丹羽達也 (Tatsuya Niwa) - マイポータル

基本情報

所属: 東京科学大学総合研究院／細胞制御工学研究センター

J-GLOBAL ID: 201601007711298191
researchmap会員ID: 7000017723

研究分野

論文

Lipid Modification and Membrane Localization of Proteins in Cell-Free System.

Rena Matsumoto, Tatsuya Niwa, Kaori Kuno, Yasuhiro Shimane, Yutetsu Kuruma, Takashi Kanamori

ACS synthetic biology 2025年6月19日
Ribosomal expansion segment contributes to translation fidelity via N-terminal processing of ribosomal proteins.

Riku Nagai, Olivia L Milam, Tatsuya Niwa, William J Howell, Jacob A Best, Hideji Yoshida, Carver D Freeburg, John M Koomen, Kotaro Fujii

Nucleic acids research 53(10) 2025年5月22日
Pronounced expression of extracellular matrix proteoglycans regulated by Wnt pathway underlies the parallel evolution of lip hypertrophy in East African cichlids.

Nagatoshi Machii, Ryo Hatashima, Tatsuya Niwa, Hideki Taguchi, Ismael A Kimirei, Hillary D J Mrosso, Mitsuto Aibara, Tatsuki Nagasawa, Masato Nikaido

eLife 13 2025年4月22日
Dissecting the mechanism of NOP56 GGCCUG repeat-associated non-AUG translation using cell-free translation systems

Mayuka Hasumi, Hayato Ito, Kodai Machida, Tatsuya Niwa, Tomoya Taminato, Yoshitaka Nagai, Hiroaki Imataka, Hideki Taguchi

Journal of Biological Chemistry 2025年4月
A mini-hairpin shaped nascent peptide blocks translation termination by a distinct mechanism

Yushin Ando, Akinao Kobo, Tatsuya Niwa, Ayako Yamakawa, Suzuna Konoma, Yuki Kobayashi, Osamu Nureki, Hideki Taguchi, Yuzuru Itoh, Yuhei Chadani

Nature Communications 2025年3月8日
Seesaw protein: Design of a protein that adopts interconvertible alternative functional conformations and its dynamics.

Toma Ikeda, Tatsuya Nojima, Souma Yamamoto, Ryusei Yamada, Tatsuya Niwa, Hiroki Konno, Hideki Taguchi

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America 122(7) e2412117122 2025年2月18日
Autonomous ribosome biogenesis in vitro

Yuishin Kosaka, Yumi Miyawaki, Megumi Mori, Shunsuke Aburaya, Chisato Nishizawa, Takeshi Chujo, Tatsuya Niwa, Takumi Miyazaki, Takashi Sugita, Mao Fukuyama …

Nature Communications 16(1) 2025年1月8日
Intracellular Photocatalytic Proximity Labeling (iPPL) for Dynamic Analysis of Chromatin-Binding Proteins Targeting Histone H3.

Kazuki Miura, Hikaru Niimi, Tatsuya Niwa, Hideki Taguchi, Hiroyuki Nakamura

ACS chemical biology 19(12) 2412-2417 2024年12月20日
Laccase-catalyzed tyrosine click reaction with 1-methyl-4-arylurazole: rapid labeling on protein surfaces.

Keita Nakane, Chizu Fujimura, Shogo Miyano, Zhengyi Liu, Tatsuya Niwa, Hafumi Nishi, Tetsuya Kadonosono, Hideki Taguchi, Shusuke Tomoshige, Minoru Ishikawa …

Chemical communications (Cambridge, England) 2024年11月12日
Monitoring insulin fibrillation kinetics using chromatographic analysis

Pituwala Kankanamge Thirasara Sammani, Wijak Yospanya, Tatsuya Niwa, Ai Kohata, Hideki Taguchi, Kazushi Kinbara

International Journal of Biological Macromolecules 275 133660-133660 2024年8月
Conserved loop of a phase modifier endows protein condensates with fluidity

Honoka Kawamukai, Motonori Matsusaki, Takanari Tanimoto, Mai Watabe, Ken Morishima, Shunsuke Tomita, Yoichi Shinkai, Tatsuya Niwa, Taro Mannen, Hiroyuki Kumeta …

2024年7月4日
The ABCF proteins in Escherichia coli individually cope with 'hard-to-translate' nascent peptide sequences.

