跡見晴幸 (Haruyuki Atomi) - マイポータル

基本情報

所属: 京都大学大学院工学研究科合成・生物化学専攻工学研究科合成・生物化学専攻教授,教授

学位: 博士(工学)(京都大学)

J-GLOBAL ID: 200901037707199627
researchmap会員ID: 1000027677

外部リンク: http://www.sbchem.kyoto-u.ac.jp/atomi-lab/en

研究キーワード

研究分野

ライフサイエンス / 応用生物化学 /

経歴

2009年3月 - 現在

京都大学, 大学院工学研究科, 教授
1997年5月 - 2009年2月

京都大学, 大学院工学研究科, 助教授・准教授
1992年 - 1997年

京都大学助手
1992年 - 1997年

Kyoto University, Research Assistant

学歴

1989年4月 - 1992年3月

京都大学, 工学研究科, 工業化学専攻
1987年4月 - 1989年3月

京都大学, 大学院工学研究科, 工業化学専攻
1983年4月 - 1987年3月

京都大学, 工学部, 工業化学科

受賞

2004年

極限環境微生物学会研究奨励賞

論文

278

Cryo-electron tomography reveals near-native archaeal chromatin architecture

Maximilian Dreimann, Fredrika Rajer, Quentin Durieux-Trouilleton, Tiana S. Behr, Sebastian Unger, Shingo Yamamoto, Naomichi Takemata, Haruyuki Atomi, Svetlana O. Dodonova

2026年6月18日
Substrate specificity of an archaeal thioesterase from Thermococcus kodakarensis.

Yu Su, Jianqiang Jin, Yuta Michimori, Haruyuki Atomi

Journal of biochemistry 2026年6月4日
The arginine synthetase pathway is responsible for carbamoyl phosphate synthesis in Thermococcus kodakarensis

Michimori Y, Ohashi N, Szymanski C, Atomi H

Frontiers in microbiology 2026年5月29日
The Thermococcales as a model system: historical perspectives and emerging tools

Alina M. Galyon, Haruyuki Atomi, Thomas J. Santangelo

Journal of Bacteriology 2025年12月18日
Archaeal histone HTkC hypercompacts DNA

Samuel Schwab, Yimin Hu, Shingo Yamamoto, Kodai Yamaura, Naomichi Takemata, Marcus D. Hartmann, Marc K.M. Cajili, Bert van Erp, Haruyuki Atomi, Vikram Alva …

2025年12月6日
Biochemical characterization of phosphoenolpyruvate carboxykinases from multiple species of brown algae

Jian‐qiang Jin, Yuusuke Yokooji, Toshiyuki Shibata, Haruyuki Atomi

Journal of Phycology 2025年10月
SmsB-SmsC machinery in Thermococcus kodakarensis functions as an archaeal scaffold mediating Fe-S cluster assembly

Jian-qiang Jin, Takaaki Sato, Haruyuki Atomi

Applied and Environmental Microbiology 2025年9月17日
TK2268 encodes the major aminotransferase involved in the conversion from oxaloacetic acid to aspartic acid in Thermococcus kodakarensis

Yu Su, Yuta Michimori, Yuto Fukuyama, Shigeru Shimamura, Takuro Nunoura, Haruyuki Atomi

Applied and Environmental Microbiology 2025年3月19日
Chromosomal domain formation by archaeal SMC, a roadblock protein, and DNA structure.

Kodai Yamaura, Naomichi Takemata, Masashi Kariya, Ayami Osaka, Sonoko Ishino, Masataka Yamauchi, Tomonori Tamura, Itaru Hamachi, Shoji Takada, Yoshizumi Ishino …

Nature communications 16(1) 1312-1312 2025年2月19日
The Lreu_1276 protein from Limosilactobacillus reuteri represents a third family of dihydroneopterin triphosphate pyrophosphohydrolases in bacteria

Kaede Kachi, Takaaki Sato, Maina Nagasawa, Isaac Cann, Haruyuki Atomi

Applied and Environmental Microbiology 2024年6月18日査読有り
Extremophiles in a changing world

D. A. Cowan, S. V. Albers, G. Antranikian, H. Atomi, B. Averhoff, M. Basen, A. J. M. Driessen, M. Jebbar, Z. Kelman, M. Kerou …

