西村好史 (Yoshifumi Nishimura) - マイポータル

基本情報

所属: 高度情報科学技術研究機構計算科学技術部研究員（任期付職員）

学位: 博士（理学）(名古屋大学)

J-GLOBAL ID: 201601011360980346
researchmap会員ID: 7000017441

研究キーワード

研究分野

ナノテク・材料 / 基礎物理化学 /

経歴

2026年4月 - 現在

高度情報科学技術研究機構, 計算科学技術部, 研究員（任期付職員）
2018年4月 - 現在

東京理科大学, 理学部第一部応用化学科, 講師（非常勤）
2018年4月 - 2026年3月

早稲田大学, 理工学術院総合研究所, 次席研究員（研究院講師）
2016年4月 - 2018年3月

早稲田大学, 理工学研究所, 次席研究員
2014年6月 - 2016年3月

分子科学研究所, 理論・計算分子科学研究領域, 特任研究員
2013年5月 - 2014年5月

國立交通大學, 應用化學系, 博士後研究員

学歴

2008年4月 - 2013年3月

名古屋大学, 大学院理学研究科, 物質理学専攻
2004年4月 - 2008年3月

名古屋大学, 理学部, 化学科

委員歴

2025年1月 - 現在

分子シミュレーション学会, 学会誌"アンサンブル"編集委員
2016年

第19回理論化学討論会, 実行委員

受賞

2017年3月

優秀講演賞（学術）, 日本化学会

西村好史
2008年3月

総長顕彰（学修への取り組み）, 名古屋大学

西村好史

論文

Development of a Fluctuation-Assisted Molecular Dynamics Method for the Efficient Exploration of Chemical Reactions

Sei Tsukamura, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

The Journal of Physical Chemistry Letters 17(11) 3102-3107 2026年3月査読有り
Extension of quantum-chemistry-based accelerated molecular dynamics by decomposing total energy into constituent atoms: A case study for density functional tight-binding simulations of condensed phase systems

Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

Chemical Physics Letters 882 142474 2026年1月査読有り
Insights into proton transfer dynamics in histidine tautomers of amyloid-β (1-40)

Yingqi Tang, Yoshifumi Nishimura, Nannan Li, Hai Li, Abbas Salimi, Kensuke Ishida, Aditya Wibawa Sakti, Hiromi Nakai, Rakesh Parida, Jin Yong Lee

Communications Chemistry 8 408 2025年12月査読有り
Enabling large-scale quantum path integral molecular dynamics simulations through the integration of Dcdftbmd and i-PI codes

Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

The Journal of Chemical Physics 158(16) 164101 2023年4月査読有り
Species-selective nanoreactor molecular dynamics simulations based on linear-scaling tight-binding quantum chemical calculations

Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

The Journal of Chemical Physics 158(5) 054106 2023年2月査読有り
Divide-and-Conquer Linear-Scaling Quantum Chemical Computations

Hiromi Nakai, Masato Kobayashi, Takeshi Yoshikawa, Junji Seino, Yasuhiro Ikabata, Yoshifumi Nishimura

The Journal of Physical Chemistry A 127(3) 589-618 2023年1月査読有り
Quantum-Mechanical Molecular Dynamics Simulations on Secondary Proton Transfer in Bacteriorhodopsin Using Realistic Models

Hiromi Nakai, Toshiaki Takemura, Junichi Ono, Yoshifumi Nishimura

The Journal of Physical Chemistry B 125(39) 10947-10963 2021年10月査読有り
Quantum Chemical Calculations for up to One Hundred Million Atoms Using Dcdftbmd Code on Supercomputer Fugaku

Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

Chemistry Letters 50(8) 1546-1550 2021年8月査読有り
Is Oxygen Diffusion Faster in Bulk CeO2 or on a (111)-CeO2 Surface? A Theoretical Study

Aditya Wibawa Sakti, Chien-Pin Chou, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

