苙口友隆 (Oroguchi Tomotaka) - マイポータル

基本情報

所属: 慶應義塾理工学部物理学科専任講師

学位: 博士（理学）(2007年3月東京大学)

研究者番号: 90589821
J-GLOBAL ID: 201201068306951227
researchmap会員ID: 7000003079

研究キーワード

研究分野

自然科学一般 / 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 /

主要な経歴

2015年4月 - 現在

慶應義塾大学, 理工学部物理学科, 専任講師

もっとみる

学歴

主要な論文

Internal dynamics of multidomain protein as revealed by an optimized neutron spin echo measurement and all-atom molecular dynamics simulation

Rintaro Inoue, HTomotaka Oroguchi, HR, Takashi Oda, Bela Farago, Anne Martel, Lionel Porcar, Mamoru Sato, Masaaki Sugiyama, ally contributed

Physical Review Research 5(4) 043154 2023年12月査読有り筆頭著者
Assessment of force field accuracy using cryogenic electron microscopy data of hyper-thermostable glutamate dehydrogenase

HTomotaka Oroguchi, HR, Mao Oide, Taiki Wakabayashi, Masayoshi Nakasako

Journal of Physical Chemistry B 124(39) 8479-8494 2020年10月1日査読有り筆頭著者責任著者
Energy landscape of domain motion in glutamate dehydrogenase deduced from cryo-electron microscopy

Mao Oide, Takayuki Kato, HTomotaka Oroguchi, HR, Masayoshi Nakasako

FEBS Journal 287(16) 3472-3493 2020年8月1日査読有り
Dipole-dipole interactions between tryptophan side chains and hydration water molecules dominate the observed dynamic Stokes shift of lysozyme

Asahi Fukuda, HTomotaka Oroguchi, HR, Masayoshi Nakasako

Biochimica et Biophysica Acta - General Subjects 1864(2) 129406 2020年2月査読有り招待有り
Combination of coarse-grained molecular dynamics simulations and small-angle X-ray scattering experiments

Toru Ekimoto, Yuichi Kokabu, HTomotaka Oroguchi, HR, Mitsunori Ikeguchi

Biophysics and physicobiology 16 377-390 2019年査読有り
Growth of cuprous oxide particles in liguid-phase synthesis investigated by X-ray laser diffraction

HTomotaka Oroguchi, HR, Takashi Yoshidome, Takahiro Yamamoto, Masayoshi Nakasako

Nano Letters 18(8) 5192-5197 2018年8月8日査読有り筆頭著者
水和構造によって制御される蛋白質の機能的ドメイン運動

H苙口友隆, HR, 中迫雅由

生物物理 58(4) 204-206 2018年招待有り筆頭著者
Influences of lone-pair electrons on directionality of hydrogen bonds formed by hydrophilic amino acids side chains in molecular dynamics simulation

HTomotaka Oroguchi, HR, Masayoshi Nakasako

Scientific Reports 7(1) 15859 2017年12月1日査読有り筆頭著者
Three-dimensional structure determination protocol for noncrystalline biomolecules using x-ray free electron laser diffraction imaging

HTomotaka Oroguchi, HR, Masayoshi Nakasako

Physical Review E 87(2) 022712 2013年2月19日査読有り筆頭著者
MD-SAXS method with nonspherical boundaries

HTomotaka Oroguchi, HR, Mitsunori Ikeguchi

Chemical Physics Letter 541 117-121 2012年7月10日査読有り筆頭著者
Effects of ionic strength on SAXS data for proteins revealed by molecular dynamics simulations

HTomotaka Oroguchi, HR, Mitsunori Ikeguchi

Journal of Chemical Physics 134(2) 025102 2011年1月14日査読有り筆頭著者
Towards the structural characterization of intrinsically disordered proteins by SAXS and MD simulation

HTomotaka Oroguchi, HR, Mitsunori Ikeguchi, Mamoru Sato

Journal of Physics: Conference Series 272(1) 012005 2011年査読有り筆頭著者
天然変性タンパク質：蛋白質の構造・機能研究の新しいターゲット

