医科学専攻

学位: 博士（理学）(九州大学)

J-GLOBAL ID: 201801007451898194
researchmap会員ID: 7000023014

外部リンク: http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/bioinfo/

疾患・感染病関連等タンパク質の生体分子シミュレーションにより、機能発現メカニズムの分子基盤を明らかにする研究に取り組んでいる。実験と連携した手法や、スーパーコンピュータを用いた大規模計算による解析プロトコルの開発等にも取り組んでいる。

研究キーワード

研究分野

経歴

横浜市立大学国際総合科学部生命医科学コース生命医科学研究科生命医科学専攻, 助教

受賞

2018年12月

SAR Presentation Award (Poster Presentation), 日本薬学会構造活性相関部会

浴本亨
2017年6月

第17回日本蛋白質科学会若手奨励賞, 日本蛋白質科学会

浴本亨

論文

Structural basis for ligand recognition and signaling of hydroxy-carboxylic acid receptor 2.

Jae-Hyun Park, Kouki Kawakami, Naito Ishimoto, Tatsuya Ikuta, Mio Ohki, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi, Dong-Sun Lee, Young-Ho Lee, Jeremy R H Tame …

Nature communications 14(1) 7150-7150 2023年11月6日
Mandibulofacial dysostosis with alopecia results from ETAR gain-of-function mutations via allosteric effects on ligand binding.

Yukiko Kurihara, Toru Ekimoto, Christopher T Gordon, Yasunobu Uchijima, Ryo Sugiyama, Taro Kitazawa, Akiyasu Iwase, Risa Kotani, Rieko Asai, Véronique Pingault …

The Journal of clinical investigation 133(4) 2023年2月15日
TLR3 forms a laterally aligned multimeric complex along double-stranded RNA for efficient signal transduction

Kentaro Sakaniwa, Akiko Fujimura, Takuma Shibata, Hideki Shigematsu, Toru Ekimoto, Masaki Yamamoto, Mitsunori Ikeguchi, Kensuke Miyake, Umeharu Ohto, Toshiyuki Shimizu

Nature Communications 14(1) 2023年1月11日
Binding and Unbinding Pathways of Peptide Substrates on the SARS-CoV-2 3CL Protease.

Kei Moritsugu, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi, Akinori Kidera

Journal of chemical information and modeling 63(1) 240-250 2023年1月9日
Functional dynamics of SARS-CoV-2 3C-like protease as a member of clan PA.

Akinori Kidera, Kei Moritsugu, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi

Biophysical reviews 14(6) 1473-1485 2022年12月
Hybrid in vitro/in silico analysis of low-affinity protein-protein interactions that regulate signal transduction by Sema6D.

Tsubasa Tanaka, Toru Ekimoto, Meri Nagatomo, Makiko Neyazaki, Erena Shimoji, Tsutomu Yamane, Sakura Kanagawa, Rika Oi, Emiko Mihara, Junichi Takagi …

Protein science : a publication of the Protein Society 31(11) e4452 2022年11月
3D-RISM-AI: A Machine Learning Approach to Predict Protein-Ligand Binding Affinity Using 3D-RISM.

Kazu Osaki, Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, Mitsunori Ikeguchi

The journal of physical chemistry. B 126(33) 6148-6158 2022年8月25日
Structure of SARS-CoV-2 membrane protein essential for virus assembly.

Zhikuan Zhang, Norimichi Nomura, Yukiko Muramoto, Toru Ekimoto, Tomoko Uemura, Kehong Liu, Moeko Yui, Nozomu Kono, Junken Aoki, Mitsunori Ikeguchi …

Nature communications 13(1) 4399-4399 2022年8月5日査読有り
Correction to "Supramolecular Mechanosensitive Potassium Channel Formed by Fluorinated Amphiphilic Cyclophane".