Yuhei Chadani, Shun Yamanouchi, Eri Uemura, Kohei Yamasaki, Tatsuya Niwa, Toma Ikeda, Miku Kurihara, Wataru Iwasaki, Hideki Taguchi

Nucleic acids research 2024年4月25日
Mechanistic dissection of premature translation termination induced by acidic residues-enriched nascent peptide

Yuhei Chadani, Takashi Kanamori, Tatsuya Niwa, Kazuya Ichihara, Keiichi I. Nakayama, Akinobu Matsumoto, Hideki Taguchi

Cell Reports 42(12) 113569-113569 2023年12月
Identification of Surface Markers and Functional Characterization of Myeloid Derived Suppressor Cell-Like Adherent Cells.

John Clyde Co Soriano, Shiho Tsutsumi, Daiya Ohara, Keiji Hirota, Gen Kondoh, Tatsuya Niwa, Hideki Taguchi, Tetsuya Kadonosono, Shinae Kizaka-Kondoh

Advanced biology e2300159 2023年11月20日
Proximity labeling and identification of endogenous client proteins recruited to Y15-based artificial granules tethering a bait protein.

Masahiro Hashimoto, Takayuki Miki, Tatsuya Niwa, Hisakazu Mihara

Journal of peptide science : an official publication of the European Peptide Society e3536 2023年8月14日
Regulated N-Terminal Modification of Proteins Synthesized Using a Reconstituted Cell-Free Protein Synthesis System.

Rena Matsumoto, Tatsuya Niwa, Yasuhiro Shimane, Yutetsu Kuruma, Hideki Taguchi, Takashi Kanamori

ACS synthetic biology 2023年6月16日
Identification and Characterization of Proteins That Are Involved in RTP1S-Dependent Transport of Olfactory Receptors.

Ryosuke Inoue, Yosuke Fukutani, Tatsuya Niwa, Hiroaki Matsunami, Masafumi Yohda

International journal of molecular sciences 24(9) 2023年4月25日
Prediction of chaperonin GroE substrates using small structural patterns of proteins.

Shintaro Minami, Tatsuya Niwa, Eri Uemura, Ryotaro Koike, Hideki Taguchi, Motonori Ota

FEBS open bio 2023年3月3日
プロファージ誘発によるリボソームレスキュー経路切替えとプロテオーム再編成(Prophage excision switches primary ribosome rescue pathway and rearranges the proteome in E. coli)

小野寺悠, 丹羽達也, 田口英樹, 茶谷悠平

日本細菌学雑誌 78(1) 129-129 2023年2月
A method to enrich polypeptidyl-tRNAs to capture snapshots of translation in the cell.

Ayako Yamakawa, Tatsuya Niwa, Yuhei Chadani, Akinao Kobo, Hideki Taguchi

Nucleic acids research 2023年1月30日

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MISC

翻訳反応の動態を捉えるためのペプチジル-tRNA検出法の開発

丹羽達也, 山川絢子, 茶谷悠平, 田口英樹

日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2024 (Web) 2024年
蛋白質の合成過程に潜む途上終結リスクは生物のプロテオームに配列的制約をもたらす

茶谷悠平, 伊藤遥介, 丹羽達也, 丹羽達也, 山川絢子, 町田幸大, 今高寛晃, 田口英樹, 田口英樹

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 23rd (CD-ROM) 2023年
翻訳停滞とリボソーム不安定化による非典型的翻訳現象の駆動と再構成

茶谷悠平, 田邉葵, 丹羽達也, 田口英樹

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 22nd (Web) 2022年
定量プロテオミクスを用いた大腸菌GroE依存基質のGroE欠乏条件下における分解機構の解析

丹羽達也, 茶谷悠平, 田口英樹

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 22nd (Web) 2022年
遺伝情報を拡張,再定義する非典型的翻訳の再構成

田邊葵, 茶谷悠平, 丹羽達也, 丹羽達也, 田口英樹, 田口英樹

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 94th (CD-ROM) 2022年
出芽酵母をモデルとしたリボソーム不安定化による生理機能制御の解析

寺内遥香, 伊藤遥介, 丹羽達也, 茶谷悠平, 田口英樹, 田口英樹

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 45th 2022年
大腸菌細胞質プロテアーゼ欠損株の定量プロテオミクス解析

丹羽達也, 上村英里, 茶谷悠平, 田口英樹

日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2021 (CD-ROM) 2021年
大腸菌のバイオフィルム形成と高温適応におけるJDPの機能的ヒエラルキー

