藤谷秀章 (Hideaki Fujitani) - マイポータル

基本情報

所属: 東京大学先端科学技術研究センター特任教授

学位: 理学博士(東京大学)

J-GLOBAL ID: 201801015218561093
researchmap会員ID: B000332123

論文

Initiation of prolyl cis-trans isomerisation in the CDR-H3 loop of an antibody in response to antigen binding

Keiko Shinoda, Hideaki Fujitani

SCIENTIFIC REPORTS 7(1) 16964 2017年12月査読有り
Molecular Dynamics Study for Streptavidin Mutant With/Without Biotin Analog

Keiko Shinoda, Hideaki Fujitani

BIOPHYSICAL JOURNAL 112(3) 287A-288A 2017年2月査読有り
Conformational Changes in Antigen-Antibody Binding: Molecular Dynamics Study

Keiko Shinoda, Hideaki Fujitani

BIOPHYSICAL JOURNAL 110(3) 325A-325A 2016年2月査読有り
Molecular dynamics analysis to evaluate docking pose prediction.

Sakano T, Mahamood MI, Yamashita T, Fujitani H

Biophysics and physicobiology 13 181-194 2016年査読有り
Epiregulin Recognition Mechanisms by Anti-epiregulin Antibody 9E5 STRUCTURAL, FUNCTIONAL, AND MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION ANALYSES

Yuji Kado, Eiichi Mizohata, Satoru Nagatoishi, Mariko Iijima, Keiko Shinoda, Takamitsu Miyafusa, Taisuke Nakayama, Takuma Yoshizumi, Akira Sugiyama, Takeshi Kawamura …

JOURNAL OF BIOLOGICAL CHEMISTRY 291(5) 2319-2330 2016年1月査読有り
Structural features of interfacial tyrosine residue in ROBO1 fibronectin domain-antibody complex: Crystallographic, thermodynamic, and molecular dynamic analyses

Taisuke Nakayama, Eiichi Mizohata, Takefumi Yamashita, Satoru Nagatoishi, Makoto Nakakido, Hiroko Iwanari, Yasuhiro Mochizuki, Yuji Kado, Yuki Yokota, Reiko Satoh …

PROTEIN SCIENCE 24(3) 328-340 2015年3月査読有り
The Feasibility of an Efficient Drug Design Method with High-Performance Computers

Takefumi Yamashita, Akihiko Ueda, Takashi Mitsui, Atsushi Tomonaga, Shunji Matsumoto, Tatsuhiko Kodama, Hideaki Fujitani

CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN 63(3) 147-155 2015年3月査読有り
On accurate calculation of the potential of mean force between antigen. and antibody: A case of the HyHEL-10-hen egg white lysozyme system

Takefumi Yamashita, Hideaki Fujitani

CHEMICAL PHYSICS LETTERS 609 50-53 2014年8月査読有り
Molecular Dynamics Simulation-Based Evaluation of the Binding Free Energies of Computationally Designed Drug Candidates: Importance of the Dynamical Effects

Takefumi Yamashita, Akihiko Ueda, Takashi Mitsui, Atsushi Tomonaga, Shunji Matsumoto, Tatsuhiko Kodama, Hideaki Fujitani

CHEMICAL & PHARMACEUTICAL BULLETIN 62(7) 661-667 2014年7月査読有り
High performance computing for drug development on K computer

Hideaki Fujitani, Keiko Shinoda, Takefumi Yamashita, Tatsuhiko Kodama

24TH IUPAP CONFERENCE ON COMPUTATIONAL PHYSICS (IUPAP-CCP 2012) 454 012018 2013年査読有り
Docking study and binding free energy calculation of poly (ADP-ribose) polymerase inhibitors

Kazuki Ohno, Takashi Mitsui, Yoshiaki Tanida, Azuma Matsuura, Hideaki Fujitani, Tatsuya Niimi, Masaya Orita

JOURNAL OF MOLECULAR MODELING 17(2) 383-389 2011年2月査読有り
High-Level ab Initio Calculations To Improve Protein Backbone Dihedral Parameters

Hideaki Fujitani, Azuma Matsuura, Sino Sakai, Hiroyuki Sato, Yoshiaki Tanida

JOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION 5(4) 1155-1165 2009年4月査読有り
Massively parallel computation of absolute binding free energy with well-equilibrated states

Hideaki Fujitani, Yoshiaki Tanida, Azuma Matsuura

PHYSICAL REVIEW E 79(2) 021914 2009年2月査読有り
Calculation of absolute free energy of binding for theophylline and its analogs to RNA aptamer using nonequilibrium work values

Yoshiaki Tanida, Masakatsu Ito, Hideaki Fujitani

CHEMICAL PHYSICS 337(1-3) 135-143 2007年8月査読有り
Absolute binding free energy calculation for theophylline and its analogs to RNA aptamer using BAR method with GAFF

