二井手哲平 (Teppei Niide) - マイポータル

基本情報

所属: 大阪大学大学院情報科学研究科バイオ情報工学専攻助教
: ローレンス・バークレー国立研究所 Affiliate Scientist

J-GLOBAL ID: 201701001764521487
researchmap会員ID: 7000020920

外部リンク: http://www-shimizu.ist.osaka-u.ac.jp/hp/index.html

研究キーワード

研究分野

委員歴

2023年1月 - 2024年12月

生物工学会誌バイオミディア委員
2024年9月

化学工学会第55回秋季大会バイオ部会ポスターセッションオーガナイザー
2021年1月 - 2022年12月

化学工学会誌トピックス委員

受賞

2024年

第32回生物工学論文賞, 日本生物工学会

Kenta Miyoshi, Ryutaro Kawai, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu
2012年

International Biotechnology Symposium & Exhibition 2012：IBS Organizing Committee Poster Award
2011年

第22回九州地区若手ケミカルエンジニア討論会：ポスター賞
2011年

九州大学 G-COE「未来分子システム科学」 Graduate Students' Project 2011：優秀研究賞

論文

A method for predicting enzyme substrate specificity residues using homologous sequence information.

Seiya Mori, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Protein science : a publication of the Protein Society 34(10) e70318 2025年10月査読有り責任著者
Efficient selection of pyruvate decarboxylase sequences from database for high ethanol productivity in Synechocystis sp. PCC 6803.

Hiroki Nishiguchi, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Journal of bioscience and bioengineering 140(3) 123-131 2025年6月19日査読有り
Modification of intracellular metabolism by expression of a C-terminal variant of phosphoribulokinase from Synechocystis sp. PCC 6803.

Hiroki Nishiguchi, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Bioscience, biotechnology, and biochemistry 89(5) 720-727 2025年2月3日査読有り
Metabolome analysis of metabolic burden in Escherichia coli caused by overexpression of green fluorescent protein and delta-rhodopsin.

Chinatsu Matsuyama, Taisuke Seike, Nobuyuki Okahashi, Teppei Niide, Kiyotaka Y Hara, Yoko Hirono-Hara, Jun Ishii, Hiroshi Shimizu, Yoshihiro Toya, Fumio Matsuda

Journal of bioscience and bioengineering 137(3) 187-194 2024年3月査読有り
Functional evaluation of non-oxidative glycolysis in Escherichia coli in the stationary phase under microaerobic conditions

Kenta Miyoshi, Ryutaro Kawai, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 135(4) 291-297 2023年4月査読有り
Logistic Regression-Guided Identification of Cofactor Specificity-Contributing Residues in Enzyme with Sequence Datasets Partitioned by Catalytic Properties

Sou Sugiki, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

ACS SYNTHETIC BIOLOGY 11(12) 3973-3985 2022年12月査読有り責任著者
Acceleration of target production in co-culture by enhancing intermediate consumption through adaptive laboratory evolution

Ryutaro Kawai, Yoshihiro Toya, Kenta Miyoshi, Manami Murakami, Teppei Niide, Takaaki Horinouchi, Tomoya Maeda, Atsushi Shibai, Chikara Furusawa, Hiroshi Shimizu

BIOTECHNOLOGY AND BIOENGINEERING 119(3) 936-945 2022年3月査読有り
Association behavior and control of the quality of cancer therapeutic bispecific diabodies expressed in Escherichia coli

Hikaru Nakazawa, Tomoko Onodera-Sugano, Aruto Sugiyama, Yoshikazu Tanaka, Takamitsu Hattori, Teppei Niide, Hiromi Ogata, Ryutaro Asano, Izumi Kumagai, Mitsuo Umetsu

BIOCHEMICAL ENGINEERING JOURNAL 160 107636-107636 2020年8月査読有り
MACHINE-LEARNING-GUIDED MUTAGENESIS FOR DIRECTED EVOLUTION OF FLUORESCENT PROTEINS

