末永敦 (Atsushi SUENAGA) - マイポータル

基本情報

学位: 博士（工学）(東京理科大学)

研究者番号: 90415191
J-GLOBAL ID: 201501026218631350
researchmap会員ID: 7000011515

研究キーワード

研究分野

経歴

2013年4月 - 2015年3月

産業技術総合研究所, 創薬分子プロファイリング研究センター, 招聘研究員
2011年4月 - 2013年3月

産業技術総合研究所, 生命情報工学研究センター, 招聘研究員
2010年10月 - 2011年3月

理化学研究所, 生命分子システム研究基盤領域, 研究員
2008年4月 - 2010年9月

理化学研究所, 基幹研究所, 基幹研研究員
2002年4月 - 2008年3月

理化学研究所, ゲノム科学総合研究センター, 研究員
2001年4月 - 2002年3月

産業技術総合研究所, 生命情報科学研究センター, 産総研特別研究員
1998年10月 - 2001年3月

理化学研究所, 計算科学技術推進室, 基礎科学特別研究員

学歴

1995年4月 - 1998年9月

東京理科大学, 基礎工学研究科, 生物工学専攻
1989年4月 - 1993年3月

東京理科大学, 基礎工学部, 生物工学科

受賞

2010年

CBI学会ポスター賞, Strategy for structure-based peptide design, 情報計算化学生物学会

山岸純也、沖本憲明、末永敦、岡田眞里子、今本公、泰地真弘人、星野忠次
2006年

Gordon Bell Prize Honorable Mention: Peak Performance, A 185 Tflops simulation of amyloid-forming peptides from Yeast prion Sup35 with the special-purpose computer system MD-GRAPE3, Association for computing Machinery

Tetsu Narumi, Yousuke Ohno, Noriaki Okimoto, Takahiro Koishi, Atsushi Suenaga, Noriyuki Futatsugi, Ryoko Yanai, Ryutaro Himeno, Shigenori Fujikawa, Mitsuru Ikei, Makoto Taiji
2002年

CBI学会優秀論文賞, RNAポリメラーゼの分子動力学シミュレーション, 情報計算化学生物学会

末永敦

論文

RNAapt3D: RNA aptamer 3D-structure modeling database

Ryoma Sato, Koji Suzuki, Yuichi Yasuda, Atsushi Suenaga, Kazuhiko Fukui

Biophysical Journal 121 1-7 2022年11月15日査読有り
Importin α2 association with chromatin: Direct DNA binding via a novel DNA-binding domain

Kazuya Jibiki, Takashi S. Kodama, Atsushi Suenaga, Yota Kawase, Noriko Shibazaki, Shin Nomoto, Seiya Nagasawa, Misaki Nagashima, Shieri Shimodan, Renan Kikuchi …

Genes to Cells 26(in Press) 945-966 2021年9月14日査読有り
Evaluation of protein-ligand affinity prediction using steered molecular dynamics simulations

Noriaki Okimoto, Atsushi Suenaga, Makoto Taiji

JOURNAL OF BIOMOLECULAR STRUCTURE & DYNAMICS 35(15) 3221-3231 2017年査読有り
Functional profiling of asymmetrically-organized human CCT/TRiC chaperonin

Kazutaka Araki, Atsushi Suenaga, Hidewo Kusano, Riko Tanaka, Tomohisa Hatta, Tohru Natsume, Kazuhiko Fukui

Biochemical and Biophysical Research Communications 481 232-238 2016年10月30日査読有り
All-atom molecular dynamics analysis of multi-peptide systems reproduces peptide solubility in line with experimental observations

Yutaka Kuroda, Atsushi Suenaga, Yuji Sato, Satoshi Kosuda and Makoto Taiji

Scientific Reports 6 19479 2016年1月28日査読有り
Ion selectivity mechanism of Escherichia coli OmpF porin: a molecular dynamics simulation/free energy calculation study

Yasuhiro Matsuura, Ichiro Yamato, Tadashi Ando and Atsushi Suenaga

Journal of Computational Chemistry Japan 13 278-291 2014年査読有り
Ligand Diffusion on Protein Surface Observed in Molecular Dynamics Simulation

Dmitry Nerukh, Noriaki Okimoto, Atsushi Suenaga, Makoto Taiji

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY LETTERS 3(23) 3476-3479 2012年12月査読有り
Experimental Identification and Theoretical Analysis of a Thermally Stabilized Green Fluorescent Protein Variant

Saori Akiyama, Atsushi Suenaga, Takayuki Kobayashi, Tetsuya Kamioka, Makoto Taiji, Yutaka Kuroda

BIOCHEMISTRY 51(40) 7974-7982 2012年10月査読有り
Calculating the Na+ translocating V-ATPase catalytic site affinity for substrate binding by homology modeled NtpA monomer using molecular dynamics/free energy calculation

Zahed Muhammed, Satoshi Arai, Shinya Saijo, Ichiro Yamato, Takeshi Murata, Atsushi Suenaga

JOURNAL OF MOLECULAR GRAPHICS & MODELLING 37 59-66 2012年7月査読有り
An efficient computational method for calculating ligand binding affinities

Atsushi Suenaga, Noriaki Okimoto, Yoshinori Hirano, Kazuhiko Fukui

PLoS ONE 7(8) e42846 2012年査読有り筆頭著者
Reversible hydrogel formation driven by protein-peptide-specific interaction and chondrocyte entrapment