H苙口友隆, HR, 池口満徳, 佐藤衛

実験医学 29(3) 475-480 2011年招待有り筆頭著者責任著者
Intrinsic dynamics of restriction endonuclease EcoO109I studied by molecular dynamics and X-ray scattering data analysis

HTomotaka Oroguchi, HR, Hiroshi Hashimoto, Toshiyuki Shimizu, Mamoru Sato, Mitsunori Ikeguchi

Biophysical Journal 96(7) 2808-2822 2009年4月査読有り筆頭著者
分子動力学シミュレーションとＸ線小角溶液散乱で探る蛋白質分子の構造揺らぎ

H苙口友隆, HR

アンサンブル 11(1) 19-23 2009年招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Unfolding pathways of goat alpha-lactalbumin as revealed in multiple alignment of molecular dynamics trajectories

HTomotaka Oroguchi, HR, Mitsunori Ikeguchi, Motonori Ota, Kunihiro Kuwajima, Akinori Kidera

Journal of Molecular Biology 371(5) 1354-1364 2007年8月31日査読有り筆頭著者
Atomically detailed description of the unfolding of goat alpha-lactalbumin by combined use of experiments and simulations

HTomotaka Oroguchi, HR, Mitsunori Ikeguchi, Kimiko Saeki, Kiyoto Kamagata, Yoriko Sawano, Masaru Tanokura, Akinori Kidera, Kunihiro Kuwajima

Journal of Molecular Biology 354(1) 164-172 2005年11月18日査読有り筆頭著者

もっとみる

主要なMISC

水素結合方向性における非共有結合対の影響: 分子動力学シミュレーションによる評価

H苙口友隆, HR

アンサンブル 23 176-181 2021年招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Protein dynamics investigated by small-angle X-ray diffraction imaging

HTomotaka Oroguchi, HR, Mitsunori Ikeguchi, Mamoru Sato

日本結晶学会誌 55 24-31 2013年招待有り筆頭著者責任著者

もっとみる

主要な書籍等出版物

Water and Biomolecules

Kunihiro Kuwajima, HTomotaka Oroguchi, HR, Takashi Nakamura, Mitsunori Ikeguchi, Tomotaka Oroguchi (担当:共著, 範囲:Experimental and simulation studies of the folding/unfolding of goat alpha-lactalbumin)

Springer-Verlag Berlin Heidelberg 2009年1月

主要な講演・口頭発表等

Optimization of MD-derived conformational ensemble in information content space and its application to experimental X-ray solution scattering data

HTomotaka Oroguchi, HR

TSRC Proten Dynamiccs Workshop 2023 招待有り
MDシミュレーションと溶液散乱実験による蛋白質構造揺らぎの可視化：ベイズ学習の適用に向けて

H苙口友隆, HR

情報計算化学生物学会2021年学会招待有り
Protein structural fluctuations investigated by X-ray solution scattering and molecular dynamics simulation

H苙口友隆, HR

第55回日本生物物理学会年会招待有り
Protein conformational fluctuations and hydration structures investigated by the combination of MD simulations and X-ray experiments

HTomotaka Oroguchi, HR

TSRC Protein Dynamics Workshop 2017 招待有り
MDシミュレーションと溶液X線小角散乱で探る蛋白質の構造揺らぎ

H苙口友隆, HR

第17回日本蛋白質科学会年会招待有り
Protein functional dynamics investigated by small-angle X-ray solution scattering and molecular dynamics simulation

HTomotaka Oroguchi, HR

Okazaki Conference 2017 招待有り
Nanoscale wetting and drying processes work as a switch for protein functional motions

H苙口友隆, HR

日本化学会第96春季年会招待有り
蛋白質分子の機能的運動を制御するナノスケールの水和構造

H苙口友隆, HR

第53回日本生物物理学会年会招待有り
Nanoscale wetting and drying processes dominate protein functional motions

