藤英博 (Hidehiro Toh) - マイポータル - researchmap

基本情報

所属: 国立遺伝学研究所先端ゲノミクス推進センター特命准教授

研究者番号: 10353468
ORCID ID: https://orcid.org/0000-0002-7237-4648
J-GLOBAL ID: 201801002937740612
researchmap会員ID: B000326843

研究キーワード

11

研究分野

4

経歴

3

2022年7月

国立遺伝学研究所, 先端ゲノミクス推進センター, 特命准教授
2011年4月 - 2022年6月

九州大学, 生体防御医学研究所, 特任講師
2007年4月 - 2011年3月

理化学研究所, 基幹研究所/ゲノム科学総合研究センター, 研究員

主要な論文

77

Spatiotemporal DNA methylation dynamics shape megabase-scale methylome landscapes

Hidehiro Toh, Hiroyuki Sasaki

Life Science Alliance 7(4) e202302403 2024年1月査読有り筆頭著者責任著者
The DNMT3A ADD domain is required for efficient de novo DNA methylation and maternal imprinting in mouse oocytes

Ryuji Uehara, Wan Kin Au Yeung, Keisuke Toriyama, Hiroaki Ohishi, Naoki Kubo, Hidehiro Toh, Isao Suetake, Kenjiro Shirane, Hiroyuki Sasaki

PLOS Genetics 19(8) e1010855 2023年8月査読有り
CMIC: predicting DNA methylation inheritance of CpG islands with embedding vectors of variable-length k-mers

Osamu Maruyama, Yinuo Li, Hiroki Narita, Hidehiro Toh, Wan Kin Au Yeung, Hiroyuki Sasaki

BMC Bioinformatics 23(1) 371 2022年9月査読有り
The DNMT3A PWWP domain is essential for the normal DNA methylation landscape in mouse somatic cells and oocytes

Kanako Kibe, Kenjiro Shirane, Hiroaki Ohishi, Shuhei Uemura, Hidehiro Toh, Hiroyuki Sasaki

PLOS Genetics 17(5) e1009570 2021年5月査読有り
Broad heterochromatic domains open in gonocyte development prior to de novo DNA methylation

Soichiro Yamanaka, Hidenori Nishihara, Hidehiro Toh, Luis Augusto Eijy Nagai, Kosuke Hashimoto, Sung-Joon Park, Aoi Shibuya, Ana Maria Suzuki, Yujiro Tanaka, Kenta Nakai …

Developmental Cell 51(1) 21-34 2019年10月査読有り
Aging of spermatogonial stem cells by Jnk-mediated glycolysis activation

Mito Kanatsu-Shinohara, Takuya Yamamoto, Hidehiro Toh, Yasuhiro Kazuki, Kanako Kazuki, Junichi Imoto, Kazuho Ikeo, Motohiko Oshima, Katsuhiko Shirahige, Atsushi Iwama …

Proceedings of the National Academy of Sciences USA 116(33) 16404-16409 2019年8月査読有り
Derivation of human trophoblast stem cells

Hiroaki Okae, Hidehiro Toh, Tetsuya Sato, Hitoshi Hiura, Sota Takahashi, Kenjiro Shirane, Yuka Kabayama, Mikita Suyama, Hiroyuki Sasaki, Takahiro Arima

Cell Stem Cell 22(1) 50-63 2018年1月査読有り
Role of UHRF1 in de novo DNA methylation in oocytes and maintenance methylation in preimplantation embryos

Shoji Maenohara, Motoko Unoki, Hidehiro Toh, Hiroaki Ohishi, Jafar Sharif, Haruhiko Koseki, Hiroyuki Sasaki

PLOS Genetics 13(10) e1007042 2017年10月査読有り
Draft genome sequence of Bifidobacterium lemurum DSM 28807T isolated from the gastrointestinal tracts of ring-tailed lemurs (Lemur catta)

Hidehiro Toh, Takehiro Matsubara, Shuta Tomida, Iyo Mimura, Kensuke Arakawa, Takefumi Kikusui, Hidetoshi Morita

