藤渕航 (Wataru Fujibuchi) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学教授

J-GLOBAL ID: 201401025737530877
researchmap会員ID: 7000009218

研究分野

その他 / その他 /

論文

iGEM as a human iPS cell-based global epigenetic modulation detection assay provides throughput characterization of chemicals affecting DNA methylation

Satoshi Otsuka, Xian Yang Qin, Wenlong Wang, Tomohiro Ito, Hiroko Nansai, Kuniya Abe, Wataru Fujibuchi, Yoichi Nakao, Hideko Sone

Scientific Reports 13(1) 2023年12月
eSPRESSO: topological clustering of single-cell transcriptomics data to reveal informative genes for spatio–temporal architectures of cells

Tomoya Mori, Toshiro Takase, Kuan-Chun Lan, Junko Yamane, Cantas Alev, Azuma Kimura, Kenji Osafune, Jun K. Yamashita, Tatsuya Akutsu, Hiroaki Kitano …

BMC Bioinformatics 24(1) 2023年6月15日
StemPanTox: A fast and wide-target drug assessment system for tailor-made safety evaluations using personalized iPS cells.

Junko Yamane, Takumi Wada, Hironori Otsuki, Koji Inomata, Mutsumi Suzuki, Tomoka Hisaki, Shuichi Sekine, Hirokazu Kouzuki, Kenta Kobayashi, Hideko Sone …

iScience 25(7) 104538-104538 2022年7月15日
AMPK activation reverts mouse epiblast stem cells to naïve state

Yajing Liu, Junko Yamane, Akito Tanaka, Wataru Fujibuchi, Jun K. Yamashita

iScience 102783-102783 2021年6月査読有り
Integrated Collection of Stem Cell Bank Data, a Data Portal for Standardized Stem Cell Information

Ying Chen, Kunie Sakurai, Sumihiro Maeda, Tohru Masui, Hideyuki Okano, Johannes Dewender, Stefanie Seltmann, Andreas Kurtz, Hiroshi Masuya, Yukio Nakamura …

Stem Cell Reports 16(4) 997-1005 2021年3月18日査読有り責任著者
Human ES and iPS Cells Display Less Drug Resistance Than Differentiated Cells, and Naïve-State Induction Further Decreases Drug Resistance

Yulia Panina, Junko Yamane, Kenta Kobayashi, Hideko Sone, Wataru Fujibuchi

The Journal of Toxicological Sciences 46(3) 131-142 2021年3月1日査読有り責任著者
Human Cell Atlas and cell-type authentication for regenerative medicine

Yulia Panina, Peter Karagiannis, Andreas Kurtz, Glyn N. Stacey, Wataru Fujibuchi

Experimental & Molecular Medicine 2020年9月15日査読有り責任著者
Novel computational model of gastrula morphogenesis to identify spatial discriminator genes by self-organizing map (SOM) clustering.

Tomoya Mori, Haruka Takaoka, Junko Yamane, Cantas Alev, Wataru Fujibuchi

Scientific Reports 9(1) 12597-12597 2019年8月29日査読有り責任著者
Erratum: Prediction of developmental chemical toxicity based on gene networks of human embryonic stem cells (Nucleic Acids Research (2016) 44:12 (5515-5528) DOI: 10.1093/nar/gkw450)

Junko Yamane, Sachiyo Aburatani, Satoshi Imanishi, Hiromi Akanuma, Reiko Nagano, Tsuyoshi Kato, Hideko Sone, Seiichiroh Ohsako, Wataru Fujibuchi

Nucleic Acids Research 47(3) 1600 2019年2月20日
Corrigendum: Prediction of developmental chemical toxicity based on gene networks of human embryonic stem cells

Junko Yamane, Sachiyo Aburatani, Satoshi Imanishi, Hiromi Akanuma, Reiko Nagano, Tsuyoshi Kato, Hideko Sone, Seiichiroh Ohsako, Wataru Fujibuchi

