奥田覚 (Satoru Okuda) - マイポータル

基本情報

所属: 金沢大学ナノ生命科学研究所准教授

学位: 博士（工学）(京都大学)

J-GLOBAL ID: 201601008741364144
researchmap会員ID: 7000018610

外部リンク: http://mechgen.jp

研究キーワード

研究分野

経歴

2019年4月 - 現在

金沢大学, ナノ生命科学研究所, 准教授
2016年10月 - 2020年3月

科学技術振興機構, さきがけ研究者
2016年4月 - 2018年3月

理化学研究所多細胞システム形成研究センター, 基礎科学特別研究員
2013年4月 - 2016年3月

理化学研究所多細胞システム形成研究センター, 研究員
2010年4月 - 2013年3月

日本学術振興会, 特別研究員 DC1

学歴

2010年4月 - 2013年3月

京都大学, 大学院工学研究科, マイクロエンジニアリング専攻
2008年4月 - 2010年3月

京都大学, 大学院工学研究科, 機械工学専攻
2004年4月 - 2008年3月

京都大学, 工学部, 物理工学科

受賞

2025年7月

JSDB Frontiers Prize, 日本発生生物学会

奥田覚
2024年4月

文部科学大臣表彰若手科学者賞, 多細胞組織のアクティブな機械特性と力学動態に関する研究, 文部科学省

奥田覚
2022年11月

優秀研究賞, マイクロ構造体上での組織変形を記述する粒子ベース力学モデルの開発, 化学とマイクロ・ナノシステム学会

山下忠紘, 松澤諒介,松尾瑛,深町崇耶,Philip Kollmannsberger,須藤亮,奥田覚
2021年6月

瀬口賞, 日本機械学会バイオエンジニアリング部門

奥田覚
2020年4月

日本機械学会賞（論文）, 日本機械学会

奥田覚, 鵜木克幸, 永樂元次, 坪田健一
2020年3月

ライジングスター賞, さきがけ「統合1細胞解析のための革新的技術基盤」研究領域

奥田覚
2019年3月

JBSE Papers of the Year, Bioengineering Division of Japan Society of Mechanical Engineers

Satoru Okuda, Katsuyuki Unoki, Mototsugu Eiraku, Ken-ichi Tsubota
2019年3月

JBSE Graphics of the Year, Bioengineering Division of Japan Society of Mechanical Engineers

Satoru Okuda, Katsuyuki Unoki, Mototsugu Eiraku, Ken-ichi Tsubota
2018年6月

Young Scientist Award for Presentation, Joint annual meeting of JSDB 51st and JSCB 70th

奥田覚
2018年1月

Poster Award "Biology Prize", RIKEN SPDR & FPR Presentation of Research Results

奥田覚
2017年7月

Yamaguchi Medal, Asian-Pacific Association for Biomechanics

奥田覚
2017年4月

奨励賞（研究）, 日本機械学会

奥田覚

論文

qMaLioffG: a genetically encoded green fluorescence lifetime-based indicator enabling quantitative imaging of intracellular ATP

Satoshi Arai, Hideki Itoh, Cong Quang Vu, Loan Thi Ngoc Nguyen, Mizuho Nakayama, Masanobu Oshima, Atsuya Morita, Kazuko Okamoto, Satoru Okuda, Aki Teranishi …

Nature Communications 16(1) 2025年11月13日査読有り
Axial Rotation Comprises Concurrent Twisting and Bending, Each Differentially Regulated by TGF-β Signaling

Yuki S. Kogure, Satoru Okuda, Kotaro Oka, Kohji Hotta

bioRxiv 2025年10月24日
Strain softening and hysteresis arising from 3D multicellular dynamics during long-term large deformation

Ken-ichi Tsubota, Shota Horikoshi, Tetsuya Hiraiwa, Satoru Okuda

Journal of the Mechanical Behavior of Biomedical Materials 168 107001-107001 2025年8月査読有り最終著者責任著者
An antiparallel cell circulation driven by self-alignment induces phase separation

