スティアマルガデフィン (Davin Setiamarga) - マイポータル

基本情報

所属: 独立行政法人国立高等専門学校機構生物応用化学科准教授
: 東京大学総合研究博物館研究事業協力者
: 和歌山県立自然博物館客員研究員

学位: 博士（理学）(東京大学)

J-GLOBAL ID: 201601010280772509
researchmap会員ID: B000269401

外部リンク: https://sites.google.com/site/dsetiamarga/home

分子遺伝学や比較ゲノム学、分子生物学などの方法をつかって、生物多様性・進化や環境保全、海洋生物学の研究をやっています。対象生物が動植物から微生物までです。
最近、地球化学や海洋土木学の共同研究もやっています。

研究分野

経歴

2017年4月 - 現在

和歌山工業高等専門学校, 生物応用化学科, 准教授
2015年4月 - 現在

東京大学総合研究博物館, 研究事業協力者
2015年4月 - 2018年4月

東京大学, 理学系研究科地球惑星科学専攻, 客員研究員
2015年4月 - 2017年3月

和歌山工業高等専門学校, 物質工学科, 講師
2014年10月 - 2015年3月

インドネシア総合研究所（株）, アシスタントコンサルタント
2014年9月 - 2015年3月

東京大学, 地球惑星科学専攻, 特任研究員
2012年9月 - 2014年8月

東京大学, 地球惑星科学専攻, 日本学術振興会外国人特別研究員
2011年8月 - 2012年8月

東京大学, 理学系研究科, 特任研究員
2009年4月 - 2011年7月

カリフォルニア大学スクリップス海洋研究所, 細胞発生生物学, 特任研究員

学歴

2005年4月 - 2009年3月

東京大学, 大学院理学系研究科博士後期課程, 生物科学専攻
2003年4月 - 2005年3月

東京大学, 大学院理学系研究科博士前期課程, 生物科学専攻
2002年4月 - 2003年3月

東京大学, 理学部, 生物学科（委託卒業研究生）
1999年4月 - 2003年3月

東京農業大学, 国際食料情報学部, 生物企業情報学科
1998年8月 - 1999年2月

ボゴール農科大学, 農学部, 公衆栄養家庭資源計画学科（中退）

論文

Comparative proteomics of the shell matrix proteins of Nautilus pompilius and the conchiferans provide insights into mollusk shell evolution at the molecular level

Kazuki Hirota, Nanami Tochino, Maaya Seto, Takenori Sasaki, Masa-aki Yoshida, Davin Setiamarga

Marine Biology 170(9) 2023年9月
Relationships between organic contents changes in sea sludge and sea water in Hidaka port, Japan

Hirosuke Hirano, Davin H. E. Setiamarga

ADVANCES IN INTELLIGENT APPLICATIONS AND INNOVATIVE APPROACH 2023年
A new species of dendrochirotid holothuroid from deep water of southern Japan, with the erection of a new genus, Satsumaocnus (Echinodermata: Holothuroidea: Dendrochirotida: Cucumariidae: Colochirinae).

Yusuke Yamana, Ahmed S Thandar, Takeshi Hayashibara, Davin H E Setiamarga

Zootaxa 5209(2) 270-284 2022年11月16日査読有り最終著者責任著者
Gene Recruitments and Dismissals in the Argonaut Genome Provide Insights into Pelagic Lifestyle Adaptation and Shell-like Eggcase Reacquisition.

Masa-Aki Yoshida, Kazuki Hirota, Junichi Imoto, Miki Okuno, Hiroyuki Tanaka, Rei Kajitani, Atsushi Toyoda, Takehiko Itoh, Kazuho Ikeo, Takenori Sasaki …

Genome biology and evolution 14(11) 2022年11月4日査読有り最終著者責任著者
Scleractinian recruits on natural and artificial substrates in temporary sediment-challenged coastal water of Bangkalan, Madura Island, Indonesia

F K Muzaki, D Saptarini, R H D Armono, D H E Setiamarga, I R Azizah, Aunurohim, F E Pradana

IOP Conference Series: Earth and Environmental Science 1095(1) 012023-012023 2022年10月1日
Partial redescriptions of three holothurians with hook papillae (Apodida: Chiridotidae): Taeniogyrus japonicus (Marenzeller, 1882), T. dendyi (Mortensen, 1925), Scoliorhapis theelii (Heding, 1928).

