檜作洋平 (Yohei Hizukuri) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学医生物学研究所助教

学位: 博士（理学）(2009年3月名古屋大学大学院理学研究科)

ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-0594-1160
J-GLOBAL ID: 201401070633532105
researchmap会員ID: 7000009470

研究分野

論文

Cryo-EM structure of the bacterial intramembrane metalloprotease RseP in the substrate-bound state.

Kikuko Asahi, Mika Hirose, Rie Aruga, Yosuke Shimizu, Michiko Tajiri, Tsubasa Tanaka, Yuriko Adachi, Yukari Tanaka, Mika K Kaneko, Yukinari Kato …

Science advances 11(9) eadu0925 2025年2月26日査読有り責任著者
The origin of esterase activity of Parkinson's disease causative factor DJ-1 implied by evolutionary trace analysis of its prokaryotic homolog HchA

Aiko Watanabe, Fumika Koyano, Kenichiro Imai, Yohei Hizukuri, Shizuka Ogiwara, Tomoya Ito, Jun Miyamoto, Chihiro Shibuya, Mayumi Kimura, Kazuya Toriumi …

Journal of Biological Chemistry 300(7) 107476-107476 2024年7月査読有り
S2P intramembrane protease RseP degrades small membrane proteins and suppresses the cytotoxicity of intrinsic toxin HokB

Tatsuhiko Yokoyama, Yutaro Yamagata, Saisei Honna, Shinya Mizuno, Shizuka Katagiri, Rika Oi, Terukazu Nogi, Yohei Hizukuri, Yoshinori Akiyama

mBio 14(4) e0108623 2023年8月31日査読有り責任著者
Mechanistic insights into intramembrane proteolysis by E. coli site-2 protease homolog RseP.

Yuki Imaizumi, Kazunori Takanuki, Takuya Miyake, Mizuki Takemoto, Kunio Hirata, Mika Hirose, Rika Oi, Tatsuya Kobayashi, Kenichi Miyoshi, Rie Aruga …

Science advances 8(34) eabp9011 2022年8月26日査読有り責任著者
Mechanistic insights into intramembrane proteolysis by E. coli site-2 protease homolog RseP

Yuki Imaizumi, Kazunori Takanuki, Takuya Miyake, Mizuki Takemoto, Kunio Hirata, Mika Hirose, Rika Oi, Tatsuya Kobayashi, Kenichi Miyoshi, Rie Aruga …

bioRxiv 2022年1月31日責任著者
Moving toward generalizable NZ-1 labeling for 3D structure determination with optimized epitope-tag insertion.

Risako Tamura-Sakaguchi, Rie Aruga, Mika Hirose, Toru Ekimoto, Takuya Miyake, Yohei Hizukuri, Rika Oi, Mika K Kaneko, Yukinari Kato, Yoshinori Akiyama …

Acta crystallographica. Section D, Structural biology 77(Pt 5) 645-662 2021年5月1日査読有り
The Escherichia coli S2P intramembrane protease RseP regulates ferric citrate uptake by cleaving the sigma factor regulator FecR.

Tatsuhiko Yokoyama, Tomoya Niinae, Kazuya Tsumagari, Koshi Imami, Yasushi Ishihama, Yohei Hizukuri, Yoshinori Akiyama

The Journal of biological chemistry 296 100673-100673 2021年4月15日査読有り責任著者
Escherichia coli S2P family intramembrane protease RseP is engaged in the regulated sequential cleavages of FecR in the ferric citrate signaling

Tatsuhiko Yokoyama, Tomoya Niinae, Kazuya Tsumagari, Koshi Imami, Yasushi Ishihama, Yohei Hizukuri, Yoshinori Akiyama

bioRxiv 2021年2月4日責任著者
Involvement of a Membrane-Bound Amphiphilic Helix in Substrate Discrimination and Binding by an Escherichia coli S2P Peptidase RseP.

Takuya Miyake, Yohei Hizukuri, Yoshinori Akiyama

Frontiers in microbiology 11 607381-607381 2020年11月27日査読有り責任著者
Reversible autoinhibitory regulation of Escherichia coli metallopeptidase BepA for selective β-barrel protein degradation.

