病原細菌による集団感染の被害拡大を防止するためには、その発生を早期に把握する必要があるが、同時期に発生している患者が全て集団感染によるとは限らないため、複数の患者から分離された病原細菌の同一性をより正確に判定する必要がある。病原細菌の全ゲノムを解析してその同一性を調査するゲノム疫学により腸管出血性大腸菌O157を調査したところ、従来用いられていた方法より効果的であることが判明した。また、全ゲノム解析を行う際に留意すべき事項についての情報が得られた。