Tomoshi Kameda, Yutaka Saito, Misaki Oikawa, Hikaru Nakazawa, Teppei Niide, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu

PROTEIN SCIENCE 28 203-204 2019年9月査読有り
Phytosynthesis of Au and Au/ZrO2 bi-Phasic System Nanoparticles with Evaluation of Their Colloidal Stability

Veronika Holisova, Zuzana Konvickova, Gabriela Kratosova, Marek Kolencik, Teppei Niide, Mitsuo Umetsu, Daniela Placha

JOURNAL OF NANOSCIENCE AND NANOTECHNOLOGY 19(5) 2807-2813 2019年5月査読有り
Complementary Design for Pairing between Two Types of Nanoparticles Mediated by a Bispecific Antibody: Bottom-Up Formation of Porous Materials from Nanoparticles

Teppei Niide, Noriyoshi Manabe, Hikaru Nakazawa, Kazuto Akagi, Takamitsu Hattori, Izumi Kumagai, Mitsuo Umetsu

LANGMUIR 35(8) 3067-3076 2019年2月26日査読有り
Machine-Learning-Guided Mutagenesis for Directed Evolution of Fluorescent Proteins

Yutaka Saito, Misaki Oikawa, Hikaru Nakazawa, Teppei Niide, Tomoshi Kameda, Koji Tsuda, Mitsuo Umetsu

ACS SYNTHETIC BIOLOGY 7(9) 2014-2022 2018年9月査読有り
High-throughput cytotoxicity and antigen-binding assay for screening small bispecific antibodies without purification

Aruto Sugiyama, Mitsuo Umetsu, Hikaru Nakazawa, Teppei Niide, Ryutaro Asano, Takamitsu Hattori, Izumi Kumagai

JOURNAL OF BIOSCIENCE AND BIOENGINEERING 126(2) 153-161 2018年8月査読有り
Compact Seahorse-Shaped T Cell-Activating Antibody for Cancer Therapy

Hiroto Fujii, Yoshikazu Tanaka, Hikaru Nakazawa, Aruto Sugiyama, Noriyoshi Manabe, Akira Shinoda, Nobutaka Shimizu, Takamitsu Hattori, Katsuhiro Hosokawa, Takuma Sujino …

ADVANCED THERAPEUTICS 1(3) 1700031 2018年7月査読有り
Phytosynthesis of colloidal Ag-AgCl nanoparticles mediated by Tilia sp leachate, evaluation of their behaviour in liquid phase and catalytic properties

Zuzana Konvickova, Veronika Holisova, Marek Kolencik, Teppei Niide, Gabriela Kratosova, Mitsuo Umetsu, Jana Seidlerova

COLLOID AND POLYMER SCIENCE 296(4) 677-687 2018年4月1日査読有り
A semi high-throughput method for screening small bispecific antibodies with high cytotoxicity

Aruto Sugiyama, Mitsuo Umetsu, Hikaru Nakazawa, Teppei Niide, Tomoko Onodera, Katsuhiro Hosokawa, Shuhei Hattori, Ryutaro Asano, Izumi Kumagai

SCIENTIFIC REPORTS 7(1) 03101 2017年6月査読有り
Peptide with affinity for organic crystals: peptide selection, affinity analysis, and formation of protein-organic crystals

Teppei Niide, Kyohei Ozawa, Hikaru Nakazawa, Izumi Kumagai, Mitsuo Umetsu

NEW BIOTECHNOLOGY 33 S47-S47 2016年7月査読有り
What factors influence chemical conjugation reactions on small antibody?