Kohei Sato, Ryo Sasaki, Ryoto Matsuda, Mayuko Nakagawa, Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, Mitsunori Ikeguchi, Kazuhito V Tabata, Hiroyuki Noji, Kazushi Kinbara

Journal of the American Chemical Society 144(30) 13983-13984 2022年8月3日
Supramolecular Mechanosensitive Potassium Channel Formed by Fluorinated Amphiphilic Cyclophane.

Kohei Sato, Ryo Sasaki, Ryoto Matsuda, Mayuko Nakagawa, Toru Ekimoto, Tsutomu Yamane, Mitsunori Ikeguchi, Kazuhito V Tabata, Hiroyuki Noji, Kazushi Kinbara

Journal of the American Chemical Society 144(26) 11802-11809 2022年6月21日
Development of the force field for cyclosporine A.

Tsutomu Yamane, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi

Biophysics and physicobiology 19 e190045 2022年
Structure-based screening combined with computational and biochemical analyses identified the inhibitor targeting the binding of DNA Ligase 1 to UHRF1.

Satomi Kori, Yuki Shibahashi, Toru Ekimoto, Atsuya Nishiyama, Sae Yoshimi, Kosuke Yamaguchi, Satoru Nagatoishi, Masateru Ohta, Kouhei Tsumoto, Makoto Nakanishi …

Bioorganic & medicinal chemistry 52 116500-116500 2021年12月15日
Allosteric Regulation of 3CL Protease of SARS-CoV-2 and SARS-CoV Observed in the Crystal Structure Ensemble.

Akinori Kidera, Kei Moritsugu, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi

Journal of molecular biology 433(24) 167324-167324 2021年12月3日
Mechanism of Vitamin D Receptor Ligand-Binding Domain Regulation Studied by gREST Simulations.

Toru Ekimoto, Takafumi Kudo, Tsutomu Yamane, Mitsunori Ikeguchi

Journal of chemical information and modeling 61(7) 3625-3637 2021年7月26日
Effect of Water Molecules on the Activating S810L Mutation of the Mineralocorticoid Receptor.

Kei Takedomi, Masateru Ohta, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi

Journal of chemical information and modeling 61(7) 3583-3592 2021年7月26日
Moving toward generalizable NZ-1 labeling for 3D structure determination with optimized epitope-tag insertion.

Risako Tamura-Sakaguchi, Rie Aruga, Mika Hirose, Toru Ekimoto, Takuya Miyake, Yohei Hizukuri, Rika Oi, Mika K Kaneko, Yukinari Kato, Yoshinori Akiyama …

Acta crystallographica. Section D, Structural biology 77(Pt 5) 645-662 2021年5月1日
Structural and dynamical insights into the PH domain of p62 in human TFIIH.

Masahiko Okuda, Toru Ekimoto, Jun-Ichi Kurita, Mitsunori Ikeguchi, Yoshifumi Nishimura

Nucleic acids research 49(5) 2916-2930 2021年3月18日
Front Cover: Imidazolinium‐based Multiblock Amphiphile as Transmembrane Anion Transporter (2/2021)

Miki Mori, Kohei Sato, Toru Ekimoto, Shinichi Okumura, Mitsunori Ikeguchi, Kazuhito V. Tabata, Hiroyuki Noji, Kazushi Kinbara

Chemistry – An Asian Journal 16(2) 110-110 2021年1月18日
Imidazolinium-based Multiblock Amphiphile as Transmembrane Anion Transporter.

Miki Mori, Kohei Sato, Toru Ekimoto, Shinichi Okumura, Mitsunori Ikeguchi, Kazuhito V Tabata, Hiroyuki Noji, Kazushi Kinbara

Chemistry, an Asian journal 16(2) 147-157 2021年1月18日
Serine 298 Phosphorylation in Linker 2 of UHRF1 Regulates Ligand-Binding Property of Its Tandem Tudor Domain.