Yusuke Yamana, Francisco A Solis-Marin, Masaki Yamamoto, Yuzo Ota, Hisanori Kohtsuka, Akihito Omori, Kazuma Iwasaki, Davin H E Setiamarga

Zootaxa 5138(4) 351-387 2022年5月19日査読有り最終著者責任著者
Microstructural and Genetic Insights Into the Formation of the “Winter Diffusion Layer” in Japanese Pearl Oyster Pinctada fucata and Its Relation to Environmental Temperature Changes

Kei Sato, Davin H. E. Setiamarga, Hiroshi Yonemitsu, Keita Higuchi

Frontiers in Ecology and Evolution 10 2022年3月17日
Molecular phylogeny of Nipponacmea (Patellogastropoda, Lottiidae) from Japan: a re-evaluation of species taxonomy and morphological diagnosis

Shinnosuke Teruya, Davin H. E. Setiamarga, Tomoyuki Nakano, Takenori Sasaki

ZooKeys 1087 163-198 2022年2月25日
Hydrophilic Shell Matrix Proteins of Nautilus pompilius and the Identification of a Core Set of Conchiferan Domains.

Davin H E Setiamarga, Kazuki Hirota, Masa-Aki Yoshida, Yusuke Takeda, Keiji Kito, Makiko Ishikawa, Keisuke Shimizu, Yukinobu Isowa, Kazuho Ikeo, Takenori Sasaki …

Genes 12(12) 2021年11月29日査読有り筆頭著者責任著者
Reassessment of the mitochondrial 12S-rRNA gene for DNA barcoding of museum specimens of shelled marine gastropods from Japan

Nao Fukunaga, Moe Shimizu, Shinnosuke Teruya, Nazifa Naziha Razali, Satoko Nakashima, Naoto Tomobuchi, Takenori Sasaki, Davin H. E. Setiamarga

E3S Web of Conferences 322 01028-01028 2021年11月11日最終著者責任著者
Mesozoic origin and 'out-of-India' radiation of ricefishes (Adrianichthyidae).

Kazunori Yamahira, Satoshi Ansai, Ryo Kakioka, Hajime Yaguchi, Takeshi Kon, Javier Montenegro, Hirozumi Kobayashi, Shingo Fujimoto, Ryosuke Kimura, Yusuke Takehana …

Biology letters 17(8) 20210212-20210212 2021年8月
Independent adoptions of a set of proteins found in the matrix of the mineralized shell-like eggcase of Argonaut octopuses

Davin H. E. Setiamarga, Kazuki Hirota, Risa Ikai, Seiji Imoto, Noriyoshi Sato, Hiroki Ono, Yukinobu Isowa, Hiroshi Yonemitsu, Takenori Sasaki, Masa-aki Yoshida

2021年7月12日筆頭著者責任著者
Complete mitochondrial genome of the Pacific limpet Cellana nigrolineata (Gastropoda: Patellogastropoda) determined by shotgun sequencing using the Illumina NGS platform

Satoko Nakashima, Moe Shimizu, Kazuki Hirota, Shimpei F. Hiruta, Nakaji Nagisa, Toshihiko Fujita, Takenori Sasaki, Davin H. E. Setiamarga

Mitochondrial DNA Part B 6(7) 1857-1859 2021年7月3日査読有り最終著者責任著者
Diversity of sea cucumber from intertidal area of Pacitan and Bangkalan, East Java, Indonesia

ELSA DIANITA AULIA, FARID KAMAL MUZAKI, DIAN SAPTARINI, EDWIN SETIAWAN, DAVIN SETIAMARGA, ISWATUL DIAH LUTVIANTI, SANIAH KUSNATUR ROSYIDAH, NUR ALI MUHAMMAD

Biodiversitas Journal of Biological Diversity 22(4) 2021年4月5日査読有り
頭足類の貝殻の進化ストーリー：分子古生物学から見る重要形質の進化的サーガ

Setiamarga DHE

海洋と生物 (254) 2021年査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
The full mitochondrial genome sequence of the greater argonaut Argonauta argo (Cephalopoda, Argonautoidea) and its phylogenetic position in Octopodiformes

Hirota K, Yoshida MA, Itoh T, Toyoda A, Setiamarga DHE

Mitochondrial DNA B: Resources 6(4) 1451-1453 2021年査読有り最終著者責任著者
The first complete mitochondrial genome of the northern Pacific deep-sea goniasterid sea star Ceramaster japonicus (Sladen, 1889) determined using NGS-based shotgun sequencing