Genome Announcements 5(8) e01656-16 2017年2月査読有り筆頭著者
Software updates in the illumina hiseq platform affect whole-genome bisulfite sequencing

Hidehiro Toh, Kenjiro Shirane, Fumihito Miura, Naoki Kubo, Kenji Ichiyanagi, Katsuhiko Hayashi, Mitinori Saitou, Mikita Suyama, Takashi Ito, Hiroyuki Sasaki

BMC Genomics 18(1) 31 2017年1月査読有り筆頭著者
Roles of MIWI, MILI and PLD6 in small RNA regulation in mouse growing oocytes

Yuka Kabayama, Hidehiro Toh, Ami Katanaya, Takayuki Sakurai, Shinichiro Chuma, Satomi Kuramochi-Miyagawa, Yumiko Saga, Toru Nakano, Hiroyuki Sasaki

Nucleic Acids Research 45(9) 5387-5398 2017年1月査読有り
Allele-specific methylome and transcriptome analysis reveals widespread imprinting in the human placenta

Hirotaka Hamada, Hiroaki Okae, Hidehiro Toh, Hatsune Chiba, Hitoshi Hiura, Kenjiro Shirane, Tetsuya Sato, Mikita Suyama, Nobuo Yaegashi, Hiroyuki Sasaki …

American Journal of Human Genetics 99(5) 1045-1058 2016年11月査読有り
Draft genome sequence of Leuconostoc mesenteroides 406 isolated from the traditional fermented mare milk Airag in Tuv Aimag, Mongolia

Hidetoshi Morita, Hidehiro Toh, Kenshiro Oshima, Akiyo Nakano, Chihiro Hano, Saki Yoshida, Tien Thi Thuy Nguyen, Wulijideligen, Kosuke Tashiro, Kensuke Arakawa …

Genome Announcements 4(2) e00166-16 2016年4月査読有り筆頭著者
Draft genome sequence of Leuconostoc mesenteroides 213M0, isolated from traditional fermented mare Milk Airag in Bulgan Aimag, Mongolia

Hidetoshi Morita, Hidehiro Toh, Kenshiro Oshima, Akiyo Nakano, Chihiro Hano, Saki Yoshida, Tsognemekh Bolormaa, Sedkhuu Burenjargal, Co Thi Kim Nguyen, Kosuke Tashiro …

Genome Announcements 4(2) e00178-16 2016年4月査読有り筆頭著者
Draft genome sequence of coccoid Lactobacillus equigenerosi NRIC 0697T isolated from the gastrointestinal tracts of healthy thoroughbreds

Hidehiro Toh, Akiyo Nakano, Co Thi Kim Nguyen, Iyo Mimura, Kensuke Arakawa, Kosuke Tashiro, Takefumi Kikusui, Hidetoshi Morita

Genome Announcements 4(1) e01679-15 2016年2月査読有り筆頭著者
Draft genome sequence of Bifidobacterium aesculapii DSM 26737T, isolated from feces of baby common marmoset

Hidehiro Toh, Yumiko Yamazaki, Kosuke Tashiro, Shinpei Kawarai, Kenshiro Oshima, Akiyo Nakano, Co Nguyen Thi Kim, Iyo Mimura, Kensuke Arakawa, Atsushi Iriki …

Genome Announcements 3(6) e01463-15 2015年12月査読有り筆頭著者
Complete genome sequence of Lactobacillus acetotolerans RIB 9124 (NBRC 13120) isolated from putrefied (hiochi) Japanese sake

Hidehiro Toh, Hidetoshi Morita, Hiroyuki Tsuji, Kazuhiro Iwashita, Nami Goto, Jiro Nakayama, Mitsuo Sekine, Yumiko Kato, Ken-Ichiro Suzuki, Nobuyuki Fujita

Journal of Biotechnology 214 214-215 2015年11月査読有り筆頭著者
Complete genome sequence of Bifidobacterium angulatum JCM 7096(T) isolated from human feces

