馬見塚拓 (Hiroshi Mamitsuka) - マイポータル

基本情報

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-6607-5617
J-GLOBAL ID: 201401016443401433
researchmap会員ID: 7000008516

外部リンク: http://www.bic.kyoto-u.ac.jp/pathway/mami

研究キーワード

研究分野

情報通信 / 知能情報学 /

経歴

2005年4月 - 現在

京都大学, 化学研究所附属バイオインフォマティクスセンター
2002年4月 - 2005年3月

京都大学, 化学研究所寄附研究部門
1991年4月 - 2002年3月

日本電気株式会社

委員歴

104

2025年11月 - 2025年11月

34th ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM 2025), Senior Program Committee Member
2024年10月 - 2024年10月

33rd ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM 2024), Senior Program Committee Member
2023年10月 - 2023年10月

32nd ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM 2023), Senior Program Committee Member
2023年9月 - 2023年9月

European Conference on Machine Learning and Knowledge Discovery in Databases (ECML PKDD 2023), Program Committee Member
2023年8月 - 2023年8月

29th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2023), Program Committee Member
2023年7月 - 2023年7月

Fortieth International Conference on Machine Learning (ICML 2023), Program Committee Member
2022年10月 - 2022年10月

31st ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM 2022), Senior Program Committee Member
2022年8月 - 2022年8月

28th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2022), Program Committee Member
2022年4月 - 2022年4月

Tenth International Conference on Learning Representations (ICLR 2022), Program Committee Member
2022年2月 - 2022年3月

Thirty-Sixth AAAI Conference on Artificial Intelligence (AAAI 2022), Program Committee Member
2021年11月 - 2021年11月

30th ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM 2021), Program Committee Member
2021年8月 - 2021年8月

27th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2021), Program Committee Member
2021年5月 - 2021年5月

Ninth International Conference on Learning Representations (ICLR 2021), Program Committee Member
2021年2月 - 2021年2月

Thirty-Fifth AAAI Conference on Artificial Intelligence (AAAI 2021), Program Committee Member
2021年1月 - 2021年1月

29th International Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI 2020), Program Committee Member
2020年12月 - 2020年12月

2020 IEEE International Conference on Big Data (IEEE Big Data 2020), Program Committee Member
2020年11月 - 2020年11月

20th IEEE International Conference on Data Mining (ICDM 2020), Program Committee Member
2020年10月 - 2020年10月

29th ACM International Conference on Information and Knowledge Management (CIKM 2020), Program Committee Member
2020年8月 - 2020年8月

26th ACM SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2020), Program Committee Member
2020年2月 - 2020年2月

34th AAAI Conference on Artificial Intelligence (AAAI 2020), Program Committee Member

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受賞

2018年12月

SCI Awards 2018: Innovation of the Year, Using Machine Learning to Tackle the Impending Food Crisis, School of Science, Aalto University

Jussi Gilberg, Pekka Marttinen, Hiroshi Mamitsuka, Samuel kaski
2014年11月

Best performer, The Broad-DREAM Gene Essentiality Prediction Challenge, Sub-Challenge 1, Dream Challenges

Team BERL, Masayuki Krasuyama, Hiroshi Mamitsuka
2014年2月

IEEE Kansai Section Medal, IEEE Kansai Section

Hiroshi Mamitsuka
2009年

Service Award, Program Committee Co-chair of the 9th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering, IEEE Computer Society

Hiroshi Mamitsuka

論文

237

Clinical Key Features Uncovered by Blood Eosinophilia-Based Machine Learning Classification of Chronic Rhinosinusitis.

Masaaki Ishikawa, Zhiqian Jiang, Canh Hao Nguyen, Hiroatsu Hatsukawa, Hiroshi Mamitsuka

International forum of allergy & rhinology 2025年12月4日
Machine learning for predicting drug–drug interactions: Graph neural networks and beyond

Peter Petschner, Anh Duc Nguyen, Canh Hao Nguyen, Hiroshi Mamitsuka

Current Opinion in Systems Biology 42 100551-100551 2025年12月査読有り最終著者
Beyond rigid docking: deep learning approaches for fully flexible protein–ligand interactions

John Lee, Canh Hao Nguyen, Hiroshi Mamitsuka

Briefings in Bioinformatics 26(5) 2025年8月31日査読有り最終著者
Multiple Wasserstein Gradient Descent Algorithm for Multi-Objective Distributional Optimization.