Yamamoto M, Hiruta SF, Arai M, Shimizu M, Mah CL, Fujita T, Setiamarga DHE

Mitochondrial DNA B: Resources 6(4) 1406-1408 2021年査読有り最終著者責任著者
Full genome sequence of a Bacillus safensis strain IDN1 isolated from commercially available natto in Indonesia

Yoshida MA, Uomi M, Ikai T, Ilado T, Waturangi D, Ekaputri JJ, Setiamarga DHE

Microbiology Resource Announcements 10(15) e00180-21 2021年査読有り最終著者責任著者
327

海棲動物液浸標本の博物館保存科学：アサリの液浸標本の生化学的組成変化を例に

西本真琴, 大原珠海, 山本真生, 佐々木猛智, Setiamarga DHE

令和２年第28回海洋工学シンポジウム論文集 OES28-0045 1-4 2020年最終著者責任著者
656

ミトコンドリア由来12S-rRNA遺伝子を用いた有殻腹足類の博物館標本のDNAバーコーディング

中島理子, 中路渚, Tu DV, 佐々木猛智, Setiamarga DHE

令和２年第28回海洋工学シンポジウム論文集 OES28-0027 1-6 2020年最終著者責任著者

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MISC

Characterization of mutations affecting vertebral column formation in medaka, Oryzias latipes

Kyohei Horie, Keiji Inohaya, Sae Sakaguchi, Nobuaki Orihara, Satoshi Ohisa, Sayaka Konno, Kenta Hibiya, Akimitsu Miyake, Davin Setiamarga, Kimiko Tanaka …

ZOOLOGICAL SCIENCE 21(12) 1300-1300 2004年12月

書籍等出版物

海産無脊椎動物多様性学 : 100年の歴史とフロンティア

京都大学フィールド科学教育研究センター瀬戸臨海実験所, 京都大学フィールド科学教育研究センター瀬戸臨海実験所創立100周年記念出版編集委員会 (担当:共著, 範囲:系統進化から見る頭足類の貝殻の獲得と退化)

京都大学学術出版会 2022年11月 (ISBN: 9784814004492)

講演・口頭発表等

殻の再獲得に見る再進化を可能にするゲノム機構

Masa-aki Yoshida, Risa Ikai, Davin Setiamarga

2017年度生命科学系学会合同年次大会 2017年12月8日
Changes-over-time of inorganic contents observed in sea sludge samples collected monthly from the Gobo/Hidaka coastal area in Wakayama, southwest Japan, for one year

Hirosuke Hirano, Takeshi Toyama, Davin H. E. Setiamarga

EMBRIO International Conference 2017 2017年11月16日 Bogor Agricultural University
The Utilization of Local Asian Fermented Food Powder as Potential Cultivation Media for Deep-sea Piezophile Photobacterium profundum SS9

Kohei Nakanishi, Masataka Kusube, Diana Lestari, Davin H.E. Setiamarga, Douglas H. Bartlett, Maggy T. Suhartono

EMBRIO International Conference 2017 2017年11月16日 Bogor Agricultural University
Phylogeography analysis of the Japanese turban snails Lunella coreensis from the intertidal coasts around Kyushu Island, Japan, using the mitochondrial COI gene sequences

中島理子, 照屋清之介, 佐々木猛智, Davin H. E. Setiamarga

International Conference of Marine Science 2017 2017年9月6日 Bogor Agricultural University
The potential utilization of local Indonesian (“oncom”) and Japanese (“natto”) fermented food as the main ingredient of the cultivation media for deep-sea piezophile Photobacterium profundum SS9

Kohei Nakanishi, Masataka Kusube, Diana Lestari, Davin H.E. Setiamarga, Douglas H. Bartlett, Maggy T. Suhartono

International Conference of Marine Science 2017 2017年9月6日 Bogor Agricultural University
Dynamic changes of organic content over time in the sea sludge collected from the Gobo/Hidaka coastal area in Wakayama, southwest Japan

Hirosuke Hirano, Daichi Semura, Kenta Sakamoto, Takeshi Toyama, Davin H.E. Setiamarga

International Conference of Marine Science 2017 2017年9月6日 Bogor Agricultural University
Partial sequences of the mitochondrial COI and 12s genes indicate that Ceramaster japonicus and Ceramaster patagonicus from the seas around Japan are of the same species