Satomi Kori, Tomohiro Jimenji, Toru Ekimoto, Miwa Sato, Fumie Kusano, Takashi Oda, Motoko Unoki, Mitsunori Ikeguchi, Kyohei Arita

Journal of molecular biology 432(14) 4061-4075 2020年6月26日査読有り

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MISC

X線小角散乱と分子動力学シミュレーションを組み合わせた生体分子の溶液構造解析

浴本亨, 小甲裕一, 苙口友隆, 池口満徳, 池口満徳

アンサンブル 22(3) 2020年
In vitroとin silicoの融合によるセマフォリン-プレキシンペアの結合特異性決定因子の探索

田中翼, 下地恵令奈, 永友芽里, 山根努, 浴本亨, 根谷崎牧子, 大井里香, 池口満徳, 禾晃和

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
シグナル分子セマフォリンと受容体プレキシンの結合特異性に関する構造生物学的解析

田中翼, 永友芽里, 根谷崎牧子, 大井里香, 下地恵令奈, 山根努, 浴本亨, 池口満徳, 禾晃和

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st 2018年
MD-SAXS法によるビタミンD受容体リガンド結合ドメインの不活性型および活性阻害型の溶液構造解析

清水伸隆, 浴本亨, 穴見康昭, 伊藤俊将, 池口満徳, 山本恵子

放射光 30(6) 264-276 2017年11月査読有り
Apo- and Antagonist-Binding Structures of Vitamin D Receptor Ligand-Binding Domain Revealed by a Combination Andlysis of MD Simulations and SAXS Experiments

Yasuaki Anami, Nobutaka Shimizu, Toru Ekimoto, Daichi Egawa, Toshimasa Itoh, Mitsunori Ikeguchi, Keiko Yamamoto

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 48A-48A 2017年2月
神経軸索ガイダンス分子セマフォリンと受容体の相互作用のin silico解析

下地恵令奈, 山根努, 浴本亨, 禾晃和, 池口満徳

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年
An Accurate and Efficient, Computational Method for the Hydration Free Energy of Large and Complex Molecules

Takashi Yoshidome, Toru Ekimoto, Nobuyuki Matubayasi, Yuichi Harano, Masahiro Kinoshita, Mitsunori Ikeguchi

BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 328A-329A 2016年2月査読有り
神経軸索伸長ガイダンス分子セマフォリンと受容体プレキシンのタンパク質複合体の分子モデリング

下地恵令奈, 山根努, 浴本亨, 禾晃和, 池口満徳

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 2016年
A novel computation method of hydration free energy: A hybrid of the method of energy representation and the morphometric approach

T. Yoshidome, T. Ekimoto, N. Matubayasi, R. Roth, Y. Harano, M. Kinoshita, M. Ikeguchi

7th Mini-Symposium on Liquids 2013年7月
3P164 F1-ATPase βサブユニットの全原子溶媒和自由エネルギー解析(11.分子モーター,ポスター,日本生物物理学会年会第51回(2013年度))

Ekimoto Toru, Ikeguchi Mitsunori, Matubayasi Nobuyuki

生物物理 53(1) S239 2013年
26aTD-1 自由エネルギーランドスケープ描像に基づいた剛体球系の緩和時間(26aTD 領域11,領域12合同ガラス合同セッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

浴本亨, 吉森明, 吉留崇, 小田垣孝

日本物理学会講演概要集 65(2) 293-293 2010年8月18日
Separation of Dynamics in the Free Energy Landscape

T. Ekimoto, T. Odagaki, A. Yoshimori

CP982, Complex Systems 982 211-214 2008年
20aTC-9 自由エネルギーランドスケープを用いたガラス形成物質の緩和過程(領域12,領域11合同過冷却液体・ガラス,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)

浴本亨, 吉森明, 小田垣孝

日本物理学会講演概要集 62(1) 349-349 2007年2月28日

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

転写調節因子BRD4の構造基盤に立脚したCOVID-19治療薬の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

小沼剛, 浴本亨

浴本亨

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研究キーワード

研究分野

経歴

受賞

論文

MISC

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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