赤木剛士 (Takashi Akagi) - マイポータル

基本情報

所属: 岡山大学大学院環境生命科学研究科教授

学位: 農学博士(2011年3月京都大学)

連絡先: takashiaokayama-u.ac.jp
J-GLOBAL ID: 201401093962334560
researchmap会員ID: 7000009048

研究分野

受賞

論文

Effect of sugar-ester edible coating on postharvest life and development of chilling injury in tomatoes during ambient and cold storage

M. Muqadas, O. W. Mitalo, C. Yano, K. Ohashi, N. Hira, T. Akagi, K. Ushijima, Y. Kubo

Acta Horticulturae 3(1404) 437-444 2024年9月
Effect of storage temperature and 1-MCP treatment on fruit ripening in Japanese apricot fruit (Prunus mume)

C. Yano, T. Kashiwamoto, M. Muqadas, K. Ohashi, O.W. Mitalo, T. Akagi, Y. Kubo, T. Kawai, K. Ushijima, F. Fukuda

Acta Horticulturae (1404) 717-724 2024年9月
Rapid and dynamic evolution of a giant Y chromosome inSilene latifolia

Takashi Akagi, Naoko Fujita, Kanae Masuda, Kenta Shirasawa, Kiyotaka Nagaki, Ayano Horiuchi, Eriko Kuwada, Riko Kunou, Koki Nakamura, Yoko Ikeda …

2023年9月22日
Ongoing Rapid Evolution of a Post-Y Region Revealed by Chromosome-Scale Genome Assembly of a Hexaploid Monoecious Persimmon (Diospyros kaki).

Ayano Horiuchi, Kanae Masuda, Kenta Shirasawa, Noriyuki Onoue, Naoko Fujita, Koichiro Ushijima, Takashi Akagi

Molecular biology and evolution 40(7) 2023年7月3日
Application of deep learning diagnosis for multiple traits sorting in peach fruit

Kanae Masuda, Rika Uchida, Naoko Fujita, Yoshiaki Miyamoto, Takahiro Yasue, Yasutaka Kubo, Koichiro Ushijima, Seiichi Uchida, Takashi Akagi

Postharvest Biology and Technology 201 112348-112348 2023年7月
A leaf-emanated signal orchestrates grain size and number in response to maternal resources.

Kim Nhung Ta, Sae Shimizu-Sato, Ayumi Agata, Yuri Yoshida, Ken-Ichiro Taoka, Hiroyuki Tsuji, Takashi Akagi, Yasuhiro Tanizawa, Ryosuke Sano, Misuzu Nosaka-Takahashi …

The Plant journal : for cell and molecular biology 115(1) 175-189 2023年7月査読有り
Genetic basis of lineage-specific evolution of fruit traits in hexaploid persimmon.

Ayano Horiuchi, Kanae Masuda, Kenta Shirasawa, Noriyuki Onoue, Ryusuke Matsuzaki, Ryutaro Tao, Yasutaka Kubo, Koichiro Ushijima, Takashi Akagi

DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes 2023年6月16日
Transcriptomic interpretation on explainable AI-guided intuition uncovers premonitory reactions of disordering fate in persimmon fruit.

Kanae Masuda, Eriko Kuwada, Maria Suzuki, Tetsuya Suzuki, Takeshi Niikawa, Seiichi Uchida, Takashi Akagi

Plant & cell physiology 2023年5月24日
Evolution of sex in crops: recurrent scrap and rebuild.

Kanae Masuda, Takashi Akagi

Breeding science 73(2) 95-107 2023年4月
Recurrent neo-sex chromosome evolution in kiwifruit

Takashi Akagi, Erika Varkonyi-Gasic, Kenta Shirasawa, Andrew Catanach, Isabelle M. Henry, Daniel Mertten, Paul Datson, Kanae Masuda, Naoko Fujita, Eriko Kuwada …

Nature Plants 2023年3月6日
ウメの青果流通期間拡大に向けた台湾ウメ，日本ウメの収穫後果実の低温応答と1-MCP処理効果の調査

Tomoaki Kashiwamoto, Takashi Kawai, Takaaki Oe, Yasuhisa Tsuchida, Chikara Yano, Maqsood Muqadas, Takashi Akagi, Fumio Fukuda, Yasutaka Kubo, Koichiro Ushijima