Ryunosuke Karimata, Hidenori Hashimura, Shuhei A. Horiguchi, Taihei Fujimori, Satoshi Sawai, Satoru Okuda

bioRxiv 2025年7月31日最終著者責任著者
Epithelium Stratifies via Nucleation and Growth Induced by Foam-Geometric Instability

Shuya Fukamachi, Razib Datta, Duligengaowa Wuergezhen, Takehiko Ichikawa, Rei Yagasaki, Shuhei A. Horiguchi, Phoebe Leeaw, Kohei Omachi, Aiko Sada, Itaru Imayoshi …

bioRxiv 2024年12月26日最終著者責任著者
Circumferential actomyosin bundles drive endothelial cell deformations to constrict blood vessels

Yan Chen, Nuria Taberner, Jason da Silva, Igor Kondrychyn, Nitish Aswani, Guihua Chen, Yasushi Okada, Anne Karine Lagendijk, Satoru Okuda, Li-Kun Phng

bioRxiv 2024年12月23日
An actin bracket-induced elastoplastic transition determines epithelial folding irreversibility

Aki Teranishi, Misato Mori, Rihoko Ichiki, Satoshi Toda, Go Shioi, Satoru Okuda

Nature Communications 15 10476 2024年12月12日査読有り最終著者責任著者
Evolutionary changes leading to efficient glymphatic circulation in the mammalian brain

Narufumi Kameya, Itsuki Sakai, Kengo Saito, Toshihide Hamabe-Horiike, Yohei Shinmyo, Mitsutoshi Nakada, Satoru Okuda, Hiroshi Kawasaki

Nature Communications 15 10048 2024年12月4日査読有り責任著者
Distinct cellular and junctional dynamics independently regulate the rotation and elongation of the embryonic gut in Drosophila

Mikiko Inaki, Takamasa Higashi, Satoru Okuda, Kenji Matsuno

PLOS Genetics 20(10) e1011422-e1011422 2024年10月7日査読有り
Ex vivo SIM-AFM measurements reveal the spatial correlation of stiffness and molecular distributions in 3D living tissue

Itsuki Shioka, Ritsuko Morita, Rei Yagasaki, Duligengaowa Wuergezhen, Tadahiro Yamashita, Hironobu Fujiwara, Satoru Okuda

Acta Biomaterialia 189 351-365 2024年10月7日査読有り最終著者責任著者
Isotonic and minimally invasive optical clearing media for live cell imaging ex vivo and in vivo

Shigenori Inagaki, Nao Nakagawa-Tamagawa, Nathan Huynh, Yuki Kambe, Rei Yagasaki, Satoshi Manita, Satoshi Fujimoto, Takahiro Noda, Misato Mori, Aki Teranishi …

bioRxiv 2024年9月15日
Numerical assessment of the applicability of geometry-based force inference on homogeneous and heterogeneous cells

Shou Miyasaka, Keita Izumi, Satoru Okuda, Yuichiro Miki

PLOS ONE 19(4) e0299016-e0299016 2024年4月16日査読有り責任著者
Machine learning-based estimation of spatial gene expression pattern during ESC-derived retinal organoid development

Yuki Fujimura, Itsuki Sakai, Itsuki Shioka, Nozomu Takata, Atsushi Hashimoto, Takuya Funatomi, Satoru Okuda

Scientific Reports 13(1) 22781 2023年12月20日査読有り責任著者
Multicellular dynamics on structured surfaces: Stress concentration is a key to controlling complex microtissue morphology on engineered scaffolds

Ryosuke Matsuzawa, Akira Matsuo, Shuya Fukamachi, Sho Shimada, Midori Takeuchi, Takuya Nishina, Philip Kollmannsberger, Ryo Sudo, Satoru Okuda, Tadahiro Yamashita

