野口英樹 (Noguchi Hideki) - マイポータル

基本情報

所属: 情報・システム研究機構データサイエンス共同利用基盤施設特任教授 (センター長)

J-GLOBAL ID: 201401060392099388
researchmap会員ID: 7000007164

研究分野

ライフサイエンス / ゲノム生物学 /

論文

Genomic consequences of domestication and the diversification of body coloration and morphology in ornamental medaka strains

Tetsuo Kon, Rui Tang, Koto Kon-Nanjo, Soma Tomihara, Soichiro Fushiki, Wakana Fujii, Mifuyu Sera, Yusuke Takehana, Hideki Noguchi, Atsushi Toyoda …

Molecular Biology and Evolution 43(2) 2026年1月31日査読有り
MoG+3.0: expanded structural variant visualization and integration of genomic data from five newly analyzed mouse strains.

Toyoyuki Takada, Hideyuki Miyazawa, Masanobu Yamagata, Masaru Tamura, Atsushi Yoshiki, Atsushi Toyoda, Hideki Noguchi, Hiroshi Masuya

Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society 37(1) 4-4 2025年11月19日査読有り
Giant genome of the vampire squid reveals the derived state of modern octopod karyotypes

Masa-aki Yoshida, Emese Tóth, Koto Kon-Nanjo, Tetsuo Kon, Kazuki Hirota, Atsushi Toyoda, Hidehiro Toh, Hideyuki Miyazawa, Makoto Terauchi, Hideki Noguchi …

iScience 28(11) 113832-113832 2025年11月査読有り
Genetic Diversity and Population Structure of the Japanese Serow (Capricornis crispus) in Gunma Prefecture Based on Mitochondrial DNA Control Region Sequences.

Kazuaki Tanaka, Mei Nagatomo, Riki Oouchi, Masato Minami, Koh Nomura, Shingo Kaneko, Yuji Isagi, Jyun-Ichi Kitamura, Hideki Noguchi, Tomoko Anezaki

Zoological science 42(2) 153-164 2025年4月査読有り
Flagellar proteomic analysis of the brown alga Mutimo cylindricus revealed a novel calcium-binding protein abundantly localized in the anterior flagellum.

Nana Kinoshita-Terauchi, Kogiku Shiba, Makoto Terauchi, Hideki Noguchi, Kazuo Inaba

Protist 175(6) 126070-126070 2024年12月査読有り
Mettl1-dependent m7G tRNA modification is essential for maintaining spermatogenesis and fertility in Drosophila melanogaster.

Shunya Kaneko, Keita Miyoshi, Kotaro Tomuro, Makoto Terauchi, Ryoya Tanaka, Shu Kondo, Naoki Tani, Kei-Ichiro Ishiguro, Atsushi Toyoda, Azusa Kamikouchi …

Nature communications 15(1) 8147-8147 2024年9月24日査読有り
Genome assembly of Genji firefly (Nipponoluciola cruciata) reveals novel luciferase-like luminescent proteins without peroxisome targeting signal.

Kentaro Fukuta, Dai-Ichiro Kato, Juri Maeda, Atsuhiro Tsuruta, Hirobumi Suzuki, Yukio Nagano, Hisao Tsukamoto, Kazuki Niwa, Makoto Terauchi, Atsushi Toyoda …

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 31(2) 2024年4月1日査読有り
Transcriptomic comparison between populations selected for higher and lower mobility in the red flour beetle Tribolium castaneum.

Kentarou Matsumura, Takafumi Onuma, Shinji Kondo, Hideki Noguchi, Hironobu Uchiyama, Shunsuke Yajima, Ken Sasaki, Takahisa Miyatake

Scientific reports 14(1) 67-67 2024年1月2日査読有り
BRD9 determines the cell fate of hematopoietic stem cells by regulating chromatin state.

