志波優 (Yuh Shiwa) - マイポータル

基本情報

所属: 東京農業大学生命科学部分子微生物学科准教授
: (兼任)生物資源ゲノム解析センター主任研究員

J-GLOBAL ID: 201701002803361286
researchmap会員ID: 7000020699

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ライフサイエンス / ゲノム生物学 /

論文

125

RNA-seq dataset of superworm (Zophobas atratus) feeding on polystyrene foam

Yuh Shiwa, Shinya Kudo, Ayano Watanabe, Takeshi Doi, Mariko Shimizu-Kadota

Data in Brief 2026年8月
Phylogenomic insights into Taphrinomycotina and genomic features of Saitoella coloradoensis based on whole-genome sequencing at the chromosome level, with a proposal of the new class Saitoellomycetes

Yuuki Kobayashi, Junta Sugiyama, Rahul Sk, Yuh Shiwa, Keita Aoki, Naoto Tanaka, Masako Takashima

Mycologia 2026年3月4日
An APP-centered molecular gateway integrates innate immunity and retinoic acid signaling to drive irreversible metamorphic commitment

Ryohei Furukawa, Mizuki Taguchi, Narufumi Kameya, Keisuke Tanaka, Haruka Sato, Takehiko Itoh, Yuh Shiwa

2026年1月24日
Lactic acid production of bacteria from tree barks and proposal of Sporolactobacillus caesalpiniae sp. nov.

Jenjuiree Mahittikon, Sitanan Thitiprasert, Nuttha Thongchul, Naoto Tanaka, Yuh Shiwa, Nitcha Chamroensaksri, Wongsakorn Phongsopitanun, Somboon Tanasupawat

International journal of systematic and evolutionary microbiology 75(9) 2025年9月
Complete genome sequence of Levilactobacillus acidifarinae type strain JCM 15949 (DSM 19394).

Mugihito Oshiro, Keisuke Nakamura, Rahul Sk, Yukihiro Tashiro, Yuh Shiwa

Microbiology resource announcements 14(8) e0037425 2025年8月14日
Continuous intake of galacto-oligosaccharides containing syrup contributes to maintaining the health of household cats by modulating their gut microbiota.

Atsuko Hokkyo, Sayaka Kakiyama, Yuh Shiwa, Chiaki Kaga, Toshihide Kobayashi, Koji Nomoto, Naomi Harima-Mizusawa

Bioscience of microbiota, food and health 44(2) 137-145 2025年
Differences in Gene Expression in Germinated Soybean Seeds Among Four Cultivars, as Identified by Single Seed High-Throughput RNA Sequencing

Kosuke Nakamura, Takahiro Gondo, Shinji Chiba, Satoshi Akimoto, Jumpei Narushima, Kazunari Kondo, Yohei Sugano, Hidenori Tanaka, Masatsugu Hashiguchi, Yuh Shiwa …

Agriculture 2024年12月13日
The rhizosphere bacterial community of water yam (Dioscorea alata L.) under limited water conditions

Shunta Kihara, Kosuke Yamamoto, Yuh Shiwa, Minenosuke Matsutani, Hidehiko Kikuno, Hironobu Shiwachi

JOURNAL OF SUSTAINABLE AGRICULTURE AND ENVIRONMENT 3(4) 2024年10月
Shotgun metagenomic sequencing of swab samples from Japanese university campuses.

Megumu Tsujimoto, Dewa A P Rasmika Dewi, Christopher E Mason, Yuh Shiwa, Haruo Suzuki

Microbiology resource announcements 13(7) e0021024 2024年7月18日
Genomic Assessment of Potential Probiotic Lactiplantibacillus plantarum CRM56-2 Isolated from Fermented Tea Leaves.

Engkarat Kingkaew, Naoto Tanaka, Yuh Shiwa, Jaruwan Sitdhipol, Rattanatda Nuhwa, Somboon Tanasupawat

Tropical life sciences research 35(2) 249-269 2024年7月
Changes in the rhizosphere and root-associated bacteria community of white Guinea yam (Dioscorea rotundata Poir.) impacted by genotype and nitrogen fertilization

Ayodeji Peter Idowu, Kosuke Yamamoto, Takahiko Koizumi, Minenosuke Matsutani, Kanako Takada, Yuh Shiwa, Asrat Asfaw, Ryo Matsumoto, Michel Ouyabe, Babil Pachakkil …

Heliyon 10(12) e33169-e33169 2024年6月
Antimicrobial activity, genome analysis, and gene cluster encoding the plantaricin production of Lactiplantibacillus plantarum ZBK1-5

Choovet, N., Jirakanjanasit, T., Subphon, P., Thepsombat, S., Kingkaew, E., Tanaka, N., Shiwa, Y., Tanasupawat, S., Phuengjayaem, S.