Chemistry Letters 50(4) 568-571 2021年4月査読有り
Density-Functional Tight-Binding Parameters for Bulk Zirconium: A Case Study for Repulsive Potentials

Aulia Sukma Hutama, Chien-pin Chou, Yoshifumi Nishimura, Henryk A. Witek, Stephan Irle

The Journal of Physical Chemistry A 125(10) 2184-2196 2021年3月査読有り
Hydroxide Ion Carrier for Proton Pumps in Bacteriorhodopsin: Primary Proton Transfer

Junichi Ono, Minori Imai, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B 124(39) 8524-8539 2020年10月査読有り
Hierarchical parallelization of divide‐and‐conquer density functional tight‐binding molecular dynamics and metadynamics simulations

Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

Journal of Computational Chemistry 41(19) 1759-1772 2020年7月15日査読有り
Spin-flip approach within time-dependent density functional tight-binding method: Theory and applications

Mayu Inamori, Takeshi Yoshikawa, Yasuhiro Ikabata, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

Journal of Computational Chemistry 41(16) 1538-1548 2020年3月27日査読有り
Large-Scale Molecular Dynamics Simulation for Ground and Excited States Based on Divide-and-Conquer Long-Range Corrected Density-Functional Tight-Binding Method

Nana Komoto, Takeshi Yoshikawa, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

Journal of Chemical Theory and Computation 16(4) 2369-2378 2020年3月2日査読有り
Confined water-mediated high proton conduction in hydrophobic channel of a synthetic nanotube

Ken-ichi Otake, Kazuya Otsubo, Tokutaro Komatsu, Shun Dekura, Jared M. Taylor, Ryuichi Ikeda, Kunihisa Sugimoto, Akihiko Fujiwara, Chien-Pin Chou, Aditya Wibawa Sakti …

Nature Communications 11(1) 843 2020年2月査読有り
Recent advances in quantum‐mechanical molecular dynamics simulations of proton transfer mechanism in various water‐based environments

Aditya Wibawa Sakti, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

Wiley Interdisciplinary Reviews: Computational Molecular Science 10(1) e1419 2020年1月31日査読有り
Cover Image, Volume 10, Issue 1

Aditya W. Sakti, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

WIREs Computational Molecular Science 10(1) 2020年1月査読有り
GPU‐Accelerated Large‐Scale Excited‐State Simulation Based on Divide‐and‐Conquer Time‐Dependent Density‐Functional Tight‐Binding

Takeshi Yoshikawa, Nana Komoto, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

Journal of Computational Chemistry 40(31) 2778-2786 2019年12月5日査読有り
Sodium‐ and Potassium‐Hydrate Melts Containing Asymmetric Imide Anions for High‐Voltage Aqueous Batteries

Qifeng Zheng, Shota Miura, Kasumi Miyazaki, Seongjae Ko, Eriko Watanabe, Masaki Okoshi, Chien‐Pin Chou, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai, Takeshi Kamiya …

Angewandte Chemie 131(40) 14340-14345 2019年10月30日査読有り
分割統治型密度汎関数強束縛分子動力学（DC-DFTB-MD）法による表面反応シミュレーション：Pt(111)表面上のプロトン拡散

中井浩巳, 西村好史, Aditya Wibawa Sakti, Tanabat Mudchimo, 周建斌

表面と真空 62(8) 486-491 2019年8月査読有り

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MISC

ゆらぎの定理を利用した自由エネルギー計算に関する理論的背景と非平衡分子動力学シミュレーションへの応用

束村晴, 菅波祐介, 赤津裕哉, 髙橋颯人, 西村好史, 中井浩巳

Journal of Computer Chemistry, Japan 24(1) A3-A11 2025年3月
光活性イエロータンパク質の光反応サイクルにおけるtrans-cis光異性化過程の量子的分子動力学シミュレーション解析