杉本真也, 山中邦俊, 丹羽達也, 寺澤友梨香, 水之江義充, 小椋光, 金城雄樹

日本細菌学雑誌(Web) 76(1) 2021年
タンパク質合成の連続性はリボソームトンネル内の新生ポリペプチド鎖自身によって保証される

茶谷悠平, 菅田信幸, 丹羽達也, 伊藤遥介, 田口英樹

日本生化学会大会(Web) 93rd 2020年
翻訳伸長複合体による細胞内Mg²⁺濃度感知と恒常性維持機構

茶谷悠平, 丹羽達也, 和泉貴士, 菅田信幸, 長尾翌手可, 鈴木勉, 千葉志信, 伊藤維昭, 田口英樹

日本細菌学雑誌(Web) 75(1) 2020年
タンパク質合成の連続性は,リボソームトンネル構造と内包される新生ポリペプチド鎖により保証される

茶谷悠平, 菅田信幸, 伊藤遥介, 丹羽達也, 丹羽達也, 田口英樹, 田口英樹

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 92nd 2020年
リボソーム不安定化をトリガーとしたribosome hoppingによる大腸菌ORFの再定義

田邊葵, 茶谷悠平, 丹羽達也, 田口英樹

日本遺伝学会大会プログラム・予稿集 91st 2019年
タンパク質凝集体蓄積に呼応した新規シャペロン翻訳制御機構の解明

三輪つくみ, 茶谷悠平, 丹羽達也, 丹羽達也, 田口英樹, 田口英樹

日本細胞生物学会大会(Web) 71st 2019年
翻訳伸長ダイナミクスと新生鎖フォールディング

田口英樹, 茶谷悠平, 丹羽達也

生物物理(Web) 59(3) 2019年
大腸菌細胞質プロテアーゼ欠損株の定量プロテオミクス解析

丹羽達也, 丹羽達也, 上村英里, 茶谷悠平, 田口英樹, 田口英樹

日本プロテオーム学会大会プログラム・抄録集 2019 2019年
大腸菌mgtLを翻訳する70Sリボソームは細胞内Mg²⁺濃度センサーとして機能する

茶谷悠平, 丹羽達也, 和泉貴士, 菅田信幸, 長尾翌手可, 鈴木勉, 千葉志信, 伊藤維昭, 田口英樹

日本RNA学会年会要旨集 20th 2018年
新生鎖依存的な翻訳停止配列の探索

藤田智也, 茶谷悠平, 中東憲治, 丹羽達也, 岩崎信太郎, 田口英樹

日本RNA学会年会要旨集 19th 2017年
翻訳一時停止の網羅解析より見出された,新生ポリペプチド鎖によるリボソーム開裂現象とその生理学的意義

茶谷悠平, 丹羽達也, 和泉貴士, 菅田信幸, 長尾翌手可, 鈴木勉, 千葉志信, 伊藤維昭, 田口英樹

日本細胞生物学会大会(Web) 69th 2017年
リボソームプロファイリングを用いた新生鎖依存的な翻訳一時停止配列の解析

藤田智也, 岩崎信太朗, 茶谷悠平, 中東憲治, 丹羽達也, 田口英樹

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年
膜タンパク質シャペロンYidCの細胞内基質の探索

古清水智夏, 茶谷悠平, 丹羽達也, 田口英樹

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年

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共同研究・競争的資金等の研究課題

核内相分離構造体の骨格となるRNAと生理機能の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2024年4月 - 2027年3月

萬年太郎, 田岡万悟, 丹羽達也
プロテオームワイドなタンパク質構造状態の網羅解析法の実現とその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2024年4月 - 2027年3月

丹羽達也
無細胞タンパク質合成系とペプチドタグを利用したフォールディング進化系の確立

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

丹羽達也
翻訳速度リズムの変動が翻訳共役的フォールディングに与える影響

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2017年4月 - 2019年3月

丹羽達也, 田口英樹, 茶谷悠平, 岩崎信太郎
弱い相互作用を持つたんぱく質の新規デザイン

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2016年4月 - 2019年3月

笠原浩太, 鎌形清人, 丹羽達也
真核生物タンパク質の凝集性の網羅的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2013年4月 - 2015年3月

丹羽達也, 田口英樹
発現量の少ないタンパク質の凝集性とシャペロン要求性の解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2012年4月 - 2014年3月

丹羽達也
大腸菌シャペロンによるタンパク質凝集抑制効果の大規模解析

日本学術振興会科学研究費助成事業研究活動スタート支援 2010年 - 2011年

丹羽達也, 田口英樹

丹羽達也

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