ScienceAsia 50(2) 2024年
Continuous intake of galacto-oligosaccharides containing syrup contributes to maintaining the health of household dogs by modulating their gut microbiota.

Atsuko Hokkyo, Sayaka Kakiyama, Yuh Shiwa, Chiaki Kaga, Toshihide Kobayashi, Koji Nomoto, Naomi Harima-Mizusawa

Bioscience of microbiota, food and health 43(3) 204-212 2024年
Microbial composition and metabolic profiles during machine-controlled intra-factory fermentation of cocoa beans harvested in semitropical area of Japan.

Hiroya Nishimura, Yuh Shiwa, Satoru Tomita, Akihito Endo

Bioscience of microbiota, food and health 43(1) 29-42 2024年査読有り
Chromosome-level genome assemblies of Cutaneotrichosporon spp. (Trichosporonales, Basidiomycota) reveal imbalanced evolution between nucleotide sequences and chromosome synteny

Yuuki Kobayashi, Ayane Kayamori, Keita Aoki, Yuh Shiwa, Minenosuke Matsutani, Nobuyuki Fujita, Takashi Sugita, Wataru Iwasaki, Naoto Tanaka, Masako Takashima

BMC Genomics 24(1) 653-653 2023年10月11日
yaaJ, the tRNA-Specific Adenosine Deaminase, Is Dispensable in Bacillus subtilis

Akiko Soma, Atsushi Kubota, Daisuke Tomoe, Yoshiho Ikeuchi, Fujio Kawamura, Hijiri Arimoto, Yuh Shiwa, Yu Kanesaki, Hideaki Nanamiya, Hirofumi Yoshikawa …

Genes 14(8) 1515-1515 2023年7月25日査読有り
Evaluation of rRNA depletion methods for capturing the RNA virome from environmental surfaces.

Yuh Shiwa, Tomoya Baba, Maria A Sierra, JangKeun Kim, Christopher E Mason, Haruo Suzuki

BMC research notes 16(1) 142-142 2023年7月7日
Urban Microbiomes in Narita, Chiba, Japan: Shotgun Metagenome Sequences of a Train Station.

Dewa A P Rasmika Dewi, Yuh Shiwa, Krista Ryon, Christopher E Mason, Tetsuya Matsumoto, Haruo Suzuki

Microbiology resource announcements 12(1) e0109222 2023年1月24日
Effects of Two Different Inoculation Methods Using a Synthetic Essential Core Bacterial Community on Water Yam (Dioscorea alata L.)

LISWADIRATANAKUL Sumetee, YAMAMOTO Kosuke, WATTANADATSAREE Vatanee, SHIWA Yuh, SHIWACHI Hironobu

Tropical Agriculture and Development 67(2) 31-37 2023年
Characterization of L-(+)-Lactic Acid Producing Weizmannia coagulans Strains from Tree Barks and Probiogenomic Evaluation of BKMTCR2-2

Mahittikon, J., Thitiprasert, S., Thongchul, N., Tanaka, N., Shiwa, Y., Chamroensaksri, N., Tanasupawat, S.

Microbiology and Biotechnology Letters 51(4) 2023年

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MISC

病原性酵母Candida glabrataにおけるリボソームタンパク質遺伝子の転写制御機構の解明

中村美春, 島村直希, 志波優, 松谷峰之介, 知花博治, 笠原浩司

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 47th 2024年
異なる土壌水分条件下におけるホワイトギニアヤム(Dioscorea rotundata Poir.)の共生細菌叢解析

木原駿太, 松本亮, 志波優, 志波優, 山本紘輔, 松谷峰之介, 松谷峰之介, 志和地弘信

日本微生物生態学会大会(Web) 37th 2024年
一般家庭で飼養されている健康な犬に対するガラクトオリゴ糖の機能性評価

法橋亜都子, 柿山明香, 志波優, 鈴木英梨香, 加賀千晶, 小林稔秀, 野本康二, 水澤直美

ペット栄養学会誌 26(Suppl) suppl_29-suppl_30 2023年6月30日
全ゲノム情報に基づいた担子菌酵母の変異と種分化の解析

小林裕樹, 栢森綺音, 青木敬太, 志波優, 松谷峰之介, 藤田信之, 杉田隆, 岩崎渉, 大熊盛也, 田中尚人 …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
異なる土壌水分条件下におけるダイジョ(Dioscorea alata L.)の共生細菌叢解析

