山西芳裕 (Yoshihiro Yamanishi) - マイポータル

基本情報

所属: 名古屋大学大学院情報学研究科複雑系科学専攻生命情報論講座教授

学位: 博士（理学）(京都大学)

研究者番号: 60437267
J-GLOBAL ID: 201601012323729591
researchmap会員ID: B000251167

外部リンク: https://yamanishi.cs.i.nagoya-u.ac.jp/index_J.html

医学、薬学、生命科学におけるビッグデータを解析するバイオインフォマティクスやケモインフォマティクスの研究を行っています。社会還元では、人工知能による創薬(AI創薬)、精密医療、再生医療、予防医療に取り組んでいます。そのための機械学習アルゴリズムを開発しています。

研究キーワード

研究分野

経歴

2023年4月 - 現在

名古屋大学, 大学院情報学研究科複雑系科学専攻生命情報論講座, 教授
2018年6月 - 2023年3月

九州工業大学, 大学院情報工学研究院生命化学情報工学研究系, 教授
2015年10月 - 2019年3月

科学技術振興機構, さきがけ研究者（兼任）
2012年3月 - 2018年5月

九州大学, 生体防御医学研究所・高等研究院, 准教授
2008年1月 - 2012年2月

キュリー研究所, バイオインフォマティクスユニット, 常勤研究員（Principal Investigator）
2008年1月 - 2012年2月

パリ国立高等鉱業学校, バイオインフォマティクスセンター, 常勤研究員（Principal Investigator）
2006年4月 - 2007年12月

京都大学, 化学研究所, 助手・助教
2005年4月 - 2006年3月

パリ国立高等鉱業学校, バイオインフォマティクスセンター, ポスドク
2004年4月 - 2005年3月

日本学術振興会, 特別研究員（DC2）

委員歴

2024年2月 - 現在

Artificial Intelligence in the Life Sciences, 編集委員
2024年1月 - 現在

国際計算生物学会 International Society for Computational Biology (ISCB), 理事
2023年4月 - 現在

日本バイオインフォマティクス学会, 会長
2018年 - 現在

日本メディカルAI学会評議員
2018年 - 現在

日本バイオインフォマティクス学会幹事
2017年 - 現在

Molecular Informatics 編集委員
2016年 - 現在

Genes & Genetic Systems 編集委員
2013年 - 現在

PLoS ONE 編集委員
2023年8月 - 2026年7月

Bioinformatics Advances, 編集委員
2019年4月 - 2025年3月

日本バイオインフォマティクス学会, 理事
2021年4月 - 2023年3月

日本バイオインフォマティクス学会, 副会長
2018年4月 - 2023年3月

日本化学会ケモインフォマティクス部会幹事
2014年12月 - 2018年8月

BioMed International 編集委員
2016年 - 2018年

日本バイオインフォマティクス学会理事

受賞

論文

106

DIRECTEUR: Transcriptome-based prediction of small molecules that replace transcription factors for direct cell conversion

Momoko Hamano, Toru Nakamura, Ryoku Ito, Yuki Shimada, Michio Iwata, Jun-ichi Takeshita, Ryohei Eguchi, Yoshihiro Yamanishi

Bioinformatics 2024年1月25日
Network-based identification of diagnosis-specific trans-omic biomarkers via integration of multiple omics data

Md Mamunur Rashid, Momoko Hamano, Midori Iida, Michio Iwata, Toshiyuki Ko, Seitaro Nomura, Issei Komuro, Yoshihiro Yamanishi

Biosystems 105122-105122 2024年1月
Myocardial DNA Damage Predicts Heart Failure Outcome in Various Underlying Diseases

Zhehao Dai, Toshiyuki Ko, Kanna Fujita, Seitaro Nomura, Yukari Uemura, Kenji Onoue, Momoko Hamano, Manami Katoh, Shintaro Yamada, Mikako Katagiri …

JACC: Heart Failure 2023年11月
Design and structural optimization of thiadiazole derivatives with potent GLS1 inhibitory activity.

Takuya Okada, Kaho Yamabe, Michiko Jo, Yuko Sakajiri, Tomokazu Shibata, Ryusuke Sawada, Yoshihiro Yamanishi, Daisuke Kanayama, Hisashi Mori, Mineyuki Mizuguchi …

Bioorganic & medicinal chemistry letters 93 129438-129438 2023年9月1日
De novo drug design based on patient gene expression profiles via deep learning.

Chikashige Yamanaka, Shunya Uki, Kazuma Kaitoh, Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi

Molecular informatics 42(8-9) e2300064 2023年8月
Association between immune checkpoint inhibitor-induced myocarditis and concomitant use of thiazide diuretics.

