西村芳樹 (Yoshiki Nishimura) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学助教

J-GLOBAL ID: 201401027155790192
researchmap会員ID: 7000008742

外部リンク: https://sites.google.com/view/shikanailab/research/nishimura-group

研究キーワード

葉緑体DNA、ミトコンドリアDNA、核様体、母性遺伝、 mRNA安定性、光ピンセット

研究分野

ライフサイエンス / 植物分子、生理科学 /

経歴

2008年9月

2008.9- 京都大学大学院理学研究科助教, -
2006年7月

2006.7-2008.8 東京大学分子生物学研究所助教, -
2003年4月

2003.4-2006.6 アメリカ合衆国コーネル大学ボイストンプソン研究所ポスドク, -
2001年4月

2001.4-2003.3 東京大学大学院ポスドク, -

論文

A conserved RWP-RK transcription factor VSR1 controls gametic differentiation in volvocine algae

Sa Geng, Takashi Hamaji, Patrick J Ferris, Minglu Gao, Yoshiki Nishimura, James Umen

Proc Natl Acad Sci USA 120(29) e2305099120 2023年7月査読有り
Three genomes in the algal genus Volvox reveal the fate of a haploid sex-determining region after a transition to homothallism.

Kayoko Yamamoto, Takashi Hamaji, Hiroko Kawai-Toyooka, Ryo Matsuzaki, Fumio Takahashi, Yoshiki Nishimura, Masanobu Kawachi, Hideki Noguchi, Yohei Minakuchi, James G Umen …

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 118(21) 2021年5月25日
HBD1 protein with a tandem repeat of two HMG-box domains is a DNA clip to organize chloroplast nucleoids in Chlamydomonas reinhardtii

Mari Takusagawa, Yusuke Kobayashi, Yoichiro Fukao, Kumi Hidaka, Masayuki Endo, Hiroshi Sugiyama, Takashi Hamaji, Yoshinobu Kato, Isamu Miyakawa, Osami Misumi …

Proceedings of the National Academy of Sciences 118(20) e2021053118-e2021053118 2021年5月18日査読有り最終著者責任著者
The Pentatricopeptide Repeat Protein PGR3 Is Required for the Translation of petL and ndhG by Binding Their 5′ UTRs

Haruka Higashi, Yoshinobu Kato, Tomoya Fujita, Shintaro Iwasaki, Masayuki Nakamura, Yoshiki Nishimura, Mizuki Takenaka, Toshiharu Shikanai

Plant and Cell Physiology 2021年1月13日
Holliday Junction Resolvase MOC1 Maintains Plastid and Mitochondrial Genome Integrity in Algae and Bryophytes.

Yusuke Kobayashi, Masaki Odahara, Yasuhiko Sekine, Takashi Hamaji, Sumire Fujiwara, Yoshiki Nishimura, Shin-Ya Miyagishima

Plant physiology 184(4) 1870-1883 2020年12月
A non-photosynthetic green alga illuminates the reductive evolution of plastid electron transport systems

Motoki Kayama, Jun-Feng Chen, Takashi Nakada, Yoshiki Nishimura, Toshiharu Shikanai, Tomonori Azuma, Hideaki Miyashita, Shinichi Takaichi, Yuichiro Kashiyama, Ryoma Kamikawa

BMC Biology 18(1) 2020年12月
Step-wise elimination of α-mitochondrial nucleoids and mitochondrial structure as a basis for the strict uniparental inheritance in Cryptococcus neoformans

Yoshiki Nishimura, Toshiharu Shikanai, Susumu Kawamoto, Akio Toh-E

Scientific report 10(1) 2468-2468 2020年2月査読有り筆頭著者責任著者
Isolation and characterization of Chlamydomonas autophagy-related mutants in nutrient-deficient conditions.