Acta Biomaterialia 166 301-316 2023年8月査読有り責任著者
Modelling contractile ring formation and division to daughter cells for simulating proliferative multicellular dynamics

Satoru Okuda, Tetsuya Hiraiwa

European Physical Journal E 46(7) 2023年7月19日筆頭著者責任著者
Long-term adherent cell dynamics emerging from energetic and frictional interactions at the interface

Satoru Okuda, Tetsuya Hiraiwa

Physical Review E 107(3) 2023年3月17日査読有り筆頭著者責任著者
Actin crosslinking by α-actinin averts viscous dissipation of myosin force transmission in stress fibers

Hiroki Katsuta, Satoru Okuda, Kazuaki Nagayama, Hiroaki Machiyama, Satoru Kidoaki, Masashi Kato, Masahiro Sokabe, Takaki Miyata, Hiroaki Hirata

iScience 26(3) 106090-106090 2023年3月査読有り
Continuum modeling of non-conservative fluid membrane for simulating long-term cell dynamics

Satoru Okuda, Katsuhiko Sato, Tetsuya Hiraiwa

European Physical Journal E 45(8) 2022年8月査読有り筆頭著者責任著者
Src activation in lipid rafts confers epithelial cells with invasive potential to escape from apical extrusion during cell competition

Kentaro Kajiwara, Ping-Kuan Chen, Yuichi Abe, Satoru Okuda, Shunsuke Kon, Jun Adachi, Takeshi Tomonaga, Yasuyuki Fujita, Masato Okada

Current Biology 32(16) 3460-3476.e6 2022年8月査読有り
Polarized interfacial tension induces collective migration of cells, as a cluster, in a 3D tissue

Satoru Okuda, Katsuhiko Sato

Biophysical Journal 121(10) 1856-1867 2022年5月査読有り筆頭著者責任著者

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MISC

オルガノイドの形態形成シミュレーション

奥田覚

実験医学増刊 42(5) 124-129 2024年3月筆頭著者
脳構築における層構造形成の力学制御機構

奥田覚

Brain Science Review 2022 2022年4月筆頭著者
細胞競合の力学的理解

坪井有寿, 奥田覚, 藤本仰一

医学のあゆみ 274(5) 537-543 2020年8月
１細胞統合モデルによる多細胞組織の形態予測,

奥田覚

生体の科学 70(4) 2019年
組織・器官の形成過程における細胞変形の原理とモデル化

奥田覚

病理と臨床 37(7) 2019年
三次元バーテックスモデルによる物理シミュレーションとオルガノイドへの応用

奥田覚

実験医学別冊決定版オルガノイド実験スタンダード 2019年
眼杯オルガノイド×Computational Biologyーin vitroとin silicoの相補的アプローチ

奥田覚

実験医学 35(16) 2683-2688 2017年
器官をつくる―in vitro眼杯形成モデルと力学シミュレーションによる変形メカニズムの検証

奥田覚, 永楽元次

実験医学 33(3) 405-410 2015年
多細胞のダイナミクスに基づいた3次元組織形成シミュレーション

奥田覚, 井上康博, 安達泰治

MOOK別冊「細胞の3次元組織化に不可欠な最先端材料技術―再生医療，その支援分野（細胞研究，創薬研究）への応用と発展のために」第4章4項2節 2014年

講演・口頭発表等

106

Elastoplastic Transition Regulating the Irreversibility of Epithelial Folding in Morphogenesis

Aki Teranishi, Satoru Okuda

Japan-Germany Young Professionals Meeting 2025年9月25日
Engineering Epithelial Layer Structures via Cell Surface Tension Using a 3D Vertex Model

Chayanit Thiticharoentam, Satoru Okuda

The 63rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2025年9月26日
Mechanical Instability Induces Transition in Epithelial Layer Structure via Nucleation and Growth

Shuya Fukamachi, Razib Datta, Makiko Arai, Rei Yagasaki, Shuhei A. Horiguchi, Satoru Okuda