Shuhei Hattori, Takamitsu Hattori, Hikaru Nakazawa, Teppei Niide, Atsushi Matsunaga, Seon Hwa Lee, Tomoyuki Oe, Mitsuo Umetsu

NEW BIOTECHNOLOGY 33 S204-S204 2016年7月査読有り
Biocatalytic Formation of Gold Nanoparticles Decorated with Functional Proteins inside Recombinant Escherichia coli Cells

Yukiho Hosomomi, Teppei Niide, Rie Wakabayashi, Masahiro Goto, Noriho Kamiya

ANALYTICAL SCIENCES 32(3) 295-300 2016年3月査読有り
Organic crystal-binding peptides: morphology control and one-pot formation of protein-displaying organic crystals

Teppei Niide, Kyohei Ozawa, Hikaru Nakazawa, Daniel Oliveira, Hitoshi Kasai, Mari Onodera, Ryutaro Asano, Izumi Kumagai, Mitsuo Umetsu

NANOSCALE 7(47) 20155-20163 2015年査読有り

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MISC

大腸菌の微好気増殖停止期における非酸化的解糖経路の機能評価

三吉健太, 川井隆太郎, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

生物工学会誌 103(2) 59-59 2025年2月25日
Interview 1

二井手哲平

生物工学会誌 102(3) 134-135 2024年3月25日招待有り
酵素の基質特異性を決定するアミノ酸残基を予測する方法の提案

森聖也, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) 55th 2024年
共基質利用時における非酸化的解糖経路を導入した大腸菌によるブチロラクタム生産の評価

三吉健太, 一色衣香, 二井手哲平, 清水浩, 戸谷吉博

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) 55th 2024年
代謝工学的アプローチの微生物共培養への適用

戸谷吉博, 川本優一, 多田一紀, 今田辰海, 二井手哲平, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) 55th 2024年
酵素のフィードバック阻害の解除に向けたファージ支援連続進化システムの開発

米本大翼, 二井手哲平, 太田磨良, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) 55th 2024年
探索空間を限定したin silico変異導入による酵素の耐熱化研究

二井手哲平, 宮脇佳汰, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) 55th 2024年
光-熱変換ナノ粒子を用いた太陽光応答型酵素活性化デバイス

中澤光, 二井手哲平, 石垣友理, 梅津光央

日本蛋白質科学会年会(Web) 24th 2024年
人工代謝経路との共役による非標準型補酵素利用酵素のスクリーニング法の開発

二井手哲平, 青木南都, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集 76th 105-105 2024年
酵素の基質特異性を決定するアミノ酸残基の予測と実証

森聖也, 戸谷吉博, 清水浩, 二井手哲平

日本生物工学会大会講演要旨集 76th 195-195 2024年
速度論的代謝解析におけるアンサンブルモデリングの高速化に向けた経験的棄却法の提案と検証

竹谷友之, 戸谷吉博, 佐藤美和, 二井手哲平, 田邉麻衣子, 清水浩, 神鳥明彦

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2024 2024年
代謝酵素の基質認識に寄与するアミノ酸残基の推定と機能創出

二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

生化学 96(5) 701-705 2024年招待有り
同位体標識を利用した大腸菌における逆グリオキシル酸経路の機能評価

寺木遥, 今田辰海, 三吉健太, 二井手哲平, 清水浩, 戸谷吉博

日本生物工学会大会講演要旨集 76th 92-92 2024年
大腸菌における非酸化的解糖経路フラックス評価のための¹³Cグルコース標識方法

三吉健太, 今田辰海, 寺木遥, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集 76th 91-91 2024年
バイオものづくりにおけるデータ駆動酵素工学

二井手哲平

Molecular Electronics and Bioelectronics (Web) 35(1) 2024年招待有り
機械学習を活用した酵素の分子認識特性の変換

二井手哲平, 杉木創, 森聖也, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) 54th 2023年
モデル基盤代謝デザインと指向性進化による微生物創製

