杉田昌岳 (SUGITA MASATAKE) - マイポータル

基本情報

所属: 東京科学大学情報理工学院特任助教

学位: 博士理学(立命館大学)

J-GLOBAL ID: 201501010274055504
researchmap会員ID: 7000013316

外部リンク: http://www.ritsumei.ac.jp/lifescience/bioinfo/kikuchi/index.html

研究キーワード

生物物理学計算科学生命情報学溶液化学統計力学理論

研究分野

経歴

2021年4月 - 現在

東京工業大学, 情報理工学院, 特任助教
2020年1月 - 2021年3月

東京工業大学, 情報理工学院, 研究員
2015年5月 - 2019年12月

立命館大学, 生命科学部生命情報学科, 助教
2018年4月 - 2018年9月

University of Alberta, The Department of Mechanical Engineering, Invited Assistant Professor
2014年4月 - 2015年3月

立命館大学総合科学技術研究機構専門研究員

学歴

- 2014年3月

立命館大学大学院, 理工学研究科, 総合理工学専攻

論文

Protocol for Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides using Descriptors Obtained from Extended Ensemble Molecular Dynamics Simulations and Chemical Structures

Masatake Sugita, Yudai Noso, Jianan Li, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Yutaka Akiyama

2025年6月21日
Improving Performance on Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations by Optimizing GPU Core Utilization

Taisuke Boku, Masatake Sugita, Ryohei Kobayashi, Shinnosuke Furuya, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

ACM International Conference Proceeding Series 1082-1091 2024年8月12日
CycPeptMPDB: A Comprehensive Database of Membrane Permeability of Cyclic Peptides.

Jianan Li, Keisuke Yanagisawa, Masatake Sugita, Takuya Fujie, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Journal of chemical information and modeling 63(7) 2240-2250 2023年4月10日
Amide-to-ester substitution as a stable alternative to N-methylation for increasing membrane permeability in cyclic peptides.

Yuki Hosono, Satoshi Uchida, Moe Shinkai, Chad E Townsend, Colin N Kelly, Matthew R Naylor, Hsiau-Wei Lee, Kayoko Kanamitsu, Mayumi Ishii, Ryosuke Ueki …

Nature communications 14(1) 1416-1416 2023年3月17日
Lipid Composition Is Critical for Accurate Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides by Molecular Dynamics Simulations.

Masatake Sugita, Takuya Fujie, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Journal of chemical information and modeling 62(18) 4549-4560 2022年9月26日
Large-Scale Membrane Permeability Prediction of Cyclic Peptides Crossing a Lipid Bilayer Based on Enhanced Sampling Molecular Dynamics Simulations

Masatake Sugita, Satoshi Sugiyama, Takuya Fujie, Yasushi Yoshikawa, Keisuke Yanagisawa, Masahito Ohue, Yutaka Akiyama

Journal of Chemical Information and Modeling 61(7) 3681-3695 2021年7月8日査読有り筆頭著者
Differential mode of cholesterol inclusion with 2‐hydroxypropyl‐cyclodextrins increases safety margin in treatment of Niemann‐Pick disease type C

Yusei Yamada, Yoichi Ishitsuka, Yuki Kondo, Shuichi Nakahara, Asami Nishiyama, Toru Takeo, Naomi Nakagata, Keiichi Motoyama, Taishi Higashi, Hidetoshi Arima …

British Journal of Pharmacology 178(13) 2727-2746 2021年7月査読有り
Computational Screening of a Functional Cyclodextrin Derivative for Suppressing a Side Effect of Doxorubicin

Masatake Sugita, Izumi Kuwano, Taishi Higashi, Keiichi Motoyama, Hidetoshi Arima, Fumio Hirata

The Journal of Physical Chemistry B 125(9) 2308-2316 2021年3月11日査読有り筆頭著者責任著者
Molecular Recognition and Self-Organization in Life Phenomena Studied by a Statistical Mechanics of Molecular Liquids, the RISM/3D-RISM Theory

Masatake Sugita, Itaru Onishi, Masayuki Irisa, Norio Yoshida, Fumio Hirata

Molecules 26(2) 271-271 2021年1月7日査読有り筆頭著者
New Protocol for Predicting the Ligand-Binding Site and Mode Based on the 3D-RISM/KH Theory

Masatake Sugita, Masataka Hamano, Kota Kasahara, Takeshi Kikuchi, Fumio Hirata

Journal of Chemical Theory and Computation 16(4) 2864-2876 2020年4月14日査読有り筆頭著者責任著者
Predicting the Binding Mode of 2-Hydroxypropyl-β-Cyclodexrin (HPβCD) to Cholesterol by Means of the MD Simulation and the 3D-RISM-KH Theory

