アブケセーサイマド (Imad Abugessaisa) - マイポータル

基本情報

所属: 大阪大学

学位: Ph.D.(2008年6月 Linköping University)
M.Sc.(2005年10月 Linköping University)

研究者番号: 10749906
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0001-7458-801X
J-GLOBAL ID: 201701012849904395
researchmap会員ID: B000284209

外部リンク: https://prime.osaka-u.ac.jp/member/imad-abugessaisa/#anchor

上級研究員

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / ゲノム生物学 /

経歴

2024年8月 - 現在

大阪大学
2020年5月 - 2024年7月

理化学研究所
2014年3月 - 2020年5月

Karolinska Institutet, Department of Medicine, Solna, Associated
2018年4月 - 2020年4月

国立研究開発法人理化学研究所 IMS 生命医科学研究センター, Research scientist
2014年3月 - 2018年3月

RIKEN, RIKEN Center for Life Science Technologies, Research scientist
2012年3月 - 2014年2月

Karolinska Institutet, Department of Medicine, Solna, Assistant prof(FOASS)
2010年3月 - 2012年2月

Karolinska Institutet, Department of Medicine, Solna, Postdoctoral
2008年10月 - 2010年2月

Future position X, SWEDEN, R&D specialist
2008年1月 - 2008年10月

SICS East Swedish ICT AB, Researcher

学歴

2015年7月 - 2015年7月

Institute for Systems Biology, Seattle, USA, Systems Biology of Disease
2015年3月 - 2015年3月

Stanford University, School of Medicine, Protégé
2010年3月 - 2012年2月

Karolinska Institutet, Department of Medicine, Solna, Postdoc
2012年 - 2012年

Principe Felipe Research Center, Spain, High performance computing for next generation sequencing
2011年 - 2012年

Leadership management Institute, Effective leadership program
2003年9月 - 2008年6月

Linköpings universitet, Department of Computer and Information Science, Ph.D.
2004年1月 - 2005年10月

Linköpings universitet, Department of Computer and Information Science, M.Sc.
2000年1月 - 2002年12月

Gazera university, Sudan, Faculty of Engineering & Technology, M.Sc.
2002年 - 2002年

UNESCO, Project/ Resource Capacity management in contract R&D Research
2001年 - 2001年

American University of Beirut, Basic Web Technology Skills for courseware Development
1994年4月 - 1999年7月

Future University Sudan, Computer science, B.Sc.

論文

Kinome analysis of Madurella mycetomatis identified kinases in the cell wall integrity pathway as novel potential therapeutic drug targets in eumycetoma caused by Madurella mycetomatis.

Mickey Konings, Nikolaos Strepis, Ri-Ichiroh Manabe, Akira Hasegawa, Somdatta Chaudhari, Saskia du Pré, Marij Schippers, Michihira Tagami, Jingyi Ma, Yasushi Okazaki …

PLoS neglected tropical diseases 19(9) e0013482 2025年9月
Iron regulatory pathways differentially expressed during Madurella mycetomatis grain development in Galleria mellonella.

Imad Abugessaisa, Mickey Konings, Ri-Ichiroh Manabe, Cathal M Murphy, Tsugumi Kawashima, Akira Hasegawa, Chitose Takahashi, Michihira Tagami, Yasushi Okazaki, Kimberly Eadie …

Nature communications 16(1) 5324-5324 2025年6月25日
Update of the FANTOM web resource: enhancement for studying noncoding genomes.

Tomoe Nobusada, Chi Wai Yip, Saumya Agrawal, Jessica Severin, Imad Abugessaisa, Akira Hasegawa, Chung Chau Hon, Satoru Ide, Masaru Koido, Atsushi Kondo …

Nucleic acids research 53(D1) D419-D424 2024年11月27日
Annotation of nuclear lncRNAs based on chromatin interactions

Saumya Agrawal, Andrey Buyan, Jessica Severin, Masaru Koido, Tanvir Alam, Imad Abugessaisa, Howard Y. Chang, Josée Dostie, Masayoshi Itoh, Juha Kere …

PLOS ONE 19(5) e0295971-e0295971 2024年5月6日
OVCH1 Antisense RNA 1 is differentially expressed between non-frail and frail old adults.

