山田亮 (Ryo Yamada) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学医学研究科教授

J-GLOBAL ID: 201401039551785442
researchmap会員ID: 7000008855

研究分野

情報通信 / 統計科学 /

論文

191

Whole-genome sequencing of 3135 individuals representing the genetic diversity of the Japanese population.

Koichiro Higasa, Yoichiro Kamatani, Takahisa Kawaguchi, Shuji Kawaguchi, Saori Sakaue, Ta-Yu Yang, Yukinori Okada, Yukihide Momozawa, Izumi Yamaguchi, Dominic Nelson …

Journal of human genetics 2025年11月8日
Identification of epistatic SNP combinations in rheumatoid arthritis using LAMPLINK and Japanese cohorts.

Mio Shibata, Aika Terada, Takahisa Kawaguchi, Yoichiro Kamatani, Daigo Okada, Kazuhisa Nagashima, Koichiro Ohmura, Fumihiko Matsuda, Shuji Kawaguchi, Jun Sese …

Journal of human genetics 2024年7月16日
Comprehensive HLA Typing from a Current Allele Database Using Next-Generation Sequencing Data.

Shuji Kawaguchi, Koichiro Higasa, Ryo Yamada, Fumihiko Matsuda

Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) 2809 67-75 2024年
Data-driven identification and classification of nonlinear aging patterns reveals the landscape of associations between DNA methylation and aging.

Daigo Okada, Jian Hao Cheng, Cheng Zheng, Tatsuro Kumaki, Ryo Yamada

Human genomics 17(1) 8-8 2023年2月11日
Comparative Study of Transcriptome in the Hearts Isolated from Mice, Rats, and Humans.

Daigo Okada, Yosuke Okamoto, Toshiro Io, Miho Oka, Daiki Kobayashi, Suzuka Ito, Ryo Yamada, Kuniaki Ishii, Kyoichi Ono

Biomolecules 12(6) 2022年6月20日
Genome-wide Survival Analysis for Macular Neovascularization Development in Central Serous Chorioretinopathy Revealed Shared Genetic Susceptibility with Polypoidal Choroidal Vasculopathy.

Yuki Mori, Masahiro Miyake, Yoshikatsu Hosoda, Akiko Miki, Ayako Takahashi, Yuki Muraoka, Manabu Miyata, Takehiro Sato, Hiroshi Tamura, Sotaro Ooto …

Ophthalmology 129(9) 1034-1042 2022年4月28日
Cell population-based framework of genetic epidemiology in the single-cell omics era.

Daigo Okada, Cheng Zheng, Jian Hao Cheng, Ryo Yamada

BioEssays : news and reviews in molecular, cellular and developmental biology e2100118 2021年11月25日
Data-driven comparison of multiple high-dimensional single-cell expression profiles.

Daigo Okada, Jian Hao Cheng, Cheng Zheng, Ryo Yamada

Journal of human genetics 2021年11月1日
Publisher Correction: Genome-wide association study of individual differences of human lymphocyte profiles using large-scale cytometry data.

Daigo Okada, Naotoshi Nakamura, Kazuya Setoh, Takahisa Kawaguchi, Koichiro Higasa, Yasuharu Tabara, Fumihiko Matsuda, Ryo Yamada

Journal of human genetics 66(6) 643-643 2021年6月
Genome-wide association study of individual differences of human lymphocyte profiles using large-scale cytometry data

Daigo Okada, Naotoshi Nakamura, Kazuya Setoh, Takahisa Kawaguchi, Koichiro Higasa, Yasuharu Tabara, Fumihiko Matsuda, Ryo Yamada

Journal of Human Genetics 66(6) 557-567 2021年6月
中心窩網膜厚の疾患感受性遺伝子変異の検討

中野絵梨, 三宅正裕, 森雄貴, 細田祥勝, 愛須奈央, 田原康玄, 山城健児, 山田亮, 松田文彦, 辻川明孝

日本眼科学会雑誌 125(臨増) 226-226 2021年3月
Interpretation of omics data analyses.

Ryo Yamada, Daigo Okada, Juan Wang, Tapati Basak, Satoshi Koyama

Journal of human genetics 66(1) 93-102 2021年1月
Keratoconus-susceptibility gene identification by corneal thickness genome-wide association study and artificial intelligence IBM Watson.

Yoshikatsu Hosoda, Masahiro Miyake, Akira Meguro, Yasuharu Tabara, Sachiko Iwai, Naoko Ueda-Arakawa, Eri Nakano, Yuki Mori, Munemitsu Yoshikawa, Hideo Nakanishi …

Communications biology 3(1) 410-410 2020年7月31日
Descriptive epidemiology of high frequency component based on heart rate variability from 10-second ECG data and daily physical activity among community adult residents: the Nagahama Study.