Satoru Mitsuboshi, Hirofumi Hamano, Takahiro Niimura, Aya F Ozaki, Pranav M Patel, Tsung-Jen Lin, Yuta Tanaka, Ikuya Kimura, Naohiro Iwata, Shoya Shiromizu …

International journal of cancer 153(8) 1472-1476 2023年6月12日
Elucidating disease-associated mechanisms triggered by pollutants via the epigenetic landscape using large-scale ChIP-Seq data

Zhaonan Zou, Yuka Yoshimura, Yoshihiro Yamanishi, Shinya Oki

Epigenetics & chromatin 16(1) 34-34 2023年5月22日
TEAD1 trapping by the Q353R-Lamin A/C causes dilated cardiomyopathy.

Shintaro Yamada, Toshiyuki Ko, Masamichi Ito, Tatsuro Sassa, Seitaro Nomura, Hiromichi Okuma, Mayuko Sato, Tsuyoshi Imasaki, Satoshi Kikkawa, Bo Zhang …

Science advances 9(15) eade7047 2023年4月14日
Characterization of Immune Checkpoint Inhibitor-Induced Myasthenia Gravis Using the US Food and Drug Administration Adverse Event Reporting System.

Takahiro Niimura, Yoshito Zamami, Koji Miyata, Takahisa Mikami, Mizuho Asada, Keijo Fukushima, Masaki Yoshino, Satoru Mitsuboshi, Naoto Okada, Hirofumi Hamano …

Journal of clinical pharmacology 63(4) 473-479 2023年4月
Differential effects of proton pump inhibitors and vonoprazan on vascular endothelial growth factor expression in cancer cells.

Rie Ando-Matsuoka, Kenta Yagi, Mayu Takaoka, Yuko Sakajiri, Tomokazu Shibata, Ryusuke Sawada, Akinori Maruo, Koji Miyata, Fuka Aizawa, Hirofumi Hamano …

Drug development research 84(1) 75-83 2023年2月
A trial of topiramate for patients with hereditary spinocerebellar ataxia.

Shiroh Miura, Ryusuke Sawada, Akiko Yorita, Hiroshi Kida, Takashi Kamada, Yoshihiro Yamanishi

Clinical case reports 11(2) e6980 2023年2月
SpotGAN: A Reverse-Transformer GAN Generates Scaffold-Constrained Molecules with Property Optimization.

Chen Li 0027, Yoshihiro Yamanishi

ECML/PKDD (1) 323-338 2023年
Regulome-based characterization of drug activity across the human diseasome

Michio Iwata, Keisuke Kosai, Yuya Ono, Shinya Oki, Koshi Mimori, Yoshihiro Yamanishi

npj Systems Biology and Applications 8(1) 44-44 2022年11月7日
Pathway trajectory analysis with tensor imputation reveals drug-induced single-cell transcriptomic landscape

Michio Iwata, Hiroaki Mutsumine, Yusuke Nakayama, Naomasa Suita, Yoshihiro Yamanishi

NATURE COMPUTATIONAL SCIENCE 2(11) 758-770 2022年11月
Small compound-based direct cell conversion with combinatorial optimization of pathway regulations.

Toru Nakamura, Michio Iwata, Momoko Hamano, Ryohei Eguchi, Jun-Ichi Takeshita, Yoshihiro Yamanishi

Bioinformatics (Oxford, England) 38(Suppl_2) ii99-ii105 2022年9月16日
From drug repositioning to target repositioning: prediction of therapeutic targets using genetically perturbed transcriptomic signatures.

Satoko Namba, Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi

Bioinformatics (Oxford, England) 38(Suppl 1) i68-i76 2022年6月24日
A Web Server for GPCR-GPCR Interaction Pair Prediction.

Wataru Nemoto, Yoshihiro Yamanishi, Vachiranee Limviphuvadh, Shunsuke Fujishiro, Sakie Shimamura, Aoi Fukushima, Hiroyuki Toh

Frontiers in endocrinology 13 825195-825195 2022年
Corrigendum: A Web Server for GPCR-GPCR Interaction Pair Prediction.

Wataru Nemoto, Yoshihiro Yamanishi, Vachiranee Limviphuvadh, Shunsuke Fujishiro, Sakie Shimamura, Aoi Fukushima, Hiroyuki Toh

Frontiers in endocrinology 13 944910-944910 2022年
Transformer-based Objective-reinforced Generative Adversarial Network to Generate Desired Molecules.

