木下正弘 (Masahiro Kinoshita) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学

J-GLOBAL ID: 201401057201194016
researchmap会員ID: 7000008522

論文

206

An Accurate and Rapid Method for Calculating Solvation Free Energies of a Variety of Solutes Including Proteins

Simon HIKIRI, Tomohiko HAYASHI, Masao INOUE, Toru EKIMOTO, Mitsunori IKEGUCHI, Masahiro KINOSHITA

Journal of Chemical Physics 150(17) 175101-1-175101-12 2019年査読有り
Ligand binding to human prostaglandin E receptor EP4 at the lipid-bilayer interface.

Yosuke Toyoda, Kazushi Morimoto, Ryoji Suno, Shoichiro Horita, Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Yusuke Sekiguchi, Satoshi Yasuda, Mitsunori Shiroishi, Tomoko Shimizu …

Nature chemical biology 15(1) 18-26 2019年1月査読有り
Structural insights into the subtype-selective antagonist binding to the M2 muscarinic receptor.

Ryoji Suno, Sangbae Lee, Shoji Maeda, Satoshi Yasuda, Keitaro Yamashita, Kunio Hirata, Shoichiro Horita, Maki S Tawaramoto, Hirokazu Tsujimoto, Takeshi Murata …

Nature chemical biology 14(12) 1150-1158 2018年12月査読有り
Physical Origin of Thermostabilization by a Quadruple Mutation for the Adenosine A2a Receptor in the Active State

Yuta KAJIWARA, Satoshi YASUDA, Shimon HIKIRI, Tomohiko HAYASHI, Mitsunori IKEGUCHI, Takeshi MURATA, Masahiro KINOSHITA

Journal of Physical Chemistry B 122(6) 4418-4427 2018年査読有り
Mechanism of protein-RNA recognition: Analysis based on the statistical mechanics of hydration

Tomohiko Hayashi, Tomoaki Matsuda, Takashi Nagata, Masato Katahira, Masahiro Kinoshita

Physical Chemistry Chemical Physics 20(14) 9167-9180 2018年査読有り
Statistical thermodynamics for the unexpectedly large difference between disaccharide stereoisomers in terms of solubility in water

Simon Hikiri, Tomohiko Hayashi, Mitsunori Ikeguchi, Masahiro Kinoshita

Physical Chemistry Chemical Physics 20(36) 23684-23693 2018年査読有り
Universal Effects of Solvent Species on the Stabilized Structure of a Protein

Tomohiko HAYASHI, Masao INOUE, Satoshi YASUDA, Emanuele PETRETTO, Tatjana ŠKRBIĆ, Achille GIACOMETTI, Masahiro KINOSHITA

Journal of Chemical Physics 149(44) 045105 -1-045105-17 2018年査読有り
Entropic enrichment of cosolvent near a very large solute immersed in solvent-cosolvent binary mixture: Anomalous dependence on bulk cosolvent concentration

Masahiro Kinoshita, Tomohiko Hayashi

Journal of Molecular Liquids 247 403-410 2017年12月1日査読有り
Unified elucidation of the entropy-driven and -opposed hydrophobic effects

Masahiro Kinoshita, Tomohiko Hayashi

PHYSICAL CHEMISTRY CHEMICAL PHYSICS 19(38) 25891-25904 2017年10月査読有り
Unraveling protein folding mechanism by analyzing the hierarchy of models with increasing level of detail

Tomohiko Hayashi, Satoshi Yasuda, Tatjana Skrbic, Achille Giacometti, Masahiro Kinoshita

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 147(12) 125102-1-125102-12 2017年9月査読有り
Hot-Spot Residues to be Mutated Common in G Protein-Coupled Receptors of Class A: Identification of Thermostabilizing Mutations Followed by Determination of Three-Dimensional Structures for Two Example Receptors

