富井健太郎 (Tomii Kentaro) - マイポータル

基本情報

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-4567-4768
J-GLOBAL ID: 201801010765392458
researchmap会員ID: B000309071

研究分野

情報通信 / 生命、健康、医療情報学 /

論文

Oligomer-based functions of mitochondrial porin.

Hironori Takeda, Saori Shinoda, Chiho Goto, Akihisa Tsutsumi, Haruka Sakaue, Chunming Zhang, Takashi Hirashima, Yuta Konishi, Haruka Ono, Yu Yamamori …

Nature communications 16(1) 6854-6854 2025年7月25日
Application of Anomaly Detection to Identify Important Features of Protein Dynamics.

Yu Yamamori, Kentaro Tomii

ACS omega 10(22) 22789-22801 2025年6月10日
Neuronal and non-neuronal functions of the synaptic cell adhesion molecule neurexin in Nematostella vectensis

Christine Guzman, Kurato Mohri, Ryotaro Nakamura, Minato Miyake, Yuko Tsuchiya, Kentaro Tomii, Hiroshi Watanabe

Nature Communications 15(1) 2024年8月1日
PoSSuM v.3: A Major Expansion of the PoSSuM Database for Finding Similar Binding Sites of Proteins

Yuko Tsuchiya, Tomoki Yonezawa, Yu Yamamori, Hiroko Inoura, Masanori Osawa, Kazuyoshi Ikeda, Kentaro Tomii

Journal of Chemical Information and Modeling 63(23) 7578-7587 2023年11月28日
A multipoint guidance mechanism for β-barrel folding on the SAM complex

Hironori Takeda, Jon V. Busto, Caroline Lindau, Akihisa Tsutsumi, Kentaro Tomii, Kenichiro Imai, Yu Yamamori, Takatsugu Hirokawa, Chie Motono, Iniyan Ganesan …

Nature Structural & Molecular Biology 30(2) 176-187 2023年1月5日
Protein-protein interaction prediction methods: from docking-based to AI-based approaches.

Yuko Tsuchiya, Yu Yamamori, Kentaro Tomii

Biophysical reviews 14(6) 1341-1348 2022年12月
Application of Homology Modeling by Enhanced Profile–Profile Alignment and Flexible-Fitting Simulation to Cryo-EM Based Structure Determination

Yu Yamamori, Kentaro Tomii

International Journal of Molecular Sciences 23(4) 2022年2月
Crystal structure of Tam41 cytidine diphosphate diacylglycerol synthase from a Firmicutes bacterium.

Kentaro Tomii

Journal of biochemistry 2021年12月29日
PreBINDS: An Interactive Web Tool to Create Appropriate Datasets for Predicting Compound-Protein Interactions.

Kentaro Tomii

Frontiers in molecular biosciences 8 758480-758480 2021年12月6日
HMGB1 signaling phosphorylates Ku70 and impairs DNA damage repair in Alzheimer's disease pathology.

Kentaro Tomii

Communications biology 4(1) 1175-1175 2021年10月11日
Modeling SARS-CoV-2 proteins in the CASP-commons experiment.

Kentaro Tomii

Proteins 89(12) 1987-1996 2021年10月5日
An ensemble reweighting method for combining the information of experiments and simulations

Yu Yamamori, Kentaro Tomii

Chemical Physics Letters 779 138821-138821 2021年9月
Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network.

Kentaro Tomii

Nature communications 12(1) 2021年6月2日
Mitochondrial sorting and assembly machinery operates by β-barrel switching.

Kentaro Tomii

Nature 590(7844) 163-+ 2021年1月6日
DeepECA: an end-to-end learning framework for protein contact prediction from a multiple sequence alignment

Kentaro Tomii

BMC Bioinformatics 21(1) 10-10 2020年12月
Rab7D small GTPase is involved in phago-, trogocytosis and cytoskeletal reorganization in the enteric protozoan Entamoeba histolytica.

Kentaro Tomii

Cellular microbiology 23(1) e13267 2020年11月1日
Import of Entamoeba histolytica Mitosomal ATP Sulfurylase Relies on Internal Targeting Sequences.

Kentaro Tomii

Microorganisms 8(8) 2020年8月12日
Meta-Align: A Novel HMM-based Algorithm for Pairwise Alignment of Error-Prone Sequencing Reads

Kentaro Tomii, Shravan Kumar, Degui Zhi, Steven E. Brenner

2020年5月12日
Comprehensive analysis of PPARγ agonist activities of stereo-, regio-, and enantio-isomers of hydroxyoctadecadienoic acids

Kentaro Tomii

Bioscience Reports 40(4) 2020年4月30日
Neural networks for protein structure and function prediction and dynamic analysis

Kentaro Tomii

Biophysical Reviews 2020年4月

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共同研究・競争的資金等の研究課題

鉄硫黄タンパク質へと分子進化したcFLIPの構造解析と新規生理機能の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

酒巻和弘, 富井健太郎
MAFFT多重アラインメントプログラムの大量配列データへの対応と機能拡張

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2016年4月 - 2021年3月

加藤和貴, 山田和範, 富井健太郎
植物プロテインチロシンキナーゼによる新規ジベレリンシグナル伝達制御機構の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2016年4月 - 2018年3月

根本圭一郎, 澤崎達也, 富井健太郎, 今井賢一郎, 有村源一郎
基質結合部位予測に向けたタンパク質局所構造の高速比較法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2011年4月 - 2015年3月

富井健太郎, 津田宏治, 清水佳奈, 伊東純一
酵母ミトコンドリア蛋白質のｍＲＮＡ局在化シグナル解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2011年4月 - 2014年3月

HORTON Paul, 光山統泰, フリスマーティン, 富井健太郎, 今井賢一郎
配列情報解析と局所構造パターン分類を融合した新たなタンパク質立体構造予測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2006年 - 2007年

富井健太郎
タンパク質の立体構造プロフィールと極値分布を用いた構造認識法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2002年 - 2002年

太田元規, 富井健太郎