Extremophiles 28(2) 2024年4月29日査読有り
An energy-conserving reaction in amino acid metabolism catalyzed by arginine synthetase

Yuta Michimori, Yuusuke Yokooji, Haruyuki Atomi

Proceedings of the National Academy of Sciences 121(16) 2024年4月11日査読有り最終著者責任著者
Removal of phosphoglycolate in hyperthermophilic archaea

Yuta Michimori, Rikihisa Izaki, Yu Su, Yuto Fukuyama, Shigeru Shimamura, Karin Nishimura, Yuya Miwa, Sotaro Hamakita, Takahiro Shimosaka, Yuki Makino …

Proceedings of the National Academy of Sciences 121(16) 2024年4月9日査読有り最終著者責任著者
Crystal structure of <scp>GTP</scp>‐dependent dephospho‐coenzyme A kinase from the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis

Akiko Kita, Yuna Ishida, Takahiro Shimosaka, Yuta Michimori, Kira Makarova, Eugene Koonin, Haruyuki Atomi, Kunio Miki

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics 2024年1月18日
Development of a rapid and highly accurate method for 13C tracer-based metabolomics and its application on a hydrogenotrophic methanogen.

Yuto Fukuyama, Shigeru Shimamura, Sanae Sakai, Yuta Michimori, Tomomi Sumida, Yoshito Chikaraishi, Haruyuki Atomi, Takuro Nunoura

ISME communications 4(1) ycad006 2024年1月
Biochemical and genetic examination of two aminotransferases from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis.

Su Y, Michimori Y, Atomi H

Frontiers in microbiology 2023年2月20日
Structural determination and chemical synthesis of N‐glycan from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus kodakarensis

Kohtaro Hirao, Immacolata Speciale, Anna Notaro, Yoshiyuki Manabe, Yoshiaki Teramoto, Takaaki Sato, Haruyuki Atomi, Antonio Molinaro, Yoshihiro Ueda, Cristina D. Castro …

Angewandte Chemie International Edition 62(13) 2023年1月31日査読有り
1．アーキアにおけるリポ酸生合成に関与する酵素の同定

蜂須賀真一, 佐藤喬章, 跡見晴幸

ビタミン 97(7) 344-345 2023年
A non-carboxylating pentose bisphosphate pathway in halophilic archaea

Takaaki Sato, Sanae Utashima, Yuta Yoshii, Kosuke Hirata, Shuichiro Kanda, Yushi Onoda, Jian-qiang Jin, Suyi Xiao, Ryoko Minami, Hikaru Fukushima …

Communications Biology 5(1) 2022年11月24日
A Lipoate-Protein Ligase Is Required for De Novo Lipoyl-Protein Biosynthesis in the Hyperthermophilic Archaeon Thermococcus kodakarensis.

Jian-Qiang Jin, Takaaki Sato, Shin-Ichi Hachisuka, Haruyuki Atomi

Applied and environmental microbiology e0064422 2022年6月23日

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MISC

210

超好熱性古細菌Thermococcus kodakarensis由来N-グリカンの単離・合成・機能研究

平尾宏太郎, 真鍋良幸, 真鍋良幸, SPECIALE Immacolata, NOTARO Anna, 佐藤喬章, 跡見晴幸, MOLINARO Antonio, DE CASTRO Cristina, 深瀬浩一 …

天然有機化合物討論会講演要旨集(Web) 64th 2022年
超好熱菌の高温適応戦略

跡見晴幸

熱測定 48(2) 78-84 2021年4月査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
マルチオミクス解析による好熱性水素酸化細菌からの可逆的TCA 回路の発見

布浦拓郎, 力石嘉人, 跡見晴幸

低温科学 79 31-36 2021年3月査読有り招待有り最終著者
強酸性環境からの微生物の培養と分離

友居昌慶, 加藤真悟, 伊藤隆, 平井美穂, 高木善弘, 布浦拓郎, 大熊盛也, 跡見晴幸

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2021 2021年
アーキアの損傷塩基修復経路の生化学的,遺伝学的研究

原田明佳, 永田麻梨子, 沖啓輔, 松見理恵, 金井保, 跡見晴幸, 沼田倫征, 石野園子, 石野良純

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 42nd 2019年
好熱性水素酸化細菌における始原的で可逆的なTCA回路