石田賢亮, 西村好史, 中井浩巳

Journal of Computer Chemistry, Japan 22(2) 9-11 2023年11月
バクテリオロドプシンの分子動画に基づく大規模量子分子動力学法によるプロトン移動反応の解析

小野純一, 今井みの莉, 西村好史, 中井浩巳

分子シミュレーション学会誌アンサンブル 23(3) 171-175 2021年7月
DCDFTBMDプログラムの公開

西村好史, 吉川武司, 中井浩巳

Journal of Computer Chemistry, Japan 17(5) A21-A27 2019年3月
分割統治型密度汎関数強束縛 (DC-DFTB)法に対する最近の開発と応用

西村好史, 中井浩巳

分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル 20(1) 18-23 2018年1月
分割統治型密度汎関数強束縛分子動力学(DC-DFTB-MD)法によるナノスケール系化学反応シミュレーション

西村好史, 中井浩巳

分子シミュレーション研究会会誌アンサンブル 18(2) 95-101 2016年4月
分割統治型密度汎関数強束縛分子動力学 (DC-DFTB-MD)法の最近の展開

西村好史, 海寳丈彰, 中井浩巳

Journal of Computer Chemistry, Japan 14(3) 43-46 2015年9月
Two mutually exclusive DFTB parameter sets for the simulation of chemical hydrogen sputtering on beryllium walls

Yoshifumi Nishimura, Jun Saito, Daisuke Yokogawa, Chien-Pin Chou, Henryk A. Witek, Stephan Irle

プラズマ・核融合学会誌 89(9) 594-598 2013年9月
First Principles-Based Estimate of the Critical SWCNT Length for Raman D and G Band Intensity Inversion

Yoshifumi Nishimura, Henryk Witek, Stephan Irle

ECS Meeting Abstracts MA2013-01(32) 1132-1132 2013年3月
(Invited) Dramatic Reduction of IR Vibrational Cross-sections of Molecules Encapsulated in Carbon Nanotubes

Dmitry Kazachkin, Yoshifumi Nishimura, Henryk Witek, Stephan Irle, Eric Borguet

ECS Meeting Abstracts MA2012-01(32) 1188-1188 2012年2月
COLL 170-Interaction of simple molecules with carbon nanotubes

Dmitry V. Kazachkin, Yoshifumi Nishimura, Nikolay Dementev, Stephan Irle, Keiji Morokuma, Radisav Vidic, Eric Borguet

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 236 2008年8月

講演・口頭発表等

111

化学反応の効率的探索に向けたfluctuation-assisted分子動力学法の開発

束村晴, 西村好史, 中井浩巳

日本コンピュータ化学会2026年春季年会 2026年6月
Development of a fluctuation-assisted molecular dynamics method for the efficient sampling of chemical reactions