The 63rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2025年9月25日
A divergent pattern of cell shape and motility arising from a tensile gradient of non-conserved cell membrane

Valentina Tyukosova, Satoru Okuda

The 63rd Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan 2025年9月25日
Mechanics of otic vesicle expansion reveal evolutionary divergence in vertebrates

Shuhei Horiguchi, Shunya Kuroda, Satoru Okuda

Coarse-Graining Tissue Mechanics 2025 2025年9月25日
Epithelium stratifies via nucleation and growth induced by foam-geometric instability

Satoru Okuda

Coarse-Graining Tissue Mechanics 2025 2025年9月23日招待有り
内耳の二通りのつくり方

黒田春也, 堀口修平, 加藤壮一郎, 早坂央希, 亀井宏泰, 高木亙, 樋口真之輔, 平沢達矢, 山下未来, 藤村衡至, 平岡潔, 鈴木菜花, 鈴木誠, 清成寛, 倉谷滋, 奥田覚

日本動物学会第96回名古屋大会 2025年9月5日
弾塑性転移：形態形成の一方向性を決める力学

奥田覚

第65回日本先天異常学会学術集会 2025年7月27日招待有り
Ex vivo SIM-AFM measurements for revealing the spatial correlation of stiffness and molecular distributions in 3D living tissue

Itsuki Shioka, Satoru Okuda

The 48th Annual Meeting of the Japan Neuroscience Society 2025年7月25日
Multicellular Mechanics in Self-Organizing Morphogenesis

Satoru Okuda

Joint Meeting of JSCB 77th and JSDB 58th 2025年7月17日招待有り
Actin-Bracket Formation via Mechanosensitive Pathways Regulates Epithelial Folding Irreversibility

Aki Teranishi, Misato Mori, Rihoko Ichiki, Go Shioi, Satoru Okuda

Joint Meeting of JSCB 77th and JSDB 58th 2025年7月16日
Structural Transitions of Oncogenic Intestine Organoid during Malignant Transformation

Phoebe Leeaw, Shunya Kuroda, Mizuho Nakayama, Dong Wang, Hiroko Oshima, Masanobu Oshima, Satoru Okuda

Joint Meeting of JSCB 77th and JSDB 58th 2025年7月16日
Elastoplastic Transition in Epithelial Folding for Determining the Unidirectionality of Morphogenesis

Satoru Okuda

ACMB-JSMB2025 2025年7月10日招待有り
Distinct mechanical constraints determine the divergence of inner ear morphogenesis across vertebrates

Shuhei A. Horiguchi, Shunya Kuroda, Satoru Okuda

ACMB-JSMB2025 2025年7月8日
Elastoplastic Transition Determines Epithelial Folding Irreversibility: Ensuring Unidirectional Morphogenesis

Aki Teranishi, Misato Mori, Rihoko Ichiki, Go Shioi, Satoru Okuda

The 85th Fujihara Seminar "The mechanics of life across scales" 2025年5月27日
Development of ex vivo SIM-AFM for revealing the spatial correlation of elastic modulus and molecular distributions in 3D living tissue

Itsuki Shioka, Satoru Okuda

The 85th Fujihara Seminar "The mechanics of life across scales" 2025年5月26日
Epithelial Stratification Driven by Form-Geometric Instability through Nucleation-Growth Process

Shuya Fukamachi, Razib Datta, Rei Yagasaki, Shuhei A. Horiguchi, Satoru Okuda

The 85th Fujihara Seminar "The mechanics of life across scales" 2025年5月26日
Elastoplastic Transition Determines Epithelial Folding Irreversibility: Ensuring Unidirectional Morphogenesis

Aki Teranishi, Misato Mori, Rihoko Ichiki, Go Shioi, Satoru Okuda

The 85th Fujihara Seminar "The mechanics of life across scales" 2025年5月26日
形態形成の不可逆性を決定する上皮折り目の弾塑性転移