Horticultural Research (Japan) 22(4) 303-311 2023年
1-Methylcyclopropene Pretreatment in ‘La France’ Pears to Extend Postharvest Life and Maximize Fruit Quality

Abdul H. Kazimi, Oscar W. Mitalo, Azimullah Azimi, Kanae Masuda, Chikara Yano, Takashi Akagi, Koichiro Ushijima, Yasutaka Kubo

2023年1月査読有り
Deep Learning on Images and Genetic Sequences in Plants: Classifications and Regressions

Kanae Masuda, Takashi Akagi

Plant Omics 224-233 2022年12月12日
Polyploidy before and after domestication of crop species.

Takashi Akagi, Katharina Jung, Kanae Masuda, Kentaro K Shimizu

Current opinion in plant biology 69 102255-102255 2022年10月
Sexual System and Its Evolution

Kanae Masuda, Takashi Akagi

Compendium of Plant Genomes 97-107 2022年9月2日
Effect of storage temperature on development of chilling injury and its transcriptome analysis in ‘Fuyu’ persimmon fruit with or without 1-MCP treatment

T. Furuta, O.W. Mitalo, T. Otsuki, R. Okada, K. Ohashi, K. Masuda, T. Akagi, K. Ushijima, R. Nakano, Y. Kubo

Acta Horticulturae (1338) 343-350 2022年4月
Genome-wide cis-decoding for expression design in tomato using cistrome data and explainable deep learning.

Takashi Akagi, Kanae Masuda, Eriko Kuwada, Kouki Takeshita, Taiji Kawakatsu, Tohru Ariizumi, Yasutaka Kubo, Koichiro Ushijima, Seiichi Uchida

The Plant cell 34(6) 2174-2187 2022年3月8日
The effect of layer-by-layer edible coating on the shelf life and transcriptome of ‘Kosui’ Japanese pear fruit

Natsuki Hira, Oscar W. Mitalo, Rui Okada, Momoka Sangawa, Kanae Masuda, Naoko Fujita, Koichiro Ushijima, Takashi Akagi, Yasutaka Kubo

Postharvest Biology and Technology 185 111787-111787 2022年3月査読有り
Reinvention of hermaphroditism via activation of a RADIALIS-like gene in hexaploid persimmon.

Kanae Masuda, Yoko Ikeda, Takakazu Matsuura, Taiji Kawakatsu, Ryutaro Tao, Yasutaka Kubo, Koichiro Ushijima, Isabelle M Henry, Takashi Akagi

Nature plants 8(3) 217-224 2022年3月
Evolutionary alterations in gene expression and enzymatic activities of gibberellin 3-oxidase 1 in Oryza.

Kyosuke Kawai, Sayaka Takehara, Toru Kashio, Minami Morii, Akihiko Sugihara, Hisako Yoshimura, Aya Ito, Masako Hattori, Yosuke Toda, Mikiko Kojima …

Communications biology 5(1) 67-67 2022年1月19日

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MISC

ゲノムと新技術により輝きを増す遺伝資源と育種学の未来—The future of genetic resources and breeding science brightened by genomics and new technologies—2022年第63回シンポジウム(シンポジウム・ワークショップ)報告

佐藤豊, 草場信, 内藤健, 磯部祥子, 有泉亨, 佐藤修正, 佐藤和広, 新倉聡, 赤木剛士

育種学研究 = Breeding research : 日本育種学会和文誌 / 日本育種学会編 25(1) 33-40 2023年6月
カキ品種‘太秋’の全ゲノム解読から紐解くポストY染色体の急速進化

堀内綾乃, 増田佳苗, 白澤健太, 尾上典之, 藤田尚子, 牛島幸一郎, 赤木剛士

園芸学研究別冊 22(1) 2023年
マタタビ属におけるネオ性染色体の反復進化(II)

赤木剛士, 赤木剛士, VARKONYI-GASIC Erika, 白澤健太, CATANACH Andrew, HENRY Isabelle M., MERTTEN Daniel, DATSON Paul, 増田佳苗, 藤田尚子 …

