下山紘充 (SIMOYAMA HIROMITU) - マイポータル

基本情報

所属: 公益財団法人野口研究所研究員

研究者番号: 50533139
ORCID iD: https://orcid.org/0000-0002-9293-5799
J-GLOBAL ID: 201801019393640643
researchmap会員ID: B000334873

研究分野

ライフサイエンス / 分子生物学 /

受賞

2019年9月

日本バイオインフォマティクス学会 2019年年会・第8回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2019) 優秀口頭発表賞, 日本バイオインフォマティクス学会・日本オミックス医学会

下山紘充

論文

Development of Exchange System for Glycan Textual Notations to Integrate Various Glycan Databases and Improve Search Accuracy

下山紘充, 松原正陽, 山田一作

Glycobiology 34(11) 2024年9月12日
Molecular Dynamics Study of 3-Dimensional Domain Swapping Process of Cytochrome c

下山紘充, 重田育照

J. Compt. Chem. Jpn. 21(4) 134-136 2023年6月22日査読有り招待有り筆頭著者責任著者
計算化学によるヘム蛋白質の機能解析と予測

神谷克政, 鷹野優, 下山紘充, 重田育照

ヘム蛋白質の科学 2022年5月21日招待有り
Experimental and theoretical study on converting myoglobin into a stable domain-swapped dimer by utilizing a tight hydrogen bond network at the hinge region

Xie, Cheng, 下山紘充, 山中優, 長尾聡, 小森博文, 柴田直樹, 樋口芳樹, 重田育照, 廣田俊

RSC Advances 11(59) 37604-37611 2021年11月23日査読有り
175

A Free Energy Landscape Analysis of Calmodulin Obtained from an NMR-data Utilized Multi-Scale Divide-and-Conquer Molecular Dynamics Simulation

下山紘充, 重田育照

Life Special Issue; Multiscale Simulation Methods for Living Systems: Applications to Biomolecules and Cells 11(11) 1-13 2021年11月16日査読有り招待有り筆頭著者責任著者
MSDC-MDによる天然変性蛋白質の熱力学解析と構造予測

下山紘充

CYBERMEDIA HPC JOURNAL 10 35-39 2021年1月筆頭著者最終著者責任著者
Atomistic detailed free‐energy landscape of intrinsically disordered protein studied by multi‐scale divide‐and‐conquer molecular dynamics simulation

下山紘充, 米澤康滋

J. Comput. Chem. 42(1) 19-26 2020年10月8日査読有り筆頭著者責任著者
A structural comparison of 'real' and 'model' calmodulin clarified allosteric interactions regulating domain motion.

下山紘充

J. Biomol. Struct. Dyn. 2018年3月7日査読有り筆頭著者最終著者責任著者
Residue-residue interactions regulating the Ca2+-induced EF-hand conformation changes in calmodulin

下山紘充, 竹田-志鷹真由子

J. Biochem. 162(4) 259-270 2017年10月1日査読有り筆頭著者
Quality assessment methods for 3D protein structure models based on a residue-residue distance matrix prediction

寺師玄記, 祐樹中村, 下山紘充, 竹田-志鷹真由子

Chemical and Pharmaceutical Bulletin 62(8) 744-753 2014年8月1日査読有り
Community-wide evaluation of methods for predicting the effect of mutations on protein-protein interactions

Rocco Moretti, Sarel J. Fleishman, Rudi Agius, Mieczyslaw Torchala, Paul A. Bates, Panagiotis L. Kastritis, João P. G. L. M. Rodrigues, Mikaël Trellet, Alexandre M. J. J. Bonvin, Meng Cui …

Proteins: Structure, Function and Bioinformatics 81(11) 1980-1987 2013年11月査読有り
Free Energy Landscapes of Alanine Dipeptide in Explicit Water Reproduced by the Force-Switching Wolf Method

米澤康滋, 福田育夫, 神谷成敏, 下山紘充, 中村春木

J. Chem. Theor. Comput. 7(5) 1484-1493 2011年5月30日査読有り
Smoothed Wang-Landau Sampling of a Peptide in Aqueous Solution

下山紘充, 米澤滋康, 中村春木

Proceedings of the 5th International Peptide Symposium in conjunction with the 47th Japanese Peptide Symposium 2020 145-145 2011年3月1日査読有り筆頭著者責任著者
A QM/MM Molecular Dynamics Simulation Study of the Cis-Trans Isomerization Process of N-Methylacetamide

