河野秀俊 (Hidetoshi Kono) - マイポータル

基本情報

所属: 国立研究開発法人量子科学技術研究開発機構量子生命科学領域生体分子シミュレーショングループグループリーダー

ORCID ID: https://orcid.org/0000-0001-5729-8707
J-GLOBAL ID: 200901009532752634
researchmap会員ID: 5000092747

研究キーワード

protein-DNA; nucleosome; protein design; DNA-binding protein; molecular modeling

研究分野

受賞

2013年9月

第2回BIOPHYSICS論文賞, 日本生物物理学会

Shoichi Metsugi, Atsuko Uenoyama, Jun Adan-Kubo, Makoto Miyata, Kei Yura, Hidetoshi Kono, Nobuhiro Go
2002年

GIW2002ベストポスター賞, バイオインフォマティクス学会

Sarai, A, Gromiha, M.M, Selvaraj, S, Sieber, J. G, Prabakaran, P, H. Kono

論文

149

Designer Adaptor Proteins for Functional Conversion of Peptides to Small-Molecule Ligands toward In-Cell Catalytic Protein Modification.

Akiko Fujimura, Hisashi Ishida, Tamiko Nozaki, Shuhei Terada, Yuto Azumaya, Tadashi Ishiguro, Yugo R Kamimura, Tomoya Kujirai, Hitoshi Kurumizaka, Hidetoshi Kono …

ACS central science 9(11) 2115-2128 2023年11月22日
Structural and Dynamical Changes of Nucleosome upon GATA3 Binding.

Hisashi Ishida, Atsushi Matsumoto, Hiroki Tanaka, Aya Okuda, Ken Morishima, Paul A Wade, Hitoshi Kurumizaka, Masaaki Sugiyama, Hidetoshi Kono

Journal of molecular biology 168308-168308 2023年10月5日
Fly casting with ligand sliding and orientational selection supporting complex formation of a GPCR and a middle sized flexible molecule

Junichi Higo, Kota Kasahara, Gert-Jan Bekker, Benson Ma, Shun Sakuraba, Shinji Iida, Narutoshi Kamiya, Ikuo Fukuda, Hidetoshi Kono, Yoshifumi Fukunishi …

Scientific Reports 12(1) 2022年8月13日査読有り
RNAPII driven post-translational modifications of nucleosomal histones

Justin Chan, Amarjeet Kumar, Hidetoshi Kono

Trends in Genetics 2022年5月査読有り最終著者責任著者
Overall structure of fully assembled cyanobacterial KaiABC circadian clock complex by an integrated experimental-computational approach.

Yasuhiro Yunoki, Atsushi Matsumoto, Ken Morishima, Anne Martel, Lionel Porcar, Nobuhiro Sato, Rina Yogo, Taiki Tominaga, Rintaro Inoue, Maho Yagi-Utsumi …

Communications biology 5(1) 184-184 2022年3月査読有り責任著者
HNF1A POU Domain Mutations Found in Japanese Liver Cancer Patients Cause Downregulation of HNF4A Promoter Activity with Possible Disruption in Transcription Networks

Effi Haque, Aamir Salam Teeli, Dawid Winiarczyk, Masahiko Taguchi, Shun Sakuraba, Hidetoshi Kono, Paweł Leszczyński, Mariusz Pierzchała, Hiroaki Taniguchi

Genes 2022年2月24日査読有り
Extended ensemble simulations of a SARS-CoV-2 nsp1–5’-UTR complex

Shun Sakuraba, Bert L. de Groot, Qilin Xie, Kota Kasahara, Junichi Iwakiri, Hidetoshi Kono

PLOS Computational Biology 18(1) e1009804-e1009804 2022年1月19日査読有り最終著者
Interplay among transacting factors around promoter in the initial phases of transcription.