布浦拓郎, 力石嘉人, 跡見晴幸

化学と生物 57(1) 7-9 2018年12月20日最終著者
好熱性水素酸化細菌の代謝から生命の起源に迫る

布浦拓郎, 力石嘉人, 跡見晴幸

現代化学 = Chemistry today (569) 57-61 2018年8月最終著者
通性化学合成独立栄養好熱細菌における可逆的な始原的TCA回路の発見

布浦拓郎, 力石嘉人, 跡見晴幸

実験医学 36(9) 1493-1496 2018年5月査読有り招待有り最終著者
水素酸化硫黄還元好熱細菌における可逆的なクエン酸回路の発見

布浦拓郎, 力石嘉人, 跡見晴幸

ライフサイエンス新着論文レビュー 2018年2月査読有り招待有り最終著者
Thermococcus kodakarensisの複製フォーク進行および修復を担う2つのCdc45/RecJ

永田麻梨子, 石野園子, 山上健, SIMONS Jan-Robert, 金井保, 跡見晴幸, 石野良純

日本農芸化学会大会講演要旨集(Web) 2018 2018年
アーキアの補酵素A生合成経路に固有のキナーゼの結晶構造解析

喜田昭子, 岸本麻子, 下坂天洋, 石橋拓也, 冨田宏矢, 横大路裕介, 今中忠行, 跡見晴幸, 三木邦夫

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 2018年
超好熱性アーキアThermococcus kodakarensisのDNA複製フォーク進行機構に関わるGANとHANの機能解析

永田麻梨子, 石野園子, 山上健, SIMONS Jan-Robert, 金井保, 跡見晴幸, 石野良純

日本生化学会大会(Web) 90th 2017年
アーキアの補酵素A生合成経路に固有の酵素群の構造解析

喜田昭子, 岸本麻子, 下坂天洋, 石橋拓也, 冨田宏矢, 横大路裕介, 今中忠行, 跡見晴幸, 三木邦夫

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 17th 2017年
超好熱性アーキアの補酵素A生合成経路に固有の酵素群の構造解析

喜田昭子, 岸本麻子, 下坂天洋, 石橋拓也, 冨田宏矢, 横大路裕介, 今中忠行, 跡見晴幸, 三木邦夫

KURRI-EKR (Web) (20) 2017年
インターフェイスから探る代謝機構のルーツ

跡見晴幸

生物工学会誌 94(11) 693-695 2016年11月査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
Crystallographic studies of two enzymes required for the distinct CoA production pathway in archaea.

A. Kita, A. Kishimoto, T. Shimosaka, T. Ishibashi, H. Tomita, Y. Yokooji, T. Imanaka, H. Atomi, K. Miki

Extremophiles 2016 2016年9月
アーキア由来Rubiscoの特異な代謝機能

跡見晴幸

バイオサイエンスとインダストリー 74(4) 303-307 2016年7月査読有り招待有り筆頭著者最終著者責任著者
アーキアにおけるCdc45/RecJの役割の解明を目指して

NAGATA Mariko, ISHINO Sonoko, YAMAGAMI Takeshi, SIMONS Jan-Robert, KANAI Tamotsu, ATOMI Haruyuki, ISHINO Yoshizumi

日本分子生物学会年会プログラム・要旨集(Web) 39th 2016年
超好熱菌におけるcoenzyme A生合成制御機構の解明

下坂天洋, 冨田宏矢, 跡見晴幸, 跡見晴幸

日本Archaea研究会講演会要旨集 29th 2016年
[NiFe]ヒドロゲナーゼへNiを組み込むHypAB複合体の結晶構造解析

河島拓未, 渡部聡, 西谷優一, 金井保, 和田健彦, 稲葉謙次, 跡見晴幸, 今中忠行, 三木邦夫

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 15th 130 2015年5月26日

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書籍等出版物

アーキア生物学

石野良純, 跡見晴幸, 編 (担当:編者(編著者))

共立出版 2017年10月
応用微生物学

跡見晴幸 (担当:分担執筆, 範囲:核酸)

文永堂出版 2016年7月
Protein Engineering Handbook Volume 3

Tamotsu Kanai, Haruyuki Atomi (担当:分担執筆, 範囲:Section 7: Enzymes from Thermophilic Organisms)

Wiley-VCH 2013年
Thermophilic Microbes in Environmental and Industrial Biotechnology