Yasushi Daimon, Shin-Ichiro Narita, Ryoji Miyazaki, Yohei Hizukuri, Hiroyuki Mori, Yoshiki Tanaka, Tomoya Tsukazaki, Yoshinori Akiyama

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 117(45) 27989-27996 2020年11月10日査読有り
An in vivo protease activity assay for investigating the functions of the Escherichia coli membrane protease HtpX.

Yoshitani K, Hizukuri Y, Akiyama Y

FEBS letters 593(8) 842-851 2019年4月査読有り
Endosomal rab cycles regulate parkin-mediated mitophagy

Koji Yamano, Chunxin Wang, Shireen A. Sarraf, Christian Münch, Reika Kikuchi, Nobuo N. Noda, Yohei Hizukuri, Masato T. Kanemaki, Wade Harper, Keiji Tanaka …

eLife 7 e31326 2018年1月23日査読有り
Involvement of a conserved GFG motif region in substrate binding by RseP, an Escherichia coli S2P protease

Koichiro Akiyama, Yohei Hizukuri, Yoshinori Akiyama

Molecular Microbiology 104(5) 737-751 2017年6月査読有り
Biochemical Characterization of Function and Structure of RseP, an Escherichia coli S2P Protease

Y. Hizukuri, K. Akiyama, Y. Akiyama

Methods in Enzymology 584 1-33 2017年
Roles of the membrane-reentrant β-hairpin-like loop of RseP protease in selective substrate cleavage

Akiyama K, Mizuno S, Hizukuri Y, Mori H, Nogi T, Akiyama Y

eLife 4 e08928 2015年10月査読有り
A Structure-Based Model of Substrate Discrimination by a Noncanonical PDZ Tandem in the Intramembrane-Cleaving Protease RseP

Yohei Hizukuri, Takashi Oda, Sanae Tabata, Keiko Tamura-Kawakami, Rika Oi, Mamoru Sato, Junichi Takagi, Yoshinori Akiyama, Terukazu Nogi

Structure 22(2) 326-336 2014年2月査読有り
RseP Peptidase

Yohei Hizukuri, Koreaki Ito, Yoshinori Akiyama

Handbook of Proteolytic Enzymes, 3rd ed. 2 1545-1550 2013年査読有り
PDZ domains of RseP are not essential for sequential cleavage of RseA or stress-induced σ(E) activation in vivo.

Hizukuri Y, Akiyama Y

Molecular microbiology 86(5) 1232-1245 2012年12月査読有り
Post-liberation cleavage of signal peptides is catalyzed by the site-2 protease (S2P) in bacteria

Akira Saito, Yohei Hizukuri, Ei-ichi Matsuo, Shinobu Chiba, Hiroyuki Mori, Osamu Nishimura, Koreaki Ito, Yoshinori Akiyama

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 108(33) 13740-13745 2011年8月査読有り
Disulphide cross-linking between the stator and the bearing components in the bacterial flagellar motor

Yohei Hizukuri, Seiji Kojima, Michio Homma

Journal of Biochemistry 148(3) 309-318 2010年9月査読有り

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MISC

細菌膜内切断プロテアーゼRsePの基質取り込み・切断時におけるダイナミックな構造変化モデル

三宅拓也, 今泉友希, 高貫一徳, 小林達也, 横山達彦, 大井里香, 檜作洋平, 禾晃和, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 95回 1T07a-07 2022年11月
バクテリアの表層変化と生存戦略細菌パーシスター化における膜内切断プロテアーゼRsePの役割生理学的及び構造学的アプローチ

檜作洋平, 横山達彦, 三宅拓也, 小林達也, 今泉友希, 高貫一徳, 大井里香, 禾晃和, 秋山芳展

日本細菌学雑誌 77(1) 19-19 2022年2月
大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePの新奇生理機能:FecRの切断を介した鉄取り込みに関わる遺伝子群の転写活性化

横山達彦, 新苗智也, 津曲和哉, 今見考志, 石濱泰, 檜作洋平, 秋山芳展

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2021 2021年
TAシステムを介した細菌の休眠と覚醒:生化学と一細胞解析の融和を目指したアプローチ大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePを介したTA systemの制御細胞休眠・覚醒における意義