木原駿太, 山本紘輔, 志波優, 菊野日出彦, 松谷峰之介, 志和地弘信

日本微生物生態学会大会(Web) 36th 2023年
病原性真菌カンジダ・グラブラータにおけるリボソームタンパク質遺伝子の転写制御機構の解明

中村美春, 島村直希, 竹内建樹, 中林幸佳, 志波優, 松谷峰之介, 古久保哲朗, 知花博治, 笠原浩司

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
免疫抑制剤ラパマイシン,及びFK506の標的分子FKBP12のヒト細胞における機能の解明

溝口明日香, 安藤悠里, 田口啓護, 志波優, 松谷峰之介, 片岡浩介, 笠原浩司

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 46th 2023年
次世代シーケンサーによるゴルフ場グリーン土壌の細菌叢および真菌叢の解析

宇城正和, 宇城正和, 渡邉秀富, 荒井賢一郎, 松谷峰之介, 志波優

芝草研究 52(1) 2023年
環境試料へのシデロフォア添加によるバイオフィルム形成および構成する菌株の特性—Effects of siderophore on biofilm formation in environmental samples and the characteristics of its constituent strains

久富敦, 志波優, 藤田信之, 田中尚人

日本微生物資源学会誌 = Microbial resources and systematics 38(1) 31-40 2022年6月
生物資源ゲノム解析センターの活動状況と今後の展望—The activities and future prospects of NODAI Genome Research Center

田中啓介, 志波優, 矢嶋俊介

細胞 53(13) 854-857 2021年11月
生物資源ゲノム解析センターの活動状況と今後の展望—The activities and future prospects of NODAI Genome Research Center

田中啓介, 志波優, 矢嶋俊介

アグリバイオ = Agricultural biotechnology 5(7) 684-688 2021年7月
微生物群集解析による生分解性プラスチック分解の影響

門屋亨介, 田中尚人, 藤田信之, 志波優, 田口精一

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2021 2021年
ゲノム編集生物に残留する意図せざるDNA切断の予測・検出法の評価

中村公亮, 木俣真弥, 成島純平, 志波優, 秋本智, 曽我慶介, 権藤崇裕, 明石良, 近藤一成

日本薬学会年会要旨集 140年会 26F-pm06 2020年3月
ウイスキー由来乳酸菌Lactobacillus helveticusの環境適応と進化

城戸良彦, 前野慎太朗, 久保田恵理, 志波優, 志波優, 遠藤明仁

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2020 2020年
ウイスキーもろみ由来乳酸菌Lactobacillus helveticusの環境適応と進化

城戸良彦, 前野慎太朗, 久保田恵理, 志波優, 志波優, 遠藤明仁

日本乳酸菌学会誌 31(3) 2020年
ウイスキーもろみ由来乳酸菌Lactobacillus helveticusのゲノムレベルおよび表現性状レベルでの環境適応

城戸良彦, 前野慎太朗, 吉瀬祐子, 志波優, 志波優, 遠藤明仁

日本農芸化学会北海道支部学術講演会講演要旨集(Web) 2020 2020年
スルフォラファンが腸内細菌叢に及ぼす影響と肥満抑制効果の解析

小高愛未, 正路健太, 松谷峰之介, 志波優, 志波優, 松本雄宇, 松本雄宇, 鈴木司, 鈴木司, 山本祐司 …

日本栄養・食糧学会大会講演要旨集 74th 2020年
スルフォラファンの肥満抑制効果に対する腸内細菌叢の変化の解析

小高愛未, 正路健太, 松谷峰之介, 志波優, 志波優, 松本雄宇, 松本雄宇, 鈴木司, 鈴木司, 山本祐司 …

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2020 2020年
東京農業大学×JA経営実務共同プロジェクト 21世紀における新しい実学を求めて(第13回)農業におけるナノバブル水の科学的根拠を求めて : 東京農業大学と(株)カクイチの挑戦

山本絋輔, 志波優, 内野昌孝, 加藤拓, 株式会社カクイチ

農業協同組合経営実務 74(11) 18-28 2019年10月
抑うつ症状の指標と関連するDNAメチル化マーカーのキャプチャ法による探索

小野加奈子, 大桃秀樹, 福本健太郎, 小巻翔平, 事崎由佳, 八谷剛史, 大友亮, 篠崎夏子, 志波優, 古川亮平 …

日本遺伝カウンセリング学会誌 40(2) 162-162 2019年7月

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書籍等出版物

実験医学別メタゲノムデータ解析 16Sも! ショットガンも! ロングリードも! 菌叢解析が得意になる凄技レシピ

坊農秀雅, 志波優 (担当:共著)