Kajikawa M, Yamauchi M, Shinkawa H, Tanaka M, Hatano K, Nishimura Y, Kato M, Fukuzawa H

Plant & cell physiology 2018年10月査読有り
Chloroplast nucleoids as a transformable network revealed by live imaging with a microfluidic device

Yoshitaka Kamimura, Hitomi Tanaka, Yusuke Kobayashi, Toshiharu Shikanai, Yoshiki Nishimura

Communications Biology 1(47) 1-7 2018年5月査読有り最終著者責任著者
Identification of Holliday junction resolvases crucial for the chloroplast nucleoid morphology and segregation

Yusuke Kobayashi, Osami Misumi, Yoshiki Nishimura

PLANT MORPHOLOGY 30(1) 73-81 2018年最終著者責任著者
Finding Holliday Junction Resolvases: A Crucial Factor for Chloroplast Nucleoid Segregation

Kobayashi Y, Misumi O, Nishimura Y

Cytologia 82(5) 465-466 2017年12月査読有り招待有り最終著者責任著者
Gene Regulatory Networks for the Haploid-to-Diploid Transition of Chlamydomonas reinhardtii

Sunjoo Joo, Yoshiki Nishimura, Evan Cronmiller, Ran Ha Hong, Thamali Kariyawasam, Ming Hsiu Wang, Nai Chun Shao, Saif-El-Din El Akkad, Takamasa Suzuki, Tetsuya Higashiyama …

PLANT PHYSIOLOGY 175(1) 314-332 2017年9月査読有り
Holliday junction resolvases mediate chloroplast nucleoid segregation

Yusuke Kobayashi, Osami Misumi, Masaki Odahara, Kota Ishibashi, Masafumi Hirono, Kumi Hidaka, Masayuki Endo, Hiroshi Sugiyama, Hiroshi Iwasaki, Tsuneyoshi Kuroiwa …

SCIENCE 356(6338) 631-634 2017年5月査読有り最終著者責任著者
Dynamic Interplay between Nucleoid Segregation and Genome Integrity in Chlamydomonas Chloroplasts

Masaki Odahara, Yusuke Kobayashi, Toshiharu Shikanai, Yoshiki Nishimura

PLANT PHYSIOLOGY 172(4) 2337-2346 2016年12月査読有り最終著者責任著者
PCR-based Assay for Genome Integrity after Methyl Methanesulfonate Damage in Physcomitrella patens.

Masaki Odahara, Takayuki Inouye, Yoshiki Nishimura, Yasuhiko Sekine

bio-protocol 6(19) e1954 2016年5月10日査読有り
Sequence of the Gonium pectorale Mating Locus Reveals a Complex and Dynamic History of Changes in Volvocine Algal Mating Haplotypes

Takashi Hamaji, Yuko Mogi, Patrick J. Ferris, Toshiyuki Mori, Shinya Miyagishima, Yukihiro Kabeya, Yoshiki Nishimura, Atsushi Toyoda, Hideki Noguchi, Asao Fujiyama …

G3-GENES GENOMES GENETICS 6(5) 1179-1189 2016年5月査読有り
C-Terminal Region of Sulfite Reductase Is Important to Localize to Chloroplast Nucleoids in Land Plants

Yusuke Kobayashi, Takuto Otani, Kota Ishibashi, Toshiharu Shikanai, Yoshiki Nishimura

GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION 8(5) 1459-1466 2016年5月査読有り最終著者責任著者
A Cyan Fluorescent Reporter Expressed from the Chloroplast Genome of Marchantia polymorpha

Christian R. Boehm, Minoru Ueda, Yoshiki Nishimura, Toshiharu Shikanai, Jim Haseloff

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 57(2) 291-299 2016年2月査読有り
Eukaryotic Components Remodeled Chloroplast Nucleoid Organization during the Green Plant Evolution

Yusuke Kobayashi, Mari Takusagawa, Naomi Harada, Yoichiro Fukao, Shohei Yamaoka, Takayuki Kohchi, Koichi Hori, Hiroyuki Ohta, Toshiharu Shikanai, Yoshiki Nishimura

GENOME BIOLOGY AND EVOLUTION 8(1) 1-16 2016年1月査読有り最終著者責任著者
RECA plays a dual role in the maintenance of chloroplast genome stability in Physcomitrella patens

Masaki Odahara, Takayuki Inouye, Yoshiki Nishimura, Yasuhiko Sekine

PLANT JOURNAL 84(3) 516-526 2015年11月査読有り

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MISC

Plastoquinone-mediated electron transport in a non-photosynthetic plastid of the heterotrophic green alga Hyalogonium sp.