Yuji Hayashino, Masatake Sugita, Hidetoshi Arima, Tetsumi Irie, Takeshi Kikuchi, Fumio Hirata

The Journal of Physical Chemistry B 122(21) 5716-5725 2018年5月31日査読有り
Structural fluctuation of protein and Anfinsen’s thermodynamic hypothesis

Fumio Hirata, Masatake Sugita, Masasuke Yoshida, Kazuyuki Akasaka

Journal of Chemical Physics 148(2) 020901 2018年1月14日査読有り
A Systematic Analysis of the Binding Affinity between the Pim-1 Kinase and Its Inhibitors Based on the MM/3D-RISM/KH Method

Takeshi Hasegawa, Masatake Sugita, Takeshi Kikuchi, Fumio Hirata

JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING 57(11) 2789-2798 2017年11月査読有り
創薬を見据えた3D-RISM理論の応用研究

杉田昌岳, 菊地武司, 平田文男

生物物理 57(6) 299-301 2017年8月査読有り
Predicting the binding free energy of the inclusion process of 2-Hydroxypropyl-β-Cyclodextrin and small molecules by means of MM/3D-RISM method

Masatake Sugita, Fumio Hirata

Journal of Physics: Condensed Matter 28(38) 384002 2016年9月査読有り筆頭著者責任著者
Topological and sequence information predict that foldons organize a partially overlapped and hierarchical structure

Masatake Sugita, Masanari Matsuoka, Takeshi Kikuchi

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics (83) 1900-1913 2015年8月査読有り筆頭著者
Implication of the cause of differences in 3D structures of proteins with high sequence identity based on analyses of amino acid sequences and 3D structures

Masanari Matsuoka, Masatake Sugita, Takeshi Kikuchi

BMC Research Notes 7(1) 654 2014年9月16日査読有り
Analyses of the folding properties of ferredoxin-like fold proteins by means of a coarse-grained Gō model: relationship between the free energy profiles and folding cores.

Masatake Sugita, Takeshi Kikuchi

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 82(6) 954-965 2014年6月査読有り筆頭著者
Incorporating into a Cα Go model the effects of geometrical restriction on Cα atoms caused by side chain orientations.

Masatake Sugita, Takeshi Kikuchi

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 81(8) 1434-1445 2013年8月査読有り筆頭著者

MISC

環状ペプチドの膜透過過程のMarkov state Modelに基づいた速度論的な解析

寺倉慶, 杉田昌岳, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 柳澤渓甫, 秋山泰, 秋山泰

日本蛋白質科学会年会(Web) 25th 2025年
REUS MDのレプリカパラメータ最適化手法の開発と環状ペプチド膜透過性予測への応用

清水正浩, 杉田昌岳, 杉田昌岳, 柳澤渓甫, 柳澤渓甫, 秋山泰, 秋山泰

日本蛋白質科学会年会(Web) 25th 2025年
分子動力学シミュレーションと機械学習を組み合わせた環状ペプチド膜透過性の予測法の開発

杉田昌岳, 杉田昌岳, 能祖雄大, 李佳男, 藤江拓哉, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 柳澤渓甫, 秋山泰, 秋山泰

日本蛋白質科学会年会(Web) 25th 2025年
REUS MDのレプリカ設定最適化手法の開発と環状ペプチド膜透過性予測への応用

清水正浩, 杉田昌岳, 杉田昌岳, 柳澤渓甫, 柳澤渓甫, 秋山泰, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2025(MPS-153) 2025年
分子動力学シミュレーション軌跡データから抽出した位置依存特徴量を活用した環状ペプチドの膜透過性予測

能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2024(MPS-147) 2024年
拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過性予測技術の開発と応用

杉田昌岳, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 藤江拓哉, 能祖雄大, 柳澤渓甫, 柳澤渓甫, 大上雅史, 大上雅史, 秋山泰 …

日本蛋白質科学会年会(Web) 24th 2024年
拡張アンサンブル分子動力学シミュレーションに基づいた環状ペプチドの膜透過性予測技術の開発と応用

杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

日本蛋白質科学会年会(Web) 23rd (CD-ROM) 2023年
分子動力学シミュレーション軌跡データからの環状ペプチドの膜透過性と相関が高い特徴量の抽出

能祖雄大, 杉田昌岳, 藤江拓哉, 柳澤渓甫, 大上雅史, 秋山泰

情報処理学会研究報告(Web) 2022(MPS-138) 2022年
Investigating Characteristics of Folding Cores from Analyses of Folding Mechaniams on Multi-Transition Proteins by Means of a Coarse-Grained Go Model