Nucleic Acids Research 47(3) 1600 2019年2月査読有り
ヒトES細胞を用いた高精度な化合物毒性予測

山根順子, 藤渕航

谷本学校毒性質問箱 (20) 24-29 2018年9月
Does the prenatal bisphenol A exposure alter DNA methylation levels in the mouse hippocampus? : An analysis using a high-sensitivity methylome technique

Aiba T, Saito T, Hayashi A, Sato S, Yunokawa H, Maruyama T, Fujibuchi W, Ohsako S

Genes and Environment 40(12) 2018年6月査読有り
ヒトES細胞を用いた高精度の化合物予測システムの構築

山根順子, 油谷幸代, 今西哲, 赤沼宏美, 永野麗子, 加藤毅, 曽根秀子, 大迫誠一郎, 藤渕航

YAKUGAKU ZASSHI 138(6) 815-822 2018年6月査読有り招待有り
Human AK2 links intracellular bioenergetic redistribution to the fate of hematopoietic progenitors.

Koichi Oshima, Norikazu Saiki, Michihiro Tanaka, Hiromi Imamura, Akira Niwa, Ayako Tanimura, Ayako Nagahashi, Akiyoshi Hirayama, Keisuke Okita, Akitsu Hotta …

Biochemical and biophysical research communications 497(2) 719-725 2018年3月4日査読有り
Stem cell-based methods to predict developmental chemical toxicity

Hiroki Takahashi, Xian-Yang Qin, Hideko Sone, Wataru Fujibuchi

Methods in Molecular Biology 1800 475-483 2018年査読有り
A Standard Nomenclature for Referencing and Authentication of Pluripotent Stem Cells.

Kurtz A, Seltmann S, Bairoch A, Bittner MS, Bruce K, Capes-Davis A, Clarke L, Crook JM, Daheron L, Dewender J …

Stem Cell Reports 10(1) 1-6 2018年1月査読有り
Report of the International Stem Cell Banking Initiative Workshop Activity: Current Hurdles and Progress in Seed-Stock Banking of Human Pluripotent Stem Cells.

Kim JH, Kurtz A, Yuan BZ, Zeng F, Lomax G, Loring JF, Crook J, Ju JH, Clarke L, Inamdar MS …

Stem Cells Translational Medicine 6(11) 1956-1962 2017年10月査読有り
Long non-coding RNA HOTAIR promotes cell migration by upregulating insulin growth factor-binding protein 2 in renal cell carcinoma

Hiromichi Katayama, Keiichi Tamai, Rie Shibuya, Mao Nakamura, Mai Mochizuki, Kazunori Yamaguchi, Sadafumi Kawamura, Tatsuo Tochigi, Ikuro Sato, Takamasa Okanishi …

SCIENTIFIC REPORTS 7(1) 12016 2017年9月査読有り
Microarray analyses of otospheres derived from the cochlea in the inner ear identify putative transcription factors that regulate the characteristics of otospheres

Takehiro Iki, Michihiro Tanaka, Shin-ichiro Kitajiri, Tomoko Kita, Yuri Kawasaki, Akifumi Mizukoshi, Wataru Fujibuchi, Takayuki Nakagawa, Tatsutoshi Nakahata, Juichi Ito …

PLOS ONE 12(6) e0179901 2017年6月査読有り
Methylated site display (MSD)-AFLP, a sensitive and affordable method for analysis of CpG methylation profiles

Toshiki Aiba, Toshiyuki Saito, Akiko Hayashi, Shinji Sato, Harunobu Yunokawa, Toru Maruyama, Wataru Fujibuchi, Hisaka Kurita, Chiharu Tohyama, Seiichiroh Ohsako

BMC MOLECULAR BIOLOGY 18(7) 2017年3月査読有り

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MISC

これからのバイオインフォマティクス像

藤渕航

日本バイオインフォマティクス学会ニュースレター (37) 1-2 2020年3月招待有り
Single-cell methylome analysis of mouse blastocyst

