岡田有意 (Ui Okada) - マイポータル

基本情報

所属: 東京科学大学生命理工学院助教

学位: 博士（理学）(北海道大学)

研究者番号: 20507181
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-7633-9308
J-GLOBAL ID: 201601018234573055
researchmap会員ID: 7000017679

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 構造生物化学 /

経歴

2024年10月 - 現在

東京科学大学, 生命理工学院, 助教
2016年4月 - 2024年9月

東京工業大学, 生命理工学院, 助教
2011年4月 - 2016年3月

東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 助教
2009年4月 - 2011年3月

東京工業大学, 大学院生命理工学研究科, 産学官連携研究員
2008年4月 - 2009年3月

北海道大学, 大学院先端生命科学研究院, 博士研究員

学歴

2005年4月 - 2008年3月

北海道大学, 大学院理学研究科, 生物科学専攻博士後期課程
2003年4月 - 2005年3月

北海道大学, 大学院理学研究科, 生物科学専攻修士課程
1999年4月 - 2003年3月

北海道大学, 理学部, 生物科学科

論文

Substrate specificity of Burkholderia pseudomallei multidrug transporters is influenced by the hydrophilic patch in the substrate‐binding pocket

Ui Okada, Satoshi Murakami

FEBS Letters 2026年2月査読有り筆頭著者責任著者
Drug susceptibility of Burkholderia pseudomallei multidrug transporters assessed by an agar-based assay

Ui Okada, Satoshi Murakami

DRYAD 2026年1月12日筆頭著者責任著者
Conformational plasticity across phylogenetic clusters of RND multidrug efflux pumps and its impact on substrate specificity

Mariya Lazarova, Thomas Eicher, Clara Börnsen, Hui Zeng, Mohd Athar, Ui Okada, Eiki Yamashita, Inga M. Spannaus, Max Borgosch, Hi-jea Cha …

Nature Communications 2025年11月26日査読有り
Structural interactions of BWC0977 with Klebsiella pneumoniae topoisomerase IV and biochemical basis of its broad-spectrum activity

Radha Nandishaiah, Satoshi Murakami, Shahul Hameed P, Maho Aoki, Ui Okada, Eiki Yamashita, Suryanarayanan Venkatesan, Nagakumar Bharatham, Sudipta Sarma, Anirudh P. Shanbhag …

Communications Biology 8(1) 2025年11月25日査読有り
9KGT: Crystal structure of topoisomerase IV from Klebsiella pneumoniae in complex with DNA and BWC0977, a dual-targeting broad-spectrum novel bacterial topoisomerase inhibitor.

S. Murakami, U. Okada, E. Yamashita, M. Aoki, S. Hameed, N. Katagihallimath, V. Balasubramanian, V. Ramachandran, S. Datta

Worldwide Protein Data Bank 2025年11月12日
9KBE: Crystal structure of mycolic acid transporter MmpL3 from Mycobacterium smegmatis complexed with indolcarboxamide

S. Murakami, U. Okada, E. Yamashita, M. Pieroni, E. Carosati

Worldwide Protein Data Bank 2025年11月5日
8Z1U: Crystal structure of aminoglycoside efflux transporter MexY from Pseudomonas aeruginosa

S. Murakami, E. Yamashita, U. Okada, M. Aoki

Worldwide Protein Data Bank 2025年10月15日
8ZXS: Crystal structure of multidrug efflux transporter OqxB from Klebsiella pneumoniae

S. Murakami, E. Yamashita, U. Okada

Worldwide Protein Data Bank 2025年6月18日
Conformational plasticity across phylogenetic clusters of RND multidrug efflux pumps and its impact on substrate specificity

Mariya Lazarova, Thomas Eicher, Clara Börnsen, Hui Zeng, Mohd Athar, Ui Okada, Eiki Yamashita, Inga M. Spannaus, Max Borgosch, Hi-jea Cha …

bioRxiv 1-30 2024年11月22日
RND型多剤排出トランスポーターの構造機能研究～輸送素過程の考察

村上聡, 岡田有意, 山下栄樹

生物物理 64(4) 185-189 2024年7月査読有り
Dissection of an ABC transporter LolCDE function analyzed by photo-crosslinking.

Kazuyuki Tao, Shin-ichiro Narita, Ui Okada, Satoshi Murakami, Hajime Tokuda

The Journal of Biochemistry 175(4) 427-437 2024年3月25日査読有り
7WLV: Crystal Structure of the Multidrug effulx transporter BpeF from Burkholderia pseudomallei.