Satoshi Yasuda, Yuta Kajiwara, Yosuke Toyoda, Kazushi Morimoto, Ryoji Suno, So Iwata, Takuya Kobayashi, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 121(26) 6341-6350 2017年7月査読有り
Effects of salt or cosolvent addition on solubility of a hydrophobic solute in water: Relevance to those on thermal stability of a protein

Shota Murakami, Tomohiko Hayashi, Masahiro Kinoshita

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 146(5) 055102 2017年2月査読有り
Identification of thermostabilizing mutations for a membrane protein whose three-dimensional structure is unknown

Yuta Kajiwara, Satoshi Yasuda, Yuuki Takamuku, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita

JOURNAL OF COMPUTATIONAL CHEMISTRY 38(4) 211-223 2017年2月査読有り
膜タンパク質の耐熱化に繋がるアミノ酸置換の理論的予測

木下正弘, 村田武士

バイオサイエンスとインダストリー 75(1) 33-36 2017年査読有り
Dynamic manipulation of the local pH within a nanopore triggered by surface-induced phase transition

Akira Koyama, Kazuhiro Fukami, Yujin Imaoka, Atsushi Kitada, Tetsuo Sakka, Takeshi Abe, Kuniaki Murase, Masahiro Kinoshita

Physical Chemistry Chemical Physics 19(25) 16323-16328 2017年査読有り
High-Rate Charging of Zinc Anodes Achieved by Tuning Hydration Properties of Zinc Complexes in Water Confined within Nanopores

Akira Koyama, Kazuhiro Fukami, Yuya Suzuki, Atsushi Kitada, Tetsuo Sakka, Takeshi Abe, Kuniaki Murase, Masahiro Kinoshita

Journal of Physical Chemistry C 120(42) 24112-24120 2016年10月27日査読有り
Water based on a molecular model behaves like a hard-sphere solvent for a nonpolar solute when the reference interaction site model and related theories are employed

Tomohiko Hayashi, Hiraku Oshima, Yuichi Harano, Masahiro Kinoshita

JOURNAL OF PHYSICS-CONDENSED MATTER 28(34) 344003 2016年9月査読有り
Physical origins of remarkable thermostabilization by an octuple mutation for the adenosine A(2a) receptor

Yuta Kajiwara, Takahiro Ogino, Satoshi Yasuda, Yuuki Takamuku, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 657 119-123 2016年7月査読有り
Statistical Thermodynamics for Actin-Myosin Binding: The Crucial Importance of Hydration Effects

Hiraku Oshima, Tomohiko Hayashi, Masahiro Kinoshita

BIOPHYSICAL JOURNAL 110(11) 2496-2506 2016年6月査読有り
Identification of Thermostabilizing Mutations for Membrane Proteins: Rapid Method Based on Statistical Thermodynamics

Satoshi Yasuda, Yuta Kajiwara, Yuuki Takamuku, Nanao Suzuki, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 120(16) 3833-3843 2016年4月査読有り

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MISC

206

サーモフィリックロドプシンとキサントロドプシンの熱安定性の大きな違いの統計熱力学的解析

安田賢司, 林智彦, 梶原佑太, 村田武士, 木下正弘

ImPACT野地プログラム「豊かで安全な社会と新しいバイオものづくりを実現する人工細胞リアクタ」最終成果報告会～人工細胞リアクタが拓くイノベーション～，東京大学小柴ホール 2019年3月
GPCR活性型変異体スクリーニング系の構築