Dai Hai Nguyen, Hiroshi Mamitsuka, Atsuyoshi Nakamura

Proceedings of the 41st Conference on Uncertainty in Artificial Intelligence (UAI 2025) 2025年8月査読有り
Uncovering Key Features for Predicting Comorbid Chronic Eosinophilic Pneumonia in Chronic Rhinosinusitis via Machine Learning

Masaaki Ishikawa, Zhiqian Jiang, Canh Hao Nguyen, Hiroatsu Hatsukawa, Tomoyuki Hirai, Hirotaka Matsumoto, Emiko Saito, Kouya Okazaki, Kazuo Endo, Satoru Terada …

International Forum of Allergy & Rhinology 15 2025年5月30日査読有り最終著者
The interictal transcriptomic map of migraine without aura

Peter Petschner, Sahel Kumar, Duc A. Nguyen, Dora Torok, Zsofia Gal, Daniel Baksa, Kinga Gecse, Gyongyi Kokonyei, Hiroshi Mamitsuka, Gabriella Juhasz

The Journal of Headache and Pain 26(1) 109 2025年5月12日査読有り
Wasserstein Gradient Flow over Variational Parameter Space for Variational Inference

Dai Hai Nguyen, Tetsuya Sakurai, Hiroshi Mamitsuka

Proceedings of the 28th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS 2025) 1756-1764 2025年5月査読有り最終著者
GORetriever: reranking protein-description-based GO candidates by literature-driven deep information retrieval for protein function annotation

Huiying Yan, Shaojun Wang, Hancheng Liu, Hiroshi Mamitsuka, Shanfeng Zhu

Bioinformatics 40(Supplement_2) ii53-ii61 2024年9月1日査読有り
Learning Low-Rank Tensor Cores with Probabilistic ℓ0-Regularized Rank Selection for Model Compression

Tianxiao Cao, Lu Sun, Canh Hao Nguyen, Hiroshi Mamitsuka

Proceedings of the Thirty-ThirdInternational Joint Conference on Artificial Intelligence (IJCAI 2024) 3780-3788 2024年8月査読有り最終著者
Central-Smoothing Hypergraph Neural Networks for Predicting Drug–Drug Interactions

Duc Anh Nguyen, Canh Hao Nguyen, Hiroshi Mamitsuka

IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems 35(8) 11620-11625 2024年8月査読有り最終著者
Graph Network-Based Simulation of Multicellular Dynamics Driven by Concentrated Polymer Brush-Modified Cellulose Nanofibers

Chiaki Yoshikawa, Duc Anh Nguyen, Tadashi Nakaji-Hirabayashi, Ichigaku Takigawa, Hiroshi Mamitsuka

ACS Biomaterials Science & Engineering 10(4) 2165-2176 2024年3月28日査読有り最終著者
CoPolDB: a copolymerization database for radical polymerization

Kei-ichiro Takahashi, Hiroshi Mamitsuka, Masatoshi Tosaka, Nanyi Zhu, Shigeru Yamago

Polymer Chemistry 15(10) 965-971 2024年査読有り
Multiplicative Sparse Tensor Factorization for Multi-View Multi-Task Learning

Xinyi Wang, Lu Sun, Canh Hao Nguyen, Hiroshi Mamitsuka

Frontiers in Artificial Intelligence and Applications 2023年9月28日査読有り最終著者
DeepMHCI: an anchor position-aware deep interaction model for accurate MHC-I peptide binding affinity prediction

Wei Qu, Ronghui You, Hiroshi Mamitsuka, Shanfeng Zhu

Bioinformatics 39(9) 2023年9月1日査読有り
Sc2Mol: a scaffold-based two-step molecule generator with variational autoencoder and transformer