T. Kato, L.-W. Hung, E. Yamashita, U. Okada, T.C. Terwilliger, S. Murakami

2023年7月19日
7WLS: Crystal structure of the multidrug efflux transporter BpeB from Burkholderia pseudomallei

T. Kato, L.-W. Hung, E. Yamashita, U. Okada, T.C. Terwilliger, S. Murakami

2023年7月19日
Crystal structures of multidrug efflux transporters from Burkholderia pseudomallei suggest details of transport mechanism

Takaaki Kato, Ui Okada, Li-Wei Hung, Eiki Yamashita, Heung-Bok Kim, Chang-Yub Kim, Thomas C. Terwilliger, Herbert P. Schweizer, Satoshi Murakami

Proceedings of the National Academy of Sciences 120(29) 2023年7月18日査読有り
Structural and functional characteristics of the tripartite ABC transporter

Ui Okada, Satoshi Murakami

Microbiology 168(11) 2022年11月30日査読有り筆頭著者
Structural and functional aspects of the macrolide efflux transporter, MacB - A tripartite ABC transporter

Okada, U., Murakami, S.

Therapeutic Protein Targets For Drug Discovery And Clinical Evaluation: Bio-crystallography And Drug Design 2022年10月筆頭著者
Structure and function relationship of OqxB efflux pump from Klebsiella pneumoniae

Nagakumar Bharatham, Purnendu Bhowmik, Maho Aoki, Ui Okada, Sreevalli Sharma, Eiki Yamashita, Anirudh P. Shanbhag, Sreenath Rajagopal, Teby Thomas, Maitrayee Sarma …

Nature Communications 12(1) 5400-5400 2021年12月査読有り
7CZ9: Crystal structure of multidrug efflux transporter OqxB from Klebsiella pneumoniae

S. Murakami, U. Okada, E. Yamashita

2021年9月22日
Tripartite transporters as mechanotransmitters in periplasmic alternating‐access mechanisms

Satoshi Murakami, Ui Okada, Hendrik W. van Veen

FEBS Letters 2020年12月査読有り
三者複合体形成型ABCトランスポーターMacBの構造解析

岡田有意, 村上聡

ファルマシア 56(6) 499-503 2020年6月査読有り筆頭著者

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MISC

結晶構造解析法・SELEX法によるTetRファミリー転写因子の機能解析

岡田有意, 林毅, 渡邉信久, 姚閔, 田中勲

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 8th 89 2008年5月23日筆頭著者
ゲノム解析により見いだされた新規タンパク質Corynebacterium glutamicum由来CGL2612タンパク質は薬剤耐性に関与する転写抑制因子である

Itou, H, Okada, U, Suzuki, H, Yao, M, Wachi, M, Watanabe, N, Shirakihara, Y, Tanaka, I

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 6th 2006年4月
X線結晶構造解析法とSELEX法の組み合わせによる,転写因子の機能同定に向けた研究

岡田有意, 伊藤啓, 湯通堂紀子, 木村誠, 田中勲

日本分子生物学会年会プログラム・講演要旨集 27th 796 2004年11月25日筆頭著者
Pyrococcus horikoshii由来転写制御タンパク質の構造・機能相関に向けた試み

伊藤啓, 岡田有意, 湯通堂紀子, 姚閔, 木村誠, 田中勲

日本結晶学会年会講演要旨集 2003 2003年12月
超好熱古細菌(Pyrococcus horikoshii)タンパク質Ph1932pのSELEX法による標的シスエレメントの検索

湯通堂紀子, 岡田有意, 伊藤啓, 田中勲, 木村誠

日本栄養・食糧学会西日本支部大会プログラム・講演要旨集 2003 78 2003年9月19日
Pyrococcus horikoshii由来機能未知タンパク質PH1061のX線結晶構造解析

岡田有意, 坂井直樹, 多鹿陽介, 姚閔, 渡邉信久, 田村具博, 田中勲

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 3rd 2003年6月筆頭著者

書籍等出版物

Therapeutic Protein Targets for Drug Discovery and Clinical Evaluation: Bio-Crystallography and Drug Design

Ui Okada, Satoshi Murakami (担当:分担執筆, 範囲:Structural and functional aspects on the macrolide efflux transporter, MacB — A tripartite ABC transporter)

2022年

講演・口頭発表等

Structural and functional analysis of multidrug RND transporter from Burkholderia pseudomallei