Imad Abugessaisa, Ri-Ichiroh Manabe, Tsugumi Kawashima, Michihira Tagami, Chitose Takahashi, Yasushi Okazaki, Stefania Bandinelli, Takeya Kasukawa, Luigi Ferrucci

GeroScience 46(2) 2063-2081 2024年4月
Computational approach to evaluate scRNA-seq data quality and gene body coverage with SkewC.

Imad Abugessaisa, Akira Hasegawa, Shintaro Katayama, Juha Kere, Takeya Kasukawa

STAR protocols 4(1) 102038-102038 2023年3月17日
Author Correction: Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network (Nature Communications, (2021), 12, 1, (3297), 10.1038/s41467-021-23143-7)

Mathys Grapotte, Manu Saraswat, Chloé Bessière, Christophe Menichelli, Jordan A. Ramilowski, Jessica Severin, Yoshihide Hayashizaki, Masayoshi Itoh, Michihira Tagami, Mitsuyoshi Murata …

Nature Communications 13(1) 2022年12月1日
Antisense-oligonucleotide-mediated perturbation of long non-coding RNA reveals functional features in stem cells and across cell types

Chi Wai Yip, Chung-Chau Hon, Kayoko Yasuzawa, Divya M. Sivaraman, Jordan A. Ramilowski, Youtaro Shibayama, Saumya Agrawal, Anika V. Prabhu, Callum Parr, Jessica Severin …

Cell Reports 41(13) 111893-111893 2022年12月
198

SkewC: Identifying cells with skewed gene body coverage in single-cell RNA sequencing data.

Imad Abugessaisa, Akira Hasegawa, Shuhei Noguchi, Melissa Cardon, Kazuhide Watanabe, Masataka Takahashi, Harukazu Suzuki, Shintaro Katayama, Juha Kere, Takeya Kasukawa

iScience 25(2) 103777-103777 2022年2月18日査読有り筆頭著者
123

Inducing human retinal pigment epithelium-like cells from somatic tissue.

Ivo Ngundu Woogeng, Bogumil Kaczkowski, Imad Abugessaisa, Haiming Hu, Akihiro Tachibana, Yoshiki Sahara, Chung-Chau Hon, Akira Hasegawa, Noriko Sakai, Mitsuhiro Nishida …

Stem cell reports 17(2) 289-306 2022年2月8日査読有り
Discovery of widespread transcription initiation at microsatellites predictable by sequence-based deep neural network

Mathys Grapotte, Manu Saraswat, Chloé Bessière, Christophe Menichelli, Jordan A. Ramilowski, Jessica Severin, Yoshihide Hayashizaki, Masayoshi Itoh, Michihira Tagami, Mitsuyoshi Murata …

Nature Communications 12(1) 2021年12月
The choice of negative control antisense oligonucleotides dramatically impacts downstream analysis depending on the cellular background.

Luca Ducoli, Saumya Agrawal, Chung-Chau Hon, Jordan A Ramilowski, Eliane Sibler, Michihira Tagami, Masayoshi Itoh, Naoto Kondo, Imad Abugessaisa, Akira Hasegawa …

BMC genomic data 22(1) 33-33 2021年9月14日査読有り
250

A robust machine learning framework to identify signatures for frailty: a nested case-control study in four aging European cohorts

David Gomez-Cabrero, Stefan Walter, Imad Abugessaisa, Rebeca Miñambres-Herraiz, Lucia Bernad Palomares, Lee Butcher, Jorge D. Erusalimsky, Francisco Jose Garcia-Garcia, José Carnicero, Timothy C. Hardman …

GeroScience 43(3) 1317-1329 2021年2月18日査読有り
Functional annotation of human long noncoding RNAs using chromatin conformation data

Saumya Agrawal, Tanvir Alam, Masaru Koido, Ivan V. Kulakovskiy, Jessica Severin, Imad Abugessaisa, Andrey Buyan, Josee Dostie, Masayoshi Itoh, Naoto Kondo …

2021年1月14日
51

FANTOM enters 20th year: expansion of transcriptomic atlases and functional annotation of non-coding RNAs.

Imad Abugessaisa, Jordan A Ramilowski, Marina Lizio, Jesicca Severin, Akira Hasegawa, Jayson Harshbarger, Atsushi Kondo, Shuhei Noguchi, Chi Wai Yip, Jasmine Li Ching Ooi …

Nucleic acids research 49(D1) D892-D898 2020年11月19日査読有り筆頭著者
Single-cell transcriptomics, scRNA-Seq and C1 CAGE discovered distinct phases of pluripotency during naïve-to-primed conversion in mice

Michael Böttcher, Yuhki Tada, Jonathan Moody, Masayo Kondo, Hiroki Ura, Imad Abugessaisa, Takeya Kasukawa, Chung-Chau Hon, Koji Nagao, Piero Carninci …

2020年9月25日
Comparative transcriptomics of primary cells in vertebrates.

