阿久津達也 (Tatsuya Akutsu) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学化学研究所教授

学位: 工学博士(東京大学)

J-GLOBAL ID: 201401096521596568
researchmap会員ID: 7000008292

外部リンク: http://www.bic.kyoto-u.ac.jp/takutsu/members/takutsu/japanese.html

[略歴]
1989年3月東京大学大学院工学系研究科情報工学専攻博士課程修了（工学博士）
1989年4月～1994年3月通商産業省工業技術院機械技術研究所研究員
1994年4月～1996年3月群馬大学工学部情報工学科助教授
1996年4月～2001年9月東京大学医科学研究所ヒトゲノム解析センター助教授
2001年2月～2001年8月カリフォルニア大学バークレー校客員研究員
2001年11月～2003年3月京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻併任教授
2001年11月～2003年3月京都大学大学院情報学研究科知能情報学専攻併任教授
2001年10月～京都大学化学研究所バイオインフォマティクスセンター教授
2020年4月～国立情報学研究所客員教授

[研究分野]
バイオインフォマティクス、離散アルゴリズム、複雑ネットワーク、ニューラルネットワーク

研究分野

経歴

2001年10月 - 現在

京都大学, 化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター, 教授
1996年4月 - 2001年9月

東京大学, 医科学研究所附属ヒトゲノム解析センター, 助教授
1994年4月 - 1996年3月

群馬大学, 工学部情報工学科, 助教授
1989年4月 - 1994年3月

通商産業省工業技術院機械技術研究所, 研究員

学歴

1986年4月 - 1989年3月

東京大学, 大学院工学系研究科, 情報工学専攻
1984年4月 - 1986年3月

東京大学, 大学院工学系研究科, 航空学専門課程
1980年4月 - 1984年3月

東京大学, 工学部, 航空学科

受賞

2025年6月

研究会優秀賞, 線形関数およびReLU関数に基づく自己符号化器による実数ベクトルの圧縮に必要な頂点数について, 人工知能学会

SUN, Liangjie,WU, Chenyao(京都大学),CHING, Wai-Ki(香港大学),阿久津達也(京都大学
2022年9月

2022年度日本バイオインフォマティクス学会賞, 生体ネットワークの推定と制御に関する数理的・先駆的研究, 日本バイオインフォマティクス学会

阿久津達也

論文

190

Enhancing epidemic forecasting with a physics-informed spatial identity neural network.

Satoki Fujita, Tatsuya Akutsu

PloS one 20(9) e0331611 2025年9月査読有り最終著者
A dynamic programming algorithm for generating chemical isomers based on frequency vectors.

Ryota Ido, Naveed Ahmed Azam, Jianshen Zhu, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu

Scientific reports 15(1) 22214-22214 2025年7月1日査読有り最終著者
A Method for Computing the Minimum Common Feedback Set for a Multilayer Network and Its Application to Analysis of Biological Data

Nakashima Shogo, Mori Tomoya, Li Ruiming, Akutsu Tatsuya

Journal of Information Processing 33 345-356 2025年6月査読有り最終著者
A unified approach to inferring chemical compounds with the desired aqueous solubility

Muniba Batool, Naveed Ahmed Azam, Jianshen Zhu, Kazuya Haraguchi, Liang Zhao, Tatsuya Akutsu

Journal of Cheminformatics 17(1) 2025年3月26日査読有り最終著者
On the Size and Width of the Decoder of a Boolean Threshold Autoencoder.

Tatsuya Akutsu, Avraham A. Melkman

IEEE Trans. Neural Networks Learn. Syst. 36(2) 3855-3862 2025年2月査読有り筆頭著者責任著者
Quadratic descriptors and reduction methods in a two-layered model for compound inference

Jianshen Zhu, Naveed Ahmed Azam, Shengjuan Cao, Ryota Ido, Kazuya Haraguchi, Liang Zhao, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu

Frontiers in Genetics 15 2025年1月29日査読有り最終著者
On the Compressive Power of Autoencoders With Linear and ReLU Activation Functions.

Liangjie Sun, Chenyao Wu, Wai-Ki Ching, Tatsuya Akutsu

Neural computation 37(2) 235-259 2025年1月21日査読有り最終著者責任著者
Unsupervised Dual Deep Hashing With Semantic-Index and Content-Code for Cross-Modal Retrieval.