清水浩, 戸谷吉博, 古澤力, 古澤力, 芝井厚, 堀之内貴明, 鈴木宏明, 徳山健斗, 二井手哲平

化学工学会秋季大会研究発表講演要旨集(CD-ROM) 54th 2023年
酵素の基質特異性決定残基の同定におけるロジスティック回帰モデルの有用性

二井手哲平, 杉木創, 森聖也, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集 75th 2023年
進化と構造の情報を組み込んだ酵素の耐熱化デザイン

宮脇佳汰, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集 75th 2023年
非酸化的解糖経路を導入した大腸菌によるブチロラクタム生産のための代謝経路改変

三吉健太, 一色衣香, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

日本生物工学会大会講演要旨集 75th 2023年

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講演・口頭発表等

EZSCAN for Mapping Enzyme Specificity-Determining Residues

Teppei Niide

Asian Synthetic Biology Association (ASBA) Online Seminar 2025年12月17日招待有り
EZSCAN: A Prediction Tool for Substrate and Cofactor-specificity Residues in Enzyme

Teppei Niide

2025 Asian Synthetic Biology Association (ASBA) Annual Conference 2025年12月8日招待有り
大規模配列情報で実現する探索規模を制限した酵素改変

二井手哲平

第75回構造生物応用研究会 2024年7月18日招待有り
バイオモノづくりにおけるデータ駆動酵素工学

二井手哲平

応用物理学会 M&BE未来技術研究会 2024 2024年3月14日招待有り
機械学習を活用した酵素の分子認識特性の変換

二井手哲平, 杉木創, 森聖也, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第54回秋季大会
モデル基盤代謝デザインと指向性進化による微生物創製

清水浩, 戸谷吉博, 古澤力, 芝井厚, 堀之内貴明, 鈴木宏明, 徳山健斗, 二井手哲平

化学工学会第54回秋季大会
機械学習を用いた代謝酵素の基質特異性決定残基の推定と変換

森聖也, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
進化と構造の情報を組み込んだ酵素の耐熱化デザイン

宮脇佳汰, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
非酸化的解糖経路を導入した大腸菌によるブチロラクタム生産のための代謝経路改変

三吉健太, 一色衣香, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
酵素の基質特異性決定残基の同定におけるロジステック回帰モデルの有用性

二井手哲平, 杉木創, 森聖也, 戸谷吉博, 清水浩

第75回日本生物工学会大会
Metabolic design of butyrolactam-producing Escherichia coli introducing non-oxidative glycolysis by elementary mode analysis

Kenta Miyoshi, Teppei Niide, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Metabolic Engineering 15
Machine learning-guided cofactor specificity conversion of a malic enzyme using sequence datasets divided by catalytic properties

Teppei Niide, Sou Sugiki, Yoshihiro Toya, Hiroshi Shimizu

Metabolic Engineering 15
エレメンタリーモード解析による非酸化的解糖経路を導入したブチロラクタム生産大腸菌の代謝デザイン

三吉健太, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第88年会
異種生物由来酵素の発現量向上を目指した酵素設計プロセス開発

宮脇佳汰, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会 2022年10月
M13ファージのライフサイクルを活用したS-Allyl-L-cysteine生合成経路の最適化

松本拓也, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会 2022年10月
微生物共培養のための精製タグ付きタンパク質を利用した13C代謝フラックス比解析技術の開発

川本優一, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会 2022年10月
リンゴ酸酵素の補酵素特異性変換を先導する機械学習手法の提案

杉木創, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会 2022年10月
非酸化的解糖経路の有望な目的化合物の検討とin silico代謝デザイン