Zhirui Liao, Lei Xie, Hiroshi Mamitsuka, Shanfeng Zhu

Bioinformatics 39(1) 2022年12月28日査読有り
DeepMHCII: A novel binding core-Aware deep interaction model for accurate MHC-II peptide binding affinity prediction

Ronghui You, Wei Qu, Hiroshi Mamitsuka, Shanfeng Zhu

Bioinformatics 38 I220-I228 2022年7月1日査読有り
DIVERSE: Bayesian Data IntegratiVE Learning for Precise Drug ResponSE Prediction

Betul Guvenc Paltun, Samuel Kaski, Hiroshi Mamitsuka

IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics 19(4) 2197-2207 2022年7月1日査読有り最終著者
SPARSE: a sparse hypergraph neural network for learning multiple types of latent combinations to accurately predict drug–drug interactions

Duc Anh Nguyen, Canh Hao Nguyen, Peter Petschner, Hiroshi Mamitsuka

Bioinformatics 38(Supplement_1) i333-i341 2022年6月24日査読有り最終著者
HPODNets: deep graph convolutional networks for predicting human protein-phenotype associations

Lizhi Liu, Hiroshi Mamitsuka, Shanfeng Zhu

Bioinformatics 38(3) 799-808 2022年2月1日査読有り
Drug3D-DTI: Improved Drug-target Interaction Prediction by Incorporating Spatial Information of Small Molecules

Zhirui Liao, Xiaodi Huang, Hiroshi Mamitsuka, Shanfeng Zhu

2021 IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine (BIBM) 2021年12月9日査読有り

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MISC

カルパインの特性を規定する基質特異性の定量的構造-活性相関解析

大内史子, 小山傑, 小山傑, 進藤真由美, 馬見塚拓, 瀧川一学, 尾嶋孝一, 秦勝志, 小野弥子, 反町洋之

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2017 2017年
カルパインの基質切断部位の予測

大内史子, 小山傑, 小山傑, 小野弥子, 秦勝志, 尾嶋孝一, 尾嶋孝一, 進藤真由美, DE VERLE David, DE VERLE David …

日本病態プロテアーゼ学会学術集会プログラム抄録集 21st 2016年
複数多様体の同時推定に基づく特徴クラスタリング (情報論的学習理論と機械学習情報論的学習理論ワークショップ(IBIS2015))

烏山昌幸, 馬見塚拓

電子情報通信学会技術研究報告 = IEICE technical report : 信学技報 115(323) 195-201 2015年11月26日
局所線形近似に基づくラベル伝播のための類似度適合 (情報論的学習理論と機械学習)

烏山昌幸, 馬見塚拓

電子情報通信学会技術研究報告 : 信学技報 112(452) 115-121 2013年3月4日
ラベル伝播アルゴリズムにおける複数グラフのスパース結合法

鳥山昌幸, 馬見塚拓

電子情報通信学会技術研究報告. IBISML, 情報論的学習理論と機械学習 = IEICE technical report. IBISML, Information-based induction sciences and machine learning 112(279) 171-178 2012年10月31日
Finding Approximate Frequent Patterns from DNA Sequences

NAKAMURA Atsuyoshi, TAKIGAWA Ichigaku, TOSAKA Hisashi, KUDO Mineichi, MAMITSUKA Hiroshi

人工知能学会人工知能基本問題研究会資料 85th 23-28 2012年1月26日
Enumerating Biclusters on Gene Expression Data by Mining Frequent Itemsets

TAKAHASHI Keiichiro, TAKIGAWA Ichigaku, MAMITSUKA Hiroshi

情報計算化学生物学会大会予稿集 2011 (CD-ROM) ROMBUNNO.JSBI-41 2011年11月8日
ロバスト相関係数差とP-値による交互作用遺伝子対の効率的検出手法

茅野光範, 茅野光範, 瀧川一学, 瀧川一学, 志賀元紀, 志賀元紀, 津田宏治, 津田宏治, 馬見塚拓, 馬見塚拓

統計関連学会連合大会講演報告集 2010 2010年
Parametric summarization of frequent subgraphs for characterizing structural features of bioactive compounds