Bin Zhang 0050, Yue Zhang 0045, Junyu Li 0001, Jiazhou Chen, Tatsuya Akutsu, Yiu-Ming Cheung, Hongmin Cai

IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell. 47(1) 387-399 2025年1月査読有り
SFM-Net: Selective Fusion of Multiway Protein Feature Network for Predicting Binding Affinity Changes upon Mutations.

Chunting Liu, Sudong Cai, Tong Pan, Hiroyuki Ogata, Jiangning Song, Tatsuya Akutsu

J. Chem. Inf. Model. 65(7) 3854-3865 2025年査読有り最終著者責任著者
Distributed Pinning Control: Stabilizing Large Boolean Networks Subjected to Perturbations.

Qinyao Pan, Jie Zhong, Tatsuya Akutsu, Yang Liu 0040, Rongjian Liu

IEEE Transactions on Cybernetics 54(11) 7094-7102 2024年11月査読有り
A Method for Inferring Polymers Based on Linear Regression and Integer Programming

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 21(6) 1623-1632 2024年11月査読有り最終著者
A practically efficient algorithm for identifying critical control proteins in directed probabilistic biological networks.

Yusuke Tokuhara, Tatsuya Akutsu, Jean-Marc Schwartz, Jose C Nacher

NPJ systems biology and applications 10(1) 87-87 2024年8月12日査読有り
Target control of linear directed networks based on the path cover problem.

Wataru Someya, Tatsuya Akutsu, Jose C Nacher

Scientific reports 14(1) 16881-16881 2024年7月23日査読有り
Analysis of Carcinogenic Involvement of MicroRNA Pattern in Peripheral Non-Cancerous Tissues and Chronic Viral Liver Injury.

Tomohiro Umezu, Tomoya Mori, Hidenori Toyoda, Kohsuke Kanekura, Akihiro Tamori, Takahiro Ochiya, Masahiko Kuroda, Tatsuya Akutsu, Yoshiki Murakami

International journal of molecular sciences 25(14) 2024年7月18日査読有り
Accurate multi-view clustering to seek the cross-viewed yet uniform sample assignment via tensor feature matching.

Yue Zhang, Wuxiu Quan, Tatsuya Akutsu, Li Liu 0031, Hongmin Cai, Bin Zhang 0050

Inf. Sci. 664 120305-120305 2024年4月査読有り
On the Generative Power of ReLU Network for Generating Similar Strings.

Mamoona Ghafoor, Tatsuya Akutsu

IEEE Access 12 52603-52622 2024年4月査読有り最終著者責任著者
Measuring criticality in control of complex biological networks.

Wataru Someya, Tatsuya Akutsu, Jean-Marc Schwartz, Jose C Nacher

NPJ systems biology and applications 10(1) 9-9 2024年1月20日査読有り
Cycle-Configuration: A Novel Graph-theoretic Descriptor Set for Molecular Inference.

Bowen Song, Jianshen Zhu, Naveed Ahmed Azam, Kazuya Haraguchi, Liang Zhao 0013, Tatsuya Akutsu

BIBM 856-859 2024年査読有り最終著者
Molecular Design Based on Integer Programming and Splitting Data Sets by Hyperplanes.

Jianshen Zhu, Naveed Ahmed Azam, Kazuya Haraguchi, Liang Zhao 0013, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 21(5) 1529-1541 2024年査読有り最終著者
DiCleave: a deep learning model for predicting human Dicer cleavage sites.

Lixuan Mu, Jiangning Song, Tatsuya Akutsu, Tomoya Mori

BMC Bioinform. 25(1) 13-13 2024年1月査読有り

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MISC

111

遺伝子ネットワークの離散数理モデル—Discrete Mathematical Models of Genetic Networks—小特集ネットワークの数理モデル

阿久津達也

電子情報通信学会誌 = The journal of the Institute of Electronics, Information and Communication Engineers 108(3) 243-248 2025年3月招待有り筆頭著者責任著者
バイオインフォマティクス

阿久津達也

情報の科学と技術 71(6) 247-251 2021年6月招待有り筆頭著者最終著者責任著者
シングルセルデータを用いた共発現遺伝子ネットワークと排他的発現遺伝子の推定手法