Ui Okada, Takaaki Kato, Li-Wei Hung, Eiki Yamashita, Heung-Bok Kim, Chang-Yub Kim, Thomas C. Terwilliger, Herbert P. Schweizer, Satoshi Murakami

Multi-Drug Efflux Systems Gordon Research Conference 2023
LolCDEとPalのin vitro相互作用解析

岡田有意, 幾代希, 安江卓馬, 村上聡

第3 回細胞形成研究会 2022年9月28日
Crystal structure of tripartite-type ABC transporter MacB from Acinetobacter baumannii

Ui Okada, Eiki Yamashita, Arthur Neuberger, Mayu Morimoto, Hendrik W. van Veen, Satoshi Murakami

PDB 50th Anniversary Symposium in Asia 2021年11月24日
Crystal structure of tripartite-type ABC transporter MacB from Acinetobacter baumannii

Ui Okada, Eiki Yamashita, Arthur Neuberger, Mayu Morimoto, Hendrik W. van Veen, Satoshi Murakami

Multi-Drug Efflux Systems Gordon Research Conference 2019
放線菌由来TetRファミリー転写因子の転写制御機構の解明

岡田有意, 林毅, 渡邉信久, 姚閔, 田中勲

2007年度日本生物物理学会北海道支部例会 2008年3月18日
Strategy to prepare integral membrane proteins for X-ray crystallography

Ui OKADA, Nobuhisa WATANABE, Isao TANAKA

The 9th Hokkaido-Seoul National University Joint Symposium
The CGL2612 protein, a newly identified protein by genomic DNA analysis on Corynebacterium glutamicum, is a drug resistance-related transcriptional repressor

Itou, H, Okada, U, Suzuki, H, Wachi, M, Yao, M, Watanabe, N, Shirakihara, Y, Tanaka, I

20th IUBMB International Congress of Biochemistry and Molecular Biology and 11th FAOBMB Congress 2006年6月18日
グルタミン酸生産菌由来の薬剤耐性関連膜蛋白質の発現・精製と機能解析

岡田有意, 伊藤啓, 姚閔, 渡邉信久, 田中勲

特定領域研究「生体超分子の構造形成と機能制御の原子機構」第2回公開シンポジウム
Comprehensive structure-based functional analysis on transcription factors

Itou, H, Okada, U, Yao, M, Watanabe, N, Tanaka, I

20th Congress and general assembly of International union of crystallography 2005年8月23日

担当経験のある科目(授業)

2019年 - 現在

生命理工学特別講義１ (東京工業大学、東京科学大学)
2017年 - 現在

生命理工学基礎実験・演習第一D (東京工業大学、東京科学大学)
2017年 - 現在

生命理工学基礎実験・演習第一C (東京工業大学、東京科学大学)
2017年 - 現在

生命理工学基礎実験・演習第一B (東京工業大学、東京科学大学)
2017年 - 現在

生命理工学基礎実験・演習第一A (東京工業大学、東京科学大学)
2011年 - 2016年

生命科学総合実験 (東京工業大学)
2011年 - 2016年

生命科学基礎実験 (東京工業大学)
2013年 - 2015年

生命理工学課題解決演習（生命科）第一物理化学 (東京工業大学)
2011年 - 2012年

基礎生命理工学演習（生命科学科）物理化学 (東京工業大学)

所属学協会

2004年 - 現在

日本分子生物学会
2003年 - 現在

日本蛋白質学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

透過経路に収まりきらない耐熱性エンテロトキシンの輸送を担うABC輸送体の構造基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2025年4月 - 2028年3月

岡田有意
左右非対称な構造変化を起こすABC輸送体MacBの基質輸送機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

岡田有意
三者複合体形成型ABC輸送体MacBによる基質輸送機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2018年4月 - 2022年3月

岡田有意
アミノ酸トランスポーターを標的とした新規作用機序の抗がん剤の開発

独立行政法人医薬基盤研究所先駆的医薬品・医療機器研究発掘支援事業 2012年4月 - 2017年3月

金井好克, 加藤将夫, 岡田有意, 閨正博, 北浦良彦
膜結合性タンパク質の調整と構造機能解析

独立行政法人科学技術振興機構戦略的創造研究推進事業（ERATO）村田脂質活性構造プロジェクト 2012年4月 - 2014年3月

メディア報道

東工大、「ＭａｃＢ」結晶構造を解析薬剤耐性機構の解明へ

日刊工業新聞 2017年11月新聞・雑誌

岡田有意

基本情報

研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

メディア報道

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