Naomi Takahashi, Yoshimitsu Takahashi, Yasuharu Tabara, Takahisa Kawaguchi, Akira Kuriyama, Kenji Ueshima, Shinji Kosugi, Akihiro Sekine, Ryo Yamada, Fumihiko Matsuda …

Bioscience trends 14(4) 241-247 2020年7月4日査読有り
Predicting the treatment response of certolizumab for individual adult patients with rheumatoid arthritis: protocol for an individual participant data meta-analysis.

Yan Luo, Konstantina Chalkou, Ryo Yamada, Satoshi Funada, Georgia Salanti, Toshi A Furukawa

Systematic reviews 9(1) 140-140 2020年6月12日
Decomposition of a set of distributions in extended exponential family form for distinguishing multiple oligo-dimensional marker expression profiles of single-cell populations and visualizing their dynamics

Daigo Okada, Alan D Hutson, Ryo Yamada

PLOS ONE 15(4) e0231250 2020年4月10日査読有り
National platform for Rare Diseases Data Registry of Japan

Yoshihiko Furusawa, Izumi Yamaguchi, Naoko Yagishita, Kazumasa Tanzawa, Fumihiko Matsuda, Yoshihisa Yamano, Ryo Yamada, Yasuharu Tabara, Yoichiro Kamatani, Syuji Kawaguchi …

LEARNING HEALTH SYSTEMS 3(3) 2019年7月査読有り
LAVENDER: latent axes discovery from multiple cytometry samples with non-parametric divergence estimation and multidimensional scaling reconstruction

Naotoshi Nakamura, Daigo Okada, Kazuya Setoh, Takahisa Kawaguchi, Koichiro Higasa, Yasuharu Tabara, Fumihiko Matsuda, Ryo Yamada

2019年6月18日
Myofibroblasts acquire retinoic acid-producing ability during fibroblast-to-myofibroblast transition following kidney injury.

Jin Nakamura, Yuki Sato, Yuichiro Kitai, Shuichi Wajima, Shinya Yamamoto, Akiko Oguchi, Ryo Yamada, Keiichi Kaneko, Makiko Kondo, Eiichiro Uchino …

Kidney international 95(3) 526-539 2019年3月査読有り
Extension of sinkhorn method: Optimal movement estimation of agents moving at constant velocity

Okada, D., Nakamura, N., Wada, T., Iwasaki, A., Yamada, R.

Transactions of the Japanese Society for Artificial Intelligence 34(5) D-J13_1 2019年査読有り

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MISC

Genome-wide association study of individual differences of human lymphocyte profiles using large-scale cytometry data (vol 71, pg 613, 2021)

Daigo Okada, Naotoshi Nakamura, Kazuya Setoh, Takahisa Kawaguchi, Koichiro Higasa, Yasuharu Tabara, Fumihiko Matsuda, Ryo Yamada

JOURNAL OF HUMAN GENETICS 66(6) 643-643 2021年6月
黄斑網膜厚の疾患感受性遺伝子変異の検討

中野絵梨, 三宅正裕, 森雄貴, 細田祥勝, 愛須奈央, 田原康玄, 山城健児, 山田亮, 松田文彦, 辻川明孝

日本網膜硝子体学会総会プログラム・講演抄録集 59th 2020年
次世代シークエンスデータと国際データベースを用いたHLA遺伝子型の決定 (特集バイオインフォマティクスの進展・臨床応用)

川口修治, 日笠幸一郎, 山田亮, 松田文彦

最新醫學 = The medical frontline 74(2) 214-219 2019年2月
次世代シークエンサーと国際データベースを用いた高効率・高精度なHLA遺伝子群の包括的タイピング技術の確立

川口修治, 日笠幸一郎, 日笠幸一郎, 清水正和, 山田亮, 松田文彦

日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集 63rd 2018年
近視関連WNT7B変異の同定による近視発症機序への洞察(WNT7B polymorphism and the mechanism underlying the development of myopia)

三宅正裕, 山城健児, 田原康玄, 須田謙史, 諸岡諭, 中西秀雄, 辻川明孝, 楠原仙太郎, 大野京子, 水木信久 …

日本眼科学会雑誌 121(臨増) 167-167 2017年3月
自己免疫疾患に関する調査研究全身性エリテマトーデスの診療ガイドライン作成に関する研究

山本一彦, 渥美達也, 竹内勤, 田中良哉, 山田亮, 天野浩文, 石井智徳, 奥健志

自己免疫疾患に関する調査研究平成28年度総括・分担研究報告書(Web) 201610040A0005 (WEB ONLY) 2017年
Relationship among Chlamydia and Mycoplasma Pneumoniae Seropositivity, IKZF1 Genotype and Chronic Obstructive Pulmonary Disease in A General Japanese Population

