Tsuyoshi Tanaka

Profile Information

Affiliation: Senior Researcher, Core Technology Research Headquarters, National Agriculture and Food Research Organization, National Agriculture and Food Research Organization

Degree: Ph.D.(Sokendai Univ.)

Researcher number: 70414919
J-GLOBAL ID: 201601002198905930
researchmap Member ID: B000259587

External link: http://www.naro.affrc.go.jp/english/nics/index.html

情報解析の分野から農学研究に足を踏み入れて、10年以上植物のゲノム情報解析を行ってまいりました。ゲノム配列そのものを決定する、ゲノム情報から機能情報を抽出する、ゲノム情報を利用可能な形に成型する、といった一連の流れを行っていく中で、様々な作物種におけるゲノム育種の推進に努めております。

Research Interests

Research Areas

Life sciences / Genomics /

Awards

Mar, 2016

日本育種学会奨励賞, ムギ類のゲノム配列情報解析に関する研究, (一) 日本育種学会

田中剛
Jul, 2015

NIAS研究奨励賞, ムギ類におけるゲノム情報解析及び情報リソース整備, (国) 農業生物資源研究所

田中剛

Papers

Extracellular oil production by Rhodotorula paludigena BS15 for biorefinery without complex downstream processes.

Junichi Mano, Hirotoshi Sushida, Tsuyoshi Tanaka, Ken Naito, Hiroshi Ono, Masakazu Ike, Ken Tokuyasu, Motomitsu Kitaoka

Applied microbiology and biotechnology, 107 6799-6809, Sep 19, 2023 Peer-reviewed
Detection of Transcription Factors Related to Axillary Bud Development after Exposure to Cold Conditions in Hexaploid Chrysanthemum morifolium Using Arabidopsis Information

Tsuyoshi Tanaka, Katsutomo Sasaki

Plants, 12(17) 3122-3122, Aug 30, 2023 Peer-reviewedLead author
Barley varieties tolerant to waterlogged reduced soil show the better root growth in hypoxia

Tomomi Abiko, Takatomo Todoroki, Huyen Pham Thi Thanh, Tetsuhiro Nakamura, Yuhi Haraguchi, Tsuyoshi Tanaka, Daisuke Saisho, Hiroomi Kai

Plant Production Science, 1-11, Aug 13, 2023 Peer-reviewed
Overcoming Difficulties in Molecular Biological Analysis through a Combination of Genetic Engineering, Genome Editing, and Genome Analysis in Hexaploid Chrysanthemum morifolium

Katsutomo Sasaki, Tsuyoshi Tanaka

Plants, 12(13) 2566-2566, Jul 6, 2023 Peer-reviewed
Combination of long-read and short-read sequencing provides comprehensive transcriptome and new insight for Chrysanthemum morifolium ray-floret colorization

Mitsuko Kishi-Kaboshi, Tsuyoshi Tanaka, Katsutomo Sasaki, Naonobu Noda, Ryutaro Aida

Scientific Reports, 12(1), Oct 25, 2022 Peer-reviewed
SUPPRESSOR OF GAMMA RESPONSE 1 plays rice-specific roles in DNA damage response and repair

Ayako Nishizawa-Yokoi, Ritsuko Motoyama, Tsuyoshi Tanaka, Akiko Mori, Keiko Iida, Seiichi Toki

Plant Physiology, Oct 22, 2022 Peer-reviewed
Polymorphism of HvDRO1 and HvqSOR1 associated with root growth angle in barley accessions

Yuki Nakano, Junpei Konishi, Hirotake Ito, Tsuyoshi Tanaka, Masako Seki, Hideyuki Aoki, Takashi Nagamine

Plant Root, 16 1-10, Mar 16, 2022 Peer-reviewed
Two dominant genes in barley (Hordeum vulgare L.) complementarily encode perfect resistance to Japanese soil-borne wheat mosaic virus

