2016年4月 - 2019年3月
非モデル作物種の完全長cDNA配列の決定とストレス応答性遺伝子の網羅的な発現解析
日本学術振興会 科学研究費助成事業 基盤研究(C) 基盤研究(C)
サツマイモは高次倍数性(2n=6x=90)や自家不和合成等の特徴をもつため遺伝様式が複雑であり、全ゲノム配列情報や遺伝子アノテーション情報は未だに整備されていない。そこで本研究では、Iso-seqやRNA-seq等のNGS解析を行い、サツマイモの転写産物に関する参照配列を構築するとともに線虫抵抗性に関わる遺伝子の同定を試みた。Iso-seqで得られた54000個のアイソフォーム配列と近年公開されたサツマイモ転写産物データを統合することで100,419配列から成る参照配列を構築した。また、線虫抵抗性・感受性品種を対象にRNA-seqを行い、線虫抵抗性に関わる候補遺伝子を同定した。
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- 課題番号 : 16K07557
- 体系的課題番号 : JP16K07557