Sei Tsukamura, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

第41回化学反応討論会 2026年6月
化学反応サンプリング加速のためのFluctuation-assisted分子動力学法の開発

束村晴, 西村好史, 中井浩巳

日本化学会第106春季年会 2026年3月
非断熱分子動力学計算を用いたindigo類分子の無輻射失活過程に関する理論的研究

小森谷蓮夏, 西村好史, 吉川武司, 山崎祥平, 中井浩巳

日本化学会第106春季年会 2026年3月
化学反応探索のための濃度ゆらぎを導入した分子動力学法の開発

束村晴, 西村好史, 中井浩巳

第39回分子シミュレーション討論会 2025年11月
Indigo類分子の無輻射失活過程に関する理論的研究

小森谷蓮夏, 西村好史, 吉川武司, 山崎祥平, 中井浩巳

第19回分子科学討論会 2025年9月
化学反応探索のための近平衡過程を経る分子動力学法の開発

束村晴, 西村好史, 中井浩巳

第19回分子科学討論会 2025年9月
化学反応を促進するゆらぎを取り込んだ分子動力学法の開発

束村晴, 西村好史, 中井浩巳

第27回理論化学討論会 2025年7月
線形スケーリング近似量子化学的手法による大規模生体・凝縮系の反応分子動力学シミュレーション

西村好史, 中井浩巳

第25回日本蛋白質科学会年会 2025年6月招待有り
ナノリアクター分子動力学法とJarzynski等式を用いた自由エネルギー計算手法の開発

束村晴, 西村好史, 中井浩巳

日本化学会第105春季年会 2025年3月
活性点の原子ダイナミクス解明にむけた大規模量子分子動力学計算手法の開拓

西村好史

日本化学会秋季事業第14回CSJ化学フェスタ2024 2024年10月
ナノリアクター分子動力学法における自由エネルギー計算に向けた熱力学的解析

束村晴, 西村好史, 中井浩巳

第18回分子科学討論会 2024年9月
量子化学計算の全エネルギー原子分割を用いた加速分子動力学法の検証

西村好史, 中井浩巳

第18回分子科学討論会 2024年9月
ナノリアクター分子動力学法の熱力学に関する理論的考察

中井浩巳, 西村好史

日本コンピュータ化学会2024年春季年会 2024年6月
ゼオライトにおける金属サブナノ粒子の動態予測に向けた量子分子動力学計算の適用

西村好史, 織田晃, 中井浩巳

第37回分子シミュレーション討論会 2023年12月
Species-selective Quantum Chemical Nanoreactor: Accelerated Sampling of Complex Chemical Processes

Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

The 6th Internation Conference on Molecular Simulation (ICMS 2023) 2023年10月
Extension and acceleration of nanoreactor molecular dynamics based on species-selective algorithm and linear-scaling tight-binding quantum chemical computations

Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai

The 5th conference of Theory and Applications of Computational Chemistry (TACC2023) 2023年9月
Proton conduction mechanism in water channels of ATP synthase studied by molecular dynamics simulation

Yukinari Kamiyama, Dan Parkin, Junichi Ono, Yoshifumi Nishimura, Hiromi Nakai, Mitsumori Takano

34th IUPAP Conference on Computational Physics (CCP2023) 2023年8月
Fo回転分子モーターにおけるプロトン移動機構

神山幸成, パーキン暖, 小野純一, 西村好史, 中井浩巳, 高野光則

第23回日本蛋白質科学会年会 2023年7月
光活性イエロータンパク質の光反応サイクルにおけるtrans-cis光異性化過程の量子的分子動力学シミュレーション解析

石田賢亮, 西村好史, 中井浩巳

日本コンピュータ化学会2023年春季年会 2023年6月

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担当経験のある科目(授業)

化学数学1 (東京理科大学)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

量子分子動力学計算による金属サブナノ粒子触媒反応の自由エネルギー解析

物質・デバイス領域共同研究拠点基盤共同研究 2025年4月 - 2026年3月

西村好史
大規模量子分子動力学計算プログラムDCDFTBMDの機能強化と新規解析手法の開拓

早稲田大学奨励研究 2024年10月 - 2026年3月

西村好史
金属サブナノ粒子触媒における熱的に活性な原子の理論的評価

物質・デバイス領域共同研究拠点基盤共同研究 2024年4月 - 2025年3月

西村好史
CO2擬高圧場を活用したCO2還元機構の低圧駆動

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(B) 学術変革領域研究(B) 2022年5月 - 2025年3月

織田晃, 西村好史
大規模量子化学計算に基づく階層的シミュレーションシステムの開発と応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

西村好史
大規模量子分子動力学計算技術の社会実装に関する研究

早稲田大学奨励研究 2021年10月 - 2024年9月

西村好史
分子シミュレーションに基づく金属サブナノ粒子触媒の動態とCO2還元反応機構に関する研究

物質・デバイス領域共同研究拠点基盤共同研究 2023年4月 - 2024年3月

西村好史
大規模励起状態ダイナミクスの開発及び光活性イエロータンパク質への実践的応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

吉川武司, 西村好史