Hidetoshi Morita, Hidehiro Toh [co-first author], Kenshiro Oshima, Akiyo Nakano, Misa Kiuchi, Hiromi Kuroyanagi, Kensuke Arakawa, Wataru Suda, Kenya Honda, Masahira Hattori

Journal of Biotechnology 211 10-11 2015年10月査読有り筆頭著者
Complete genome sequence of Bifidobacterium pseudocatenulatum JCM 1200T isolated from infant feces

Hidetoshi Morita, Hidehiro Toh, Kenshiro Oshima, Akiyo Nakano, Kensuke Arakawa, Yukiko Takayama, Rina Kurokawa, Kageyasu Takanashi, Kenya Honda, Masahira Hattori

Journal of Biotechnology 210 68-69 2015年9月査読有り筆頭著者
Complete genome sequence of Bifidobacterium bifidum JCM 1255T isolated from feces of a breast-fed infant

Hidetoshi Morita, Hidehiro Toh, Kenshiro Oshima, Akiyo Nakano, Chie Shindo, Keiko Komiya, Kensuke Arakawa, Wataru Suda, Kenya Honda, Masahira Hattori

Journal of Biotechnology 210 66-67 2015年9月査読有り筆頭著者
Complete genome sequence of Bifidobacterium catenulatum JCM 1194T isolated from human feces

Hidetoshi Morita, Hidehiro Toh, Kenshiro Oshima, Akiyo Nakano, Naoko Yamashita, Erica Iioka, Kensuke Arakawa, Wataru Suda, Kenya Honda, Masahira Hattori

Journal of Biotechnology 210 25-26 2015年9月査読有り筆頭著者
Complete genome sequence of Bifidobacterium breve JCM 1192T isolated from infant feces

Hidetoshi Morita, Hidehiro Toh, Kenshiro Oshima, Akiyo Nakano, Emi Omori, Yasue Hattori, Kensuke Arakawa, Wataru Suda, Kenya Honda, Masahira Hattori

Journal of Biotechnology 210 81-82 2015年9月査読有り筆頭著者
DNA methylation and gene expression dynamics during spermatogonial stem cell differentiation in the early postnatal mouse testis

Naoki Kubo, Hidehiro Toh, Kenjiro Shirane, Takayuki Shirakawa, Hisato Kobayashi, Tetsuya Sato, Hidetoshi Sone, Yasuyuki Sato, Shin-Ichi Tomizawa, Yoshinori Tsurusaki …

BMC Genomics 16(1) 624 2015年8月査読有り
Complete genome sequence of Bifidobacterium dentium strain JCM 1195T, isolated from human dental caries

Hidehiro Toh, Jun-ichiro Hayashi, Kenshiro Oshima, Akiko Nakano, Yukiko Takayama, Kageyasu Takanashi, Hidetoshi Morita, Masahira Hattori

Genome Announcements 3(2) e00284-15 2015年4月査読有り筆頭著者
Complete genome sequence of Bifidobacterium scardovii strain JCM 12489T, isolated from human blood

Hidehiro Toh, Kenshiro Oshima, Akiyo Nakano, Naoko Yamashita, Erica Iioka, Rina Kurokawa, Hidetoshi Morita, Masahira Hattori

Genome Announcements 3(2) e00285-15 2015年4月査読有り筆頭著者
Complete genome sequence of Bifidobacterium kashiwanohense JCM 15439T, isolated from feces from a healthy Japanese infant

Hidetoshi Morita, Hidehiro Toh, Akiyo Nakano, Kenshiro Oshima, Misako Takagi, Wataru Suda, Soichi Tanabe, Masahira Hattori

Genome Announcements 3(2) e00255-15 2015年4月査読有り筆頭著者
Draft genome sequence of Lactobacillus namurensis Chizuka 01, isolated from Nukadoko, a pickling bed of fermented rice bran

Keita Kato, Hidehiro Toh, Naoshige Sakamoto, Kazuki Mori, Kosuke Tashiro, Naruhiro Hibi, Kenji Sonomoto, Jiro Nakayama

Genome Announcements 2(1) e01263-13 2014年2月査読有り筆頭著者
Genomic adaptation of the Lactobacillus casei group