Muro Shigeo, Tabara Yasuharu, Matsumoto Hisako, Setoh Kazuya, Kawaguchi Takahisa, Takahashi Meiko, Ito Isao, Ito Yutaka, Murase Kimihiko, Terao Chikashi …

Medicine (United States) 95(15) 2016年4月1日
日本人の加齢黄斑変性

吉村長久, 板谷正紀, 辻川明孝, 大谷篤史, 山城健児, 大音壮太郎, 武蔵国弘, 平見恭彦, 上田奈央子, 岩間大輔 …

日本眼科学会雑誌 120(3) 163-188 2016年3月
多次元尺度法を用いたフローサイトメトリーデータからの特徴統計量の抽出およびトランスクリプトームデータとの対応関係の評価

岡田大瑚, 中村直俊, 瀬藤和也, 川口喬久, 奈良原舞子, 日笠幸一郎, 田原康玄, 松田文彦, 山田亮

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th 2016年
多次元フローサイトメトリーデータの分布異同定量に基づくヒト免疫応答の個人差の解析

中村直俊, 岡田大瑚, 瀬藤和也, 川口喬久, 奈良原舞子, 日笠幸一郎, 田原康玄, 松田文彦, 山田亮

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th 2016年
自己免疫疾患に関する調査研究全身性エリテマトーデスの診療ガイドライン作成に関する研究

山本一彦, 渥美達也, 竹内勤, 田中良哉, 三森明夫, 山田亮, 天野浩文, 石井智徳, 高崎芳成, 奥健志 …

自己免疫疾患に関する調査研究平成27年度総括・分担研究報告書 7‐17 2016年
Gene‐based association analysis of familial pulmonary arterial hypertension

HIGASA Koichiro, OGAWA Aiko, TERAO Chikashi, SHIMIZU Masakazu, KOSUGI Shinji, YAMADA Ryo, DATE Hiroshi, MATSUBARA Hiromi, MATSUDA Fumihiko

日本人類遺伝学会大会プログラム・抄録集 61st(Web) ROMBUNNO.Tue(3)‐P‐209 (WEB ONLY) 2016年
Descriptive epidemiology of spot urine sodium-to-potassium ratio clarified close relationship with blood pressure level: the Nagahama study.

Yasuharu Tabara, Yoshimitsu Takahashi, Kyoko Kumagai, Kazuya Setoh, Takahisa Kawaguchi, Meiko Takahashi, Yuki Muraoka, Akitaka Tsujikawa, Norimoto Gotoh, Chikashi Terao …

Journal of hypertension 33(12) 2407-13 2015年12月
Three missense variants of metabolic syndrome-related genes are associated with alpha-1 antitrypsin levels.

Kazuya Setoh, Chikashi Terao, Shigeo Muro, Takahisa Kawaguchi, Yasuharu Tabara, Meiko Takahashi, Takeo Nakayama, Shinji Kosugi, Akihiro Sekine, Ryo Yamada …

Nature communications 6(6) 7754-7754 2015年7月15日
膝関節痛および腰痛は相加的に睡眠障害のリスクを上昇させるながはまコホート研究

村瀬公彦, 田原康玄, 伊藤宣, 小林雅彦, 高橋由光, 角谷寛, 小杉眞司, 関根明博, 山田亮, 中山健夫 …

日本睡眠学会定期学術集会プログラム・抄録集 40回 238-238 2015年7月
ゲノム解析によって明らかとなった卵巣明細胞腺癌の病態

松村謙臣, 村上隆介, 日笠幸一郎, 堤孝信, BROWN J. B, ABOU‐TALEB Hisham, 濱西潤三, 山口建, 安彦都, 馬場長 …

日本婦人科腫瘍学会雑誌 33(3) 381-382 2015年6月25日
(part 1)Clear Cell Carcinoma of the Ovary the present and the future ゲノム解析によって明らかとなった卵巣明細胞腺癌の病態