檜作洋平, 横山達彦, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 93回 [3S10m-01] 2020年9月
バクテリアの表層構造の構築と機能大腸菌内膜で働く膜内切断プロテアーゼRsePの新規切断基質探索パーシスター化制御への関与

檜作洋平, 横山達彦, 秋山芳展

日本細菌学雑誌 75(1) 15-15 2020年1月
大腸菌S2PファミリープロテアーゼRsePの基質探索:鉄取り込みに関与する転写制御因子の切断とその生理的意義

横山達彦, 新苗智也, 津曲和哉, 今見考志, 石濱泰, 檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会(Web) 93rd 2020年
バクテリアの表層構造の構築と機能大腸菌内膜で働く膜内切断プロテアーゼRsePの新規切断基質探索パーシスター化制御への関与

檜作洋平, 横山達彦, 秋山芳展

日本細菌学雑誌 75(1) 15-15 2020年1月査読有り
FRET蛍光ペプチドを用いた大腸菌S2Pファミリー膜内切断プロテアーゼのリアルタイム切断kinetics計測系の構築

檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 92回 [1P-080] 2019年9月
大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePの基質切断と構造維持に重要な膜表在・両親媒性ヘリックスの解析

三宅拓也, 檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 92回 [1P-082] 2019年9月
FRET蛍光ペプチドを用いた大腸菌S2Pファミリー膜内切断プロテアーゼのリアルタイム切断kinetics計測系の構築

檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 92回 [1P-080] 2019年9月査読有り
大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePの新規基質切断とその生理的意義低分子膜タンパク質HokBの切断を介したパーシスター形成制御

横山達彦, 檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 92回 [1P-081] 2019年9月査読有り
大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePの基質切断と構造維持に重要な膜表在・両親媒性ヘリックスの解析

三宅拓也, 檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会プログラム・講演要旨集 92回 [1P-082] 2019年9月査読有り
大腸菌表層ストレス応答:インプットとアウトプットに働くプロテアーゼの機能

秋山芳展, 秋山光市郎, 岩間(舛井)千草, 大門康志, 檜作洋平, 水野慎也, 宮崎亮次, 森博幸, 禾晃和, 塩田拓也 …

Institute for Fermentation, Osaka. Research Communications (33) 2019年
大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePの構造維持と機能調節に関わる新規ドメインの解析

三宅拓也, 檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会(Web) 91st ROMBUNNO.2T11e‐05(3P‐114) (WEB ONLY)-114)] 2018年
細菌べん毛III型分泌装置構成因子の翻訳後多段階プロセシング

檜作洋平, 鈴木健裕, 照島功祐, 堂前直, 秋山芳展

日本生化学会大会(Web) 91st ROMBUNNO.3P‐118 (WEB ONLY)-118] 2018年
超高親和性タグを内部に挿入した複数回膜貫通型タンパク質の精製法の検討

高貫一徳, 大井里香, 有森貴夫, 三宅拓也, 檜作洋平, 秋山芳展, 加藤幸成, 高木淳一, 禾晃和

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.1P‐1390 (WEB ONLY)-1390] 2017年
細菌RhomboidファミリープロテアーゼGlpGはべん毛III型分泌装置の構成因子の分解に関与する

檜作洋平, 照島功祐, 秋山芳展

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.4P1T25‐04(3P‐0153) (WEB ONLY)-0153)] 2017年
細菌の表層ストレス応答に関わる膜内切断プロテアーゼRsePの新規機能調節領域の解析

三宅拓也, 檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.2P‐0151 (WEB ONLY)-0151] 2017年
細菌RhomboidプロテアーゼGlpGの生理的切断基質の探索及びべん毛III型分泌装置との関係

檜作洋平, 照島功祐, 秋山芳展

日本生化学会大会(Web) 89th ROMBUNNO.3T11‐06(3P‐114) (WEB ONLY) 2016年
細菌表層ストレス応答を制御するS2Pファミリー膜内切断プロテアーゼの細胞内イメージング解析