中野僚介, 肥喜里志門, 安田賢司, 白石充典, 木下正弘, 村田武士

日本生体エネルギー研究会第44回討論会，千葉大学 2018年12月
メラトニン1A受容体の高発現・熱安定化改変体の創出

扇谷和希, 佐藤愼吾, 鈴木七緒, 安田賢司, 白石充典, 木下正弘, 村田武士

日本生体エネルギー研究会第44回討論会，千葉大学 2018年12月
理論計算と進化分子工学を融合したGPCR安定化変異体スクリーニング系の構築

佐藤愼吾, 鈴木七緒, 梶原佑太, 安田賢司, 仲井宏紀, 一色衣香, 松浦友亮, 木下正弘, 村田武士

日本生体エネルギー研究会第44回討論会，千葉大学 2018年12月
理論計算と進化工学を融合した効率的なGPCR安定化変異体スクリーニング系の構築

佐藤愼吾, 鈴木七緒, 梶原佑太, 安田賢司, 仲井宏紀, 一色衣香, 松浦友亮, 木下正弘, 村田武士

日本分子生物学会年会，パシフィコ横浜 2018年11月
Thermostabilization of the microbial rhodopsin TR by carotenoid binding and amino-acid mutation

T. Akiyama, K. Nishikawa, S. Nemoto, S. Yasuda, D. Umeno, M. Kinoshita, Y. Sudo, T. Murata

第56回日本生物物理学会年会，岡山大学津島キャンパス 2018年9月
Physical origin of exceptionally high thermostability of thermophilic rhodopsin

S. Yasuda, T. Hayashi, Y. Kajiwara, T. Murata, M. Kinoshita

第56回日本生物物理学会年会，岡山大学津島キャンパス 2018年9月
Statistical thermodynamics for the extremely high thermostability of a microbial rhodopsin from the eubacterium Rubrobacter (RxR)

T. Hayashi, S. Yasuda, K. Suzuki, T. Akiyama, K. Kanehara, Y. Sudo, T. Murata, M. Kinoshita

第56回日本生物物理学会年会，岡山大学津島キャンパス 2018年9月
Physical origin of the large difference between MDM2-p53NTD and -MIP complexes in binding free energy

T. Yamada, T. Hayashi, N. Kobayashi, H. Yanagawa, M. Katahira, T. Nagata, M. Kinoshita

第56回日本生物物理学会年会，岡山大学津島キャンパス 2018年9月
Statistical thermodynamics on the large difference between maltose and cellobiose in terms of solubility in water

S. Hikiri, T. Hayashi, M. Ikeguch, M. Kinoshita

第56回日本生物物理学会年会，岡山大学津島キャンパス 2018年9月
Statistical thermodynamics on the large difference between thermophilic rhodopsin and xanthorhodopsin in terms of thermostability

S. Yasuda, T. Hayashi, Y. Kajiwara, T. Murata, M. Kinoshita

第79回岡崎コンファレンス，分子科学研究所 2018年9月
Structural and theoretical insights into the RNA-recognition mechanism by Musashi-1

T. Nagata, R. Iwaoka, T. Hayashi, K. Tsuda, N. Kobayashi, M. Kinoshita, M. Katahira

XXVIII International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems, University College Dublin (Ireland) 2018年8月
Diffusion coefficient of a large particle calculated by radial distribution functions in hard-sphere systems

Y. Nakamura, A. Yoshimori, S. Arai, M. Kinoshita, R. Akiyama

The 12th Mini-Symposium on Liquids (MSL2018) 2018年6月
Radial distribution functions for hard sphere fluid calculated by MC and by an integral equation theory with a bridge function

Y. Nakamura, S. Arai, A. Yoshimori, M. Kinoshita, R. Akiyama

The 12th Mini-Symposium on Liquids (MSL2018) 2018年6月
Identification of thermostabilizing mutations for G-protein coupled receptors: Rapid method based on statistical thermodynamics

S. Yasuda, Y. Kajiwara, Y. Takamuku, N. Suzuki, Y. Toyoda, K. Morimoto, R. Suno, S. Iwata, T. Kobayashi, T. Murata …

ImPACT野地プログラム国際シンポジウム“Artificial Cell Reactor Science and Technology” 2018年4月
Theoretical Identification of Hot-Spot Residues to be Mutated Common in G Protein-Coupled Receptors of Class A

S. Yasuda, Y. Kajiwara, Y. Toyoda, K.Morimoto, R. Suno, S. Iwata, T. Kobayashi, T. Murata, M. Kinoshita

Biophysical Society 62nd Annual Meeting，San Francisco, CA 2018年2月
Statistical thermodynamics for remarkably high thermal stability of thermophilic rhodopsin