HTomotaka Oroguchi, HR

TSRC Protein Dynamics Workshop 2015 招待有り
X線溶液散乱と分子動力学シミュレーションで探る蛋白質の機能的構造揺らぎ

H苙口友隆, HR

第2回 Neutrons in Biology研究会招待有り
X線散乱実験を用いた新規動的構造解析方法の開発現状

H苙口友隆, HR

新学術領域「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」第3回公開シンポジウム招待有り
X線溶液散乱と分子動力学シミュレーションで探る蛋白質の機能的構造揺らぎ

H苙口友隆, HR, 佐藤衛, 池口満徳

第51回日本生物物理学会年会招待有り
Protein dynamics investigated by small-angle x-ray solution scattering and molecular dynamics simulation

HTomotaka Oroguchi, HR

The 4^th Japan-France Joint Seminar 招待有り
Protein dynamics investigated by small-angle X-ray solution scattering and molecular dynamics simulations

HTomotaka Oroguchi, HR

The 15^th International Small-Angle Scattering Conference 招待有り
分子動力学シミュレーションとX線溶液散乱を用いたタンパク質ダイナミックスの研究

H苙口友隆, HR

第12回SPring-8シンポジウム 2008年10月30日招待有り
分子動力学シミュレーションとX線小角散乱

H苙口友隆, HR, 池口満徳

第2回X線溶液散乱研究会招待有り

もっとみる

担当経験のある科目(授業)

2026年4月 - 2027年3月

物理学実践研究活動Ａ (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

先端数物科学博士研究 (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

卒業研究 (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

物理学実践研究活動Ｂ (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

先端数物科学修士研究２ (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

先端数物科学修士研究１ (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

基礎理工学課題研究 (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

物理学実験第１ (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

基礎理工学特別研究第１ (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

物理学Ａ (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

総合教育セミナーⅠ (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

自然科学実験 (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

物理学実践研究活動Ｃ (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

論文講読発表 (慶應義塾)
2026年4月 - 2027年3月

物理学実験第２ (慶應義塾)
2025年4月 - 2026年3月

物理学実験第２ (慶應義塾)
2025年4月 - 2026年3月

物理学実験第１ (慶應義塾)
2025年4月 - 2026年3月

物理学Ａ (慶應義塾)
2025年4月 - 2026年3月

論文講読発表 (慶應義塾)
2025年4月 - 2026年3月

自然科学実験 (慶應義塾)

もっとみる

主要な共同研究・競争的資金等の研究課題

新世代中性子構造生物学の開拓

文部科学省・日本学術振興会科学研究費補助金基盤研究(S) 2018年6月 - 2023年3月

杉山正明, 中川洋, 矢木真穂, 富永大輝, 佐藤衛, 井上倫太郎, 齋尾智英, 苙口友隆, 小田隆
生体分子の機能発揮機構における水和構造の役割の解明

文部科学省・日本学術振興会科学研究費補助金若手研究(A) 2017年4月 - 2021年3月
分子クラウディング環境下における生体分子の機能的構造揺らぎの解析

文部科学省・日本学術振興会科学研究費補助金挑戦的研究(萌芽) 2017年6月 - 2020年3月
X線回折散乱実験と分子シミュレーションを用いた生体分子の動的構造の解析

文部科学省・日本学術振興会科学研究費補助金新学術領域研究(研究領域提案型) 2014年4月 - 2016年3月

苙口友隆
生体分子構造およびに生体分子間相互作用の安定化における水分子の役割の解明

文部科学省・日本学術振興会科学研究費補助金若手研究(B) 2014年4月 - 2016年3月

苙口友隆
天然変性蛋白質の動的構造及び基質認識機構の原子レベルでの解明

文部科学省・日本学術振興会科学研究費補助金新学術領域研究(研究領域提案型) 2012年4月 - 2014年3月

苙口友隆

もっとみる

主要な社会貢献活動

日本放射光学会学会誌編集委員

編集

2015年10月 - 2017年9月

もっとみる