TAKIGAWA Ichigaku, MAMITSUKA Hiroshi

Proc Annu Conf Jpn Soc Bioinform 2010 P019.1-P019.2 2010年
Finding three-way gene interactions from transcript and genotype data

KAYANO Mitsunori, TAKIGAWA Ichigaku, SHIGA Motoki, TSUDA Koji, MAMITSUKA Hiroshi

Proc Annu Conf Jpn Soc Bioinform 2010 P069.1-P069.2 2010年
iTRAQを用いた多重ペプチド鎖切断分析によるカルパイン基質配列特異性の解析

小山傑, 小山傑, 秦勝志, 小野弥子, 上野美香, 瀧川一学, 馬見塚拓, 阿部啓子, 反町洋之, 反町洋之

日本農芸化学会大会講演要旨集 2009 2009年
iTRAQを用いた多重ペプチド鎖切断分析によるカルパイン基質配列特異性の解析

小山傑, 小山傑, 秦勝志, 小野弥子, 尾嶋孝一, 尾嶋孝一, 林智佳子, 林智佳子, 北村ふじ子, 土井菜穂子 …

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 8th 2008年
酵素遺伝子の発現情報に基づく効率的な代謝経路ランキング

瀧川一学, 馬見塚拓

統計関連学会連合大会講演報告集 2008 2008年
Developing a Substrate Predictor with Sequence information

MATSUSHIMA Yoshifumi, TAKIGAWA Ichigaku, ONO Yasuko, SORIMACHI Hiroyuki, MAMITSUKA Hiroshi

Proc Annu Conf Jpn Soc Bioinform 2008 P071.1-P071.2 2008年
Association of SNPs with Multiple Genes Using a Nonlinear Regression Model

KAYANO Mitsunori, TAKIGAWA Ichigaku, SHIGA Motoki, TSUDA Koji, MAMITSUKA Hiroshi

Proc Annu Conf Jpn Soc Bioinform 2008 P049.1-P049.2 2008年
Efficiently finding significant substructural patterns conserved in glycans

TAKIGAWA Ichigaku, HASHIMOTO Kosuke, SHIGA Motoki, KANEHISA Minoru, MAMITSUKA Hiroshi

Proc Annu Conf Jpn Soc Bioinform 2008 P066.1-P066.2 2008年
発現プロファイルに基づく代謝経路の遺伝子系列ランキング

瀧川一学, 馬見塚拓

情報処理学会研究報告 2006(13(BIO-4)) 1-7-7 2006年2月9日
A profile HMM for tree structures to locate glycan structure profiles

KF Aoki-Kinoshita, N Ueda, H Mamitsuka, S Goto, M Kanehisa

GLYCOBIOLOGY 15(11) 1187-1188 2005年11月
糖鎖の木構造からプロファイルを検出する確率木モデルの応用

木下聖子, 上田展久, 馬見塚拓, 五斗進, 金久實

情報処理学会研究報告バイオ情報学（研究報告バイオ情報学（BIO）） 2005(99) 1-8 2005年10月7日
確率モデルに基づくテキスト共起データからのマイニング

Shanfeng Zhu, 奥野恭史, 辻本豪三, 馬見塚拓

情報処理学会研究報告バイオ情報学（研究報告バイオ情報学（BIO）） 2005(99) 9-16 2005年10月7日

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書籍等出版物

Machine Learning for Marketing

Hiroshi Mamitsuka

Global Data Science Publishing 2019年6月 (ISBN: 9784991044526)
Textbook of Machine Learning and Data Mining (with Bioinformatics Applications)

Hiroshi Mamitsuka

Global Data Science Publishing 2018年9月 (ISBN: 9784991044502)
Methods in Molecular Biology, Volume 1807: Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols, 2nd Edition

Hiroshi Mamitsuka (担当:編者(編著者))

Humana Press (Springer) 2018年 (ISBN: 9781493985609)
Methods in Molecular Biology, Volume 993: In Silico Models for Drug Discovery

Takigawa, I, Tsuda, K, Mamitsuka, H (担当:分担執筆, 範囲:An In Silico Model for Interpreting Polypharmacology in Drug-Target Networks.)