羊土社 2021年12月2日
実験医学別冊最強のステップUPシリーズロングリードWET&DRY解析ガイドシークエンスをもっと自由に！

荒川和晴, 宮本真理, 志波優 (担当:共著)

羊土社 2021年9月21日
次世代シークエンサーDRY解析教本改訂第2版

清水厚志, 坊農秀雅, 志波優 (担当:共著, 範囲:「Level2（実践編）０からはじめるメタゲノム解析」(p203-220) を執筆。本節ではQIIME 2ソフトウェアを用いて、メタ16S解析の基本的な解析プロトコルを紹介した。)

学研メディカル秀潤社 2019年12月12日
遺伝子治療・診断の最先端技術と新しい医薬品・診断薬の開発

兼崎友, 志波優, 吉川博文 (担当:共著, 範囲:「第5章12節微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用」（p.176-182）を共著。本節では微生物研究での次世代シークエンサーの有効活用方法について解説した。各種次世代シーケンサーの特徴比較、アプリケーションを概説し、汎用される新規ゲノム解析、リシーケンス解析、トランスクリプトーム解析における、解析ノウハウについて詳説した。また、ライブラリー調製、機器操作・メンテナンスにおけるノウハウ・トラブル対応策についても詳説した。また、バイオインフォマティクス解析における注意事項、具体的な活用事例についても詳説した。)

技術情報協会 2014年5月

講演・口頭発表等

ジネンジョ (Dioscorea japonica) の植物生育促進細菌の探索

松平智輝, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優

日本土壌微生物学会2022年度大会（オンライン開催） 2022年6月18日
メタ 16S 解析を用いたジネンジョの植物生育促進細菌の探索

松平智輝, 中山卓, Babil Pachakkil, 志和地弘信, 田中尚人, 志波優

日本微生物生態学会第 34 回大会（オンライン開催） 2021年10月30日
サイクロン法で捕集された微小粒子状物質 (PM2.5) のメタゲノム解析の試み

山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優

日本微生物生態学会第 34 回大会（オンライン開催） 2021年10月30日
サイクロン法で採集された微小粒子状物質(PM2.5)からの細菌群集解析の試み

山中海, 奥田知明, 鈴木治夫, 志波優

第15回日本ゲノム微生物学会年会 2021年3月4日
Transcriptional analysis of carbon catabolite repression (CCR) in an efficient L-(+)-lactic acid-producing bacterium Enterococcus mundtii QU 25 grown in media with combinations of cellobiose, xylose, and glucose

Yuh Shiwa, Haruko Fujiwara, Mao Numaguchi, Mohamed Ali Abdel-Rahman, Keisuke Nabeta, Yu Kanesaki, Yukihiro Tashiro, Takeshi Zendo, Naoto Tanaka, Nobuyuki Fujita, Hirofumi Yoshikawa, Kenji Sonomoto, Mariko Shimizu-Kadota

BACELL2020 2020年4月19日
Nanopore解析用Galaxyの構築

志波優

第8回生命医薬情報学連合大会BoF「データ解析ワークフローの共有に向けて」 2019年9月9日
セロビオースとキシロースを糖源とした Enterococcus mundtii QU 25 の生育時におけるトランスクリプトーム解析

志波優, 藤原治子, 沼口真緒, 鍋田啓介, 兼崎友, 田代幸寛, 善藤威史, 田中尚人, 藤田信之, 吉川博文, 園元謙二, 門多真理子

令和元年度グラム陽性菌ゲノム機能会議（筑波山江戸屋、つくば市） 2019年9月6日
セロビオースとキシロースを糖源とした Enterococcus mundtii QU 25 の生育時におけるトランスクリプトーム解析

志波優, 藤原治子, 沼口真緒, 鍋田啓介, 兼崎友, 田代幸寛, 善藤威史, 田中尚人, 藤田信之, 吉川博文, 園元謙二, 門多真理子

令和元年度グラム陽性菌ゲノム機能会議（筑波山江戸屋、つくば市） 2019年9月6日
肥満モデルマウスにおけるLactobacillus paracasei K71加熱死菌体摂取が腸内細菌叢へ及ぼす影響