Nobuko Taniyama, Kenta Kobayashi, Junko Yamane, Tomoya Mori, Jun K. Yamashita, Wataru Fujibuchi

GENES & GENETIC SYSTEMS 91(6) 346-346 2016年12月
月例卓話 iPS細胞と元素周期表の密接な関係

桜井都衣, 藤渕航

海洋化学研究 = Transactions of the Research Institute of Oceanochemistry 29(1) 17-23 2016年
iPS細胞が幸せな社会をつくる

三菱総合研究所

PHRONESIS 働きかたの未来 7(14) 38-40 2015年11月
物質文明の先にある未来

藤渕航

京大広報「洛書」 708 4360-4360 2015年2月
PS-071-6 ヒト大腸癌細胞株マウス同所移植モデルを用いた上皮間葉転換及び転移カスケードの解析(PS ポスターセッション,第113回日本外科学会定期学術集会)

松田泰史, 三浦康, 石田和之, 藤渕航, 佐々木宏之, 大沼忍, 工藤克昌, 羽田祥, 長尾宗紀, 田中直樹 …

日本外科学会雑誌 114(2) 2013年3月5日
PS-376-3 cIAP2を標的とする消化器癌の新規治療戦略の提案(PS ポスターセッション,第113回日本外科学会定期学術集会)

三浦康, 唐澤秀明, 藤渕航, 石田和之, 柴田近, 内藤剛, 小川仁, 長尾宗紀, 羽根田祥, 大沼忍 …

日本外科学会雑誌 114(2) 2013年3月5日
Alternative pre-mRNA splicing in digestive tract malignancy

Koh Miura, Shinobu Ohnuma, Wataru Fujibuchi, Kazuyuki Ishida, Iwao Sasaki

CANCER RESEARCH 72 2012年4月
細胞分化解析を目指した網羅的ヒト細胞データベース「CELLPEDIA」

幡野晶子, 幡野晶子, MOESA Harry Amri, MOESA Harry Amri, 千葉啓和, 谷口丈晃, 永家聖, 永家聖, 山根木康嗣, 藤渕航

情報処理学会研究報告(CD-ROM) 2009(6) 2010年
Designing pyro-primer sequences for exhaustive quantitation of mRNAs

Hirokazu Chiba, Hitoshi Shiku, Hideo Akiyama, So Nakagawa, Takeaki Taniguchi, Wataru Fujibuchi

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 108 S150-S150 2009年11月
2-way prediction法によるGPCRリガンドの結合予測

百石弘澄, 杉原稔, 諏訪牧子, 諏訪牧子, 加藤毅, 加藤毅, 山名早人, 藤渕航, 藤渕航

情報処理学会研究報告(CD-ROM) 2009(3) 2009年
CellMontage: Similar expression profile search server (vol 23, pg 3103, 2007)

Wataru Fujibuchi, Larisa Kiseleva, Takeaki Taniguchi, Hajime Harada, Paul Horton

BIOINFORMATICS 24(9) 1223-1223 2008年5月
Kato T, Murata Y, Miura K, Asai K, Horton PB, Koji T, Fujibuchi W.

Kato T, Murata Y Miura, K Asai K Horton, PB Koji T, Fujibuchi W

BMC Bioinformatics. Suppl 1:S4 2007年
Kato T, Murata Y, Miura K, Asai K, Horton PB, Koji T, Fujibuchi W.