奥田覚

日本機械学会第37回バイオエンジニアリング講演会 2025年5月24日
脊椎動物に相同な内耳の力学的形成機構は進化の過程で二種類へと分岐した

奥田覚

日本機械学会第37回バイオエンジニアリング講演会 2025年5月24日

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所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

器官工作技術の開発と形態形成・進化メカニズムの解明

科学技術振興機構戦略的創造研究推進事業 CREST 2024年4月 - 2030年3月

奥田覚, 磯部圭佑
テレスコープモデルに基づく皮膚付属器官の多様性創発原理の解明とその応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2025年4月 - 2029年3月

藤原裕展, 二階堂愛, 奥田覚
多細胞組織の適応的な機械特性によって器官形成が頑強に制御される機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2028年3月

奥田覚
発生・老化過程における脳内力学マップの構築

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2025年6月 - 2027年3月

奥田覚, 河崎洋志
メカノケミカルフィードバックによる自律的秩序化原理の理論展開

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2022年6月 - 2027年3月

柴田達夫, 奥田覚
ＥＣＭが弾性を介して神経可塑性を制御する機構：新規ＡＦＭによる脳内の網羅計測

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2024年4月 - 2026年3月

奥田覚
３Ｄ力学動態モデリングによる細胞競合現象の理論的な理解

日本学術振興会科学研究費助成事業学術変革領域研究(A) 2024年4月 - 2026年3月

奥田覚
核内の粘弾的特性がNanogの転写調節領域の空間的ゆらぎを制御する

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

岡本和子, 奥田覚
タンパク工学を用いた老化におけるシナプス周囲コラーゲンの役割の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2021年10月 - 2025年3月

長井淳, 早野元詞, 奥田覚
三次元多細胞組織のアクティブな機械特性とその適応的な制御機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

奥田覚, 岡本和子
器官形成における組織弾塑性の適応的な制御機構と内部構造ゆらぎの役割

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2022年6月 - 2024年3月

奥田覚
立体組織の形成過程を最適化するモデルベース培養法の開発

国立研究開発法人日本医療研究開発機構再生医療実現拠点ネットワークプログラム 2021年4月 - 2024年3月

奥田覚
力学場と生化学場の相互作用の計測・操作と予測

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業 CREST 2019年 - 2024年

今吉格
器官形成において細胞が生じる力の動的ゆらぎ特性とその材料力学的な役割

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2020年7月 - 2022年3月

奥田覚
網膜オルガノイド形成におけるアクチン細胞骨格の動的ゆらぎ特性とその役割の解明

ノバルティス科学振興財団ノバルティス研究奨励金 2020年4月 - 2021年3月

奥田覚
脳構築における層構造形成の力学制御機構

ブレインサイエンス振興財団研究助成 2020年4月 - 2021年3月

奥田覚
器官形成における細胞骨格の動的ゆらぎ特性とその役割

上原記念生命科学財団研究奨励金 2020年4月 - 2021年3月

奥田覚
脳発生の数理モデリング：細胞分化・増殖の時間制御から空間構築への変換機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年4月 - 2021年3月

奥田覚
上皮細胞の集団運動: 形態形成の基礎メカニズムの解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2017年4月 - 2020年3月

佐藤勝彦, 梅津大輝, 奥田覚
１細胞動態の統合モデリングによる三次元組織形成の予測制御

科学技術振興機構戦略的創造研究推進事業さきがけ 2016年10月 - 2020年3月

奥田覚

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産業財産権

特願2023-088762 細胞品質評価装置、細胞品質評価方法およびプログラム

宮坂翔, 三木裕一朗, 和泉啓太, 奥田覚
WO2017-090741 細胞塊に関する領域検出方法及び領域検出装置

奥田覚, 永樂元次, 桑原篤

奥田覚

基本情報

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研究分野

経歴

学歴

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論文

MISC

講演・口頭発表等

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

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