Yoshiaki Tanida, Masakatsu Ito, Hiroyuki Sato, Azuma Matsuura, Hideaki Fujitani

ABSTRACTS OF PAPERS OF THE AMERICAN CHEMICAL SOCIETY 231 2006年3月査読有り
Direct calculation of the binding free energies of FKBP ligands

H Fujitani, Y Tanida, M Ito, G Jayachandran, CD Snow, MR Shirts, EJ Sorin, VS Pande

JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 123(8) 084108 2005年8月査読有り
Density functional study of the initial stage of the anneal of a thin Co film on Si

AP Horsfield, H Fujitani

PHYSICAL REVIEW B 63(23) 2001年6月査読有り
Transferable atomic-type orbital basis sets for solids

SD Kenny, AP Horsfield, H Fujitani

PHYSICAL REVIEW B 62(8) 4899-4905 2000年8月査読有り
Many-site expansion for correcting approximate density functionals

AP Horsfield, H Fujitani

PHYSICAL REVIEW B 61(19) 12560-12561 2000年5月査読有り
Self-consistent kinetic lattice Monte Carlo

A Horsfield, S Dunham, H Fujitani

MULTISCALE MODELLING OF MATERIALS 538 285-290 1999年査読有り

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MISC

高精度な脂質分子のFUJI力場の開発と多剤排出トランスポーター膜系への適用

篠田恵子, 藤谷秀章

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 18th 128 2018年5月23日
「ビッグデータと創薬」高速分子動力学シミュレーションと創薬

藤谷秀章

シミュレーション 36(3) 152‐157 2017年9月15日
IoT時代を見据えた新物質・材料開発の可能性とビジネスチャンスの捉え方スーパーコンピューターを活用したバイオ医薬の開発

藤谷秀章

技術情報協会研究開発リーダー (136) 16‐19 2017年7月20日
ストレプトアビジン改変体‐人工ビオチンのMDシミュレーション

篠田恵子, 藤谷秀章

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 72(1) ROMBUNNO.19pC22‐7 2017年3月21日
ストレプトアビジン改変体‐人工ビオチンの分子動力学シミュレーション:より良い創薬を目指して

篠田恵子, 藤谷秀章

日本生化学会大会(Web) 90th ROMBUNNO.3LBA‐034 (WEB ONLY) 2017年
配座変化を伴うリガンドのタンパク質結合過程の分子動力学シミュレーション

三井崇志, 杉山肇, 藤谷秀章

日本コンピュータ化学会年会講演予稿集 2017 53 2017年
抗原結合によって誘起される抗体のプロリンスイッチ:分子動力学シミュレーションからの考察

篠田恵子, 藤谷秀章

日本蛋白質科学会年会プログラム・要旨集 16th 98 2016年5月19日
抗原結合によって誘起される抗体の構造変化:分子動力学シミュレーション

篠田恵子, 藤谷秀章

日本物理学会講演概要集(CD-ROM) 71(1) ROMBUNNO.21PBF‐7 2016年3月22日
核酸分子の主鎖二面角力場パラメータ開発

三井崇志, 三井崇志, 藤谷秀章

分子シミュレーション討論会講演要旨集 29th 264-265 2015年11月30日
創薬応用シミュレーションがBig Challengeになる理由

藤谷秀章

CBI学会大会 2015 38 2015年10月26日
分子動力学を用いた創薬応用シミュレーション

藤谷秀章

計算数理工学レビュー : 日本計算数理工学会誌 2013(1) 35-43 2013年3月
スーパーコンピュータ「京」による創薬

木寺詔紀, 杉田有治, 藤谷秀章

科学と工業 = Science and industry 87(1) 14-22 2013年1月
1SK-03 創薬における結合自由エネルギー計算法(1SK 高速計算機シミュレーションによる生体機能解析へのアプローチ,日本生物物理学会第49回年会(2011年度))

藤谷秀章

生物物理 51 S9 2011年
BioServerによる高精度結合自由エネルギー計算

藤谷秀章

情報処理学会研究報告バイオ情報学（BIO） 2005(74) 35-42 2005年7月25日
金属・半導体界面の微視的構造--ショットキ-障壁の原子配置依存性

藤谷秀章

固体物理 31(1) p27-34 1996年1月
2a-J-8 金属シリサイド界面の格子緩和と電子状態

藤谷秀章, 浅野攝郎

日本物理学会講演概要集. 秋の分科会 1994 106-106 1994年
28p-YR-6 歪ペロブスカイト型酸化物の電子構造II

藤谷秀章, 浅野攝郎

日本物理学会講演概要集. 年会 49 69-69 1994年
13p-H-13 歪ペロブスカイト型酸化物の電子構造

藤谷秀章, 浅野攝郎

日本物理学会講演概要集. 秋の分科会 1993 84-84 1993年
31p-ZM-6 金属シリサイド・シリコン界面の電子状態

藤谷秀章, 浅野攝郎

日本物理学会講演概要集. 年会 48 468-468 1993年
25a-ZG-2 シリサイド界面のショットキー障壁 V

藤谷秀章, 浅野摂郎

秋の分科会予稿集 1992 107-107 1992年

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