共同研究・競争的資金等の研究課題

2016年4月 - 2019年3月

非モデル作物種の完全長cDNA配列の決定とストレス応答性遺伝子の網羅的な発現解析

日本学術振興会  科学研究費助成事業 基盤研究(C)  基盤研究(C)

課題番号
16K07557
体系的課題番号
JP16K07557
担当区分
研究代表者
配分額
(総額)
4,810,000円
(直接経費)
3,700,000円
(間接経費)
1,110,000円

サツマイモは高次倍数性(2n=6x=90)や自家不和合成等の特徴をもつため遺伝様式が複雑であり、全ゲノム配列情報や遺伝子アノテーション情報は未だに整備されていない。そこで本研究では、Iso-seqやRNA-seq等のNGS解析を行い、サツマイモの転写産物に関する参照配列を構築するとともに線虫抵抗性に関わる遺伝子の同定を試みた。Iso-seqで得られた54000個のアイソフォーム配列と近年公開されたサツマイモ転写産物データを統合することで100,419配列から成る参照配列を構築した。また、線虫抵抗性・感受性品種を対象にRNA-seqを行い、線虫抵抗性に関わる候補遺伝子を同定した。

リンク情報
URL
https://kaken.nii.ac.jp/file/KAKENHI-PROJECT-16K07557/16K07557seika.pdf
KAKEN
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-16K07557
ID情報
  • 課題番号 : 16K07557
  • 体系的課題番号 : JP16K07557