Amarjeet Kumar, Justin Chan, Masahiko Taguchi, Hidetoshi Kono

Current opinion in structural biology 71 7-15 2021年12月査読有り招待有り最終著者責任著者
Structural basis of the regulation of the normal and oncogenic methylation of nucleosomal histone H3 Lys36 by NSD2

Ko Sato, Amarjeet Kumar, Keisuke Hamada, Chikako Okada, Asako Oguni, Ayumi Machiyama, Shun Sakuraba, Tomohiro Nishizawa, Osamu Nureki, Hidetoshi Kono …

Nature Communications 12(1) 6605-6605 2021年12月査読有り
The N-terminal Tails of Histones H2A and H2B Adopt Two Distinct Conformations in the Nucleosome with Contact and Reduced Contact to DNA

Hideaki Ohtomo, Jun-ichi Kurita, Shun Sakuraba, Zhenhai Li, Yasuhiro Arimura, Masatoshi Wakamori, Yasuo Tsunaka, Takashi Umehara, Hitoshi Kurumizaka, Hidetoshi Kono …

Journal of Molecular Biology 433(15) 167110-167110 2021年7月査読有り
NRF2 DLG Domain Mutations Identified in Japanese Liver Cancer Patients Affect the Transcriptional Activity in HCC Cell Lines

Effi Haque, Magdalena Śmiech, Kamila Łuczyńska, Marie France Bouchard, Robert Viger, Hidetoshi Kono, Mariusz Pierzchała, Hiroaki Taniguchi

International Journal of Molecular Sciences 22(10) 5296-5296 2021年5月18日査読有り
Sequence-dependent Hydration Water Dynamics of Dodecameric DNA

Hiroshi Nakagawa, Yoshiteru Yonetani, Kenji Nakajima, Seiko Ohira-Kawamura, Tatsuya Kikuchi, Yasuhiro Inamura, Mikio Kataoka, Hidetoshi Kono

Proceedings of the 3rd J-PARC Symposium (J-PARC2019) 2021年3月26日査読有り最終著者
Emerging BRAF Mutations in Cancer Progression and Their Possible Effects on Transcriptional Networks

Magdalena Śmiech, Paweł Leszczyński, Hidetoshi Kono, Christopher Wardell, Hiroaki Taniguchi

Genes 11(11) 1342-1342 2020年11月12日査読有り
Structural basis for designing an array of engrailed homeodomains

Tomoko Sunami, Yu Hirano, Taro Tamada, Hidetoshi Kono

Acta Crystallographica Section D Structural Biology 76(9) 824-833 2020年9月1日査読有り責任著者
Structural Studies of Overlapping Dinucleosomes in Solution

Hidetoshi Kono

Biophysical Journal 118(9) 2209-2219 2020年5月査読有り
Heterochromatin protein 1 (HP1): interactions with itself and chromatin components

Hidetoshi Kono

Biophysical Reviews 2020年4月査読有り
Histone H3K23-specific acetylation by MORF is coupled to H3K14 acylation

Hidetoshi Kono

Nature Communications 2019年12月査読有り
Balance between DNA‐binding affinity and specificity enables selective recognition of longer target sequences in vivo

Tomoko Sunami, Hidetoshi Kono

Protein Science 2019年8月6日査読有り
Free energy profile for unwrapping outer superhelical turn of CENP-A nucleosome

Hidetoshi Kono

Biophysics and Physicobiology 2019年査読有り
Investigating the Influence of Arginine Dimethylation on Nucleosome Dynamics Using All-Atom Simulations and Kinetic Analysis

Zhenhai Li, Hidetoshi Kono

The Journal of Physical Chemistry B 122(42) 9625-9634 2018年10月25日査読有り

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MISC

時計タンパク質複合体の構造解析を通して明らかとなった中性子小角散乱法の強み

柚木康弘, 松本淳, 守島健, MARTEL Anne, PORCAR Lionel, 佐藤信浩, 與語理那, 與語理那, 與語理那, 富永大輝 …

波紋 32(4) 2022年
最先端の研究開発量子科学技術研究開発機構第4回「量子生命科学」の発進

藤巻秀, 五十嵐龍治, 高草木洋一, 安達基泰, 横谷明徳, 玉田太郎, 河野秀俊, 鹿園直哉, 今岡達彦, 赤松憲 …

ΑΤΟΜΟΣ 61(6) 477‐481 2019年6月1日
Distinct Roles of H3 and H2A Tails in Linker DNA Dynamics