Muran Xiao, Shinji Kondo, Masaki Nomura, Shinichiro Kato, Koutarou Nishimura, Weijia Zang, Yifan Zhang, Tomohiro Akashi, Aaron Viny, Tsukasa Shigehiro …

Nature communications 14(1) 8372-8372 2023年12月15日査読有り
Genomic and Secretomic Analyses of the Newly Isolated Fungus Perenniporia fraxinea SS3 Identified CAZymes Potentially Related to a Serious Pathogenesis of Hardwood Trees.

Ruy Matsumoto, Jakia Jerin Mehjabin, Hideki Noguchi, Toshizumi Miyamoto, Taichi E Takasuka, Chiaki Hori

Applied and environmental microbiology 89(5) e0027223 2023年5月31日査読有り
Single-cell transcriptomics of the goldfish retina reveals genetic divergence in the asymmetrically evolved subgenomes after allotetraploidization

Tetsuo Kon, Kentaro Fukuta, Zelin Chen, Koto Kon-Nanjo, Kota Suzuki, Masakazu Ishikawa, Hikari Tanaka, Shawn M. Burgess, Hideki Noguchi, Atsushi Toyoda …

Communications Biology 5(1) 2022年12月26日査読有り
Profiling a single-stranded DNA region within an rDNA segment that affects the loading of bacterial condensin

Koichi Yano, Hideki Noguchi, Hironori Niki

iScience 25(12) 105504-105504 2022年12月査読有り
Horizontal transfer of a plasmid possessing mcr-1 marked with a single nucleotide mutation between Escherichia coli isolates from community residents.

Yoshimasa Yamamoto, Ayano Higashi, Kanoko Ikawa, Hoa Thi Thanh Hoang, Takahiro Yamaguchi, Ryuji Kawahara, Hideki Noguchi, Thang Nam Nguyen, Diep Thi Khong, Hoa Thi Tran

BMC research notes 15(1) 196-196 2022年6月3日査読有り
MoG+: a database of genomic variations across three mouse subspecies for biomedical research.

Toyoyuki Takada, Kentaro Fukuta, Daiki Usuda, Tatsuya Kushida, Shinji Kondo, Shoko Kawamoto, Atsushi Yoshiki, Yuichi Obata, Asao Fujiyama, Atsushi Toyoda …

Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society 33(1) 31-43 2022年3月査読有り
Complete Genome Sequences of Three Phocaeicola vulgatus Strains Isolated from a Healthy Japanese Individual.

Hanh Vu, Yoshinori Muto, Masahiro Hayashi, Hideki Noguchi, Kaori Tanaka, Yoshimasa Yamamoto

Microbiology resource announcements 11(2) e0112421 2022年2月17日査読有り
Nintedanib induces gene expression changes in the lung of induced-rheumatoid arthritis-associated interstitial lung disease mice.

Shintaro Mikami, Yoko Miura, Shinji Kondo, Kosuke Sakai, Hiroaki Nishimura, Hiroyuki Kyoyama, Gaku Moriyama, Nobuyuki Koyama, Hideki Noguchi, Hirotsugu Ohkubo …

PloS one 17(6) e0270056 2022年査読有り
MetaPlatanus: a metagenome assembler that combines long-range sequence links and species-specific features.

Rei Kajitani, Hideki Noguchi, Yasuhiro Gotoh, Yoshitoshi Ogura, Dai Yoshimura, Miki Okuno, Atsushi Toyoda, Tomomi Kuwahara, Tetsuya Hayashi, Takehiko Itoh

Nucleic acids research 49(22) e130 2021年12月16日査読有り
Three genomes in the algal genus Volvox reveal the fate of a haploid sex-determining region after a transition to homothallism.

Kayoko Yamamoto, Takashi Hamaji, Hiroko Kawai-Toyooka, Ryo Matsuzaki, Fumio Takahashi, Yoshiki Nishimura, Masanobu Kawachi, Hideki Noguchi, Yohei Minakuchi, James G Umen …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118(21) 2021年5月25日査読有り
Comparative genomic analyses illuminate the distinct evolution of megabats within Chiroptera.