Humana Press (Springer) 2013年4月 (ISBN: 9781627033411)
Methods in Molecular Biology, Volume 939: Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols

Mamitsuka, H, DeLisi, C, Kanehisa, M (担当:共編者(共編著者))

Humana Press (Springer) 2012年11月 (ISBN: 9781627031066)
Identifying Pathways of Co-ordinated Gene Expression.

Hancock, T, Takigawa, I, Mamitsuka, H (担当:分担執筆, 範囲:Identifying Pathways of Co-ordinated Gene Expression.)

Humana Press (Springer) 2012年11月 (ISBN: 9781627031073)
Biological Data Mining in Protein Interaction Networks.

Wan, R, Mamitsuka, H (担当:分担執筆, 範囲:Discovering Network Motifs in Protein Interaction Networks.)

IGI Global 2009年5月 (ISBN: 9781605663982)
Genome Informatics, Volume 19

Ng, S.-K, Mamitsuka, H, Wong, L (担当:共編者(共編著者))

Imperial College Press 2007年 (ISBN: 1860949843)
Genome Informatics, Volume 16, No. 2

Heinrich, R, Mamitsuka, H, Kanehisa, M, Takagi, T, Miyano, S (担当:共編者(共編著者))

Universal Academy Press 2005年 (ISBN: 4946443967)
Genome Informatics, Volume 15, No.1

Mamitsuka, H, Smith, T. F, Holzhutter, H.-G, Kanehisa, M, DeLisi, C, Heinrich, R, Miyano, S (担当:共編者(共編著者))

Universal Academy Press 2004年 (ISBN: 4946443886)
バイオインフォマティクスがわかる

宇高恵子, 馬見塚拓 (担当:分担執筆, 範囲:主要組織適合性抗原結合性ペプチド予測)

羊土社 2003年 (ISBN: 9784897069982)
Lecture Notes in Computer Science, Vol. 2281: Progress in Discovery Science

Mamitsuka, H, Abe, N (担当:分担執筆, 範囲:Efficient Data Mining by Active Learning)

Springer Berlin Heidelberg 2002年4月 (ISBN: 9783540433385)
Foundations of Real World Intelligence

Abe, N, Yamanishi, K, Nakamura, A, Mamitsuka, H, Takeuchi, J, Li, H (担当:分担執筆, 範囲:Distributed and Active Learning.)

Center for the Study of Language and Information (CSLI) Publications 2001年9月 (ISBN: 9781575863382)
発見科学とデータマイニング

安倍直樹, 馬見塚拓 (担当:分担執筆, 範囲:能動学習と発見科学)

共立出版 2001年6月 (ISBN: 9784320120181)

講演・口頭発表等

188

Machine Learning Tutorial with Examples of Biological Applications.

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2025年6月11日 The French Alternative Energies and Atomic Energy Commission (CEA)
Machine Learning Tutorial with Examples of Biological Applications.

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2025年5月27日 Institute of Molecular Biology of Plants, University of Strasbourg
Machine Learning Tutorial with Examples of Biological Applications.

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2025年5月22日 Biomedicine Research Centre (Centre de recherche en biomédecine de Strasbourg: CRBS), University of Strasbourg
Successful examples II.: machine learning (ML) tutorial and cases of impactful ML method development

Hiroshi Mamitsuka

PhD Course: ”A practical guide (with international experts) to using and developing problem-focused, innovative, data-driven bioinformatics methodologies. 2025年5月9日 Semmelweis University 招待有り
Overview of method development: implementing motivations into the method / model

Hiroshi Mamitsuka

PhD Course: ”A practical guide (with international experts) to using and developing problem-focused, innovative, data-driven bioinformatics methodologies. 2025年5月3日 Semmelweis University 招待有り
Deep Tensor Learning: Application to Predicting Adverse Drug Effects