Kato T, Murata Y Miura, K Asai K Horton, PB Koji T, Fujibuchi W

BMC Bioinformatics. Suppl 1:S4 2007年
Prediction of Transcriptional Control by Promoter Specificity Index for Conserved Sequence Patterns (MOLECULAR BIOLOGY AND INFORMATION - Biological Information Science)

Fujibuchi Wataru, Kanehisa Minoru

ICR annual report 2 52-53 1996年3月
Size distribution and evolutionary rate of intron revealed by comparison of different mammalian species

H Ogata, W Fujibuchi, M Kanehisa

PROGRESS IN BIOPHYSICS & MOLECULAR BIOLOGY 65 PB125-PB125 1996年
Recent advances on Internet-based systems for the retrieval of genetic information

Kenta NAKAI, Wataru FUJIBUCHI

Pharmaceutical Library Bulletin 41(4) 359-364 1996年

書籍等出版物

Computational Toxicology

Hiroki Takahashi, Xian-Yang Qin, Hideko Sone, Wataru Fujibuchi

Springer Nature 2018年6月
ILSI JAPAN No.133

山根順子, 藤渕航

ILSI JAPAN 2018年2月
医学のあゆみ

髙橋弘樹, 藤渕航

医歯薬出版 2017年9月
実験医学増刊34 (17)：再生医療と疾患解明の鍵となる組織幹細胞

森智弥, 藤渕航

羊土社 2016年10月
海洋化学研究

桜井都衣, 藤渕航

一般財団法人海洋化学研究所 2015年12月
ビッグデータの収集、調査、分析と活用事例

加藤有己, 桜井都衣, 藤渕航

技術情報協会 2014年11月
生命のビッグデータ利用の最前線

植田充美, 監藤渕航

シーエムシー出版 2014年4月
バイオ実験に絶対使える統計の基本Q&A

秋山徹, 監藤渕航, 井元清哉, 河府和義

羊土社 2012年9月 (ISBN: 475812034X)
実験医学28：代謝と老化・寿命を結ぶサーチュイン研究の最前線

千葉啓和, 藤渕航

羊土社、(19)pp.3171-3174 2010年11月
Medical Biostatistics for Complex Diseases

Kato T, Fujibuchi W

Medical Biostatistics for Complex Diseases 2010年7月
シングルセル解析の最前線

藤渕航

シーエムシー出版 2010年3月
High-performance gene expression module analysis tool and its application to chemical toxicity data.

Fujiubchi W, Kim H, Okada Y, Taniguchi T, Sone H

Methods in Molecular Biology, vol. 577, Humana Press Inc. 55-65 2009年8月
マイクロアレイデータ統合解析プロトコール

藤渕航, 堀本勝久

羊土社 2008年4月
バイオデータベースとウェブツールの手とり足とり活用法

岡田吉史, 藤渕航

羊土社、150-156 2007年9月
実験医学25：生殖細胞形成から発生、分化を制御する small RNAの新機能

藤渕航, 岡田吉史

羊土社、25-26 2007年3月
極大２部クリーク列挙法による遺伝子発現モジュールの抽出

岡田吉史, 藤渕航, Horton Paul

IPSJ SIG Technical Report,2006-BIO-6. 17-23 2006年9月
タンパク質研究なるほどQ＆A

藤渕航

羊土社 2005年10月
細胞の知識ベース開発と遺伝子発現プロファイルによる細胞種と特徴予測

藤渕航, Larisa Kiseleva, 谷口丈晃, Paul Horton

IPSJ SIG Technical Report, 2005-BIO-2. 33-37 2005年10月
ゲノム研究実験ハンドブック

Polouliakh Natalia, 藤渕航

羊土社 2004年10月
生命情報科学の拡がり－ヒトゲノム計画後の分子・情報・生命－

藤渕航, 金久實

別冊数理科学 2001年10月

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講演・口頭発表等

182

iPS細胞研究におけるデジタルトランスフォーメーション (DX)

藤渕航

第21回日本再生医療学会総会 2022年3月19日招待有り
毒性予測システム開発委員会報告

藤渕航

幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC 2022年度年会 2022年3月1日招待有り
iPS細胞による個別化予防を目指した、迅速・広範な標的ターゲットへの化学物質評価システム「StemPanTox」