Chen Li 0027, Chikashige Yamanaka, Kazuma Kaitoh, Yoshihiro Yamanishi

IJCAI 3884-3890 2022年
Scaffold-Retained Structure Generator to Exhaustively Create Molecules in an Arbitrary Chemical Space.

Kazuma Kaitoh, Yoshihiro Yamanishi

Journal of Chemical Information and Modeling 62(9) 2212-2225 2022年

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MISC

179

【ポストGWAS時代の遺伝統計学オミクス解析と機械学習でヒト疾患を俯瞰する】(第5章)人工知能技術のゲノミクス応用研究遺伝子摂動応答オミクスデータを用いた治療標的予測疾患横断解析によるターゲットリポジショニング

難波里子, 岩田通夫, 山西芳裕

実験医学 41(7) 1193-1199 2023年5月
肺癌効果予測因子血清エクソソームの最新プロテオミクスによる小細胞肺癌の新規バイオマーカーの探索

山本真, 菅泰彦, 武田吉人, 中坪大亮, 榎本貴俊, 吉村華子, 網屋沙織, 原伶奈, 川崎貴裕, 白山敬之 …

日本呼吸器学会誌 12(増刊) 194-194 2023年3月
心筋組織におけるDNA損傷は原疾患によらず左室駆出率の低下した心不全の治療反応及び予後を予測する

戴哲皓, 候聡志, 野村征太郎, 藤田寛奈, 濱野桃子, 山西芳裕, 尾上健児, 小室一成

日本内科学会雑誌 112(臨増) 144-144 2023年2月
ダイレクトリプログラミングを誘導する低分子化合物組み合わせのin silico予測

濱野桃子, 中村透, 岩田通夫, 江口凌平, 竹下潤一, 山西芳裕

日本再生医療学会総会(Web) 22nd 2023年
最先端の研究技術を基盤とした心脈管作動物質研究の未来 AIが拓く創薬と医療循環器疾患への応用に向けて

山西芳裕

血管 46(1) 36-36 2023年1月
エクソソームのプロテオミクスを用いた小細胞肺癌における新規バイオマーカー探索

菅泰彦, 山本真, 吉村華子, 白山敬之, 三宅浩太郎, 上條陽平, 澤田隆介, 山西芳裕, 伊藤眞里, 足立淳 …

肺癌 62(6) 678-678 2022年11月
PRISM成果利用システム「峰」の構築新薬創出を加速する人工知能の開発

樋口千洋, 黒田正孝, 伊藤眞里, 長尾知生子, 浜本隆二, 黒橋禎夫, 高村大也, 奥野恭史, 山西芳裕, 水口賢司 …

医療情報学連合大会論文集 42回 1064-1066 2022年11月
Single-cell-specific drug activities are revealed by a tensor imputation algorithm

Michio Iwata, Yoshihiro Yamanishi

NATURE COMPUTATIONAL SCIENCE 2(11) 707-708 2022年11月
AIサイエンスによるがん研究の臨床応用と創薬にむけて AIによるデータ駆動型創薬と医療(Data-driven drug discovery and healthcare by AI)

山西芳裕

日本癌学会総会記事 81回 S1-3 2022年9月
エクソソームを用いた小細胞肺癌における新規バイオマーカ-探索

菅泰彦, 菅泰彦, 山本真, 吉村華子, 白山敬之, 三宅浩太郎, 武田吉人, 伊藤眞里, 足立淳, 上條陽平 …

日本癌学会学術総会抄録集(Web) 81回 P-3298 2022年9月
生薬比率を考慮した漢方薬の作用機序や効能のin silico予測

島田祐樹, 江副晃洋, 澤田隆介, 柴田友和, 門脇真, 山西芳裕

和漢医薬学会学術大会要旨集 39回 73-73 2022年8月
バイオインフォマティクスの世界(第10回)機械学習による薬物応答トランスクリプトームの解析と疾患治療薬の探索—Analysis of drug-induced transcriptome responses by machine learning toward drug discovery

岩田通夫, 山西芳裕

医学のあゆみ 281(11) 1103-1108 2022年6月11日
ネットワーク医学による創薬の実際

飯田緑, 岩田通夫, 山西芳裕

Diabetes Journal: 糖尿病と代謝 49(2) 71-74 2022年4月
AIによるデータ駆動型研究が拓く生命医科学と創薬

山西芳裕

日本内分泌学会雑誌 98(1) 247-247 2022年4月
AlphaFold2より得られたヒト全タンパク質立体構造との結合親和性に基づく医薬品化合物の副作用予測

澤田隆介, 柴田友和, 坂尻由子, 山西芳裕

日本薬学会年会要旨集 142年会 26J-am11 2022年3月
AlphaFold2から得られたヒト全タンパク質立体構造への結合親和性を考慮したドラッグリポジショニング