Tanvir Alam, Saumya Agrawal, Jessica Severin, Robert S Young, Robin Andersson, Erik Arner, Akira Hasegawa, Marina Lizio, Jordan A Ramilowski, Imad Abugessaisa …

Genome research 30(7) 951-961 2020年7月査読有り
Functional annotation of human long noncoding RNAs via molecular phenotyping.

Jordan A Ramilowski, Chi Wai Yip, Saumya Agrawal, Jen-Chien Chang, Yari Ciani, Ivan V Kulakovskiy, Mickaël Mendez, Jasmine Li Ching Ooi, John F Ouyang, Nick Parkinson …

Genome research 30(7) 1060-1072 2020年7月査読有り
650

refTSS: A Reference Data Set for Human and Mouse Transcription Start Sites

イマド

Journal of Molecular Biology 431(13) 2407-2422 2019年6月査読有り筆頭著者
559

C1 CAGE detects transcription start sites and enhancer activity at single-cell resolution.

Tsukasa Kouno, Jonathan Moody, Andrew Tae-Jun Kwon, Youtaro Shibayama, Sachi Kato, Yi Huang, Michael Böttcher, Efthymios Motakis, Mickaël Mendez, Jessica Severin …

Nature communications 10(1) 360-360 2019年1月21日査読有り

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MISC

転写開始点リファレンスデータセットの構築

ABUGESSAISA Imad, 野口修平, 長谷川哲, 近藤敦, 川路英哉, 川路英哉, CARNINCI Piero, 粕川雄也

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
The FANTOM web resourceの概要と活用

野口修平, LIZIO Marina, ABUGESSAISA Imad, HON Chung Chau, 長谷川哲, DE HOON Michiel, 川路英哉, 川路英哉, 粕川雄也

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 41st 2018年
統合的転写開始点リファレンス(refTSS)の開発

野口修平, ABUGESSAISA Imad, 長谷川哲, 川路英哉, 粕川雄也

日本生化学会大会(Web) 90th 2017年
統合的転写開始点リファレンス(refTSS)の開発

野口修平, ABUGESSAISA Imad, 長谷川哲, 川路英哉, 粕川雄也

第15回産総研・産技連LS-BT合同研究発表会要旨集,2016 2016年
長鎖非コードRNA転写研究のためのデータベース基盤の構築

粕川雄也, IMAD Abugessaisa, 長谷川哲, 野口修平, 川路英哉, 川路英哉, 川路英哉

日本生化学会大会(Web) 88th 2015年
FANTOM5で得られた広範な哺乳類細胞の転写開始活性プロファイルを提供するための統合ウェブリソース

粕川雄也, LIZIO Marina, HARSHBARGER Jayson, 下地寿, 下地寿, SAHIN Serkan, SEVERIN Jessica, ABUGESSAISA Imad, FREEMAN Tom, BAILLIE Kenneth …

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 37th 2014年

書籍等出版物

Single Cell Databases: An Emerging and Essential Tool

(担当:分担執筆)

2022年1月 (ISBN: 9789811658129)
Practical Guide to Life Science Databases

(担当:編者(編著者))

SPringer Nature 2022年1月 (ISBN: 9789811658129)
The FANTOM5 Computation Ecosystem: Genomic Information Hub for Promoters and Active Enhancers

イマド (担当:分担執筆, 範囲:199-217)

Springer 2017年
Genome annotation

イマド (担当:分担執筆, 範囲:107-121)

Springer 2016年11月
Molecular foundation of computational bioscience

イマド (担当:分担執筆, 範囲:6-32)

Oxford University Press 2014年

共同研究・競争的資金等の研究課題

Mapping the Madurella mycetomatis pathogen and host responses during and after antifungal treatment to identify prognostic therapeutic markers for mycetoma

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2020年4月 - 2023年3月

アブケセーサイマド
MycEXomics:Development of field-friendly POC diagnostic test for the four most common causative agents of mycetoma

グローバルヘルス技術振興基金 2020年4月 - 2022年9月

アブケセーサイマド

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論文

MISC

書籍等出版物

共同研究・競争的資金等の研究課題

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