園芸学研究別冊 22(1) 2023年
Silene属の全ゲノム比較進化解析から紐解く性染色体と性決定因子群の成立

藤田尚子, 白澤健太, 牛島幸一郎, 赤木剛士

日本植物学会大会研究発表記録(CD-ROM) 86th 2022年
モモ選果における深層学習を用いた複合的な内部形質予測

内田里佳, 藤田尚子, 増田佳苗, 安江隆浩, 宮本善秋, 内田誠一, 赤木剛士, 赤木剛士

園芸学研究別冊 21(1) 2022年
深層学習によるカキ果実の外観に対する嗜好性の特徴化

鈴木茉莉亜, 増田佳苗, 杉浦真由, 鈴木哲也, 新川猛, 久保康隆, 牛島幸一郎, 内田誠一, 赤木剛士, 赤木剛士

園芸学研究別冊 21(2) 2022年
非可視透過光への深層学習によるモモ果実の内部障害予測

難波滉介, 鈴木茉莉亜, 増田佳苗, 宮本善秋, 安江隆浩, 宇田拓史, 伊藤秀朗, 森田博, 赤木剛士

園芸学研究別冊 21(2) 2022年
六倍体カキ品種群の分化経路と果実形状多様性の獲得

堀内綾乃, 増田佳苗, 増田佳苗, 尾上典之, 松崎隆介, 白澤健太, 久保康隆, 牛島幸一郎, 赤木剛士

育種学研究 24 2022年
体細胞変異系統の比較解析によるカキ果実形状決定機構の解明

堀内綾乃, 増田佳苗, 松崎隆介, 尾上典之, 久保康隆, 牛島幸一郎, 赤木剛士

育種学研究 24 2022年
マタタビ属におけるネオ性染色体の反復進化(I)

赤木剛士, 赤木剛士, VARKONYI-GASIC Erika, 白澤健太, CATANACH Andrew, HENRY Isabelle M., DATSON Paul, 増田佳苗, 藤田尚子, 桑田恵理子 …

園芸学研究別冊 21(2) 2022年
六倍体カキ品種群に特異な果実形状多様性に関わる集団遺伝学的解析

堀内綾乃, 増田佳苗, 増田佳苗, 尾上典之, 松崎隆介, 白澤健太, 久保康隆, 牛島幸一郎, 赤木剛士

園芸学研究別冊 21(2) 2022年
Silene属植物における性染色体を持つ種と持たない種の比較ゲノム解析

藤田尚子, 白澤健太, 牛島幸一郎, 赤木剛士

園芸学研究別冊 21(2) 2022年
被子植物における性の成立と進化性の多様性を駆動する「植物らしさ」とは?