VIII ECOP-ISOP 2019 2019年7月査読有り
オートファジーに依存した緑藻Chlamydomonas reinhardtiiの生存と油脂蓄積

梶川昌孝, 山内万里花, 新川はるか, 田中学, 幡野恭子, 西村芳樹, 加藤美砂子, 福澤秀哉

藻類 67(1) 70 2019年3月
ペンタトリコペプチドリピートタンパク質PGR3は葉緑体コードNDHサブユニットであるndhGの翻訳を制御する

東遥香, 加藤義宣, 藤田智也, 藤田智也, 水戸麻理, 岩崎信太郎, 岩崎信太郎, 西村芳樹, 竹中瑞樹, 鹿内利治

日本植物生理学会年会(Web) 60th 2019年
緑色植物における葉緑体DNAリガーゼのバクテリア型から真核生物型への機能移譲

浜地貴志, 小林優介, 山岡尚平, 鹿内利治, 西村芳樹

日本植物学会大会研究発表記録 83rd 2019年
母性遺伝メカニズムの解明に向けたクラミドモナス有性生殖のゲノム編集アプローチ

浜地貴志, 山岡尚平, 鹿内利治, 西村芳樹

日本植物学会大会研究発表記録 82nd 256 2018年9月1日
ゲノム編集の時代における「緑の酵母」クラミドモナスの復権

浜地貴志, 西村芳樹

生物工学会誌 96(8) 475 2018年8月25日
オートファジーを欠損させた緑藻における窒素欠乏応答異常

梶川昌孝, 山内万里香, 新川はるか, 田中学, 幡野恭子, 西村芳樹, 加藤美砂子, 福澤秀哉

第59回日本植物生理学会年会要旨集 2018年3月
オートファジーを欠損した緑藻における窒素欠乏応答異常

梶川昌孝, 山内万里花, 新川はるか, 田中学, 幡野恭子, 西村芳樹, 奥公秀, 阪井康能, 加藤美砂子, 加藤美砂子 …

日本植物学会大会研究発表記録 81st 137 2017年9月1日
葉緑体ゲノムの分配はHollidayジャンクション解離酵素MOC1により保障される

小林優介, 三角修己, 西村芳樹

ライフサイエンス新着論文レビュー 2017年5月招待有り
葉緑体核様体コア因子の多様性と進化

小林優介, 田草川真理, 田草川真理, 原田尚実, 深尾陽一朗, 深尾陽一朗, 山岡尚平, 河内孝之, 堀孝一, 太田啓之 …

日本植物学会大会研究発表記録 79th 165 2015年9月1日
Identification of a gene which is in the intermediate stage of gene loss from chloroplast genome in Marchantia polymorpha

Ueda, M, Tanaka, A, Shikanai, T, Nishimura, Y

日本分子生物学会、第35回年会、於神戸ポートアイランド、2013年12月 2013年査読有り
ゼニゴケ葉緑体RNAポリメラーゼシグマ因子(MpSIG1)の機能解析から明らかとなった陸上植物進化におけるシグマ因子の機能分化

上田実, 高見常明, Peng Lianwei, 鹿内利治, 西村芳樹

日本植物生理学会シンポジウム、第52回年会、於京都産業大学、2012年3月 2013年査読有り
Maintenance of chloroplast genome stability by a homolog of RecA

Masaki Odahara, Takayuki Inouye, Yoshiki Nishimura, Yasuhiko Sekine

GENES & GENETIC SYSTEMS 87(6) 406-406 2012年12月
Chloroplast genetic engineering technology in Marchantia polymorpha(L.).

Minoru Ueda, Tetsuki Kuniyoshi, Hiroshi Yamamoto, Kazuhiko Sugimoto, Yoshiki Nishimura, Toshiharu Shikanai

Marchantia Workshop 2012 2012年
ゼニゴケ葉緑体RNAポリメラーゼシグマ因子(Mpsig1)変異体の解析から明らかとなった陸上植物シグマ因子の機能分化

上田実, 高見常明, Peng Lianwei, 石崎公庸, 河内孝之, 鹿内利治, 西村芳樹

日本分子生物学会、第35回年会、於パシフィコ横浜、2011年12月 2011年査読有り
Development of a novel selectable marker for liverwort (Marchantia polymorpha).

