ゲノム塩基配列情報は、遺伝子機能解析や比較ゲノム解析などの基礎的な研究への貢献ばかりではなく、作物育種への貢献も期待されている。自殖性作物では、有用遺伝子の連鎖解析による選抜マーカーの同定ならびにマーカー選抜(Marker-assisted selection: MAS)による優良品種への導入が進み、その集積がいくつかの形質で試みられている。イネでは、出穂期、半矮性、いもち病圃場抵抗性、トビイロウンカ抵抗性、洪水耐性などの改良がMASによって進められてきた。特に、いもち病圃場抵抗性においては、抵抗性遺伝子の近傍に存在する不良形質に関わる遺伝子の連鎖(連鎖のひきずり)をマーカー支援により解消することに成功している。またMASにより導入された遺伝子を組み合わせる、いわゆる遺伝子ピラミディングも現実的な作業になってきた。育種上重要な形質の一部は、効果の比較的小さな多数の遺伝子が関与し、それらの遺伝子作用の組み合わせによってそれらの形質が最適化されている。このような効果の小さな遺伝子についても、染色体断片置換系統に代表される実験系統群の作出と利用によって、遺伝子解析のみならずマーカー選抜も可能になっている。近年、ゲノム塩基配列解析手法の飛躍的な進歩によって、一塩基多型(SNP)の大規模検出が可能になり、近縁な品種間も含めた様々なイネ品種系統間のゲノムワイドなSNPの検出が進められている。また、アレイ技術を活用したゲノムワイドなSNPの一斉解析も可能になっている。これらの新しい手法は、ゲノムのある特定の部分(遺伝子)だけに注目して選抜操作を行う従来のMASから、ゲノム全体にわたるハプロタイプあるいは複数の染色体領域に注目して、選抜操作を行うゲノム選抜の可能性を示唆している。その一方、研究が進んでMASの限界も見えてきた。その限界は、マーカーに代表されるゲノムツールの問題と言うよりはむしろ、いかにして望ましい遺伝子を見いだすか、育種形質に関していかに信頼性の高い評価手法を作り出すか、あるいは精度の高い遺伝解析を可能にする実験材料の準備など、遺伝育種に関わる研究者の工夫の問題になってきた。今後、新たな作物育種の展開には、新しい形質評価法の模索や広範な遺伝資源の利活用を基盤にして、ゲノミクスを背景とした形質の理解を深める基礎的な研究(生理学)、多様な実験系統群、育種が培ってきた経験や知識、ゲノミクスにおける新しいツールや方法などの効果的な融合が不可欠であろう。