増田佳苗, 赤木剛士

化学と生物 59(1) 2021年
果樹研究最前線 No.291 AIが写真から見抜くカキ果実の内部形質

増田佳苗, 赤木剛士

果実日本 76(5) 2021年
カキ‘平核無’と枝変わり系統‘孝子丸’の比較解析による果実形状決定機構の解明

堀内綾乃, 増田佳苗, 松崎隆介, 尾上典之, 久保康隆, 牛島幸一郎, 赤木剛士

園芸学研究別冊 20(2) 2021年
六倍体カキにおけるRADIALIS様遺伝子を介した両性花性の再構築

増田佳苗, 池田陽子, 松浦恭和, 川勝泰二, 田尾龍太郎, 久保康隆, 牛島幸一郎, HENRY Isabelle M., 赤木剛士, 赤木剛士

園芸学研究別冊 20(2) 2021年
深層学習によるキウイフルーツ果実における成熟応答cisモチーフのゲノムワイド探索

桑田恵理子, 竹下孔喜, 藤田尚子, 牛島幸一郎, 久保康隆, 別府賢治, 片岡郁雄, 内田誠一, 赤木剛士, 赤木剛士

園芸学研究別冊 20(2) 2021年
深層学習による高蓄積small RNA配列パターン予測と園芸作物への実用展開

榎那津美, 増田佳苗, 久保康隆, 牛島幸一郎, 内田誠一, 赤木剛士, 赤木剛士

園芸学研究別冊 20(2) 2021年
深層学習によるカキ果実の早期軟化予測と初期生理反応の特徴化

鈴木茉莉亜, 増田佳苗, 竹下孔喜, 朝隈英昭, 杉浦真由, 鈴木哲也, 新川猛, 久保康隆, 牛島幸一郎, 内田誠一 …

園芸学研究別冊 20(2) 2021年
メロン軟化遅延系統の遺伝的制御とトランスクリプトーム解析

合田駿平, 池田和生, 小林和真, 赤木剛士, 加藤鎌司, 久保康隆, 中野龍平, 牛島幸一郎

園芸学研究別冊 20(1) 2021年

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書籍等出版物

遺伝子から解き明かす性の不思議な世界 : 科学が明らかにした多様性と進化の仕組み

田中, 実(生物学), 大久保, 範聡, 宮副, 大地, 伊藤, 道彦, 三浦, 郁夫, 松原, 和純, 戸張, 靖子, 金井, 克晃, 平松, 竜司, 菊水, 健史, 深見, 真紀, 勝間, 進, 赤木, 剛士, 菊池, 潔

一色出版,悠書館 (発売) 2019年2月 (ISBN: 9784910389066)

講演・口頭発表等

Boy meets Girl, everywhere? Mysteries in neo-sex chromosome evolution in kiwifruit

Takashi Akagi

XI International Symposium on Kiwifruit 2024年2月23日招待有り
植物における性の収斂進化に潜む「生理的な共通性」を求めて

赤木剛士

植物化学調節学会第58回大会 2023年11月18日招待有り
ゲノム・遺伝情報への深層学習～X-AI協働研究

赤木剛士

令和５年度野菜花き課題別研究会 2023年10月25日招待有り
古今ゲノム倍化が駆動する『植物の性の可塑性』～柿の進化に学ぶ

赤木剛士

倍数体をどうにかする会 2023 2023年10月13日招待有り
ゲノム x 進化 x AIの視点から見える「植物らしさ」

赤木剛士

第4回木村資生記念進化学セミナー 2023年9月22日招待有り
ゲノム・遺伝情報へのAI協働研究から見る「新機能」の進化

赤木剛士

植物バイオテクノロジー学会 2023年度大会 2023年9月13日招待有り
『ゲノム・遺伝子倍化』が生み出す植物の新機能獲得進化

赤木剛士

日本植物学会第87回大会 2023年9月9日招待有り
Genome-wide cis-decoding for tomato fruit ripening with explainable deep learning

Takashi Akagi

ETHYLENE 2023 2023年6月28日招待有り
ゲノム・分子・画像への「AI の直感」活用法：wet研究者だって AI にあやかりたい！！

赤木剛士

日本植物生理学会 64回年会 2023年3月15日招待有り
覆される定説～植物の「挑戦的」性染色体進化

赤木剛士

日本植物生理学会 64回年会 2023年3月15日招待有り
Genome-Wide Cis-Decoding for Expression Design in Tomato Using Cistrome Data and Explainable Deep Learning

Takashi Akagi

Plant and Animal Genome 30 2023年1月15日招待有り
『植物ゲノム進化×AI技術進化』から見る作物の新規デザイン

赤木剛士

植物科学シンポジウム2022 2022年12月6日招待有り
ゲノム・分子・イメージデータへの AI 協働研究が拓く育種学の新視点

赤木剛士

日本育種学会第142回講演会 2022年9月23日招待有り
Wet植物研究者のための「AIとの協働研究」

赤木剛士

日本植物生理学会第63回年会 2022年3月24日招待有り
ゲノム・遺伝子改変に向けたAI協働研究

赤木剛士

日本農薬学会第47回大会 2022年3月9日招待有り
Flower and fruits diversities, untied from informatic and evolutionary biology

RNA Frontier Meeting 2022 2022年3月3日招待有り
Plastic plant sex, orchestrated by epigenetic fluctuation

Takashi Akagi

The 44th Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan 2021年12月2日招待有り
ヒトvs AI? ～植物研究者がゼロから始めるディープラーニングのススメ