Kaori Okada, Tsuyoshi Tanaka, Shuichi Fukuoka, Youko Oono, Kohei Mishina, Tetsuo Oikawa, Kazuhiro Sato, Tsuneo Kato, Takao Komatsuda, Kiyoshi Namai

Breeding Science, 72(5) 372-382, 2022 Peer-reviewed
Developing core marker sets for effective genomic-assisted selection in wheat and barley breeding programs

Goro Ishikawa, Hiroaki Sakai, Nobuyuki Mizuno, Elena Solovieva, Tsuyoshi Tanaka, Kazuki Matsubara

Breeding Science, 72(3) 257-266, 2022 Peer-reviewed
Reference Genome Sequencing and Advances in Genomic Resources in Common Wheat–Chromosome 6B Project in Japan

Fuminori KOBAYASHI, Tsuyoshi TANAKA, Hiroyuki KANAMORI, Jianzhong WU, Hirokazu HANDA

Japan Agricultural Research Quarterly: JARQ, 55(4) 285-294, Oct 1, 2021 Peer-reviewed
Multiple Wheat Genomes Reveal Novel Gli-2 Sublocus Location and Variation of Celiac Disease Epitopes in Duplicated α-Gliadin Genes

Gwyneth Halstead-Nussloch, Tsuyoshi Tanaka, Dario Copetti, Timothy Paape, Fuminori Kobayashi, Masaomi Hatakeyama, Hiroyuki Kanamori, Jianzhong Wu, Martin Mascher, Kanako Kawaura …

Frontiers in Plant Science, 12 715985-715985, Sep 3, 2021 Peer-reviewed
iPOTs: Internet of Things-based pot system controlling optional treatment of soil water condition for plant phenotyping under drought stress.

Yuko Numajiri, Kanami Yoshino, Shota Teramoto, Atsushi Hayashi, Ryo Nishijima, Tsuyoshi Tanaka, Takeshi Hayashi, Taiji Kawakatsu, Takanari Tanabata, Yusaku Uga

The Plant journal : for cell and molecular biology, 107(5) 1569-1580, Jul 1, 2021 Peer-reviewed
Characterization of the genomic sequence data around common cutworm resistance genes in soybean (Glycine max) using short- and long-read sequencing methods

Eri Ogiso-Tanaka, Nobuhiko Oki, Tsuyoshi Tanaka, Takehiko Shimizu, Masao Ishimoto, Makita Hajika, Akito Kaga

Data in Brief, 34 106577-106577, Feb, 2021 Peer-reviewed
Multiple wheat genomes reveal global variation in modern breeding.

Sean Walkowiak, Liangliang Gao, Cecile Monat, Georg Haberer, Mulualem T Kassa, Jemima Brinton, Ricardo H Ramirez-Gonzalez, Markus C Kolodziej, Emily Delorean, Dinushika Thambugala …

Nature, 588(7837) 277-283, Dec, 2020 Peer-reviewed
Toward a breakthrough in Triticeae breeding: searching for ways to connect genotype and phenotype

Fuminori Kobayashi, Hideki Araki, Yushi Ishibashi, Keiichi Mochida, Hitoshi Matsunaka, Tsuyoshi Tanaka, Goro Ishikawa, Shuhei Nasuda

Breeding Research, 22(1) 95-100, Jun 1, 2020 Peer-reviewed
IonBreeders: bioinformatics plugins toward genomics-assisted breeding.

Eri Ogiso-Tanaka, Shiori Yabe, Tsuyoshi Tanaka

Breeding science, 70(3) 396-401, Jun, 2020 Peer-reviewed
Comparative Analysis of Root Transcriptome Reveals Candidate Genes and Expression Divergence of Homoeologous Genes in Response to Water Stress in Wheat.

Behnam Derakhshani, Habtamu Ayalew, Kohei Mishina, Tsuyoshi Tanaka, Yoshihiro Kawahara, Hossein Jafary, Youko Oono

Plants (Basel, Switzerland), 9(5) 596-596, May 7, 2020 Peer-reviewed
Foreign DNA detection by high-throughput sequencing to regulate genome-edited agricultural products.