Masato Nikaido, Shinji Kondo, Zicong Zhang, Jiaqi Wu, Hidenori Nishihara, Yoshihito Niimura, Shunta Suzuki, Kazushige Touhara, Yutaka Suzuki, Hideki Noguchi …

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 27(4) 2020年8月1日査読有り
Whole-genome sequencing and comparative analysis of the genomes of Bacteroides thetaiotaomicron and Escherichia coli isolated from a healthy resident in Vietnam.

Mashkoor Mohsin, Kaori Tanaka, Ryuji Kawahara, Shinji Kondo, Hideki Noguchi, Daisuke Motooka, Shota Nakamura, Diep Thi Khong, Thang Nam Nguyen, Trong Nang Hoang …

Journal of global antimicrobial resistance 21 65-67 2020年6月査読有り

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MISC

ヒト染色体:維持と進化と疾患の新知見ヒトサブテロメア領域のゲノム構造、その機能と進化

黒木陽子, 豊田敦, 野口英樹, 谷口丈晃, 矢田哲士, 小野千紘, 要匡, 藤山秋佐夫

生命科学系学会合同年次大会 2017年度 [1PW19-6] 2017年12月
バイオインフォマティクスを使い尽くす秘訣教えます!(最終回)新規ゲノムアセンブリとアノテーション

野口英樹

生物工学会誌 95(9) 552-556 2017年
ブタとイノシシの遺伝子の違いは?

野口英樹, 藤山秋佐夫

日本医事新報 (4806) 69-70 2016年6月
Xenopus laevis全ゲノム解析アフリカツメガエルnodal5とnodal6遺伝子クラスターについての解析

高橋秀治, 豊田敦, 宇野好宣, 黒木陽子, 彦坂暁, 原本悦和, 田中利明, 西城智仁, 野口英樹, 松田洋一 …

日本生化学会大会・日本分子生物学会年会合同大会講演要旨集 88回・38回 [1P0565]-[1P0565] 2015年12月
Direct estimation of genome-wide mutation rate in a chimpanzee family trio by ultra deep whole genome sequencing

Yasuhiro Go, Shoji Tatsumoto, Kentaro Fukuta, Hideki Noguchi, Takashi Hayakawa, Masaki Tomonaga, Hirohira Hirai, Tetsuro Matsuzawa, Kiyokazu Agata, Asao Fujiyama

GENES & GENETIC SYSTEMS 90(6) 361-361 2015年12月
Direct estimation of mutation rates in a chimpanzee family trio by ultra deep whole genome sequencing

Yasuhiro Go, Shoji Tatsumoto, Kentaro Fukuta, Hideki Noguchi, Masaki Tomonaga, Hirohisa Hirai, Tetsuro Matsuzawa, Kiyokazu Agata, Asao Fujiyama

GENES & GENETIC SYSTEMS 89(6) 315-315 2014年12月
シーラカンスゲノムのアノテーション (特集シーラカンス研究最前線) -- (ゲノム)

野口英樹, 豊田敦, 藤山秋佐夫

遺伝 : 生物の科学 68(3) 251-255 2014年5月
ヒトと霊長類の比較ゲノム：近縁種との比較から見るヒトゲノムの特徴

黒木陽子, 野口英樹, 豊田敦, 藤山秋佐夫

細胞工学別冊 43-49 2008年12月
ヒトゲノム配列決定の内容と意義ヒトとチンパンジーの比較ゲノム (ゲノムから生命システムへ) -- (ゲノムから人間)

黒木陽子, 豊田敦, 野口英樹

蛋白質核酸酵素 50(16) 2072-2077,2031 2005年12月
ゲノムから読み解く生命システム--比較ゲノムからのアプローチ(第2回)ヒトと霊長類の比較ゲノム:近縁種との比較から見るヒトゲノムの特徴