檜作洋平, 秋山芳展

日本生化学会大会(Web) 88th 4T17P-15(3P0372) (WEB ONLY) 2015年

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書籍等出版物

膜内切断プロテアーゼの基質認識・切断機構

檜作洋平 (担当:分担執筆, 範囲:生物物理 vol.59 no.2 pp.079-083)

一般社団法人日本生物物理学会 2019年4月
Chapter One - Biochemical Characterization of Function and Structure of RseP, an Escherichia coli S2P Protease. in Methods in Enzymology

Y. Hizukuri, K. Akiyama, Y. Akiyama (担当:分担執筆, 範囲:pp.1-33)

Elsevier Inc. 2017年
「膜内部での蛋白質分解とストレス応答制御」別冊・医学のあゆみ「レドックスUPDATE ―ストレス制御の臨床医学・健康医学」（監修：平家俊男，淀井淳司）

檜作洋平, 秋山芳展 (担当:分担執筆, 範囲:pp.69-74)

医歯薬出版株式会社 2015年
RseP peptidase. in Handbook of Proteolytic Enzymes, 3rd ed. (ed. Rawlings, N. D. and Salvesen, G.)

Hizukuri, Y, Ito, K, Akiyama, Y (担当:分担執筆, 範囲:pp.1546-1550)

Elsevier Ltd. 2013年1月

講演・口頭発表等

細菌膜内切断プロテアーゼRsePの基質結合構造モデルから提案するThreading（糸通し）機構

檜作洋平

2024年度国立遺伝学研究所研究会「単細胞生物における細胞装置の多様性と調和」 2025年3月24日招待有り
細菌膜内切断プロテアーゼRsePの生理基質選択性の理解と阻害剤開発に向けた基盤創生

檜作洋平

第97回日本生化学会大会(横浜) シンポジウム「タンパク質の膜内切断：メカニズムの理解と医療応用に向けた挑戦」 2024年11月7日招待有り
Crystal structure and novel gating mechanistic model to regulate substrate entry and its cleavage of the intramembrane protease RseP

Yohei Hizukuri, Yuki Imaizumi, Kazunori Takanuki, Takuya Miyake, Tatsuya Kobayashi, Tatsuhiko Yokoyama, Rika Oi, Terukazu Nogi, Yoshinori Akiyama

第61回日本生物物理学会年会(名古屋) 2023年11月15日
Structure-based gating model for substrate accommodation and intramembrane proteolysis of E. coli site 2-protease (S2P), RseP

Yohei Hizukuri, Yuki Imaizumi, Kazunori Takanuki, Takuya Miyake, Tatsuya Kobayashi, Tatsuhiko Yokoyama, Rika Oi, Terukazu Nogi, Yoshinori Akiyama

IPS2023, 12th General Meeting of the International Proteolysis Society (Singapore) 2023年6月28日
膜内切断プロテアーゼRsePのゲーティング機構モデルの検証と基質特異的認識に関する解析

檜作洋平

2022年度国立遺伝学研究所研究会「単細胞生物に見られる生体プロセスの恒常性維持システム」 2023年3月30日招待有り
大腸菌S2Pファミリー膜内切断プロテアーゼRsePの切断基質の系統的解析による基質認識・切断特異性の検証

檜作洋平, 古味大雄, 秋山芳展

第95回日本生化学会大会(名古屋) 2022年11月10日
大腸菌S2Pファミリー膜内切断プロテアーゼRsePの切断基質の系統的解析による基質認識・切断特異性の検証

檜作洋平, 古味大雄, 秋山芳展

第95回日本生化学会大会 (名古屋) 2022年11月10日
細菌パーシスター化における膜内切断プロテアーゼRsePの役割：生理学的及び構造学的アプローチ

檜作洋平, 横山達彦, 三宅拓也, 小林達也, 今泉友希, 高貫一徳, 大井里香, 禾晃和, 秋山芳展

第95回日本細菌学会総会(web) シンポジウム「バクテリアの表層変化と生存戦略」 2022年3月29日招待有り
立体構造に基づく膜内切断プロテアーゼRsePの基質取り込み・切断制御機構