S. Yasuda, Y. Kajiwara, T. Murata, M. Kinoshita

The Second Symposium of Chiral Molecular Science and Technology in Chiba University -Advanced Materials Science, Biology & Nanophotonics in Chiba- 2018年1月
サーモフィリックロドプシンの極めて高い熱安定性に対する統計熱力学的解析

安田賢司, 梶原佑太, 村田武士, 木下正弘

日本生体エネルギー研究会第43回討論会 2017年12月
Identification of thermostabilizing mutations for a G- protein coupled receptor in the active state

S. Hikiri, R. Nakano, N. Suzuki, S. Yasuda, Y. Kajiwara, M. Kinoshita, T. Murata

第55回日本生物物理学会年会，熊本大学黒髪北地区 2017年9月
Theoretical Identification of Hot-Spot Residues to be Mutated Common in G Protein-Coupled Receptors of Class A

S. Yasuda, Y. Kajiwara, Y. Toyoda, K. Morimoto, R. Suno, S. Iwata, T. Kobayashi, T. Murata, M. Kinoshita

第55回日本生物物理学会年会，熊本大学黒髪北地区 2017年9月

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書籍等出版物

Functioning Mechanism of ATP-Driven Proteins Inferred on the Basis of Water-Entropy Effect

Masahiro Kinoshita (担当:分担執筆, 範囲:Chapter 18, Part III: Functioning Mechanism of Protein Machineries Based on Water Functions)

Springer 2018年 (ISBN: 9789811084584)
Mechanism of Functional Expression of the Molecular Machines

Springer 2016年 (ISBN: 9789811014840)
現代界面コロイド科学の事典―シャンプーから宇宙まで―

木下正弘 (担当:分担執筆, 範囲:10章6節 244-245)

日本化学会・コロイドおよび界面化学部会35周年記念出版，丸善 2010年5月
Molecular Theory of Solvation

M. Kinoshita (担当:分担執筆)

（分担執筆），Kluwer Academic Publishers (The Netherlands)，Chapter 3 101-168 2003年
Recent Research Developments in Molecular Physics

(担当:分担執筆, 範囲:Vol. 1, 21-41)

Transworld Research Network, India 2003年 (ISBN: 8178951134)
生体系のコンピュータ・シミュレーション

木下正弘 (担当:分担執筆)

化学フロンティア，化学同人 11章 113-139 2002年12月
重水素およびトリチウムの分離

木下正弘 (担当:分担執筆, 範囲:I-3-1, 79-88)

学会出版センター 1982年

講演・口頭発表等

統計熱力学に基づく膜タンパク質の熱安定化変異体予測法の開発

木下正弘

CREST／さきがけ合同成果報告会，「生命を解き明かす～タンパク質構造から見えてくる世界～」 2018年1月26日招待有り
水溶液中における生体分子自己組織化過程の統計熱力学

木下正弘

Plasma Conference 2014, シンポジウム３：「物質間境界層に於ける環境適応機能の発現」 2014年11月招待有り
Nonlinear Behavior of a Complex System Comprising Multiple Material Elements: with the Emphasis on Microscopic Self-assembly of Biomolecules

The 5th International Symposium of Advanced Energy Science－Principle of Zero-Emission Energy－, Parallel Seminar 3: Paradigm of Plasmas and the Interdisciplinary Cross-fertilization with “Life and Biological Science”－Toward Control of Nonlinearity and Stru 2014年10月2日招待有り
Crucial Importance of Translational Displacement of Water Molecules in Biological Self-Assembly

Nagoya Symposium on Depletion Forces: Celebrating the 60th Anniversary of the Asakura-Oosawa Theory 2014年3月招待有り
Crucial Importance of Translational Displacement of Water Molecules in Biological Self-Assembly