Ueda M, Ishizaki K, Yamato K. T, Kohchi T, Shikanai T, Nishimura Y

Marchantia workshop 2010, March 11-12, 2010, Kyoto, Japan 2010年査読有り
新規ゼニゴケ核ゲノム形質転換選抜用マーカーの開発

上田実, 石崎公庸, 大和勝幸, 河内孝之, 鹿内利治, 西村芳樹

日本植物生理学会、第51回年会、於熊本大学、2010年3月 2010年査読有り
Antisense transcript suppress instability of polyadenylated mRNA in Chlamydomonas chloroplasts

Yoshiki Nishimura, Hirofumi Uchimiya, David B. Stern

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 48 S37-S37 2007年
葉緑体の増殖とmultiple FtsZ ringの形成について

黒岩晴子, 森稔幸, 宮城島進也, 高原学, 西村芳樹, 黒岩常祥

日本植物学会大会研究発表記録 66th 167 2002年9月20日
Molecular mechanism of maternal inheritance of chloroplast in Chlamydomonas - a maternal nuclease that targets paternal chloroplasts

Y Nishimura, O Misumi, T Higashiyama, T Kuroiwa

PLANT AND CELL PHYSIOLOGY 43 S82-S82 2002年

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講演・口頭発表等

Sequencing the mating type locus of the isogamous colonial Gonium pectorale

15th International Conference on the Cell & Molecular Biology of Chlamydomonas 2013年6月6日
RecAホモログによる葉緑体ゲノム安定性の維持

第54回日本植物生理学会年会 2013年3月22日日本植物生理学会
緑藻クラミドモナスの生殖とオルガネラ遺伝をつなぐ遺伝子を探る

第54回日本植物生理学会年会 2013年3月22日日本植物生理学会
母性遺伝を操る生殖プログラムの構造

日本植物学会第76回大会 2012年9月16日日本植物学会
単細胞緑藻クラミドモナスにおいて細胞質遺伝はGsp1によって制御される

日本植物形態学会第24回大会 2012年9月14日日本植物形態学会
Gsp1 triggers a sexual developmental program including the cytoplasmic inheritance in Chlamydomonas reinhardtii

15th International conference on the cell & molecular biology of Chlamydomonas 2012年6月6日

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

DNAスーパーコイルを核とする葉緑体核様体制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2021年4月 - 2024年3月

西村芳樹
細胞周期が司る葉緑体核様体の固体ー液体相転移の分子機構を探る

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2021年9月 - 2023年3月

西村芳樹
葉緑体母性遺伝を御する

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年4月 - 2021年3月

西村芳樹
機能性ポリアミドによる緑藻の生殖プログラムのハッキング

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2018年6月 - 2021年3月

西村芳樹, 杉山弘
葉緑体がもつ染色体「核様体」のダイナミズムに挑む

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

西村芳樹
葉緑体遺伝を御する

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2017年4月 - 2019年3月

西村芳樹
葉緑体核様体ネットワークのダイナミクスを止揚する

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2019年3月

西村芳樹
光ピンセットとマイクロ流路の融合が拓く母性遺伝の分子機構

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2014年4月 - 2017年3月

西村芳樹
被子植物型ＮＤＨ複合体構築の進化的戦略

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2010年4月 - 2013年3月

鹿内利治, 槻木竜二, 西村芳樹
母性遺伝の分子プログラム解読に挑む

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(A) 若手研究(A) 2011年 - 2011年

西村芳樹
母性遺伝の分子機構を探る

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2007年 - 2009年

西村芳樹
単一細胞の顕微解析による細胞質遺伝機構の分子形態学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 2001年 - 2003年

西村芳樹
顕微操作による細胞質遺伝の機構に関する分子形態学的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費特別研究員奨励費 1998年 - 2000年

西村芳樹

メディア報道

葉緑体のDNA折りたたむ「クリップ」の仕組み発見京大チーム

毎日新聞 2021年5月10日新聞・雑誌
葉緑体の分裂、連続観察京大グループ

読売新聞 2018年6月18日新聞・雑誌
「京都大学、葉緑体の染色体分離の瞬間をとらえた－葉緑体核様体の柔軟なネットワーク構造を解明－

日経バイオテクOnline 2018年5月23日インターネットメディア
京大など、葉緑体増殖の基礎的仕組みを解明

日本経済新聞 2017年5月15日新聞・雑誌
Holliday junction discovery in chloroplasts.

Scientific inquirer 2017年5月14日インターネットメディア
Disentangling chloroplast genetics, Scientists isolate a critical gene for plant health.

Science Daily 2017年5月11日インターネットメディア
母性遺伝のしくみを解明

共同通信 2006年1月24日
ミトコンドリアDNA の母性遺伝機構、粘菌・脊椎動物で共通—東大が解明

日刊工業新聞 2006年1月24日新聞・雑誌

西村芳樹

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講演・口頭発表等

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共同研究・競争的資金等の研究課題

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