檜作洋平

2021年度国立遺伝学研究所研究会「単細胞システムの複製と維持における生体高分子の機能」 2022年3月8日招待有り
細菌膜内切断プロテアーゼの制御機構と生理機能

檜作洋平

第3回生命理学研究会(名古屋) 2021年3月13日
大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePを介したTA systemの制御：細胞休眠・覚醒における意義

檜作洋平, 横山達彦, 秋山芳展

第93回日本生化学会大会(web) シンポジウム「TAシステムを介した細菌の休眠と覚醒: 生化学と一細胞解析の融和を目指したアプローチ」 2020年9月16日招待有り
大腸菌膜内切断プロテアーゼRsePの切断基質探索から明らかとなってきた新奇生理機能

檜作洋平

宮崎大学第1回微生物化学研究室セミナー 2019年9月27日招待有り
Kinetic analysis of the proteolytic reaction catalyzed by S2P family intramembrane protease RseP using a FRET-based real-time assay system

Yohei Hizukuri, Yoshinori Akiyama

第57回日本生物物理学会年会(宮崎) 2019年9月25日
FRET蛍光ペプチドを用いた細菌S2Pファミリー膜内切断プロテアーゼのリアルタイム切断kinetics計測系の構築

檜作洋平, 秋山芳展

第92回日本生化学会大会(横浜) 2019年9月19日
FRET蛍光ペプチドを用いた細菌S2Pファミリー膜内切断プロテアーゼのリアルタイム切断kinetics計測系の構築

檜作洋平, 秋山芳展

第92回日本生化学会大会(横浜) 2019年9月18日
膜内切断プロテアーゼRsePの新規切断基質の探索及びkinetics解析の試み

檜作洋平

2018年度国立遺伝学研究所研究会「単細胞生物における細胞装置の機能と連携」 2019年3月18日招待有り
膜内切断プロテアーゼは如何にして脂質二重層内部で基質を認識・切断するか？

檜作洋平

京都大学第49回京化異分科交流若手サロン 2018年10月25日招待有り
細菌べん毛III型分泌装置構成因子の翻訳後多段階プロセシング

檜作洋平, 鈴木健裕, 照島功祐, 堂前直, 秋山芳展

第91回日本生化学会大会(京都) 2018年9月26日
A component of the bacterial flagellar type III secretion apparatus receives multistep post-translational processing

Yohei Hizukuri, Takehiro Suzuki, Kosuke Terushima, Naoshi Dohmae, Yoshinori Akiyama

第56回日本生物物理学会年会(岡山) 2018年9月16日
Multistep post-translational proteolysis/modification of a component of the bacterial flagellar type III secretion apparatus

International Symposium on “Proteins; from the Cradle to the Grave” (Kyoto) 2018年8月28日

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

新規構造・基質に基づく細菌S2P膜内切断プロテアーゼの切断制御機構の酵素学的理解

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

檜作洋平
細菌Ⅲ型分泌装置構成因子が受ける新奇な翻訳後多段階プロセシングの分子機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2019年4月 - 2022年3月

檜作洋平
大腸菌膜内切断プロテアーゼ RsePの生理機能と特異的基質切断機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2018年4月 - 2021年3月

秋山芳展, 檜作洋平
細菌ロンボイドプロテアーゼGlpGによるべん毛Ⅲ型分泌装置の機能制御機構の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

檜作洋平
複合的構造解析による膜内プロテアーゼRsePの膜内・膜外での基質認識機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2014年4月 - 2018年3月

禾晃和, 佐藤毅, 秋山芳展, 檜作洋平, 大井里香, 高貫一徳, 田村梨沙子
膜内タンパク質切断に着目した表層ストレス応答システムの細胞内可視化と新規機能探索

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2014年4月 - 2017年3月

檜作洋平
膜を超えた情報伝達：細胞表層ストレス応答システムに対する新視点からのアプローチ

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費(PD) 特別研究員奨励費 2012年 - 2014年3月

檜作洋平
超分子ナノマシン細菌べん毛モーターを再構成して機能を探る

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費(DC2) 特別研究員奨励費 2007年 - 2008年

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