黒木陽子, 野口英樹, 豊田敦

細胞工学 24(9) 978-983 2005年9月
比較ゲノム解析による機能領域の同定 (ゲノムネットワーク) -- (横断的解析方法とデータゲノムネットワークのインフォマティクス)

野口英樹

蛋白質核酸酵素 49(17) 2902-2908 2004年12月
ゲノムシークエンス時代における「比較ゲノム学」--ヒトゲノム配列の完全解読に向けて (特集ヒトゲノム--解読を終えて)

豊田敦, 野口英樹

ゲノム医学 3(6) 655-660 2003年12月
ヒトゲノムプロジェクト--概要配列の解析結果と今後の課題 (バイオインフォマティクス)

野口英樹, 豊田敦

医学のあゆみ 200(8) 586-590 2002年2月23日
Regulation of initiation of DNA replication from multiple replication origins on a single chromosome.

Y Katoh, H Noguchi, T Yada, S Mori, M Hiraoka, Y Sakaki, H Yoshikawa, K Shirahige

YEAST 18 S43-S43 2001年8月

講演・口頭発表等

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気候変動がもたらす生態学的機会:ニューカレドニア産Oxera属の適応放散

坂野慧悟, 池田隆介, 河合良弥, 伊藤僚祐, 野口英樹, 寺内真, GATEBLE Gildas, 陶山佳久, 井鷺裕司

日本森林学会大会学術講演集 2025年
群馬県と関東山地におけるニホンカモシカの遺伝的特徴

田中和明, 炭山大輔, 高田隼人, 野口英樹, 鈴木聡, 中村圭太, 姉崎智子

ぐんまの自然の「いま」を伝える報告会要旨集(Web) 2025年
細胞内および生体内における概日転写回路の強制振動

飯塚康介, 飯塚康介, 飯塚康介, 王幸慈, 中根達人, 久野将也, 久野将也, 久野将也, 磯部一朗, 森岡絵里, 小野大輔, 鹿島誠, 榎木亮介, 野口英樹, 池田真行, 粂和彦, 金尚宏, 金尚宏, 金尚宏

時間生物学 2025年
関節リウマチモデルマウスのパンヌス由来未分化CD146^mid/high細胞の統合解析から見出された特徴的な血管内皮細胞集団の同定

金澤智, 三浦陽子, ミラドナディア, 小杉俊一, 野口英樹

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2025年
tRNAエピコードの破綻による分解の分子機構と感受性の細胞間差異

三好啓太, 三好啓太, 大坪希偉人, 大坪希偉人, 金子隼也, 寺内真, 鳩山雄基, 野口英樹, 鐘巻将人, 鐘巻将人, 鐘巻将人, 齋藤都暁, 齋藤都暁

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2025年
観賞魚品種(メダカ・ニシキゴイ)のGWAS解析による体色を制御する分子機構の理解

大森義裕, 大森義裕, 今鉄男, 湯瑞, 今(南條)琴, 伏木宗一郎, 富原壮真, 富原壮真, 竹花佑介, 豊田敦, 野口英樹, 野口英樹, 馬渕浩司, 成瀬清

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2025年
動物におけるXrn2依存的tRNA分解経路の解明

三好啓太, 三好啓太, 大坪希偉人, 大坪希偉人, 金子隼也, 寺内真, 鳩山雄基, 野口英樹, 鐘巻将人, 鐘巻将人, 齋藤都暁, 齋藤都暁

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2025年
真核生物におけるリードマッピング非依存的なゲノムガイド型RNA-seqアセンブラの開発と応用

寺内真, 野口英樹

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2025年
観賞メダカ品種のゲノムワイド関連解析(GWAS)による多様な表現型の遺伝的基盤