仲嶋なつ, 阿久津達也, 中戸隆一郎

細胞 52(13) 758-760 2020年11月招待有り
Analysis of Boolean Networks and Boolean Models of Metabolic Networks

Tatsuya Akutsu

Application of Omics, AI and Blockchain in Bioinformatics Research (Book Chapter) 2019年11月招待有り筆頭著者最終著者責任著者
On the minimum number of genes required for discriminating steady states under a Boolean model

Cheng Xiaoqing, Tamura Takeyuki, Ching Wai-Ki, Akutsu Tatsuya

情報処理学会第51回バイオ情報学研究会 2017年9月
A short review of methods for Caspase cleavage site prediction.

情報処理学会第51回バイオ情報学研究会 2017年9月
最小支配集合に基づく有向生体ネットワーク解析のための高速アルゴリズム

石塚雅之, 阿久津達也, ナチェルホセ

情報処理学会バイオ情報学研究会 2017年6月
数理と人工知能技術によるゲノム情報と化学情報の解析

阿久津達也

海洋化学研究 29(2) 85‐91-91 2016年11月12日
Exact Identification of the Structure of a Probabilistic Boolean Network from Samples

Xiaoqing Cheng, Tomoya Mori, Yushan Qiu, Wai-Ki Ching, Tatsuya Akutsu

IEEE-ACM TRANSACTIONS ON COMPUTATIONAL BIOLOGY AND BIOINFORMATICS 13(6) 1107-1116 2016年11月
Enumerating Naphthalene Isomers of Tree-like Chemical Graphs.

Fei He, Akiyoshi Hanai, 永持仁, Tatsuya Akutsu

BIOINFORMATICS 3 258-265 2016年2月査読有り
文字列データの統計的クラスタリングのためのLaplace様混合モデルとEMアルゴリズムの理論

小谷野仁, 林田守広, 阿久津達也

日本応用数理学会年会講演予稿集(CD-ROM) 2015 ROMBUNNO.9GATSU9NICHI,13:30,F,1 2015年9月2日
根付き順序木の圧縮における分割型文法とオイラー文字列との比較

劉立偉, 森智弥, 趙楊, 林田守広, 阿久津達也

電子情報通信学会技術研究報告 115(112(IBISML2015 1-26)) 245-246 2015年6月16日
文字列の集合上のLaplace様混合モデルとEMアルゴリズムに基づく文字列クラスタリング

小谷野仁, 林田守広, 阿久津達也

電子情報通信学会技術研究報告 115(112(IBISML2015 1-26)) 131-136 2015年6月16日
Network Completion for Static Gene Expression Data

Natsu Nakajima, Tatsuya Akutsu

研究報告バイオ情報学（BIO） 2015(7) 1-4 2015年3月13日
non-coding RNA-タンパク質相互作用ネットワークとその制御性の特徴分析

香々見春菜, 阿久津達也, ナチェルホセ

研究報告バイオ情報学（BIO） 2014(7) 1-2 2014年12月11日
タンパク質ドメイン構成に基づくプロテオーム圧縮

林田守広, 阮佩穎, 阿久津達也

研究報告数理モデル化と問題解決（MPS） 2014(11) 1-2 2014年9月18日
A-008 On Observability of Steady States in a Boolean Network

Akutsu Tatsuya, Tamura Takeyuki

情報科学技術フォーラム講演論文集 13(1) 57-58 2014年8月19日
Prediction of Heterotrimeric Protein Complexes by Two-phase Learning Using Neighboring Kernels (情報論的学習理論と機械学習)

RUAN PEIYING, HAYASHIDA MORIHIRO, MARUYAMA OSAMU, AKUTSU TATSUYA

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 114(105) 157-161 2014年6月25日
文字列の距離空間上の最大マージン識別器とそのタンパク質科学への応用 (情報論的学習理論と機械学習)

小谷野仁, 林田守広, 阿久津達也

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 114(105) 75-82 2014年6月25日
Grammar-based Compression for Multiple Trees Using Integer Programming

ZHAO YANG, HAYASHIDA MORIHIRO, CAO YUE, HWANG JAEWOOK, AKUTSU TATSUYA

電子情報通信学会技術研究報告. IBISML, 情報論的学習理論と機械学習 114(105) 163-164 2014年6月18日

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書籍等出版物

バイオインフォマティクスのための人工知能入門 : 基礎から行列・テンソル分解/深層学習まで

阿久津, 達也

朝倉書店 2024年5月 (ISBN: 9784254122985)
複雑ネットワークと制御理論

阿久津, 達也、ホセ・ナチェル (担当:共著)