山根順子, 和田卓巳, 大槻博礼, 猪俣孝二, 鈴木睦, 久木友花, 関根秀一, 上月裕一, 小林健太, 曽根秀子, 山下潤, 大澤光次郎, 斎藤潤, 藤渕航

幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC 202年度年会 2022年3月1日
Identifying the Minimal Set of Key Developmental Genes by Spatiotemporal Computational Reconstruction of Embryogenesis

Kuan-Chun Lan, Wataru Fujibuchi

CiRA International Symposium Virtual 2022年2月17日
CELL IDENTIFICATION BY INFORMATION THEORETIC APPROACH TO SINGLE CELL RNASEQ DATA FOR QUALITY REFERENCE OF STEM CELL THERAPY

Takumi Wada, Wataru Fujibuchi

ISSCR/JSRM International Symposium Virtual 2021年10月28日
Screening of human iPSCs for chemical toxicity prediction based on RNA-seq data from human ESCs

Junko Yamane, Takumi Wada, Tomoka Hisaki, Shuichi Sekine, Hirokazu Kouzuki, Mitsujiro Osawa, Megumu Saito, Hideko Sone, Wataru Fujibuchi

ISSCR/JSRM International Symposium Virtual 2021年10月28日
Identifying the Minimal Set of Principles for Computational Reconstruction of Embryogenesis with Spatiotemporal Transcriptome Analysis

Kuan-Chun Lan, Wataru Fujibuchi

ISSCR/JSRM International Symposium Virtual 2021年10月27日
ヒトES・iPS細胞を用いた化学物質毒性予測系の成人毒への適用

山根順子

第三回scChemRISC研究会 2021年10月15日招待有り
scChemRISCの紹介

藤渕航

第三回scChemRISC研究会 2021年10月12日招待有り
幹細胞データベース“SKIP”と細胞分類ソリューション“SHOGoiN”

山根順子, Naila Shinwari, 藍冠鈞, 陳影, 和田卓巳, 藤渕航

トーゴーの日シンポジウム2021 2021年10月5日
ヒト幹細胞試験による迅速・正確・低コストの化学物質ハザードＡＩ評価法の開発

山根順子, 藤渕航

2021年日化協LRI研究報告会 2021年8月20日招待有り
ヒトES細胞/iPS細胞を用いた毒性反応データベースによる化学物質評価

藤渕航, 曽根秀子

第48回日本毒性学会学術年会 2021年7月8日招待有り
ヒトES細胞を用いた化学物質毒性予測系の成人毒への適用

山根順子, 大槻博礼, 猪俣孝二, 鈴木睦, 曽根秀子, 藤渕航

第48回日本毒性学会学術年会 2021年7月8日招待有り
Application of Artificial Intelligence and Machine Learning in Stem Cell Data Mining

Ying Chen, Wataru Fujibuchi

PSConf 2021 2021年4月22日招待有り
Establishment of Drug Screening Systems for Cell Therapy Based on Artificial Intelligence

第2回メディカルイノベーション大学院プログラム医薬系研究交流サロン 2021年4月21日
Spatio-temporal transcriptome analysis of embryogenesis

第2回メディカルイノベーション大学院プログラム医薬系研究交流サロン 2021年4月21日
scMontage: Fast and Robust Gene Expression Similarity Search for Massive Single-cell Data

第2回メディカルイノベーション大学院プログラム医薬系研究交流サロン 2021年4月21日
藤渕研究室紹介

山根順子, 藤渕航

第2回メディカルイノベーション大学院プログラム医薬系研究交流サロン 2021年4月20日
毒性予測システム開発委員会報告

藤渕航

幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC 2021年度年会 2021年4月16日招待有り
Human ES and iPS cells display less drug resistance than differentiated cells, and naïve-state induction further decreases drug resistance