Fuyu Ito, Kengo Usui, Daigo Kawahara, Atsushi Suenaga, Tei Maki, Satoru Kidoaki, Harukazu Suzuki, Makoto Taiji, Masayoshi Itoh, Yoshihide Hayashizaki …

BIOMATERIALS 31(1) 58-66 2010年1月査読有り
Structural and Functional Basis of a Role for CRKL in a Fibroblast Growth Factor 8-Induced Feed-Forward Loop

Ji-Heui Seo, Atsushi Suenaga, Mariko Hatakeyama, Makoto Taiji, Akira Imamoto

MOLECULAR AND CELLULAR BIOLOGY 29(11) 3076-3087 2009年6月査読有り
Nanoscale elongating control of the self-assembled protein filament with the cysteine-introduced building blocks

Kengo Usui, Tei Maki, Fuyu Ito, Atsushi Suenaga, Satoru Kidoaki, Masayoshi Itoh, Makoto Taiji, Takehisa Matsuda, Yoshihide Hayashizaki, Harukazu Suzuki

Protein Science 18(5) 960-969 2009年5月査読有り
Molecular Dynamics Simulations Reveal that Tyr-317 Phosphorylation Reduces Shc Binding Affinity for Phosphotyrosyl Residues of Epidermal Growth Factor Receptor

Atsushi Suenaga, Mariko Hatakeyama, Anatoly B. Kiyatkin, Ravi Radhakrishnan, Makoto Taiji, Boris N. Kholodenko

BIOPHYSICAL JOURNAL 96(6) 2278-2288 2009年3月査読有り
High-performance drug discovery: computational screening by combining docking and molecular dynamics simulations

Noriaki Okimoto, Noriyuki Futatsugi, Hideyoshi Fuji, Atsushi Suenaga, Gentaro Morimoto, Ryoko Yanai, Yousuke Ohno, Tetsu Narumi, Makoto Taiji

PLoS Computational Biology 5(10) e1000528 2009年査読有り
Mutation of epidermal growth factor receptor is associated with MIG6 expression to modulate the signaling titer

Takeshi Nagashima, Ryoko Ushikoshi-Nakayama, Atsushi Suenaga, Kaori Ide, Noriko Yumoto, Yoshimi Naruo, Kaoru Takahashi, Yuko Saeki, Makoto Taiji, Hiroshi Tanaka …

FEBS Journal 276(18) 5239-5251 2009年査読有り
Nanoscale elongating control of the self-assembled protein filament with the cycteine-introduced building blocks

Kengo Usui, Tei Maki, Fuyu Ito, Atsushi Suenaga, Satoru Kidoaki, Masayoshi Ito, Makoto Taiji, Takehisa Matsuda, Yoshihide Hayashizaki, Harukazu Suzuki

Protein Science 18 960-969 2009年査読有り
Estimation of ligand binding free energies of F-ATPase by using molecular dynamics/free energy calculation

Atsushi Suenaga, Osamu Umezu, Tadashi Ando, Ichiro Yamato, Takeshi Murata, Makoto Taiji

Journal of Computational Chemistry Japan 7(3) 103-116 2008年査読有り筆頭著者
Crystal structure of the Rac activator, Asef, reveals its autoinhibitory mechanism

Kazutaka Murayama, Mikako Shirouzu, Yoshihiro Kawasaki, Miyuki Kato-Murayama, Kyoko Hanawa-Suetsugu, Ayako Sakamoto, Yasuhiro Katsura, Atsushi Suenaga, Mitsutoshi Toyama, Takaho Terada …

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 282(7) 4238-4242 2007年2月査読有り
Folding dynamics of 10-residue beta-hairpin peptide chignolin

Atsushi Suenaga, Tetsu Narumi, Noriyuki Futatsugi, Ryoko Yanai, Yousuke Ohno, Noriaki Okimoto, Makoto Taiji

CHEMISTRY-AN ASIAN JOURNAL 2(5) 591-598 2007年査読有り

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MISC

Blockade of Inflammatory Responses by a Small-Molecule Inhibitor of the Rac Activator DOCK2

Akihiko Nishikimi, Takehito Uruno, Xuefeng Duan, Qinhong Cao, Yuji Okamura, Takashi Saitoh, Nae Saito, Shunsuke Sakaoka, Yao Du, Atsushi Suenaga …

CHEMISTRY & BIOLOGY 19(4) 488-497 2012年4月査読有り

書籍等出版物

バイオインフォマティックス事典

(担当:分担執筆, 範囲:膜タンパク質のダイナミクス)

共立出版 2006年

講演・口頭発表等

ペプチド凝集の分子動力学シミュレーション

末永敦、佐藤雄士、小須田慧司、泰地真弘人、黒田裕

第１４回日本蛋白質科学会年会 2014年日本蛋白質科学会招待有り
超高速分子動力学専用計算機のタンパク質機能解析への応用

末永敦、成見哲、沖本憲明、二木紀行、野内涼子、大野洋介、泰地真弘人

第二回並列情報処理イニシアチブセミナー 2006年並列情報処理イニシアチブ招待有り
超高速分子動力学専用計算機のタンパク質機能解析への応用

末永敦、成見哲、沖本憲明、二木紀行、野内涼子、大野洋介、泰地真弘人

第八回システムバイオロジー研究会 2005年日本システムバイオロジー研究会招待有り
タンパク質折りたたみ過程の分子動力学シミュレーション

末永敦

第三回超並列計算研究会 2001年超並列計算研究会招待有り

所属学協会

日本蛋白質科学会