森北出版 2023年6月 (ISBN: 9784627818811)
バイオインフォマティクス : Pythonによる実践レシピ

阿久津, 達也, 竹本, 和広(共訳)

朝倉書店 2020年8月 (ISBN: 9784254122541)
Algorithms for Analysis, Inference, and Control of Boolean Networks

阿久津達也

World Scientific 2018年4月
Sequence alignment algorithms: Applications to glycans and trees and tree-like structures

Akutsu T

Handbook of Chemoinformatics Algorithms , , 363-381 2010年
バイオインフォマティクスー配列データ解析と構造予測ー

阿久津達也

朝倉書店 2007年5月
バイオインフォマティクスの数理とアルゴリズム

丸山修, 阿久津達也 (担当:共著)

共立出版 2007年2月
バイオインフォマティクス ―確率モデルによる遺伝子配列解析ー

阿久津達也, 浅井潔, 矢田哲士 (担当:共訳)

2001年3月

講演・口頭発表等

アトラクターに基づくブーリアンネットワークの解析法

2025年度数理生物学会年会 2025年7月8日招待有り
生体ネットワークの観測と制御の数理：離散モデルを中心として

阿久津達也

未踏科学研究ユニット「相互作用トポロジー」キックオフシンポ 2025年4月21日
線形関数およびReLU関数に基づく自己符号化器による実数ベクトルの圧縮に必要な頂点数について

Sun Liangjie, Wu Chenyao, Ching Wai-Ki, 阿久津達也

人工知能学会第131回人工知能基本問題研究会 2025年1月15日
機械学習と混合整数線形計画法に基づいた化合物推定

原口和也, 朱見深, アザムナビードアフマド, 趙亮, 阿久津達也

スケジューリング・シンポジウム2024 2024年9月17日
線形閾値関数に基づく自己符号化器における復号化器の頂点数について

阿久津達也, Melkman Avraham

人工知能学会第129回人工知能基本問題研究 2024年9月5日
生成AIの進展と分子設計への応用

阿久津達也

The First Workshop on Graph Learning and Applications 2024年8月3日招待有り
Analysis of Biological Networks Using Graph Theoretic Concepts

Tatsuya Akutsu

2024 16th International Conference on Bioinformatics and Biomedical Technology 2024年5月25日招待有り
On the Number of Nodes in Autoencoders with Linear Threshold Activation Functions and Random Forests

Tatsuya Akutsu

Prediction Science Seminar (RIKEN) 2024年2月2日招待有り
ランダムフォレストとMILPを用いた化合物推定法

武智将平, 朱見深, アザムナビードアフマド, 原口和也, 趙亮, 阿久津達也

2023年日本オペレーションズ・リサーチ学会秋季研究発表会 2023年9月14日
Graph Theoretic Approaches to Analysis of Biological Networks

阿久津達也

2023 13th International Conference on Biomedical Engineering and Technology (ICBET 2023) 2023年6月16日招待有り
On the Complexity of Tree Edit Distance with Variables

阿久津達也

2022年12月19日
生体ネットワークの推定と制御のための数理とアルゴリズム

阿久津達也

第11回生命医薬情報学連合大会 2022年9月15日招待有り
Network-based Approaches to Identification of Important Genes and Proteins

Tatsuya Akutsu

2022 10th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology (ICBCB 2022) 2022年5月14日招待有り
On the Compressive Power of Boolean Threshold Autoencoders

Tatsuya Akutsu

The 1st Online Conference on Algorithms 2021年9月27日招待有り
Control and Observation of Boolean Networks when Targets are Restricted to Attractors

Tatsuya Akutsu

Modeling and Control of Boolean Dynamical Systems (Workshop in European Control Conference 2021) 2021年6月29日招待有り
Graph Theoretic Approaches to Analysis and Control of Biological Networks

Tatsuya Akutsu

2021 IEEE the 9th International Conference on Bioinformatics and Computational Biology 2021年5月21日招待有り
A New Integer Linear Programming Formulation to the Inverse QSAR/QSPR for Acyclic Chemical Compounds Using Skeleton Trees

