小野純一 (Junichi Ono) - マイポータル

基本情報

所属: 早稲田大学理工学術院総合研究所次席研究員

学位: 博士（理学）(京都大学)

連絡先: onoaoni.waseda.jp
研究者番号: 30777991
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0003-2189-3541
J-GLOBAL ID: 201601001747135398
researchmap会員ID: 7000017439

研究分野

論文

Conformational Dynamics in Proteins: Entangled Slow Fluctuations and Nonequilibrium Reaction Events

Junichi Ono, Yoshihiro Matsumura, Toshifumi Mori, Shinji Saito

The Journal of Physical Chemistry B 2023年12月22日査読有り筆頭著者
Updating view of membrane transport proteins by simulation studies

Takashi Sumikama, Ben Corry, Junichi Ono, Chigusa Kobayashi, Kei-ichi Okazaki

Biophysics and Physicobiology 20(4) e200041_1-e200041_4 2023年11月査読有り
Born–Oppenheimer molecular dynamics study on collective protein dynamics invoked by ultrafast photoisomerization of retinal chromophore in bacteriorhodopsin

Hiromi Nakai, Hiroki Uratani, Toshiki Morioka, Junichi Ono

Chemical Physics Letters 140818-140818 2023年9月
Hybrid in Silico Drug Discovery Study toward the Development of Oral Antivirals for COVID-19

Uika KOSHIMIZU, Junichi ONO, Yoshifum FUKUNISHI, Hiromi NAKAI

Journal of Computer Chemistry, Japan 21(2) 48-51 2022年11月23日査読有り
Hydroxide Ion Mechanism for Long‐Range Proton Pumping in the Third Proton Transfer of Bacteriorhodopsin

Junichi Ono, Chika Okada, Hiromi Nakai

ChemPhysChem 23 e202200109 2022年7月11日査読有り筆頭著者
Multiple protonation states in ligand-free SARS-CoV-2 main protease revealed by large-scale quantum molecular dynamics simulations

Junichi Ono, Uika Koshimizu, Yoshifumi Fukunishi, Hiromi Nakai

Chemical Physics Letters 794 139489-139489 2022年5月査読有り筆頭著者
Quantum-Mechanical Molecular Dynamics Simulations on Secondary Proton Transfer in Bacteriorhodopsin Using Realistic Models

Hiromi Nakai, Toshiaki Takemura, Junichi Ono, Yoshifumi Nishimura

The Journal of Physical Chemistry B 125(39) 10947-10963 2021年10月7日査読有り
Hydroxide Ion Carrier for Proton Pumps in Bacteriorhodopsin: Primary Proton Transfer

Junichi Ono, Minori Imai, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

The Journal of Physical Chemistry B 124(39) 8524-8539 2020年10月1日査読有り筆頭著者
Weighted histogram analysis method for multiple short-time metadynamics simulations

Junichi Ono, Hiromi Nakai

Chemical Physics Letters 751 137384-137384 2020年7月査読有り筆頭著者
Reversible Sodium Metal Electrodes: Is Fluorine an Essential Interphasial Component?

Kyosuke Doi, Yuki Yamada, Masaki Okoshi, Junichi Ono, Chien‐Pin Chou, Hiromi Nakai, Atsuo Yamada

Angewandte Chemie 131(24) 8108-8112 2019年6月11日
Reversible Sodium Metal Electrodes: Is Fluorine an Essential Interphasial Component?

Kyosuke Doi, Yuki Yamada, Masaki Okoshi, Junichi Ono, Chien-Pin Chou, Hiromi Nakai, Atsuo Yamada

ANGEWANDTE CHEMIE-INTERNATIONAL EDITION 58(24) 8024-8028 2019年6月
Development of Large-Scale Excited-State Calculations Based on the Divide-and-Conquer Time-Dependent Density Functional Tight-Binding Method

Nana Komoto, Takeshi Yoshikawa, Junichi Ono, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 15(3) 1719-1727 2019年3月
Development of the Divide-and-Conquer Time-Dependent Density Functional Tight-Binding Method for Photoreceptor Protein

Nana Komoto, Takeshi Yoshikawa, Junichi Ono, Hiromi Nakai

JOURNAL OF COMPUTER CHEMISTRY-JAPAN 17(3) 127-129 2018年
Couplings between hierarchical conformational dynamics from multi-time correlation functions and two-dimensional lifetime spectra: Application to adenylate kinase

Junichi Ono, Shoji Takada, Shinji Saito

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 142(21) 2015年6月
Semiquantal molecular dynamics simulations of hydrogen-bond dynamics in liquid water using spherical gaussian wave packets

Junichi Ono, Kim Hyeon-Deuk, Koji Ando

INTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY 113(3) 356-365 2013年2月
Semiquantal molecular dynamics simulations of hydrogen-bond dynamics in liquid water using multi-dimensional Gaussian wave packets

Junichi Ono, Koji Ando

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 137(17) 2012年11月
Note: Inverted time-ordering in two-dimensional-Raman-terahertz spectroscopy of water

Peter Hamm, Janne Savolainen, Junichi Ono, Yoshitaka Tanimura

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 136(23) 2012年6月
Ultrafast energy relaxation and anisotropy decay of the librational motion in liquid water: A molecular dynamics study

Takuma Yagasaki, Junichi Ono, Shinji Saito

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 131(16) 2009年10月

MISC

バクテリオロドプシンの分子動画に基づく大規模量子分子動力学法によるプロトン移動反応の解析

小野純一, 今井みの莉, 西村好史, 中井浩巳

分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル 23(3) 171-175 2021年7月

担当経験のある科目(授業)

2022年4月 - 現在

くらしの中の物質 (東京女子大学)
2021年10月 - 現在

情報処理技法（リテラシ）II (東京女子大学)

共同研究・競争的資金等の研究課題

がん遺伝子産物RASのアロステリック共有結合阻害に向けた次世代型インシリコ創薬

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2024年4月 - 2027年3月

小野純一
高速分子動画と大規模励起状態分子動力学の共創が拓く光生命化学現象の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2022年4月 - 2024年3月

小野純一
新型コロナ標的タンパク質の共有結合阻害に向けた酵素反応分子動力学シミュレーション

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2021年4月 - 2024年3月

小野純一
光受容タンパク質の量子的分子動力学シミュレーションによる遍在プロトンの機能解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 基盤研究(S) 2018年6月 - 2023年3月

中井浩巳, 高野光則, 吉川武司, 小野純一
分子動画に基づく大規模量子分子動力学法による生体内プロトン輸送機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2020年4月 - 2022年3月

小野純一