幹細胞を用いた化学物質リスク情報共有化コンソーシアムscChemRISC2021年度年会 2021年4月16日

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共同研究・競争的資金等の研究課題

光遊離バーコードを用いた時空間的組織細胞解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

橋本真一, 高村禅, 藤渕航
環境ストレスによる生体応答、エピゲノムとプロテオーム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2017年6月 - 2022年3月

大迫誠一郎, 藤渕航, 市原学
予防を科学する炎症細胞社会学

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2017年6月 - 2022年3月

松島綱治, 橋本真一, 藤渕航
エピジェネティック活性をもつ化学物質の影響把握と新たな環境リスクの予防策

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2015年4月 - 2019年3月

福田秀子, 伊藤智彦, 桂真理, 藤渕航, 大鐘潤, 中尾洋一, 阿部訓也, 南齋ひろ子, 近藤昌代, 鈴木伸之介, 大塚悟史
ヒアルロン酸の変形性関節炎アップストリーム治療薬としての新展開と関節保護作用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2013年4月 - 2016年3月

大月孝志, 廣畑聡, 西田圭一郎, 藤渕航, 篠畑綾子, 草地省蔵, 二宮善文
細胞分化の人工誘導経路を短時間で最適化する方法の研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2009年 - 2011年

藤渕航, 三宅正人, 五島直樹
嗅覚システムの統合的理解を目指した研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2008年 - 2010年

諏訪牧子, 藤渕航
網羅的mRNA絶対定量のためのパイロプライマーの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2007年 - 2008年

藤渕航
細胞の構造と機能の原因となる遺伝子モジュールの網羅的収集

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2006年 - 2007年

藤渕航, 大久保公策
ゲノム比較による、嗅覚受容体の発現機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2005年

諏訪牧子, PAUL Horton, 藤渕航

産業財産権

特願2021-205495 疾患発症の可能性の推定を行う遺伝子の選別方法及び疾患発症の可能性を推定する方法

藤渕航
特願PCT/JP2018/047908 個々の細胞情報から細胞高次元情報を推定する装置・方法・プログラム

藤渕航, 森智弥
特願2017-250042 個々の細胞情報から組織高次元情報を推定する装置、方法、プログラム

藤渕航, 森智弥
特願PCT/JP2016/087100 ＤＮＡメチル化解析のための試料調整方法

藤渕航, 山根順子
特願2015-242932 DNAメチル化解析のための試料調整方法

藤渕航, 山根順子
特開2013-201909 細胞画像判定装置、方法、並びにプログラム

藤渕航, 千葉啓和, 富永大介
特開2011-239708 核酸標準物質検出用プローブの設計方法、核酸標準物質検出用プローブ及び当該核酸標準物質検出用プローブを有する核酸検出系

藤渕航, 関口勇地, 中江裕樹
特開WO2011145614 A1 核酸標準物質検出用プローブの設計方法、核酸標準物質検出用プローブ及び当該核酸標準物質検出用プローブを有する核酸検出系

藤渕航, 関口勇地, 中江裕樹
特開2011-62085 プライマーセット探索装置、プライマーセット探索方法およびプログラム

藤渕航, 千葉啓和
特開2009-146028 遺伝子発現モジュール探索装置、遺伝子発現モジュール探索方法及び遺伝子発現モジュール探索プログラム

岡田吉史, 藤渕航
特開2008-146278 細胞輪郭抽出装置、細胞輪郭抽出方法およびプログラム

藤渕航
特開US20070172833 A1 遺伝子発現プロファイル検索装置、遺伝子発現プロファイル検索方法およびプログラム

藤渕航, Paul Horton
特開2007-52568 遺伝子発現プロファイル比較装置

Paul Horton, 藤渕航
特開2007-52507 生物学的情報処理装置、生物学的情報処理方法および生物学的情報処理プログラム

加藤毅, 藤渕航
特開2006-092478 遺伝子発現プロファイル検索装置、遺伝子発現プロファイル検索方法およびプログラム

藤渕航, Horton Paul