坂尻由子, 柴田友和, 澤田隆介, 山西芳裕

日本薬学会年会要旨集 142年会 26L-pm10 2022年3月
新奇化学構造を重点的に発生させる構造生成器

海東和麻, 山西芳裕

日本薬学会年会要旨集 142年会 26T-pm02 2022年3月
機械学習による食品の機能性の網羅的な予測と作用機序の解明

柴田友和, 田中由祐, 田口大夢, 澤田隆介, 青柳守紘, 平尾宜司, 山西芳裕

日本薬学会年会要旨集 142年会 27L-pm08 2022年3月
創薬・医療における人工知能の活用 AIによるデータ駆動型創薬と分子設計

山西芳裕

日本薬学会年会要旨集 142年会 S41-1 2022年3月
構造生成器による医薬品分子設計の新展開

海東和麻, 山西芳裕

MEDCHEM NEWS 32(1) 26-30 2022年2月1日

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書籍等出版物

Chemoinformatics and Advanced Machine Learning Perspectives

Huma Lodhi, Yoshihiro Yamanishi (担当:編者(編著者))

IGI Global 2010年7月

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

医療ビッグデータから難治性疾患の創薬標的を予測する革新的AI手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2021年4月 - 2026年3月

山西芳裕, 石崎敏理
純粋なトランスフォーマーを用いた敵対的生成ネットワークによる医薬分子構造生成

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2023年4月 - 2025年3月

山西芳裕
AIによるデータ駆動型ダイレクトリプログラミングの創生と腫瘍化リスクの回避

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(開拓) 挑戦的研究(開拓) 2021年7月 - 2024年3月

山西芳裕, 鈴木淳史
シナジー創薬学：情報・物質・生命の協奏による化合物相乗効果の統合理解と設計

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 学術変革領域研究(B) 2020年10月 - 2023年3月

山西芳裕
シナジー創薬学：情報・物質・生命の協奏による化合物相乗効果の統合理解と設計

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 学術変革領域研究(B) 2020年10月 - 2023年3月

山西芳裕
シナジー効果を有する化合物群のAI による探索と設計

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 学術変革領域研究(B) 2020年10月 - 2023年3月

山西芳裕, 天池一真, 竹下潤一, 味八木茂
創薬標的分子の確かしさを検証するツール物質の探索

科学技術振興機構戦略的創造研究推進事業：AIP加速PRISM 2018年8月 - 2023年3月

山西芳裕
変形性関節症における老化細胞エクソソームの解明と機械学習を利用した治療薬の探索

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

味八木茂, 眞田洋平, 山西芳裕, 中佐智幸
医薬ビッグデータ解析による革新的AI創薬手法の開発と難治性疾患治療薬の発見

日本学術振興会科学研究費補助金：基盤研究（B）（一般）基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

山西芳裕
低分子化合物による転写因子制御と細胞直接変換のためのインシリコ予測法の開発

日本学術振興会科学研究費補助金：挑戦的研究（萌芽）挑戦的研究(萌芽) 2018年4月 - 2020年3月

山西芳裕
位置非依存的な新しい分子コーディング法の開発とコンピュータ支援創薬への応用

日本学術振興会科学研究費補助金（特別研究員奨励費）特別研究員奨励費 2017年5月 - 2019年4月

山西芳裕
漢方薬成分のインシリコ標的タンパク質探索による漢方薬リポジショニング

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2016年4月 - 2019年3月

門脇真, 柴原直利, 東田千尋, 林周作, 山西芳裕, 山本武, 梅嵜雅人
エコファーマによる高速かつ省エネ創薬を実現する情報技術の構築

科学技術振興機構戦略的創造研究推進事業(さきがけ) 2015年10月 - 2019年3月

山西芳裕
データ駆動型ドラッグリポジショニングによる既存薬の抗がん作用の発見

文部科学省科学研究費補助金(挑戦的萌芽研究) 挑戦的萌芽研究 2015年 - 2016年

山西芳裕
オミックスデータから薬物の標的分子を網羅的に予測するための機械学習法の開発

文部科学省科学研究費補助金(若手研究(A)) 若手研究(A) 2013年 - 2015年

山西芳裕
ゲノム関連情報から生体分子ネットワークを予測するためのカーネル法の開発

文部科学省科学研究費補助金(若手研究(B)) 若手研究(B) 2007年 - 2007年

山西芳裕
複数の異なるゲノムデータに基づく生物学的機能予測

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2004年 - 2004年

山西芳裕

山西芳裕

基本情報

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研究分野

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委員歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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