Hidehiro Toh, Kenshiro Oshima, Akiyo Nakano, Muneaki Takahata, Masaru Murakami, Takashi Takaki, Hidetoshi Nishiyama, Shizunobu Igimi, Masahira Hattori, Hidetoshi Morita

PLOS ONE 8(10) e75073 2013年10月査読有り筆頭著者
Complete genome sequence of the equol-producing bacterium Adlercreutzia equolifaciens DSM 19450T

Hidehiro Toh, Kenshiro Oshima, Takehito Suzuki, Masahira Hattori, Hidetoshi Morita

Genome Announcements 1(5) e00742-13 2013年9月査読有り筆頭著者
Mouse oocyte methylomes at base resolution reveal genome-wide accumulation of non-CpG methylation and role of DNA methyltransferases

Kenjiro Shirane, Hidehiro Toh, Hisato Kobayashi, Fumihito Miura, Hatsune Chiba, Takashi Ito, Tomohiro Kono, Hiroyuki Sasaki

PLOS Genetics 9(4) e1003439 2013年4月査読有り
An atomic model of Zfp57 recognition of CpG methylation within a specific DNA sequence

Yiwei Liu, Hidehiro Toh, Hiroyuki Sasaki, Xing Zhang, Xiaodong Cheng

Genes & Development 26(21) 2374-2379 2012年11月査読有り
Acetate-producing bifidobacteria protect the host from enteropathogenic infection via carbohydrate transporters

Shinji Fukuda, Hidehiro Toh, Todd D. Taylor, Hiroshi Ohno, Masahira Hattori

Gut Microbes 3(5) 449-454 2012年9月査読有り
Anammox organism KSU-1 expresses a NirK-type copper-containing nitrite reductase instead of a NirS-type with cytochromecd1

Daisuke Hira, Hidehiro Toh, Catharina T. Migita, Hiroki Okubo, Takashi Nishiyama, Masahira Hattori, Kenji Furukawa, Takao Fujii

FEBS Letters 586(11) 1658-1663 2012年6月査読有り
Complete genome sequences of Arcobacter butzleri ED-1 and Arcobacter sp. strain L, both isolated from a microbial fuel cell

Hidehiro Toh, Vineet K. Sharma, Kenshiro Oshima, Shinji Kondo, Masahira Hattori, F. Bruce Ward, Andrew Free, Todd D. Taylor

Journal of Bacteriology 193(22) 6411-6412 2011年11月査読有り筆頭著者
Complete genome sequence and comparative analysis of the fish pathogen Lactococcus garvieae

Hidetoshi Morita, Hidehiro Toh [co-first author], Kenshiro Oshima, Mariko Yoshizaki, Michiko Kawanishi, Kohei Nakaya, Takehito Suzuki, Eiji Miyauchi, Yasuo Ishii, Soichi Tanabe …

PLOS ONE 6(8) e23184 2011年8月査読有り筆頭著者
Bifidobacteria can protect from enteropathogenic infection through production of acetate

Shinji Fukuda, Hidehiro Toh, Koji Hase, Kenshiro Oshima, Yumiko Nakanishi, Kazutoshi Yoshimura, Toru Tobe, Julie M. Clarke, David L. Topping, Tohru Suzuki …

Nature 469(7331) 543-549 2011年1月査読有り
Complete genome sequence of the wild-type commensal Escherichia coli strain SE15, belonging to phylogenetic group B2

Hidehiro Toh, Kenshiro Oshima, Atsushi Toyoda, Yoshitoshi Ogura, Tadasuke Ooka, Hiroyuki Sasamoto, Sang-Hee Park, Sunao Iyoda, Ken Kurokawa, Hidetoshi Morita …

Journal of Bacteriology 192(4) 1165-1166 2010年2月査読有り筆頭著者
Complete genome sequence of the probiotic Lactobacillus rhamnosus ATCC 53103

Hidetoshi Morita, Hidehiro Toh, Kenshiro Oshima, Masaru Murakami, Todd D. Taylor, Shizunobu Igimi, Masahira Hattori