Hiroshi Mamitsuka

Eleventh International Symposium on Integrated Uncertainty in Knowledge Modelling and Decision Making (IUKM 2025) 2025年3月18日 IUH - Industrial University of Ho Chi Minh City 招待有り
Graph-based machine learning: Tutorial

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2025年3月13日 Hanoi University of Science and Technology
Hypergraph for predicting adverse drug reaction

Hiroshi Mamitsuka

UMCDA Workshop series: Data Analytics for Health and Medicine 2025年1月15日 University of Malaya 招待有り
Hypergraph for predicting adverse drug reaction

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2024年7月15日 Thomas J. Watson Research Center, IBM
Omics-data machine learning for precise drug response prediction

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2024年6月27日 Hokkaido University
Omics-data machine learning for precise drug response prediction

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2024年2月13日 Humboldt University Berlin
Omics-data machine learning for precise drug response prediction

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2024年2月12日 Robert Koch Institute
Omics-data machine learning for precise drug response prediction

Hiroshi Mamitsuka

Computer Science Colloquium 2024年1月25日 City University of Hong Kong
Hypergraph for predicting adverse drug reaction

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2024年1月17日 University of Tokyo
Computational Metabolite Identification from Mass Spectra

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2023年11月27日 University of Malaya
Hypergraph for predicting adverse drug reaction

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2023年11月15日 Universiti Sains Malaysia
Hypergraph for predicting adverse drug reaction

SFD (Structure, Funcation and Dynamics) Conference 2023年9月28日
Hypergraph for predicting adverse drug reaction

Hiroshi Mamitsuka

Computer Science Colloquium 2023年5月24日 City University of Hong Kong
Hypergraph for predicting adverse drug reactions

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2023年3月24日 University of Malaya
Churn analysis - Machine learning approach -

Hiroshi Mamitsuka

Seminar 2023年3月21日 University of Malaya

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共同研究・競争的資金等の研究課題

グラフ深層学習による超高速物理シミュレーションの実現:システム生物学への展開

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2025年4月 - 2030年3月

馬見塚拓
構造が制御された超分岐高分子を基盤とする次世代高分子材料の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 基盤研究(S) 2021年7月 - 2026年3月

山子茂, 遊佐真一, 馬見塚拓, 竹中幹人
多様なデータからの包括的データ構造推定

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

馬見塚拓
うつ症状の生物学を解明するための機械学習に基づくバイオインフォマティクスの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2020年11月 - 2023年3月

馬見塚拓, PETSCHNER PETER
複数のテンソルからの効率的なデータ構造推定

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

馬見塚拓
複数行列データからのデータ因子構造推定

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2016年4月 - 2020年3月

馬見塚拓
濃厚ポリマーブラシのレジリエンシー強化とトライボロジー応用

国立研究開発法人科学技術振興機構 ACCEL ACCEL 2015年10月 - 2020年3月

馬見塚拓
巨大シーケンス内の類似繰り返し構造の分析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2013年4月 - 2016年3月

中村篤祥, 工藤峰一, 瀧川一学, 馬見塚拓, 喜田拓也, 大久保好章
多様な半構造化データからのデータ構造推定

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2012年4月 - 2016年3月

馬見塚拓
バイオインフォマティクスとシステムズバイオロジーの国際連携教育プログラム

日本学術振興会若手研究者インターナショナル・トレーニング・プログラム(ITP) 若手研究者インターナショナル・トレーニング・プログラム (ITP) 2009年4月 - 2013年3月
生命科学上の非構造化データの統合マイニング

国立研究開発法人科学技術振興機構バイオインフォマティクス推進事業創造的な生物・情報知識融合型の研究開発 2007年10月 - 2011年3月

馬見塚拓
生命科学における多様なネットワークデータからの効率的機械学習・予測手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2009年 - 2011年

馬見塚拓, NGUYEN H.C., NGUYEN Hao Canh
統計的学習による生命情報データからのマイニング

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2007年 - 2008年

馬見塚拓, HANCOCK Timothy Peter
複数のオームデータを統合解析する機械学習技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2006年 - 2008年