赤木剛士

明治大学農学部特別講義 2021年10月21日招待有り
果樹作物のゲノムから紐解く「植物の性」の成立と揺らぎの進化

赤木剛士

明治大学農学部特別講義 2021年10月21日招待有り
農林水産業における画像・ゲノム情報へのディープラーニング：AIとの協働研究

赤木剛士

近畿大学アグリ技術革新研究所第16回オープンセミナー 2021年10月15日招待有り

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共同研究・競争的資金等の研究課題

エチレン合成変異体のtranscriptome/Cistrome解析による果実成熟形質制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2024年4月 - 2029年3月

牛島幸一郎, 柏本知晟, 赤木剛士, 中野龍平, 池田和生, 河井崇
植物の挑戦的な繁殖適応戦略を駆動する両性花とその可塑性を支えるゲノム動態

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

赤木剛士
植物の挑戦的な繁殖適応戦略を駆動する両性花とその可塑性を支えるゲノム動態

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

赤木剛士, 藤井壮太, 木下哲, 伊藤寿朗, 榊原恵子, 奥田哲弘, 清水健太郎, 井澤毅, 白澤健太, 渡辺正夫, 内田誠一, 越阪部晃永, 草野修平, 遠藤真咲, 小田原瑛美子, 櫻庭俊
植物の「可塑的な性」を駆動するゲノム動態原理

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

赤木剛士, 内田誠一
性染色体のゲノム進化からみるSilene属植物の性決定機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

藤田尚子, 赤木剛士
カキのゲノム進化に基づく果実の形状多様性獲得モデルの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

赤木剛士, 川勝泰二, 尾上典之
タイヌビエ多剤抵抗性発現の鍵となる除草剤代謝遺伝子群の一斉発現システムの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2022年4月 - 2026年3月

岩上哲史, 権藤崇裕, 赤木剛士, 宮下正弘
作物科学研究へのパラダイムシフトを誘起するカキ属植物の研究加速化のための基盤形成

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(開拓) 挑戦的研究(開拓) 2019年6月 - 2025年3月

田尾龍太郎, 岩田洋佳, 赤木剛士, 西山総一郎, 山根久代
果実ポストハーベスト研究のニューフロンティア-低温誘導成熟機構解明とその利用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2020年4月 - 2024年3月

久保康隆, 矢野健太郎, 阿部大吾, 加藤雅也, 牛島幸一郎, 赤木剛士, 河井崇
ゲノム・遺伝子倍化が駆動する植物分子の新機能の探索とデザイン

科学技術振興機構 JSTさきがけ 2020年12月 - 2024年3月
開花・性・花寿命を変える菌因子の特定

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

藤田尚子, 赤木剛士
タイヌビエ多剤抵抗性の鍵となるシトクロムP450遺伝子の協調的発現制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2019年4月 - 2022年3月

岩上哲史, 赤木剛士
カキの果実形状多様性を制御する全ゲノムワイドモデルの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2018年4月 - 2022年3月

赤木剛士
大規模比較ゲノミクスによる木本性作物の性染色体進化解析

日本学術振興会二国間交流事業 2019年6月 - 2022年3月

赤木剛士
植物における性表現の揺らぎを成立させる進化機構

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年4月 - 2021年3月

赤木剛士
胚乳における種の障壁：エピゲノム制御の鍵分子機構

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2016年6月 - 2021年3月

木下哲, 赤木剛士
サクラ属植物における種間交雑障壁の特性化と打破

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2017年6月 - 2019年3月

赤木剛士, 北村祐人, 森本拓也
バラ科サクラ属に特異な自家不和合性認識機構とその進化遺伝学的な成立過程の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2015年4月 - 2019年3月

田尾龍太郎, 赤木剛士
カキ属をモデルとした環境応答性の性表現多様化機構の解明

科学技術振興機構 JSTさきがけ 2015年12月 - 2019年3月
果実発育・成熟関連遺伝子の完全長cDNA配列と選択的スプライシングの網羅的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究挑戦的萌芽研究 2016年4月 - 2018年3月

牛島幸一郎, 門田有希, 赤木剛士

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