The 4th International Symposium of Advanced Energy Science－Principle of Zero-Emission Energy－, Parallel Seminar 2: Paradigm of Plasma and its Interdisciplinary Cross with “Life and Biological Science”－Toward Control of Nonlinearity Using Small Energy－ 2013年10月2日招待有り
Structural Stability of Proteins in Aqueous and Nonpolar Environments

The 13th KIAS Conference on Protein Structure and Function, Korea Institute for Advanced Study, Korea 2013年10月招待有り
疎水性の本当の物理起源について

木下正弘

第62回高分子討論会，特定テーマ「大気・水・土壌等の改質と浄化に活躍する高分子・水・界面の科学」 2013年9月招待有り
生体系における自己組織化およびATP駆動蛋白質機能発現の統一的理解

木下正弘

新学術領域研究「水を主役としたATPエネルギー変換」終了公開シンポジウム 2013年5月22日招待有り
分子機械の機能発現機構に対する横断的描像

木下正弘

合同公開シンポジウム「ゆらぎと水－生命のエネルギーと機能の分子機構を探る」，大阪ガーデンパレス，2012.9.14-15 2012年招待有り
埋もれた界面の理論的研究：固体表面近傍における液体の構造について

木下正弘

2012年(平成24年)春季第59回応用物理学関係連合講演会，シンポジウム「中性子・X線のコラボレーションによる薄膜・多層膜の埋もれた界面の解析の新しい展開」，早稲田大学早稲田キャンパス，2012.3.15-18 2012年招待有り
Roles of Water and ATP in Functioning of ATP-Driven Proteins

The 7th Congress of the International Society for Theoretical Chemical Physics (ISTCP-VII) 2011年9月招待有り
「疎水性」の本当の物理起源：その温度依存性を通しての考察

木下正弘

第56回低温生物工学会大会セミナー 2011年7月招待有り
ATP駆動蛋白質の機能発現における水とATPの共同効果

木下正弘

日本生物物理学会第49回年会シンポジウム「水とATPがつくる非対称性」，兵庫県立大学，2011.9.16-18 2011年招待有り
生命現象発現における水分子並進移動の役割

木下正弘

新世代研究所第6回合同研究会，明治大学紫紺館，2011.11.29 2011年招待有り
分子認識などの生命現象における水の並進エントロピーの重要性

木下正弘

日本学術振興会回折構造生物第169委員会第36回研究会，ゆうぽうと，東京都品川区，2011.10.4 2011年招待有り
Crucial Importance of Translational Entropy of Water in Biological Systems

International Symposium on Hydration and ATP Energy 2010年3月招待有り
本領域における横断的理論研究

木下正弘

「水を主役としたＡＴＰエネルギー変換」第1回公開シンポジウム 2009年1月招待有り
Importance of Translational Entropy of Water in Biological Self-Assembly

M Kinoshita

International Symposium on Multi-Scale Dynamics of Protein Complex Formation and Function, Sanjo Conference Hall, The University of Tokyo, 2009.7.15 2009年招待有り
蛋白質の折り畳みと変性のメカニズムに関する統計熱力学的研究

木下正弘

公開講演会・最新化学談話シリーズ，九州大学理学部化学教室，2008.12 2008年招待有り
アクトミオシンのような大規模系に対応可能な計算法はあるか？

木下正弘

第46回日本生物物理学会年会，福岡国際会議場，2008.12.3-5 2008年招待有り

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産業財産権

特許特許第6359656号膜タンパク質の熱安定化変異体予測装置，熱安定化変異体予測方法，および，プログラム

村田武士, 木下正弘, 安田賢司, 高椋勇樹, 水谷健二
特願PCT/JP2015/068277 膜タンパク質の熱安定化変異体予測装置，熱安定化変異体予測方法，および，プログラム

村田武士, 木下正弘, 安田賢司, 高椋勇樹, 水谷健二, 鈴木七緒, 梶原佑太
特開昭61-107926号水素同位体分離用の深冷蒸留塔カスケード

木下正弘