Zhenhai Li, Jinzen Ikebe, Shun Sakuraba, Hidetoshi Kono

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 373A-373A 2017年2月
The Free-Energy Landscape of the di-Nucleosome: A Critical Role of the H4 Tails for the Nucleosome-Nucleosome Conformation

Hisashi Ishida, Hidetoshi Kono

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 216A-216A 2017年2月
Conformational Sampling of Unmodified and Acetylated H3 Histone Tails on a Nucleosome by All-Atom Model Molecular Dynamics Simulations

Jinzen Ikebe, Shun Sakuraba, Hidetoshi Kono

BIOPHYSICAL JOURNAL 108(2) 540A-541A 2015年1月
Free Energy Profiles for Nucleosomal DNA Unwrapping

Hidetoshi Kono, Shun Sakuraba, Hisashi Ishida

BIOPHYSICAL JOURNAL 108(2) 73A-73A 2015年1月
29pAA-1 分子動力学シミュレーションで探るDNA配列探索中の蛋白質の分子動態(29pAA 生物物理2,領域12(ソフトマター物理・化学物理・生物物理))

米谷佳晃, 河野秀俊

日本物理学会講演概要集 69(1) 413-413 2014年3月5日
Dissociation Free-Energy Profiles of Specific and Non-Specific DNA-Lac Repressor Complexes: Adaptive Biasing Force Molecular Dynamics Study

Yoshiteru Yonetani, Hidetoshi Kono

BIOPHYSICAL JOURNAL 106(2) 70A-70A 2014年1月
Adaptive Lambda Square Dynamics Simulation: An Efficient Conformational Sampling Method for Biomolecules

Jinzen Ikebe, Shun Sakuraba, Hidetoshi Kono

BIOPHYSICAL JOURNAL 106(2) 405A-405A 2014年1月
20pAB-12 ABF分子動力学によるDNA-蛋白質の解離過程の自由エネルギープロファイル計算(20pAB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

米谷佳晃, 河野秀俊

日本物理学会講演概要集 67(2) 339-339 2012年8月24日
24pBF-11 生体高分子表面における水分子の滞在時間を決める要素は何か?(24pBF 化学物理一般溶液・液体1,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

米谷佳晃, 河野秀俊

日本物理学会講演概要集 67(1) 399-399 2012年3月5日
3PS026 XFELを用いた3次元分子イメージングのための雑音下における2次元回折像の類似度自動同定(日本生物物理学会第50回年会(2012年度))

Tokuhisa Atsushi, Joti Yasumasa, Kono Hidetoshi, Go Nobuhiro

生物物理 52 S150 2012年
Local Conformational Changes of Proteins in DNA Interfaces

Tomoko Sunami, Hidetoshi Kono

BIOPHYSICAL JOURNAL 102(3) 72A-72A 2012年1月
21pJF-9 生体高分子表面における水分子の滞在時間を決める要素について(21pJF 化学物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

米谷佳晃, 河野秀俊

日本物理学会講演概要集 66(2) 309-309 2011年8月24日
Free Energy Profiles for Nucleosome Position Changes

Hidetoshi Kono, Naoko Kanaeda, Hisashi Ishida

BIOPHYSICAL JOURNAL 100(3) 66-66 2011年2月
24pTG-2 X線自由電子レーザーによる生体分子単粒子構造解析法の理論的研究(24pTG 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