上戸悠生, 芝玲奈, 新井未来仁, 藤田敏彦, Christopher L. Mah, Davin, H. E. Setiamarga

International Conference of Marine Science 2017 2017年9月6日 Bogor Agricultural University
The effect of steam curing on chloride penetration in geopolymer concrete

Ekaputri JJ, Mutiara IS, Nurminarsih S, Nguyen VC, Maekawa K, Setiamarga DHE

The 6th International Conference of Euro Asia Civil Engineering Forum (EACEF 2017) 2017年8月22日
DNA Barcoding and biodiversity analyses of shelled marine gastropods in Nada coastal area in Wakayama: A preliminary report

Nagisa Nakaji, Davin H. E. Setiamarga

CommTech IDEAS 2017 2017年7月国立スラバヤ工科大学
トランスクリプトーム解析で得られたミトコンドリアゲノム配列による頭足類八腕目の系統ゲノム解析

スティアマルガデフィン H. E

日本動物分類学会2017横浜大会 2017年6月日本動物分類学会
Two partial sequences of the mitochondrial genes COI and 12s indicate that Ceramaster japonicus and Ceramaster patagonicus from the Japan Seas are of the same species

芝玲奈, Davin H. E. Setiamarga, 上戸悠生, Nazifa Naziha, t. Razali, 新井未来仁, 藤田敏彦, Christopher L. Mah

日本動物分類学会2017横浜大会 2017年6月日本動物分類学会
オウムガイの貝殻タンパク質のプロテオム及びトランスクリプトーム解析から見る有殻軟体動物の貝殻タンパクの分子進化

スティアマルガデフィン H. E

日本貝類学会2017白浜大会 2017年4月
ミトコンドリアゲノム全長配列による頭足類八腕目（タコ類）の系統ゲノム解析

スティアマルガデフィン H. E

日本貝類学会2017白浜大会 2017年4月
日本近海に生息するイソニナJapeuthria ferrea (Buccinidae: Caenogastropoda)の分子系統地理学的解析

Nazifa Naziha, t. Razali, 芝玲奈, 照屋清之介, 佐々木猛智, Davin H. E. Setiamarga

日本貝類学会2017白浜大会 2017年4月日本貝類学会
和歌山県名田海岸潮間帯域から採取された有殻腹足類のDNAバーコーディングに関する研究のプログレスレポート

中路渚, 岩本尚真, 芝玲奈, Nazifa Naziha, t. Razali, 中島理子, 上山隼平, 上戸悠生, 友渕直人, 平野廣佑, 照屋清之介, 佐々木猛智, Davin H. E. Setiamarga

日本貝類学会2017白浜大会 2017年4月
日本近海に生息するイソニナ、シマベッコウバイ及びエゾイソニナの分子系統学的解析

友渕直人, Nazifa Naziha, t. Razali, 照屋清之介, 佐々木猛智, Davin H. E. Setiamarga

日本貝類学会2017白浜大会 2017年4月
Unravelling the evolutionary history of the Cephalopods through mitochondrial phylogenomics: a progress report

スティアマルガデフィン

The 22nd International Congress of Zoology and The 87th Meeting of the Zoological Society of Japan 2016年11月 International Society of Zoological Sciences and Zoological Society of Japan
The Importance of Fundamental Research and Basic Science - Another perspective on Biodiversity Research -

スティアマルガデフィン

和歌山県高等学校生徒科学研究発表会 2015年12月招待有り
Transcriptome and Proteome Explorations of the Nautilus’ Shell : A Genomic Insight To Shell Evolution in Mollusks

スティアマルガデフィン

Cephalopod International Advisory Council Meeting 2015 2015年11月 Cephalopod International Advisory Council
The “Jizake Project”: Advance science “Monozukuri” education and training through tripartite collaboration, product development, and participation in local area revitalization

Kusube M, Yamanaka K, Maruyama N, Okamoto T, Nate T, Nakagawa T, Setiamarga D

The 9th International Symposium on Advances in Technology Education 2015年9月

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担当経験のある科目(授業)

所属学協会

2018年4月

日本水産学会
2016年4月

Cephalopod International Advisory Council (CIAC)
日本動物分類学会
日本貝類学会
日本古生物学会
日本動物学会

共同研究・競争的資金等の研究課題

指標分類群ヒトデ類のビッグデータ構築・解析及び多様性変遷の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2023年4月 - 2026年3月