Masatake Sugita, Takeshi Kikuchi

BIOPHYSICAL JOURNAL 106(2) 673A-673A 2014年1月

講演・口頭発表等

3D-RISM理論に基づいたin silico創薬基盤技術の開発

杉田昌岳

第12回BKCバイオインフォマティクス研究会 2020年2月22日招待有り
Developing a semi analytical method for analyzing structural fluctuations of a molecule in solution phase by means of 3D-RISM theory

Masatake Sugita

The 10th TOYOTA RIKEN International Workshop on “Science of Life Phenomena Woven by Water and Biomolecules 2019年9月招待有り
Exploring the ligand binding mode on a fluctuating protein

TSRC workshop: THE ROLE OF FLUCTUATIONS AND DYNAMICS IN BIOMOLECULAR FUNCTION 2019年1月8日招待有り
3D-RISM理論を応用した生体高分子の機能解析法の開発

第1回松山道後・分子論セミナー 2018年12月10日招待有り
3D−RISM 理論を応用した溶液中における Met−enkephalin の構造揺らぎの解析

第56回生物物理学会年会 2018年9月15日
Predicting the binding free energy of the inclusion process of HP-β-CD and small molecules by means of the MM/3D-RISM method

9th Asian Cyclodextrin Conference 2017年12月16日
MM/3D−RISM 法を用いた Pim−1 kinase 阻害剤系の結合自由エネルギー予測

第40回溶液化学シンポジウム 2017年10月18日
3D−RISM理論を応用した溶液中におけるアスパラギン、 Met−enkephalinの構造揺らぎの解析

第55回日本生物物理学会年会 2017年9月20日
MM/3D-RISM 法を用いたHP-β-CD と小分子間の親和性の予測

第34回シクロデキストリンシンポジウム 2017年9月1日
3D−RISM法を応用したタンパク-リガンド間の結合様式予測法の開発

第17回タンパク質科学会年会 2017年6月20日
Analysis of fluctuations of a small peptide in the solution phase by means of the 3D-RISM theory

International Workshop on Stat-Mech of Liquids 2017年4月15日招待有り
創薬を見据えた3D−RISM理論の応用研究

第9回BKCバイオインフォマティクス研究会 2017年2月1日招待有り
3D−RISM理論を応用したILEI、 γ-secretase の結合様式の予測

融合脳キックオフシンポジウム 2017年1月17日招待有り
3D−RISM理論を応用した溶液中におけるMet−enkephalinの構造揺らぎの解析

第54回生物物理学会年会 2016年11月27日
Estimating the qualitative and quantitative capability of the MM/3D-RISM method

CBI学会2016年大会 2016年10月25日
Predicting the binding free energy of the inclusion process of Cyclodextrin deriveatives and small molecules by means of MM/3D-RISM method

6th International Conference on Structural Biology 2016年8月23日
3D−RISM理論を応用した溶液中におけるMet−encephalinの揺らぎの解析

第16回蛋白質家学会年会 2016年6月8日
3D−RISM理論を応用したドラッグスクリーニング

第114回実験実習支援センターセミナー 2016年3月8日招待有り
3D-RISM理論を応用した結合自由エネルギー予測法の開発

国際高等研研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能ネットワークとダイナミクスの解明」第5回研究会 2016年2月18日
Analyzing the binding free energy for the inclusion process of 2-Hydroxypropyl-β-Cyclodextrin by means of the MM/3D-RISM method

Pacifichem2015 2015年12月15日

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担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

シミュレーションと学習による環状ペプチド膜透過性の汎用的・低コストな予測法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2024年4月 - 2027年3月

杉田昌岳
液体の統計力学理論を応用したフラグメントベースドッキング法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

杉田昌岳
3D－RISM理論を応用した解析的な揺らぎ計算手法の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究若手研究 2018年4月 - 2021年3月

杉田昌岳
３D-RISM理論と一般化ランジェヴァン方程式に基づく蛋白質の構造揺らぎの研究

2019年4月 - 2020年3月

杉田昌岳
３D-RISM理論と一般化ランジェヴァン方程式に基づく蛋白質の構造揺らぎの研究

2018年4月 - 2019年3月

杉田昌岳
３D-RISM理論と一般化ランジェヴァン方程式に基づく蛋白質の構造揺らぎの研究

2017年4月 - 2018年3月

杉田昌岳

産業財産権

特願2021-31234 予測装置、学習済みモデルの生成装置、予測方法、学習済みモデルの生成方法、予測プログラム、及び学習済みモデルの生成プログラム