徳久淳師, 高潤一郎, 河野秀俊, 郷信広

日本物理学会講演概要集 65(2) 325-325 2010年8月18日
23aTG-8 DNAマイナーグルーブの水和水の水素結合ダイナミクス(23aTG 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

米谷佳晃, 河野秀俊

日本物理学会講演概要集 65(2) 312-312 2010年8月18日
DNAの水和とダイナミクスの塩基配列依存性, DNA -タンパク質, DNA－低分子認識の理解に向けて

米谷佳晃, 河野秀俊

メディカルバイオ 9月別冊 66 2010年
3P-069 X線自由電子レーザを用いた単分子イメージンクの理論(蛋白質-計測・解析の方法論,第47回日本生物物理学会年会)

Tokuhisa Atsushi, Taka Junichiro, Kono Hidetoshi, Go Nobuhiro

生物物理 49 S162 2009年
22aWB-6 DNAの構造ゆらぎと水和パターンの関係(22aWB 生物物理,領域12(ソフトマター物理,化学物理,生物物理))

米谷佳晃, 藤井聡, 皿井明倫, 河野秀俊, 郷信広

日本物理学会講演概要集 63(2) 323-323 2008年8月25日

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共同研究・競争的資金等の研究課題

ヌクレオソーム高次構造とダイナミクスの解析によるクロマチン潜在能の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2018年6月 - 2023年3月

胡桃坂仁志, 杉山正明, 河野秀俊
クロマチン動構造の国際共同研究ネットワーク形成

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2015年11月 - 2018年3月

胡桃坂仁志, 木村宏, 小布施力史, 原口徳子, 米田悦啓, 徳永万喜洋, 河野秀俊, 斉藤典子, 大川恭行, 原田昌彦
シミュレーション計算による動的クロマチンのダイナミクス解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2013年6月 - 2018年3月

河野秀俊, リツェンハイ
動的クロマチン構造と機能

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2013年6月 - 2018年3月

胡桃坂仁志, 木村宏, 小布施力史, 原口徳子, 米田悦啓, 徳永万喜洋, 河野秀俊, 斉藤典子, 大川恭行, 原田昌彦
計算と実験の融合によるＤＮＡ結合タンパク質の塩基配列選択能の高度化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 2014年4月 - 2017年3月

河野秀俊, 角南智子
計算・情報科学による転写サイクルにおける情報変換機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2012年6月 - 2017年3月

中村春木, 藤井聡, 皿井明倫, 神谷成敏, 河野秀俊, 笠原浩太, 飯田緑
ヌクレオソーム構造の自由エネルギープロファイル解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2011年4月 - 2013年3月

河野秀俊
シミュレーション計算によるヌクレオソーム構造形成の自由エネルギー地形解析

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 2009年 - 2010年

河野秀俊
DNA配列に特異的に結合するタンパク質分子設計

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的萌芽研究 2009年 - 2010年

河野秀俊
転写因子の結合とヌクレオソーム構造にもとづく遺伝子転写制御機構の推定

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2008年 - 2010年

河野秀俊, 松本淳
中性子散乱実験と分子動力学計算による蛋白質-DNA認識機構における水の挙動解析

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2007年 - 2008年

河野秀俊, 中川洋, 米谷佳晃
転写因子のターゲット部位予側にもとづく遺伝子の機能及び相互作用推定

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2004年 - 2004年

河野秀俊, KIM Thi Phuong Oanh
蛋白質の機能部位推定及びSNPによる機能変化の予側

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 2003年 - 2004年

河野秀俊
転写因子のターゲット部位予側からのゲノム機能推定

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究 2003年 - 2003年

河野秀俊
DNA結合蛋白質の機能性cavityと立体構造安定性

日本学術振興会科学研究費助成事業特定領域研究(A) 1998年 - 1998年

皿井明倫, 緒方一博, 斎藤稔, 森井尚之, GROMIHA Mich, 河野秀俊
hydration around DNA/protein
de novo design of proteins
DNA-binding protein
protein-DNA recognition

河野秀俊

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