Journal of Bacteriology 191(24) 7630-7631 2009年12月査読有り筆頭著者
Comparative genomics reveal the mechanism of the parallel evolution of O157 and non-O157 enterohemorrhagic Escherichia coli

Yoshitoshi Ogura, Tadasuke Ooka, Atsushi Iguchi, Hidehiro Toh, Md Asadulghani, Kenshiro Oshima, Toshio Kodama, Hiroyuki Abe, Keisuke Nakayama, Ken Kurokawa …

Proceedings of the National Academy of Sciences USA 106(42) 17939-17944 2009年10月査読有り
Genome of an endosymbiont coupling N2 fixation to cellulolysis within protist cells in termite gut

Yuichi Hongoh, Vineet K Sharma, Tulika Prakash, Satoko Noda, Hidehiro Toh, Todd D Taylor, Toshiaki Kudo, Yoshiyuki Sakaki, Atsushi Toyoda, Masahira Hattori …

Science 322(5904) 1108-1109 2008年11月査読有り
Complete genome sequence and comparative analysis of the wild-type commensal Escherichia coli strain SE11 isolated from a healthy adult

Kenshiro Oshima, Hidehiro Toh, Yoshitoshi Ogura, Hiroyuki Sasamoto, Hidetoshi Morita, Sang-Hee Park, Tadasuke Ooka, Sunao Iyoda, Todd D Taylor, Tetsuya Hayashi …

DNA Research 15(6) 375-386 2008年10月査読有り筆頭著者
Comparative genome analysis of Lactobacillus reuteri and Lactobacillus fermentum reveal a genomic island for reuterin and cobalamin production

Hidetoshi Morita, Hidehiro Toh, Shinji Fukuda, Hiroshi Horikawa, Kenshiro Oshima, Takehito Suzuki, Masaru Murakami, Shin Hisamatsu, Yukio Kato, Tatsuya Takizawa …

DNA Research 15(3) 151-161 2008年5月査読有り
Genome-wide analysis of Chlamydophila pneumoniae gene expression at the late stage of Infection

Koshiro Miura, Hidehiro Toh, Hideki Hirakawa, Manabu Sugii, Masayuki Murata, Kenta Nakai, Kosuke Tashiro, Satoru Kuhara, Yoshinao Azuma, Mutsunori Shirai

DNA Research 15(2) 83-91 2008年1月査読有り
Comparative metagenomics revealed commonly enriched gene sets in human gut microbiomes

Ken Kurokawa, Takehiko Itoh, Tomomi Kuwahara, Kenshiro Oshima, Hidehiro Toh, Atsushi Toyoda, Hideto Takami, Hidetoshi Morita, Vineet K. Sharma, Tulika P. Srivastava …

DNA Research 14(4) 169-181 2007年8月査読有り
The 160-kilobase genome of the bacterial endosymbiont Carsonella

Atsushi Nakabachi, Atsushi Yamashita, Hidehiro Toh, Hajime Ishikawa, Helen E Dunbar, Nancy A Moran, Masahira Hattori

Science 314(5797) 267-267 2006年10月査読有り
Massive genome erosion and functional adaptations provide insights into the symbiotic lifestyle of Sodalis glossinidius in the tsetse host

Hidehiro Toh, Brian L. Weiss, Sarah A.H. Perkin, Atsushi Yamashita, Kenshiro Oshima, Masahira Hattori, Serap Aksoy

Genome Research 16(2) 149-156 2006年2月査読有り筆頭著者
Whole genome sequence of Staphylococcus saprophyticus reveals the pathogenesis of uncomplicated urinary tract infection

Makoto Kuroda, Atsushi Yamashita, Hideki Hirakawa, Miyuki Kumano, Kazuya Morikawa, Masato Higashide, Atsushi Maruyama, Yumiko Inose, Kimio Matoba, Hidehiro Toh …

Proceedings of the National Academy of Sciences USA 102(37) 13272-13277 2005年9月査読有り
In silico inference of inclusion membrane protein family in obligate intracellular parasites chlamydiae