馬見塚拓, WAN Raymond
マイクロアレイデータからの遺伝子制御ネットワーク構築に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2006年 - 2007年

馬見塚拓, 馬見塚拓, ZHO Shanfeng, ZHU Shangeng
生体内化合物の効率的な比較、探索、発見アルゴリズムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2004年4月 - 2005年3月

馬見塚拓
生体高分子と結合する低分子化合物の効率的な比較、探索、発見アルゴリズムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究特定領域研究 2003年4月 - 2004年3月

馬見塚拓

産業財産権

US 11533862 Method and system for selecting a plant variety

Jussi Gillberg, Samuel Kaski, Pekka Marttinen, Hiroshi Mamitsuka
US 6973446 Knowledge finding method

Hiroshi Mamitsuka, Naoki Abe
特許3237606 複数文字列アライメント方法およびシステム

馬見塚拓
特許3094860 隠れマルコフモデル学習システム及び学習方法

馬見塚拓
特許3012441 タンパク質立体構造予測方法

馬見塚拓
特許2980037 構造分割装置

馬見塚拓
特許2940529 タンパク質立体構造予測方法

馬見塚拓
特許2870458 学習装置及び学習方法

馬見塚拓, 中村篤祥, 鳥羽弘康
特許2739825 タンパク質立体構造予測方法

馬見塚拓
特許2658823 タンパク質立体構造予測方法

馬見塚拓, 安倍直樹
特許2551297 タンパク質立体構造予測方法

馬見塚拓, 山西健司

学術貢献活動

Editorial Board Member (Series Editor), Advanced Information and Knowledge Processing

審査・評価

Springer Nature 2013年10月 - 現在
Associate Editor, BMC Bioinformatics

審査・評価

Springer Nature 2010年4月 - 現在
Grant referee

審査・評価, 査読

Swiss National Science Foundation 2025年6月 - 2025年7月
Grant referee

審査・評価, 査読

Department of Energy (DOE), USA 2025年5月 - 2025年5月
Associate Editor, IEEE Transactions on Neural Network and Learning Systems

審査・評価

IEEE Computational Intelligence Society 2020年1月 - 2024年12月
Grant referee

審査・評価, 査読

United Kingdom Research and Innovation (UKRI) 2024年10月 - 2024年11月
Grant referee

審査・評価, 査読

Inserm (National Institute of Health and Medical Research) (France) 2023年3月 - 2023年4月
Grant referee

審査・評価, 査読

European Science Foundation (Europe) 2022年8月 - 2022年8月
Associate Editor, Knowledge and Information Systems

審査・評価

Springer Nature 2009年11月 - 2022年7月
Regional Editor, Network and Systems Medicine

審査・評価

Mary Ann Liebert 2017年10月 - 2021年4月
Grant referee

審査・評価, 査読

National Science Centre (Poland) 2021年3月 - 2021年3月
Grant referee

審査・評価, 査読

Austrian Science Fund (FWF) (Austria) 2020年12月 - 2021年1月
Associate Editor, International Journal of Knowledge Discovery in Bioinformatics

審査・評価

IGI Global 2008年12月 - 2018年12月
Grant referee, NRF (National Research Foundation)-NSFC (National Science Foundation of China) Joint Grant Call in Data Science

審査・評価, 査読

NRF (National Research Foundation) (Singapore) 2016年8月 - 2016年9月
Grant referee, Strategic Research Funding

審査・評価, 査読

City University of Hong Kong (Hong Kong SAR) 2012年1月 - 2012年1月
Grant referee, Strategic Research Funding

審査・評価, 査読

City University of Hong Kong (Hong Kong SAR) 2008年2月 - 2008年2月
Grant referee, Extramural Programme

審査・評価, 査読

Biomedical Research Council (BMRC), A*STAR (Singapore) 2007年9月 - 2007年9月
Guest co-editor, Asia Pacific Biotech News

審査・評価

2007年 - 2007年
Guest co-editor, Artificial Intelligence in Medicine

審査・評価

2005年 - 2005年
情報処理学会誌編集委員

審査・評価

情報処理学会 2001年4月 - 2002年3月