Takaaki Sato, Haruyuki Atomi (担当:分担執筆, 範囲:Section 11: Genomics of Thermophilic Bacteria and Archaea)

Springer 2013年
Thermophiles: Biology and Technology at High Temperatures

(担当:分担執筆, 範囲:Chapter13: Targeted Gene Disruption as a Tool for Establishing Gene Function in Hyperthermophilic Archaea)

2008年
極限環境微生物の特殊能力とその利用

跡見晴幸

環境修復と有用物質生産〜環境問題へのバイオテクノロジーの利用〜,16-25 2003年
Enzyme Catalysis in Organic Synthesis

Tadayuki Imanaka, Haruyuki Atomi (担当:分担執筆, 範囲:Section 3: Rational Design of Functional Proteins)

Wiley-VCH 2002年
Candida 酵母のペルオキシソーム研究からの飛躍-Saccharomyces 酵母内で新機能を発揮するプロモーターの発見とその応用

跡見晴幸

第11回酵母合同シンポジウム「酵母研究のフロントライン-生命科学・医学・産業へのインパクト」,/,111-122 1994年
Functions and biogenesis of yeast peroxisomes.

跡見晴幸

Proceedings of the 2nd Kyoto-Siena Symposium (Sections : Round Table of Natural Science),/,188-196

講演・口頭発表等

The unique metabolism of hyperthermophilic archaea

Haruyuki Atomi

JpGU Meeting 2021 2021年6月3日招待有り
What the molecular biology of archaea tells us

Haruyuki Atomi

43rd Annual Meeting of the Molecular Biology Society of Japan 2020年12月2日招待有り
Studies on coenzyme biosynthesis ~a new lipoyl synthase~

Haruyuki Atomi

MBoA7 Zoom Symposium 2020年10月8日招待有り
The unique metabolism in Archaea

Haruyuki Atomi

2019 International Congress on Metabolic Sciences (ICMS2019) 2019年11月20日招待有り
Coenzyme A Biosynthesis in Archaea

Haruyuki Atomi

The 14th Asian Congress on Biotechnology (ACB 2019) 2019年7月2日招待有り
A novel pathway for cysteine biosynthesis in Thermococcus kodakarensis

Haruyuki Atomi

Pacifichem2015 2015年12月16日招待有り
Novel metabolic networks in Archaea

Haruyuki Atomi

The 30th Anniversary Meeting and International Symposium of KSBB 2015年10月12日招待有り
Sugar metabolism and its regulation in Thermococcus kodakarensis

Haruyuki Atomi

Thermophiles2015 2015年8月31日招待有り
Nucleoside Degradation Systems in Archaea

Haruyuki Atomi

Gordon Research Conference 2015年7月29日招待有り
Novel metabolic networks in Archaea: Archaeal Rubiscos and beyond

Haruyuki Atomi

Extremophiles 2014 2014年9月11日招待有り
Novel enzymes and pathways in the Archaea

Haruyuki Atomi

The 10th Asia-Pacific Marine Biotechnology Conference 2014年5月7日招待有り
アーキアゲノム上に存在する重複遺伝子の機能解析

跡見晴幸

日本農芸化学会2013年度大会 2013年3月27日招待有り
超好熱菌の解剖

跡見晴幸

生命科学の新展開シンポジウム 2012年10月27日招待有り
Understanding and Altering the Unique Metabolism of Hyperthermophilic Archaea

跡見晴幸

International Symposium on Biotechnology for Green Growth 2012年10月26日招待有り
Coenzyme A Biosynthesis in the Archaea

跡見晴幸

15th International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS2012) 2012年9月9日招待有り
Biosynthesis and Regulation of Coenzyme A in the Archaea

跡見晴幸

Molecular Biology of Archaea III 2012年7月4日招待有り
アーキアの補酵素A生合成経路とそれから見えてくる代謝進化

跡見晴幸

日本農芸化学会2012大会 2012年3月25日招待有り
The unique metabolic pathways of hyperthermophilic archaea

跡見晴幸

International Union of Microbiological Societies (IUMS) 2011 Congress 2011年9月7日招待有り
Novel enzymes of the archaea involved in coenzyme biosynthesis