大森義裕, 湯瑞, 伏木宗一郎, 今鉄男, 今(南條)琴, 豊田敦, 福多賢太郎, 野口英樹, 成瀬清

日本水産学会大会講演要旨集(CD-ROM) 2024年
個体群動態が語る適応放散-ニューカレドニアのシソ科Oxera属における種間比較-

坂野慧悟, 池田隆介, 河合良弥, 伊藤僚祐, 野口英樹, 寺内真, GATEBLE Gildas, 陶山佳久, 井鷺裕司

日本生態学会大会講演要旨(Web) 2024年
集団ゲノミクスによる観賞メダカ品種の起源と多様な表現型の遺伝的基盤の解明

今鉄男, 湯瑞, 伏木宗一郎, 今琴, 馬渕浩司, 野口英樹, 豊田敦, 成瀬清, 大森義裕, 大森義裕

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2024年
真核生物におけるマッピングフリーかつ高速なRNA-seqアセンブラの開発と応用

寺内真, 野口英樹

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2024年
キンギョにおける眼周辺の浮腫形成機構の理解

高橋太一, 吉見紳吾, 永野惇, 野口英樹, 豊田敦, 大森義裕, 大森義裕

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2024年
キンギョの茶色変異をモデルとした体色形成機構の解明

佐藤優里奈, 湯瑞, 伏木宗一郎, 松本沙織, 吉見紳吾, 永野惇, 野口英樹, 豊田敦, 大森義裕, 大森義裕

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2024年
概日転写回路の強制振動

飯塚康介, 飯塚康介, 王幸慈, 王幸慈, 王幸慈, 中根達人, 久野将也, 久野将也, 磯部一朗, 森岡絵里, 小野大輔, 鹿島誠, 榎木亮介, 野口英樹, 池田真行, 粂和彦, 金尚宏, 金尚宏, 金尚宏

時間生物学 2024年
キンギョ鱗形態変異体を用いた鱗発生と再生メカニズムの理解

松本沙織, 湯瑞, 伏木宗一郎, 村宮一紀, 永野惇, 野口英樹, 豊田敦, 大森義裕, 大森義裕

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2024年
マウスの長鎖ゲノム解析から見えてきた構造多型の分布

高田豊行, 宮澤秀幸, 豊田敦, 豊田敦, 天野孝紀, 田村勝, 吉木淳, 阿部訓也, 城石俊彦, 野口英樹, 野口英樹, 桝屋啓志

日本遺伝学会大会プログラム要旨集(CD-ROM) 2024年
家畜化されたキンギョ(Carassius auratus)の形態形成と行動変化に対するゲノムワイド関連解析(GWAS)

大森義裕, 大森義裕, 松本沙織, 藤本拓巳, 今鉄男, 湯瑞, 吉見紳吾, 今琴, 伏木宗一郎, 永野惇, 野口英樹, 豊田敦

日本生化学会大会(Web) 2024年
適応放散を遂げたシソ科Oxera属における隠蔽種の進化史推定

池田隆介, 陶山佳久, GATABLE Gildas, 寺内真, 野口英樹, 野口英樹, 井鷺裕司

日本生態学会大会講演要旨(Web) 2023年
多様なメダカ品種を用いたヒレの骨格形成機構の解明

TANG Rui, 今鉄男, 今鉄男, 福多賢太郎, 伏木宗一郎, 今琴, 野口英樹, 豊田敦, 豊田敦, 成瀬清, 大森義裕

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 2023年

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共同研究・競争的資金等の研究課題

先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(学術研究支援基盤形成) 2022年4月 - 2028年3月

黒川顕, 川嶋実苗, 豊田敦, 鈴木穣, 林哲也, 中村保一, 森宙史, 野口英樹, 浅井潔, 岩崎渉, 森下真一, 笠原雅弘, 伊藤武彦, 瀬々潤, 中谷明弘, 島村徹平, 波江野洋, 熊谷雄太郎, 高橋弘喜, 平川英樹, 浜田道昭, 山田拓司
嘔吐するモデル動物スンクスを用いた手術後悪心嘔吐の脳内機序の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2026年3月