志波優, 伊藤さとみ, 松本雄宇, 鈴木司, 井上順, 石毛太一郎, 熊谷武久, 藤田信之, 山本祐司, 田中尚人

日本農芸化学会2019年度大会 2019年3月24日
乳酸発酵に優れたEnterococcus mundtii QU25におけるセロビオース/キシロース混合糖条件下での転写解析―カタボライト抑制回避のメカニズム解明を目指して―

志波優, 藤原治子, 鍋田啓介, 兼崎友, 田代幸寛, 善藤威史, 田中尚人, 藤田信之, 吉川博文, 園元謙二, 門多真理子

第13回日本ゲノム微生物学会年会 2019年3月6日
Galaxy にツールを実装・公開するまでの流れ

志波優

第7回生命医薬情報学連合大会BoF「作ったツール，どうやってユーザーに届ける？〜 Galaxy，Docker，クラウドを活用する」 2018年9月19日荘銀タクト鶴岡・鶴岡アートフォーラム、鶴岡
Stenotrophomonas maltophilia のシデロフォアタイプの検討

久富敦, 志波優, 藤田信之, 田中尚人

日本農芸化学会2018年度大会 2018年3月
マグネシウムが Lactobacillus 属の細胞壁テイコ酸に与える影響

宮下誉, 田中尚人, 藤田信之, 志波優

日本農芸化学会2018年度大会 2018年3月
ワークフロー共有にGalaxyを利用する

志波優

第40回日本分子生物学会年会フォーラム「統合データ解析環境Galaxyを使った再現可能なデータ解析」 2017年12月7日
日本人100名の血液細胞３層オミックス解析

志波優

第一回東北メディカル・メガバンク計画合同研究会 2017年1月招待有り
The role of Iwate Tohoku medical megabank organization in Iwate. （いわて東北メディカル・メガバンク機構の役割）

志波優

EU-東北バイオバンクシンポジウム 2015年12月招待有り
ヒト血液検体のDNAメチル化の輸送による変動と細胞組成による補正方法の確立

志波優, 古川亮平, 大桃秀樹, 小野加奈子, 佐藤衛, 人見次郎, 祖父江憲治, 八谷剛史, 清水厚志

ＮＧＳ現場の会第四回研究会 2015年7月
Estimation of cell-type composition in peripheral blood mononuclear cells improves quality of OMICS data in biobank research. （末梢血単核球における細胞組成推定はバイオバンク研究におけるOMICSデータの品質を改善する）

Shiwa Y., Furukawa R., Ohmomo H., Ono K., Satoh M., Hitomi J., Sobue K., Hachiya T., Shimizu A.

ISBER 2015 2015年5月
大規模バイオバンクにおけるヒト末梢血細胞のDNAメチル化安定性の評価

志波優, 古川亮平, 大桃秀樹, 小野加奈子, 佐藤衛, 人見次郎, 祖父江憲治, 八谷剛史, 清水厚志

第37回日本分子生物学会 2014年11月
Assessment of DNA methylation stability of large-scale biobank samples from peripheral blood cells. （大規模バイオバンクにおける末梢血細胞検体におけるDNAメチル化安定性の評価）

Shiwa Y., Furukawa R., Ohmomo H., Ono K., Satoh M., Hitomi J., Sobue K., Hachiya T., Shimizu A.

ESBB 2014 2014年10月

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共同研究・競争的資金等の研究課題

大阪・関西万博とアジア競技大会における都市環境マイクロバイオームの変動調査

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2025年4月 - 2029年3月

鈴木治夫, 志波優, 本多了, 鈴木留美子, クリュコフキリル, 阿部貴志, 岩埼裕貴
バイオエアロゾルからの高感度・高精度ウイルス叢解析技術の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2025年4月 - 2028年3月

志波優
真核生物のリボソーム合成制御の新規機構：ラパマイシン結合タンパク質の真の役割

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2023年4月 - 2027年3月

笠原浩司, 志波優
真核生物のリボソーム合成制御の新規機構：ラパマイシン結合タンパク質の真の役割

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

笠原浩司, 志波優
ナノポアシーケンサーの解析を野外で可能にするクラウド型解析環境の構築と公開

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2017年4月 - 2019年3月

志波優
震災ストレスによる動脈硬化性疾患感受性遺伝子の制御異常に関する網羅的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2013年4月 - 2016年3月

佐藤衛, 伊藤智範, 前沢千早, 石川有, 八谷剛史, 志波優

志波優

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