Hidehiro Toh, Koshiro Miura, Mutsunori Shirai, Masahira Hattori

DNA Research 10(1) 9-17 2003年2月査読有り筆頭著者
Changes at the floor of the peptide-binding groove induce a strong preference for Proline at position 3 of the bound peptide: Molecular dynamics simulations of HLA-A*0217

Hidehiro Toh, Christopher J. Savoie, Nobuhiro Kamikawaji, Shigeru Muta, Takehiko Sasazuki, Satoru Kuhara

Biopolymers 54(5) 318-327 2000年10月査読有り筆頭著者
Magnitude of structural changes of the T-cell receptor binding regions determine the strength of T-cell antagonism: molecular dynamics simulations of HLA-DR4 (DRB1*0405) complexed with analogue peptide

Hidehiro Toh, Nobuhiro Kamikawaji, Takeshi Tana, Shigeru Muta, Takehiko Sasazuki, Satoru Kuhara

Protein Engineering, Design and Selection 13(6) 423-429 2000年6月査読有り筆頭著者

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主要なMISC

9

エピジェネティクスと国際ヒトエピゲノムコンソーシアム

藤英博, 佐々木裕之

医学のあゆみ 266(5) 475-478 2018年8月筆頭著者
国際ヒトエピゲノムコンソーシアムの現状と展開

藤英博, 佐々木裕之

ホルモンと臨床 62 141-144 2015年12月筆頭著者
乳酸菌のゲノム解析の進展

森田英利, 藤英博

腸内細菌学雑誌 21 209-215 2007年8月

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主要な書籍等出版物

8

微生物機能学

藤英博 (担当:分担執筆, 範囲:微生物の設計図を読み解く)

三共出版 2012年3月 (ISBN: 4782706715)
メタゲノム解析技術の最前線

藤井隆夫, 藤英博, 服部正平 (担当:分担執筆, 範囲:嫌気的アンモニア酸化（anammox）の反応機構と微生物複合システム解析)

シーエムシー出版 2011年1月 (ISBN: 478130253X)
同上２

森田英利, 藤英博 (担当:分担執筆, 範囲:乳酸菌・ビフィズス菌のゲノム解析)

京都大学学術出版会 2010年2月
同上１

藤英博, 森田英利, 服部正平 (担当:分担執筆, 範囲:メタゲノム解析とその応用)

京都大学学術出版会 2010年2月
乳酸菌とビフィズス菌のサイエンス

藤英博, 日本乳酸菌学会 (担当:分担執筆, 範囲:ゲノム解析法)

京都大学学術出版会 2010年2月 (ISBN: 4876989826)
乳酸菌の保健機能と応用

森田英利, 藤英博, 上野川修一 (担当:分担執筆, 範囲:乳酸菌・ビフィズス菌のゲノミクス・プロテオミクス)

シーエムシー出版 2007年9月 (ISBN: 4882316927)
プロバイオティクスとバイオジェニクス

藤英博, 服部正平 (担当:分担執筆, 範囲:ゲノム解析)

エヌ・ティー・エス社 2007年3月 (ISBN: 4860430697)

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所属学協会

2

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

8

老化しないモデル生物がもつヌクレオーム制御機構の推測

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2023年6月 - 2025年3月

藤英博
老化しないモデル生物を利用した健康長寿に資するエピジェネティクス機構の探索

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2020年7月 - 2022年3月

藤英博
ハダカデバネズミの女王化抑制と老化耐性をもたらすエピゲノム修飾の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

藤英博
ノトバイオート技術を基盤としたハダカデバネズミの真社会性制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2015年4月 - 2018年3月

森田英利, 藤英博, 三浦恭子, 菊水健史
腸内フローラを用いた動物個体識別法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2011年 - 2013年

森田英利, 服部正平, 藤英博
グリセロールに対するL. reuteriの遺伝子発現様式のin vivo解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2008年 - 2010年

森田英利, 桑原知巳, 藤英博
微生物ゲノムシーケンシング体制の活用による微生物システム解明への基盤構築

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2005年 - 2009年

服部正平, 山下敦士, 藤英博, 高見英人

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