スティアマルガデフィン
殻のないタコがもつ隠れた貝殻形成遺伝子の進化と機能

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2022年4月 - 2025年3月

吉田真明, スティアマルガデフィン
日本産キセルガイ類の貝殻内部構造の多様化と平行進化

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2021年4月 - 2025年3月

上島励, 安田仁奈, スティアマルガデフィン
淡水・沿岸魚類の系統地理構造に基づくインドネシア島嶼域の生物地理区境界線の検証

日本学術振興会科学研究費助成事業国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 国際共同研究加速基金(国際共同研究強化(B)) 2019年10月 - 2024年3月

熊澤慶伯, 武藤望生, 渋川浩一, スティアマルガデフィン
貝殻のミューゼオミクス：博物館の収蔵標本を活かすための実験的研究

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2019年6月 - 2022年3月

佐々木猛智, スティアマルガデフィン, 川島武士, 藤田敏彦, 西秋良宏
博物館標本から得られるDNAのビッグデータによる腹足類の多様性進化ダイナミックス

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2019年4月 - 2022年3月

スティアマルガデフィン, 佐々木猛智
タコブネの殻にみる進化的形質の喪失と再獲得の遺伝的基盤

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2018年4月 - 2021年3月

吉田真明, スティアマルガデフィン
ゲノム科学・環境化学・海洋生物学の融合によるイカ類の海洋酸性化に対する適応遺伝子の探索及び同定

公益財団法人旭硝子財団平成27年度募集 (平成28年度採択) 自然科学系「研究奨励」 2016年4月 - 2019年3月

スティアマルガデフィン
博物館収蔵標本を系統ゲノム解析に活用するための技術開発-頭足類八腕目に注目して

藤原ナチュラルヒストリー振興財団第25回学術研究助成［動物］ 2017年4月 - 2018年3月

スティアマルガデフィン
ゲノム進化と環境変動の観点から探る頭足類の貝殻退化：形質退化の地球ゲノム学的解析

国立高専機構和歌山工業高等専門学校平成27年度教育研究奨励助成B1：研究

スティアマルガデフィン
和歌山県自然資源の観察による初等・高等教育の関連付け及びそれぞれの理科離れへの解消

国立高専機構和歌山工業高等専門学校平成27年度教育研究奨励助成A：教育

スティアマルガデフィン
和歌山工業高等専門学校の世界の化学・生物実験：生物の不思議を分子レベルで見よう！（Part 1 and Part 2）

コスモ・バイオ（株）公開講座応援団 2016

スティアマルガデフィン

受賞

2003年4月

東京大学外国人留学生支援基金, 東京大学

スティアマルガデフィン
2002年4月

ASEAN私費留学生奨学金, サトー国際奨学財団

スティアマルガデフィン
2000年4月

文部科学省外国人留学生学習奨励費, 日本学生支援機構

スティアマルガデフィン
1999年4月

東京農業大学特別招待留学生奨学金, 東京農業大学

スティアマルガデフィン

メディア報道

薩摩半島沖で発見のナマコ和高専のスティアマルガ准教授らの調査で新種と判明

日高新報 2022年12月9日新聞・雑誌
It Looks Like a Shell, but an Octopus and 40,000 Eggs Live Inside

ニューヨークタイムズ https://www.nytimes.com/2022/11/05/science/octopus-shell-argonaut.html 2022年11月5日新聞・雑誌
世界初アオイガイのゲノム解読

日高新報 https://hidakashimpo.co.jp/?p=84553 2022年10月28日新聞・雑誌
Argonaut octopuses are enigmatic—down to their self-made ‘shells’

ポピュラーサイエンス 2022年10月26日新聞・雑誌
和高専がメダカ起源解明に協力

日高新報 https://hidakashimpo.co.jp/?p=51385 2021年9月13日新聞・雑誌
生物の進化をもっと深く研究するため？インドネシアから日本へ

月刊高専 https://gekkan-kosen.com/1446/ 2021年5月10日インターネットメディア
インドネシアのイスラム教について

日高新報 2016年1月7日新聞・雑誌

スティアマルガデフィン

基本情報

研究分野

経歴

学歴

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

担当経験のある科目(授業)

所属学協会

共同研究・競争的資金等の研究課題

受賞

メディア報道

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