三吉健太, 一色衣香, 二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

第74回日本生物工学会大会 2022年10月
配列保存度情報と構造モデリングを活用した酵素の耐熱化戦略の提案

二井手哲平, 戸谷吉博, 清水浩

化学工学会第53回秋季大会
タンパク質の構造保存性と合理的機能設計

二井手哲平

酵素工学研究会第87回講演会 2022年4月招待有り

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

リボゾーム結合部位配列の改変による大腸菌代謝フラックスの制御と物質生産への応用

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2025年4月 - 2029年3月

清水浩, 二井手哲平, 戸谷吉博
気相微生物反応の学理とプロセス構築

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2024年4月 - 2029年3月

堀克敏, 吉本将悟, 津川裕司, 戸谷吉博, 清水浩, 二井手哲平
配列・機能相関学習による酵素育種

科学技術振興機構革新的GX技術創出事業 (GteX): チーム型研究 2023年10月 - 2028年3月
進化情報と塩基エディターによる酵素大規模ライブラリーの作製と活性機能情報抽出

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化) 2024年4月 - 2027年3月

二井手哲平
海洋微生物への非光合成炭酸固定経路設計

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業さきがけ 2024年10月 - 2027年

二井手哲平
進化情報を構造シミュレーションに組み入れた合理的酵素設計とそのプロセス化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

二井手哲平
微細藻類の変動光に対する光化学系と代謝のシステム解析

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 2021年7月 - 2024年3月

清水浩, 戸谷吉博, 二井手哲平
要求駆動型合理的蛋白質設計技術が切り拓くナノ分子標的薬の創製

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2020年4月 - 2022年3月

二井手哲平
構造情報に基づいたin silico酵素改変が先導するスマート代謝経路設計

科学技術振興機構戦略的な研究開発の推進戦略的創造研究推進事業 ACT-X 2020年 - 2022年

二井手哲平
異種ナノ材料の集積を可能とするナノ界面接合抗体のボトムアップデザイン

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究 2018年4月 - 2021年3月

二井手哲平
ナノ集積が築くin-vitro合成生物学ツール：代謝ネットワークの生体外模倣

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2016年4月 - 2019年3月

梅津光央, 二井手哲平, 高見誠一, 中澤光
金属ナノ粒子－タンパク質複合体の生体内一段階調製プロセスの開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2012年 - 2013年

二井手哲平

産業財産権

特開2021-038184 難水溶性薬物の複合体及びその製造方法

二井手哲平, 梅津光央, 中澤光
特開2020-059659 プラスミド一周PCR法を用いたランダム遺伝子プラスミドライブラリー作成方法、それを用いた形質転換体作成方法、および、その方法に使用するキット

柳沢美貴, 中澤光, 二井手哲平, 服部峰充, 梅津光央
WO2019-198693 標的分子と結合するポリペプチド

伊藤智之, 西羽美, 中澤光, 二井手哲平, 梅津光央, 亀田倫史
WO2019-198731 抗体断片及び該抗体断片を含む二重特異性抗体

梅津光央, 杉山在生人, 中澤光, 二井手哲平, 岸本英博, 村上明一
特開2015-163063 METHOD OF PRODUCING METAL NANOPARTICLES DECORATED WITH A PROTEIN

神谷典穂, 二井手哲平
特願2019-161922 難水溶性薬物の複合体及びその製造方法

二井手哲平, 梅津光央, 中澤光

社会貢献活動

日本生物工学会代謝工学研究部会第11回技術交流会「代謝シミュレーション法」

講師

2024年12月15日
日本生物工学会代謝工学研究部会第10回技術交流会「代謝シミュレーション法」

講師

2023年11月21日
日本生物工学会代謝工学研究部会第9回技術交流会「代謝シミュレーション法」

講師

2022年9月22日
日本生物工学会代謝工学研究部会第8回技術交流会「代謝シミュレーション法」

講師

2021年10月21日

メディア報道

阪大、酵素の基質・補酵素特異性を司るアミノ酸残基を人工知能により推定する手法を開発

日本経済新聞 2022年11月
阪大、酵素の基質選択性をAIで切り替える手法を開発

日経バイオテク 2022年11月

二井手哲平

基本情報

研究キーワード

研究分野

委員歴

受賞

論文

MISC

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

産業財産権

社会貢献活動

メディア報道

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