Takeshi Itoh, Ritsuko Onuki, Mai Tsuda, Masao Oshima, Masaki Endo, Hiroaki Sakai, Tsuyoshi Tanaka, Ryo Ohsawa, Yutaka Tabei

Scientific reports, 10(1) 4914-4914, Mar 18, 2020 Peer-reviewed
De Novo Genome Assembly of the indica Rice Variety IR64 Using Linked-Read Sequencing and Nanopore Sequencing.

Tsuyoshi Tanaka, Ryo Nishijima, Shota Teramoto, Yuka Kitomi, Takeshi Hayashi, Yusaku Uga, Taiji Kawakatsu

G3 (Bethesda, Md.), 10(5) 1495-1501, Mar 17, 2020 Peer-reviewedLead author
Multifamily QTL analysis and comprehensive design of genotypes for high-quality soft wheat

Goro Ishikawa, Aimin Zhang, Takeshi Hayashi, Kazuhiro Nakamura, Tsuyoshi Tanaka, Fuminori Kobayashi, Mika Saito, Hiroyuki Ito, Sachiko Ikenaga, Yoshinori Taniguchi …

PLOS ONE, 15(3), Mar 11, 2020 Peer-reviewed

Misc.

小麦農林61号を含む世界の実用コムギ品種の高精度ゲノム配列情報

小林史典, 田中剛, 金森裕之, 呉健忠, 半田裕一

農研機構次世代作物開発研究センター成果情報(Web), 2020, 2020
Structural analysis of the Gli-2 loci for alpha-gliadin in cultivars of the international wheat 10+ genomes project

半田裕一, 半田裕一, 清水健太郎, 清水健太郎, GWYNETH Halstead-Nussloch, 田中剛, TIMOTHY Paape, DARIO Copetti, 小林史典, 畠山剛臣 …

育種学研究, 22, 2020
次世代シーケンサーによるダイズのゲノムワイドマーカーセットと解析パイプライン

小木曽映里, 田口文緒, 矢部志央理, 田中剛, 加賀秋人, 羽鹿牧太, 石本政男

農研機構次世代作物開発研究センター成果情報(Web), 2019, 2019
コムギ縞萎縮病抵抗性遺伝子領域の高効率選抜マーカー

小林史典, 中村俊樹, 小島久代, 田中剛, 齋藤美香, 乙部千雅子

農研機構次世代作物開発研究センター成果情報(Web), 2019, 2019
ゲノム編集技術による穂発芽耐性の改良されたコムギ育種素材

安倍史高, ハクエムダドウル, 久野裕, 田中剛, 神谷容子, 三上雅史, 川浦香奈子, 遠藤真咲, 大西一光, 林武司 …

農研機構次世代作物開発研究センター成果情報(Web), 2019, 2019
パンコムギにおけるCRISPR/Cas9を用いたTaQsd1全同祖遺伝子のゲノム編集 1:編集ホモ系統の効率的な作出

安倍史高, 久野裕, 三上雅史, 三上雅史, 神谷容子, 大西一光, HAQUE E, 田中剛, 遠藤真咲, 川浦香奈子 …

育種学研究, 20 88, Sep 22, 2018
パンコムギにおけるCRISPR/Cas9を用いたTaQsd1全同祖遺伝子のゲノム編集 2:導入遺伝子の分離除去

神谷容子, 川浦香奈子, 安倍史高, 田中剛, HAQUE E, 三上雅史, 三上雅史, 遠藤真咲, 久野裕, 佐藤和広

育種学研究, 20 89, Sep 22, 2018
パンコムギにおけるCRISPR/Cas9を用いたTaQsd1全同祖遺伝子のゲノム編集:3.編集ホモ系統の形質評価