松村謙臣, 村上隆介, 日笠幸一郎, 堤孝信, Brown J.B, Abou-Taleb Hisham, 濱西潤三, 山口建, 安彦郁, 馬場長 …

日本婦人科腫瘍学会雑誌 33(3) 381-381 2015年6月
自己免疫疾患に関する調査研究全身性エリテマトーデスの新分類基準の検証に関する研究

山本一彦, 渥美達也, 石井智徳, 竹内勤, 三森明夫, 天野浩文, 山田亮, 田中良哉, 高崎芳政, 奥健志 …

自己免疫疾患に関する調査研究平成26年度総括・分担研究報告書 7‐25 2015年
呼吸不全に関する調査研究逆流性食道炎の症状および食事関連行動が睡眠時間に及ぼす影響:ながはまコホート研究

陳和夫, 村瀬公彦, 田原康玄, 高橋由光, 室繁郎, 山田亮, 瀬藤和也, 川口喬久, 角谷寛, 小杉眞司 …

呼吸不全に関する調査研究平成26年度総括・分担研究報告書 221-223 2015年
Effects of smoking and shared epitope on the production of anti-citrullinated peptide antibody in a Japanese adult population.

Chikashi Terao, Koichiro Ohmura, Katsunori Ikari, Takahisa Kawaguchi, Meiko Takahashi, Kazuya Setoh, Takeo Nakayama, Shinji Kosugi, Akihiro Sekine, Yasuharu Tabara …

Arthritis care & research 66(12) 1818-27 2014年12月

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書籍等出版物

遺伝統計学の基礎

山田亮

オーム社 2010年9月4日

共同研究・競争的資金等の研究課題

遺留体液混合試料を高精度に識別する核酸情報プロファイル作成システムの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2020年4月 - 2023年3月

玉木敬二, 眞鍋翔, 橋谷田真樹, 山田亮
多角的アプローチによる加齢黄斑変性とパキコロイド新生血管の病態解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2020年4月 - 2023年3月

三宅正裕, 辻川明孝, 杉山治, 長崎正朗, 山田亮
多層オミクスデータ統合解析のための情報幾何的ベイズ推定法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2017年4月 - 2020年3月

山田亮
進行・再発卵巣明細胞癌のゲノム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2017年4月 - 2020年3月

小西郁生, 松村謙臣, 村上隆介, 山口建, 森誠一, 日笠幸一郎, 山田亮, 安彦郁, Brown John, 榎本隆之
包括的遺伝情報プロファイル創生に向けた分析技術と数学的解釈の実践的融合

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2016年4月 - 2019年3月

玉木敬二, 小谷泰一, 山田亮, 眞鍋翔, 平井瑛里子
日常身体活動の多面的パターン化とその個人差における遺伝要因の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2015年4月 - 2018年3月

村上晴香, tripette julien, 山田亮, 川口喬久
個別化する意思決定を支援する医療情報提供手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2014年4月 - 2017年3月

山田亮
真に実用可能な、卵巣癌の薬剤感受性予測バイオマーカーの確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2014年4月 - 2017年3月

小西郁生, 森誠一, 岡本愛光, 山口建, 松村謙臣, 安彦郁, 松田文彦, 山田亮, 馬場長, 濱西潤三
遺伝子破壊細胞を使った、化学物質の生物効果をハイスループットに解析するシステム

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2011年4月 - 2016年3月

武田俊一, 廣田耕志, 山田亮, 岡田徹也, 笹沼博之, 清水宏泰, 高橋良輔, 清水宏泰
OMICS情報を臨床診療に反映するためのインターフェースとバーチャルカルテの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2013年4月 - 2015年3月

万代昌紀, 清水章, 山田亮
ＦＤＧ－ＰＥＴを用いた認知症の画像診断支援へのデータマイニング技術の応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2011年 - 2013年

石津浩一, 杉本直三, 山田亮, 池田昭夫, 中本裕士, 大石直也, 酒井晃二
複数の臨床診断項目が定義する疾患形質の遺伝疫学解析手法に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2011年 - 2013年

山田亮
加齢黄斑変性に対するテーラーメード医療の実現

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2009年 - 2011年

吉村長久, 大谷篤史, 山城健児, 山田亮
最重症型関節リウマチ(ムチランス型)の発症および進展に関わる遺伝子の検索

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2007年 - 2008年

大村浩一郎, 山田亮, 島田浩太, 山田亮, 島田浩太
パーミュテーションテストのゲノムワイド疾患関連解析への実用的適用手法に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2007年 - 2008年

山田亮
抗核抗体陽性自己免疫疾患患者におけるミクロキメラの存在と由来に関する研究

日本学術振興会科学研究費助成事業奨励研究(A) 1999年 - 1999年

山田亮

山田亮

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論文

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共同研究・競争的資金等の研究課題

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