米澤康滋, DM Standley, 下山紘充, 中村春木

Peptide science: proceedings of the Japanese Peptide Symposium 2010 151-151 2011年3月1日査読有り
Simple and effective application of the Wang–Landau method for multicanonical molecular dynamics simulation

下山紘充, 中村春木, 米澤康滋

J. Chem. Phys. 134(2) 2011年1月14日査読有り筆頭著者
Study on the Free Energy Landscape of Alanine-dimer peptide in Explicit Water using the Force-switching Wolf Method

米澤康滋, 中村春木, 下山紘充

JSBi2010 2010年12月査読有り最終著者
Reconstruction of 2D Free-energy Landscape of Protein from Multiscale Simulation

下山紘充, 米澤康滋, 中村春木

JSBi2010 2010年12月査読有り筆頭著者責任著者
Multicanonical Molecular Dynamics Simulations Combined with MetaDynamics for the Free Energy Landscape of a Biomolecular System with High Energy Barriers

米澤康滋, 下山紘充, 中村春木

Chem. Phys. Lett. 7(5) 1484-1493 2010年11月19日査読有り
Enhanced free-energy calculation using multiscale simulation

下山紘充, 米澤康滋, 中村春木

J. Chem. Phys. 133(13) 2010年10月7日査読有り筆頭著者責任著者
Coarser-Graining of a Coarse-Grained Protein Model

下山紘充, 菊池誠

J. Phys. Soc. Jpn. 76(10) 103801-1-103801-4 2007年9月25日査読有り筆頭著者責任著者

MISC

26pPSA-44 粗視化モデルと全原子モデルの連成計算(領域12ポスターセッション,領域12,ソフトマター物理,化学物理,生物物理)

下山紘充, 米澤康滋, 中村春木

日本物理学会講演概要集 64(2) 279-279 2009年8月18日
27aPS-96 粗視化タンパク質モデルの粗視化(領域11,領域12合同ポスターセッション,領域11(統計力学,物性基礎論,応用数学,力学,流体物理))

下山紘充, 菊池誠

日本物理学会講演概要集 60(1) 338-338 2005年3月4日
30aWE-1 拡張アンサンブル法を用いた,タンパク質粗視化モデルの計算(生物理一般)(領域12)

下山紘充, 菊池誠

日本物理学会講演概要集 59(1) 395-395 2004年3月3日

書籍等出版物

新しい薬学事典

下山紘充 (担当:分担執筆)

朝倉書店 2012年6月

講演・口頭発表等

肺炎連鎖球菌成⻑制御蛋白質の相互作用解析

下山紘充

構造活性相関シンポジウム 2023年11月20日
Free Energy Analysis of FtsXECL1 Domain Motion by Divide-and- Conquer MD simulation

H. Shimoyama

Annual meeting of BPSJ 2023年11月16日
Free Energy Analysis of FtsXECL1 Domain Motion by Divide-and-Conquer MD simulation

下山紘充

CBI学会年会 2023年10月25日
拡張アンサンブル法を用いた分子動力学によるシトクロムc の自由エネルギー解析

下山紘充, Cheng Xie, 廣田俊, 重田育照

日本蛋白質科学会年会 2023年7月7日
シトクロムcの複合体形成に関する数値解析

下山紘充, 重田育照

日本コンピュータ化学会2022年秋季年会 2022年11月26日
シトクロムcの複合体形成過程の分子動力学的研究

下山紘充, 重田育照

構造活性相関シンポジウム 2022年11月10日
Molecular Dynamics Study of 3D-DS dimerization of Cyt c

下山紘充, 重田育照

CBI学会2022年大会 2022年10月25日
拡張アンサンブル法を用いた３次元ドメインスワッピングの研究

下山紘充, 重田育照

日本生物物理学会第60回年会 2022年9月
An Advanced MD Simulation and Free-energy Analysis for 3D-DS of Cyt c

下山紘充, 重田育照

IIBMP2022 2022年
ドメインスワッピング現象を核とした機能的蛋白質設計を目指したシトクロムcの自由エネルギー解析

下山紘充, 重田育照

第48回生体分子科学討論会 2022年6月30日
新型ハイブリッドスケールシミュレーションによる蛋白質設計原理の研究

下山紘充, 重田育照

第22回日本蛋白質科学会年会 2022年6月8日

担当経験のある科目(授業)

2024年9月 - 現在

バイオインフォマティクス (成蹊大学)
2024年4月 - 2024年5月

生命情報科学特論（分担講義２回） (創価大学)

下山紘充

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書籍等出版物

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担当経験のある科目(授業)

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