杉野繁一, 三好一郎, 紺野大輔, 野口英樹
嘔吐するモデル動物スンクスを用いた手術後悪心嘔吐の脳内機序の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2021年4月 - 2026年3月

杉野繁一, 三好一郎, 野口英樹, 紺野大輔
先進ゲノム解析研究推進プラットフォーム

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究（研究領域提案型）『学術研究支援基盤形成』新学術領域研究（研究領域提案型）『学術研究支援基盤形成』 2016年 - 2021年

小原雄治, 加藤和人, 川嶋実苗, 豊田敦, 鈴木穣, 三井純, 林哲也, 時野隆至, 黒川顕, 中村保一, 野口英樹, 高木利久, 岩崎渉, 森下真一, 浅井潔, 笠原雅弘, 伊藤武彦, 山田拓司, 小椋義俊, 久原哲, 高橋弘喜, 瀬々潤, 榊原康文
「個」のゲノム科学を実現するための統合的技術基盤の開発研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2013年10月 - 2016年3月

藤山秋佐夫, 伊藤武彦, 豊田敦, 野口英樹, 福多賢太郎, 辰本将司, 郷康広, 石田貴文, 黒木陽子
ゲノム科学の総合的推進に向けた大規模ゲノム情報生産・高度情報解析支援

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2010年4月 - 2016年3月

小原雄治, 加藤和人, 豊田敦, 黒木陽子, 菅野純夫, 鈴木穣, 林哲也, 山本健, 辻省次, 井ノ上逸朗, 黒川顕, 森下真一, 中村保一, 田畑哲之, 久原哲, 岩崎渉, 瀬々潤, 高橋弘喜, 浅井潔, 笠原雅弘, 榊原康文, 矢田哲士, 山縣然太朗, 武藤香織, 位田隆一, 増井徹, 栗山真理子, 高木利久, 藤山秋佐夫, 服部正平, 小椋義俊, 徳永勝士, 桑野良三, 大橋順, 伊藤武彦, 平川英樹, 野口英樹, 松岡聡, 小笠原直毅, 中村建介, 浜田道昭, 金谷重彦, 安西祐一郎, 岡田清孝, 榊佳之, 高久史麿, 豊島久真男, 中村桂子, 堀田凱樹, 米澤明憲, 吉川寛, 吉田光昭, 猪子英俊, 戸田達史, 稲澤譲治, 五條掘孝, 漆原秀子, 武田洋幸, 城石俊彦, 伊藤隆司, 佐藤矩行, 松田秀雄, 五斗進, 津田雅孝, 桑野良三, 徳永勝士, 小笠原直毅
ヘテロ接合性を考慮した次世代シークエンサ用ゲノムアセンブラ／遺伝子予測手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2012年4月 - 2015年3月

伊藤武彦, 野口英樹, 丸山治彦
真菌を含む微生物メタゲノムからの遺伝子予測および種分類

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2010年 - 2011年

野口英樹
大規模ゲノム情報の比較技術と知識発見

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2005年 - 2009年

矢田哲士, 野口秀樹
網羅的DNA-蛋白相互作用データに基づく染色体のモデル表現

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2003年 - 2005年

白髭克彦, 坂東優篤, 矢田哲士, 市瀬夏洋, 野口英樹
比較ゲノム解析および遺伝子発現プロファイルに基づいたプロモータ情報構造の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2004年 - 2004年

野口英樹
真核生物染色体のS期に於ける動態の全て―出芽酵母第六染色体をモデルとして

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 1999年 - 2003年

白髭克彦, 野口英樹, 坂東優篤, 小布施力史
比較ゲノム解析をベースとした機能領域探索法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2002年 - 2002年

豊田敦, 野口英樹

野口英樹

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