Fan Zhang, Jianshen Zhu, Rachaya Chiewvanichakorn, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu

33rd International Conference on Industrial, Engineering and Other Applications of Applied Intelligent Systems 2020年9月24日
A Novel Method for the Inverse QSAR/QSPR based on Artificial Neural Networks and Mixed Integer Linear Programming with Guaranteed Admissibility

Naveed Ahmed AzamRachaya Chiewvanichakorn, Fan Zhang, Aleksandar Shurbevski, Hiroshi Nagamochi, Tatsuya Akutsu

13th International Joint Conference on Biomedical Engineering Systems and Technologies (BIOSTEC 2020) 2020年2月24日
Breast cancer subtype by imbalanced omics data through a deep learning fusion model

J. Zeng, H. Cai, T. Akutsu

10th International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB 2020) 2020年1月21日
Procleave: A Bioinformatic Approach for Protease-specific Substrate Cleavage Site Prediction by Combining Sequence and Structural Information

Fuyi Li, Tatsuya Akutsu, Jian Li, Jiangning Song

10h International Conference on Bioscience, Biochemistry and Bioinformatics (ICBBB2020) 2020年1月21日

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共同研究・競争的資金等の研究課題

複雑生物情報ネットワークの可制御性解析：シングルセルから細胞間相互作用まで

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2025年4月 - 2029年3月

ナチェルホセ, 阿久津達也
離散原像問題の深化と展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2022年4月 - 2027年3月

阿久津達也, 永持仁, 原口和也, 細川浩
一細胞遺伝子発現データを用いた細胞個別化制御手法

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2023年11月 - 2026年3月

阿久津達也, SUN LIANGJIE
複数生体ネットワークの定常状態の解析と制御

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2022年6月 - 2025年3月

阿久津達也
離散原像問題の解析と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2018年4月 - 2023年3月

阿久津達也, 永持仁, 細川浩
汎がんモジュールとネットワーク解析による制御部分ネットワークの同定

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2017年11月 - 2020年3月

阿久津達也, LIN CHUN-YU
離散的手法と統計的手法の融合による構造設計法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2014年4月 - 2019年3月

阿久津達也, 林田守広, 永持仁, 細川浩, 前川真吾
複雑ネットワークに対する構造的に頑健な制御手法

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2018年3月

阿久津達也
データ融合によるタンパク質切断解析および疾患との関連性発見

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2015年11月 - 2017年3月

阿久津達也, MARINI SIMONE
離散的手法とカーネル法の融合による構造設計法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2010年4月 - 2015年3月

阿久津達也, 永持仁, 川端猛夫, 林田守広
複雑生体ネットワークの離散モデルに基づく制御

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2010年 - 2012年

阿久津達也
複雑生体構造のデータ圧縮を通じた発生原理の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2007年 - 2009年

阿久津達也
グラフ理論とカーネル法の融合による化学構造設計法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2007年 - 2009年

阿久津達也, 川端猛夫, 林田守広, 永持仁
生物情報ネットワークの構造および動的挙動の数理解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2005年 - 2009年

阿久津達也, 五斗進, 望月敦史, 時田恵一郎
熱ショックタンパク質解析のための機械学習手法

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2007年 - 2008年

阿久津達也, SONG Jiangning, SUNG Jiangning
生命システムの統合的理解のための生物情報ネットワークの構造および動的挙動解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2005年 - 2007年

阿久津達也, JOSE Carlos Nacher Diez
構造を持つ生物情報データからの共通パターン抽出法

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2004年 - 2006年

阿久津達也, 宮野悟, 丸山修, 上田展久, 林田守広
プロテオーム解析データからの知識発見に関する情報科学的基礎付け

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2003年 - 2005年

宮野悟, 大海忍, 阿久津達也, 井元清哉, 坂内英夫
ゲノム統合データベースからの知識発見

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2000年 - 2004年

森下真一, 後藤修, 土井晃一郎, 瀬々潤, 西田友是, 阿久津達也, 松田秀雄
高度データベースの構築と検索

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2000年 - 2004年

五斗進, 阿久津達也, 佐藤賢二, 服部正泰, 奥野恭史

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阿久津達也

基本情報

研究分野

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学歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

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