2016年4月 - 2018年3月
果実発育・成熟関連遺伝子の完全長cDNA配列と選択的スプライシングの網羅的解析
日本学術振興会 科学研究費助成事業 挑戦的萌芽研究 挑戦的萌芽研究
第３世代の次世代シークエンサーの普及により，ゲノム解読だけではなく転写産物の解読に利用されている．本研究ではメロン果実のIso-seq解析を行い，完全長cDNA配列と選択的スプライシングについて解析を行った．３つの異なる方法で完全長cDNA配列ライブラリーを構築し，PacBioとNanoporeを用いて配列解読を行った．得られたIsoformをメロンゲノムにマッピングして比較した結果，PacBioの解読では 約6,500遺伝子座，Nanoporeの解読では12,000の遺伝子座からの転写産物が得られた．そのうち，509遺伝子座が新規の遺伝子座であった．
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- 課題番号 : 16K14854
- 体系的課題番号 : JP16K14854