HAQUE E, 安倍史高, 林武司, 久野裕, 田中剛, 神谷容子, 川浦香奈子, 佐藤和広

育種学研究, 20 162, Sep 22, 2018
キャベツ4元交雑集団を利用したゲノムワイドSNP開発と抽だい性・結球性のQTL解析

畠山勝徳, 白澤健太, 小貫律子, 田中剛, 田中剛, 山本英司, 山本英司, 片寄裕一, 福岡浩之, 松元哲 …

育種学研究, 20(2) 148, Sep, 2018
Nanopore sequencingとLinked-read sequencingによるインディカ水稲品種「IR64」ゲノムのde novoアセンブリ

田中剛, 西嶋遼, 寺本翔太, 木富悠花, 林武司, 宇賀優作, 川勝泰二

育種学研究, 20, 2018
コムギ全染色体の参照ゲノム配列情報

小林史典, 半田裕一, 金森裕之, 片桐敏, 田中剛, 呉健忠, 那須田周平

農研機構次世代作物開発研究センター成果情報(Web), 2018, 2018
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第2章高次解析システムの整備 1 超高速シーケンサーに対応したゲノム断片の整列化機能(3)プログラム運用

伊藤剛, 沼寿隆, 田中剛

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果, (570) 16‐19, Mar 31, 2017
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第2章高次解析システムの整備 2 ゲノム情報を活用した新規遺伝子予測機能(1)予測基礎プログラム構築

伊藤剛, 沼寿隆, 田中剛

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果, (570) 19‐21, Mar 31, 2017
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第2章高次解析システムの整備 2 ゲノム情報を活用した新規遺伝子予測機能(2)プログラム結合動作

伊藤剛, 沼寿隆, 田中剛

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果, (570) 21‐23, Mar 31, 2017
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第2章高次解析システムの整備 1 超高速シーケンサーに対応したゲノム断片の整列化機能(2)プログラム結合動作

伊藤剛, 沼寿隆, 田中剛

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果, (570) 14‐15, Mar 31, 2017
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第2章高次解析システムの整備 2 ゲノム情報を活用した新規遺伝子予測機能(3)プログラム運用

伊藤剛, 沼寿隆, 田中剛

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果, (570) 23‐24, Mar 31, 2017
画期的な農畜産物作出のためのゲノム情報データベースの整備第2章高次解析システムの整備 1 超高速シーケンサーに対応したゲノム断片の整列化機能(1)既存プログラム動作単体試験

伊藤剛, 沼寿隆, 田中剛

農林水産省農林水産技術会議事務局研究成果, (570) 12‐13, Mar 31, 2017
国内のコムギ育種材料間で多型頻度の高いゲノムワイドマーカーの整備

石川吾郎, 田中剛, 田中剛, 齋藤美香, 片寄裕一, 金森裕之, 森聡美, 佐々木晴美, 栗田加奈子, 小林史典 …

育種学研究, 19 67, Mar 29, 2017
コムギ6B染色体上の赤さび病抵抗性遺伝子LrRW12領域のゲノム構造解析

小林史典, 水野信之, 田中剛, 金森裕之, 片寄裕一, WU J, 佐藤和広, 那須田周平, 半田裕一

育種学研究, 18 220, Sep 24, 2016
コムギ系統「RW‐12」が保有する野生二粒系コムギ由来の赤さび病抵抗性遺伝子の解析

小林史典, 田中剛, 金森裕之, 片寄裕一, WU J, 松本隆, 半田裕一

育種学研究, 18 20, Mar 21, 2016

Research Projects

Evolutionary Origin and Genetic Differentiation of Dopamine Receptor D2, D3 and D4 Genes of Japanese Domesticated Chickens

Grants-in-Aid for Scientific Research, Grant-in-Aid for Scientific Research (C), Japan Society for the Promotion of Science, 2009 - 2011

KOMIYAMA Tomoyoshi, KOBAYASHI Hiroyuki, YOSHIKAWA Masanobu, GOJOBORI Takashi, IWAMA Hisakazu, NAKAMURA Youji, TANAKA Tuyoshi
完全ゲノム配列情報に基づく高等真核生物の代謝経路再構築と比較進化解析

科学研究費助成事業, 若手研究(B), 日本学術振興会, 2006 - 2007

田中剛

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