Haruyuki Atomi

Gordon Research Conference 2009年7月29日招待有り
Unusual pentose metabolism in Thermococcus kodakaraensis

Haruyuki Atomi

Gordon Research Conference 2007年8月20日招待有り

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所属学協会

Works(作品等)

微生物の多彩なCO₂代謝に関する基礎研究

1999年 - 2001年
Fundamental studies on various CO₂ fixation mechanisms from microorganisms

1999年 - 2001年

共同研究・競争的資金等の研究課題

アーキア主要代謝の全容解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2026年2月 - 2030年3月

跡見晴幸
アーキア主要代謝の全容解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(S) 2025年4月 - 2030年3月

跡見晴幸
アーキアの新規セリン生合成経路同定を通じた中央代謝進化の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2023年4月 - 2027年3月

千葉洋子, 跡見晴幸
アーキアを対象としたtransportome解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

跡見晴幸
アーキアを対象としたtransportome解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2022年4月 - 2025年3月

跡見晴幸
超地球生命体を解き明かすポストコッホ生態学

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年6月 - 2024年3月

高谷直樹, 大西康夫, 野尻秀昭, 跡見晴幸, 大津厳生, 重藤真介, 松井求, 佐々文洋, 中井亮佑, 野村暢彦, 大熊盛也
ポストコッホ・アーキア学：第３の生命の姿

日本学術振興会科学研究費助成事業新学術領域研究(研究領域提案型) 新学術領域研究(研究領域提案型) 2019年6月 - 2024年3月

跡見晴幸, 布浦拓郎
新規テクノロジー開発を見据えた新規Casタンパク質候補の機能解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2020年4月 - 2023年3月

石野良純, 白井剛, 沼田倫征, 跡見晴幸
始原微生物における基盤生体分子の生合成機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2018年4月 - 2021年3月

跡見晴幸, 真鍋良幸
遺伝学的解析が行えない超好熱性アーキアを対象とした遺伝子操作系の開発

日本学術振興会科学研究費助成事業特別研究員奨励費 2016年11月 - 2019年3月

跡見晴幸, SCOTT JOSEPH
微生物機能覚醒による機能未知遺伝子の機能解明

日本学術振興会科学研究費助成事業挑戦的研究(萌芽) 挑戦的研究(萌芽) 2017年6月 - 2019年3月

跡見晴幸
超好熱性アーキアの転写制御因子の網羅的解析

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 2014年4月 - 2018年3月

金井保, 跡見晴幸, 吉田晃, 金関剛史, 谷本充, 郡司遼馬, 山田将大
極限環境下におけるアーキアの遺伝情報維持機構の解明

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 2014年4月 - 2017年3月

石野良純, 内海利男, 金井昭夫, 跡見晴幸
ヒドロゲナーゼ成熟化における金属クラスター組み込みの分子機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2014年4月 - 2017年3月

三木邦夫, 渡部聡, 跡見晴幸, 西谷優一
超好熱菌の低温適応機構に関する包括的理解

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2014年4月 - 2017年3月

藤原伸介, 跡見晴幸
アーキアの染色体構造と遺伝子発現を制御するタンパク質群の新展開

日本学術振興会科学研究費助成事業若手研究(B) 若手研究(B) 2014年4月 - 2017年3月

円山由郷, 跡見晴幸, 東端啓貴, Yan Jie
海洋性アーキアの代謝特性の強化と融合によるエネルギー生産

国立研究開発法人科学技術振興機構 CREST 2011年 - 2016年

跡見晴幸, 今中忠行, 三木邦夫
ヒドロゲナーゼ成熟化の分子機構

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(A) 基盤研究(A) 2011年4月 - 2015年3月

三木邦夫, 跡見晴幸, 渡部聡
超好熱生物の遺伝情報はどのように守られ、伝達されるのか？

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(B) 基盤研究(B) 2011年4月 - 2014年3月

石野良純, 跡見晴幸
超好熱菌低温ショックシャペロンの作用機序

日本学術振興会科学研究費助成事業基盤研究(C) 基盤研究(C) 2011年 - 2013年

藤原伸介, 今中忠行, 跡見晴幸

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跡見晴幸

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研究キーワード

研究分野

経歴

学歴

受賞

論文

MISC

書籍等出版物

講演・口頭発表等

所属学協会

Works(作品等)

共同研究・競争的資金等の研究課題

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